MicrobesOnline Operon Predictions for Agrobacterium radiobacter K84

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5481821 5481822 Arad_7000 Arad_7001 repAa1 repBf2 TRUE 0.982 -15.000 0.429 1.000 N NA
 5481822 5481823 Arad_7001 Arad_7003 repBf2 repCa1 FALSE 0.007 280.000 0.000 NA   NA
 5481823 5481824 Arad_7003 Arad_7004 repCa1   TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5481824 5481825 Arad_7004 Arad_7005     FALSE 0.004 357.000 0.000 NA   NA
 5481825 5481826 Arad_7005 Arad_7006   nrtB TRUE 0.994 18.000 0.818 NA Y NA
 5481826 5481827 Arad_7006 Arad_7007 nrtB   TRUE 0.997 5.000 0.710 NA Y NA
 5481831 5481832 Arad_7011 Arad_7012     FALSE 0.138 102.000 0.000 NA   NA
 5481832 5481833 Arad_7012 Arad_7013     FALSE 0.014 223.000 0.000 NA   NA
 5481833 5481834 Arad_7013 Arad_7014   glf TRUE 0.767 7.000 0.014 1.000 N NA
 5481835 5481836 Arad_7015 Arad_7016     TRUE 0.683 10.000 0.000 NA   NA
 5481836 5481837 Arad_7016 Arad_7017     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5481837 5481838 Arad_7017 Arad_7019     FALSE 0.009 257.000 0.000 NA   NA
 5481839 5481840 Arad_7020 Arad_7021     TRUE 0.996 -3.000 0.348 1.000 Y NA
 5481841 5481842 Arad_7022 Arad_7023     FALSE 0.261 120.000 0.141 1.000 N NA
 5481843 5481844 Arad_7024 Arad_7026     FALSE 0.045 158.000 0.000 NA   NA
 5481845 5481846 Arad_7028 Arad_7029 tauC   TRUE 0.998 -7.000 0.700 NA Y NA
 5481846 5481847 Arad_7029 Arad_7030     TRUE 0.947 49.000 0.317 NA Y NA
 5481847 5481848 Arad_7030 Arad_7031     FALSE 0.056 148.000 0.000 NA   NA
 5481848 5481849 Arad_7031 Arad_7033     FALSE 0.430 25.000 0.000 NA   NA
 5481849 5481850 Arad_7033 Arad_7034     FALSE 0.316 47.000 0.000 NA   NA
 5481850 5481851 Arad_7034 Arad_7035     FALSE 0.023 192.000 0.000 NA   NA
 5481854 5481855 Arad_7038 Arad_7039     FALSE 0.064 220.000 0.111 NA   NA
 5481855 5481856 Arad_7039 Arad_7040     FALSE 0.412 83.000 0.032 NA   NA
 5481858 5481859 Arad_7042 Arad_7043     FALSE 0.383 30.000 0.000 NA   NA
 5481862 5481863 Arad_7047 Arad_7048     FALSE 0.002 229.000 0.000 1.000 N NA
 5481863 5481864 Arad_7048 Arad_7049     TRUE 0.993 -3.000 0.143 NA Y NA
 5481864 5481865 Arad_7049 Arad_7050     TRUE 0.997 4.000 0.667 NA Y NA
 5481865 5481866 Arad_7050 Arad_7051     TRUE 0.954 26.000 0.222 NA Y NA
 5481866 5481867 Arad_7051 Arad_7052   ordL TRUE 0.927 65.000 0.286 NA Y NA
 5481867 5481868 Arad_7052 Arad_7054 ordL dehII TRUE 0.993 10.000 1.000 1.000   NA
 5481868 5481869 Arad_7054 Arad_7055 dehII   TRUE 0.894 42.000 0.462 1.000   NA
 5481870 5481871 Arad_7056 Arad_7058     FALSE 0.000 414.000 0.000 NA N NA
 5481871 5481872 Arad_7058 Arad_7060     TRUE 0.999 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 5481872 5481873 Arad_7060 Arad_7061     TRUE 0.999 0.000 1.000 0.016 Y NA
 5481873 5481874 Arad_7061 Arad_7062     TRUE 0.994 25.000 1.000 1.000 Y NA
 5481874 5481875 Arad_7062 Arad_7064     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 5481875 5481876 Arad_7064 Arad_7065     FALSE 0.383 30.000 0.000 NA   NA
 5481879 5481880 Arad_7069 Arad_7070     TRUE 0.880 11.000 0.069 NA   NA
 5481880 5481881 Arad_7070 Arad_7071     TRUE 0.971 6.000 0.385 NA   NA
 5481881 5481882 Arad_7071 Arad_7072     TRUE 0.909 25.000 0.487 NA N NA
 5481882 5481883 Arad_7072 Arad_7073     TRUE 0.993 -3.000 0.696 NA N NA
 5481883 5481884 Arad_7073 Arad_7074   exsA FALSE 0.000 354.000 0.000 NA N NA
 5481886 5481887 Arad_7076 Arad_7078     FALSE 0.511 35.000 0.000 0.064   NA
 5481887 5481888 Arad_7078 Arad_7079     FALSE 0.012 118.000 0.000 NA N NA
 5481888 5481889 Arad_7079 Arad_7080     FALSE 0.508 123.000 0.000 NA Y NA
 5481890 5481891 Arad_7081 Arad_7082     FALSE 0.001 236.000 0.000 NA N NA
 5481891 5481892 Arad_7082 Arad_7083     TRUE 0.943 99.000 0.636 NA Y NA
 5481892 5481893 Arad_7083 Arad_7084     TRUE 0.998 0.000 0.700 NA Y NA
 5481893 5481894 Arad_7084 Arad_7085     TRUE 0.987 4.000 0.600 NA   NA
 5481894 5481895 Arad_7085 Arad_7087     TRUE 0.763 40.000 0.211 NA   NA
 5481895 5481896 Arad_7087 Arad_7088     TRUE 0.906 10.000 0.211 1.000 N NA
 5481896 5481897 Arad_7088 Arad_7089     FALSE 0.108 27.000 0.000 1.000 N NA
 5481898 5481899 Arad_7091 Arad_7092 dat   TRUE 0.965 58.000 0.500 1.000 Y NA
 5481899 5481900 Arad_7092 Arad_7094     FALSE 0.334 92.000 0.017 NA   NA
 5481900 5481901 Arad_7094 Arad_7095     FALSE 0.527 40.000 0.003 NA   NA
 5481901 5481902 Arad_7095 Arad_7096     FALSE 0.498 22.000 0.003 1.000 N NA
 5481902 5481903 Arad_7096 Arad_7097     TRUE 0.994 -3.000 0.750 1.000 N NA
 5481903 5481904 Arad_7097 Arad_7098   argE TRUE 0.984 4.000 0.600 1.000 N NA
 5481904 5481905 Arad_7098 Arad_7100 argE aapP TRUE 0.996 1.000 0.500 1.000 Y NA
 5481905 5481906 Arad_7100 Arad_7101 aapP   TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5481906 5481907 Arad_7101 Arad_7102     TRUE 0.990 49.000 1.000 1.000 Y NA
 5481909 5481910 Arad_7105 Arad_7107     TRUE 0.981 -10.000 0.000 NA Y NA
 5481910 5481911 Arad_7107 Arad_7109     TRUE 0.809 115.000 0.286 NA Y NA
 5481911 5481912 Arad_7109 Arad_7110     TRUE 0.784 53.000 0.286 NA   NA
 5481912 5481913 Arad_7110 Arad_7111   fadB1 FALSE 0.239 76.000 0.000 1.000   NA
 5481913 5481914 Arad_7111 Arad_7113 fadB1   FALSE 0.505 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5481914 5481915 Arad_7113 Arad_7114     TRUE 0.996 1.000 0.500 1.000 Y NA
 5481916 5481917 Arad_7115 Arad_7116     TRUE 0.591 49.000 0.132 1.000 N NA
 5481917 5481918 Arad_7116 Arad_7117   prsD FALSE 0.002 516.000 0.000 1.000   NA
 5481918 5481919 Arad_7117 Arad_7118 prsD prsE TRUE 0.976 -3.000 0.000 0.004   NA
 5481919 5481920 Arad_7118 Arad_7120 prsE   FALSE 0.047 156.000 0.000 NA   NA
 5481920 5481921 Arad_7120 Arad_7121   exsH FALSE 0.244 71.000 0.000 NA   NA
 5481921 5481922 Arad_7121 Arad_7122 exsH   FALSE 0.052 304.000 0.000 NA Y NA
 5481923 5481924 Arad_7123 Arad_7124   dapAch1 FALSE 0.505 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5481924 5481925 Arad_7124 Arad_7125 dapAch1 ooxB TRUE 0.999 -3.000 0.714 1.000 Y NA
 5481925 5481926 Arad_7125 Arad_7127 ooxB ooxA TRUE 0.828 -3.000 0.000 0.064 N NA
 5481927 5481928 Arad_7128 Arad_7129   occQe TRUE 0.992 37.000 1.000 1.000 Y NA
 5481928 5481929 Arad_7129 Arad_7130 occQe   TRUE 0.999 0.000 0.714 0.016 Y NA
 5481929 5481930 Arad_7130 Arad_7131     TRUE 0.998 -43.000 0.714 1.000 Y NA
 5481931 5481932 Arad_7133 Arad_7134     FALSE 0.337 99.000 0.120 NA N NA
 5481932 5481933 Arad_7134 Arad_7135   appD TRUE 0.893 52.000 0.080 NA Y NA
 5481933 5481934 Arad_7135 Arad_7137 appD   TRUE 0.999 -7.000 0.690 0.006 Y NA
 5481934 5481935 Arad_7137 Arad_7138   dppCch3 TRUE 0.995 15.000 0.759 1.000 Y NA
 5481935 5481936 Arad_7138 Arad_7140 dppCch3   TRUE 0.998 5.000 0.962 NA Y NA
 5481936 5481937 Arad_7140 Arad_7141     TRUE 0.903 84.000 0.308 NA Y NA
 5481942 5481943 Arad_7148 Arad_7149   bglSf TRUE 0.603 105.000 0.000 NA Y NA
 5481946 5481947 Arad_7153 Arad_7154   nah FALSE 0.125 106.000 0.000 NA   NA
 5481947 5481948 Arad_7154 Arad_7155 nah   FALSE 0.048 76.000 0.000 1.000 N NA
 5481948 5481949 Arad_7155 Arad_7156     FALSE 0.168 92.000 0.000 NA   NA
 5481951 5481952 Arad_7158 Arad_7159     FALSE 0.433 0.000 0.000 1.000 N NA
 5481952 5481953 Arad_7159 Arad_7160     TRUE 0.956 3.000 0.200 1.000   NA
 5481953 5481954 Arad_7160 Arad_7161     TRUE 0.892 51.000 0.500 1.000   NA
 5481954 5481955 Arad_7161 Arad_7162     TRUE 0.989 11.000 0.714 0.058   NA
 5481956 5481957 Arad_7163 Arad_7164     FALSE 0.063 203.000 0.154 NA N NA
