MicrobesOnline Operon Predictions for Anoxybacillus flavithermus WK1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5698782 5698783 Aflv_0001 Aflv_0002 dnaA dnaN TRUE 0.583 157.000 0.097 1.000 Y NA
 5698783 5698784 Aflv_0002 Aflv_0003 dnaN   FALSE 0.390 99.000 0.260 NA   NA
 5698784 5698785 Aflv_0003 Aflv_0004   recF TRUE 0.873 -9.000 0.247 NA   NA
 5698785 5698786 Aflv_0004 Aflv_0005 recF gyrB TRUE 0.944 55.000 0.257 0.007 Y NA
 5698786 5698787 Aflv_0005 Aflv_0006 gyrB gyrA TRUE 0.945 73.000 0.299 0.003 Y NA
 5698787 5698788 Aflv_0006 Aflv_0007 gyrA   TRUE 0.832 17.000 0.021 1.000 N NA
 5698788 5698789 Aflv_0007 Aflv_R001     FALSE 0.009 168.000 0.000 NA   NA
 5698789 5698790 Aflv_R001 Aflv_R002   trnI FALSE 0.002 412.000 0.000 NA   NA
 5698790 5698791 Aflv_R002 Aflv_R003 trnI trnA FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5698791 5698792 Aflv_R003 Aflv_R004 trnA   FALSE 0.015 136.000 0.000 NA   NA
 5698792 5698793 Aflv_R004 Aflv_R005     FALSE 0.003 328.000 0.000 NA   NA
 5698795 5698796 Aflv_0009 Aflv_0010 guaB dacA FALSE 0.511 85.000 0.011 1.000 N NA
 5698796 5698797 Aflv_0010 Aflv_0011 dacA pdxS FALSE 0.136 213.000 0.018 1.000 N NA
 5698797 5698798 Aflv_0011 Aflv_0012 pdxS pdxT TRUE 0.972 19.000 0.640 NA Y NA
 5698798 5698799 Aflv_0012 Aflv_0013 pdxT serS FALSE 0.062 321.000 0.008 NA N NA
 5698799 5698800 Aflv_0013 Aflv_R007 serS trnS FALSE 0.035 79.000 0.000 NA   NA
 5698801 5698802 Aflv_0014 Aflv_0015 dck dgk TRUE 0.995 -3.000 0.333 0.001 Y NA
 5698803 5698804 Aflv_0016 Aflv_R008     FALSE 0.035 71.000 0.000 NA   NA
 5698804 5698805 Aflv_R008 Aflv_0017   dnaX FALSE 0.025 109.000 0.000 NA   NA
 5698805 5698806 Aflv_0017 Aflv_0018 dnaX yaaK TRUE 0.572 8.000 0.024 NA   NA
 5698806 5698807 Aflv_0018 Aflv_0019 yaaK recR TRUE 0.849 10.000 0.615 NA   NA
 5698807 5698808 Aflv_0019 Aflv_0020 recR yaaL TRUE 0.739 0.000 0.057 NA   NA
 5698808 5698809 Aflv_0020 Aflv_0021 yaaL bofA TRUE 0.893 -3.000 0.333 NA   NA
 5698809 5698810 Aflv_0021 Aflv_0022 bofA   FALSE 0.238 -13.000 0.000 NA   NA
 5698810 5698811 Aflv_0022 Aflv_R009     FALSE 0.037 66.000 0.000 NA   NA
 5698811 5698812 Aflv_R009 Aflv_R010   trnI FALSE 0.002 391.000 0.000 NA   NA
 5698812 5698813 Aflv_R010 Aflv_R011 trnI trnA FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5698813 5698814 Aflv_R011 Aflv_R012 trnA   FALSE 0.015 136.000 0.000 NA   NA
 5698814 5698815 Aflv_R012 Aflv_R013     FALSE 0.034 75.000 0.000 NA   NA
 5698815 5698816 Aflv_R013 Aflv_0023   csfB FALSE 0.039 61.000 0.000 NA   NA
 5698816 5698817 Aflv_0023 Aflv_0024 csfB   FALSE 0.429 82.000 0.232 NA   NA
 5698817 5698818 Aflv_0024 Aflv_0025   tmk TRUE 0.872 2.000 0.067 1.000 N NA
 5698818 5698819 Aflv_0025 Aflv_0026 tmk holB TRUE 0.898 11.000 0.353 1.000 N NA
 5698819 5698820 Aflv_0026 Aflv_0027 holB yaaT TRUE 0.882 -7.000 0.276 NA   NA
 5698820 5698821 Aflv_0027 Aflv_0028 yaaT yabA TRUE 0.762 16.000 0.204 NA   NA
 5698821 5698822 Aflv_0028 Aflv_0029 yabA yabB FALSE 0.417 55.000 0.116 NA   NA
 5698822 5698823 Aflv_0029 Aflv_0030 yabB yabC TRUE 0.893 7.000 0.085 0.008   NA
 5698825 5698826 Aflv_0032 Aflv_0033 metS yabD FALSE 0.468 117.000 0.208 NA N NA
 5698826 5698827 Aflv_0033 Aflv_0034 yabD yabE FALSE 0.043 205.000 0.008 NA   NA
 5698827 5698828 Aflv_0034 Aflv_0035 yabE rnmV FALSE 0.354 62.000 0.026 1.000   NA
 5698828 5698829 Aflv_0035 Aflv_0036 rnmV ksgA TRUE 0.901 -7.000 0.004 1.000 N NA
 5698829 5698830 Aflv_0036 Aflv_0037 ksgA yabG TRUE 0.747 -13.000 0.023 NA   NA
 5698830 5698831 Aflv_0037 Aflv_0038 yabG veg FALSE 0.157 156.000 0.156 NA   NA
 5698831 5698832 Aflv_0038 Aflv_0039 veg ispE FALSE 0.177 119.000 0.031 NA   NA
 5698832 5698833 Aflv_0039 Aflv_0040 ispE purR TRUE 0.857 16.000 0.051 1.000 N NA
 5698833 5698834 Aflv_0040 Aflv_0041 purR yabJ TRUE 0.814 34.000 0.295 NA N NA
 5698834 5698835 Aflv_0041 Aflv_0042 yabJ spoVG TRUE 0.604 77.000 0.232 NA N NA
 5698835 5698836 Aflv_0042 Aflv_0043 spoVG gcaD FALSE 0.519 156.000 0.018 1.000 Y NA
 5698836 5698837 Aflv_0043 Aflv_0044 gcaD prs TRUE 0.861 18.000 0.069 1.000 N NA
 5698837 5698838 Aflv_0044 Aflv_0045 prs ctc TRUE 0.590 57.000 0.036 1.000 N NA
 5698838 5698839 Aflv_0045 Aflv_0046 ctc spoVC TRUE 0.990 -3.000 0.522 0.038 Y NA
 5698839 5698840 Aflv_0046 Aflv_0047 spoVC yabK TRUE 0.573 19.000 0.013 NA   NA
 5698840 5698841 Aflv_0047 Aflv_0048 yabK mfd TRUE 0.655 1.000 0.025 NA   NA
 5698841 5698842 Aflv_0048 Aflv_0049 mfd spoVT FALSE 0.362 195.000 0.038 NA Y NA
 5698842 5698843 Aflv_0049 Aflv_0050 spoVT yabM FALSE 0.490 49.000 0.173 NA   NA
 5698843 5698844 Aflv_0050 Aflv_0051 yabM yabN TRUE 0.739 3.000 0.061 1.000   NA
 5698844 5698845 Aflv_0051 Aflv_0052 yabN yabO TRUE 0.748 2.000 0.055 1.000   NA
 5698845 5698846 Aflv_0052 Aflv_0053 yabO yabP FALSE 0.386 64.000 0.126 NA   NA
 5698846 5698847 Aflv_0053 Aflv_0054 yabP yabQ TRUE 0.935 -3.000 0.709 NA   NA
 5698847 5698848 Aflv_0054 Aflv_0055 yabQ divIC TRUE 0.682 22.000 0.086 NA   NA
 5698848 5698849 Aflv_0055 Aflv_0056 divIC yabR TRUE 0.826 29.000 0.123 1.000 N NA
 5698849 5698850 Aflv_0056 Aflv_R014 yabR trnM FALSE 0.016 134.000 0.000 NA   NA
 5698850 5698851 Aflv_R014 Aflv_R015 trnM trnE FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5698851 5698852 Aflv_R015 Aflv_0057 trnE spoIIE FALSE 0.008 172.000 0.000 NA   NA
 5698852 5698853 Aflv_0057 Aflv_0058 spoIIE yabS FALSE 0.393 67.000 0.167 NA   NA
 5698853 5698854 Aflv_0058 Aflv_0059 yabS yabT TRUE 0.903 -40.000 0.667 NA   NA
 5698854 5698855 Aflv_0059 Aflv_0060 yabT yacA FALSE 0.523 78.000 0.021 1.000 N NA
 5698855 5698856 Aflv_0060 Aflv_0061 yacA hprT TRUE 0.887 1.000 0.082 0.057 N NA
 5698856 5698857 Aflv_0061 Aflv_0062 hprT ftsH TRUE 0.650 87.000 0.237 1.000 N NA
 5698857 5698858 Aflv_0062 Aflv_0063 ftsH coaX FALSE 0.479 98.000 0.023 1.000 N NA
 5698858 5698859 Aflv_0063 Aflv_0064 coaX yacC TRUE 0.920 -3.000 0.050 1.000 N NA
 5698859 5698860 Aflv_0064 Aflv_0065 yacC cysK TRUE 0.573 61.000 0.035 1.000 N NA
 5698860 5698861 Aflv_0065 Aflv_0066 cysK pabB TRUE 0.810 97.000 0.174 1.000 Y NA
 5698861 5698862 Aflv_0066 Aflv_0067 pabB pabA TRUE 0.988 -3.000 0.090 0.011 Y NA
 5698862 5698863 Aflv_0067 Aflv_0068 pabA pabC TRUE 0.947 7.000 0.090 1.000 Y NA
 5698863 5698864 Aflv_0068 Aflv_0069 pabC sul TRUE 0.979 -3.000 0.186 1.000 Y NA
 5698864 5698865 Aflv_0069 Aflv_0070 sul folB TRUE 0.973 -37.000 0.273 1.000 Y NA
 5698865 5698866 Aflv_0070 Aflv_0071 folB folK TRUE 0.959 4.000 0.240 1.000 Y NA
 5698866 5698867 Aflv_0071 Aflv_0072 folK   TRUE 0.854 -54.000 0.017 1.000 N NA
 5698867 5698868 Aflv_0072 Aflv_0073   lysS TRUE 0.816 67.000 0.062 1.000 Y NA
 5698868 5698869 Aflv_0073 Aflv_R016 lysS   FALSE 0.003 290.000 0.000 NA   NA
 5698869 5698870 Aflv_R016 Aflv_R017     FALSE 0.003 356.000 0.000 NA   NA
 5698870 5698871 Aflv_R017 Aflv_R018     FALSE 0.034 75.000 0.000 NA   NA
 5698871 5698872 Aflv_R018 Aflv_0074   ctsR FALSE 0.009 169.000 0.000 NA   NA
 5698872 5698873 Aflv_0074 Aflv_0075 ctsR mcsA TRUE 0.866 6.000 0.714 NA   NA
 5698873 5698874 Aflv_0075 Aflv_0076 mcsA mcsB TRUE 0.924 -52.000 0.837 1.000   NA
 5698874 5698875 Aflv_0076 Aflv_0077 mcsB clpC TRUE 0.903 12.000 0.344 1.000 N NA
 5698875 5698876 Aflv_0077 Aflv_0078 clpC radA TRUE 0.912 59.000 0.083 0.016 Y NA
 5698876 5698877 Aflv_0078 Aflv_0079 radA   FALSE 0.405 51.000 0.065 NA   NA
 5698877 5698878 Aflv_0079 Aflv_0080   ispD TRUE 0.861 -16.000 0.238 NA   NA
 5698878 5698879 Aflv_0080 Aflv_0081 ispD ispF TRUE 0.977 -3.000 0.136 1.000 Y NA
 5698879 5698880 Aflv_0081 Aflv_0082 ispF gltX TRUE 0.560 64.000 0.032 1.000 N NA
