MicrobesOnline Operon Predictions for Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3 4 CT002 CT003 gatC gatA TRUE 0.995 12.000 0.643 0.005 Y NA
 4 5 CT003 CT004 gatA gatB TRUE 0.995 2.000 0.492 0.005 Y NA
 6 7 CT005 CT006     FALSE 0.326 128.000 0.667 NA   NA
 11 12 CT010 CT011 htrB   FALSE 0.244 132.000 0.222 NA   NA
 12 13 CT011 CT012   ybbP TRUE 0.829 -3.000 0.018 NA   NA
 14 15 CT013 CT014 cydA cydB TRUE 0.995 12.000 0.622 0.027 Y NA
 17 18 CT016 CT017     FALSE 0.290 186.000 0.750 NA   NA
 19 1787196 CT018 CTs01   tmRNA FALSE 0.010 277.000 0.000 NA   NA
 21 22 CT020 CT021 lepB   FALSE 0.231 186.000 0.333 NA   NA
 23 24 CT022 CT023 rl31 pfrA TRUE 0.468 188.000 0.005 1.000 Y NA
 24 25 CT023 CT024 pfrA   TRUE 0.950 -16.000 0.009 1.000 Y NA
 25 26 CT024 CT025   ffh TRUE 0.879 -3.000 0.005 1.000 N NA
 26 27 CT025 CT026 ffh rs16 TRUE 0.933 -9.000 0.361 1.000 N NA
 27 28 CT026 CT027 rs16 trmD TRUE 0.981 16.000 0.033 1.000 Y NA
 28 29 CT027 CT028 trmD rl19 TRUE 0.976 26.000 0.567 1.000 Y NA
 29 30 CT028 CT029 rl19 rnhB_2 TRUE 0.642 64.000 0.066 1.000 N NA
 30 31 CT029 CT030 rnhB_2 gmk TRUE 0.825 -9.000 0.003 1.000 N NA
 31 32 CT030 CT031 gmk   TRUE 0.561 -7.000 0.003 NA   NA
 32 33 CT031 CT032   metG TRUE 0.810 0.000 0.008 NA   NA
 34 35 CT033 CT034 recD_1 ytfF FALSE 0.127 248.000 0.000 1.000 N NA
 37 38 CT036 CT037     FALSE 0.313 7.000 0.000 NA   NA
 38 5451387 CT037 CTt01   tRNAAsn FALSE 0.034 64.000 0.000 NA   NA
 5451387 39 CTt01 CT038 tRNAAsn   FALSE 0.034 64.000 0.000 NA   NA
 39 40 CT038 CT039   dcd TRUE 0.863 16.000 0.021 NA   NA
 41 42 CT039.1 CT040   ruvB FALSE 0.070 42.000 0.000 NA   NA
 42 43 CT040 CT041 ruvB   TRUE 0.805 2.000 0.007 NA   NA
 44 45 CT042 CT043 glgX   FALSE 0.360 118.000 0.261 1.000   NA
 46 47 CT044 CT045 ssb pepA FALSE 0.295 341.000 0.013 1.000 N NA
 47 48 CT045 CT046 pepA hctB FALSE 0.231 139.000 0.017 1.000   NA
 48 49 CT046 CT047 hctB   FALSE 0.288 155.000 0.006 0.059   NA
 49 50 CT047 CT048   yraL FALSE 0.259 95.000 0.007 1.000   NA
 50 51 CT048 CT049 yraL   FALSE 0.232 91.000 0.014 NA   NA
 52 53 CT050 CT051     FALSE 0.335 104.000 0.400 NA   NA
 53 54 CT051 CT052   hemN_1 FALSE 0.215 54.000 0.002 NA   NA
 54 55 CT052 CT053 hemN_1   TRUE 0.704 -10.000 0.008 NA   NA
 56 57 CT054 CT055 sucA sucB_1 TRUE 0.990 4.000 0.667 1.000 Y NA
 58 59 CT056 CT057   gcpE TRUE 0.853 9.000 0.009 NA   NA
 59 60 CT057 CT058 gcpE   FALSE 0.055 152.000 0.002 NA   NA
 60 61 CT058 CT059   fer FALSE 0.336 80.000 0.065 NA   NA
 61 5451388 CT059 CTt02 fer tRNAPro_1 FALSE 0.082 38.000 0.000 NA   NA
 62 63 CT060 CT061 flhA fliA TRUE 0.407 108.000 0.025 1.000 N NA
 63 64 CT061 CT062 fliA tyrS FALSE 0.275 159.000 0.008 1.000 N NA
 64 65 CT062 CT063 tyrS gnd TRUE 0.947 10.000 0.014 1.000 N NA
 66 67 CT064 CT065 lepA   FALSE 0.178 186.000 0.002 1.000 N NA
 67 68 CT065 CT066     FALSE 0.011 351.000 0.000 NA   NA
 69 70 CT067 CT068 ytgA ytgB_1 TRUE 0.984 -7.000 0.898 1.000 Y NA
 70 71 CT068 CT069 ytgB_1 ytgC TRUE 0.979 1.000 0.012 1.000 Y NA
 71 72 CT069 CT070 ytgC ytgD TRUE 0.982 -10.000 0.012 0.006 Y NA
 72 73 CT070 CT071 ytgD yaeM TRUE 0.854 27.000 0.008 1.000 N NA
 73 74 CT071 CT072 yaeM yaeL FALSE 0.335 196.000 0.568 1.000   NA
 75 76 CT073 CT074   recF FALSE 0.091 158.000 0.006 NA   NA
 76 77 CT074 CT075 recF dnaN TRUE 0.985 0.000 0.318 1.000 Y NA
 79 80 CT077 CT078 yojL folD TRUE 0.948 -30.000 0.025 1.000 Y NA
 80 81 CT078 CT079 folD   FALSE 0.014 118.000 0.000 NA   NA
 82 83 CT080 CT081 ltuB   TRUE 0.580 57.000 0.333 NA   NA
 83 84 CT081 CT082     TRUE 0.928 10.000 0.333 NA   NA
 84 85 CT082 CT083     TRUE 0.932 -3.000 1.000 NA   NA
 86 87 CT084 CT085     FALSE 0.263 170.000 0.038 NA N NA
 87 88 CT085 CT086   rl28 FALSE 0.168 126.000 0.005 NA N NA
 88 89 CT086 CT087 rl28 malQ FALSE 0.215 149.000 0.005 1.000 N NA
 89 90 CT087 CT088 malQ sycE TRUE 0.956 4.000 0.600 1.000   NA
 90 91 CT088 CT089 sycE lcrE TRUE 0.891 38.000 0.240 0.012   NA
 91 92 CT089 CT090 lcrE lcrD TRUE 0.923 18.000 0.188 1.000   NA
 92 93 CT090 CT091 lcrD yscU TRUE 0.992 0.000 0.219 0.017 Y NA
 95 96 CT093 CT094 ribF truB TRUE 0.882 -43.000 0.308 1.000 N NA
 96 97 CT094 CT095 truB rbfA TRUE 0.935 38.000 0.111 1.000 Y NA
 97 98 CT095 CT096 rbfA infB TRUE 0.990 7.000 0.530 1.000 Y NA
 98 99 CT096 CT097 infB nusA TRUE 0.887 -43.000 0.342 1.000 N NA
 99 100 CT097 CT098 nusA rs1 TRUE 0.429 118.000 0.006 0.056 N NA
 101 102 CT099 CT100 trxB acpS TRUE 0.939 6.000 0.008 1.000 N NA
 104 105 CT102 CT103     TRUE 0.695 35.000 0.009 1.000   NA
 109 110 CT107 CT108 mutY ybgI FALSE 0.392 50.000 0.002 1.000   NA
 111 112 CT109 CT110   groEL_1 FALSE 0.285 128.000 0.400 NA   NA
 112 113 CT110 CT111 groEL_1 groES TRUE 0.972 38.000 0.412 0.017 Y NA
 113 114 CT111 CT112 groES pepF FALSE 0.376 172.000 0.188 1.000 N NA
 115 116 CT113 CT114 clpB   TRUE 0.799 26.000 0.009 1.000   NA
 116 117 CT114 CT115     FALSE 0.010 230.000 0.000 NA   NA
 117 118 CT115 CT116     TRUE 0.511 83.000 1.000 NA   NA
 118 119 CT116 CT117     TRUE 0.954 5.000 1.000 NA   NA
 119 120 CT117 CT118     TRUE 0.493 87.000 1.000 NA   NA
 121 122 CT119 CT120 incA   FALSE 0.024 78.000 0.000 NA   NA
 123 124 CT121 CT122 araD efp_1 TRUE 0.843 -13.000 0.007 1.000 N NA
 124 125 CT122 CT123 efp_1 accB TRUE 0.958 13.000 0.120 1.000 N NA
 125 126 CT123 CT124 accB accC TRUE 0.992 4.000 0.011 0.003 Y NA
 126 127 CT124 CT125 accC rl13 FALSE 0.127 223.000 0.000 1.000 N NA