 5481960 5481961 Arad_7168 Arad_7169     TRUE 0.640 12.000 0.000 NA   NA
 5481961 5481962 Arad_7169 Arad_7170     FALSE 0.270 62.000 0.000 NA   NA
 5481962 5481963 Arad_7170 Arad_7171     TRUE 0.664 11.000 0.000 NA   NA
 5481965 5481966 Arad_7177 Arad_7178 cheW5   TRUE 0.813 0.000 0.000 NA   NA
 5481968 5481969 Arad_7180 Arad_7181     TRUE 0.638 48.000 0.000 0.014   NA
 5481969 5481970 Arad_7181 Arad_7182     TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000   NA
 5481972 5481973 Arad_7185 Arad_7186     FALSE 0.006 299.000 0.000 NA   NA
 5481973 5481974 Arad_7186 Arad_7187     FALSE 0.025 188.000 0.000 NA   NA
 5481974 5481975 Arad_7187 Arad_7188     FALSE 0.001 940.000 0.000 NA   NA
 5481975 5481976 Arad_7188 Arad_7191     FALSE 0.002 593.000 0.000 NA   NA
 5481976 5481977 Arad_7191 Arad_7192     FALSE 0.002 664.000 0.000 NA   NA
 5481977 5481978 Arad_7192 Arad_7193     FALSE 0.083 128.000 0.000 NA   NA
 5481979 5481980 Arad_7194 Arad_7196     FALSE 0.009 251.000 0.000 NA   NA
 5481981 5481982 Arad_7197 Arad_7198 iclR   TRUE 0.963 -7.000 0.143 NA   NA
 5481983 5481984 Arad_7199 Arad_7200 matB   FALSE 0.069 52.000 0.000 1.000 N NA
 5481984 5481985 Arad_7200 Arad_7201   maiA TRUE 0.956 -3.000 0.174 1.000 N NA
 5481985 5481986 Arad_7201 Arad_7203 maiA   FALSE 0.062 61.000 0.000 1.000 N NA
 5481986 5481987 Arad_7203 Arad_7204     TRUE 0.969 -3.000 0.167 NA   NA
 5481988 5481989 Arad_7206 Arad_7207     FALSE 0.253 69.000 0.000 NA   NA
 5481989 5481990 Arad_7207 Arad_7208     TRUE 0.784 18.000 0.057 NA   NA
 5481990 5481991 Arad_7208 Arad_7209     FALSE 0.505 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5481992 5481993 Arad_7210 Arad_7211     FALSE 0.007 281.000 0.000 NA   NA
 5481993 5481994 Arad_7211 Arad_7212     FALSE 0.028 79.000 0.000 NA N NA
 5481994 5481995 Arad_7212 Arad_7213     TRUE 0.847 36.000 0.000 NA Y NA
 5481995 5481996 Arad_7213 Arad_7214   rbsAch2 TRUE 0.798 59.000 0.000 NA Y NA
 5481996 5481997 Arad_7214 Arad_7216 rbsAch2   FALSE 0.018 209.000 0.000 NA   NA
 5481997 5481998 Arad_7216 Arad_7217     FALSE 0.070 137.000 0.000 NA   NA
 5481999 5482000 Arad_7218 Arad_7219     FALSE 0.005 158.000 0.000 NA N NA
 5482000 5482001 Arad_7219 Arad_7221     TRUE 0.984 -3.000 0.000 NA Y NA
 5482001 5482002 Arad_7221 Arad_7222   tauC TRUE 0.954 11.000 0.000 NA Y NA
 5482002 5482003 Arad_7222 Arad_7223 tauC   TRUE 0.980 -21.000 0.000 NA Y NA
 5482003 5482004 Arad_7223 Arad_7224     TRUE 0.672 93.000 0.000 NA Y NA
 5482004 5482005 Arad_7224 Arad_7225   ilvG FALSE 0.505 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5482005 5482006 Arad_7225 Arad_7226 ilvG betB FALSE 0.505 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5482006 5482007 Arad_7226 Arad_7227 betB   TRUE 0.635 63.000 0.222 1.000 N NA
 5482008 5482009 Arad_7228 Arad_7229   ocdch1 FALSE 0.001 287.000 0.000 1.000 N NA
 5482009 5482010 Arad_7229 Arad_7230 ocdch1   FALSE 0.190 10.000 0.000 NA N NA
 5482011 5482012 Arad_7233 Arad_7232     TRUE 0.561 69.000 0.182 NA N NA
 5482013 5482014 Arad_7234 Arad_7235   amaB FALSE 0.005 324.000 0.000 NA   NA
 5482018 5482019 Arad_7241 Arad_7242     TRUE 0.941 4.000 0.148 NA   NA
 5482019 5482020 Arad_7242 Arad_7243     FALSE 0.012 237.000 0.000 NA   NA
 5482021 5482022 Arad_7244 Arad_7246     FALSE 0.270 62.000 0.000 NA   NA
 5482022 5482023 Arad_7246 Arad_7247     FALSE 0.322 45.000 0.000 NA   NA
 5482024 5482025 Arad_7250 Arad_7251     TRUE 0.964 -10.000 0.167 NA   NA
 5482025 5482026 Arad_7251 Arad_7252     FALSE 0.016 217.000 0.000 NA   NA
 5482027 5482028 Arad_7253 Arad_7254     FALSE 0.148 98.000 0.000 NA   NA
 5482028 5482029 Arad_7254 Arad_7255     FALSE 0.012 142.000 0.000 1.000 N NA
 5482029 5482030 Arad_7255 Arad_7256     FALSE 0.433 0.000 0.000 1.000 N NA
 5482030 5482031 Arad_7256 Arad_7257     TRUE 0.705 8.000 0.000 NA   NA
 5482031 5482032 Arad_7257 Arad_7258   stcD TRUE 0.775 3.000 0.000 NA   NA
 5482032 5482033 Arad_7258 Arad_7260 stcD   FALSE 0.399 28.000 0.000 NA   NA
 5482033 5482034 Arad_7260 Arad_7261     TRUE 0.701 27.000 0.057 NA   NA
 5482035 5482036 Arad_7262 Arad_7263   betB FALSE 0.187 86.000 0.000 NA   NA
 5482036 5482037 Arad_7263 Arad_7264 betB   TRUE 0.930 16.000 0.400 0.093 N NA
 5482037 5482038 Arad_7264 Arad_7266     TRUE 0.985 2.000 0.000 0.030 Y NA
 5482038 5482039 Arad_7266 Arad_7267     FALSE 0.014 224.000 0.000 NA   NA
 5482039 5482040 Arad_7267 Arad_7268     FALSE 0.170 91.000 0.000 NA   NA
 5482040 5482041 Arad_7268 Arad_7270     TRUE 0.988 -3.000 0.400 NA   NA
 5482041 5482042 Arad_7270 Arad_7271     TRUE 0.904 21.000 0.000 NA Y NA
 5482043 5482044 Arad_7273 Arad_7274     FALSE 0.158 95.000 0.000 NA   NA
 5482044 5482045 Arad_7274 Arad_7275     FALSE 0.046 161.000 0.000 1.000   NA
 5482045 5482046 Arad_7275 Arad_7277     TRUE 0.790 2.000 0.000 NA   NA
 5482046 5482047 Arad_7277 Arad_7278     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482047 5482048 Arad_7278 Arad_7279     FALSE 0.502 19.000 0.000 NA   NA
 5482050 5482051 Arad_7281 Arad_7284 phbB   FALSE 0.015 221.000 0.000 NA   NA
 5482051 5482052 Arad_7284 Arad_7285     FALSE 0.158 95.000 0.000 NA   NA
 5482055 5482056 Arad_7288 Arad_7289     TRUE 0.870 106.000 0.818 1.000   NA
 5482056 5482057 Arad_7289 Arad_7290     TRUE 0.932 36.000 0.600 1.000   NA
 5482058 5482059 Arad_7291 Arad_7293     TRUE 0.705 8.000 0.000 NA   NA
 5482059 5482060 Arad_7293 Arad_7295     FALSE 0.014 111.000 0.000 NA N NA
 5482060 5482061 Arad_7295 Arad_7296   dadA TRUE 0.911 12.000 0.273 NA N NA
 5482062 5482063 Arad_7297 Arad_7298 braC1 braD TRUE 0.982 84.000 1.000 NA Y NA
 5482063 5482064 Arad_7298 Arad_7299 braD   TRUE 0.999 -7.000 0.750 NA Y NA
 5482064 5482065 Arad_7299 Arad_7301     TRUE 0.994 -7.000 0.273 NA Y NA
 5482065 5482066 Arad_7301 Arad_7302   braG TRUE 0.996 -3.000 0.273 0.055 Y NA
 5482066 5482067 Arad_7302 Arad_7303 braG   FALSE 0.049 45.000 0.000 NA N NA
 5482068 5482069 Arad_7304 Arad_7305     FALSE 0.011 121.000 0.000 NA N NA
 5482069 5482070 Arad_7305 Arad_7307     FALSE 0.009 131.000 0.000 NA N NA
 5482070 5482071 Arad_7307 Arad_7308     FALSE 0.076 46.000 0.000 1.000 N NA
 5482071 5482072 Arad_7308 Arad_7310     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 5482072 5482073 Arad_7310 Arad_7311     TRUE 0.999 0.000 1.000 0.016 Y NA
 5482073 5482074 Arad_7311 Arad_7312     TRUE 0.975 57.000 0.647 1.000 Y NA
 5482074 5482075 Arad_7312 Arad_7314     FALSE 0.021 94.000 0.000 NA N NA
 5482075 5482076 Arad_7314 Arad_7315     FALSE 0.399 28.000 0.000 NA   NA
 5482079 5482080 Arad_7319 Arad_7320 dppBf dppCch3 TRUE 0.996 -3.000 0.333 NA Y NA
 5482080 5482081 Arad_7320 Arad_7321 dppCch3   TRUE 0.934 5.000 0.143 NA   NA
 5482081 5482082 Arad_7321 Arad_7322     TRUE 0.900 18.000 0.273 1.000   NA
 5482082 5482083 Arad_7322 Arad_7324     TRUE 0.984 -7.000 0.364 NA   NA
 5482083 5482084 Arad_7324 Arad_7326   dppAch2 TRUE 0.800 48.000 0.286 NA   NA
 5482084 5482085 Arad_7326 Arad_7327 dppAch2   TRUE 0.748 69.000 0.286 NA   NA
 5482085 5482086 Arad_7327 Arad_7329     TRUE 0.984 -3.000 0.333 NA   NA
 5482086 5482087 Arad_7329 Arad_7330     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482087 5482088 Arad_7330 Arad_7331     TRUE 0.640 12.000 0.000 NA   NA
 5482090 5482091 Arad_7333 Arad_7334 cheRf   FALSE 0.020 203.000 0.000 NA   NA
 5482091 5482092 Arad_7334 Arad_7335     FALSE 0.295 52.000 0.000 NA   NA
 5482092 5482093 Arad_7335 Arad_7336   cheRf FALSE 0.014 222.000 0.000 NA   NA
 5482095 5482096 Arad_7341 Arad_7342     FALSE 0.013 136.000 0.000 1.000 N NA