 5698880 5698881 Aflv_0082 Aflv_0083 gltX cysE FALSE 0.090 288.000 0.008 1.000 N NA
 5698881 5698882 Aflv_0083 Aflv_0084 cysE cysS TRUE 0.916 -19.000 0.071 0.057 N NA
 5698882 5698883 Aflv_0084 Aflv_0085 cysS   TRUE 0.759 5.000 0.151 1.000   NA
 5698883 5698884 Aflv_0085 Aflv_0086   yacO TRUE 0.942 0.000 0.177 0.005   NA
 5698884 5698885 Aflv_0086 Aflv_0087 yacO yacP TRUE 0.840 -7.000 0.113 NA   NA
 5698885 5698886 Aflv_0087 Aflv_0088 yacP sigH TRUE 0.595 47.000 0.315 NA   NA
 5698886 5698887 Aflv_0088 Aflv_0089 sigH rpmGB TRUE 0.626 64.000 0.112 1.000 N NA
 5698887 5698888 Aflv_0089 Aflv_0090 rpmGB secE TRUE 0.819 32.000 0.176 1.000 N NA
 5698888 5698889 Aflv_0090 Aflv_0091 secE nusG TRUE 0.687 120.000 0.829 1.000 N NA
 5698889 5698890 Aflv_0091 Aflv_0092 nusG rplK TRUE 0.791 83.000 0.762 1.000 N NA
 5698890 5698891 Aflv_0092 Aflv_0093 rplK rplA TRUE 0.917 104.000 0.831 0.032 Y NA
 5698891 5698892 Aflv_0093 Aflv_0094 rplA rplJ TRUE 0.644 188.000 0.377 0.032 Y NA
 5698892 5698893 Aflv_0094 Aflv_0095 rplJ rplL TRUE 0.968 46.000 0.888 0.024 Y NA
 5698893 5698894 Aflv_0095 Aflv_0096 rplL rsmC TRUE 0.805 79.000 0.053 1.000 Y NA
 5698894 5698895 Aflv_0096 Aflv_0097 rsmC rpoB FALSE 0.149 199.000 0.012 1.000 N NA
 5698895 5698896 Aflv_0097 Aflv_0098 rpoB rpoC TRUE 0.979 50.000 0.875 0.002 Y NA
 5698896 5698897 Aflv_0098 Aflv_0099 rpoC   FALSE 0.365 126.000 0.024 1.000 N NA
 5698897 5698898 Aflv_0099 Aflv_0100   rpsL TRUE 0.857 60.000 0.030 0.032 Y NA
 5698898 5698899 Aflv_0100 Aflv_0101 rpsL rpsG TRUE 0.982 45.000 0.935 0.004 Y NA
 5698899 5698900 Aflv_0101 Aflv_0102 rpsG fusA TRUE 0.719 135.000 0.272 1.000 Y NA
 5698900 5698901 Aflv_0102 Aflv_0103 fusA tufA TRUE 0.892 130.000 0.221 0.001 Y NA
 5698901 5698902 Aflv_0103 Aflv_0104 tufA rpsJ FALSE 0.453 236.000 0.340 1.000 Y NA
 5698902 5698903 Aflv_0104 Aflv_0105 rpsJ rplC TRUE 0.981 24.000 0.749 0.032 Y NA
 5698903 5698904 Aflv_0105 Aflv_0106 rplC rplD TRUE 0.983 28.000 0.958 0.024 Y NA
 5698904 5698905 Aflv_0106 Aflv_0107 rplD rplW TRUE 0.991 0.000 0.904 0.024 Y NA
 5698905 5698906 Aflv_0107 Aflv_0108 rplW rplB TRUE 0.985 22.000 0.915 0.030 Y NA
 5698906 5698907 Aflv_0108 Aflv_0109 rplB rpsS TRUE 0.948 58.000 0.894 0.032 Y NA
 5698907 5698908 Aflv_0109 Aflv_0110 rpsS rplV TRUE 0.985 21.000 0.968 0.032 Y NA
 5698908 5698909 Aflv_0110 Aflv_0111 rplV rpsC TRUE 0.985 4.000 0.905 0.032 Y NA
 5698909 5698910 Aflv_0111 Aflv_0112 rpsC rplP TRUE 0.986 3.000 0.894 0.032 Y NA
 5698910 5698911 Aflv_0112 Aflv_0113 rplP rpmC TRUE 0.992 -25.000 0.868 0.024 Y NA
 5698911 5698912 Aflv_0113 Aflv_0114 rpmC rpsQ TRUE 0.984 26.000 0.911 0.024 Y NA
 5698912 5698913 Aflv_0114 Aflv_0115 rpsQ rplN TRUE 0.958 49.000 0.850 0.032 Y NA
 5698913 5698914 Aflv_0115 Aflv_0116 rplN rplX TRUE 0.974 37.000 0.958 0.032 Y NA
 5698914 5698915 Aflv_0116 Aflv_0117 rplX rplE TRUE 0.981 30.000 0.894 0.024 Y NA
 5698915 5698916 Aflv_0117 Aflv_0118 rplE rpsN TRUE 0.965 35.000 0.376 0.024 Y NA
 5698916 5698917 Aflv_0118 Aflv_0119 rpsN rpsH TRUE 0.965 34.000 0.359 0.024 Y NA
 5698917 5698918 Aflv_0119 Aflv_0120 rpsH rplF TRUE 0.982 30.000 0.956 0.024 Y NA
 5698918 5698919 Aflv_0120 Aflv_0121 rplF rplR TRUE 0.988 15.000 0.886 0.024 Y NA
 5698919 5698920 Aflv_0121 Aflv_0122 rplR rpsE TRUE 0.985 20.000 0.973 0.032 Y NA
 5698920 5698921 Aflv_0122 Aflv_0123 rpsE rpmD TRUE 0.983 12.000 0.782 0.032 Y NA
 5698921 5698922 Aflv_0123 Aflv_0124 rpmD rplO TRUE 0.992 15.000 0.677 0.004 Y NA
 5698922 5698923 Aflv_0124 Aflv_0125 rplO secY TRUE 0.961 0.000 0.873 1.000 N NA
 5698923 5698924 Aflv_0125 Aflv_0126 secY adk TRUE 0.676 57.000 0.198 1.000 N NA
 5698924 5698925 Aflv_0126 Aflv_0127 adk map TRUE 0.931 0.000 0.313 1.000 N NA
 5698925 5698926 Aflv_0127 Aflv_0128 map infA TRUE 0.774 99.000 0.058 1.000 Y NA
 5698926 5698927 Aflv_0128 Aflv_0129 infA rpmJ TRUE 0.762 31.000 0.323 1.000   NA
 5698927 5698928 Aflv_0129 Aflv_0130 rpmJ rpsM TRUE 0.905 23.000 0.436 0.024   NA
 5698928 5698929 Aflv_0130 Aflv_0131 rpsM rpsK TRUE 0.979 26.000 0.530 0.024 Y NA
 5698929 5698930 Aflv_0131 Aflv_0132 rpsK rpoA FALSE 0.403 169.000 0.440 1.000 N NA
 5698930 5698931 Aflv_0132 Aflv_0133 rpoA rplQ TRUE 0.819 61.000 0.883 1.000 N NA
 5698931 5698932 Aflv_0133 Aflv_0134 rplQ   FALSE 0.476 114.000 0.069 1.000 N NA
 5698932 5698933 Aflv_0134 Aflv_0135     TRUE 0.988 -42.000 0.475 0.021 Y NA
 5698933 5698934 Aflv_0135 Aflv_0136     TRUE 0.979 -3.000 0.196 1.000 Y NA
 5698934 5698935 Aflv_0136 Aflv_0137   truA TRUE 0.913 16.000 0.333 1.000 N NA
 5698935 5698936 Aflv_0137 Aflv_0138 truA rplM TRUE 0.577 147.000 0.047 1.000 Y NA
 5698936 5698937 Aflv_0138 Aflv_0139 rplM rpsI TRUE 0.986 23.000 0.979 0.024 Y NA
 5698937 5698938 Aflv_0139 Aflv_0140 rpsI ybaK FALSE 0.391 40.000 0.011 NA   NA
 5698938 5698939 Aflv_0140 Aflv_0141 ybaK cwlD FALSE 0.446 56.000 0.190 NA   NA
 5698939 5698940 Aflv_0141 Aflv_0142 cwlD mrp TRUE 0.606 80.000 0.228 NA N NA
 5698944 5698945 Aflv_R019 Aflv_R020     FALSE 0.002 476.000 0.000 NA   NA
 5698945 5698946 Aflv_R020 Aflv_R021     FALSE 0.002 369.000 0.000 NA   NA
 5698946 5698947 Aflv_R021 Aflv_R022   trnN FALSE 0.009 167.000 0.000 NA   NA
 5698947 5698948 Aflv_R022 Aflv_R023 trnN trnT FALSE 0.139 3.000 0.000 NA   NA
 5698948 5698949 Aflv_R023 Aflv_R024 trnT trnE FALSE 0.143 16.000 0.000 NA   NA
 5698949 5698950 Aflv_R024 Aflv_R025 trnE trnV FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5698950 5698951 Aflv_R025 Aflv_R026 trnV trnT FALSE 0.039 60.000 0.000 NA   NA
 5698951 5698952 Aflv_R026 Aflv_R027 trnT trnY FALSE 0.124 6.000 0.000 NA   NA
 5698952 5698953 Aflv_R027 Aflv_R028 trnY trnQ FALSE 0.137 18.000 0.000 NA   NA
 5698953 5698954 Aflv_R028 Aflv_R029 trnQ trnK FALSE 0.112 25.000 0.000 NA   NA
 5698954 5698955 Aflv_R029 Aflv_R030 trnK trnG FALSE 0.123 7.000 0.000 NA   NA
 5698955 5698956 Aflv_R030 Aflv_R031 trnG trnA FALSE 0.150 2.000 0.000 NA   NA
 5698956 5698957 Aflv_R031 Aflv_0146 trnA rocF FALSE 0.015 136.000 0.000 NA   NA
 5698957 5698958 Aflv_0146 Aflv_0147 rocF sigW FALSE 0.497 126.000 0.250 1.000 N NA
 5698958 5698959 Aflv_0147 Aflv_0148 sigW rsiW TRUE 0.970 11.000 0.538 1.000 Y NA
 5698959 5698960 Aflv_0148 Aflv_0149 rsiW   TRUE 0.604 10.000 0.041 NA   NA
 5698960 5698961 Aflv_0149 Aflv_0150     TRUE 0.927 -7.000 0.554 NA   NA
 5698961 5698962 Aflv_0150 Aflv_0151     TRUE 0.733 18.000 0.167 NA   NA
 5698962 5698963 Aflv_0151 Aflv_R032     FALSE 0.010 160.000 0.000 NA   NA
 5698963 5698964 Aflv_R032 Aflv_0152   glmS FALSE 0.038 63.000 0.000 NA   NA
 5698966 5698967 Aflv_0154 Aflv_0155     TRUE 0.933 -18.000 0.000 NA Y NA
 5698968 5698969 Aflv_0156 Aflv_0157     TRUE 0.875 12.000 0.000 NA Y NA
 5698969 5698970 Aflv_0157 Aflv_0158     FALSE 0.036 279.000 0.000 NA N NA
 5698970 5698971 Aflv_0158 Aflv_0159     FALSE 0.016 678.000 0.000 NA N NA
 5698972 5698973 Aflv_0160 Aflv_0161 acpS   FALSE 0.001 2504.000 0.000 NA   NA
 5698973 5698974 Aflv_0161 Aflv_0162     FALSE 0.146 15.000 0.000 NA   NA
 5698974 5698975 Aflv_0162 Aflv_0163     FALSE 0.002 707.000 0.000 NA   NA
 5698975 5698976 Aflv_0163 Aflv_0164     FALSE 0.028 346.000 0.000 NA N NA
 5698976 5698977 Aflv_0164 Aflv_0165     FALSE 0.001 1167.000 0.000 NA   NA
 5698977 5698978 Aflv_0165 Aflv_0166   mazE FALSE 0.005 215.000 0.000 NA   NA
 5698978 5698979 Aflv_0166 Aflv_0167 mazE mazF TRUE 0.980 0.000 0.610 NA Y NA
 5698979 5698980 Aflv_0167 Aflv_0168 mazF   FALSE 0.001 773.000 0.000 NA   NA
 5698980 5698981 Aflv_0168 Aflv_0169   pspA TRUE 0.928 -27.000 0.857 NA   NA
 5698981 5698982 Aflv_0169 Aflv_0170 pspA   FALSE 0.035 604.000 0.250 NA   NA
 5698982 5698983 Aflv_0170 Aflv_0171   yvqE TRUE 0.939 -3.000 0.787 NA   NA