 127 128 CT125 CT126 rl13 rs9 TRUE 0.986 26.000 0.601 0.063 Y NA
 129 130 CT127 CT128 ydhO adk FALSE 0.340 96.000 0.014 NA N NA
 131 132 CT129 CT130 glnP glnQ TRUE 0.988 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 133 134 CT131 CT132     TRUE 0.883 -3.000 0.017 1.000   NA
 134 135 CT132 CT133     FALSE 0.380 78.000 0.017 1.000   NA
 136 137 CT134 CT135     TRUE 0.549 59.000 0.333 NA   NA
 137 138 CT135 CT136     FALSE 0.162 90.000 0.007 NA   NA
 138 139 CT136 CT137   ywlC TRUE 0.652 19.000 0.004 NA   NA
 139 140 CT137 CT138 ywlC   TRUE 0.795 -22.000 0.012 NA N NA
 142 143 CT140 CT141 ypdP secA_1 FALSE 0.105 184.000 0.008 NA   NA
 143 5451389 CT141 CTt03 secA_1 tRNAThr_1 FALSE 0.028 69.000 0.000 NA   NA
 5451389 5451390 CTt03 CTt04 tRNAThr_1 tRNATyr FALSE 0.310 10.000 0.000 NA   NA
 5451390 144 CTt04 CT142 tRNATyr   FALSE 0.011 167.000 0.000 NA   NA
 144 145 CT142 CT143     TRUE 0.948 2.000 1.000 NA   NA
 145 146 CT143 CT144     TRUE 0.944 0.000 1.000 NA   NA
 146 147 CT144 CT145     FALSE 0.173 186.000 0.044 NA   NA
 147 148 CT145 CT146   dnlJ TRUE 0.881 11.000 0.006 1.000   NA
 148 149 CT146 CT147 dnlJ   FALSE 0.147 98.000 0.006 NA   NA
 150 151 CT148 CT149 mhpA   FALSE 0.306 200.000 0.857 NA   NA
 152 153 CT150 CT151 rl33   TRUE 0.587 36.000 0.006 1.000   NA
 153 154 CT151 CT152   ycfV TRUE 0.990 7.000 0.545 1.000 Y NA
 155 156 CT153 CT154     FALSE 0.058 186.000 0.000 1.000   NA
 156 157 CT154 CT155     TRUE 0.941 -31.000 0.000 0.026 Y NA
 157 158 CT155 CT156     FALSE 0.094 -120.000 0.000 NA   NA
 158 159 CT156 CT157     FALSE 0.012 136.000 0.000 NA   NA
 159 160 CT157 CT158     TRUE 0.637 124.000 0.000 0.026 Y NA
 160 161 CT158 CT159     FALSE 0.103 -57.000 0.000 NA   NA
 161 162 CT159 CT160     FALSE 0.012 146.000 0.000 NA   NA
 162 163 CT160 CT161     FALSE 0.230 -3.000 0.000 NA   NA
 163 164 CT161 CT162     FALSE 0.011 148.000 0.000 NA   NA
 165 166 CT163 CT164     FALSE 0.053 53.000 0.000 NA   NA
 166 167 CT164 CT165     FALSE 0.011 474.000 0.000 NA   NA
 167 168 CT165 CT166     FALSE 0.230 -3.000 0.000 NA   NA
 168 169 CT166 CT167     FALSE 0.048 56.000 0.000 NA   NA
 169 170 CT167 CT168     FALSE 0.031 66.000 0.000 NA   NA
 170 171 CT168 CT169   trpR FALSE 0.048 56.000 0.000 NA   NA
 171 172 CT169 CT170 trpR trpB FALSE 0.131 349.000 0.000 1.000 N NA
 172 173 CT170 CT171 trpB trpA TRUE 0.989 -7.000 0.146 0.003 Y NA
 174 175 CT172 CT172.1     FALSE 0.134 28.000 0.000 NA   NA
 175 176 CT172.1 CT173     FALSE 0.030 68.000 0.000 NA   NA
 176 177 CT173 CT174     FALSE 0.021 87.000 0.000 NA   NA
 179 180 CT176 CT177 dsbB dsbG TRUE 0.976 -3.000 0.308 NA Y NA
 182 183 CT179 CT180   tauB FALSE 0.211 144.000 0.111 NA   NA
 183 5451391 CT180 CTt05 tauB tRNAIle FALSE 0.082 38.000 0.000 NA   NA
 5451391 5451392 CTt05 CTt06 tRNAIle tRNAAla_1 FALSE 0.312 6.000 0.000 NA   NA
 5451392 184 CTt06 CT181 tRNAAla_1   FALSE 0.014 119.000 0.000 NA   NA
 185 186 CT182 CT183 kdsB pyrG TRUE 0.856 -24.000 0.018 1.000 N NA
 186 187 CT183 CT184 pyrG yqgF TRUE 0.833 -13.000 0.006 1.000 N NA
 187 188 CT184 CT185 yqgF zwf FALSE 0.251 117.000 0.004 1.000 N NA
 188 189 CT185 CT186 zwf devB TRUE 0.967 25.000 0.021 1.000 Y NA
 190 191 CT187 CT188 dnaX_1 tdk TRUE 0.961 14.000 0.254 1.000 N NA
 191 192 CT188 CT189 tdk gyrA_1 TRUE 0.923 2.000 0.007 1.000 N NA
 192 193 CT189 CT190 gyrA_1 gyrB_1 TRUE 0.994 15.000 0.306 0.006 Y NA
 193 194 CT190 CT191 gyrB_1   TRUE 0.882 3.000 0.028 NA   NA
 194 195 CT191 CT192     FALSE 0.099 147.000 0.006 NA   NA
 195 196 CT192 CT193   tgt FALSE 0.146 27.000 0.000 NA   NA
 196 197 CT193 CT194 tgt mgtE FALSE 0.227 127.000 0.003 1.000 N NA
 197 198 CT194 CT195 mgtE   FALSE 0.011 439.000 0.000 NA   NA
 199 200 CT196 CT197   gcp_1 FALSE 0.110 76.000 0.002 NA   NA
 200 201 CT197 CT198 gcp_1 oppA_3 TRUE 0.760 -36.000 0.006 1.000 N NA
 201 202 CT198 CT199 oppA_3 oppB_1 TRUE 0.777 159.000 0.091 0.025 Y NA
 202 203 CT199 CT200 oppB_1 oppC_1 TRUE 0.977 32.000 0.273 0.025 Y NA
 203 204 CT200 CT201 oppC_1 oppD TRUE 0.971 -7.000 0.044 1.000 Y NA
 204 205 CT201 CT202 oppD oppF TRUE 0.992 15.000 0.044 0.006 Y NA
 205 206 CT202 CT203 oppF   FALSE 0.010 307.000 0.000 NA   NA
 206 207 CT203 CT204   ybhI TRUE 0.772 30.000 0.217 NA   NA
 207 208 CT204 CT205 ybhI pfkA_1 TRUE 0.940 20.000 0.088 1.000 N NA
 208 209 CT205 CT206 pfkA_1   TRUE 0.938 9.000 0.088 1.000   NA
 209 210 CT206 CT207   pfkA_2 TRUE 0.905 -18.000 0.857 1.000   NA
 5451393 5451394 CTt07 CTt08 tRNAMet_3 tRNAMet_1 FALSE 0.241 19.000 0.000 NA   NA
 5451394 211 CTt08 CT208 tRNAMet_1 gseA FALSE 0.163 26.000 0.000 NA   NA
 211 212 CT208 CT209 gseA leuS TRUE 0.883 -3.000 0.006 1.000 N NA
 214 215 CT211 CT212     TRUE 0.812 20.000 0.012 NA   NA
 215 216 CT212 CT213   rpiA TRUE 0.725 -10.000 0.011 NA   NA
 216 217 CT213 CT214 rpiA   FALSE 0.093 95.000 0.003 NA   NA
 218 219 CT215 CT216 dhnA xasA TRUE 0.975 14.000 1.000 1.000 N NA
 219 220 CT216 CT217 xasA ydaO FALSE 0.323 154.000 0.250 NA N NA
 220 221 CT217 CT218 ydaO surE FALSE 0.168 131.000 0.015 NA   NA
 221 222 CT218 CT219 surE ubiA FALSE 0.180 112.000 0.006 1.000   NA
 222 223 CT219 CT220 ubiA ubiX TRUE 0.977 -3.000 0.029 1.000 Y NA
 224 5451395 CT221 CTt09 yqfU tRNAAsp FALSE 0.193 24.000 0.000 NA   NA
 5451395 5451396 CTt09 CTt10 tRNAAsp tRNAVal_1 FALSE 0.313 8.000 0.000 NA   NA
 5451396 225 CTt10 CT221.1 tRNAVal_1   FALSE 0.015 112.000 0.000 NA   NA
 225 226 CT221.1 CT222     FALSE 0.146 27.000 0.000 NA   NA