 5482096 5482097 Arad_7342 Arad_7343     TRUE 0.678 93.000 0.000 1.000 Y NA
 5482097 5482098 Arad_7343 Arad_7345     TRUE 0.999 4.000 1.000 0.016 Y NA
 5482098 5482099 Arad_7345 Arad_7346     TRUE 0.995 2.000 0.429 1.000 Y NA
 5482099 5482100 Arad_7346 Arad_7347     TRUE 0.994 11.000 0.600 1.000 Y NA
 5482100 5482101 Arad_7347 Arad_7348     TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482102 5482103 Arad_7349 Arad_7350     TRUE 0.997 -3.000 0.930 NA   NA
 5482103 5482104 Arad_7350 Arad_7351     TRUE 0.996 -10.000 0.875 NA   NA
 5482104 5482105 Arad_7351 Arad_7352     TRUE 0.978 -3.000 0.243 1.000   NA
 5482105 5482106 Arad_7352 Arad_7353     TRUE 0.918 13.000 0.225 1.000   NA
 5482106 5482107 Arad_7353 Arad_7354     FALSE 0.071 140.000 0.000 1.000   NA
 5482107 5482108 Arad_7354 Arad_7355     FALSE 0.001 340.000 0.000 1.000 N NA
 5482108 5482109 Arad_7355 Arad_7356   ggt FALSE 0.060 172.000 0.044 1.000 N NA
 5482109 5482110 Arad_7356 Arad_7357 ggt   FALSE 0.028 79.000 0.000 NA N NA
 5482110 5482111 Arad_7357 Arad_7358   potC FALSE 0.067 28.000 0.000 NA N NA
 5482111 5482112 Arad_7358 Arad_7359 potC potH TRUE 0.997 2.000 0.667 NA Y NA
 5482112 5482113 Arad_7359 Arad_7360 potH afuC1 TRUE 0.994 -3.000 0.222 NA Y NA
 5482113 5482114 Arad_7360 Arad_7362 afuC1 potD TRUE 0.969 18.000 0.222 NA Y NA
 5482114 5482115 Arad_7362 Arad_7363 potD   FALSE 0.035 361.000 0.000 NA Y NA
 5482117 5482118 Arad_7365 Arad_7366   appF TRUE 0.930 11.000 0.222 NA   NA
 5482118 5482119 Arad_7366 Arad_7367 appF appD TRUE 0.994 -3.000 0.333 0.006   NA
 5482119 5482120 Arad_7367 Arad_7368 appD   TRUE 0.998 -3.000 0.600 NA Y NA
 5482120 5482121 Arad_7368 Arad_7369     TRUE 0.994 11.000 0.600 NA Y NA
 5482121 5482122 Arad_7369 Arad_7371     FALSE 0.002 458.000 0.000 NA   NA
 5482122 5482123 Arad_7371 Arad_7372     FALSE 0.391 29.000 0.000 NA   NA
 5482123 5482124 Arad_7372 Arad_7373     FALSE 0.215 78.000 0.000 NA   NA
 5482124 5482125 Arad_7373 Arad_7374     FALSE 0.004 357.000 0.000 NA   NA
 5482125 5482126 Arad_7374 Arad_7375     FALSE 0.028 182.000 0.000 NA   NA
 5482126 5482127 Arad_7375 Arad_7376     FALSE 0.004 333.000 0.000 NA   NA
 5482130 5482131 Arad_7379 Arad_7380     TRUE 0.922 -3.000 0.000 0.058   NA
 5482131 5482132 Arad_7380 Arad_7381     FALSE 0.375 31.000 0.000 NA   NA
 5482132 5482133 Arad_7381 Arad_7382   acpD FALSE 0.148 98.000 0.000 NA   NA
 5482133 5482134 Arad_7382 Arad_7383 acpD   FALSE 0.003 205.000 0.000 1.000 N NA
 5482136 5482137 Arad_7387 Arad_7388     TRUE 0.989 10.000 0.889 1.000 N NA
 5482137 5482138 Arad_7388 Arad_7389     FALSE 0.011 145.000 0.000 1.000 N NA
 5482138 5482139 Arad_7389 Arad_7390     TRUE 0.994 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 5482140 5482141 Arad_7391 Arad_7393 thiEb thiG TRUE 0.998 -3.000 0.145 0.002 Y NA
 5482141 5482142 Arad_7393 Arad_7394 thiG thiS TRUE 0.989 4.000 0.214 1.000 Y NA
 5482142 5482143 Arad_7394 Arad_7396 thiS thiO TRUE 0.958 -3.000 0.184 1.000 N NA
 5482143 5482144 Arad_7396 Arad_7398 thiO thiC TRUE 0.869 2.000 0.039 1.000 N NA
 5482144 5482145 Arad_7398 Arad_7399 thiC   FALSE 0.001 323.000 0.000 1.000 N NA
 5482145 5482146 Arad_7399 Arad_7400     TRUE 0.793 56.000 0.308 NA   NA
 5482147 5482148 Arad_7401 Arad_7403     TRUE 0.957 72.000 0.500 1.000 Y NA
 5482148 5482149 Arad_7403 Arad_7405     TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.016 Y NA
 5482149 5482150 Arad_7405 Arad_7406     TRUE 0.999 -19.000 0.800 1.000 Y NA
 5482150 5482151 Arad_7406 Arad_7407     TRUE 0.930 27.000 0.600 1.000 N NA
 5482152 5482153 Arad_7409 Arad_7410     FALSE 0.183 87.000 0.000 NA   NA
 5482154 5482155 Arad_7411 Arad_7412     TRUE 0.544 78.000 0.100 NA   NA
 5482155 5482156 Arad_7412 Arad_7414     TRUE 0.707 34.000 0.100 NA   NA
 5482156 5482157 Arad_7414 Arad_7415     TRUE 0.982 25.000 0.500 1.000 Y NA
 5482157 5482158 Arad_7415 Arad_7416     FALSE 0.386 148.000 0.000 1.000 Y NA
 5482162 5482163 Arad_7422 Arad_7425     FALSE 0.206 138.000 0.154 1.000 N NA
 5482166 5482167 Arad_7430 Arad_7431 pcaCd1   FALSE 0.017 211.000 0.000 NA   NA
 5482167 5482168 Arad_7431 Arad_7432     TRUE 1.000 5.000 0.923 0.001 Y NA
 5482168 5482169 Arad_7432 Arad_7433     TRUE 0.998 -3.000 0.538 0.057 Y NA
 5482172 5482173 Arad_7437 Arad_7438     FALSE 0.002 618.000 0.000 NA   NA
 5482173 5482174 Arad_7438 Arad_7439     FALSE 0.003 373.000 0.000 NA   NA
 5482177 5482178 Arad_7447 Arad_7448   pepT TRUE 0.659 12.000 0.000 1.000   NA
 5482179 5482180 Arad_7449 Arad_7450     TRUE 0.998 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 5482180 5482181 Arad_7450 Arad_7452   flgEf FALSE 0.266 64.000 0.000 NA   NA
 5482182 5482183 Arad_7453 Arad_7454 rpiB tpiA TRUE 0.996 -3.000 0.361 1.000 Y NA
 5482183 5482184 Arad_7454 Arad_7455 tpiA glpRb TRUE 0.984 9.000 0.194 1.000 Y NA
 5482184 5482185 Arad_7455 Arad_7456 glpRb smoC TRUE 0.823 116.000 0.312 1.000 Y NA
 5482185 5482186 Arad_7456 Arad_7457 smoC   TRUE 0.852 63.000 0.438 NA   NA
 5482186 5482187 Arad_7457 Arad_7458   glpD TRUE 0.922 30.000 0.500 NA   NA
 5482187 5482188 Arad_7458 Arad_7460 glpD lyxX TRUE 0.701 67.000 0.296 1.000 N NA
 5482189 5482190 Arad_7462 Arad_7464     TRUE 0.997 -3.000 0.917 NA   NA
 5482190 5482191 Arad_7464 Arad_7465     TRUE 0.995 23.000 1.000 NA Y NA
 5482191 5482192 Arad_7465 Arad_7467     TRUE 0.752 115.000 0.182 NA Y NA
 5482192 5482193 Arad_7467 Arad_7468     TRUE 0.687 146.000 0.286 NA Y NA
 5482193 5482194 Arad_7468 Arad_7469   lyxX TRUE 0.959 44.000 0.375 1.000 Y NA
 5482194 5482195 Arad_7469 Arad_7470 lyxX   TRUE 0.920 24.000 0.500 1.000 N NA
 5482197 5482198 Arad_7473 Arad_7474     TRUE 0.998 0.000 0.287 0.002 Y NA
 5482198 5482199 Arad_7474 Arad_7476     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482199 5482200 Arad_7476 Arad_7478     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482200 5482201 Arad_7478 Arad_7479     TRUE 0.998 -3.000 0.600 NA Y NA
 5482201 5482202 Arad_7479 Arad_7480     TRUE 0.914 38.000 0.529 NA   NA
 5482202 5482203 Arad_7480 Arad_7482   aatAc TRUE 0.835 52.000 0.368 NA   NA
 5482205 5482206 Arad_7485 Arad_7487     TRUE 0.921 5.000 0.079 1.000   NA
 5482206 5482207 Arad_7487 Arad_7488     TRUE 0.999 -3.000 0.706 0.016 Y NA
 5482207 5482208 Arad_7488 Arad_7489     TRUE 0.998 -3.000 0.588 1.000 Y NA
 5482208 5482209 Arad_7489 Arad_7490     TRUE 0.956 30.000 0.273 1.000 Y NA
 5482209 5482210 Arad_7490 Arad_7492   menG TRUE 0.690 40.000 0.214 NA N NA
 5482212 5482213 Arad_7494 Arad_7496     TRUE 0.981 -7.000 0.304 NA   NA
 5482213 5482214 Arad_7496 Arad_7497     TRUE 0.991 -3.000 0.500 1.000   NA
 5482214 5482215 Arad_7497 Arad_7499     TRUE 0.993 -3.000 0.667 NA N NA
 5482215 5482216 Arad_7499 Arad_7500     TRUE 0.999 -10.000 0.952 NA Y NA
 5482218 5482219 Arad_7503 Arad_7504     TRUE 0.989 55.000 1.000 NA Y NA
 5482219 5482220 Arad_7504 Arad_7506     TRUE 0.999 3.000 1.000 NA Y NA
 5482220 5482221 Arad_7506 Arad_7507     TRUE 0.966 -3.000 0.235 NA N NA
 5482221 5482222 Arad_7507 Arad_7509     TRUE 0.998 8.000 0.588 0.002 Y NA
 5482222 5482223 Arad_7509 Arad_7511     TRUE 0.663 107.000 0.500 NA N NA
 5482223 5482224 Arad_7511 Arad_7512     TRUE 0.839 86.000 0.125 NA Y NA
 5482224 5482225 Arad_7512 Arad_7513     TRUE 0.740 32.000 0.125 1.000   NA
 5482225 5482226 Arad_7513 Arad_7515     TRUE 0.876 36.000 0.391 NA   NA
 5482226 5482227 Arad_7515 Arad_7516     TRUE 0.982 14.000 0.750 NA   NA
 5482227 5482228 Arad_7516 Arad_7517     TRUE 0.923 17.000 0.333 NA   NA