 5698983 5698984 Aflv_0171 Aflv_0172 yvqE yvqC TRUE 0.989 13.000 0.809 0.018 Y NA
 5698984 5698985 Aflv_0172 Aflv_0173 yvqC mta TRUE 0.723 58.000 0.000 0.050 Y NA
 5698985 5698986 Aflv_0173 Aflv_0174 mta   FALSE 0.348 83.000 0.000 1.000 N NA
 5698986 5698987 Aflv_0174 Aflv_0175     FALSE 0.043 55.000 0.000 NA   NA
 5698988 5698989 Aflv_0176 Aflv_0177 cstA   TRUE 0.880 -3.000 0.281 NA   NA
 5698990 5698991 Aflv_0178 Aflv_0179     TRUE 0.538 99.000 0.074 1.000 N NA
 5698991 5698992 Aflv_0179 Aflv_0180     TRUE 0.957 13.000 0.136 1.000 Y NA
 5698992 5698993 Aflv_0180 Aflv_0181     TRUE 0.963 -39.000 0.091 0.061 Y NA
 5698993 5698994 Aflv_0181 Aflv_0182     TRUE 0.817 -7.000 0.067 NA   NA
 5698994 5698995 Aflv_0182 Aflv_0183     TRUE 0.663 11.000 0.081 NA   NA
 5698995 5698996 Aflv_0183 Aflv_0184     TRUE 0.920 -3.000 0.070 0.061 N NA
 5698996 5698997 Aflv_0184 Aflv_0185     TRUE 0.969 6.000 0.452 1.000 Y NA
 5698997 5698998 Aflv_0185 Aflv_0186     FALSE 0.026 177.000 0.000 1.000   NA
 5698998 5698999 Aflv_0186 Aflv_0187     TRUE 0.799 15.000 0.286 NA   NA
 5698999 5699000 Aflv_0187 Aflv_0188     TRUE 0.813 16.000 0.333 NA   NA
 5699001 5699002 Aflv_0189 Aflv_0190 gerKC gerKA TRUE 0.968 -3.000 0.429 0.010   NA
 5699002 5699003 Aflv_0190 Aflv_0191 gerKA gerKB TRUE 0.950 -102.000 0.556 0.010   NA
 5699004 5699005 Aflv_0192 Aflv_0193 ddl murF TRUE 0.978 10.000 0.156 0.007 Y NA
 5699005 5699006 Aflv_0193 Aflv_0194 murF   FALSE 0.372 137.000 0.079 1.000 N NA
 5699006 5699007 Aflv_0194 Aflv_0195   acpS TRUE 0.642 48.000 0.025 1.000 N NA
 5699007 5699008 Aflv_0195 Aflv_0196 acpS   FALSE 0.475 75.000 0.027 NA N NA
 5699008 5699009 Aflv_0196 Aflv_0197   alr TRUE 0.801 96.000 0.231 NA Y NA
 5699009 5699010 Aflv_0197 Aflv_0198 alr   FALSE 0.370 147.000 0.189 1.000 N NA
 5699010 5699011 Aflv_0198 Aflv_0199   mazF TRUE 0.908 5.000 0.376 1.000 N NA
 5699011 5699012 Aflv_0199 Aflv_0200 mazF   TRUE 0.817 22.000 0.025 1.000 N NA
 5699014 5699015 Aflv_0202 Aflv_R033   trnN FALSE 0.015 135.000 0.000 NA   NA
 5699015 5699016 Aflv_R033 Aflv_R034 trnN trnS FALSE 0.139 3.000 0.000 NA   NA
 5699016 5699017 Aflv_R034 Aflv_R035 trnS trnE FALSE 0.140 17.000 0.000 NA   NA
 5699017 5699018 Aflv_R035 Aflv_R036 trnE trnV FALSE 0.071 40.000 0.000 NA   NA
 5699018 5699019 Aflv_R036 Aflv_R037 trnV trnD FALSE 0.120 9.000 0.000 NA   NA
 5699019 5699020 Aflv_R037 Aflv_R038 trnD trnQ FALSE 0.079 36.000 0.000 NA   NA
 5699020 5699021 Aflv_R038 Aflv_R039 trnQ trnK FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5699021 5699022 Aflv_R039 Aflv_R040 trnK trnL FALSE 0.124 6.000 0.000 NA   NA
 5699022 5699023 Aflv_R040 Aflv_R041 trnL trnL FALSE 0.121 23.000 0.000 NA   NA
 5699023 5699024 Aflv_R041 Aflv_R042 trnL trnR FALSE 0.039 60.000 0.000 NA   NA
 5699024 5699025 Aflv_R042 Aflv_R043 trnR trnP FALSE 0.128 21.000 0.000 NA   NA
 5699025 5699026 Aflv_R043 Aflv_R044 trnP trnG FALSE 0.140 17.000 0.000 NA   NA
 5699026 5699027 Aflv_R044 Aflv_R045 trnG   FALSE 0.035 83.000 0.000 NA   NA
 5699027 5699028 Aflv_R045 Aflv_R046     FALSE 0.003 342.000 0.000 NA   NA
 5699028 5699029 Aflv_R046 Aflv_R047     FALSE 0.003 351.000 0.000 NA   NA
 5699029 5699030 Aflv_R047 Aflv_R048   trnM FALSE 0.008 176.000 0.000 NA   NA
 5699030 5699031 Aflv_R048 Aflv_0203 trnM   FALSE 0.008 177.000 0.000 NA   NA
 5699031 5699032 Aflv_0203 Aflv_0204     TRUE 0.666 -37.000 0.018 NA   NA
 5699032 5699033 Aflv_0204 Aflv_0205     TRUE 0.882 1.000 0.415 1.000   NA
 5699033 5699034 Aflv_0205 Aflv_0206   gcp TRUE 0.873 -15.000 0.170 1.000   NA
 5699037 5699038 Aflv_0209 Aflv_0210     TRUE 0.839 -18.000 0.185 NA   NA
 5699039 5699040 Aflv_0211 Aflv_0212 groES groEL TRUE 0.887 73.000 0.463 1.000 Y NA
 5699040 5699041 Aflv_0212 Aflv_0213 groEL   FALSE 0.002 453.000 0.000 NA   NA
 5699042 5699043 Aflv_0214 Aflv_0215   bls FALSE 0.076 38.000 0.000 NA   NA
 5699043 5699044 Aflv_0215 Aflv_0216 bls argJ TRUE 0.843 34.000 0.000 1.000 Y NA
 5699044 5699045 Aflv_0216 Aflv_0217 argJ   TRUE 0.629 27.000 0.000 1.000 N NA
 5699046 5699047 Aflv_0218 Aflv_0219 speB   FALSE 0.144 134.000 0.000 NA N NA
 5699047 5699048 Aflv_0219 Aflv_0220     FALSE 0.157 -63.000 0.000 NA   NA
 5699048 5699049 Aflv_0220 Aflv_0221     FALSE 0.031 166.000 0.000 1.000   NA
 5699049 5699050 Aflv_0221 Aflv_0222     TRUE 0.670 7.000 0.000 1.000 N NA
 5699050 5699051 Aflv_0222 Aflv_0223     FALSE 0.095 184.000 0.000 1.000 N NA
 5699053 5699054 Aflv_0225 Aflv_0226 guaA pbuG FALSE 0.027 175.000 0.000 1.000   NA
 5699054 5699055 Aflv_0226 Aflv_R050 pbuG   FALSE 0.002 395.000 0.000 NA   NA
 5699055 5699056 Aflv_R050 Aflv_R051     FALSE 0.003 356.000 0.000 NA   NA
 5699056 5699057 Aflv_R051 Aflv_R052     FALSE 0.003 351.000 0.000 NA   NA
 5699059 5699060 Aflv_0228 Aflv_0229 purE purK TRUE 0.992 -16.000 0.108 0.001 Y NA
 5699060 5699061 Aflv_0229 Aflv_0230 purK purB TRUE 0.967 -27.000 0.052 1.000 Y NA
 5699061 5699062 Aflv_0230 Aflv_0231 purB purC TRUE 0.820 66.000 0.065 1.000 Y NA
 5699062 5699063 Aflv_0231 Aflv_0232 purC purS TRUE 0.986 -12.000 0.453 1.000 Y NA
 5699063 5699064 Aflv_0232 Aflv_0233 purS purQ TRUE 0.996 -3.000 0.668 0.002 Y NA
 5699064 5699065 Aflv_0233 Aflv_0234 purQ purL TRUE 0.994 -16.000 0.322 0.002 Y NA
 5699065 5699066 Aflv_0234 Aflv_0235 purL purF TRUE 0.962 -81.000 0.201 1.000 Y NA
 5699066 5699067 Aflv_0235 Aflv_0236 purF purM TRUE 0.970 -37.000 0.189 1.000 Y NA
 5699067 5699068 Aflv_0236 Aflv_0237 purM purN TRUE 0.992 -3.000 0.186 0.004 Y NA
 5699068 5699069 Aflv_0237 Aflv_0238 purN purH TRUE 0.976 -22.000 0.204 1.000 Y NA
 5699069 5699070 Aflv_0238 Aflv_0239 purH purD TRUE 0.962 16.000 0.229 1.000 Y NA
 5699071 5699072 Aflv_0240 Aflv_0241     FALSE 0.059 46.000 0.000 NA   NA
 5699073 5699074 Aflv_0242 Aflv_0243     TRUE 0.681 35.000 0.300 NA   NA
 5699074 5699075 Aflv_0243 Aflv_0244     TRUE 0.835 -7.000 0.092 NA   NA
 5699075 5699076 Aflv_0244 Aflv_0245   pcrB FALSE 0.245 64.000 0.010 NA   NA
 5699076 5699077 Aflv_0245 Aflv_0246 pcrB pcrA TRUE 0.544 30.000 0.042 NA   NA
 5699077 5699078 Aflv_0246 Aflv_0247 pcrA ligA TRUE 0.974 6.000 0.087 0.012 Y NA
 5699078 5699079 Aflv_0247 Aflv_0248 ligA   TRUE 0.585 4.000 0.021 NA   NA
 5699079 5699080 Aflv_0248 Aflv_0249   rocA FALSE 0.034 87.000 0.000 NA   NA
 5699080 5699081 Aflv_0249 Aflv_0250 rocA   FALSE 0.109 87.000 0.000 1.000   NA
 5699082 5699083 Aflv_0251 Aflv_0252     TRUE 0.929 -22.000 0.000 NA Y NA
 5699084 5699085 Aflv_0253 Aflv_0254     FALSE 0.004 262.000 0.000 NA   NA
 5699085 5699086 Aflv_0254 Aflv_0255     FALSE 0.104 27.000 0.000 NA   NA
 5699087 5699088 Aflv_0256 Aflv_0257   adeC FALSE 0.086 33.000 0.000 NA   NA
 5699089 5699090 Aflv_0258 Aflv_0259 gatC gatA TRUE 0.993 13.000 0.686 0.002 Y NA
 5699090 5699091 Aflv_0259 Aflv_0260 gatA gatB TRUE 0.990 12.000 0.502 0.002 Y NA
 5699093 5699094 Aflv_0262 Aflv_0263   azlC FALSE 0.002 513.000 0.000 NA   NA
 5699094 5699095 Aflv_0263 Aflv_0264 azlC   FALSE 0.121 8.000 0.000 NA   NA
 5699095 5699096 Aflv_0264 Aflv_0265     FALSE 0.001 2647.000 0.000 NA   NA
 5699096 6773128 Aflv_0265       FALSE NA 797.000 0.000 NA   NA
 6773128 6773129         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773129 6773130         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773130 6773131         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773131 6773132         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 5699098 5699099 Aflv_0267 Aflv_0268     TRUE 0.900 14.000 0.882 NA   NA
 5699099 5699100 Aflv_0268 Aflv_0269     TRUE 0.945 -13.000 0.941 NA   NA
 5699100 5699101 Aflv_0269 Aflv_0270     TRUE 0.970 -25.000 0.516 0.006   NA