 226 227 CT222 CT223     FALSE 0.012 142.000 0.000 NA   NA
 227 228 CT223 CT224     FALSE 0.011 391.000 0.000 NA   NA
 228 229 CT224 CT225     FALSE 0.019 91.000 0.000 NA   NA
 229 230 CT225 CT226     FALSE 0.018 99.000 0.000 NA   NA
 230 231 CT226 CT227     TRUE 0.404 116.000 1.000 NA   NA
 231 232 CT227 CT228     FALSE 0.010 271.000 0.000 NA   NA
 232 233 CT228 CT229     FALSE 0.346 150.000 1.000 NA   NA
 234 235 CT230 CT231     FALSE 0.293 184.000 0.273 1.000   NA
 235 236 CT231 CT232   incB FALSE 0.304 105.000 0.273 NA   NA
 236 237 CT232 CT233 incB incC TRUE 0.541 77.000 1.000 NA   NA
 237 238 CT233 CT234 incC   TRUE 0.622 58.000 0.667 NA   NA
 238 239 CT234 CT235     TRUE 0.774 29.000 0.182 NA   NA
 240 241 CT236 CT237 acpP fabG TRUE 0.694 369.000 0.007 0.014 Y NA
 241 242 CT237 CT238 fabG fabD TRUE 0.988 -3.000 0.019 0.014 Y NA
 242 243 CT238 CT239 fabD fabH TRUE 0.988 17.000 0.009 0.014 Y NA
 244 245 CT240 CT241 recR yaeT FALSE 0.193 375.000 0.003 1.000 N NA
 245 246 CT241 CT242 yaeT   TRUE 0.828 69.000 0.175 1.000 Y NA
 246 247 CT242 CT243   lpxD TRUE 0.953 28.000 0.018 1.000 Y NA
 249 250 CT245 CT246 pdhA pdhB TRUE 0.991 -7.000 0.456 0.003 Y NA
 250 251 CT246 CT247 pdhB pdhC TRUE 0.988 5.000 0.254 1.000 Y NA
 254 255 CT250 CT251 dnaA_1   TRUE 0.673 77.000 0.714 1.000 N NA
 255 256 CT251 CT252   lgt FALSE 0.231 310.000 0.006 1.000 N NA
 257 258 CT253 CT254     TRUE 0.934 4.000 0.500 NA   NA
 260 261 CT256 CT257     TRUE 0.867 -10.000 0.545 NA   NA
 262 263 CT258 CT259 yhfO   TRUE 0.956 6.000 0.041 1.000 N NA
 264 265 CT260 CT261   dnaQ_1 TRUE 0.902 9.000 0.050 NA   NA
 265 266 CT261 CT262 dnaQ_1   TRUE 0.845 -3.000 0.031 NA   NA
 266 267 CT262 CT263     TRUE 0.789 -7.000 0.019 NA   NA
 268 269 CT264 CT265 msbA accA TRUE 0.818 -34.000 0.010 1.000 N NA
 269 270 CT265 CT266 accA   FALSE 0.133 133.000 0.008 NA   NA
 270 271 CT266 CT267   ihfA FALSE 0.256 118.000 0.182 NA   NA
 271 272 CT267 CT268 ihfA amiA FALSE 0.127 220.000 0.000 1.000 N NA
 272 273 CT268 CT269 amiA murE TRUE 0.931 -85.000 0.014 1.000 Y NA
 273 274 CT269 CT270 murE pbp3 TRUE 0.589 323.000 0.022 1.000 Y NA
 274 275 CT270 CT271 pbp3   TRUE 0.805 -13.000 0.135 NA   NA
 275 276 CT271 CT272   yabC TRUE 0.790 0.000 0.007 NA   NA
 277 278 CT273 CT274     TRUE 0.925 7.000 0.286 NA   NA
 278 279 CT274 CT275   dnaA_2 FALSE 0.057 243.000 0.000 1.000   NA
 279 280 CT275 CT276 dnaA_2   TRUE 0.591 39.000 0.006 NA N NA
 282 283 CT278 CT279 nqr2 nqr3 TRUE 0.994 4.000 0.093 0.003 Y NA
 283 284 CT279 CT280 nqr3 nqr4 TRUE 0.983 -10.000 0.034 0.017 Y NA
 284 285 CT280 CT281 nqr4 nqr5 TRUE 0.992 6.000 0.034 0.017 Y NA
 286 287 CT282 CT283 gcsH   TRUE 0.947 20.000 0.857 1.000   NA
 287 288 CT283 CT284     FALSE 0.236 171.000 0.032 1.000   NA
 288 289 CT284 CT285   lplA_1 TRUE 0.978 6.000 0.032 0.024 N NA
 293 294 CT289 CT290   ptsN_1 TRUE 0.534 58.000 0.231 NA   NA
 294 295 CT290 CT291 ptsN_1 ptsN_2 TRUE 0.994 3.000 0.231 0.003 Y NA
 295 296 CT291 CT292 ptsN_2 dut TRUE 0.931 2.000 0.008 1.000 N NA
 296 297 CT292 CT293 dut accD TRUE 0.770 37.000 0.008 1.000 N NA
 297 298 CT293 CT294 accD sodM TRUE 0.484 72.000 0.009 1.000 N NA
 298 299 CT294 CT295 sodM mrsA_1 FALSE 0.397 132.000 0.067 1.000 N NA
 299 300 CT295 CT296 mrsA_1   FALSE 0.164 152.000 0.022 NA   NA
 301 302 CT297 CT298 rnc radA TRUE 0.841 -16.000 0.007 1.000 N NA
 302 303 CT298 CT299 radA hemC TRUE 0.823 -22.000 0.007 1.000 N NA
 303 304 CT299 CT300 hemC   FALSE 0.011 393.000 0.000 NA   NA
 305 306 CT301 CT302 pknD valS TRUE 0.918 15.000 0.006 1.000 N NA
 306 307 CT302 CT303 valS   FALSE 0.105 127.000 0.006 NA   NA
 307 308 CT303 CT304   atpK TRUE 0.665 -79.000 0.030 NA   NA
 308 309 CT304 CT305 atpK atpI TRUE 0.854 63.000 0.848 0.003   NA
 309 310 CT305 CT306 atpI atpD TRUE 0.994 6.000 0.270 0.012 Y NA
 310 311 CT306 CT307 atpD atpB TRUE 0.990 -15.000 0.903 0.011 Y NA
 311 312 CT307 CT308 atpB atpA TRUE 0.995 3.000 0.806 0.011 Y NA
 312 313 CT308 CT309 atpA   TRUE 0.897 -6.000 0.633 NA   NA
 313 314 CT309 CT310   atpE FALSE 0.285 167.000 0.667 NA   NA
 316 317 CT312 CT313   tal TRUE 0.771 45.000 0.667 1.000   NA
 317 318 CT313 CT314 tal rpoC FALSE 0.290 112.000 0.006 1.000 N NA
 318 319 CT314 CT315 rpoC rpoB TRUE 0.992 25.000 0.851 0.003 Y NA
 319 320 CT315 CT316 rpoB rl7 FALSE 0.383 361.000 0.223 1.000 N NA
 320 321 CT316 CT317 rl7 rl10 TRUE 0.982 32.000 0.884 0.056 Y NA
 321 322 CT317 CT318 rl10 rl1 TRUE 0.988 22.000 0.302 0.074 Y NA
 322 323 CT318 CT319 rl1 rl11 TRUE 0.990 23.000 0.838 0.074 Y NA
 323 324 CT319 CT320 rl11 nusG TRUE 0.563 106.000 0.681 1.000 N NA
 324 325 CT320 CT321 nusG secE TRUE 0.975 4.000 0.843 1.000 N NA
 325 5451397 CT321 CTt11 secE tRNATrp FALSE 0.120 30.000 0.000 NA   NA
 5451397 326 CTt11 CT322 tRNATrp tufA FALSE 0.074 41.000 0.000 NA   NA
 326 5451398 CT322 CTt12 tufA tRNAThr_2 FALSE 0.059 46.000 0.000 NA   NA
 5451398 327 CTt12 CT323 tRNAThr_2 infA FALSE 0.010 231.000 0.000 NA   NA
 328 329 CT324 CT325     TRUE 0.861 -3.000 0.054 NA   NA
 330 331 CT326 CT326.1     FALSE 0.152 -13.000 0.000 NA   NA
 331 332 CT326.1 CT326.2     FALSE 0.010 190.000 0.000 NA   NA
 334 335 CT328 CT329 tpiS xseA TRUE 0.929 14.000 0.007 1.000 N NA
 335 336 CT329 CT330 xseA   FALSE 0.010 209.000 0.000 NA   NA
 336 337 CT330 CT331   dxs TRUE 0.806 -3.000 0.011 NA   NA
 337 338 CT331 CT332 dxs pykF FALSE 0.296 97.000 0.004 1.000 N NA
 338 339 CT332 CT333 pykF uvrA TRUE 0.843 23.000 0.002 1.000 N NA