 5482228 5482229 Arad_7517 Arad_7518     TRUE 0.793 14.000 0.095 NA N NA
 5482229 5482230 Arad_7518 Arad_7520     FALSE 0.013 139.000 0.000 1.000 N NA
 5482230 5482231 Arad_7520 Arad_7521     FALSE 0.018 120.000 0.000 1.000 N NA
 5482231 5482232 Arad_7521 Arad_7522     TRUE 0.993 -3.000 0.143 1.000 Y NA
 5482232 5482233 Arad_7522 Arad_7523   potG TRUE 0.989 0.000 0.095 1.000 Y NA
 5482233 5482234 Arad_7523 Arad_7524 potG   TRUE 0.974 65.000 0.667 NA Y NA
 5482234 5482235 Arad_7524 Arad_7525     TRUE 0.973 68.000 0.667 NA Y NA
 5482235 5482236 Arad_7525 Arad_7526     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 5482236 5482237 Arad_7526 Arad_7527     FALSE 0.001 321.000 0.000 NA N NA
 5482237 5482238 Arad_7527 Arad_7529     TRUE 0.947 57.000 0.357 1.000 Y NA
 5482238 5482239 Arad_7529 Arad_7530   mocBch2 TRUE 0.941 86.000 0.500 NA Y NA
 5482239 5482240 Arad_7530 Arad_7532 mocBch2 smoS TRUE 0.688 59.000 0.273 NA N NA
 5482240 5482241 Arad_7532 Arad_7533 smoS   TRUE 0.768 34.000 0.273 1.000 N NA
 5482241 5482242 Arad_7533 Arad_7535     TRUE 0.999 14.000 1.000 0.001 Y NA
 5482242 5482243 Arad_7535 Arad_7536     TRUE 0.975 158.000 1.000 0.001 Y NA
 5482243 5482244 Arad_7536 Arad_7537     TRUE 0.997 60.000 1.000 0.001 Y NA
 5482244 5482245 Arad_7537 Arad_7538     FALSE 0.226 79.000 0.000 1.000   NA
 5482246 5482247 Arad_7539 Arad_7540     FALSE 0.536 18.000 0.000 1.000   NA
 5482247 5482248 Arad_7540 Arad_7541     FALSE 0.013 237.000 0.000 1.000   NA
 5482249 5482250 Arad_7542 Arad_7543   gstch1 TRUE 0.826 30.000 0.333 NA N NA
 5482250 5482251 Arad_7543 Arad_7544 gstch1   TRUE 0.690 27.000 0.143 NA N NA
 5482251 5482252 Arad_7544 Arad_7545     TRUE 0.651 64.000 0.143 1.000   NA
 5482253 5482254 Arad_7546 Arad_7548     FALSE 0.120 168.000 0.167 NA N NA
 5482254 5482255 Arad_7548 Arad_7549     FALSE 0.000 354.000 0.000 NA N NA
 5482255 5482256 Arad_7549 Arad_7551     FALSE 0.100 118.000 0.000 NA   NA
 5482256 5482257 Arad_7551 Arad_7552     TRUE 0.816 -28.000 0.000 NA   NA
 5482257 5482258 Arad_7552 Arad_7553     TRUE 0.893 127.000 0.800 0.003 N NA
 5482258 5482259 Arad_7553 Arad_7554     TRUE 0.982 12.000 0.750 NA N NA
 5482259 5482260 Arad_7554 Arad_7555     TRUE 0.995 -3.000 0.714 NA   NA
 5482260 5482261 Arad_7555 Arad_7557     TRUE 0.816 97.000 0.600 NA   NA
 5482262 5482263 Arad_7556 Arad_7558     FALSE 0.183 87.000 0.000 NA   NA
 5482263 5482264 Arad_7558 Arad_7559     FALSE 0.003 371.000 0.000 NA   NA
 5482264 5482265 Arad_7559 Arad_7560     FALSE 0.043 161.000 0.000 NA   NA
 5482266 5482267 Arad_7561 Arad_7562 rcdA rcdB TRUE 0.986 -18.000 0.529 NA N NA
 5482271 5482272 Arad_7568 Arad_7571   ackA TRUE 0.612 71.000 0.227 1.000 N NA
 5482275 5482276 Arad_7576 Arad_7578 fixKf fixL TRUE 0.794 64.000 0.000 1.000 Y NA
 5482277 5482278 Arad_7579 Arad_7580     TRUE 0.895 23.000 0.328 NA   NA
 5482278 5482279 Arad_7580 Arad_7581     TRUE 0.998 6.000 0.804 0.057 Y NA
 5482279 5482280 Arad_7581 Arad_7582     TRUE 0.866 82.000 0.172 1.000 Y NA
 5482280 5482281 Arad_7582 Arad_7583   cydD TRUE 0.998 -3.000 0.335 0.006 Y NA
 5482281 5482282 Arad_7583 Arad_7584 cydD   TRUE 0.904 -3.000 0.037 NA N NA
 5482282 5482283 Arad_7584 Arad_7586     FALSE 0.009 253.000 0.000 NA   NA
 5482283 5482284 Arad_7586 Arad_7587     FALSE 0.010 249.000 0.000 NA   NA
 5482284 5482285 Arad_7587 Arad_7588     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482285 5482286 Arad_7588 Arad_7589     FALSE 0.094 121.000 0.000 NA   NA
 5482286 5482287 Arad_7589 Arad_7590   actP FALSE 0.082 129.000 0.000 NA   NA
 5482287 5482288 Arad_7590 Arad_7591 actP   FALSE 0.232 74.000 0.000 NA   NA
 5482291 5482292 Arad_7597 Arad_7598     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 5482292 5482293 Arad_7598 Arad_7600     FALSE 0.003 398.000 0.000 NA   NA
 5482294 5482295 Arad_7601 Arad_7602 virB11d   TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482296 5482297 Arad_7603 Arad_7604     FALSE 0.024 190.000 0.000 NA   NA
 5482298 5482299 Arad_7605 Arad_7607     FALSE 0.002 578.000 0.000 NA   NA
 5482299 5482300 Arad_7607 Arad_7608     TRUE 0.868 33.000 0.429 1.000 N NA
 5482300 5482301 Arad_7608 Arad_7609     TRUE 0.812 69.000 0.381 NA   NA
 5482301 5482302 Arad_7609 Arad_7610     TRUE 0.936 36.000 0.636 NA   NA
 5482303 5482304 Arad_7611 Arad_7612     FALSE 0.012 237.000 0.000 NA   NA
 5482304 5482305 Arad_7612 Arad_7613     FALSE 0.000 566.000 0.000 1.000 N NA
 5482305 5482306 Arad_7613 Arad_7614   galE TRUE 0.996 0.000 0.150 0.008 Y NA
 5482306 5482307 Arad_7614 Arad_7615 galE   TRUE 0.995 -3.000 0.250 NA Y NA
 5482307 5482308 Arad_7615 Arad_7616   rkpK TRUE 0.969 34.000 0.429 NA Y NA
 5482308 5482309 Arad_7616 Arad_7617 rkpK   TRUE 0.982 -3.000 0.300 NA   NA
 5482309 5482310 Arad_7617 Arad_7618     TRUE 0.988 -3.000 0.400 NA   NA
 5482310 5482311 Arad_7618 Arad_7619     TRUE 0.965 34.000 0.833 1.000   NA
 5482311 5482312 Arad_7619 Arad_7620     FALSE 0.001 966.000 0.000 1.000   NA
 5482312 5482313 Arad_7620 Arad_7621     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482314 5482315 Arad_7622 Arad_7623 exoF2 exsH TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482315 5482316 Arad_7623 Arad_7624 exsH exoQ FALSE 0.000 1439.000 0.000 NA N NA
 5482316 5482317 Arad_7624 Arad_7625 exoQ   TRUE 0.984 -3.000 0.000 NA Y NA
 5482317 5482318 Arad_7625 Arad_7626     TRUE 0.873 28.000 0.000 NA Y NA
 5482318 5482319 Arad_7626 Arad_7627   exoY TRUE 0.973 3.000 0.000 NA Y NA
 5482322 5482323 Arad_7631 Arad_7632 asnB   TRUE 0.938 15.000 0.360 NA   NA
 5482323 5482324 Arad_7632 Arad_7633   matB TRUE 0.933 22.000 0.440 NA   NA
 5482324 5482325 Arad_7633 Arad_7634 matB nadE TRUE 0.886 -3.000 0.015 1.000 N NA
 5482325 5482326 Arad_7634 Arad_7635 nadE   FALSE 0.133 22.000 0.000 1.000 N NA
 5482328 5482329 Arad_7637 Arad_7638     FALSE 0.018 206.000 0.000 NA   NA
 5482329 5482330 Arad_7638 Arad_7639     FALSE 0.018 207.000 0.000 NA   NA
 5482331 5482332 Arad_7640 Arad_7641     TRUE 0.907 -3.000 0.040 NA N NA
 5482332 5482333 Arad_7641 Arad_7643     FALSE 0.124 15.000 0.000 NA N NA
 5482333 5482334 Arad_7643 Arad_7644   ssuD FALSE 0.527 148.000 0.600 NA N NA
 5482334 5482335 Arad_7644 Arad_7645 ssuD   FALSE 0.268 63.000 0.000 NA   NA
 5482336 5482337 Arad_7646 Arad_7647     TRUE 0.999 -3.000 0.769 NA Y NA
 5482337 5482338 Arad_7647 Arad_7648   tauB TRUE 0.952 114.000 0.833 NA Y NA
 5482338 5482339 Arad_7648 Arad_7649 tauB   FALSE 0.433 0.000 0.000 1.000 N NA
 5482339 5482340 Arad_7649 Arad_7650   dctD TRUE 0.984 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5482342 5482343 Arad_7652 Arad_7653   serA FALSE 0.116 16.000 0.000 NA N NA
 5482343 5482344 Arad_7653 Arad_7654 serA dapAch2 TRUE 0.555 5.000 0.000 0.091 N NA
 5482347 5482348 Arad_7658 Arad_7659   ttuD FALSE 0.099 122.000 0.000 1.000   NA
 5482348 5482349 Arad_7659 Arad_7660 ttuD   TRUE 0.879 12.000 0.190 1.000 N NA
 5482349 5482350 Arad_7660 Arad_7661     TRUE 0.910 25.000 0.476 1.000 N NA
 5482351 5482352 Arad_7662 Arad_7664   rpoI FALSE 0.105 239.000 0.000 NA Y NA
 5482352 5482353 Arad_7664 Arad_7665 rpoI   FALSE 0.366 95.000 0.130 NA N NA
 5482353 5482354 Arad_7665 Arad_7666   fhuA TRUE 0.629 101.000 0.000 NA Y NA
 5482354 5482355 Arad_7666 Arad_7667 fhuA   FALSE 0.331 102.000 0.130 NA N NA
 5482355 5482356 Arad_7667 Arad_7668     FALSE 0.090 21.000 0.000 NA N NA
 5482358 5482359 Arad_7670 Arad_7672   dppAch1 FALSE 0.021 197.000 0.000 NA   NA
 5482359 5482360 Arad_7672 Arad_7673 dppAch1   TRUE 0.985 61.000 0.882 NA Y NA