 5699101 5699102 Aflv_0270 Aflv_0271     FALSE 0.333 5.000 0.000 1.000   NA
 5699102 5699103 Aflv_0271 Aflv_0272   qoxA FALSE 0.131 358.000 0.000 1.000 Y NA
 5699103 5699104 Aflv_0272 Aflv_0273 qoxA qoxB TRUE 0.989 -31.000 0.308 0.009 Y NA
 5699104 5699105 Aflv_0273 Aflv_0274 qoxB qoxC TRUE 0.985 -10.000 0.308 0.044 Y NA
 5699105 5699106 Aflv_0274 Aflv_0275 qoxC qoxD TRUE 0.971 1.000 0.308 1.000 Y NA
 5699106 5699107 Aflv_0275 Aflv_0276 qoxD   FALSE 0.087 102.000 0.000 1.000   NA
 5699107 5699108 Aflv_0276 Aflv_0277     FALSE 0.152 -69.000 0.000 NA   NA
 5699109 5699110 Aflv_0278 Aflv_0279 pspA   TRUE 0.915 -37.000 0.800 NA   NA
 5699110 5699111 Aflv_0279 Aflv_0280   resE FALSE 0.449 65.000 0.250 NA   NA
 5699111 5699112 Aflv_0280 Aflv_0281 resE   TRUE 0.891 -64.000 0.500 1.000   NA
 5699113 5699114 Aflv_0282 Aflv_0283     TRUE 0.747 13.000 0.176 NA   NA
 5699114 5699115 Aflv_0283 Aflv_0284     TRUE 0.747 2.000 0.150 NA   NA
 5699115 5699116 Aflv_0284 Aflv_0285     FALSE 0.435 67.000 0.100 1.000   NA
 5699116 5699117 Aflv_0285 Aflv_0286   yvqC TRUE 0.980 -28.000 0.024 0.017 Y NA
 5699117 5699118 Aflv_0286 Aflv_0287 yvqC   FALSE 0.364 13.000 0.000 1.000   NA
 5699118 5699119 Aflv_0287 Aflv_0288     FALSE 0.102 92.000 0.000 1.000   NA
 5699119 5699120 Aflv_0288 Aflv_0289     TRUE 0.675 65.000 0.255 1.000 N NA
 5699120 5699121 Aflv_0289 Aflv_0290     FALSE 0.079 173.000 0.000 NA N NA
 5699121 5699122 Aflv_0290 Aflv_0291     FALSE 0.077 37.000 0.000 NA   NA
 5699124 5699125 Aflv_0293 Aflv_0294 padR   TRUE 0.921 -22.000 0.667 NA   NA
 5699125 5699126 Aflv_0294 Aflv_0295   sigV FALSE 0.002 372.000 0.000 NA   NA
 5699126 5699127 Aflv_0295 Aflv_0296 sigV   FALSE 0.238 -13.000 0.000 NA   NA
 5699129 5699130 Aflv_0298 Aflv_0299   tlpB FALSE 0.228 120.000 0.000 1.000 N NA
 5699131 5699132 Aflv_0300 Aflv_0301     FALSE 0.009 167.000 0.000 NA   NA
 5699135 5699136 Aflv_0304 Aflv_0305     FALSE 0.303 98.000 0.000 1.000 N NA
 5699136 5699137 Aflv_0305 Aflv_0306     TRUE 0.982 -3.000 0.316 1.000 Y NA
 5699137 5699138 Aflv_0306 Aflv_0307     TRUE 0.725 15.000 0.094 NA   NA
 5699141 5699142 Aflv_0310 Aflv_0311     TRUE 0.702 5.000 0.049 1.000   NA
 5699142 5699143 Aflv_0311 Aflv_0312     TRUE 0.860 5.000 0.467 1.000   NA
 5699143 5699144 Aflv_0312 Aflv_0313     TRUE 0.739 1.000 0.000 1.000 N NA
 5699144 5699145 Aflv_0313 Aflv_0314     TRUE 0.984 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 5699145 5699146 Aflv_0314 Aflv_0315   cysP TRUE 0.946 45.000 0.667 1.000 Y NA
 5699146 5699147 Aflv_0315 Aflv_0316 cysP cysH TRUE 0.838 13.000 0.023 1.000 N NA
 5699150 5699151 Aflv_0319 Aflv_0320     FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5699151 5699152 Aflv_0320 Aflv_0321     FALSE 0.133 19.000 0.000 NA   NA
 5699153 5699154 Aflv_0322 Aflv_0323     FALSE 0.405 66.000 0.182 NA   NA
 5699155 5699156 Aflv_0324 Aflv_0325     TRUE 0.706 12.000 0.141 NA   NA
 5699158 5699159 Aflv_0327 Aflv_0328     FALSE 0.248 113.000 0.071 NA   NA
 5699159 5699160 Aflv_0328 Aflv_0329     TRUE 0.934 -10.000 0.136 1.000 N NA
 5699160 5699161 Aflv_0329 Aflv_0330     TRUE 0.863 5.000 0.119 1.000 N NA
 5699161 5699162 Aflv_0330 Aflv_0331     TRUE 0.893 13.000 0.213 1.000 N NA
 5699162 5699163 Aflv_0331 Aflv_0332     TRUE 0.663 10.000 0.000 1.000 N NA
 5699165 5699166 Aflv_0334 Aflv_0335     FALSE 0.007 185.000 0.000 NA   NA
 5699166 5699167 Aflv_0335 Aflv_0336     FALSE 0.007 185.000 0.000 NA   NA
 5699167 5699168 Aflv_0336 Aflv_0337     FALSE 0.086 33.000 0.000 NA   NA
 5699171 5699172 Aflv_0340 Aflv_0341     FALSE 0.034 74.000 0.000 NA   NA
 5699172 5699173 Aflv_0341 Aflv_0342     FALSE 0.031 94.000 0.000 NA   NA
 5699173 5699174 Aflv_0342 Aflv_0343   hutI FALSE 0.049 222.000 0.000 NA N NA
 5699174 5699175 Aflv_0343 Aflv_0344 hutI   TRUE 0.593 41.000 0.087 1.000   NA
 5699178 5699179 Aflv_0347 Aflv_0348     FALSE 0.062 45.000 0.000 NA   NA
 5699180 5699181 Aflv_0349 Aflv_0350   sspK TRUE 0.858 2.000 0.467 NA   NA
 5699181 5699182 Aflv_0350 Aflv_0351 sspK   FALSE 0.379 84.000 0.152 NA   NA
 5699185 5699186 Aflv_0354 Aflv_0355 sspE   FALSE 0.213 100.000 0.023 NA   NA
 5699186 5699187 Aflv_0355 Aflv_0356   appD FALSE 0.160 127.000 0.000 NA N NA
 5699187 5699188 Aflv_0356 Aflv_0357 appD appF TRUE 0.994 -49.000 0.833 0.002 Y NA
 5699188 5699189 Aflv_0357 Aflv_0358 appF oppA TRUE 0.917 48.000 0.375 1.000 Y NA
 5699189 5699190 Aflv_0358 Aflv_0359 oppA appB TRUE 0.967 6.000 0.176 0.028 Y NA
 5699190 5699191 Aflv_0359 Aflv_0360 appB appC TRUE 0.974 15.000 0.204 0.028 Y NA
 5699192 5699193 Aflv_0361 Aflv_0362   gltA-2 FALSE 0.220 130.000 0.130 NA   NA
 5699193 5699194 Aflv_0362 Aflv_0363 gltA-2 gsaB FALSE 0.106 263.000 0.020 1.000 N NA
 5699195 5699196 Aflv_0364 Aflv_0365     TRUE 0.910 -61.000 0.909 NA   NA
 5699196 5699197 Aflv_0365 Aflv_0366     TRUE 0.886 5.000 0.909 NA   NA
 5699197 5699198 Aflv_0366 Aflv_0367     TRUE 0.795 -42.000 0.188 NA   NA
 5699198 5699199 Aflv_0367 Aflv_0368     TRUE 0.635 13.000 0.031 NA   NA
 5699199 5699200 Aflv_0368 Aflv_0369   perR FALSE 0.204 170.000 0.013 1.000 N NA
 5699202 5699203 Aflv_0371 Aflv_R054     FALSE 0.005 222.000 0.000 NA   NA
 5699203 5699204 Aflv_R054 Aflv_R055     FALSE 0.003 359.000 0.000 NA   NA
 5699204 5699205 Aflv_R055 Aflv_R056     FALSE 0.011 151.000 0.000 NA   NA
 5699205 5699206 Aflv_R056 Aflv_R057   trnV FALSE 0.143 13.000 0.000 NA   NA
 5699206 5699207 Aflv_R057 Aflv_R058 trnV trnM FALSE 0.101 28.000 0.000 NA   NA
 5699207 5699208 Aflv_R058 Aflv_R059 trnM trnD FALSE 0.127 5.000 0.000 NA   NA
 5699208 5699209 Aflv_R059 Aflv_R060 trnD trnF FALSE 0.010 161.000 0.000 NA   NA
 5699209 5699210 Aflv_R060 Aflv_R061 trnF trnT FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5699210 5699211 Aflv_R061 Aflv_R062 trnT trnK FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5699211 5699212 Aflv_R062 Aflv_R063 trnK trnL FALSE 0.127 5.000 0.000 NA   NA
 5699212 5699213 Aflv_R063 Aflv_R064 trnL trnG FALSE 0.127 5.000 0.000 NA   NA
 5699213 5699214 Aflv_R064 Aflv_R065 trnG trnL FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5699214 5699215 Aflv_R065 Aflv_R066 trnL trnR FALSE 0.120 9.000 0.000 NA   NA
 5699215 5699216 Aflv_R066 Aflv_R067 trnR trnP FALSE 0.131 4.000 0.000 NA   NA
 5699216 5699217 Aflv_R067 Aflv_R068 trnP trnA FALSE 0.121 8.000 0.000 NA   NA
 5699217 5699218 Aflv_R068 Aflv_R069 trnA trnM FALSE 0.140 17.000 0.000 NA   NA
 5699218 5699219 Aflv_R069 Aflv_R070 trnM trnM FALSE 0.124 6.000 0.000 NA   NA
 5699219 5699220 Aflv_R070 Aflv_R071 trnM trnS FALSE 0.146 15.000 0.000 NA   NA
 5699220 5699221 Aflv_R071 Aflv_R072 trnS trnT FALSE 0.116 24.000 0.000 NA   NA
 5699221 5699222 Aflv_R072 Aflv_R073 trnT trnH FALSE 0.124 6.000 0.000 NA   NA
 5699222 5699223 Aflv_R073 Aflv_R074 trnH trnG FALSE 0.007 182.000 0.000 NA   NA
 5699223 5699224 Aflv_R074 Aflv_R075 trnG trnI FALSE 0.124 6.000 0.000 NA   NA
 5699224 5699225 Aflv_R075 Aflv_R076 trnI trnN FALSE 0.098 29.000 0.000 NA   NA
 5699225 5699226 Aflv_R076 Aflv_R077 trnN trnS FALSE 0.131 4.000 0.000 NA   NA
 5699226 5699227 Aflv_R077 Aflv_R078 trnS trnE FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5699229 5699230 Aflv_0373 Aflv_0374 glgB glgC TRUE 0.990 -103.000 0.386 0.002 Y NA
 5699230 5699231 Aflv_0374 Aflv_0375 glgC glgD TRUE 0.995 -12.000 0.361 0.001 Y NA
 5699231 5699232 Aflv_0375 Aflv_0376 glgD glgA TRUE 0.988 -3.000 0.605 1.000 Y NA
 5699232 5699233 Aflv_0376 Aflv_0377 glgA glgP TRUE 0.984 -22.000 0.500 1.000 Y NA
 5699234 5699235 Aflv_0378 Aflv_0379 dksA menA TRUE 0.672 90.000 0.316 1.000 N NA