 339 340 CT333 CT334 uvrA dnaX_2 FALSE 0.383 218.000 0.000 1.000 Y NA
 340 341 CT334 CT335 dnaX_2   TRUE 0.875 -7.000 0.411 NA   NA
 342 343 CT336 CT337 ptsI ptsH TRUE 0.991 0.000 0.026 0.005 Y NA
 343 344 CT337 CT338 ptsH   FALSE 0.154 137.000 0.013 NA   NA
 346 347 CT340 CT341 pdhA/B dnaJ TRUE 0.877 35.000 0.333 1.000 N NA
 347 348 CT341 CT342 dnaJ rs21 TRUE 0.864 29.000 0.412 1.000   NA
 348 349 CT342 CT343 rs21   FALSE 0.141 197.000 0.006 1.000   NA
 350 351 CT344 CT345 lon   FALSE 0.198 102.000 0.012 NA   NA
 351 352 CT345 CT346   elaC FALSE 0.011 350.000 0.000 NA   NA
 352 353 CT346 CT347 elaC xerC FALSE 0.319 62.000 0.004 1.000   NA
 353 354 CT347 CT348 xerC yjjK TRUE 0.534 54.000 0.010 1.000   NA
 354 355 CT348 CT349 yjjK maf TRUE 0.626 36.000 0.017 NA   NA
 355 356 CT349 CT350 maf   TRUE 0.818 -18.000 0.017 NA N NA
 356 357 CT350 CT351     TRUE 0.937 7.000 0.500 NA   NA
 360 361 CT353 CT354 def kgsA FALSE 0.386 275.000 0.000 1.000 Y NA
 361 362 CT354 CT355 kgsA   TRUE 0.829 16.000 0.005 1.000   NA
 362 363 CT355 CT356   yyaL FALSE 0.354 305.000 0.667 1.000   NA
 365 366 CT357 CT358     TRUE 0.900 26.000 1.000 NA   NA
 367 368 CT359 CT360     FALSE 0.010 252.000 0.000 NA   NA
 368 369 CT360 CT361   dapA FALSE 0.144 162.000 0.014 NA   NA
 369 370 CT361 CT362 dapA lysC TRUE 0.984 10.000 0.021 1.000 Y NA
 370 371 CT362 CT363 lysC asd TRUE 0.969 -7.000 0.022 1.000 Y NA
 371 372 CT363 CT364 asd dapB TRUE 0.986 10.000 0.005 0.066 Y NA
 372 373 CT364 CT365 dapB   FALSE 0.011 177.000 0.000 NA   NA
 374 375 CT366 CT367 aroA aroL TRUE 0.911 -58.000 0.006 1.000 Y NA
 375 376 CT367 CT368 aroL aroC TRUE 0.953 -7.000 0.006 1.000 Y NA
 376 377 CT368 CT369 aroC aroB TRUE 0.991 -3.000 0.110 0.005 Y NA
 377 378 CT369 CT370 aroB aroE TRUE 0.974 -19.000 0.007 0.005 Y NA
 378 379 CT370 CT371 aroE   TRUE 0.650 42.000 0.214 NA   NA
 379 380 CT371 CT372     FALSE 0.245 142.000 0.300 NA   NA
 380 381 CT372 CT373     TRUE 0.566 69.000 0.429 1.000   NA
 381 382 CT373 CT374   arcD TRUE 0.944 16.000 0.429 1.000   NA
 382 383 CT374 CT375 arcD   TRUE 0.564 172.000 0.011 1.000 Y NA
 384 385 CT376 CT377 mdhC ltuA FALSE 0.114 191.000 0.009 NA   NA
 385 386 CT377 CT378 ltuA pgi FALSE 0.254 115.000 0.133 NA   NA
 386 387 CT378 CT379 pgi hflX FALSE 0.143 113.000 0.002 1.000   NA
 387 388 CT379 CT380 hflX phnP TRUE 0.893 13.000 0.008 1.000   NA
 388 389 CT380 CT381 phnP artJ TRUE 0.656 29.000 0.005 1.000   NA
 389 390 CT381 CT382 artJ aroG TRUE 0.831 69.000 0.200 1.000 Y NA
 390 391 CT382 CT382.1 aroG   FALSE 0.012 137.000 0.000 NA   NA
 393 394 CT384 CT385   ycfF TRUE 0.700 15.000 0.000 1.000   NA
 394 395 CT385 CT386 ycfF   TRUE 0.807 -3.000 0.011 NA   NA
 398 399 CT389 CT390   aspC FALSE 0.183 108.000 0.012 NA   NA
 399 400 CT390 CT391 aspC   TRUE 0.897 8.000 0.037 NA   NA
 402 403 CT393 CT394 proS hrcA TRUE 0.478 69.000 0.007 1.000 N NA
 403 404 CT394 CT395 hrcA grpE TRUE 0.948 -3.000 0.286 1.000 N NA
 404 405 CT395 CT396 grpE dnaK TRUE 0.986 26.000 0.224 0.014 Y NA
 405 406 CT396 CT397 dnaK vacB FALSE 0.187 293.000 0.003 1.000 N NA
 406 407 CT397 CT398 vacB   FALSE 0.010 256.000 0.000 NA   NA
 407 1787199 CT398 CT398.1     FALSE 0.038 62.000 0.000 NA   NA
 408 409 CT399 CT400 yrbH sucB_2 TRUE 0.917 32.000 0.857 1.000 N NA
 409 410 CT400 CT401 sucB_2 gltT TRUE 0.705 246.000 0.714 1.000 Y NA
 410 411 CT401 CT402 gltT lpxK TRUE 0.921 -3.000 0.013 1.000 N NA
 411 412 CT402 CT403 lpxK yjfH TRUE 0.902 16.000 0.006 1.000 N NA
 412 413 CT403 CT404 yjfH   TRUE 0.820 -12.000 0.213 NA   NA
 413 414 CT404 CT405   ribC TRUE 0.735 -3.000 0.006 NA   NA
 415 416 CT406 CT407   dksA TRUE 0.907 14.000 0.009 NA N NA
 416 417 CT407 CT408 dksA lspA TRUE 0.955 6.000 0.038 1.000 N NA
 417 418 CT408 CT409 lspA   TRUE 0.606 102.000 0.038 0.062 N NA
 418 419 CT409 CT410   pcnB_1 FALSE 0.127 215.000 0.000 1.000 N NA
 419 420 CT410 CT411 pcnB_1 lpxB TRUE 0.599 61.000 0.010 1.000 N NA
 420 421 CT411 CT412 lpxB pmpA FALSE 0.085 107.000 0.000 1.000   NA
 421 422 CT412 CT413 pmpA pmpB FALSE 0.237 139.000 0.000 0.015   NA
 422 423 CT413 CT414 pmpB pmpC TRUE 0.600 177.000 1.000 0.015   NA
 424 425 CT415 CT416 yebL   TRUE 0.984 -3.000 0.509 1.000 Y NA
 425 426 CT416 CT417     TRUE 0.979 -9.000 0.616 1.000 Y NA
 427 428 CT418 CT419 yhbZ rl27 TRUE 0.464 90.000 0.335 1.000   NA
 428 429 CT419 CT420 rl27 rl21 TRUE 0.981 31.000 0.667 0.053 Y NA
 429 5451402 CT420 CTt16 rl21 tRNAPhe FALSE 0.010 317.000 0.000 NA   NA
 430 431 CT421 CT421.1     FALSE 0.155 185.000 0.024 NA   NA
 431 432 CT421.1 CT421.2     TRUE 0.927 17.000 0.667 NA   NA
 432 433 CT421.2 CT422     TRUE 0.780 13.000 0.006 NA   NA
 433 434 CT422 CT423     FALSE 0.241 133.000 0.222 NA   NA
 434 435 CT423 CT424   rsbV_1 FALSE 0.067 189.000 0.006 NA   NA
 435 436 CT424 CT425 rsbV_1   FALSE 0.224 178.000 0.286 NA   NA
 436 437 CT425 CT426     FALSE 0.123 197.000 0.011 NA   NA
 437 438 CT426 CT427     TRUE 0.772 -27.000 0.205 NA   NA
 438 439 CT427 CT428   ubiE TRUE 0.560 -64.000 0.008 NA   NA
 440 441 CT429 CT430   dapF FALSE 0.317 61.000 0.008 NA   NA
 441 442 CT430 CT431 dapF clpP_1 TRUE 0.762 -31.000 0.006 1.000 N NA
 442 443 CT431 CT432 clpP_1 glyA TRUE 0.956 12.000 0.051 1.000 N NA
 444 445 CT433 CT434   ygbB FALSE 0.275 103.000 0.003 1.000 N NA
 446 447 CT435 CT436 cysJ rs10 TRUE 0.900 17.000 0.006 1.000 N NA
 447 448 CT436 CT437 rs10 fusA TRUE 0.979 8.000 0.007 1.000 Y NA
 448 449 CT437 CT438 fusA rs7 TRUE 0.891 42.000 0.008 1.000 Y NA