 5482360 5482361 Arad_7673 Arad_7674   dppCch1 TRUE 0.999 -3.000 0.933 NA Y NA
 5482361 5482362 Arad_7674 Arad_7675 dppCch1   TRUE 0.934 45.000 0.667 NA   NA
 5482362 5482363 Arad_7675 Arad_7676     TRUE 0.990 -10.000 0.500 NA   NA
 5482363 5482364 Arad_7676 Arad_7678     TRUE 0.795 31.000 0.214 NA   NA
 5482364 5482365 Arad_7678 Arad_7679     TRUE 0.873 23.000 0.273 NA   NA
 5482365 5482366 Arad_7679 Arad_7680     FALSE 0.020 201.000 0.000 NA   NA
 5482367 5482368 Arad_7681 Arad_7683     FALSE 0.208 80.000 0.000 NA   NA
 5482368 5482369 Arad_7683 Arad_7684     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482370 5482371 Arad_7685 Arad_7686     TRUE 0.997 -3.000 0.400 NA Y NA
 5482371 5482372 Arad_7686 Arad_7687     TRUE 0.995 2.000 0.429 NA Y NA
 5482372 5482373 Arad_7687 Arad_7689   appF TRUE 0.999 -22.000 0.667 0.006 Y NA
 5482373 5482374 Arad_7689 Arad_7690 appF mocA TRUE 0.838 14.000 0.162 1.000 N NA
 5482374 5482375 Arad_7690 Arad_7691 mocA   FALSE 0.494 70.000 0.108 1.000 N NA
 5482375 5482376 Arad_7691 Arad_7694     FALSE 0.006 284.000 0.000 NA   NA
 5482377 5482378 Arad_7696 Arad_7697     FALSE 0.001 798.000 0.000 NA   NA
 5482380 5482381 Arad_7700 Arad_7701   ntaA TRUE 0.937 14.000 0.000 NA Y NA
 5482381 5482382 Arad_7701 Arad_7702 ntaA   FALSE 0.387 -3.000 0.000 NA N NA
 5482382 5482383 Arad_7702 Arad_7703     TRUE 0.589 14.000 0.000 NA   NA
 5482383 5482384 Arad_7703 Arad_7704     TRUE 0.983 11.000 0.667 NA   NA
 5482384 5482385 Arad_7704 Arad_7705     FALSE 0.162 12.000 0.000 NA N NA
 5482386 5482387 Arad_7706 Arad_7708     TRUE 0.903 22.000 0.000 1.000 Y NA
 5482389 5482390 Arad_7710 Arad_7711   tauC TRUE 0.996 -21.000 0.375 NA Y NA
 5482390 5482391 Arad_7711 Arad_7712 tauC   FALSE 0.010 129.000 0.000 NA N NA
 5482391 5482392 Arad_7712 Arad_7713     FALSE 0.109 113.000 0.000 NA   NA
 5482392 5482393 Arad_7713 Arad_7715     TRUE 0.811 42.000 0.286 NA   NA
 5482393 5482394 Arad_7715 Arad_7716     TRUE 0.770 71.000 0.000 NA Y NA
 5482394 5482395 Arad_7716 Arad_7717     TRUE 0.933 57.000 0.286 NA Y NA
 5482395 5482396 Arad_7717 Arad_7718   dppCch3 TRUE 0.994 11.000 0.600 NA Y NA
 5482396 5482397 Arad_7718 Arad_7719 dppCch3   TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA   NA
 5482397 5482398 Arad_7719 Arad_7721     FALSE 0.080 130.000 0.000 NA   NA
 5482398 5482399 Arad_7721 Arad_7723     TRUE 0.830 46.000 0.000 NA Y NA
 5482400 5482401 Arad_7724 Arad_7725     TRUE 0.987 16.000 1.000 NA   NA
 5482401 5482402 Arad_7725 Arad_7726     TRUE 0.997 -28.000 0.600 NA Y NA
 5482402 5482403 Arad_7726 Arad_7727     TRUE 0.975 22.000 0.800 NA   NA
 5482405 5482406 Arad_7730 Arad_7732   thuG FALSE 0.489 20.000 0.000 NA   NA
 5482406 5482407 Arad_7732 Arad_7734 thuG thuF TRUE 0.995 6.000 0.545 NA Y NA
 5482407 5482408 Arad_7734 Arad_7735 thuF   TRUE 0.990 -3.000 0.044 NA Y NA
 5482408 5482409 Arad_7735 Arad_7736   thuE TRUE 0.692 115.000 0.067 NA Y NA
 5482411 5482412 Arad_7739 Arad_7740 lysM   FALSE 0.235 181.000 0.000 1.000 Y NA
 5482412 5482413 Arad_7740 Arad_7741     TRUE 0.569 81.000 0.143 1.000   NA
 5482413 5482414 Arad_7741 Arad_7742     TRUE 0.983 8.000 0.600 NA   NA
 5482414 5482415 Arad_7742 Arad_7743     TRUE 0.986 10.000 0.250 NA Y NA
 5482415 5482416 Arad_7743 Arad_7744     TRUE 0.902 130.000 0.667 NA Y NA
 5482417 5482418 Arad_7745 Arad_7746   dapAf2 FALSE 0.029 99.000 0.000 1.000 N NA
 5482418 5482419 Arad_7746 Arad_7748 dapAf2 dppAf TRUE 0.879 79.000 0.200 NA Y NA
 5482419 5482420 Arad_7748 Arad_7749 dppAf dppBf TRUE 0.990 7.000 0.300 NA Y NA
 5482420 5482421 Arad_7749 Arad_7750 dppBf dppCf TRUE 0.988 6.000 0.250 NA Y NA
 5482421 5482422 Arad_7750 Arad_7751 dppCf dppDf TRUE 0.998 -3.000 0.667 NA Y NA
 5482422 5482423 Arad_7751 Arad_7752 dppDf dppFf TRUE 0.998 -3.000 0.556 0.054 Y NA
 5482424 5482425 Arad_7753 Arad_7754   ugpQ TRUE 0.972 0.000 0.333 1.000 N NA
 5482427 5482428 Arad_7756 Arad_7757   casA FALSE 0.042 334.000 0.000 NA Y NA
 5482428 5482429 Arad_7757 Arad_7759 casA   FALSE 0.001 375.000 0.000 1.000 N NA
 5482431 5482432 Arad_7761 Arad_7762     FALSE 0.342 38.000 0.000 NA   NA
 5482432 5482433 Arad_7762 Arad_7763     FALSE 0.010 247.000 0.000 NA   NA
 5482433 5482434 Arad_7763 Arad_7765     TRUE 0.720 56.000 0.214 NA   NA
 5482434 5482435 Arad_7765 Arad_7766   mcpZch2 FALSE 0.158 95.000 0.000 NA   NA
 5482435 5482436 Arad_7766 Arad_7768 mcpZch2   FALSE 0.025 85.000 0.000 NA N NA
 5482436 5482437 Arad_7768 Arad_7769     TRUE 0.996 -3.000 0.308 NA Y NA
 5482437 5482438 Arad_7769 Arad_7770     TRUE 0.998 -10.000 0.615 NA Y NA
 5482438 5482439 Arad_7770 Arad_7771   rbsBch3 TRUE 0.964 57.000 0.500 NA Y NA
 5482439 5482440 Arad_7771 Arad_7773 rbsBch3   FALSE 0.005 304.000 0.000 NA   NA
 5482441 5482442 Arad_7774 Arad_7775     FALSE 0.204 130.000 0.115 NA N NA
 5482442 5482443 Arad_7775 Arad_7777   aroEc FALSE 0.002 204.000 0.000 NA N NA
 5482443 5482444 Arad_7777 Arad_7778 aroEc   FALSE 0.071 140.000 0.000 1.000   NA
 5482446 5482447 Arad_7780 Arad_7781     TRUE 0.759 4.000 0.000 NA   NA
 5482447 5482448 Arad_7781 Arad_7783     FALSE 0.003 439.000 0.000 1.000   NA
 5482451 5482452 Arad_7788 Arad_7790     FALSE 0.002 442.000 0.000 NA   NA
 5482452 5482453 Arad_7790 Arad_7791   mcpGd FALSE 0.266 64.000 0.000 NA   NA
 5482453 5482454 Arad_7791 Arad_7792 mcpGd   FALSE 0.007 276.000 0.000 NA   NA
 5482456 5482457 Arad_7796 Arad_7797   intA FALSE 0.043 165.000 0.000 1.000   NA
 5482457 5482458 Arad_7797 Arad_7798 intA   TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482458 5482459 Arad_7798 Arad_7801     FALSE 0.001 753.000 0.000 NA   NA
 5482459 5482460 Arad_7801 Arad_7802     TRUE 0.969 -3.000 0.167 NA   NA
 5482460 5482461 Arad_7802 Arad_7803     TRUE 0.996 1.000 1.000 NA   NA
 5482461 5482462 Arad_7803 Arad_7804     FALSE 0.001 770.000 0.000 NA   NA
 5482462 5482463 Arad_7804 Arad_7805     FALSE 0.016 215.000 0.000 NA   NA
 5482463 5482464 Arad_7805 Arad_7806     TRUE 0.984 5.000 0.545 NA   NA
 5482464 5482465 Arad_7806 Arad_7807     FALSE 0.103 116.000 0.000 NA   NA
 5482465 5482466 Arad_7807 Arad_7808     TRUE 0.615 13.000 0.000 NA   NA
 5482466 5482467 Arad_7808 Arad_7809     TRUE 0.976 2.000 0.333 NA   NA
 5482467 5482468 Arad_7809 Arad_7810     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482469 5482470 Arad_7811 Arad_7812     FALSE 0.006 284.000 0.000 NA   NA
 5482470 5482471 Arad_7812 Arad_7814     FALSE 0.097 119.000 0.000 NA   NA
 5482472 5482473 Arad_7816 Arad_7817     FALSE 0.357 34.000 0.000 NA   NA
 5482473 5482474 Arad_7817 Arad_7818     TRUE 0.974 11.000 0.500 NA   NA
 5482474 5482475 Arad_7818 Arad_7819     FALSE 0.066 140.000 0.000 NA   NA
 5482475 5482476 Arad_7819 Arad_7820     TRUE 0.984 -3.000 0.333 NA   NA
 5482476 5482477 Arad_7820 Arad_7821     TRUE 0.965 -3.000 0.125 NA   NA
 5482477 5482478 Arad_7821 Arad_7822     TRUE 0.958 -13.000 0.125 NA   NA
 5482478 5482479 Arad_7822 Arad_7823     TRUE 0.972 0.000 0.263 NA   NA
 5482479 5482480 Arad_7823 Arad_7824     TRUE 0.997 -3.000 0.895 NA   NA
 5482480 5482481 Arad_7824 Arad_7826     TRUE 0.618 68.000 0.111 1.000   NA
 5482481 5482482 Arad_7826 Arad_7827     FALSE 0.116 191.000 0.167 NA   NA
 5482484 5482485 Arad_7831 Arad_7833 cpxP2   FALSE 0.286 9.000 0.000 1.000 N NA
 5482485 5482486 Arad_7833 Arad_7834     TRUE 0.604 53.000 0.069 NA   NA
 5482486 5482487 Arad_7834 Arad_7836     FALSE 0.001 849.000 0.000 NA   NA
 5482487 5482488 Arad_7836 Arad_7837     TRUE 0.714 7.000 0.000 NA   NA
 5482488 5482489 Arad_7837 Arad_7838     FALSE 0.011 240.000 0.000 NA   NA