 5699236 5699237 Aflv_0380 Aflv_0381 menF menD TRUE 0.985 -9.000 0.420 1.000 Y NA
 5699237 5699238 Aflv_0381 Aflv_0382 menD   TRUE 0.833 -3.000 0.098 NA   NA
 5699238 5699239 Aflv_0382 Aflv_0383   menB TRUE 0.841 -10.000 0.134 NA   NA
 5699239 5699240 Aflv_0383 Aflv_0384 menB menE TRUE 0.958 19.000 0.106 0.002 N NA
 5699241 5699242 Aflv_0385 Aflv_0386 cydB cydA TRUE 0.971 -64.000 0.234 0.043 Y NA
 5699242 5699243 Aflv_0386 Aflv_0387 cydA   FALSE 0.019 125.000 0.000 NA   NA
 5699244 5699245 Aflv_0388 Aflv_0389     FALSE 0.121 8.000 0.000 NA   NA
 5699246 5699247 Aflv_0390 Aflv_0391 nrdF   TRUE 0.750 -46.000 0.000 1.000 N NA
 5699247 5699248 Aflv_0391 Aflv_0392     FALSE 0.093 163.000 0.000 NA N NA
 5699248 5699249 Aflv_0392 Aflv_0393   nrdE FALSE 0.246 96.000 0.000 NA N NA
 5699249 5699250 Aflv_0393 Aflv_0394 nrdE   FALSE 0.023 409.000 0.000 NA N NA
 5699250 5699251 Aflv_0394 Aflv_0395     TRUE 0.975 12.000 0.923 NA Y NA
 5699251 5699252 Aflv_0395 Aflv_0396     FALSE 0.340 73.000 0.000 1.000 N NA
 5699252 5699253 Aflv_0396 Aflv_0397     FALSE 0.522 39.000 0.069 NA   NA
 5699253 5699254 Aflv_0397 Aflv_0398     FALSE 0.219 78.000 0.004 NA   NA
 5699257 5699258 Aflv_0401 Aflv_0402 dps   FALSE 0.192 -31.000 0.000 NA   NA
 5699258 5699259 Aflv_0402 Aflv_0403     FALSE 0.452 61.000 0.233 NA   NA
 5699260 5699261 Aflv_0404 Aflv_0405     TRUE 0.974 -13.000 0.062 1.000 Y NA
 5699261 5699262 Aflv_0405 Aflv_0406     TRUE 0.973 1.000 0.453 NA Y NA
 5699262 5699263 Aflv_0406 Aflv_0407     FALSE 0.028 100.000 0.000 NA   NA
 5699265 5699266 Aflv_0409 Aflv_0410     TRUE 0.961 -75.000 0.161 1.000 Y NA
 5699266 5699267 Aflv_0410 Aflv_0411     TRUE 0.990 -18.000 0.297 0.015 Y NA
 5699267 5699268 Aflv_0411 Aflv_0412     FALSE 0.143 52.000 0.000 1.000   NA
 5699268 5699269 Aflv_0412 Aflv_0413   pckA FALSE 0.364 -103.000 0.000 1.000   NA
 5699271 5699272 Aflv_0415 Aflv_0416     FALSE 0.113 68.000 0.000 1.000   NA
 5699273 5699274 Aflv_0417 Aflv_0418     TRUE 0.791 -34.000 0.141 NA   NA
 5699274 5699275 Aflv_0418 Aflv_0419     FALSE 0.174 -43.000 0.000 NA   NA
 5699276 5699277 Aflv_0420 Aflv_0421     TRUE 0.889 -3.000 0.321 NA   NA
 5699278 5699279 Aflv_0422 Aflv_0423     FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5699281 5699282 Aflv_0425 Aflv_0426 leuS   TRUE 0.877 -13.000 0.010 NA N NA
 5699288 5699289 Aflv_0432 Aflv_0433     TRUE 0.631 87.000 0.300 NA N NA
 5699289 5699290 Aflv_0433 Aflv_0434     TRUE 0.884 -3.000 0.018 NA N NA
 5699290 5699291 Aflv_0434 Aflv_0435   lrgA TRUE 0.615 23.000 0.006 1.000   NA
 5699291 5699292 Aflv_0435 Aflv_0436 lrgA lrgB FALSE 0.523 -3.000 0.000 1.000   NA
 5699292 5699293 Aflv_0436 Aflv_0437 lrgB   FALSE 0.079 36.000 0.000 NA   NA
 5699293 5699294 Aflv_0437 Aflv_0438     FALSE 0.090 211.000 0.200 NA   NA
 5699294 5699295 Aflv_0438 Aflv_0439     FALSE 0.512 82.000 0.049 NA N NA
 5699297 5699298 Aflv_0441 Aflv_0442     TRUE 0.548 47.000 0.095 1.000   NA
 5699300 5699301 Aflv_0444 Aflv_0445     TRUE 0.734 13.000 0.143 NA   NA
 5699301 5699302 Aflv_0445 Aflv_0446     TRUE 0.779 -15.000 0.044 NA   NA
 5699302 5699303 Aflv_0446 Aflv_0447     TRUE 0.891 -16.000 0.350 NA   NA
 5699303 5699304 Aflv_0447 Aflv_0448     TRUE 0.908 -3.000 0.417 NA   NA
 5699304 5699305 Aflv_0448 Aflv_0449     FALSE 0.139 178.000 0.122 1.000   NA
 5699305 5699306 Aflv_0449 Aflv_0450     TRUE 0.711 42.000 0.041 1.000 N NA
 5699306 5699307 Aflv_0450 Aflv_0451   murC FALSE 0.222 161.000 0.004 1.000 N NA
 5699308 5699309 Aflv_0452 Aflv_0453     TRUE 0.810 -19.000 0.088 NA   NA
 5699309 5699310 Aflv_0453 Aflv_0454     TRUE 0.744 13.000 0.172 NA   NA
 5699313 5699314 Aflv_0457 Aflv_0458 aroA ccpA TRUE 0.550 81.000 0.035 1.000 N NA
 5699315 5699316 Aflv_0459 Aflv_0460 acuC acuB TRUE 0.825 -30.000 0.082 1.000   NA
 5699316 5699317 Aflv_0460 Aflv_0461 acuB   TRUE 0.652 35.000 0.128 0.057   NA
 5699323 5699324 Aflv_0467 Aflv_0468   hisJ TRUE 0.788 5.000 0.029 NA N NA
 5699327 5699328 Aflv_0471 Aflv_0472 nifZ   TRUE 0.954 -3.000 0.344 1.000 N NA
 5699328 5699329 Aflv_0472 Aflv_0473   sspD FALSE 0.130 56.000 0.000 1.000   NA
 5699329 5699330 Aflv_0473 Aflv_0474 sspD   FALSE 0.322 8.000 0.000 1.000   NA
 5699332 5699333 Aflv_0476 Aflv_0477     TRUE 0.888 -25.000 0.406 NA   NA
 5699333 5699334 Aflv_0477 Aflv_0478   tpx FALSE 0.449 78.000 0.273 NA   NA
 5699334 5699335 Aflv_0478 Aflv_0479 tpx   TRUE 0.685 86.000 0.319 1.000 N NA
 5699335 5699336 Aflv_0479 Aflv_0480   ackA FALSE 0.342 158.000 0.203 1.000 N NA
 5699338 5699339 Aflv_0482 Aflv_0483 argG argH TRUE 0.982 -3.000 0.300 1.000 Y NA
 5699341 5699342 Aflv_0485 Aflv_0486     FALSE 0.031 94.000 0.000 NA   NA
 5699344 5699345 Aflv_0488 Aflv_0489     FALSE 0.382 75.000 0.060 1.000   NA
 5699348 5699349 Aflv_0492 Aflv_0493     TRUE 0.870 -3.000 0.241 NA   NA
 5699350 5699351 Aflv_0494 Aflv_0495 dnaE   TRUE 0.594 91.000 0.128 1.000 N NA
 5699351 5699352 Aflv_0495 Aflv_0496     TRUE 0.929 -31.000 0.263 1.000 N NA
 5699352 5699353 Aflv_0496 Aflv_0497   accD TRUE 0.551 70.000 0.037 1.000 N NA
 5699353 5699354 Aflv_0497 Aflv_0498 accD accA TRUE 0.993 -15.000 0.232 0.002 Y NA
 5699354 5699355 Aflv_0498 Aflv_0499 accA pfkA FALSE 0.184 190.000 0.044 1.000 N NA
 5699355 5699356 Aflv_0499 Aflv_0500 pfkA   TRUE 0.982 10.000 0.254 0.005 Y NA
 5699356 5699357 Aflv_0500 Aflv_0501     TRUE 0.774 -46.000 0.052 1.000   NA
 5699359 5699360 Aflv_0503 Aflv_0504   citZ FALSE 0.044 262.000 0.047 NA   NA
 5699360 5699361 Aflv_0504 Aflv_0505 citZ icd TRUE 0.837 65.000 0.131 1.000 Y NA
 5699361 5699362 Aflv_0505 Aflv_0506 icd mdh TRUE 0.946 24.000 0.117 1.000 Y NA
 5699362 5699363 Aflv_0506 Aflv_0507 mdh   TRUE 0.587 55.000 0.027 1.000 N NA
 5699363 5699364 Aflv_0507 Aflv_0508   phoP TRUE 0.839 22.000 0.054 1.000 N NA
 5699364 5699365 Aflv_0508 Aflv_0509 phoP phoR TRUE 0.981 -7.000 0.301 0.064 Y NA
 5699365 5699366 Aflv_0509 Aflv_0510 phoR polA FALSE 0.155 194.000 0.011 1.000 N NA
 5699366 5699367 Aflv_0510 Aflv_0511 polA mutM TRUE 0.954 18.000 0.107 1.000 Y NA
 5699367 5699368 Aflv_0511 Aflv_0512 mutM   FALSE 0.301 67.000 0.044 NA   NA
 5699368 5699369 Aflv_0512 Aflv_0513     TRUE 0.629 3.000 0.031 NA   NA
 5699369 5699370 Aflv_0513 Aflv_0514   gapB FALSE 0.453 108.000 0.029 1.000 N NA
 5699370 5699371 Aflv_0514 Aflv_0515 gapB speD FALSE 0.060 241.000 0.000 1.000 N NA
 5699371 5699372 Aflv_0515 Aflv_0516 speD   FALSE 0.372 72.000 0.143 NA   NA
 5699372 5699373 Aflv_0516 Aflv_0517     FALSE 0.272 63.000 0.023 NA   NA
 5699373 5699374 Aflv_0517 Aflv_0518   dnaB TRUE 0.789 16.000 0.008 NA N NA
 5699374 5699375 Aflv_0518 Aflv_0519 dnaB dnaI TRUE 0.927 8.000 0.039 NA Y NA
 5699375 5699376 Aflv_0519 Aflv_0520 dnaI   FALSE 0.346 63.000 0.066 NA   NA
 5699376 5699377 Aflv_0520 Aflv_0521   thrS FALSE 0.003 295.000 0.000 NA   NA
 5699377 5699378 Aflv_0521 Aflv_0522 thrS infC FALSE 0.179 267.000 0.000 1.000 Y NA
 5699378 5699379 Aflv_0522 Aflv_0523 infC rpmI TRUE 0.975 20.000 0.656 1.000 Y NA
 5699379 5699380 Aflv_0523 Aflv_0524 rpmI rplT TRUE 0.988 19.000 0.963 0.022 Y NA
 5699382 5699383 Aflv_0526 Aflv_0527 dutB   FALSE 0.502 47.000 0.158 NA   NA
 5699383 5699384 Aflv_0527 Aflv_0528   araR FALSE 0.186 117.000 0.000 NA N NA
 5699384 5699385 Aflv_0528 Aflv_0529 araR araD TRUE 0.603 88.000 0.116 1.000 N NA
 5699385 5699386 Aflv_0529 Aflv_0530 araD araB TRUE 0.964 16.000 0.149 0.001 N NA
 5699386 5699387 Aflv_0530 Aflv_0531 araB araA TRUE 0.890 17.000 0.204 1.000 N NA
 5699387 5699388 Aflv_0531 Aflv_0532 araA   FALSE 0.112 82.000 0.000 1.000   NA
 5699388 5699389 Aflv_0532 Aflv_0533   abfA FALSE 0.321 23.000 0.000 1.000   NA