 449 450 CT438 CT439m rs7 rpsL TRUE 0.947 50.000 0.029 0.010 Y NA
 451 452 CT440 CT441   tsp FALSE 0.235 158.000 0.025 1.000   NA
 453 454 CT442 CT443 crpA omcB FALSE 0.278 179.000 0.200 1.000   NA
 454 455 CT443 CT444 omcB omcA TRUE 0.608 147.000 0.600 0.003   NA
 457 458 CT445 CT446 gltX euo FALSE 0.058 272.000 0.000 1.000   NA
 458 459 CT446 CT447 euo recJ FALSE 0.060 405.000 0.000 1.000   NA
 459 460 CT447 CT448 recJ secD/secF FALSE 0.211 118.000 0.007 1.000   NA
 460 461 CT448 CT449 secD/secF   FALSE 0.011 420.000 0.000 NA   NA
 462 463 CT450 CT451 yaeS cdsA TRUE 0.989 6.000 0.400 1.000 Y NA
 463 464 CT451 CT452 cdsA cmk TRUE 0.909 -3.000 0.008 1.000 N NA
 464 465 CT452 CT453 cmk plsC TRUE 0.909 -3.000 0.008 1.000 N NA
 465 466 CT453 CT454 plsC argS TRUE 0.912 15.000 0.006 1.000 N NA
 469 470 CT457 CT458 yebC YhhY FALSE 0.104 185.000 0.002 1.000   NA
 470 471 CT458 CT459 YhhY prfB TRUE 0.967 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 472 473 CT460 CT461   yaeI TRUE 0.648 58.000 0.316 1.000   NA
 473 474 CT461 CT462 yaeI ygbP TRUE 0.809 -10.000 0.010 1.000   NA
 474 475 CT462 CT463 ygbP truA TRUE 0.934 9.000 0.007 1.000 N NA
 477 5451403 CT465 CTt17   tRNALeu_1 FALSE 0.013 130.000 0.000 NA   NA
 5451403 478 CTt17 CT466 tRNALeu_1   FALSE 0.023 82.000 0.000 NA   NA
 478 479 CT466 CT467   atoS TRUE 0.754 -22.000 0.057 NA   NA
 479 480 CT467 CT468 atoS atoC TRUE 0.949 43.000 0.019 0.021 Y NA
 480 5451404 CT468 CTt18 atoC tRNAArg_3 FALSE 0.030 67.000 0.000 NA   NA
 5451404 481 CTt18 CT469 tRNAArg_3   FALSE 0.021 87.000 0.000 NA   NA
 481 482 CT469 CT470     TRUE 0.558 -30.000 0.007 NA   NA
 483 5451405 CT471 CTt19   tRNALeu_2 FALSE 0.013 131.000 0.000 NA   NA
 484 485 CT472 CT473     TRUE 0.827 6.000 0.007 NA   NA
 487 488 CT475 CT476 pheT   TRUE 0.725 -3.000 0.006 NA   NA
 488 489 CT476 CT477   ada TRUE 0.860 19.000 0.038 NA   NA
 490 491 CT478 CT479 oppC_2 oppB_2 TRUE 0.975 2.000 0.400 0.022   NA
 491 492 CT479 CT480 oppB_2 oppA_4 TRUE 0.936 -18.000 0.318 0.022   NA
 492 493 CT480 CT480.1 oppA_4   FALSE 0.010 251.000 0.000 NA   NA
 493 494 CT480.1 CT481     FALSE 0.010 193.000 0.000 NA   NA
 494 495 CT481 CT482     FALSE 0.295 162.000 0.714 NA   NA
 497 498 CT484 CT485   hemZ FALSE 0.062 157.000 0.000 1.000   NA
 498 499 CT485 CT486 hemZ fliY TRUE 0.911 22.000 0.011 1.000 N NA
 499 500 CT486 CT487 fliY yhhF TRUE 0.600 46.000 0.005 1.000 N NA
 500 501 CT487 CT488 yhhF   TRUE 0.850 -3.000 0.008 1.000   NA
 501 502 CT488 CT489   glgC FALSE 0.403 89.000 0.070 1.000   NA
 504 505 CT491 CT492 rho yacE TRUE 0.921 -3.000 0.013 1.000 N NA
 505 506 CT492 CT493 yacE polA TRUE 0.926 -6.000 0.068 1.000 N NA
 506 507 CT493 CT494 polA sohB TRUE 0.902 17.000 0.006 1.000 N NA
 507 508 CT494 CT495 sohB   FALSE 0.308 139.000 0.011 1.000 N NA
 508 509 CT495 CT496   pgsA_1 FALSE 0.263 212.000 0.000 0.054 N NA
 509 5451406 CT496 CTt20 pgsA_1 tRNASer_2 FALSE 0.010 187.000 0.000 NA   NA
 5451406 510 CTt20 CT496.1 tRNASer_2   FALSE 0.014 126.000 0.000 NA   NA
 511 512 CT497 CT498 dnaB gidA FALSE 0.129 294.000 0.000 1.000 N NA
 512 513 CT498 CT499 gidA lplA_2 TRUE 0.863 -10.000 0.008 1.000 N NA
 514 515 CT500 CT501 ndk ruvA FALSE 0.230 160.000 0.006 1.000 N NA
 515 516 CT501 CT502 ruvA ruvC TRUE 0.992 20.000 0.451 0.015 Y NA
 516 517 CT502 CT503 ruvC   FALSE 0.116 108.000 0.006 NA   NA
 517 5451407 CT503 CTt21   tRNALeu_3 FALSE 0.021 85.000 0.000 NA   NA
 5451407 518 CTt21 CT504 tRNALeu_3   FALSE 0.014 120.000 0.000 NA   NA
 518 519 CT504 CT505   gapA TRUE 0.910 11.000 0.128 NA   NA
 519 520 CT505 CT506 gapA rl17 TRUE 0.630 44.000 0.006 1.000 N NA
 520 521 CT506 CT507 rl17 rpoA TRUE 0.976 9.000 0.873 1.000 N NA
 521 522 CT507 CT508 rpoA rs11 TRUE 0.947 21.000 0.308 1.000 N NA
 522 523 CT508 CT509 rs11 rs13 TRUE 0.992 22.000 0.810 0.051 Y NA
 523 524 CT509 CT510 rs13 secY TRUE 0.658 56.000 0.011 1.000 N NA
 524 525 CT510 CT511 secY rl15 TRUE 0.954 23.000 0.730 1.000 N NA
 525 526 CT511 CT512 rl15 rs5 TRUE 0.984 -7.000 0.148 0.068 Y NA
 526 527 CT512 CT513 rs5 rl18 TRUE 0.994 15.000 0.814 0.068 Y NA
 527 528 CT513 CT514 rl18 rl6 TRUE 0.992 22.000 0.815 0.051 Y NA
 528 529 CT514 CT515 rl6 rs8 TRUE 0.985 28.000 0.808 0.051 Y NA
 529 530 CT515 CT516 rs8 rl5 TRUE 0.989 18.000 0.059 0.051 Y NA
 530 531 CT516 CT517 rl5 rl24 TRUE 0.994 2.000 0.758 0.051 Y NA
 531 532 CT517 CT518 rl24 rl14 TRUE 0.994 13.000 0.810 0.068 Y NA
 532 533 CT518 CT519 rl14 rs17 TRUE 0.993 17.000 0.791 0.068 Y NA
 533 534 CT519 CT520 rs17 rl29 TRUE 0.990 -7.000 0.828 0.051 Y NA
 534 535 CT520 CT521 rl29 rl16 TRUE 0.994 2.000 0.802 0.051 Y NA
 535 536 CT521 CT522 rl16 rs3 TRUE 0.979 33.000 0.828 0.068 Y NA
 536 537 CT522 CT523 rs3 rl22 TRUE 0.994 10.000 0.719 0.068 Y NA
 537 538 CT523 CT524 rl22 rs19 TRUE 0.992 19.000 0.769 0.068 Y NA
 538 539 CT524 CT525 rs19 rl2 TRUE 0.995 6.000 0.820 0.068 Y NA
 539 540 CT525 CT526 rl2 rl23 TRUE 0.991 24.000 0.849 0.045 Y NA
 540 541 CT526 CT527 rl23 rl4 TRUE 0.988 16.000 0.013 0.051 Y NA
 541 542 CT527 CT528 rl4 rl3 TRUE 0.991 9.000 0.020 0.051 Y NA
 542 543 CT528 CT529 rl3   FALSE 0.011 435.000 0.000 NA   NA
 543 544 CT529 CT530   fmt FALSE 0.074 166.000 0.006 NA   NA
 544 545 CT530 CT531 fmt lpxA TRUE 0.854 -10.000 0.007 1.000 N NA
 545 546 CT531 CT532 lpxA fabZ TRUE 0.955 12.000 0.048 1.000 N NA
 546 547 CT532 CT533 fabZ lpxC TRUE 0.919 -3.000 0.012 1.000 N NA
 547 548 CT533 CT534 lpxC cutE TRUE 0.683 101.000 0.012 1.000 Y NA