 5482489 5482490 Arad_7838 Arad_7839     FALSE 0.035 170.000 0.000 NA   NA
 5482490 5482491 Arad_7839 Arad_7840     TRUE 0.965 6.000 0.000 NA Y NA
 5482491 5482492 Arad_7840 Arad_7842     FALSE 0.037 168.000 0.000 NA   NA
 5482492 5482493 Arad_7842 Arad_7843     FALSE 0.248 70.000 0.000 NA   NA
 5482493 5482494 Arad_7843 Arad_7845     FALSE 0.087 126.000 0.000 NA   NA
 5482495 5482496 Arad_7846 Arad_7847     TRUE 0.970 -3.000 0.174 NA   NA
 5482496 5482497 Arad_7847 Arad_7848     TRUE 0.963 6.000 0.312 NA   NA
 5482497 5482498 Arad_7848 Arad_7849     TRUE 0.955 -25.000 0.125 NA   NA
 5482500 5482501 Arad_7852 Arad_7853   dnaEf FALSE 0.274 60.000 0.000 NA   NA
 5482503 5482504 Arad_7854 Arad_7855 phnC   TRUE 0.990 96.000 0.926 0.002 Y NA
 5482504 5482505 Arad_7855 Arad_7856   phnE TRUE 0.996 69.000 0.926 0.001 Y NA
 5482505 5482506 Arad_7856 Arad_7857 phnE phnE TRUE 0.999 9.000 0.558 0.001 Y NA
 5482506 5482507 Arad_7857 Arad_7858 phnE   FALSE 0.007 282.000 0.000 NA   NA
 5482508 5482509 Arad_7859 Arad_7861     FALSE 0.290 54.000 0.000 NA   NA
 5482509 5482510 Arad_7861 Arad_7863     FALSE 0.027 184.000 0.000 NA   NA
 5482510 5482511 Arad_7863 Arad_7864     TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482511 5482512 Arad_7864 Arad_7865     FALSE 0.295 58.000 0.000 1.000   NA
 5482512 5482513 Arad_7865 Arad_7867   phnW TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000   NA
 5482513 5482514 Arad_7867 Arad_7868 phnW   TRUE 0.851 -7.000 0.000 1.000   NA
 5482514 5482515 Arad_7868 Arad_7870     FALSE 0.009 262.000 0.000 1.000   NA
 5482515 5482516 Arad_7870 Arad_7871     TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482516 5482517 Arad_7871 Arad_7872     FALSE 0.489 20.000 0.000 NA   NA
 5482518 5482519 Arad_7874 Arad_7875     TRUE 0.813 0.000 0.000 NA   NA
 5482519 5482520 Arad_7875 Arad_7877     FALSE 0.004 337.000 0.000 NA   NA
 5482520 5482521 Arad_7877 Arad_7878     TRUE 0.790 2.000 0.000 NA   NA
 5482521 5482522 Arad_7878 Arad_7879     FALSE 0.442 24.000 0.000 NA   NA
 5482522 5482523 Arad_7879 Arad_7880     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482523 5482524 Arad_7880 Arad_7881     FALSE 0.016 214.000 0.000 NA   NA
 5482525 5482526 Arad_7882 Arad_7883     FALSE 0.128 105.000 0.000 NA   NA
 5482526 5482527 Arad_7883 Arad_7884     FALSE 0.006 291.000 0.000 NA   NA
 5482527 5482528 Arad_7884 Arad_7886     FALSE 0.002 518.000 0.000 NA   NA
 5482528 5482529 Arad_7886 Arad_7887     TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482529 5482530 Arad_7887 Arad_7888     FALSE 0.002 468.000 0.000 NA   NA
 5482530 5482531 Arad_7888 Arad_7889     FALSE 0.054 149.000 0.000 NA   NA
 5482532 5482533 Arad_7890 Arad_7891     FALSE 0.032 175.000 0.000 NA   NA
 5482533 5482534 Arad_7891 Arad_7893     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482534 5482535 Arad_7893 Arad_7894     FALSE 0.080 130.000 0.000 NA   NA
 5482535 5482536 Arad_7894 Arad_7895     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482536 5482537 Arad_7895 Arad_7896     FALSE 0.010 245.000 0.000 NA   NA
 5482537 5482538 Arad_7896 Arad_7897     FALSE 0.007 281.000 0.000 NA   NA
 5482538 5482539 Arad_7897 Arad_7898     FALSE 0.003 420.000 0.000 1.000   NA
 5482540 5482541 Arad_7899 Arad_7900     TRUE 0.583 37.000 0.024 NA   NA
 5482541 5482542 Arad_7900 Arad_7902     FALSE 0.100 118.000 0.000 NA   NA
 5482542 5482543 Arad_7902 Arad_7904   rzcA FALSE 0.120 108.000 0.000 NA   NA
 5482546 5482547 Arad_7907 Arad_7908     TRUE 0.666 95.000 0.000 1.000 Y NA
 5482547 5482548 Arad_7908 Arad_7909   cydB TRUE 0.987 6.000 0.100 0.056 Y NA
 5482548 5482549 Arad_7909 Arad_7910 cydB   FALSE 0.013 136.000 0.000 1.000 N NA
 5482549 5482550 Arad_7910 Arad_7913     FALSE 0.005 302.000 0.000 NA   NA
 5482550 5482551 Arad_7913 Arad_7914   grpE TRUE 0.800 1.000 0.000 NA   NA
 5482552 5482553 Arad_7915 Arad_7917   moeA FALSE 0.300 51.000 0.000 NA   NA
 5482554 5482555 Arad_7918 Arad_7920 dnaK dnaJ FALSE 0.256 182.000 0.005 0.002   NA
 5482555 5482556 Arad_7920 Arad_7921 dnaJ   TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000   NA
 5482558 5482559 Arad_7923 Arad_7924     TRUE 0.993 -7.000 0.632 1.000   NA
 5482559 5482560 Arad_7924 Arad_7925   clpB FALSE 0.035 174.000 0.000 1.000   NA
 5482560 5482561 Arad_7925 Arad_7926 clpB   FALSE 0.100 118.000 0.000 NA   NA
 5482561 5482562 Arad_7926 Arad_7927     FALSE 0.274 60.000 0.000 NA   NA
 5482562 5482563 Arad_7927 Arad_7929     FALSE 0.489 65.000 0.026 NA   NA
 5482563 5482564 Arad_7929 Arad_7930     TRUE 0.975 -7.000 0.247 NA   NA
 5482564 5482565 Arad_7930 Arad_7932   leuA1 FALSE 0.001 853.000 0.000 NA   NA
 5482565 5482566 Arad_7932 Arad_7933 leuA1 ilvG FALSE 0.492 128.000 0.000 1.000 Y NA
 5482566 5482567 Arad_7933 Arad_7934 ilvG   FALSE 0.270 62.000 0.000 NA   NA
 5482567 5482568 Arad_7934 Arad_7936     FALSE 0.026 185.000 0.000 NA   NA
 5482570 5482571 Arad_7939 Arad_7940     TRUE 0.953 84.000 0.588 NA Y NA
 5482571 5482572 Arad_7940 Arad_7941     TRUE 0.999 -3.000 0.882 NA Y NA
 5482572 5482573 Arad_7941 Arad_7942     TRUE 0.942 3.000 0.125 NA   NA
 5482573 5482574 Arad_7942 Arad_7943     TRUE 0.725 37.000 0.143 NA   NA
 5482576 5482577 Arad_7947 Arad_7948 selA   FALSE 0.364 37.000 0.000 1.000   NA
 5482578 5482579 Arad_7949 Arad_7951     TRUE 0.994 19.000 0.667 0.015 Y NA
 5482579 5482580 Arad_7951 Arad_7952     TRUE 0.930 51.000 0.235 1.000 Y NA
 5482580 5482581 Arad_7952 Arad_7953     TRUE 0.962 8.000 0.000 1.000 Y NA
 5482581 5482582 Arad_7953 Arad_7954     FALSE 0.481 -7.000 0.000 1.000 N NA
 5482582 5482583 Arad_7954 Arad_7955     TRUE 0.979 -3.000 0.344 1.000 N NA
 5482584 5482585 Arad_7957 Arad_7958     TRUE 0.995 -3.000 0.690 NA   NA
 5482586 5482587 Arad_7959 Arad_7960 speB   TRUE 0.911 20.000 0.000 1.000 Y NA
 5482587 5482588 Arad_7960 Arad_7962     TRUE 0.976 2.000 0.000 1.000 Y NA
 5482588 5482589 Arad_7962 Arad_7963     TRUE 0.991 -3.000 0.000 0.015 Y NA
 5482589 5482590 Arad_7963 Arad_7964     TRUE 0.995 21.000 1.000 1.000 Y NA
 5482593 5482594 Arad_7968 Arad_7969     TRUE 0.993 -3.000 0.136 NA Y NA
 5482594 5482595 Arad_7969 Arad_7971   matR TRUE 0.985 -3.000 0.429 NA N NA
 5482595 5482596 Arad_7971 Arad_7972 matR serA TRUE 0.985 -3.000 0.429 1.000 N NA
 5482596 5482597 Arad_7972 Arad_7973 serA   TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5482597 5482598 Arad_7973 Arad_7974     TRUE 0.994 -3.000 0.750 1.000 N NA
 5482598 5482599 Arad_7974 Arad_7975     TRUE 0.958 25.000 0.750 1.000 N NA
 5482601 5482602 Arad_7977 Arad_7978   occPch TRUE 0.955 0.000 0.125 1.000   NA
 5482602 5482603 Arad_7978 Arad_7979 occPch   TRUE 0.993 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 5482603 5482604 Arad_7979 Arad_7980     TRUE 0.816 93.000 0.111 1.000 Y NA
 5482604 5482605 Arad_7980 Arad_7982     FALSE 0.000 411.000 0.000 1.000 N NA
 5482605 5482606 Arad_7982 Arad_7984     FALSE 0.229 75.000 0.000 NA   NA
 5482606 5482607 Arad_7984 Arad_7985     TRUE 0.610 48.000 0.059 NA   NA
 5482609 5482610 Arad_7990 Arad_7993     FALSE 0.002 659.000 0.000 NA   NA
 5482610 5482611 Arad_7993 Arad_7994     TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   NA
 5482611 5482612 Arad_7994 Arad_7995     FALSE 0.065 141.000 0.000 NA   NA
 5482612 5482613 Arad_7995 Arad_7996     FALSE 0.066 140.000 0.000 NA   NA
 5482613 5482614 Arad_7996 Arad_7997     FALSE 0.158 95.000 0.000 NA   NA
 5482614 5482615 Arad_7997 Arad_7998   rosR FALSE 0.281 57.000 0.000 NA   NA