 5699389 5699390 Aflv_0533 Aflv_0534 abfA   FALSE 0.005 220.000 0.000 NA   NA
 5699390 5699391 Aflv_0534 Aflv_0535     FALSE 0.143 13.000 0.000 NA   NA
 5699391 5699392 Aflv_0535 Aflv_0537   msmR FALSE 0.213 -22.000 0.000 NA   NA
 5699392 5699393 Aflv_0537 Aflv_0538 msmR galM TRUE 0.666 9.000 0.000 1.000 N NA
 5699395 5699396 Aflv_0540 Aflv_0541 msrA   TRUE 0.898 -18.000 0.021 1.000 N NA
 5699396 5699397 Aflv_0541 Aflv_0542   pheS FALSE 0.204 338.000 0.003 1.000 Y NA
 5699397 5699398 Aflv_0542 Aflv_0543 pheS pheT TRUE 0.993 16.000 0.661 0.001 Y NA
 5699402 5699403 Aflv_0547 Aflv_0548 comQ comX TRUE 0.823 19.000 0.400 NA   NA
 5699403 5699404 Aflv_0548 Aflv_0549 comX   TRUE 0.821 4.000 0.400 NA   NA
 5699404 5699405 Aflv_0549 Aflv_0550   comA TRUE 0.985 -60.000 0.333 0.016 Y NA
 5699405 5699406 Aflv_0550 Aflv_0551 comA   FALSE 0.008 174.000 0.000 NA   NA
 5699406 5699407 Aflv_0551 Aflv_0552     FALSE 0.001 1802.000 0.000 NA   NA
 5699407 5699408 Aflv_0552 Aflv_0553     TRUE 0.672 1.000 0.000 NA N NA
 5699408 5699409 Aflv_0553 Aflv_0554     FALSE 0.014 140.000 0.000 NA   NA
 5699411 5699412 Aflv_0556 Aflv_0557     TRUE 0.946 -3.000 0.714 1.000   NA
 5699412 5699413 Aflv_0557 Aflv_0558   zapA FALSE 0.002 655.000 0.000 NA   NA
 5699413 5699414 Aflv_0558 Aflv_0559 zapA   TRUE 0.805 -19.000 0.082 NA   NA
 5699414 5699415 Aflv_0559 Aflv_0560     FALSE 0.476 50.000 0.059 1.000   NA
 5699415 5699416 Aflv_0560 Aflv_0561   mutSB TRUE 0.955 -145.000 0.089 1.000 Y NA
 5699416 5699417 Aflv_0561 Aflv_0562 mutSB   TRUE 0.658 12.000 0.064 NA   NA
 5699417 5699418 Aflv_0562 Aflv_0563     FALSE 0.143 13.000 0.000 NA   NA
 5699418 5699419 Aflv_0563 Aflv_0564   lcfA FALSE 0.030 96.000 0.000 NA   NA
 5699419 5699420 Aflv_0564 Aflv_0565 lcfA   TRUE 0.718 98.000 0.529 1.000 N NA
 5699420 5699421 Aflv_0565 Aflv_0566     TRUE 0.878 39.000 0.588 1.000 N NA
 5699421 5699422 Aflv_0566 Aflv_0567   etfB TRUE 0.901 16.000 0.260 1.000 N NA
 5699422 5699423 Aflv_0567 Aflv_0568 etfB etfA TRUE 0.986 8.000 0.493 0.007 Y NA
 5699423 5699424 Aflv_0568 Aflv_0569 etfA trxA FALSE 0.443 147.000 0.128 0.007   NA
 5699424 5699425 Aflv_0569 Aflv_0570 trxA   FALSE 0.018 126.000 0.000 NA   NA
 5699425 5699426 Aflv_0570 Aflv_0571     TRUE 0.649 53.000 0.571 NA   NA
 5699426 5699427 Aflv_0571 Aflv_0572     TRUE 0.887 -28.000 0.429 NA   NA
 5699427 5699428 Aflv_0572 Aflv_0573     FALSE 0.164 -54.000 0.000 NA   NA
 5699428 5699429 Aflv_0573 Aflv_0574     TRUE 0.799 -3.000 0.054 NA   NA
 5699429 5699430 Aflv_0574 Aflv_0575     FALSE 0.406 59.000 0.135 NA   NA
 5699430 5699431 Aflv_0575 Aflv_0576     TRUE 0.813 16.000 0.333 NA   NA
 5699431 5699432 Aflv_0576 Aflv_0577     TRUE 0.584 45.000 0.250 NA   NA
 5699432 5699433 Aflv_0577 Aflv_0578   uvrC TRUE 0.617 -49.000 0.006 NA   NA
 5699435 5699436 Aflv_0580 Aflv_0581 sdhC sdhA TRUE 0.985 24.000 0.246 0.001 Y NA
 5699436 5699437 Aflv_0581 Aflv_0582 sdhA sdhB TRUE 0.997 -3.000 0.893 0.001 Y NA
 5699437 5699438 Aflv_0582 Aflv_0583 sdhB   FALSE 0.484 58.000 0.268 NA   NA
 5699438 5699439 Aflv_0583 Aflv_0584   gerE TRUE 0.733 27.000 0.290 NA   NA
 5699439 5699440 Aflv_0584 Aflv_0585 gerE racE FALSE 0.110 71.000 0.000 1.000   NA
 5699440 5699441 Aflv_0585 Aflv_0586 racE gerM FALSE 0.238 92.000 0.023 NA   NA
 5699441 5699442 Aflv_0586 Aflv_0587 gerM rph FALSE 0.267 94.000 0.042 NA   NA
 5699442 5699443 Aflv_0587 Aflv_0588 rph   TRUE 0.906 -27.000 0.064 1.000 N NA
 5699443 5699444 Aflv_0588 Aflv_0589     TRUE 0.914 -3.000 0.336 1.000   NA
 5699444 5699445 Aflv_0589 Aflv_R081   trnR FALSE 0.032 92.000 0.000 NA   NA
 5699445 5699446 Aflv_R081 Aflv_0590 trnR dat FALSE 0.002 450.000 0.000 NA   NA
 5699446 5699447 Aflv_0590 Aflv_0591 dat ilvB FALSE 0.201 247.000 0.000 1.000 Y NA
 5699447 5699448 Aflv_0591 Aflv_0592 ilvB ilvH TRUE 0.992 -6.000 0.058 0.001 Y NA
 5699448 5699449 Aflv_0592 Aflv_0593 ilvH ilvC TRUE 0.990 18.000 0.452 0.002 Y NA
 5699449 5699450 Aflv_0593 Aflv_0594 ilvC leuA TRUE 0.976 -13.000 0.096 1.000 Y NA
 5699450 5699451 Aflv_0594 Aflv_0595 leuA leuB TRUE 0.982 18.000 0.040 0.002 Y NA
 5699451 5699452 Aflv_0595 Aflv_0596 leuB leuC TRUE 0.980 12.000 0.039 0.002 Y NA
 5699452 5699453 Aflv_0596 Aflv_0597 leuC leuD TRUE 0.990 12.000 0.465 0.001 Y NA
 5699453 5699454 Aflv_0597 Aflv_0598 leuD   FALSE 0.338 84.000 0.027 1.000   NA
 5699454 5699455 Aflv_0598 Aflv_0599   tig FALSE 0.335 95.000 0.048 1.000   NA
 5699455 5699456 Aflv_0599 Aflv_0600 tig clpX TRUE 0.662 194.000 0.035 0.003 Y NA
 5699456 5699457 Aflv_0600 Aflv_0601 clpX lonB TRUE 0.884 43.000 0.041 1.000 Y NA
 5699457 5699458 Aflv_0601 Aflv_0602 lonB lonA TRUE 0.894 114.000 0.049 0.001 Y NA
 5699458 5699459 Aflv_0602 Aflv_0603 lonA ysxC TRUE 0.790 -3.000 0.008 1.000   NA
 5699461 5699462 Aflv_0605 Aflv_0606 hemA hemX TRUE 0.874 13.000 0.087 1.000 N NA
 5699462 5699463 Aflv_0606 Aflv_0607 hemX hemC TRUE 0.829 7.000 0.045 1.000 N NA
 5699463 5699464 Aflv_0607 Aflv_0608 hemC hemD TRUE 0.981 1.000 0.003 0.003 Y NA
 5699464 5699465 Aflv_0608 Aflv_0609 hemD hemB TRUE 0.979 2.000 0.004 0.003 Y NA
 5699465 5699466 Aflv_0609 Aflv_0610 hemB hemL TRUE 0.990 -21.000 0.064 0.003 Y NA
 5699466 5699467 Aflv_0610 Aflv_0611 hemL spoVID FALSE 0.525 64.000 0.273 1.000   NA
 5699467 5699468 Aflv_0611 Aflv_0612 spoVID   TRUE 0.861 10.000 0.722 NA   NA
 5699470 5699471 Aflv_0614 Aflv_0615   folC TRUE 0.553 64.000 0.027 1.000 N NA
 5699471 5699472 Aflv_0615 Aflv_0616 folC   FALSE 0.040 59.000 0.000 NA   NA
 5699472 5699473 Aflv_0616 Aflv_0617     FALSE 0.012 148.000 0.000 NA   NA
 5699474 5699475 Aflv_0618 Aflv_0619     TRUE 0.834 13.000 0.400 NA   NA
 5699475 5699476 Aflv_0619 Aflv_0620     TRUE 0.935 -16.000 0.800 NA   NA
 5699477 5699478 Aflv_0621 Aflv_0622     TRUE 0.916 -12.000 0.467 NA   NA
 5699478 5699479 Aflv_0622 Aflv_0623     TRUE 0.894 -10.000 0.333 NA   NA
 5699479 5699480 Aflv_0623 Aflv_0624   pilB TRUE 0.910 -3.000 0.429 NA   NA
 5699480 5699481 Aflv_0624 Aflv_0625 pilB pilT TRUE 0.990 2.000 0.800 0.014 Y NA
 5699481 5699482 Aflv_0625 Aflv_0626 pilT pulF TRUE 0.949 7.000 0.117 1.000 Y NA
 5699482 5699483 Aflv_0626 Aflv_0627 pulF pulG TRUE 0.759 76.000 0.032 NA Y NA
 5699483 5699484 Aflv_0627 Aflv_0628 pulG pulO TRUE 0.870 41.000 0.039 NA Y NA
 5699484 5699485 Aflv_0628 Aflv_0629 pulO   TRUE 0.949 13.000 0.132 NA Y NA
 5699485 5699486 Aflv_0629 Aflv_0630     TRUE 0.793 -22.000 0.075 NA   NA
 5699486 5699487 Aflv_0630 Aflv_0631     TRUE 0.858 -33.000 0.333 NA   NA
 5699487 5699488 Aflv_0631 Aflv_0632   pulE TRUE 0.862 14.000 0.500 NA   NA
 5699488 5699489 Aflv_0632 Aflv_0633 pulE spoIIB FALSE 0.299 133.000 0.333 NA   NA
 5699489 5699490 Aflv_0633 Aflv_0634 spoIIB maf FALSE 0.281 103.000 0.076 NA   NA
 5699490 5699491 Aflv_0634 Aflv_0635 maf   FALSE 0.098 29.000 0.000 NA   NA
 5699492 5699493 Aflv_0636 Aflv_0637 spoIVCA lexA FALSE 0.381 58.000 0.000 1.000 N NA
 5699493 5699494 Aflv_0637 Aflv_0638 lexA   FALSE 0.213 -22.000 0.000 NA   NA
 5699495 5699496 Aflv_0639 Aflv_0640     FALSE 0.012 150.000 0.000 NA   NA
 5699496 5699497 Aflv_0640 Aflv_0641     FALSE 0.192 -31.000 0.000 NA   NA
 5699497 5699498 Aflv_0641 Aflv_0642     FALSE 0.124 6.000 0.000 NA   NA
 5699498 5699499 Aflv_0642 Aflv_0643     FALSE 0.242 -3.000 0.000 NA   NA
 5699499 5699500 Aflv_0643 Aflv_0644     FALSE 0.005 233.000 0.000 NA   NA
 5699500 5699501 Aflv_0644 Aflv_0645     FALSE 0.242 -3.000 0.000 NA   NA
 5699501 5699502 Aflv_0645 Aflv_0646     FALSE 0.242 -3.000 0.000 NA   NA
 5699502 5699503 Aflv_0646 Aflv_0647     FALSE 0.027 101.000 0.000 NA   NA
 5699503 5699504 Aflv_0647 Aflv_0648     FALSE 0.035 71.000 0.000 NA   NA