 548 549 CT534 CT535 cutE yciA TRUE 0.561 64.000 0.072 NA N NA
 549 550 CT535 CT536 yciA dnaQ_2 FALSE 0.310 136.000 0.072 NA N NA
 550 551 CT536 CT537 dnaQ_2 yjeE TRUE 0.813 4.000 0.007 NA   NA
 551 552 CT537 CT538 yjeE   TRUE 0.664 -21.000 0.010 NA   NA
 5451408 553 CTt22 CT539 tRNALeu_5 trxA FALSE 0.011 174.000 0.000 NA   NA
 554 555 CT540 CT541 yibK mip TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000 N NA
 555 556 CT541 CT542 mip aspS FALSE 0.236 138.000 0.006 1.000 N NA
 556 557 CT542 CT543 aspS hisS TRUE 0.969 -19.000 0.009 0.062 Y NA
 558 559 CT544 CT545 uhpC dnaE TRUE 0.927 14.000 0.007 1.000 N NA
 561 562 CT547 CT548     TRUE 0.895 25.000 0.750 NA   NA
 562 563 CT548 CT549   rsbW TRUE 0.887 -13.000 0.875 NA   NA
 565 566 CT551 CT552 dacC   FALSE 0.254 415.000 0.455 NA   NA
 566 567 CT552 CT553   fmu FALSE 0.188 125.000 0.020 NA   NA
 567 568 CT553 CT554 fmu brnQ FALSE 0.277 150.000 0.008 1.000 N NA
 568 569 CT554 CT555 brnQ   TRUE 0.437 175.000 0.545 1.000 N NA
 569 570 CT555 CT556     FALSE 0.268 178.000 0.600 NA   NA
 570 571 CT556 CT557   lpdA FALSE 0.010 209.000 0.000 NA   NA
 571 572 CT557 CT558 lpdA lipA TRUE 0.912 -3.000 0.009 1.000 N NA
 572 573 CT558 CT559 lipA yscJ FALSE 0.276 104.000 0.004 1.000 N NA
 573 574 CT559 CT560 yscJ   TRUE 0.943 1.000 0.875 NA   NA
 574 575 CT560 CT561   yscL FALSE 0.259 276.000 0.556 NA   NA
 575 576 CT561 CT562 yscL yscR TRUE 0.990 13.000 0.700 1.000 Y NA
 576 577 CT562 CT563 yscR yscS TRUE 0.995 12.000 0.700 0.013 Y NA
 577 578 CT563 CT564 yscS yyscT TRUE 0.992 7.000 0.875 1.000 Y NA
 579 580 CT565 CT566     TRUE 0.478 91.000 1.000 NA   NA
 580 581 CT566 CT567     TRUE 0.943 6.000 0.667 NA   NA
 581 582 CT567 CT568     TRUE 0.863 -15.000 0.667 NA   NA
 582 583 CT568 CT569     TRUE 0.858 -16.000 0.667 NA   NA
 583 584 CT569 CT570   gspF TRUE 0.804 62.000 0.030 NA Y NA
 584 585 CT570 CT571 gspF gspE TRUE 0.984 12.000 0.035 1.000 Y NA
 585 586 CT571 CT572 gspE gspD TRUE 0.971 -16.000 0.467 1.000 Y NA
 586 587 CT572 CT573 gspD   TRUE 0.923 1.000 0.467 NA   NA
 587 588 CT573 CT574   pepP FALSE 0.166 128.000 0.014 NA   NA
 588 589 CT574 CT575 pepP mutL TRUE 0.934 11.000 0.007 1.000 N NA
 590 591 CT576 CT577 lcrH_1   TRUE 0.909 17.000 0.333 NA   NA
 591 592 CT577 CT578     TRUE 0.809 37.000 0.857 NA   NA
 592 593 CT578 CT579     TRUE 0.944 31.000 0.750 0.010   NA
 595 596 CT581 CT582 thrS minD FALSE 0.337 451.000 0.035 1.000 N NA
 596 597 CT582 CT583 minD gp6D TRUE 0.951 5.000 0.875 NA   NA
 597 598 CT583 CT584 gp6D   TRUE 0.829 -34.000 0.750 NA   NA
 598 599 CT584 CT585   trpS FALSE 0.168 199.000 0.039 NA   NA
 599 600 CT585 CT586 trpS uvrB TRUE 0.922 25.000 0.006 0.061 N NA
 600 601 CT586 CT587 uvrB eno FALSE 0.225 162.000 0.006 1.000 N NA
 601 602 CT587 CT588 eno rbsU FALSE 0.261 127.000 0.006 1.000 N NA
 602 603 CT588 CT589 rbsU   TRUE 0.434 125.000 0.750 1.000   NA
 604 605 CT590 CT591   sdhB FALSE 0.232 97.000 0.019 NA   NA
 605 606 CT591 CT592 sdhB sdhA TRUE 0.802 237.000 0.231 0.005 Y NA
 606 607 CT592 CT593 sdhA sdhC TRUE 0.991 -3.000 0.179 0.005 Y NA
 607 608 CT593 CT593.1 sdhC   TRUE 0.856 26.000 0.000 0.005   NA
 608 609 CT593.1 CT594   ycfH FALSE 0.010 222.000 0.000 NA   NA
 609 610 CT594 CT595 ycfH dsbD FALSE 0.323 85.000 0.008 NA N NA
 611 612 CT596 CT597 exbB exbD TRUE 0.992 -3.000 0.583 0.034 Y NA
 612 613 CT597 CT598 exbD   TRUE 0.931 3.000 0.500 NA   NA
 613 614 CT598 CT599   tolB TRUE 0.934 0.000 0.750 NA   NA
 614 615 CT599 CT600 tolB pal TRUE 0.961 -3.000 0.750 1.000 N NA
 615 616 CT600 CT601 pal papQ TRUE 0.536 -10.000 0.000 1.000   NA
 616 617 CT601 CT602 papQ   FALSE 0.027 71.000 0.000 NA   NA
 618 5451409 CT603 CTt23 ahpC tRNAArg_1 FALSE 0.180 25.000 0.000 NA   NA
 5451409 619 CTt23 CT604 tRNAArg_1 groEL_2 FALSE 0.015 112.000 0.000 NA   NA
 619 620 CT604 CT605 groEL_2 ybbC FALSE 0.368 77.000 0.128 NA   NA
 622 623 CT606.1 CT607   ung TRUE 0.800 -15.000 0.140 NA   NA
 624 625 CT608 CT609 uvrD rpoN TRUE 0.946 4.000 0.015 1.000 N NA
 626 627 CT610 CT611     TRUE 0.861 -3.000 0.055 NA   NA
 627 628 CT611 CT612   folA TRUE 0.684 -28.000 0.017 NA   NA
 628 629 CT612 CT613 folA folP TRUE 0.975 -3.000 0.015 1.000 Y NA
 629 630 CT613 CT614 folP folX TRUE 0.977 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 630 631 CT614 CT615 folX rpoD TRUE 0.935 19.000 0.030 1.000 N NA
 631 632 CT615 CT616 rpoD   TRUE 0.631 149.000 0.857 0.005   NA
 633 634 CT617 CT618 rs20   FALSE 0.058 233.000 0.004 NA   NA
 637 638 CT621 CT622     FALSE 0.010 228.000 0.000 NA   NA
 638 639 CT622 CT623     FALSE 0.391 108.000 0.833 NA   NA
 639 640 CT623 CT624   mviN FALSE 0.105 243.000 0.008 NA   NA
 644 645 CT628 CT629 ispA glmU TRUE 0.615 56.000 0.054 1.000   NA
 645 646 CT629 CT630 glmU cpxR TRUE 0.680 53.000 0.250 1.000   NA
 647 5451410 CT631 CTt24   tRNAPro_2 FALSE 0.018 100.000 0.000 NA   NA
 650 651 CT634 CT635     TRUE 0.858 22.000 0.086 NA   NA
 653 654 CT637 CT638 tyrB   TRUE 0.770 -25.000 0.005 1.000 N NA
 654 655 CT638 CT638.1     TRUE 0.835 33.000 0.005 0.007   NA
 656 657 CT639 CT640 recB recC TRUE 0.995 2.000 0.542 0.005 Y NA
 661 662 CT644 CT645 yohI   TRUE 0.667 -21.000 0.005 1.000   NA
 663 664 CT646 CT647     TRUE 0.944 0.000 1.000 NA   NA
 664 665 CT647 CT648     TRUE 0.867 -9.000 0.429 NA   NA
 665 666 CT648 CT649   ygfA TRUE 0.769 3.000 0.006 NA   NA
 666 667 CT649 CT650 ygfA recA FALSE 0.128 261.000 0.000 1.000 N NA
