VIMSS Operon Predictions for Anaeromyxobacter sp. Fw109-5

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 1368188 1368189 FALSE 0.001 687 0
 1368189 1372255 FALSE 0.101 -111 0
 1372255 1368190 FALSE 0 762 0
 1368192 1368193 FALSE 0.007 206 -1.623
 1368193 1368194 FALSE 0.024 148 -1.667
 1368194 1368195 TRUE 0.884 138 6.469
 1368195 1368196 TRUE 0.979 -9 5.775
 1368196 1368197 TRUE 0.996 18 240.986
 1368197 1368198 FALSE 0.458 18 -3.188
 1368198 1368199 FALSE 0.124 59 -2.511
 1368200 1372265 FALSE 0.092 11 0
 1372265 1368201 FALSE 0.06 17 0
 1368205 1368206 FALSE 0.019 214 -1.623
 1368206 1368207 FALSE 0.014 238 -1.623
 1368207 1368208 TRUE 0.972 -3 2.598
 1368208 1368209 TRUE 0.999 -3 355.366
 1368209 1368210 TRUE 0.997 7 239.689
 1368210 1368211 TRUE 0.992 23 293.238
 1368211 1368212 TRUE 0.999 -3 338.586
 1368212 1368213 FALSE 0.001 270 0
 1368213 1368214 FALSE 0.001 354 0
 1368214 1368215 FALSE 0.006 216 -1.623
 1368215 1368216 TRUE 0.874 0 0.22
 1368218 1372293 FALSE 0.054 -6 0
 1368219 1372298 FALSE 0.052 51 -1.623
 1372298 1368220 TRUE 0.948 -13 9.188
 1368220 1368221 FALSE 0.03 95 -1.623
 1368221 1368222 TRUE 0.996 -3 41.628
 1368222 1368223 TRUE 0.993 -3 57.98
 1368224 1368225 FALSE 0.051 131 -0.122
 1368225 1368226 TRUE 0.982 -114 62.677
 1368226 1368227 TRUE 0.999 -3 495.112
 1368227 1368228 TRUE 0.999 -3 404.96
 1368228 1368229 FALSE 0.021 54 0
 1368229 1372308 FALSE 0.037 -30 0
 1372308 1368230 FALSE 0.453 -3 -4.354
 1368231 1368232 FALSE 0.001 293 0
 1368233 1368234 FALSE 0.043 157 -0.311
 1368236 1368237 FALSE 0.007 403 -1.877
 1368238 1368239 TRUE 0.992 0 51.756
 1368239 1368240 FALSE 0.017 250 -1.623
 1368242 1368243 FALSE 0.042 -16 0
 1368243 1368244 TRUE 0.874 2 0.22
 1368244 1368245 FALSE 0.002 244 0
 1368245 1368246 FALSE 0.07 15 0
 1368248 1368249 FALSE 0.007 150 0
 1368250 1368251 FALSE 0.032 223 -4.021
 1368251 1368252 FALSE 0.12 -3 0
 1368252 1368253 FALSE 0.04 64 -1.623
 1368254 1372350 TRUE 0.984 15 100.649
 1372350 1368255 FALSE 0.146 -15 0
 1368256 1372352 TRUE 0.51 -1533 0
 1368257 1372356 FALSE 0.12 -3 0
 1368258 1368259 TRUE 0.879 125 271.823
 1368261 1368262 FALSE 0.021 68 -0.144
 1368263 1368264 FALSE 0.174 31 -0.097
 1368264 1368265 FALSE 0.002 257 0
 1372368 1368267 FALSE 0.351 -3 -1.896
 1368267 1368268 FALSE 0.001 366 0
 1368274 1368275 FALSE 0.002 236 0
 1368275 1368276 FALSE 0.009 350 -1.758
 1368276 1368277 FALSE 0.037 120 -1.732
 1368277 1368278 TRUE 0.839 -3 0.22
 1368278 1368279 FALSE 0.005 174 0
 1368279 1368280 FALSE 0.012 98 0
 1368281 1368282 FALSE 0.105 192 0.184
 1368283 1372262 TRUE 0.997 -3 26.158
 1372262 1368284 FALSE 0.038 193 -3.226
 1368284 1368285 FALSE 0.276 20 -1.623
 1368285 1368286 FALSE 0.001 297 0
 1368292 1368293 FALSE 0.092 11 0
 1368294 1372282 FALSE 0.002 421 0
 1368295 1368296 FALSE 0.052 250 0.209
 1368296 1368297 FALSE 0.001 312 0
 1368297 1372289 FALSE 0 619 0
 1372289 1368298 FALSE 0.12 -3 0
 1368298 1368299 FALSE 0.286 19 -1.623
 1368299 1368300 FALSE 0.153 63 -1.623
 1368300 1368301 TRUE 0.993 3 61.771
 1368301 1368302 TRUE 0.987 -13 339.478
 1368302 1368303 FALSE 0.069 70 -2.152
 1368304 1368305 TRUE 0.856 9 0.22
 1368305 1368306 TRUE 0.666 -19 0.22
 1368306 1372309 FALSE 0.386 -1002 0.22
 1368307 1368308 FALSE 0.015 689 -2.651
 1368309 1368310 FALSE 0.071 159 -0.091
 1368311 1368312 FALSE 0.129 131 -1.444
 1368312 1368313 TRUE 0.997 -3 446.125
 1368313 1368314 TRUE 0.99 -3 5.676
 1368314 1368315 FALSE 0.312 64 -1.575
 1368315 1368316 TRUE 0.617 74 -2.166
 1368316 1368317 TRUE 0.77 74 2.163
 1368319 1368320 FALSE 0.131 190 0.22