 5482615 5482616 Arad_7998 Arad_7999 rosR   FALSE 0.024 191.000 0.000 NA   NA
 5482616 5482617 Arad_7999 Arad_8000     FALSE 0.224 76.000 0.000 NA   NA
 5482617 5482618 Arad_8000 Arad_8001     FALSE 0.279 58.000 0.000 NA   NA
 5482618 5482619 Arad_8001 Arad_8002     FALSE 0.320 46.000 0.000 NA   NA
 5482619 5482620 Arad_8002 Arad_8003     FALSE 0.018 207.000 0.000 NA   NA
 5482621 5482622 Arad_8005 Arad_8006 rinQ   FALSE 0.004 340.000 0.000 NA   NA
 5482626 5482627 Arad_8012 Arad_8013     TRUE 0.988 -3.000 0.400 NA   NA
 5482627 5482628 Arad_8013 Arad_8014   dppCf TRUE 0.993 -21.000 0.667 NA   NA
 5482628 5482629 Arad_8014 Arad_8015 dppCf   TRUE 0.998 -3.000 0.667 NA Y NA
 5482629 5482630 Arad_8015 Arad_8016     TRUE 0.983 35.000 0.667 NA Y NA
 5482630 5482631 Arad_8016 Arad_8018     FALSE 0.002 216.000 0.000 NA N NA
 5482631 5482632 Arad_8018 Arad_8019     FALSE 0.020 201.000 0.000 NA   NA
 5482632 5482633 Arad_8019 Arad_8020     FALSE 0.399 28.000 0.000 NA   NA
 5482633 5482634 Arad_8020 Arad_8022     FALSE 0.469 -10.000 0.000 1.000 N NA
 5482634 5482635 Arad_8022 Arad_8023   rbsAch3 TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482635 5482636 Arad_8023 Arad_8024 rbsAch3   TRUE 0.705 8.000 0.000 NA   NA
 5482636 5482637 Arad_8024 Arad_8026     FALSE 0.052 151.000 0.000 NA   NA
 5482638 5482639 Arad_8027 Arad_8028     FALSE 0.003 363.000 0.000 NA   NA
 5482640 5482641 Arad_8030 Arad_8031   appD TRUE 0.999 -3.000 0.591 0.006 Y NA
 5482641 5482642 Arad_8031 Arad_8032 appD   FALSE 0.505 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5482642 5482643 Arad_8032 Arad_8033   codAch2 TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.006 Y NA
 5482643 5482644 Arad_8033 Arad_8034 codAch2 dppCch1 TRUE 0.912 10.000 0.231 NA N NA
 5482644 5482645 Arad_8034 Arad_8035 dppCch1   TRUE 0.993 17.000 0.750 NA Y NA
 5482645 5482646 Arad_8035 Arad_8036     TRUE 0.839 88.000 0.150 NA Y NA
 5482647 5482648 Arad_10055 Arad_8037     TRUE 0.707 67.000 0.222 1.000   NA
 5482649 5482650 Arad_8040 Arad_8042 rpsU   FALSE 0.008 275.000 0.000 1.000   NA
 5482650 5482651 Arad_8042 Arad_8043     FALSE 0.111 112.000 0.000 NA   NA
 5482651 5482652 Arad_8043 Arad_8044     FALSE 0.009 256.000 0.000 NA   NA
 5482652 5482653 Arad_8044 Arad_8046   fhuA FALSE 0.099 244.000 0.000 NA Y NA
 5482653 5482654 Arad_8046 Arad_8048 fhuA   FALSE 0.185 164.000 0.250 1.000 N NA
 5482656 5482657 Arad_8050 Arad_8052     FALSE 0.001 327.000 0.000 1.000 N NA
 5482657 5482658 Arad_8052 Arad_8053     TRUE 0.980 -22.000 0.000 NA Y NA
 5482658 5482659 Arad_8053 Arad_8054     TRUE 0.963 98.000 0.800 NA Y NA
 5482659 5482660 Arad_8054 Arad_8056     TRUE 0.960 78.000 0.600 NA Y NA
 5482660 5482661 Arad_8056 Arad_8058     FALSE 0.081 894.000 0.500 NA Y NA
 5482662 5482663 Arad_8059 Arad_8060     FALSE 0.002 234.000 0.000 1.000 N NA
 5482664 5482665 Arad_8063 Arad_8064     FALSE 0.043 161.000 0.000 NA   NA
 5482666 5482667 Arad_8066 Arad_8067     TRUE 0.945 60.000 0.818 NA   NA
 5482667 5482668 Arad_8067 Arad_8069     TRUE 0.996 -28.000 0.903 1.000   NA
 5482668 5482669 Arad_8069 Arad_8071     TRUE 0.997 -3.000 0.844 0.089   NA
 5482669 5482670 Arad_8071 Arad_8072     TRUE 0.995 0.000 0.818 1.000   NA
 5482670 5482671 Arad_8072 Arad_8074     TRUE 0.989 -3.000 0.424 1.000   NA
 5482671 5482672 Arad_8074 Arad_8075     TRUE 0.985 2.000 0.484 NA   NA
 5482672 5482673 Arad_8075 Arad_8076     TRUE 0.975 12.000 0.556 NA   NA
 5482673 5482674 Arad_8076 Arad_8077     TRUE 0.980 -3.000 0.278 NA   NA
 5482674 5482675 Arad_8077 Arad_8079     FALSE 0.004 360.000 0.000 NA   NA
 5482675 5482676 Arad_8079 Arad_8080     TRUE 0.999 -3.000 0.750 NA Y NA
 5482676 5482677 Arad_8080 Arad_8081     TRUE 0.980 32.000 0.583 NA Y NA
 5482678 5482679 Arad_8082 Arad_8083     FALSE 0.004 193.000 0.000 1.000 N NA
 5482683 5482684 Arad_8090 Arad_8091     FALSE 0.240 72.000 0.000 NA   NA
 5482684 5482685 Arad_8091 Arad_8092     FALSE 0.006 288.000 0.000 NA   NA
 5482686 5482687 Arad_8093 Arad_8094     TRUE 0.986 22.000 0.571 NA Y NA
 5482687 5482688 Arad_8094 Arad_8096   braE TRUE 0.929 42.000 0.194 NA Y NA
 5482688 5482689 Arad_8096 Arad_8097 braE braF TRUE 0.994 -3.000 0.194 NA Y NA
 5482689 5482690 Arad_8097 Arad_8098 braF braG TRUE 0.998 -10.000 0.500 0.053 Y NA
 5482690 5482691 Arad_8098 Arad_8100 braG aatAch TRUE 0.926 43.000 0.176 1.000 Y NA
 5482691 5482692 Arad_8100 Arad_8101 aatAch   TRUE 0.563 80.000 0.235 NA N NA
 5482692 5482693 Arad_8101 Arad_8102     FALSE 0.417 154.000 0.500 NA N NA
 5482693 5482694 Arad_8102 Arad_8103     TRUE 0.993 11.000 0.500 1.000 Y NA
 5482694 5482695 Arad_8103 Arad_8104     TRUE 0.993 10.000 1.000 1.000   NA
 5482695 5482696 Arad_8104 Arad_8106     TRUE 0.987 11.000 0.750 1.000   NA
 5482696 5482697 Arad_8106 Arad_8107     TRUE 0.566 15.000 0.000 NA   NA
 5482697 5482698 Arad_8107 Arad_8109     FALSE 0.004 356.000 0.000 NA   NA
 5482698 5482699 Arad_8109 Arad_8110     TRUE 0.813 0.000 0.000 NA   NA
 5482700 5482701 Arad_8111 Arad_8112   nolRch FALSE 0.408 27.000 0.000 NA   NA
 5482702 5482703 Arad_8114 Arad_8115   ssuD TRUE 0.981 -3.000 0.375 NA N NA
 5482703 5482704 Arad_8115 Arad_8116 ssuD   FALSE 0.365 -7.000 0.000 NA N NA
 5482704 5482705 Arad_8116 Arad_8117     TRUE 0.998 -3.000 0.600 NA Y NA
 5482705 5482706 Arad_8117 Arad_8118     TRUE 0.996 -3.000 0.308 1.000 Y NA
 5482706 5482707 Arad_8118 Arad_8119     FALSE 0.287 55.000 0.000 NA   NA
 5482707 5482708 Arad_8119 Arad_8120     FALSE 0.003 418.000 0.000 NA   NA
 5482710 5482711 Arad_8124 Arad_8125     TRUE 0.944 6.000 0.286 1.000 N NA
 5482711 5482712 Arad_8125 Arad_8126     TRUE 0.874 2.000 0.044 1.000 N NA
 5482712 5482713 Arad_8126 Arad_8127     FALSE 0.309 90.000 0.059 1.000 N NA
 5482713 5482714 Arad_8127 Arad_8128     TRUE 0.833 109.000 0.292 NA Y NA
 5482714 5482715 Arad_8128 Arad_8130     TRUE 0.833 133.000 0.455 NA Y NA
 5482715 5482716 Arad_8130 Arad_8133     TRUE 0.996 16.000 0.955 NA Y NA
 5482716 5482717 Arad_8133 Arad_8134   mcpGc FALSE 0.000 572.000 0.000 NA N NA
 5482718 5482719 Arad_8136 Arad_8137     TRUE 0.874 63.000 0.600 NA N NA
 5482719 5482720 Arad_8137 Arad_8138     TRUE 0.824 -19.000 0.000 NA   NA
 5482721 5482722 Arad_8140 Arad_8142   dapAf3 TRUE 0.936 -3.000 0.080 1.000 N NA
 5482722 5482723 Arad_8142 Arad_8144 dapAf3 dhaL TRUE 0.993 -7.000 0.667 0.088 N NA
 5482723 5482724 Arad_8144 Arad_8145 dhaL   TRUE 0.981 -3.000 0.300 0.060 N NA
 5482724 5482725 Arad_8145 Arad_8146     TRUE 0.980 54.000 0.700 1.000 Y NA
 5482725 5482726 Arad_8146 Arad_8147     TRUE 0.870 95.000 0.280 1.000 Y NA
 5482726 5482727 Arad_8147 Arad_8148     TRUE 0.963 29.000 0.320 NA Y NA
 5482727 5482728 Arad_8148 Arad_8150     TRUE 0.999 -3.000 0.900 NA Y NA
 5482728 5482729 Arad_8150 Arad_8151     TRUE 0.962 19.000 0.178 NA Y NA
 5482729 5482730 Arad_8151 Arad_8152     FALSE 0.329 103.000 0.133 NA N NA
 5482731 5482732 Arad_8153 Arad_8154     FALSE 0.150 132.000 0.062 NA N NA
 5482735 5482736 Arad_8157 Arad_8158   braF FALSE 0.321 0.000 0.000 NA N NA
 5482736 5482737 Arad_8158 Arad_8159 braF braD TRUE 0.997 10.000 0.750 NA Y NA
 5482737 5482738 Arad_8159 Arad_8160 braD   TRUE 0.998 4.000 0.875 NA Y NA
 5482738 5482739 Arad_8160 Arad_8161     TRUE 0.912 96.000 0.429 NA Y NA
 5482739 5482740 Arad_8161 Arad_8162   braG TRUE 0.984 16.000 0.400 NA Y NA
 5482740 5482741 Arad_8162 Arad_8164 braG   TRUE 0.978 0.000 0.400 1.000 N NA
 5482745 5482746 Arad_8169 Arad_8170     TRUE 0.856 117.000 0.400 NA Y NA
 5482746 5482747 Arad_8170 Arad_8171     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 5482747 5482748 Arad_8171 Arad_8173     FALSE 0.132 104.000 0.000 NA   NA
 5482748 5482749 Arad_8173 Arad_8174     FALSE 0.070 137.000 0.000 NA   NA
 5482749 5482750 Arad_8174 Arad_8176     TRUE 0.804 75.000 0.400 NA   NA
 5482751 5482752 Arad_8177 Arad_8178   tpiA FALSE 0.177 54.000 0.000 0.088 N NA
 5482752 5482753 Arad_8178 Arad_8179 tpiA   TRUE 0.754 -3.000 0.000 0.088 N NA
 5482753 5482754 Arad_8179 Arad_8180   rbsAch3 TRUE 0.966 6.000 0.412 1.000 N NA
 5482754 5482755 Arad_8180 Arad_8181 rbsAch3 rbsBch3 TRUE 0.945 23.000 0.090 NA Y NA
 5482755 5482756 Arad_8181 Arad_8182 rbsBch3 rbsCch4 TRUE 0.702 118.000 0.099 NA Y NA
 5482757 5482758 Arad_8183 Arad_8184 tktB tktA TRUE 0.998 0.000 0.281 0.001 Y NA
 5482758 5482759 Arad_8184 Arad_8185 tktA glpK TRUE 0.685 66.000 0.281 1.000 N NA
 5482759 5482760 Arad_8185 Arad_8186 glpK   TRUE 0.826 22.000 0.250 1.000 N NA
 5482760 5482761 Arad_8186 Arad_8187     FALSE 0.003 205.000 0.000 1.000 N NA
 5482761 5482762 Arad_8187 Arad_8188   thuBf TRUE 0.901 23.000 0.333 1.000   NA
 5482762 5482763 Arad_8188 Arad_8189 thuBf   TRUE 0.944 -3.000 0.036 NA   NA
 5482763 5482764 Arad_8189 Arad_8190   iolC TRUE 0.946 -21.000 0.073 NA   NA
 5482764 5482765 Arad_8190 Arad_8191 iolC smoS TRUE 0.545 38.000 0.073 NA N NA
 5482765 5482766 Arad_8191 Arad_8193 smoS   TRUE 0.583 58.000 0.073 0.060 N NA
 5482767 5482768 Arad_8194 Arad_8195     FALSE 0.172 203.000 0.000 NA Y NA
 5482769 5482770 Arad_8196 Arad_8197     TRUE 0.986 11.000 0.286 NA Y NA
 5482770 5482771 Arad_8197 Arad_8198     TRUE 0.995 -3.000 0.286 NA Y NA
 5482771 5482772 Arad_8198 Arad_8200     TRUE 0.979 4.000 0.500 1.000 N NA
 5482772 5482773 Arad_8200 Arad_8201   aroQ FALSE 0.042 82.000 0.000 1.000 N NA
 5482775 5482776 Arad_8203 Arad_8204 mocBf mcpB FALSE 0.109 17.000 0.000 NA N NA
 5482776 5482777 Arad_8204 Arad_8205 mcpB   FALSE 0.253 69.000 0.000 NA   NA
 5482781 5482782 Arad_8211 Arad_8212 hppD hmgA FALSE 0.448 60.000 0.060 1.000 N NA
 5482782 5482783 Arad_8212 Arad_8213 hmgA   TRUE 0.931 38.000 0.180 1.000 Y NA
 5482783 5482784 Arad_8213 Arad_8214   maiA TRUE 0.990 -3.000 0.575 1.000 N NA
 5482785 5482786 Arad_8215 Arad_8216 vbsP   FALSE 0.026 186.000 0.000 NA   NA
 5482786 5482787 Arad_8216 Arad_8218     FALSE 0.040 164.000 0.000 NA   NA
 5482789 5482790 Arad_8221 Arad_8222 phbB fhuB FALSE 0.034 71.000 0.000 NA N NA
 5482790 5482791 Arad_8222 Arad_8223 fhuB fhuD TRUE 0.991 0.000 0.186 NA Y NA
 5482791 5482792 Arad_8223 Arad_8225 fhuD fhuC TRUE 0.990 -10.000 0.059 1.000 Y NA
 5482792 5482793 Arad_8225 Arad_8227 fhuC vbsC TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482793 5482794 Arad_8227 Arad_8228 vbsC   TRUE 0.958 3.000 0.214 1.000   NA
 5482794 5482795 Arad_8228 Arad_8229   vbsO FALSE 0.000 445.000 0.000 NA N NA
 5482795 5482796 Arad_8229 Arad_8230 vbsO vbsS TRUE 0.956 34.000 0.308 NA Y NA
 5482797 5482798 Arad_8231 Arad_8232 vbsA vbsD TRUE 0.855 18.000 0.259 NA N NA
 5482798 5482799 Arad_8232 Arad_8233 vbsD vbsL TRUE 0.992 -3.000 0.636 1.000 N NA
 5482799 5482800 Arad_8233 Arad_8234 vbsL lysA TRUE 0.619 118.000 0.003 1.000 Y NA
 5482800 5482801 Arad_8234 Arad_8235 lysA   FALSE 0.092 122.000 0.000 NA   NA
 5482802 5482803 Arad_8237 Arad_8238     FALSE 0.001 279.000 0.000 1.000 N NA
 5482803 5482804 Arad_8238 Arad_8240     FALSE 0.087 35.000 0.000 1.000 N NA
 5482804 5482805 Arad_8240 Arad_8241     TRUE 0.931 -10.000 0.087 1.000 N NA
 5482805 5482806 Arad_8241 Arad_8244   potD FALSE 0.463 71.000 0.087 1.000 N NA
 5482806 5482807 Arad_8244 Arad_8245 potD potI TRUE 0.920 42.000 0.143 NA Y NA
 5482807 5482808 Arad_8245 Arad_8246 potI potH TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 5482808 5482809 Arad_8246 Arad_8248 potH   FALSE 0.001 283.000 0.000 NA N NA
 5482809 5482810 Arad_8248 Arad_8249   nrdF FALSE 0.012 142.000 0.000 1.000 N NA
 5482810 5482811 Arad_8249 Arad_8250 nrdF   TRUE 0.990 17.000 0.038 0.000 Y NA
 5482811 5482812 Arad_8250 Arad_8252   nrdI TRUE 0.988 -18.000 0.038 NA Y NA
 5482812 5482813 Arad_8252 Arad_8253 nrdI nrdH TRUE 0.989 0.000 0.635 NA N NA
 5482815 5482816 Arad_8257 Arad_8258 nodW   TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 5482816 5482817 Arad_8258 Arad_8259     FALSE 0.093 126.000 0.000 1.000   NA
 5482817 5482818 Arad_8259 Arad_8260     TRUE 0.969 24.000 0.304 1.000 Y NA
 5482818 5482819 Arad_8260 Arad_8261     FALSE 0.000 651.000 0.000 1.000 N NA
 5482819 5482820 Arad_8261 Arad_8263     TRUE 0.978 7.000 0.000 0.025 Y NA
 5482820 5482821 Arad_8263 Arad_8264     FALSE 0.463 24.000 0.000 1.000   NA
 5482821 5482822 Arad_8264 Arad_8265   dppCch1 TRUE 0.986 2.000 0.500 NA   NA
 5482822 5482823 Arad_8265 Arad_8266 dppCch1   TRUE 0.997 -7.000 0.500 NA Y NA
 5482823 5482824 Arad_8266 Arad_8268     FALSE 0.073 271.000 0.000 NA Y NA
 5482824 5482825 Arad_8268 Arad_8269   argE TRUE 0.943 13.000 0.000 NA Y NA
 5482827 5482828 Arad_8271 Arad_8272   braF TRUE 0.996 0.000 0.360 0.052 Y NA
 5482828 5482829 Arad_8272 Arad_8273 braF   TRUE 0.997 -3.000 0.462 NA Y NA
 5482829 5482830 Arad_8273 Arad_8274   braC1 TRUE 0.894 122.000 0.577 NA Y NA
 5482832 5482833 Arad_8277 Arad_8279 gcdH   FALSE 0.078 44.000 0.000 1.000 N NA
 5482833 5482834 Arad_8279 Arad_8280     TRUE 0.999 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 5482834 5482835 Arad_8280 Arad_8281     FALSE 0.295 52.000 0.000 NA   NA
 5482835 5482836 Arad_8281 Arad_8282     TRUE 0.932 51.000 0.682 NA   NA
 5482836 5482837 Arad_8282 Arad_8283     TRUE 0.978 -7.000 0.274 NA   NA
 5482837 5482838 Arad_8283 Arad_8284     TRUE 0.913 20.000 0.342 NA   NA
 5482839 5482840 Arad_8286 Arad_8288   fpr FALSE 0.011 143.000 0.000 1.000 N NA
 5482841 5482842 Arad_8291 Arad_8292   xdhA TRUE 0.999 -3.000 0.522 0.009 Y NA
 5482842 5482843 Arad_8292 Arad_8294 xdhA   FALSE 0.001 304.000 0.000 1.000 N NA
 5482844 5482845 Arad_8295 Arad_8296 braC1   TRUE 0.924 69.000 0.286 NA Y NA
 5482845 5482846 Arad_8296 Arad_8298     TRUE 0.981 86.000 1.000 NA Y NA
 5482846 5482847 Arad_8298 Arad_8299     TRUE 0.999 0.000 1.000 NA Y NA
 5482847 5482848 Arad_8299 Arad_8300     TRUE 0.996 2.000 1.000 NA   NA
 5482848 5482849 Arad_8300 Arad_8301     TRUE 0.992 -3.000 0.429 0.052   NA
 5482849 5482850 Arad_8301 Arad_8302     FALSE 0.243 78.000 0.005 1.000 N NA
 5482850 5482851 Arad_8302 Arad_8303     FALSE 0.317 51.000 0.000 1.000   NA
 5482851 5482852 Arad_8303 Arad_8304     FALSE 0.186 90.000 0.000 1.000   NA
 5482852 5482853 Arad_8304 Arad_8305   dhaL FALSE 0.238 12.000 0.000 1.000 N NA
 5482854 5482855 Arad_8306 Arad_8307     FALSE 0.020 200.000 0.000 NA   NA
 5482855 5482856 Arad_8307 Arad_8308     TRUE 0.992 -3.000 0.655 1.000 N NA
 5482856 5482857 Arad_8308 Arad_8309     TRUE 1.000 -3.000 0.966 0.008 Y NA
 5482860 5482861 Arad_8312 Arad_8314     FALSE 0.449 170.000 0.130 NA Y NA
 5482861 5482862 Arad_8314 Arad_8316     TRUE 0.999 -3.000 0.739 NA Y NA
 5482862 5482863 Arad_8316 Arad_8317     TRUE 0.996 -3.000 0.364 NA Y NA
 5482863 5482864 Arad_8317 Arad_8319     TRUE 0.979 6.000 0.045 1.000 Y NA
 5482864 5482865 Arad_8319 Arad_8320   lacZ1 TRUE 0.998 0.000 0.667 1.000 Y NA
 5482865 5482866 Arad_8320 Arad_8321 lacZ1   FALSE 0.300 51.000 0.000 NA   NA
 5482866 5482867 Arad_8321 Arad_8324     FALSE 0.001 921.000 0.000 NA   NA
 5482868 5482869 Arad_8325 Arad_8326     TRUE 0.635 31.000 0.103 1.000 N NA
 5482869 5482870 Arad_8326 Arad_8327     TRUE 0.992 5.000 0.364 NA Y NA
 5482870 5482871 Arad_8327 Arad_8328     TRUE 0.996 -3.000 0.357 NA Y NA
 5482871