 667 668 CT650 CT651 recA   FALSE 0.058 286.000 0.000 1.000   NA
 668 669 CT651 CT652   recD_2 TRUE 0.890 -3.000 0.023 1.000   NA
 669 670 CT652 CT652.1 recD_2   FALSE 0.260 66.000 0.008 NA   NA
 671 672 CT653 CT654 yhbG   TRUE 0.851 9.000 0.009 NA   NA
 672 673 CT654 CT655   kdsA TRUE 0.802 -3.000 0.011 NA   NA
 5451412 674 CTt26 CT656 tRNAArg_2   FALSE 0.016 107.000 0.000 NA   NA
 674 675 CT656 CT657     TRUE 0.944 0.000 1.000 NA   NA
 675 676 CT657 CT658   sfhB FALSE 0.094 84.000 0.002 NA   NA
 676 677 CT658 CT659 sfhB   FALSE 0.384 99.000 0.004 0.043   NA
 678 679 CT660 CT661 gyrA_2 gyrB_2 TRUE 0.993 15.000 0.110 0.005 Y NA
 680 681 CT662 CT663 hemA   FALSE 0.061 712.000 0.000 1.000   NA
 681 682 CT663 CT664     TRUE 0.911 4.000 0.146 NA   NA
 682 683 CT664 CT665     TRUE 0.612 44.000 0.171 NA   NA
 683 684 CT665 CT666     TRUE 0.879 27.000 0.857 NA   NA
 684 685 CT666 CT667     FALSE 0.241 19.000 0.000 NA   NA
 685 686 CT667 CT668     FALSE 0.229 20.000 0.000 NA   NA
 686 687 CT668 CT669   yscN TRUE 0.944 2.000 0.857 NA   NA
 687 688 CT669 CT670 yscN   TRUE 0.918 23.000 0.875 NA   NA
 688 689 CT670 CT671     TRUE 0.945 4.000 0.750 NA   NA
 689 690 CT671 CT672   fliN TRUE 0.939 10.000 0.600 NA   NA
 690 691 CT672 CT673 fliN pkn5 TRUE 0.481 135.000 0.583 1.000 N NA
 691 692 CT673 CT674 pkn5 yscC TRUE 0.944 -3.000 0.208 1.000 N NA
 692 5451413 CT674 CTt27 yscC tRNAThr_3 FALSE 0.012 134.000 0.000 NA   NA
 693 694 CT675 CT676 karG   TRUE 0.920 -10.000 0.848 1.000   NA
 694 5451414 CT676 CTt28   tRNALys FALSE 0.016 105.000 0.000 NA   NA
 5451414 5451415 CTt28 CTt29 tRNALys tRNAGlu FALSE 0.259 17.000 0.000 NA   NA
 5451415 695 CTt29 CT677 tRNAGlu 5S_rRNA FALSE 0.017 103.000 0.000 NA   NA
 695 696 CT677 CT678 5S_rRNA pyrH TRUE 0.958 -3.000 0.626 1.000 N NA
 696 697 CT678 CT679 pyrH tsf TRUE 0.967 13.000 0.416 1.000 N NA
 697 698 CT679 CT680 tsf rs2 TRUE 0.986 -3.000 0.748 1.000 Y NA
 698 5451416 CT680 CTt30 rs2 tRNAGly_2 FALSE 0.023 82.000 0.000 NA   NA
 5451416 699 CTt30 CT681 tRNAGly_2 ompA FALSE 0.010 217.000 0.000 NA   NA
 700 701 CT682 CT683 pbpB   TRUE 0.606 64.000 0.400 1.000   NA
 701 702 CT683 CT684     FALSE 0.059 343.000 0.000 1.000   NA
 702 703 CT684 CT685     TRUE 0.988 3.000 0.466 1.000 Y NA
 703 704 CT685 CT686     TRUE 0.989 4.000 0.482 1.000 Y NA
 704 705 CT686 CT687   yfhO_1 TRUE 0.928 -7.000 0.193 1.000 N NA
 705 706 CT687 CT688 yfhO_1 parB FALSE 0.211 136.000 0.002 1.000 N NA
 707 708 CT689 CT690 dppF dppD TRUE 0.958 -7.000 0.250 0.005   NA
 709 710 CT691 CT692     TRUE 0.949 3.000 0.937 NA   NA
 710 711 CT692 CT693   pgk FALSE 0.148 128.000 0.005 1.000   NA
 711 712 CT693 CT694 pgk   FALSE 0.010 260.000 0.000 NA   NA
 712 713 CT694 CT695     TRUE 0.620 51.000 0.333 NA   NA
 713 714 CT695 CT696     TRUE 0.498 86.000 1.000 NA   NA
 715 716 CT697 CT698 nth thdF TRUE 0.895 7.000 0.007 1.000   NA
 717 718 CT699 CT700 psdD   TRUE 0.507 65.000 0.052 1.000   NA
 718 719 CT700 CT701   secA_2 FALSE 0.204 259.000 0.015 1.000   NA
 720 721 CT702 CT703   yphC FALSE 0.137 77.000 0.005 NA   NA
 721 722 CT703 CT704 yphC pcnB_2 FALSE 0.183 116.000 0.006 1.000   NA
 722 723 CT704 CT705 pcnB_2 clpX TRUE 0.913 15.000 0.006 1.000 N NA
 723 724 CT705 CT706 clpX clpP_2 TRUE 0.995 10.000 0.352 0.006 Y NA
 724 725 CT706 CT707 clpP_2 tig TRUE 0.678 167.000 0.351 1.000 Y NA
 725 5451417 CT707 CTt31 tig tRNAGly_1 FALSE 0.100 35.000 0.000 NA   NA
 726 727 CT708 CT709   mreB TRUE 0.941 5.000 0.009 1.000 N NA
 727 728 CT709 CT710 mreB pckA TRUE 0.918 -3.000 0.011 1.000 N NA
 728 729 CT710 CT711 pckA   FALSE 0.210 112.000 0.026 NA   NA
 729 730 CT711 CT712     TRUE 0.887 27.000 1.000 NA   NA
 731 732 CT713 CT714 porB gpdA FALSE 0.355 133.000 0.375 1.000   NA
 732 733 CT714 CT715 gpdA   TRUE 0.935 -3.000 0.044 1.000 N NA
 733 734 CT715 CT716     TRUE 0.897 12.000 0.044 NA   NA
 734 735 CT716 CT717   fliI TRUE 0.881 -7.000 0.500 NA   NA
 735 736 CT717 CT718 fliI   TRUE 0.494 74.000 0.667 NA   NA
 736 737 CT718 CT719   fliF TRUE 0.935 5.000 0.500 NA   NA
 737 738 CT719 CT720 fliF   FALSE 0.284 273.000 0.136 NA N NA
 738 739 CT720 CT721   yfhO_2 TRUE 0.942 -3.000 0.138 1.000 N NA
 739 740 CT721 CT722 yfhO_2 pgm TRUE 0.833 -45.000 0.021 1.000 N NA
 741 742 CT723 CT724 yjbC   FALSE 0.238 119.000 0.080 NA   NA
 742 743 CT724 CT725   birA TRUE 0.783 27.000 0.061 NA   NA
 744 745 CT726 CT727 rodA zntA TRUE 0.669 92.000 0.078 0.049 N NA
 745 746 CT727 CT728 zntA   TRUE 0.808 24.000 0.026 NA   NA
 746 747 CT728 CT729   serS TRUE 0.675 37.000 0.057 NA   NA
 748 749 CT730 CT731 ribD ribA/ribB TRUE 0.794 110.000 0.007 0.004 Y NA
 749 750 CT731 CT732 ribA/ribB ribE TRUE 0.967 -31.000 0.006 0.004 Y NA
 752 753 CT734 CT735   dagA_2 FALSE 0.313 105.000 0.316 NA   NA
 753 754 CT735 CT736 dagA_2 ybcL TRUE 0.556 58.000 0.316 NA   NA
 755 756 CT737 CT738   yycJ TRUE 0.882 -3.000 0.016 1.000   NA
 756 757 CT738 CT739 yycJ ftsK TRUE 0.916 4.000 0.016 1.000   NA
 757 5451418 CT739 CTt32 ftsK tRNAHis FALSE 0.010 180.000 0.000 NA   NA
 408082 1787203 CTr01 CTr02 16SrRNA_1 23SrRNA_1 FALSE 0.010 316.000 0.000 NA   NA
 1787203 1787204 CTr02 CTr03 23SrRNA_1 5SrRNA_1 FALSE 0.014 120.000 0.000 NA   NA
 758 759 CT740 CT741 dmpP   FALSE 0.191 143.000 0.007 NA N NA
 759 760 CT741 CT742   ygcA FALSE 0.246 105.000 0.007 NA N NA
 760 761 CT742 CT743 ygcA hctA FALSE 0.243 188.000 0.048 1.000   NA
 763 764 CT745 CT746 hemG hemN_2 TRUE 0.991 -3.000 0.057 0.004 Y NA