 1368321 1368322 TRUE 0.68 55 0.181
 1368322 1368323 TRUE 0.983 5 8.339
 1368323 1368324 FALSE 0.008 117 -0.008
 1368324 1368325 FALSE 0 514 0
 1368325 1368326 TRUE 0.989 -7 34.436
 1368326 1368327 TRUE 0.731 12 0.209
 1368327 1368328 TRUE 0.741 15 0.22
 1368328 1368329 FALSE 0.221 148 0.22
 1368329 1368330 FALSE 0.006 537 0.22
 1368330 1368331 TRUE 0.839 -3 0.22
 1368331 1368332 TRUE 0.562 -130 0.22
 1368332 1368333 TRUE 0.839 -3 0.22
 1368333 1368334 TRUE 0.839 -3 0.22
 1368334 1368335 TRUE 0.963 -3 0.22
 1368336 1368337 FALSE 0.203 97 0
 1368337 1368338 FALSE 0.002 493 0
 1368339 1372361 FALSE 0.093 -3 -0.031
 1372361 1368340 FALSE 0.154 1 0
 1368341 1368342 FALSE 0.011 116 0
 1368342 1368343 FALSE 0.12 -3 0
 1368343 1372365 FALSE 0.023 -318 0
 1372365 1372366 TRUE 0.991 -3 53.514
 1368344 1368345 FALSE 0.001 488 -1.623
 1368346 1368347 FALSE 0.004 207 -0.124
 1368347 1368348 FALSE 0.016 69 0
 1368350 1368351 FALSE 0.001 407 0
 1368351 1368352 TRUE 0.709 139 4.493
 1368352 1368353 TRUE 0.981 4 6.879
 1368353 1368354 TRUE 0.946 20 9.299
 1368354 1368355 TRUE 0.906 -28 7.022
 1368355 1368356 FALSE 0.474 193 7.022
 1368356 1368357 TRUE 0.954 15 7.022
 1368357 1368358 TRUE 0.994 -3 9.038
 1368358 1368359 TRUE 0.979 6 6.879
 1368359 1368360 TRUE 0.829 9 0.22
 1368361 1368362 FALSE 0.026 108 -1.623
 1368362 1368363 TRUE 0.543 36 0.22
 1368366 1368367 FALSE 0.418 84 0.22
 1368367 1368368 TRUE 0.992 -3 11.321
 1368370 1368371 TRUE 0.891 -3 0
 1368371 1368372 FALSE 0.089 182 -0.195
 1368373 1368374 FALSE 0.024 102 -0.311
 1368375 1368376 TRUE 0.987 -3 2.71
 1368376 1368377 TRUE 0.948 4 2.71
 1368379 1368380 FALSE 0.026 43 0
 1368380 1368381 TRUE 0.933 9 2.71
 1368381 1368382 TRUE 0.922 0 1.317
 1368382 1368383 FALSE 0.019 -537 0
 1368384 1368385 FALSE 0.123 68 0
 1368386 1368387 FALSE 0.342 33 -0.833
 1368387 1368388 TRUE 0.657 12 -0.499
 1368388 1368389 FALSE 0.019 58 0
 1368389 1372193 tRNA-Val FALSE 0.002 249 0
 1368391 1368392 FALSE 0.001 365 0
 1368392 1368393 FALSE 0.019 58 0
 1368393 1368394 FALSE 0.008 140 0
 1368394 1368395 FALSE 0.007 442 -13.841
 1368395 1368396 TRUE 1 0 93.132
 1368396 1368397 TRUE 1 5 1553.973
 1368397 1368398 TRUE 0.858 110 -15.712
 1368398 1368399 TRUE 0.999 2 1484.775
 1368399 1368400 TRUE 0.999 16 874.801
 1368400 1368401 FALSE 0.127 181 -3.824
 1368401 1368402 TRUE 0.978 88 213.524
 1368402 1368403 TRUE 0.996 101 1743.516
 1368403 1368404 TRUE 0.999 11 907.891
 1368404 1368405 TRUE 1 10 1722.619
 1368405 1368406 FALSE 0.39 529 697.299
 1368406 1372444 FALSE 0.002 247 0
 1372444 1368407 FALSE 0.022 50 0
 1368407 1372446 TRUE 0.98 -10 26.265
 1372446 1368408 FALSE 0.103 -492 0
 1368408 1368409 FALSE 0.433 -3 0
 1368409 1368410 FALSE 0.185 203 -1.296
 1368410 1368411 TRUE 0.998 23 209.161
 1368411 1368412 FALSE 0.173 357 0.015
 1368412 1368413 TRUE 0.998 10 13.785
 1368413 1368414 TRUE 0.999 -3 97.684
 1368414 1368415 TRUE 0.998 18 105.765
 1368416 1368417 FALSE 0.009 130 0
 1368418 1368419 TRUE 0.858 12 1.317
 1368419 1368420 TRUE 0.992 28 21.131
 1368420 1368421 FALSE 0.012 101 0
 1372460 1372463 FALSE 0.017 429 -8.04
 1372463 1368425 TRUE 0.999 21 1889.921
 1368425 1368426 TRUE 0.967 214 1611.437
 1368426 1368427 TRUE 0.899 34 0
 1368427 1368428 FALSE 0.438 90 0
 1368428 1368429 TRUE 0.999 13 1599.321
 1368429 1368430 TRUE 1 -3 1828.895
 1368430 1368431 TRUE 0.999 23 1818.311
 1368431 1368432 TRUE 0.999 24 1845.677
 1368432 1368433 TRUE 0.999 14 281.256
 1368433 1368434 TRUE 0.998 21 296.443
 1368434 1368435 TRUE 0.999 33 1864.03
 1368435 1368436 TRUE 0.991 14 45.223
 1368436 1368437 TRUE 0.995 6 37.428
 1368437