 5699504 5699505 Aflv_0648 Aflv_0649     FALSE 0.071 116.000 0.000 1.000   NA
 5699505 5699506 Aflv_0649 Aflv_0650     FALSE 0.333 5.000 0.000 1.000   NA
 5699506 5699507 Aflv_0650 Aflv_0651     FALSE 0.150 2.000 0.000 NA   NA
 5699507 5699508 Aflv_0651 Aflv_0652     FALSE 0.046 52.000 0.000 NA   NA
 5699508 5699509 Aflv_0652 Aflv_0653     FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5699509 5699510 Aflv_0653 Aflv_0654     FALSE 0.143 13.000 0.000 NA   NA
 5699510 5699511 Aflv_0654 Aflv_0655     FALSE 0.139 3.000 0.000 NA   NA
 5699511 5699512 Aflv_0655 Aflv_0656     FALSE 0.183 0.000 0.000 NA   NA
 5699512 5699513 Aflv_0656 Aflv_0657     FALSE 0.127 5.000 0.000 NA   NA
 5699513 5699514 Aflv_0657 Aflv_0658   xpf FALSE 0.003 350.000 0.000 NA   NA
 5699514 5699515 Aflv_0658 Aflv_0659 xpf   FALSE 0.004 236.000 0.000 NA   NA
 5699515 5699516 Aflv_0659 Aflv_0660     TRUE 0.540 51.000 0.286 NA   NA
 5699516 5699517 Aflv_0660 Aflv_0661     TRUE 0.942 -3.000 0.857 NA   NA
 5699517 5699518 Aflv_0661 Aflv_0662     TRUE 0.881 -10.000 0.278 NA   NA
 5699518 5699519 Aflv_0662 Aflv_0663     TRUE 0.792 -28.000 0.091 NA   NA
 5699519 5699520 Aflv_0663 Aflv_0664     FALSE 0.181 -37.000 0.000 NA   NA
 5699520 5699521 Aflv_0664 Aflv_0665     FALSE 0.121 8.000 0.000 NA   NA
 5699521 5699522 Aflv_0665 Aflv_0666     TRUE 0.854 0.000 0.333 NA   NA
 5699522 5699523 Aflv_0666 Aflv_0667     FALSE 0.219 -19.000 0.000 NA   NA
 5699523 5699524 Aflv_0667 Aflv_0668     FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5699524 5699525 Aflv_0668 Aflv_0669     TRUE 0.781 -46.000 0.167 NA   NA
 5699525 5699526 Aflv_0669 Aflv_0670     TRUE 0.827 -16.000 0.111 NA   NA
 5699526 5699527 Aflv_0670 Aflv_0671     TRUE 0.698 5.000 0.111 NA   NA
 5699527 5699528 Aflv_0671 Aflv_0672     TRUE 0.896 4.000 1.000 NA   NA
 5699528 5699529 Aflv_0672 Aflv_0673     FALSE 0.009 168.000 0.000 NA   NA
 5699529 5699530 Aflv_0673 Aflv_0674     FALSE 0.150 2.000 0.000 NA   NA
 5699530 5699531 Aflv_0674 Aflv_0675     TRUE 0.849 5.000 0.556 NA   NA
 5699531 5699532 Aflv_0675 Aflv_0676     FALSE 0.127 12.000 0.000 NA   NA
 5699532 5699533 Aflv_0676 Aflv_0677     FALSE 0.005 208.000 0.000 NA   NA
 5699533 5699534 Aflv_0677 Aflv_0678     FALSE 0.076 38.000 0.000 NA   NA
 5699534 5699535 Aflv_0678 Aflv_0679     FALSE 0.242 -3.000 0.000 NA   NA
 5699535 5699536 Aflv_0679 Aflv_0680   ycdD FALSE 0.242 -3.000 0.000 NA   NA
 5699537 5699538 Aflv_0681 Aflv_0682     FALSE 0.242 -3.000 0.000 NA   NA
 5699539 5699540 Aflv_0683 Aflv_0684     FALSE 0.056 47.000 0.000 NA   NA
 5699540 5699541 Aflv_0684 Aflv_0685   ftsK FALSE 0.483 133.000 1.000 NA   NA
 5699541 5699542 Aflv_0685 Aflv_0686 ftsK   FALSE 0.001 763.000 0.000 NA   NA
 5699542 5699543 Aflv_0686 Aflv_0687   mreB FALSE 0.125 22.000 0.000 NA   NA
 5699543 5699544 Aflv_0687 Aflv_0688 mreB mreC TRUE 0.869 20.000 0.136 1.000 N NA
 5699544 5699545 Aflv_0688 Aflv_0689 mreC mreD TRUE 0.995 -3.000 0.503 0.003 Y NA
 5699545 5699546 Aflv_0689 Aflv_0690 mreD minC TRUE 0.901 -31.000 0.064 1.000 N NA
 5699546 5699547 Aflv_0690 Aflv_0691 minC minD TRUE 0.990 -3.000 0.821 1.000 Y NA
 5699547 5699548 Aflv_0691 Aflv_0692 minD spoIVFA FALSE 0.337 88.000 0.032 1.000   NA
 5699548 5699549 Aflv_0692 Aflv_0693 spoIVFA spoIVFB TRUE 0.976 -7.000 0.562 0.007   NA
 5699549 5699550 Aflv_0693 Aflv_0694 spoIVFB rplU FALSE 0.292 87.000 0.006 1.000   NA
 5699550 5699551 Aflv_0694 Aflv_0695 rplU   TRUE 0.946 11.000 0.224 NA Y NA
 5699551 5699552 Aflv_0695 Aflv_0696   rpmA TRUE 0.956 14.000 0.213 NA Y NA
 5699552 5699553 Aflv_0696 Aflv_0697 rpmA spo0B FALSE 0.222 89.000 0.009 NA   NA
 5699553 5699554 Aflv_0697 Aflv_0698 spo0B obg FALSE 0.489 31.000 0.023 NA   NA
 5699554 5699555 Aflv_0698 Aflv_0699 obg pheB TRUE 0.818 -16.000 0.037 1.000   NA
 5699555 5699556 Aflv_0699 Aflv_0700 pheB pheA TRUE 0.920 15.000 0.023 0.001   NA
 5699557 5699558 Aflv_0701 Aflv_0702     TRUE 0.881 -3.000 0.182 1.000   NA
 5699559 5699560 Aflv_0703 Aflv_0704 nadB nadC TRUE 0.990 -63.000 0.324 0.002 Y NA
 5699560 5699561 Aflv_0704 Aflv_0705 nadC nadA TRUE 0.986 13.000 0.173 0.002 Y NA
 5699561 5699562 Aflv_0705 Aflv_0706 nadA   FALSE 0.050 136.000 0.000 1.000   NA
 5699562 5699563 Aflv_0706 Aflv_0707   nadE FALSE 0.109 75.000 0.000 1.000   NA
 5699563 5699564 Aflv_0707 Aflv_0708 nadE   FALSE 0.350 46.000 0.012 NA   NA
 5699564 5699565 Aflv_0708 Aflv_0709     FALSE 0.228 85.000 0.008 NA   NA
 5699565 5699566 Aflv_0709 Aflv_0710     FALSE 0.295 50.000 0.006 NA   NA
 5699566 5699567 Aflv_0710 Aflv_0711   ruvA FALSE 0.220 94.000 0.014 NA   NA
 5699567 5699568 Aflv_0711 Aflv_0712 ruvA ruvB TRUE 0.984 10.000 0.178 0.001 Y NA
 5699568 5699569 Aflv_0712 Aflv_0713 ruvB   TRUE 0.633 72.000 0.000 NA Y NA
 5699569 5699570 Aflv_0713 Aflv_0714     FALSE 0.010 162.000 0.000 NA   NA
 5699570 5699571 Aflv_0714 Aflv_0715   queA TRUE 0.572 19.000 0.013 NA   NA
 5699571 5699572 Aflv_0715 Aflv_0716 queA tgt TRUE 0.989 21.000 0.371 0.001 Y NA
 5699572 5699573 Aflv_0716 Aflv_0717 tgt   TRUE 0.902 15.000 0.348 NA N NA
 5699577 5699578 Aflv_0721 Aflv_0722     FALSE 0.339 96.000 0.141 NA   NA
 5699578 5699579 Aflv_0722 Aflv_0723     TRUE 0.559 83.000 0.041 1.000 N NA
 5699579 5699580 Aflv_0723 Aflv_0724     TRUE 0.742 45.000 0.121 1.000 N NA
 5699580 5699581 Aflv_0724 Aflv_0725   apt TRUE 0.895 -52.000 0.107 1.000 N NA
 5699581 5699582 Aflv_0725 Aflv_0726 apt relA TRUE 0.538 105.000 0.130 1.000 N NA
 5699582 5699583 Aflv_0726 Aflv_0727 relA   TRUE 0.895 15.000 0.208 1.000 N NA
 5699585 5699586 Aflv_0729 Aflv_0730   hisS FALSE 0.040 336.000 0.000 1.000 N NA
 5699586 5699587 Aflv_0730 Aflv_0731 hisS aspS TRUE 0.958 12.000 0.205 0.049 Y NA
 5699587 5699588 Aflv_0731 Aflv_0732 aspS   FALSE 0.081 311.000 0.011 1.000 N NA
 5699588 5699589 Aflv_0732 Aflv_0733     FALSE 0.122 144.000 0.000 NA N NA
 5699589 5699590 Aflv_0733 Aflv_0734     TRUE 0.537 80.000 0.071 NA N NA
 5699590 5699591 Aflv_0734 Aflv_0735     TRUE 0.708 13.000 0.000 1.000 N NA
 5699591 5699592 Aflv_0735 Aflv_0736     FALSE 0.465 38.000 0.000 NA N NA
 5699592 5699593 Aflv_0736 Aflv_0737     TRUE 0.861 10.000 0.273 NA N NA
 5699593 5699594 Aflv_0737 Aflv_0738   trmU TRUE 0.917 -3.000 0.045 1.000 N NA
 5699594 5699595 Aflv_0738 Aflv_0739 trmU   FALSE 0.407 54.000 0.036 1.000   NA
 5699595 5699596 Aflv_0739 Aflv_0740     TRUE 0.794 12.000 0.242 1.000   NA
 5699596 5699597 Aflv_0740 Aflv_0741     FALSE 0.325 59.000 0.045 NA   NA
 5699597 5699598 Aflv_0741 Aflv_0742     FALSE 0.119 11.000 0.000 NA   NA
 5699598 5699599 Aflv_0742 Aflv_0743     FALSE 0.035 82.000 0.000 NA   NA
 5699599 5699600 Aflv_0743 Aflv_0744   alaS FALSE 0.003 309.000 0.000 NA   NA
 5699600 5699601 Aflv_0744 Aflv_0745 alaS   FALSE 0.386 60.000 0.092 NA   NA
 5699601 5699602 Aflv_0745 Aflv_0746     TRUE 0.852 -10.000 0.182 NA   NA
 5699602 5699603 Aflv_0746 Aflv_0747     TRUE 0.838 -3.000 0.126 NA   NA
 5699603 5699604 Aflv_0747 Aflv_0748     FALSE 0.279 86.000 0.034 NA   NA
 5699604 5699605 Aflv_0748 Aflv_0749     FALSE 0.340 77.000 0.078 NA   NA
 5699605 5699606 Aflv_0749 Aflv_0750     TRUE 0.830 -61.000 0.231 1.000   NA
 5699606 5699607 Aflv_0750 Aflv_0751     TRUE 0.982 21.000 0.162 0.004 Y NA
 5699607 5699608 Aflv_0751 Aflv_0752   udk TRUE 0.837 2.000 0.012 1.000 N NA
 5699608 5699609 Aflv_0752 Aflv_0753 udk greA TRUE 0.534 85.000 0.026 1.000 N NA
 5699609 5699610 Aflv_0753 Aflv_0754 greA   TRUE 0.772 39.000 0.096 1.000 N NA
 5699610 5699611 Aflv_0754 Aflv_0755     TRUE 0.881 -3.000 0.286 NA   NA
 5699611 5699612 Aflv_0755 Aflv_0756     FALSE 0.012 150.000 0.000 NA   NA