 764 765 CT746 CT747 hemN_2 hemE TRUE 0.976 -27.000 0.012 0.004 Y NA
 765 766 CT747 CT748 hemE mfd TRUE 0.924 13.000 0.006 1.000 N NA
 766 767 CT748 CT749 mfd alaS TRUE 0.798 -24.000 0.006 1.000 N NA
 408083 1787205 CTr04 CTr05 16SrRNA_2 23SrRNA_2 FALSE 0.010 316.000 0.000 NA   NA
 1787205 1787206 CTr05 CTr06 23SrRNA_2 5SrRNA_2 FALSE 0.014 125.000 0.000 NA   NA
 1787206 768 CTr06 CT750 5SrRNA_2 tktB FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 771 772 CT753 CT754   icc TRUE 0.555 47.000 0.054 NA   NA
 772 773 CT754 CT755 icc groEL_3 FALSE 0.394 81.000 0.027 1.000   NA
 773 5451419 CT755 CTt33 groEL_3 tRNACys FALSE 0.024 78.000 0.000 NA   NA
 774 775 CT756 CT757 murF mraY TRUE 0.772 146.000 0.018 0.008 Y NA
 775 776 CT757 CT758 mraY murD TRUE 0.995 12.000 0.647 0.008 Y NA
 776 777 CT758 CT759 murD nlpD TRUE 0.967 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 777 778 CT759 CT760 nlpD ftsW TRUE 0.952 16.000 0.088 1.000 N NA
 778 779 CT760 CT761 ftsW murG TRUE 0.832 -91.000 0.037 1.000 N NA
 779 780 CT761 CT762 murG murC/ddlA TRUE 0.988 5.000 0.270 1.000 Y NA
 781 782 CT763 CT764     FALSE 0.063 158.000 0.005 NA   NA
 783 784 CT765 CT766 rsbV_2 miaA TRUE 0.954 4.000 0.040 1.000 N NA
 786 787 CT768 CT769   ybeB FALSE 0.011 454.000 0.000 NA   NA
 787 788 CT769 CT770 ybeB fabF TRUE 0.830 11.000 0.008 NA   NA
 788 789 CT770 CT771 fabF   TRUE 0.950 -3.000 0.333 1.000 N NA
 793 794 CT775 CT776   aas TRUE 0.992 8.000 0.032 0.040 Y NA
 794 795 CT776 CT777 aas bioF TRUE 0.762 43.000 0.032 1.000 N NA
 796 797 CT778 CT779 priA   TRUE 0.537 -45.000 0.007 NA   NA
 798 799 CT780 CT781   lysS FALSE 0.057 232.000 0.000 1.000   NA
 802 803 CT784 CT785 rnpA rl34 TRUE 0.960 13.000 0.787 1.000   NA
 804 805 CT786 CT787 rl36 rs14 TRUE 0.930 24.000 0.013 0.046   NA
 806 807 CT788 CT789     FALSE 0.014 122.000 0.000 NA   NA
 809 810 CT791 CT792 uvrC mutS TRUE 0.973 25.000 0.006 0.056 Y NA
 811 812 CT793 CT794   dnaG FALSE 0.284 2.000 0.000 NA   NA
 812 813 CT794 CT794.1 dnaG   TRUE 0.434 85.000 0.625 NA   NA
 813 814 CT794.1 CT795     FALSE 0.279 127.000 0.333 NA   NA
 5451420 818 CTt34 CT799 tRNAGln ctc FALSE 0.010 277.000 0.000 NA   NA
 818 819 CT799 CT800 ctc pth TRUE 0.993 8.000 0.496 0.070 Y NA
 819 820 CT800 CT801 pth rs6 TRUE 0.735 138.000 0.029 0.070 Y NA
 820 821 CT801 CT802 rs6 rs18 TRUE 0.992 17.000 0.319 0.046 Y NA
 821 822 CT802 CT803 rs18 rl9 TRUE 0.991 21.000 0.499 0.046 Y NA
 822 823 CT803 CT804 rl9 ychB TRUE 0.524 64.000 0.007 1.000 N NA
 824 825 CT805 CT806   ptr FALSE 0.216 179.000 0.250 NA   NA
 825 826 CT806 CT807 ptr plsB FALSE 0.221 57.000 0.000 1.000   NA
 826 827 CT807 CT808 plsB cafE TRUE 0.917 13.000 0.019 1.000   NA
 828 829 CT809 CT810   rl32 FALSE 0.062 260.000 0.005 NA   NA
 829 830 CT810 CT811 rl32 plsX TRUE 0.946 23.000 0.418 1.000 N NA
 830 831 CT811 CT812 plsX pmpD FALSE 0.119 221.000 0.005 1.000   NA
 831 832 CT812 CT813 pmpD   FALSE 0.010 243.000 0.000 NA   NA
 833 834 CT814 CT814.1     TRUE 0.833 -81.000 1.000 NA   NA
 835 836 CT815 CT816 mrsA_2 glmS TRUE 0.952 11.000 0.030 1.000 N NA
 836 837 CT816 CT817 glmS tyrP_1 FALSE 0.275 103.000 0.003 1.000 N NA
 837 838 CT817 CT818 tyrP_1 tyrP_2 TRUE 0.869 182.000 1.000 0.004 Y NA
 838 839 CT818 CT819 tyrP_2 yccA TRUE 0.660 42.000 0.250 NA   NA
 841 842 CT821 CT822 sucC sucD TRUE 0.995 15.000 0.467 0.002 Y NA
 842 843 CT822 CT823 sucD htrA FALSE 0.382 139.000 0.069 1.000 N NA
 843 844 CT823 CT824 htrA   FALSE 0.196 200.000 0.000 0.028   NA
 845 846 CT825 CT826   pssA TRUE 0.857 4.000 0.011 NA   NA
 847 848 CT827 CT828 nrdA nrdB TRUE 0.979 38.000 0.564 0.002 Y NA
 848 849 CT828 CT829 nrdB trmB FALSE 0.167 260.000 0.008 1.000   NA
 851 852 CT831 CT832 murB nusB FALSE 0.300 133.000 0.008 1.000 N NA
 853 854 CT833 CT834 infC rl35 TRUE 0.990 11.000 0.652 1.000 Y NA
 854 855 CT834 CT835 rl35 rl20 TRUE 0.994 19.000 0.928 0.046 Y NA
 855 856 CT835 CT836 rl20 pheS TRUE 0.987 7.000 0.202 1.000 Y NA
 856 5451422 CT836 CTt36 pheS tRNASer_4 FALSE 0.275 1.000 0.000 NA   NA
 5451422 857 CTt36 CT837 tRNASer_4   FALSE 0.010 226.000 0.000 NA   NA
 858 859 CT838 CT839     TRUE 0.977 3.000 0.631 0.048   NA
 860 861 CT840 CT841 mesJ ftsH FALSE 0.377 161.000 0.145 1.000 N NA
 862 863 CT842 CT843 pnp rs15 TRUE 0.965 29.000 0.335 1.000 Y NA
 864 865 CT844 CT845 yfhC   TRUE 0.666 -28.000 0.013 NA   NA
 866 867 CT846 CT847     FALSE 0.366 135.000 1.000 NA   NA
 867 868 CT847 CT848     TRUE 0.945 16.000 1.000 NA   NA
 868 869 CT848 CT849     TRUE 0.877 28.000 1.000 NA   NA
 870 871 CT849.1 CT850     TRUE 0.915 19.000 0.571 NA   NA
 872 873 CT851 CT852 map yhgN TRUE 0.688 58.000 0.429 NA N NA
 873 874 CT852 CT853 yhgN   TRUE 0.973 18.000 0.042 NA Y NA
 874 875 CT853 CT854     FALSE 0.232 195.000 0.020 NA N NA
 878 879 CT857 CT858     FALSE 0.394 114.000 0.400 1.000   NA
 879 880 CT858 CT859   lytB TRUE 0.456 95.000 0.400 1.000   NA
 881 882 CT860 CT861     TRUE 0.953 12.000 1.000 NA   NA
 882 883 CT861 CT862   lcrH_2 TRUE 0.876 27.000 0.833 NA   NA
 883 884 CT862 CT863 lcrH_2   TRUE 0.821 -78.000 0.833 NA   NA
 886 887 CT865 CT866   glgB TRUE 0.934 15.000 0.636 NA   NA
 888 889 CT867 CT868     FALSE 0.262 211.000 0.000 0.002   NA
 889 890 CT868 CT869   pmpE FALSE 0.358 177.000 0.667 1.000   NA
 890 891 CT869 CT870 pmpE pmpF TRUE 0.980 3.000 0.667 0.013   NA
 892 893 CT871 CT872 pmpG pmpH TRUE 0.950 31.000 1.000 0.013   NA
 893 894 CT872 CT873 pmpH   FALSE 0.011 582.000 0.000 NA   NA