 5699614 5699615 Aflv_0758 Aflv_0759   mtn TRUE 0.857 19.000 0.069 1.000 N NA
 5699615 5699616 Aflv_0759 Aflv_0760 mtn   TRUE 0.793 31.000 0.063 1.000 N NA
 5699616 5699617 Aflv_0760 Aflv_0761     TRUE 0.988 2.000 0.603 0.017 Y NA
 5699617 5699618 Aflv_0761 Aflv_0762     TRUE 0.644 36.000 0.244 NA   NA
 5699620 5699621 Aflv_0764 Aflv_0765     TRUE 0.939 -3.000 0.800 NA   NA
 5699621 5699622 Aflv_0765 Aflv_0766     TRUE 0.863 -3.000 0.217 NA   NA
 5699622 5699623 Aflv_0766 Aflv_0767     TRUE 0.882 3.000 0.739 NA   NA
 5699623 5699624 Aflv_0767 Aflv_0768     TRUE 0.861 9.000 0.714 NA   NA
 5699624 5699625 Aflv_0768 Aflv_0769     TRUE 0.855 15.000 0.472 NA   NA
 5699625 5699626 Aflv_0769 Aflv_0770     TRUE 0.978 0.000 0.500 NA Y NA
 5699626 5699627 Aflv_0770 Aflv_0771     TRUE 0.966 2.000 0.370 NA Y NA
 5699627 6773133 Aflv_0771       FALSE NA 190.000 0.000 NA   NA
 6773133 6773134         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773134 6773135         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773135 6773136         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773136 6773137         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773137 6773138         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773138 6773139         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773139 6773140         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773140 6773141         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773141 6773142         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773142 6773143         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773143 6773144         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773144 6773145         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773145 6773146         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773146 6773147         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773147 6773148         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773148 6773149         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773149 6773150         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773150 6773151         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773151 6773152         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773152 6773153         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773153 6773154         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773154 6773155         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773155 6773156         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773156 6773157         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773157 6773158         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773158 6773159         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773159 6773160         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773160 6773161         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773161 6773162         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773162 6773163         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773163 6773164         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773164 6773165         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773165 6773166         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773166 6773167         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773167 6773168         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773168 6773169         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773169 6773170         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773170 6773171         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773171 6773172         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773172 6773173         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773173 6773174         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773174 6773175         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773175 6773176         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773176 6773177         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773177 6773178         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773178 6773179         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773179 6773180         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773180 6773181         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773181 6773182         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773182 6773183         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773183 6773184         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773184 6773185         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773185 6773186         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773186 6773187         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773187 6773188         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773188 6773189         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773189 6773190         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773190 6773191         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773191 6773192         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773192 6773193         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773193 6773194         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773194 6773195         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773195 6773196         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773196 6773197         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773197 6773198         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773198 6773199         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773199 6773200         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773200 6773201         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773201 6773202         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773202 6773203         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773203 6773204         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773204 6773205         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773205 6773206         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773206 6773207         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773207 6773208         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773208 6773209         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773209 6773210         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773210 6773211         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773211 6773212         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773212 6773213         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773213 6773214         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773214 6773215         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773215 6773216         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773216 6773217         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773217 6773218         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773218 6773219         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773219 6773220         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6773220 6773221         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA