MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus pneumoniae R6

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 132886 132887 spr0001 spr0002 dnaA dnaN TRUE 0.605 159.000 0.328 1.000 Y NA
 132887 132888 spr0002 spr0003 dnaN   TRUE 0.502 65.000 0.009 NA   NA
 132888 132889 spr0003 spr0004     TRUE 0.432 84.000 0.064 NA   NA
 132889 132890 spr0004 spr0005   pth TRUE 0.866 71.000 0.184 1.000 Y NA
 132890 132891 spr0005 spr0006 pth mfd TRUE 0.975 1.000 0.137 1.000 N NA
 132891 132892 spr0006 spr0007 mfd   TRUE 0.641 58.000 0.024 1.000 N NA
 132892 132893 spr0007 spr0008     TRUE 0.974 -7.000 0.053 1.000 N NA
 132893 132894 spr0008 spr0009     TRUE 0.657 51.000 0.011 1.000 N NA
 132894 132895 spr0009 spr0010     TRUE 0.956 -3.000 0.014 1.000 N NA
 132895 132896 spr0010 spr0011   hgt TRUE 0.971 4.000 0.067 0.067 N NA
 132896 132897 spr0011 spr0012 hgt ftsH TRUE 0.956 16.000 0.192 1.000 N NA
 132897 132898 spr0012 spr0013 ftsH comX1 FALSE 0.145 122.000 0.006 1.000   NA
 132898 398543 spr0013 sprt01 comX1 tRNA-Glu1 FALSE 0.117 94.000 0.000 NA   NA
 398543 2149638 sprt01 sprr01 tRNA-Glu1 rRNA_16S-1 FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 2149638 398544 sprr01 sprt02 rRNA_16S-1 tRNA-Ala1 FALSE 0.240 74.000 0.000 NA   NA
 398544 407120 sprt02 sprr02 tRNA-Ala1 rRNA_23S-1 FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 407120 2149639 sprr02 sprr03 rRNA_23S-1 rRNA_5S-1 FALSE 0.199 78.000 0.000 NA   NA
 2149639 398545 sprr03 sprt03 rRNA_5S-1 tRNA-Asn1 TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 398545 132899 sprt03 spr0014 tRNA-Asn1 transposase A FALSE 0.131 90.000 0.000 NA   NA
 132902 132903 spr0017 spr0018 IS1167-truncation IS1167-truncation FALSE 0.059 143.000 0.000 NA   NA
 132903 132904 spr0018 spr0019 IS1167-truncation IS1167-truncation TRUE 0.556 41.000 0.000 NA   NA
 132905 132906 spr0020 spr0021   purA FALSE 0.037 231.000 0.000 NA   NA
 132906 132907 spr0021 spr0022 purA   FALSE 0.156 201.000 0.000 1.000 Y NA
 132907 2149640 spr0022 sprs01   scRNA TRUE 0.543 42.000 0.000 NA   NA
 2149640 132908 sprs01 spr0023 scRNA dut TRUE 0.878 -39.000 0.000 NA   NA
 132908 132909 spr0023 spr0024 dut   TRUE 0.916 -61.000 0.005 NA N NA
 132909 132910 spr0024 spr0025   radA FALSE 0.131 113.000 0.003 NA N NA
 132910 132911 spr0025 spr0026 radA   TRUE 0.902 4.000 0.009 1.000 N NA
 132911 132912 spr0026 spr0027     TRUE 0.916 25.000 0.111 NA   NA
 132912 132913 spr0027 spr0028   prsA FALSE 0.039 218.000 0.000 NA   NA
 132914 132915 spr0029 spr0030 IS1167-truncation   FALSE 0.068 127.000 0.000 NA   NA
 132915 132916 spr0030 spr0031     FALSE 0.039 219.000 0.000 NA   NA
 132917 132918 spr0032 spr0033 polA   FALSE 0.243 85.000 0.005 NA   NA
 132920 132921 spr0035 spr0036 aspC   TRUE 0.954 -3.000 0.012 1.000 N NA
 132921 132922 spr0036 spr0037   plsX TRUE 0.953 -3.000 0.011 1.000 N NA
 132922 132923 spr0037 spr0038 plsX acpP TRUE 0.983 6.000 0.017 0.008 Y NA
 132923 132924 spr0038 spr0039 acpP IS1381-truncation TRUE 0.535 43.000 0.000 1.000 N NA
 132924 132925 spr0039 spr0040 IS1381-truncation thmA FALSE 0.042 203.000 0.000 NA   NA
 132926 132927 spr0041 spr0042 IS1167 IS1167 TRUE 0.960 -9.000 0.000 0.082   NA
 132928 132929 spr0043 spr0044 comA comB TRUE 0.987 13.000 0.444 0.039   NA
 132929 132930 spr0044 spr0045 comB purC FALSE 0.124 128.000 0.004 1.000   NA
 132930 132931 spr0045 spr0046 purC purL TRUE 0.308 199.000 0.043 1.000 Y NA
 132931 132932 spr0046 spr0047 purL purF TRUE 0.533 93.000 0.024 1.000 Y NA
 132932 132933 spr0047 spr0048 purF purM TRUE 0.969 37.000 0.248 1.000 Y NA
 132933 132934 spr0048 spr0049 purM purN TRUE 0.998 -3.000 0.238 0.003 Y NA
 132934 132935 spr0049 spr0050 purN vanZ FALSE 0.242 84.000 0.003 1.000 N NA
 132935 132936 spr0050 spr0051 vanZ purH TRUE 0.874 4.000 0.002 1.000 N NA
 132936 132937 spr0051 spr0052 purH purD TRUE 0.641 122.000 0.238 1.000 Y NA
 132937 132938 spr0052 spr0053 purD purE FALSE 0.216 370.000 0.044 1.000 Y NA
 132938 132939 spr0053 spr0054 purE purK TRUE 0.990 -73.000 0.008 0.001 Y NA
 132939 132940 spr0054 spr0055 purK   TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 132940 132941 spr0055 spr0056   purB TRUE 0.437 63.000 0.002 NA   NA
 132942 132943 spr0057 spr0058 strH   FALSE 0.030 315.000 0.000 1.000 N NA
 132944 132945 spr0059 spr0060 bgaC PTS-EIIB TRUE 0.994 -3.000 0.190 1.000 Y NA
 132945 132946 spr0060 spr0061 PTS-EIIB PTS-EIIC TRUE 0.994 28.000 0.810 0.039 Y NA
 132946 132947 spr0061 spr0062 PTS-EIIC PTS-EIID TRUE 0.985 -28.000 0.000 0.039 Y NA
 132947 132948 spr0062 spr0063 PTS-EIID PTS-EII TRUE 0.965 7.000 0.000 0.039 Y NA
 132948 132949 spr0063 spr0064 PTS-EII agaS FALSE 0.081 298.000 0.022 1.000 N NA
 132949 132950 spr0064 spr0065 agaS galM FALSE 0.203 116.000 0.000 0.032 N NA
 132950 132951 spr0065 spr0066 galM   FALSE 0.120 207.000 0.000 0.032   NA
 132951 132952 spr0066 spr0067     FALSE 0.056 150.000 0.000 NA   NA
 132952 132953 spr0067 spr0068     FALSE 0.021 975.000 0.000 NA   NA
 132953 132954 spr0068 spr0069     FALSE 0.024 472.000 0.000 NA   NA
 132954 132955 spr0069 spr0070   trkH TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 132955 132956 spr0070 spr0071 trkH trkA TRUE 0.999 -7.000 0.490 0.005 Y NA
 132956 132957 spr0071 spr0072 trkA   FALSE 0.030 310.000 0.000 NA   NA
 132959 132960 spr0074 spr0075     FALSE 0.080 116.000 0.000 NA   NA
 132960 132961 spr0075 spr0076   rr08 TRUE 0.391 167.000 0.333 1.000   NA
 132961 132962 spr0076 spr0077 rr08 hk08 TRUE 0.997 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 132962 132963 spr0077 spr0078 hk08 rpsD FALSE 0.068 195.000 0.002 1.000 N NA
 132963 132964 spr0078 spr0079 rpsD transposase A FALSE 0.051 168.000 0.000 NA   NA
 132964 132965 spr0079 spr0080 transposase A   FALSE 0.030 309.000 0.000 NA   NA
 132965 132966 spr0080 spr0081   ABC-MSP FALSE 0.025 464.000 0.000 NA   NA
 132966 132967 spr0081 spr0082 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.997 14.000 0.917 0.058 Y NA
 132967 132968 spr0082 spr0083 ABC-MSP ABC-SBP TRUE 0.650 189.000 0.250 0.058 Y NA
 132968 132969 spr0083 spr0084 ABC-SBP   FALSE 0.032 272.000 0.000 NA   NA
 132969 132970 spr0084 spr0085     TRUE 0.884 -31.000 0.000 NA   NA
 132971 132972 spr0086 spr0087     TRUE 0.884 63.000 0.500 NA   NA
 132972 132973 spr0087 spr0088     TRUE 0.976 -58.000 0.150 NA   NA
 132973 132974 spr0088 spr0089     TRUE 0.988 -13.000 0.250 NA   NA
 132974 132975 spr0089 spr0090     FALSE 0.240 139.000 0.100 NA N NA
 132976 132977 spr0091 spr0092   capD TRUE 0.820 42.000 0.000 NA Y NA
 132978 132979 spr0093 spr0094 gph sdaA TRUE 0.883 22.000 0.033 1.000   NA
 132979 132980 spr0094 spr0095 sdaA sdaB TRUE 0.994 9.000 0.221 0.001 Y NA
 132983 132984 spr0098 spr0099   ABC-MSP TRUE 0.890 55.000 0.353 NA   NA
 132984 132985 spr0099 spr0100 ABC-MSP ABC-NBD TRUE 0.993 -3.000 0.520 NA   NA
 132985 132986 spr0100 spr0101 ABC-NBD ABC-SBP FALSE 0.041 215.000 0.000 1.000 N NA
 132986 132987 spr0101 spr0102 ABC-SBP argG TRUE 0.976 -34.000 0.002 1.000 Y NA
 132987 132988 spr0102 spr0103 argG argH TRUE 0.978 29.000 0.278 1.000 Y NA
 132990 132991 spr0105 spr0106 Transporter-truncation Transporter-truncation TRUE 0.648 64.000 0.000 0.006   NA
 132991 132992 spr0106 spr0107 Transporter-truncation   TRUE 0.990 -7.000 0.286 NA   NA
 132992 132993 spr0107 spr0108     TRUE 0.989 -3.000 0.286 NA   NA
 132993 132994 spr0108 spr0109     FALSE 0.058 146.000 0.000 NA   NA
 132996 132997 spr0111 spr0112     TRUE 0.762 8.000 0.000 NA   NA
 132997 132998 spr0112 spr0113     FALSE 0.021 805.000 0.000 NA   NA
 132998 132999 spr0113 spr0114     FALSE 0.031 299.000 0.000 NA   NA
 132999 133000 spr0114 spr0115     FALSE 0.027 377.000 0.000 NA   NA
 133000 133001 spr0115 spr0116     TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 133001 133002 spr0116 spr0117     TRUE 0.720 19.000 0.000 NA   NA
 133002 133003 spr0117 spr0118     TRUE 0.682 23.000 0.000 NA   NA
 133003 133004 spr0118 spr0119     TRUE 0.883 -33.000 0.000 NA   NA
 133004 133005 spr0119 spr0120     FALSE 0.020 1075.000 0.000 NA   NA
 133005 133006 spr0120 spr0121   pspA FALSE 0.024 554.000 0.000 NA   NA
 133006 133007 spr0121 spr0122 pspA trmU FALSE 0.032 347.000 0.000 1.000   NA
 133007 133008 spr0122 spr0123 trmU   FALSE 0.139 114.000 0.003 1.000 N NA
 133008 133009 spr0123 spr0124   gidA TRUE 0.853 10.000 0.005 1.000 N NA
 133010 133011 spr0125 spr0126     TRUE 0.990 -151.000 0.576 NA   NA
 133011 133012 spr0126 spr0127   orf51 FALSE 0.021 818.000 0.000 NA   NA
 133012 133013 spr0127 spr0128 orf51   TRUE 0.988 2.000 0.500 NA   NA
 133014 133015 spr0129 spr0130   rimI TRUE 0.987 -3.000 0.209 1.000   NA
 133015 133016 spr0130 spr0131 rimI gcp TRUE 0.968 -10.000 0.030 1.000   NA
 133017 133018 spr0132 spr0133 IS1167-truncation IS1167-truncation TRUE 0.904 -9.000 0.000 NA   NA
 133018 133019 spr0133 spr0134 IS1167-truncation transposase A FALSE 0.020 1071.000 0.000 NA   NA
 133020 133021 spr0135 spr0136 epsG glycosyltransferase TRUE 0.973 -7.000 0.000 NA Y NA
 133021 133022 spr0136 spr0137 glycosyltransferase ABC-NP TRUE 0.728 10.000 0.000 NA N NA
 133022 133023 spr0137 spr0138 ABC-NP   FALSE 0.021 783.000 0.000 NA   NA
 133023 133024 spr0138 spr0139   ugd TRUE 0.736 13.000 0.000 NA   NA
 133024 133025 spr0139 spr0140 ugd mutR FALSE 0.030 395.000 0.000 1.000   NA
 133025 133026 spr0140 spr0141 mutR   FALSE 0.031 291.000 0.000 NA   NA
 133026 133027 spr0141 spr0142     TRUE 0.693 22.000 0.000 NA   NA
 133027 133028 spr0142 spr0143     TRUE 0.741 12.000 0.000 NA   NA
 133028 133029 spr0143 spr0144     FALSE 0.273 69.000 0.000 NA   NA
 133029 133030 spr0144 spr0145     FALSE 0.041 210.000 0.000 NA   NA
 133030 133031 spr0145 spr0146   ABC-SBP FALSE 0.287 104.000 0.000 NA Y NA
 133031 133032 spr0146 spr0147 ABC-SBP ABC-SBP FALSE 0.050 154.000 0.000 NA N NA
 133032 133033 spr0147 spr0148 ABC-SBP dapE TRUE 0.619 100.000 0.500 NA N NA
 133033 133034 spr0148 spr0149 dapE ABC-NBD TRUE 0.970 -7.000 0.042 1.000 N NA
 133034 133035 spr0149 spr0150 ABC-NBD ABC-MSD TRUE 0.997 2.000 0.938 1.000 Y NA
 133037 133038 spr0152 spr0153   hk07 FALSE 0.286 953.000 0.667 NA   NA
 133038 133039 spr0153 spr0154 hk07 rr07 TRUE 0.982 12.000 0.227 0.014   NA
 133039 133040 spr0154 spr0155 rr07   TRUE 0.954 4.000 0.091 NA   NA
 133040 133041 spr0155 spr0156     TRUE 0.985 -54.000 0.286 NA   NA
 133042 133043 spr0157 spr0158     FALSE 0.030 310.000 0.000 NA   NA
 133043 133044 spr0158 spr0159     TRUE 0.991 -3.000 0.392 NA   NA
 133046 133047 spr0161 spr0162 ribE ribA TRUE 0.994 1.000 0.054 0.003 Y NA
 133047 133048 spr0162 spr0163 ribA ribC TRUE 0.962 20.000 0.051 1.000 Y NA
 133048 133049 spr0163 spr0164 ribC ribD TRUE 0.997 -15.000 0.456 1.000 Y NA
 133050 133051 spr0165 spr0166 ruvA tag TRUE 0.955 10.000 0.012 1.000 Y NA
 133051 133052 spr0166 spr0167 tag   TRUE 0.942 -3.000 0.004 NA   NA
 133053 133054 spr0168 spr0169     FALSE 0.035 255.000 0.000 NA   NA
 133054 133055 spr0169 spr0170   corA TRUE 0.976 -9.000 0.072 NA   NA
 133056 133057 spr0171 spr0172 uvrA pepP TRUE 0.953 -7.000 0.008 1.000 N NA
 133057 133058 spr0172 spr0173 pepP arsC FALSE 0.065 132.000 0.000 1.000 N NA
 133058 133059 spr0173 spr0174 arsC   TRUE 0.811 66.000 0.267 NA   NA
 133059 133060 spr0174 spr0175     FALSE 0.284 87.000 0.016 NA   NA
 133060 133061 spr0175 spr0176     TRUE 0.985 4.000 0.537 NA   NA
 133061 133062 spr0176 spr0177     TRUE 0.982 16.000 0.651 NA   NA
 133062 133063 spr0177 spr0178   folC FALSE 0.063 451.000 0.019 NA   NA
 133063 133064 spr0178 spr0179 folC   TRUE 0.986 -3.000 0.200 NA   NA
 133064 133065 spr0179 spr0180   cls FALSE 0.058 146.000 0.000 NA   NA
 133065 133066 spr0180 spr0181 cls orf47 FALSE 0.199 78.000 0.000 NA   NA
 133066 133067 spr0181 spr0182 orf47   TRUE 0.928 19.000 0.095 NA   NA
 133067 133068 spr0182 spr0183   nrdD FALSE 0.264 114.000 0.057 NA   NA
 133068 133069 spr0183 spr0184 nrdD   FALSE 0.110 196.000 0.000 0.060   NA
 133069 133070 spr0184 spr0185   nrdG TRUE 0.986 -7.000 0.159 1.000   NA
 133070 133071 spr0185 spr0186 nrdG   TRUE 0.964 -3.000 0.029 1.000 N NA
 133071 133072 spr0186 spr0187   rpsJ FALSE 0.034 267.000 0.000 1.000 N NA
 133072 133073 spr0187 spr0188 rpsJ rplC TRUE 0.712 217.000 0.467 0.040 Y NA
 133073 133074 spr0188 spr0189 rplC rplD TRUE 0.993 25.000 0.544 0.030 Y NA
 133074 133075 spr0189 spr0190 rplD rplW TRUE 0.997 0.000 0.307 0.030 Y NA
 133075 133076 spr0190 spr0191 rplW rplB TRUE 0.996 18.000 0.849 0.035 Y NA
 133076 133077 spr0191 spr0192 rplB rpsS TRUE 0.910 104.000 0.820 0.040 Y NA
 133079 133080 spr0194 spr0195 rplV rpsC TRUE 0.996 13.000 0.719 0.040 Y NA
 133080 133081 spr0195 spr0196 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.040 Y NA
 133081 133082 spr0196 spr0197 rplP rpmC TRUE 0.997 10.000 0.802 0.030 Y NA
 133082 133083 spr0197 spr0198 rpmC rpsQ TRUE 0.995 25.000 0.828 0.030 Y NA
 133083 133084 spr0198 spr0199 rpsQ rplN TRUE 0.994 26.000 0.791 0.040 Y NA
 133084 133085 spr0199 spr0200 rplN rplX TRUE 0.959 78.000 0.810 0.040 Y NA
 133085 133086 spr0200 spr0201 rplX rplE TRUE 0.995 24.000 0.758 0.030 Y NA
 133086 133087 spr0201 spr0202 rplE rpsN TRUE 0.993 18.000 0.309 0.030 Y NA
 133087 133088 spr0202 spr0203 rpsN rpsH TRUE 0.608 285.000 0.295 0.030 Y NA
 133088 133089 spr0203 spr0204 rpsH rplF TRUE 0.821 192.000 0.808 0.030 Y NA
 133089 133090 spr0204 spr0205 rplF rplR TRUE 0.948 84.000 0.815 0.030 Y NA
 133090 133091 spr0205 spr0206 rplR rpsE TRUE 0.996 18.000 0.814 0.040 Y NA
 133091 133092 spr0206 spr0207 rpsE rpmD TRUE 0.996 14.000 0.789 0.040 Y NA
 133092 133093 spr0207 spr0208 rpmD rplO TRUE 0.854 145.000 0.653 0.005 Y NA
 133093 133094 spr0208 spr0209 rplO secY TRUE 0.983 13.000 0.730 1.000 N NA
 133094 133095 spr0209 spr0210 secY adk TRUE 0.351 151.000 0.241 1.000 N NA
 133095 133096 spr0210 spr0211 adk infA TRUE 0.674 63.000 0.059 1.000 N NA
 133096 133097 spr0211 spr0212 infA rpmJ TRUE 0.959 25.000 0.067 1.000 Y NA
 133097 133098 spr0212 spr0213 rpmJ rpsM TRUE 0.985 18.000 0.086 0.030 Y NA
 133098 133099 spr0213 spr0214 rpsM rpsK TRUE 0.996 18.000 0.810 0.030 Y NA
 133099 133100 spr0214 spr0215 rpsK rpoA TRUE 0.923 43.000 0.308 1.000 N NA
 133100 133101 spr0215 spr0216 rpoA rplQ TRUE 0.986 12.000 0.873 1.000 N NA
 133101 133102 spr0216 spr0217 rplQ   FALSE 0.051 265.000 0.002 1.000 N NA
 133102 133103 spr0217 spr0218     TRUE 0.980 10.000 0.569 NA   NA
 133103 133104 spr0218 spr0219   gpmB FALSE 0.092 187.000 0.008 NA   NA
 133105 133106 spr0220 spr0221 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.958 -15.000 0.000 0.056 N NA
 133106 133107 spr0221 spr0222 ABC-MSP ABC-NBD TRUE 0.986 -10.000 0.000 0.056 Y NA
 133107 133108 spr0222 spr0223 ABC-NBD ABC-SBP-truncation TRUE 0.884 13.000 0.000 0.056   NA
 133108 133109 spr0223 spr0224 ABC-SBP-truncation ABC-SBP-truncation FALSE 0.058 145.000 0.000 NA   NA
 133109 133110 spr0224 spr0225 ABC-SBP-truncation   FALSE 0.023 632.000 0.000 NA   NA
 133110 133111 spr0225 spr0226   pflE FALSE 0.254 75.000 0.000 1.000   NA
 133112 133113 spr0227 spr0228 deoR   TRUE 0.989 13.000 0.188 0.043 Y NA
 133113 133114 spr0228 spr0229   PTS-EIIA FALSE 0.185 195.000 0.091 1.000 N NA
 133114 133115 spr0229 spr0230 PTS-EIIA PTS-EIIB TRUE 0.991 46.000 0.889 0.024 Y NA
 133115 133116 spr0230 spr0231 PTS-EIIB PTS-EIIC TRUE 0.999 -7.000 0.889 0.024 Y NA
 133116 133117 spr0231 spr0232 PTS-EIIC pflF FALSE 0.278 142.000 0.132 1.000 N NA
 133117 133118 spr0232 spr0233 pflF talC TRUE 0.969 19.000 0.368 1.000 N NA
 133118 133119 spr0233 spr0234 talC gldA TRUE 0.958 18.000 0.211 1.000 N NA
 133119 133120 spr0234 spr0235 gldA leuS FALSE 0.026 455.000 0.000 1.000 N NA
 133120 133121 spr0235 spr0236 leuS   FALSE 0.161 194.000 0.000 1.000 Y NA
 133121 133122 spr0236 spr0237     TRUE 0.959 12.000 0.037 0.015   NA
 133122 133123 spr0237 spr0238   ruvB FALSE 0.023 1041.000 0.000 1.000   NA
 133123 133124 spr0238 spr0239 ruvB   TRUE 0.939 -19.000 0.004 NA   NA
 133124 133125 spr0239 spr0240   uppS FALSE 0.040 213.000 0.000 NA   NA
 133125 133126 spr0240 spr0241 uppS cdsA TRUE 0.978 9.000 0.113 1.000 Y NA
 133126 133127 spr0241 spr0242 cdsA eep TRUE 0.884 22.000 0.040 1.000 N NA
 133127 133128 spr0242 spr0243 eep proS TRUE 0.933 13.000 0.095 1.000 N NA
 133128 133129 spr0243 spr0244 proS bglA FALSE 0.160 100.000 0.002 1.000 N NA
 133129 133130 spr0244 spr0245 bglA glmS FALSE 0.077 192.000 0.003 1.000 N NA
 133130 133131 spr0245 spr0246 glmS   FALSE 0.069 119.000 0.000 NA N NA
 133133 133134 spr0248 spr0249 rpsL rpsG TRUE 0.991 20.000 0.224 0.005 Y NA
 133134 133135 spr0249 spr0250 rpsG fusA TRUE 0.520 425.000 0.579 1.000 Y NA
 133135 133136 spr0250 spr0251 fusA polC FALSE 0.157 104.000 0.003 1.000 N NA
 133136 133137 spr0251 spr0252 polC   TRUE 0.311 102.000 0.000 1.000 Y NA
 133137 133138 spr0252 spr0253     TRUE 0.992 -7.000 0.400 NA   NA
 133138 133139 spr0253 spr0254   pepS FALSE 0.187 195.000 0.095 NA   NA
 133139 133140 spr0254 spr0255 pepS   TRUE 0.959 10.000 0.190 1.000   NA
 133140 133141 spr0255 spr0256   rsuA FALSE 0.033 313.000 0.000 1.000   NA
 133141 133142 spr0256 spr0257 rsuA   FALSE 0.171 81.000 0.000 NA   NA
 133142 133143 spr0257 spr0258   pepC TRUE 0.886 -28.000 0.000 NA   NA
 133144 133145 spr0259 spr0260 manN manM TRUE 0.995 24.000 0.812 0.037 Y NA
 133145 133146 spr0260 spr0261 manM manL TRUE 0.995 28.000 0.943 0.037 Y NA
 133146 133147 spr0261 spr0262 manL adhP FALSE 0.055 175.000 0.000 1.000   NA
 133147 133148 spr0262 spr0263 adhP   FALSE 0.032 339.000 0.000 1.000   NA
 133149 133150 spr0264 spr0265     TRUE 0.729 51.000 0.034 NA   NA
 133150 133151 spr0265 spr0266   sulA FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 133151 133152 spr0266 spr0267 sulA sulB TRUE 0.988 2.000 0.006 0.005 Y NA
 133152 133153 spr0267 spr0268 sulB sulC TRUE 0.986 -19.000 0.024 1.000 Y NA
 133153 133154 spr0268 spr0269 sulC sulD TRUE 0.874 43.000 0.005 1.000 Y NA
 133156 133157 spr0271 spr0272 rplM rpsI TRUE 0.995 20.000 0.601 0.030 Y NA
 133157 133158 spr0272 spr0273 rpsI transposase B FALSE 0.031 352.000 0.000 1.000   NA
 133158 133159 spr0273 spr0274 transposase B bglB-truncation TRUE 0.912 -12.000 0.000 1.000   NA
 133159 133160 spr0274 spr0275 bglB-truncation   TRUE 0.512 49.000 0.000 1.000   NA
 133160 133161 spr0275 spr0276   bglA FALSE 0.051 190.000 0.000 1.000   NA
 133161 133162 spr0276 spr0277 bglA   TRUE 0.771 52.000 0.066 NA   NA
 133162 133163 spr0277 spr0278   celB FALSE 0.179 130.000 0.033 NA   NA
 133163 133164 spr0278 spr0279 celB bglG TRUE 0.509 118.000 0.128 0.024 N NA
 133164 133165 spr0279 spr0280 bglG PTS-EII TRUE 0.958 10.000 0.043 0.024 N NA
 133165 133166 spr0280 spr0281 PTS-EII   TRUE 0.932 19.000 0.105 NA   NA
 133166 133167 spr0281 spr0282   PTS-EII TRUE 0.837 80.000 0.842 NA   NA
 133167 133168 spr0282 spr0283 PTS-EII   FALSE 0.027 382.000 0.000 NA   NA
 133168 133169 spr0283 spr0284   xylS FALSE 0.026 402.000 0.000 NA   NA
 133172 133173 spr0287 spr0288 kdgA kdgK TRUE 0.982 10.000 0.167 1.000 Y NA
 133173 133174 spr0288 spr0289 kdgK   TRUE 0.957 31.000 0.094 1.000 Y NA
 133174 133175 spr0289 spr0290   gno TRUE 0.952 19.000 0.197 1.000 N NA
 133176 133177 spr0291 spr0292 PTS-EII ugl TRUE 0.954 12.000 0.160 1.000   NA
 133177 133178 spr0292 spr0293 ugl PTS-EII TRUE 0.968 11.000 0.267 1.000   NA
 133178 133179 spr0293 spr0294 PTS-EII PTS-EII TRUE 0.997 15.000 0.933 0.037 Y NA
 133179 133180 spr0294 spr0295 PTS-EII PTS-EII TRUE 0.999 -13.000 0.933 0.037 Y NA
 133180 133181 spr0295 spr0296 PTS-EII   TRUE 0.916 0.000 0.002 NA N NA
 133181 133182 spr0296 spr0297     TRUE 0.814 22.000 0.006 NA   NA
 133182 133183 spr0297 spr0298   regR TRUE 0.994 -6.000 0.562 NA   NA
 133184 133185 spr0299 spr0300     TRUE 0.871 -46.000 0.000 NA   NA
 133185 133186 spr0300 spr0301   yorfE TRUE 0.742 16.000 0.000 NA   NA
 133187 133188 spr0302 spr0303 yllC ftsL TRUE 0.928 12.000 0.077 1.000 N NA
 133188 133189 spr0303 spr0304 ftsL pbpX TRUE 0.983 4.000 0.456 1.000 N NA
 133189 133190 spr0304 spr0305 pbpX mraY TRUE 0.981 2.000 0.038 1.000 Y NA
 133190 133191 spr0305 spr0306 mraY   FALSE 0.060 140.000 0.000 NA   NA
 133191 133192 spr0306 spr0307   clpL FALSE 0.037 232.000 0.000 NA   NA
 133193 133194 spr0308 spr0309 luxS   FALSE 0.204 95.000 0.006 NA   NA
 133195 133196 spr0310 spr0311 dexB   FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 133197 133198 spr0312 spr0313 transposase B transposase A FALSE 0.028 355.000 0.000 NA   NA
 133199 133200 spr0314 spr0315 cps2A cps2H TRUE 0.853 -106.000 0.000 NA   NA
 133200 133201 spr0315 spr0316 cps2H cps2I FALSE 0.065 130.000 0.000 NA   NA
 133201 133202 spr0316 spr0317 cps2I cps2J TRUE 0.911 -3.000 0.000 1.000   NA
 133202 133203 spr0317 spr0318 cps2J cps2K TRUE 0.621 36.000 0.000 1.000   NA
 133203 133204 spr0318 spr0319 cps2K cps2P TRUE 0.667 29.000 0.000 1.000   NA
 133204 133205 spr0319 spr0320 cps2P cps2L FALSE 0.220 78.000 0.000 1.000   NA
 133205 133206 spr0320 spr0321 cps2L cps2M TRUE 0.991 1.000 0.149 1.000 Y NA
 133206 133207 spr0321 spr0322 cps2M cpsN TRUE 0.988 13.000 0.350 1.000 Y NA
 133207 133208 spr0322 spr0323 cpsN cpsO TRUE 0.959 66.000 0.273 0.004 Y NA
 133208 133209 spr0323 spr0324 cpsO transposase G-truncation FALSE 0.223 76.000 0.000 NA   NA
 133209 133210 spr0324 spr0325 transposase G-truncation   TRUE 0.832 3.000 0.000 NA   NA
 133210 133211 spr0325 spr0326     FALSE 0.257 71.000 0.000 NA   NA
 133211 133212 spr0326 spr0327   aliA FALSE 0.043 202.000 0.000 NA   NA
 133212 133213 spr0327 spr0328 aliA   FALSE 0.034 300.000 0.000 1.000   NA
 133214 133215 spr0329 spr0330 pbpA recU TRUE 0.990 -3.000 0.319 1.000   NA
 133216 133217 spr0331 spr0332     TRUE 0.914 58.000 0.579 NA   NA
 133217 2149641 spr0332 sprs02   rnpB TRUE 0.736 13.000 0.000 NA   NA
 2149641 133218 sprs02 spr0333 rnpB   TRUE 0.412 55.000 0.000 NA   NA
 133218 133219 spr0333 spr0334     TRUE 0.891 13.000 0.029 NA   NA
 133219 133220 spr0334 spr0335   gnd TRUE 0.348 76.000 0.005 NA   NA
 133220 133221 spr0335 spr0336 gnd csrR TRUE 0.867 12.000 0.012 1.000 N NA
 133221 133222 spr0336 spr0337 csrR cbpF FALSE 0.105 98.000 0.000 NA   NA
 133222 133223 spr0337 spr0338 cbpF mvk FALSE 0.074 122.000 0.000 NA   NA
 133223 133224 spr0338 spr0339 mvk mvd1 TRUE 0.997 -99.000 0.281 0.005 Y NA
 133224 133225 spr0339 spr0340 mvd1 mvaK2 TRUE 0.998 -13.000 0.312 0.005 Y NA
 133225 133226 spr0340 spr0341 mvaK2 fni TRUE 0.978 -16.000 0.097 1.000 N NA
 133226 133227 spr0341 spr0342 fni   TRUE 0.322 78.000 0.005 NA   NA
 133227 133228 spr0342 spr0343   hk03 TRUE 0.994 -3.000 0.679 NA   NA
 133228 133229 spr0343 spr0344 hk03 rr03 TRUE 0.997 14.000 0.853 0.013 Y NA
 133229 133230 spr0344 spr0345 rr03 alkD-truncation TRUE 0.862 1.000 0.000 NA   NA
 133230 133231 spr0345 spr0346 alkD-truncation alkD-truncation FALSE 0.199 78.000 0.000 NA   NA
 133231 133232 spr0346 spr0347 alkD-truncation alkD-truncation TRUE 0.877 19.000 0.024 NA   NA
 133232 133233 spr0347 spr0348 alkD-truncation   FALSE 0.056 150.000 0.000 NA   NA
 133233 133234 spr0348 spr0349   cbpG-truncation TRUE 0.543 42.000 0.000 NA   NA
 133234 133235 spr0349 spr0350 cbpG-truncation cbpG FALSE 0.078 125.000 0.000 1.000   NA
 133235 133236 spr0350 spr0351 cbpG pcpC TRUE 0.720 19.000 0.000 NA   NA
 133237 133238 spr0352 spr0353 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.959 -52.000 0.000 0.011   NA
 133238 133239 spr0353 spr0354 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.078 118.000 0.000 NA   NA
 133239 133240 spr0354 spr0355 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.038 226.000 0.000 NA   NA
 133241 133242 spr0356 spr0357 mtlA   TRUE 0.979 24.000 0.336 0.023 N NA
 133242 133243 spr0357 spr0358   mtlF TRUE 0.986 2.000 0.131 0.023 N NA
 133243 133244 spr0358 spr0359 mtlF mtlD TRUE 0.857 62.000 0.062 1.000 Y NA
 133244 133245 spr0359 spr0360 mtlD   FALSE 0.050 171.000 0.000 NA   NA
 133245 133246 spr0360 spr0361     TRUE 0.431 53.000 0.000 NA   NA
 133246 133247 spr0361 spr0362   ropA FALSE 0.030 304.000 0.000 NA   NA
 133248 133249 spr0363 spr0364 recD spi FALSE 0.166 234.000 0.099 1.000 N NA
 133249 133250 spr0364 spr0365 spi rnhB TRUE 0.929 12.000 0.080 1.000 N NA
 133251 133252 spr0366 spr0367     TRUE 0.959 -3.000 0.019 NA   NA
 133252 133253 spr0367 spr0368   mutS2 TRUE 0.329 104.000 0.070 1.000   NA
 133253 133254 spr0368 spr0369 mutS2 dagA FALSE 0.029 342.000 0.000 1.000 N NA
 133254 133255 spr0369 spr0370 dagA mip FALSE 0.039 218.000 0.000 NA   NA
 133255 133256 spr0370 spr0371 mip shetA FALSE 0.105 98.000 0.000 NA   NA
 133257 133258 spr0372 spr0373 serS   FALSE 0.065 213.000 0.003 NA   NA
 133258 133259 spr0373 spr0374   lysC TRUE 0.915 3.000 0.010 NA   NA
 133260 133261 spr0375 spr0376 phaB   TRUE 0.563 94.000 0.098 0.042 N NA
 133261 133262 spr0376 spr0377   fabH TRUE 0.970 0.000 0.070 1.000 N NA
 133262 133263 spr0377 spr0378 fabH acp TRUE 0.859 60.000 0.065 0.008   NA
 133263 133264 spr0378 spr0379 acp fabK TRUE 0.421 119.000 0.216 1.000   NA
 133264 133265 spr0379 spr0380 fabK fabD TRUE 0.981 -7.000 0.099 1.000   NA
 133265 133266 spr0380 spr0381 fabD fabG TRUE 0.990 34.000 0.432 0.008 Y NA
 133266 133267 spr0381 spr0382 fabG fabF TRUE 0.968 13.000 0.056 1.000 Y NA
 133267 133268 spr0382 spr0383 fabF accB TRUE 0.983 3.000 0.074 1.000 Y NA
 133268 133269 spr0383 spr0384 accB fabZ TRUE 0.995 -3.000 0.047 0.008 Y NA
 133269 133270 spr0384 spr0385 fabZ accC TRUE 0.966 12.000 0.045 1.000 Y NA
 133270 133271 spr0385 spr0386 accC accD TRUE 0.976 37.000 0.090 0.003 Y NA
 133271 133272 spr0386 spr0387 accD accA TRUE 0.998 -3.000 0.234 0.002 Y NA
 133272 133273 spr0387 spr0388 accA   FALSE 0.087 159.000 0.003 NA   NA
 133273 133274 spr0388 spr0389     TRUE 0.496 257.000 1.000 NA   NA
 133275 133276 spr0390 spr0391 nusB   TRUE 0.987 -25.000 0.265 NA   NA
 133276 133277 spr0391 spr0392   efp TRUE 0.873 22.000 0.031 NA   NA
 133277 133278 spr0392 spr0393 efp gatB FALSE 0.227 129.000 0.000 1.000 Y NA
 133278 133279 spr0393 spr0394 gatB gatA TRUE 0.998 0.000 0.492 0.002 Y NA
 133279 133280 spr0394 spr0395 gatA gatC TRUE 0.999 0.000 0.643 0.002 Y NA
 133281 133282 spr0396 spr0397 prfC   FALSE 0.037 269.000 0.000 1.000   NA
 133282 133283 spr0397 spr0398   rpmB FALSE 0.090 116.000 0.000 1.000   NA
 133283 133284 spr0398 spr0399 rpmB asp23 FALSE 0.166 157.000 0.044 NA   NA
 133284 133285 spr0399 spr0400 asp23   TRUE 0.988 3.000 0.567 NA   NA
 133285 133286 spr0400 spr0401   ilvB FALSE 0.082 201.000 0.004 1.000   NA
 133286 133287 spr0401 spr0402 ilvB ilvN TRUE 0.998 -31.000 0.249 0.001 Y NA
 133287 133288 spr0402 spr0403 ilvN ilvC TRUE 0.940 66.000 0.130 0.003 Y NA
 133288 133289 spr0403 spr0404 ilvC   FALSE 0.213 77.000 0.000 NA   NA
 133289 133290 spr0404 spr0405     FALSE 0.037 238.000 0.000 NA   NA
 133290 133291 spr0405 spr0406   ilvA TRUE 0.471 50.000 0.000 NA   NA
 133291 133292 spr0406 spr0407 ilvA   FALSE 0.022 735.000 0.000 NA   NA
 133293 133294 spr0408 spr0409 glnQ glnH TRUE 0.997 0.000 0.758 1.000 Y NA
 133296 133297 spr0411 spr0412 transposase F transposase F FALSE 0.059 142.000 0.000 NA   NA
 133301 133302 spr0416 spr0417     FALSE 0.044 198.000 0.000 NA   NA
 133304 133305 spr0419 spr0420   xylR FALSE 0.022 652.000 0.000 NA   NA
 133306 133307 spr0421 spr0422 PTS-EII   TRUE 0.984 -52.000 0.250 NA   NA
 133307 133308 spr0422 spr0423   PTS-EII FALSE 0.051 168.000 0.000 NA   NA
 133308 133309 spr0423 spr0424 PTS-EII lacG TRUE 0.925 10.000 0.000 1.000 Y NA
 133309 133310 spr0424 spr0425 lacG PTS-EII TRUE 0.608 69.000 0.000 1.000 Y NA
 133311 133312 spr0426 spr0427 trkH trkA TRUE 0.987 4.000 0.017 0.005 Y NA
 133313 133314 spr0428 spr0429     TRUE 0.925 15.000 0.068 NA   NA
 133314 133315 spr0429 spr0430   ABC-NBD FALSE 0.286 321.000 0.435 NA   NA
 133315 133316 spr0430 spr0431 ABC-NBD ABC-MSD TRUE 0.993 -15.000 0.530 1.000   NA
 133316 133317 spr0431 spr0432 ABC-MSD cspR FALSE 0.099 154.000 0.005 1.000 N NA
 133317 133318 spr0432 spr0433 cspR   FALSE 0.029 444.000 0.000 1.000   NA
 133318 133319 spr0433 spr0434     TRUE 0.994 -10.000 0.600 1.000   NA
 133319 133320 spr0434 spr0435     TRUE 0.913 28.000 0.105 1.000   NA
 133320 133321 spr0435 spr0436     TRUE 0.808 5.000 0.000 1.000   NA
 133321 133322 spr0436 spr0437   rpoE FALSE 0.069 128.000 0.000 1.000 N NA
 133322 133323 spr0437 spr0438 rpoE pyrG FALSE 0.076 390.000 0.029 1.000 N NA
 133325 133326 spr0440 spr0441   pgk TRUE 0.446 90.000 0.002 1.000 Y NA
 133326 133327 spr0441 spr0442 pgk   FALSE 0.093 136.000 0.002 NA   NA
 133327 133328 spr0442 spr0443   glnR TRUE 0.644 77.000 0.154 NA   NA
 133328 133329 spr0443 spr0444 glnR glnA TRUE 0.910 37.000 0.179 1.000 N NA
 133329 133330 spr0444 spr0445 glnA hsdS FALSE 0.024 780.000 0.000 1.000   NA
 133331 133332 spr0446 spr0447 hsdS xerD TRUE 0.884 11.000 0.000 0.075   NA
 133332 133333 spr0447 spr0448 xerD hsdS TRUE 0.614 57.000 0.000 0.075 N NA
 133333 133334 spr0448 spr0449 hsdS hsdM TRUE 0.992 0.000 0.045 0.075 Y NA
 133334 133335 spr0449 spr0450 hsdM hsdR TRUE 0.994 13.000 0.564 0.075 Y NA
 133336 133337 spr0451 spr0452     TRUE 0.598 35.000 0.000 NA   NA
 133337 133338 spr0452 spr0453   hrcA FALSE 0.105 131.000 0.003 NA   NA
 133338 133339 spr0453 spr0454 hrcA grpE TRUE 0.949 3.000 0.051 1.000 N NA
 133339 133340 spr0454 spr0455 grpE dnaK TRUE 0.316 480.000 0.026 0.007 Y NA
 133340 133341 spr0455 spr0456 dnaK dnaJ TRUE 0.483 760.000 0.196 0.004 Y NA
 133342 133343 spr0457 spr0458     TRUE 0.925 10.000 0.063 NA   NA
 133344 133345 spr0459 spr0460 ABC-NBD ABC-MSP TRUE 0.984 -3.000 0.167 NA N NA
 133347 133348 spr0462 spr0463 blpS rr13 TRUE 0.982 5.000 0.500 NA   NA
 133348 133349 spr0463 spr0464 rr13 hk13 TRUE 0.990 14.000 0.444 1.000 Y NA
 133350 133351 spr0465 spr0466 ip   TRUE 0.867 57.000 0.250 1.000   NA
 133351 133352 spr0466 spr0467     TRUE 0.720 19.000 0.000 NA   NA
 133352 133353 spr0467 spr0468     TRUE 0.973 11.000 0.375 NA   NA
 133353 133354 spr0468 spr0469     TRUE 0.994 -55.000 0.500 0.069   NA
 133355 133356 spr0470 spr0471     TRUE 0.742 16.000 0.000 NA   NA
 133356 133357 spr0471 spr0472   blpY TRUE 0.848 -163.000 0.000 NA   NA
 133357 133358 spr0472 spr0473 blpY blpZ TRUE 0.543 42.000 0.000 NA   NA
 133358 133359 spr0473 spr0474 blpZ pncP FALSE 0.056 151.000 0.000 NA   NA
 133359 133360 spr0474 spr0475 pncP   FALSE 0.053 161.000 0.000 NA   NA
 133360 133361 spr0475 spr0476     TRUE 0.984 -3.000 0.154 NA   NA
 133361 133362 spr0476 spr0477     FALSE 0.118 126.000 0.004 NA   NA
 133362 133363 spr0477 spr0478   nusA TRUE 0.958 44.000 0.759 NA   NA
 133363 133364 spr0478 spr0479 nusA   TRUE 0.983 22.000 0.323 NA Y NA
 133364 133365 spr0479 spr0480     TRUE 0.992 -7.000 0.408 NA N NA
 133365 133366 spr0480 spr0481   infB TRUE 0.983 17.000 0.223 NA Y NA
 133366 133367 spr0481 spr0482 infB rbfA TRUE 0.604 224.000 0.530 1.000 Y NA
 133367 133368 spr0482 spr0483 rbfA   FALSE 0.036 243.000 0.000 NA   NA
 133368 133369 spr0483 spr0484     TRUE 0.849 2.000 0.000 NA   NA
 133369 133370 spr0484 spr0485     FALSE 0.025 438.000 0.000 NA   NA
 133370 133371 spr0485 spr0486     TRUE 0.984 0.000 0.229 NA   NA
 133371 133372 spr0486 spr0487     TRUE 0.943 10.000 0.114 NA   NA
 133372 133373 spr0487 spr0488     TRUE 0.437 96.000 0.143 NA   NA
 133373 133374 spr0488 spr0489     FALSE 0.029 412.000 0.000 1.000   NA
 133374 133375 spr0489 spr0490     TRUE 0.984 -13.000 0.150 1.000   NA
 133375 133376 spr0490 spr0491     TRUE 0.849 2.000 0.000 NA   NA
 133376 133377 spr0491 spr0492   valS TRUE 0.741 12.000 0.000 NA   NA
 133377 133378 spr0492 spr0493 valS   TRUE 0.412 55.000 0.000 NA   NA
 133378 133379 spr0493 spr0494     FALSE 0.032 283.000 0.000 NA   NA
 133380 133381 spr0495 spr0496 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.897 -18.000 0.000 NA   NA
 133381 133382 spr0496 spr0497 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.213 77.000 0.000 NA   NA
 133382 133383 spr0497 spr0498 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.038 226.000 0.000 NA   NA
 133384 133385 spr0499 spr0500     TRUE 0.693 22.000 0.000 NA   NA
 133385 133386 spr0500 spr0501     FALSE 0.040 216.000 0.000 NA   NA
 133386 133387 spr0501 spr0502     TRUE 0.881 -34.000 0.000 NA   NA
 133387 133388 spr0502 spr0503     TRUE 0.675 24.000 0.000 NA   NA
 133388 133389 spr0503 spr0504   licT FALSE 0.030 301.000 0.000 NA   NA
 133389 133390 spr0504 spr0505 licT PTS-EII TRUE 0.965 18.000 0.259 1.000   NA
 133390 133391 spr0505 spr0506 PTS-EII bglH TRUE 0.987 13.000 0.318 1.000 Y NA
 133391 133392 spr0506 spr0507 bglH pheS FALSE 0.023 592.000 0.000 1.000 N NA
 133392 133393 spr0507 spr0508 pheS   TRUE 0.944 0.000 0.009 1.000   NA
 133393 133394 spr0508 spr0509   pheT TRUE 0.377 77.000 0.007 1.000   NA
 133396 133397 spr0511 spr0512 IS1239-truncation IS1239-truncation TRUE 0.707 20.000 0.000 NA   NA
 133397 133398 spr0512 spr0513 IS1239-truncation   FALSE 0.072 123.000 0.000 NA   NA
 133398 133399 spr0513 spr0514   metE FALSE 0.088 117.000 0.000 1.000   NA
 133399 133400 spr0514 spr0515 metE metF TRUE 0.924 64.000 0.050 0.002 Y NA
 133400 133401 spr0515 spr0516 metF pnpA FALSE 0.024 571.000 0.000 1.000 N NA
 133401 133402 spr0516 spr0517 pnpA cysE TRUE 0.850 16.000 0.006 1.000 N NA
 133402 133403 spr0517 spr0518 cysE   TRUE 0.887 12.000 0.017 1.000   NA
 133403 133404 spr0518 spr0519   cysS FALSE 0.255 82.000 0.002 1.000   NA
 133404 133405 spr0519 spr0520 cysS   TRUE 0.984 -7.000 0.129 1.000   NA
 133405 133406 spr0520 spr0521     TRUE 0.915 4.000 0.017 NA   NA
 133406 133407 spr0521 spr0522     FALSE 0.062 137.000 0.000 NA   NA
 133407 133408 spr0522 spr0523   transposase H-truncation FALSE 0.031 289.000 0.000 NA   NA
 133408 133409 spr0523 spr0524 transposase H-truncation vex1 FALSE 0.028 352.000 0.000 NA   NA
 133409 133410 spr0524 spr0525 vex1 vex2 TRUE 0.994 13.000 0.917 1.000 Y NA
 133410 133411 spr0525 spr0526 vex2 vex3 TRUE 0.969 52.000 0.542 1.000 Y NA
 133411 133412 spr0526 spr0527 vex3 pep27 FALSE 0.048 180.000 0.000 NA   NA
 133412 133413 spr0527 spr0528 pep27 vncR TRUE 0.481 49.000 0.000 NA   NA
 133413 133414 spr0528 spr0529 vncR vncS TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 133414 133415 spr0529 spr0530 vncS fba FALSE 0.062 141.000 0.000 1.000 N NA
 133416 133417 spr0531 spr0532   glnP FALSE 0.084 246.000 0.000 0.067 N NA
 133417 133418 spr0532 spr0533 glnP glnP TRUE 0.997 10.000 0.947 0.013 Y NA
 133418 133419 spr0533 spr0534 glnP glnH TRUE 0.993 13.000 0.400 0.053 Y NA
 133419 133420 spr0534 spr0535 glnH glnQ-truncation TRUE 0.959 11.000 0.185 1.000   NA
 133420 133421 spr0535 spr0536 glnQ-truncation glnQ-truncation TRUE 0.692 25.000 0.000 1.000   NA
 133422 133423 spr0537 spr0538 recJ   FALSE 0.055 175.000 0.000 1.000   NA
 133423 133424 spr0538 spr0539   estA TRUE 0.702 69.000 0.143 NA   NA
 133424 133425 spr0539 spr0540 estA murM TRUE 0.328 112.000 0.100 NA   NA
 133425 133426 spr0540 spr0541 murM murN TRUE 0.996 5.000 0.467 0.008 Y NA
 133426 133427 spr0541 spr0542 murN   FALSE 0.297 116.000 0.087 1.000 N NA
 133427 133428 spr0542 spr0543   uvrC TRUE 0.673 40.000 0.002 1.000 N NA
 133428 133429 spr0543 spr0544 uvrC   TRUE 0.913 -10.000 0.000 1.000   NA
 133431 133432 spr0546 spr0547 nrd pepV TRUE 0.741 13.000 0.000 1.000 N NA
 133432 133433 spr0547 spr0548 pepV   TRUE 0.677 54.000 0.031 NA N NA
 133433 133434 spr0548 spr0549     FALSE 0.052 164.000 0.000 NA   NA
 133434 133435 spr0549 spr0550     TRUE 0.862 1.000 0.000 NA   NA
 133435 133436 spr0550 spr0551   brnQ FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 133436 133437 spr0551 spr0552 brnQ   FALSE 0.043 204.000 0.000 1.000 N NA
 133437 133438 spr0552 spr0553     TRUE 0.980 -31.000 0.007 1.000 Y NA
 133438 133439 spr0553 spr0554     TRUE 0.911 3.000 0.007 1.000 N NA
 133439 133440 spr0554 spr0555   rplK FALSE 0.031 309.000 0.000 1.000 N NA
 133440 133441 spr0555 spr0556 rplK rplA TRUE 0.813 208.000 0.838 0.037 Y NA
 133441 133442 spr0556 spr0557 rplA ABC-NBD FALSE 0.023 2518.000 0.000 1.000   NA
 133442 133443 spr0557 spr0558 ABC-NBD   TRUE 0.973 -40.000 0.098 NA   NA
 133443 133444 spr0558 spr0559     TRUE 0.963 2.000 0.083 NA   NA
 133444 133445 spr0559 spr0560     FALSE 0.035 253.000 0.000 NA   NA
 133445 133446 spr0560 spr0561   prtA FALSE 0.025 732.000 0.000 1.000   NA
 133446 133447 spr0561 spr0562 prtA PTS-EII FALSE 0.026 579.000 0.000 1.000   NA
 133447 133448 spr0562 spr0563 PTS-EII   TRUE 0.924 38.000 0.000 0.022 Y NA
 133448 133449 spr0563 spr0564   PTS-EII TRUE 0.889 48.000 0.000 0.035 Y NA
 133449 133450 spr0564 spr0565 PTS-EII bgaA FALSE 0.113 305.000 0.000 1.000 Y NA
 133451 133452 spr0566 spr0567     FALSE 0.286 68.000 0.000 NA   NA
 133452 133453 spr0567 spr0568     FALSE 0.041 212.000 0.000 NA   NA
 133454 133455 spr0569 spr0570     TRUE 0.641 58.000 0.025 NA   NA
 133455 133456 spr0570 spr0571     TRUE 0.968 -22.000 0.042 1.000   NA
 133456 133457 spr0571 spr0572     TRUE 0.980 -7.000 0.100 NA   NA
 133457 133458 spr0572 spr0573   nha2 TRUE 0.946 12.000 0.136 NA   NA
 133458 133459 spr0573 spr0574 nha2   FALSE 0.173 164.000 0.044 1.000   NA
 133459 133460 spr0574 spr0575   ccdA FALSE 0.046 211.000 0.000 1.000   NA
 133460 133461 spr0575 spr0576 ccdA   TRUE 0.996 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 133461 133462 spr0576 spr0577   msrA TRUE 0.994 11.000 0.875 1.000 Y NA
 133462 133463 spr0577 spr0578 msrA rr09 FALSE 0.257 250.000 0.240 1.000   NA
 133463 133464 spr0578 spr0579 rr09 hk09 TRUE 0.996 -3.000 0.480 0.013   NA
 133464 133465 spr0579 spr0580 hk09   FALSE 0.255 95.000 0.020 NA   NA
 133465 133466 spr0580 spr0581   zmpB TRUE 0.857 22.000 0.020 NA   NA
 133466 133467 spr0581 spr0582 zmpB pabB TRUE 0.417 70.000 0.006 1.000 N NA
 133467 133468 spr0582 spr0583 pabB   FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 133468 133469 spr0583 spr0584   glcK FALSE 0.170 118.000 0.015 NA   NA
 133469 133470 spr0584 spr0585 glcK thyA FALSE 0.192 97.000 0.006 1.000 N NA
 133472 133473 spr0587 spr0588   miaA TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 133473 133474 spr0588 spr0589 miaA   TRUE 0.968 -7.000 0.027 1.000   NA
 133474 133475 spr0589 spr0590     TRUE 0.958 -7.000 0.014 NA   NA
 133475 133476 spr0590 spr0591     TRUE 0.887 15.000 0.022 NA   NA
 133476 133477 spr0591 spr0592     TRUE 0.918 21.000 0.074 1.000   NA
 133479 133480 spr0594 spr0595     TRUE 0.959 0.000 0.035 NA   NA
 133480 133481 spr0595 spr0596     FALSE 0.076 119.000 0.000 NA   NA
 133483 133484 spr0598 spr0599 typA   TRUE 0.854 20.000 0.015 NA   NA
 133484 133485 spr0599 spr0600     FALSE 0.029 316.000 0.000 NA   NA
 133485 133486 spr0600 spr0601     FALSE 0.257 71.000 0.000 NA   NA
 133486 133487 spr0601 spr0602   ABC-NBD TRUE 0.994 2.000 1.000 NA   NA
 133487 133488 spr0602 spr0603 ABC-NBD murD FALSE 0.098 104.000 0.000 1.000 N NA
 133488 133489 spr0603 spr0604 murD murG TRUE 0.979 4.000 0.060 1.000 Y NA
 133489 133490 spr0604 spr0605 murG divIB TRUE 0.971 10.000 0.072 NA Y NA
 133492 133493 spr0607 spr0608     FALSE 0.032 343.000 0.000 1.000   NA
 133493 133494 spr0608 spr0609   ABC-NBD-truncation FALSE 0.051 168.000 0.000 NA   NA
 133494 133495 spr0609 spr0610 ABC-NBD-truncation ABC-NBD-truncation FALSE 0.107 97.000 0.000 NA   NA
 133495 133496 spr0610 spr0611 ABC-NBD-truncation   TRUE 0.993 -7.000 0.500 NA   NA
 133498 133499 spr0613 spr0614 pyrF pyrE TRUE 0.906 34.000 0.006 1.000 Y NA
 133499 133500 spr0614 spr0615 pyrE   FALSE 0.048 180.000 0.000 NA   NA
 133500 133501 spr0615 spr0616     TRUE 0.701 96.000 0.667 NA   NA
 133501 133502 spr0616 spr0617     TRUE 0.992 -51.000 0.667 NA   NA
 133502 133503 spr0617 spr0618     TRUE 0.992 4.000 1.000 NA   NA
 133503 133504 spr0618 spr0619   ABC-NBD TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA   NA
 133505 133506 spr0620 spr0621 ABC-SBP-truncation ABC-SBP-truncation TRUE 0.716 75.000 0.037 0.009   NA
 133506 133507 spr0621 spr0622 ABC-SBP-truncation glnQ TRUE 0.983 12.000 0.671 1.000   NA
 133507 133508 spr0622 spr0623 glnQ glnP TRUE 0.997 1.000 0.773 1.000 Y NA
 133508 133509 spr0623 spr0624 glnP glnP TRUE 0.999 -40.000 0.841 0.013 Y NA
 133510 133511 spr0625 spr0626 lctO-truncation lysS FALSE 0.075 128.000 0.000 1.000   NA
 133511 133512 spr0626 spr0627 lysS lctO FALSE 0.023 625.000 0.000 1.000 N NA
 133512 133513 spr0627 spr0628 lctO   FALSE 0.021 555.000 0.000 NA N NA
 133513 133514 spr0628 spr0629   thiM FALSE 0.029 268.000 0.000 NA N NA
 133514 133515 spr0629 spr0630 thiM thiE TRUE 0.993 2.000 0.061 0.006 Y NA
 133515 133516 spr0630 spr0631 thiE   FALSE 0.024 525.000 0.000 NA   NA
 133516 133517 spr0631 spr0632   ABC-NBD TRUE 0.862 1.000 0.000 NA   NA
 133517 133518 spr0632 spr0633 ABC-NBD   TRUE 0.849 2.000 0.000 NA   NA
 133518 133519 spr0633 spr0634   tenA TRUE 0.915 11.000 0.050 NA   NA
 133519 133520 spr0634 spr0635 tenA   TRUE 0.933 5.000 0.052 NA   NA
 133520 133521 spr0635 spr0636   thiM TRUE 0.967 0.000 0.059 NA   NA
 133521 133522 spr0636 spr0637 thiM thiE TRUE 0.997 -7.000 0.190 0.006 Y NA
 133524 133525 spr0639 spr0640 copY   TRUE 0.965 11.000 0.250 NA   NA
 133525 133526 spr0640 spr0641   ctpA TRUE 0.978 1.000 0.167 NA   NA
 133526 133527 spr0641 spr0642 ctpA spxB FALSE 0.043 207.000 0.000 1.000 N NA
 133527 133528 spr0642 spr0643 spxB   TRUE 0.309 111.000 0.083 NA   NA
 133529 133530 spr0644 spr0645 transposase C   TRUE 0.852 -112.000 0.000 NA   NA
 133531 133532 spr0646 spr0647 bgl-truncation pmi FALSE 0.208 121.000 0.000 0.029   NA
 133535 133536 spr0650 spr0651     TRUE 0.732 20.000 0.000 1.000   NA
 133536 133537 spr0651 spr0652     TRUE 0.742 41.000 0.012 NA   NA
 133538 133539 spr0653 spr0654   comEB TRUE 0.725 19.000 0.000 1.000 N NA
 133539 133540 spr0654 spr0655 comEB upp TRUE 0.793 68.000 0.041 1.000 Y NA
 133540 133541 spr0655 spr0656 upp clpP FALSE 0.102 174.000 0.010 1.000 N NA
 133541 133542 spr0656 spr0657 clpP   TRUE 0.492 79.000 0.065 NA   NA
 133544 133545 spr0659 spr0660 livJ livH TRUE 0.374 259.000 0.150 1.000 Y NA
 133545 133546 spr0660 spr0661 livH livM TRUE 0.995 4.000 0.363 0.051 Y NA
 133546 133547 spr0661 spr0662 livM livG TRUE 0.995 0.000 0.349 1.000 Y NA
 133547 133548 spr0662 spr0663 livG livF TRUE 0.995 0.000 0.128 0.033 Y NA
 133548 133549 spr0663 spr0664 livF   FALSE 0.187 414.000 0.214 1.000   NA
 133549 133550 spr0664 spr0665   prfB FALSE 0.045 214.000 0.000 1.000   NA
 133550 133551 spr0665 spr0666 prfB ftsE TRUE 0.914 18.000 0.053 1.000 N NA
 133551 133552 spr0666 spr0667 ftsE ftsX TRUE 0.995 -70.000 0.431 1.000 Y NA
 133552 133553 spr0667 spr0668 ftsX ptsG FALSE 0.071 286.000 0.000 0.087 N NA
 133553 133554 spr0668 spr0669 ptsG   TRUE 0.934 52.000 0.610 NA   NA
 133554 133555 spr0669 spr0670   rheB FALSE 0.060 140.000 0.000 NA   NA
 133555 133556 spr0670 spr0671 rheB metK FALSE 0.041 215.000 0.000 1.000 N NA
 133556 133557 spr0671 spr0672 metK pyrDA FALSE 0.024 553.000 0.000 1.000 N NA
 133557 133558 spr0672 spr0673 pyrDA holA TRUE 0.712 34.000 0.002 1.000 N NA
 133558 133559 spr0673 spr0674 holA sodA FALSE 0.109 173.000 0.012 1.000 N NA
 133559 133560 spr0674 spr0675 sodA   FALSE 0.134 157.000 0.021 NA   NA
 133560 133561 spr0675 spr0676     TRUE 0.852 21.000 0.016 NA   NA
 133561 133562 spr0676 spr0677     TRUE 0.928 2.000 0.012 NA   NA
 133562 133563 spr0677 spr0678   ABC-NBD TRUE 0.942 2.000 0.027 NA   NA
 133564 133565 spr0679 spr0680 ppiA   FALSE 0.154 84.000 0.000 NA   NA
 133565 133566 spr0680 spr0681     TRUE 0.852 -112.000 0.000 NA   NA
 133567 133568 spr0682 spr0683 rpsP   TRUE 0.970 20.000 0.385 1.000   NA
 133568 133569 spr0683 spr0684     FALSE 0.023 565.000 0.000 NA   NA
 133569 133570 spr0684 spr0685     TRUE 0.862 1.000 0.000 NA   NA
 133570 133571 spr0685 spr0686   rimM TRUE 0.629 31.000 0.000 NA   NA
 133571 133572 spr0686 spr0687 rimM trmD TRUE 0.998 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 133572 133573 spr0687 spr0688 trmD   TRUE 0.831 12.000 0.002 1.000   NA
 133576 133577 spr0691 spr0692 bioY gor FALSE 0.044 197.000 0.000 NA   NA
 133578 133579 spr0693 spr0694   ABC-NBD TRUE 0.996 -16.000 0.923 1.000 N NA
 133579 133580 spr0694 spr0695 ABC-NBD   TRUE 0.997 2.000 0.923 1.000 Y NA
 133580 133581 spr0695 spr0696   metG FALSE 0.121 124.000 0.003 1.000 N NA
 133581 133582 spr0696 spr0697 metG   FALSE 0.026 328.000 0.000 NA N NA
 133582 133583 spr0697 spr0698     TRUE 0.983 4.000 0.429 NA   NA
 133583 133584 spr0698 spr0699     TRUE 0.741 12.000 0.000 NA   NA
 133584 133585 spr0699 spr0700     TRUE 0.325 79.000 0.008 NA   NA
 133585 133586 spr0700 spr0701   fabG TRUE 0.995 -7.000 0.710 NA   NA
 133586 133587 spr0701 spr0702 fabG   TRUE 0.928 11.000 0.067 1.000 N NA
 133587 133588 spr0702 spr0703     TRUE 0.940 8.000 0.091 1.000 N NA
 133588 133589 spr0703 spr0704     TRUE 0.621 36.000 0.000 1.000   NA
 133589 133590 spr0704 spr0705     TRUE 0.889 -25.000 0.000 NA   NA
 133590 133591 spr0705 spr0706   pepN FALSE 0.072 123.000 0.000 NA   NA
 133591 133592 spr0706 spr0707 pepN ciaR TRUE 0.822 43.000 0.061 1.000 N NA
 133592 133593 spr0707 spr0708 ciaR ciaH TRUE 0.997 -10.000 0.606 1.000 Y NA
 133595 133596 spr0710 spr0711   dinG FALSE 0.044 200.000 0.000 1.000 N NA
 133596 133597 spr0711 spr0712 dinG rodA TRUE 0.887 10.000 0.019 1.000 N NA
 133597 133598 spr0712 spr0713 rodA thiJ TRUE 0.860 11.000 0.008 NA   NA
 133598 133599 spr0713 spr0714 thiJ gph FALSE 0.223 76.000 0.000 NA   NA
 133599 133600 spr0714 spr0715 gph gyrB TRUE 0.880 15.000 0.013 1.000   NA
 133600 133601 spr0715 spr0716 gyrB ezrA TRUE 0.613 55.000 0.011 1.000 N NA
 133601 133602 spr0716 spr0717 ezrA transposase C FALSE 0.022 743.000 0.000 NA   NA
 133602 133603 spr0717 spr0718 transposase C transposase D TRUE 0.852 -112.000 0.000 NA   NA
 133604 133605 spr0719 spr0720 transposase E   FALSE 0.027 369.000 0.000 NA   NA
 133605 133606 spr0720 spr0721     FALSE 0.232 165.000 0.114 NA   NA
 133607 133608 spr0722 spr0723 transposase A transposase B FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 133608 133609 spr0723 spr0724 transposase B transposase B TRUE 0.481 49.000 0.000 NA   NA
 133610 133611 spr0725 spr0726 clpE   FALSE 0.038 229.000 0.000 NA   NA
 133612 133613 spr0727 spr0728 glnP glnQ TRUE 0.997 0.000 0.640 1.000 Y NA
 133613 133614 spr0728 spr0729 glnQ folD FALSE 0.271 91.000 0.017 1.000 N NA
 133614 133615 spr0729 spr0730 folD   FALSE 0.152 142.000 0.030 NA N NA
 133615 133616 spr0730 spr0731   rpiA FALSE 0.133 225.000 0.000 NA Y NA
 133616 133617 spr0731 spr0732 rpiA deoB TRUE 0.981 -49.000 0.018 1.000 Y NA
 133617 133618 spr0732 spr0733 deoB   TRUE 0.970 2.000 0.120 NA   NA
 133618 133619 spr0733 spr0734   pnp FALSE 0.260 148.000 0.125 NA   NA
 133619 133620 spr0734 spr0735 pnp   FALSE 0.028 464.000 0.000 1.000   NA
 133620 133621 spr0735 spr0736     TRUE 0.532 46.000 0.000 1.000   NA
 133621 133622 spr0736 spr0737     TRUE 0.692 25.000 0.000 1.000   NA
 133622 133623 spr0737 spr0738   deoD FALSE 0.025 658.000 0.000 1.000   NA
 133624 133625 spr0739 spr0740 flaR rpsT TRUE 0.551 53.000 0.002 1.000 N NA
 133625 133626 spr0740 spr0741 rpsT coaA TRUE 0.493 68.000 0.014 1.000 N NA
 133627 133628 spr0742 spr0743     FALSE 0.042 207.000 0.000 NA   NA
 133628 133629 spr0743 spr0744   pdp TRUE 0.970 -3.000 0.044 1.000 N NA
 133629 133630 spr0744 spr0745 pdp deoC TRUE 0.975 18.000 0.106 1.000 Y NA
 133630 133631 spr0745 spr0746 deoC cdd TRUE 0.989 -13.000 0.051 1.000 Y NA
 133631 133632 spr0746 spr0747 cdd   TRUE 0.958 18.000 0.200 1.000   NA
 133632 133633 spr0747 spr0748   ABC-NBD FALSE 0.159 144.000 0.024 1.000   NA
 133633 133634 spr0748 spr0749 ABC-NBD ABC-MSP TRUE 0.991 -34.000 0.438 1.000   NA
 133634 133635 spr0749 spr0750 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.994 3.000 0.720 0.051   NA
 133635 133636 spr0750 spr0751 ABC-MSP IS861-truncation FALSE 0.146 85.000 0.000 NA   NA
 133636 133637 spr0751 spr0752 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.063 136.000 0.000 NA   NA
 133637 133638 spr0752 spr0753 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 133638 133639 spr0753 spr0754 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.890 -24.000 0.000 NA   NA
 133641 133642 spr0756 spr0757 parE parC TRUE 0.706 411.000 0.552 0.002 Y NA
 133642 133643 spr0757 spr0758 parC ilvE FALSE 0.252 130.000 0.086 1.000 N NA
 133643 133644 spr0758 spr0759 ilvE ABC-SBP-internal deletion TRUE 0.404 56.000 0.000 NA   NA
 133644 133645 spr0759 spr0760 ABC-SBP-internal deletion   TRUE 0.516 44.000 0.000 NA   NA
 133645 133646 spr0760 spr0761     TRUE 0.996 -3.000 0.939 NA   NA
 133646 133647 spr0761 spr0762   pcp TRUE 0.968 15.000 0.300 NA   NA
 133647 133648 spr0762 spr0763 pcp   FALSE 0.051 168.000 0.000 NA   NA
 133648 398546 spr0763 sprt04   tRNA-Tyr1 TRUE 0.471 50.000 0.000 NA   NA
 398546 398547 sprt04 sprt05 tRNA-Tyr1 tRNA-Gln1 TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 398547 133649 sprt05 spr0764 tRNA-Gln1 rpsA FALSE 0.052 162.000 0.000 NA   NA
 133650 133651 spr0765 spr0766 IS1167-truncation IS1167-truncation TRUE 0.898 -16.000 0.000 NA   NA
 133651 133652 spr0766 spr0767 IS1167-truncation IS1167 FALSE 0.032 281.000 0.000 NA   NA
 133653 133654 spr0768 spr0769   dnaX TRUE 0.954 0.000 0.030 NA N NA
 133654 133655 spr0769 spr0770 dnaX   TRUE 0.887 28.000 0.067 NA   NA
 133655 133656 spr0770 spr0771   ABC-NBD FALSE 0.107 129.000 0.003 NA   NA
 133656 133657 spr0771 spr0772 ABC-NBD   TRUE 0.967 28.000 0.139 1.000 Y NA
 133657 133658 spr0772 spr0773     TRUE 0.982 11.000 0.606 1.000 N NA
 133658 133659 spr0773 spr0774   nifU TRUE 0.989 -13.000 0.292 1.000 N NA
 133659 133660 spr0774 spr0775 nifU   TRUE 0.925 54.000 0.152 0.002 N NA
 133662 408228 spr0777 sprs03   ssrA FALSE 0.022 646.000 0.000 NA   NA
 133663 133664 spr0778 spr0779 fruR fruB TRUE 0.998 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 133664 133665 spr0779 spr0780 fruB fruA TRUE 0.998 -3.000 0.816 1.000 Y NA
 133665 133666 spr0780 spr0781 fruA ftsK TRUE 0.424 86.000 0.010 0.064 N NA
 133668 133669 spr0783 spr0784   thiI TRUE 0.973 9.000 0.349 1.000 N NA
 133669 133670 spr0784 spr0785 thiI   FALSE 0.151 111.000 0.005 NA   NA
 133670 133671 spr0785 spr0786     TRUE 0.693 22.000 0.000 NA   NA
 133673 133674 spr0788 spr0789     TRUE 0.943 13.000 0.130 NA   NA
 133674 133675 spr0789 spr0790   hsdM FALSE 0.025 508.000 0.000 1.000 N NA
 133675 133676 spr0790 spr0791 hsdM hsdS TRUE 0.962 13.000 0.092 0.070   NA
 133676 133677 spr0791 spr0792 hsdS hsdR TRUE 0.692 79.000 0.048 0.004   NA
 133678 133679 spr0793 spr0794 argR pepXP TRUE 0.763 17.000 0.000 1.000   NA
 133680 133681 spr0795 spr0796 dnaE pfkA TRUE 0.500 83.000 0.098 1.000 N NA
 133681 133682 spr0796 spr0797 pfkA pykF TRUE 0.968 59.000 0.261 0.005 Y NA
 133684 133685 spr0799 spr0800     TRUE 0.736 13.000 0.000 NA   NA
 133687 133688 spr0802 spr0803     TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 133689 133690 spr0804 spr0805     TRUE 0.995 -3.000 0.841 NA   NA
 133691 133692 spr0806 spr0807     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 133692 133693 spr0807 spr0808   tex FALSE 0.141 84.000 0.000 NA N NA
 133693 133694 spr0808 spr0809 tex   TRUE 0.987 -13.000 0.215 NA   NA
 133694 133695 spr0809 spr0810     TRUE 0.868 29.000 0.051 NA   NA
 133697 133698 spr0812 spr0813 ABC-NBD ABC-MSD TRUE 0.993 2.000 0.855 1.000   NA
 133699 133700 spr0814 spr0815   IS1239-truncation FALSE 0.178 80.000 0.000 NA   NA
 133702 133703 spr0817 spr0818 transposase F transposase F TRUE 0.870 -48.000 0.000 NA   NA
 133704 133705 spr0819 spr0820 speE   TRUE 0.988 -3.000 0.036 1.000 Y NA
 133705 133706 spr0820 spr0821   nspC TRUE 0.996 0.000 0.444 1.000 Y NA
 133706 133707 spr0821 spr0822 nspC   TRUE 0.987 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 133707 133708 spr0822 spr0823   but TRUE 0.937 10.000 0.084 1.000   NA
 133710 133711 spr0825 spr0826     TRUE 0.422 54.000 0.000 NA   NA
 133713 133714 spr0828 spr0829 cpsY lspA TRUE 0.981 -3.000 0.119 1.000 N NA
 133714 133715 spr0829 spr0830 lspA rluD TRUE 0.977 -10.000 0.082 1.000 N NA
 133715 133716 spr0830 spr0831 rluD lytD TRUE 0.849 3.000 0.000 1.000   NA
 133716 133717 spr0831 spr0832 lytD proB FALSE 0.293 80.000 0.003 1.000   NA
 133717 133718 spr0832 spr0833 proB proA TRUE 0.994 10.000 0.281 0.002 Y NA
 133718 133719 spr0833 spr0834 proA proC TRUE 0.986 4.000 0.009 0.002 Y NA
 133719 133720 spr0834 spr0835 proC tmk FALSE 0.082 116.000 0.000 1.000 N NA
 133720 133721 spr0835 spr0836 tmk holB TRUE 0.989 -3.000 0.254 1.000 N NA
 133721 133722 spr0836 spr0837 holB   TRUE 0.902 13.000 0.038 NA   NA
 133722 133723 spr0837 spr0838     TRUE 0.945 3.000 0.043 NA   NA
 133723 133724 spr0838 spr0839     FALSE 0.043 200.000 0.000 NA   NA
 133724 133725 spr0839 spr0840     FALSE 0.090 109.000 0.000 NA   NA
 133726 133727 spr0841 spr0842 IS1381 IS1381 TRUE 0.975 26.000 0.750 NA   NA
 133728 133729 spr0843 spr0844   gidA FALSE 0.066 245.000 0.005 NA   NA
 133729 133730 spr0844 spr0845 gidA pyrH FALSE 0.291 78.000 0.002 1.000 N NA
 133730 133731 spr0845 spr0846 pyrH frr TRUE 0.983 9.000 0.626 1.000 N NA
 133731 133732 spr0846 spr0847 frr   TRUE 0.851 21.000 0.012 1.000   NA
 133732 133733 spr0847 spr0848     TRUE 0.878 9.000 0.013 NA   NA
 133733 133734 spr0848 spr0849   phoL FALSE 0.262 86.000 0.010 NA   NA
 133734 133735 spr0849 spr0850 phoL   FALSE 0.050 193.000 0.000 1.000   NA
 133735 133736 spr0850 spr0851     TRUE 0.954 3.000 0.065 NA   NA
 133737 133738 spr0852 spr0853 ald-truncation ald-truncation TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.002   NA
 133738 133739 spr0853 spr0854 ald-truncation ald-truncation FALSE 0.201 151.000 0.000 0.002   NA
 133740 133741 spr0855 spr0856   celA TRUE 0.702 68.000 0.125 1.000 N NA
 133741 133742 spr0856 spr0857 celA celB TRUE 0.940 -16.000 0.002 1.000   NA
 133742 133743 spr0857 spr0858 celB   FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 133743 133744 spr0858 spr0859     TRUE 0.747 11.000 0.000 NA   NA
 133744 133745 spr0859 spr0860     TRUE 0.575 115.000 0.500 NA   NA
 133745 133746 spr0860 spr0861   infC FALSE 0.035 250.000 0.000 NA   NA
 133746 133747 spr0861 spr0862 infC rpmI TRUE 0.986 33.000 0.652 1.000 Y NA
 133747 133748 spr0862 spr0863 rpmI rplT TRUE 0.989 52.000 0.928 0.027 Y NA
 133748 133749 spr0863 spr0864 rplT lguL TRUE 0.854 7.000 0.003 1.000 N NA
 133749 133750 spr0864 spr0865 lguL pyrDII FALSE 0.036 250.000 0.000 1.000 N NA
 133750 133751 spr0865 spr0866 pyrDII pyrD TRUE 0.981 11.000 0.592 1.000 N NA
 133751 133752 spr0866 spr0867 pyrD lytB TRUE 0.707 42.000 0.005 1.000   NA
 133754 133755 spr0869 spr0870   dgkA TRUE 0.965 -19.000 0.035 NA   NA
 133755 133756 spr0870 spr0871 dgkA era TRUE 0.927 17.000 0.063 1.000   NA
 133756 133757 spr0871 spr0872 era mutM TRUE 0.650 49.000 0.004 1.000   NA
 133757 133758 spr0872 spr0873 mutM   TRUE 0.971 -27.000 0.066 1.000 N NA
 133760 133761 spr0875 spr0876 pmrA rpmG TRUE 0.944 0.000 0.012 1.000 N NA
 133761 133762 spr0876 spr0877 rpmG secG TRUE 0.746 40.000 0.012 1.000 N NA
 133762 133763 spr0877 spr0878 secG rnr TRUE 0.316 102.000 0.064 1.000 N NA
 133763 133764 spr0878 spr0879 rnr smpB TRUE 0.989 -37.000 0.143 0.031 N NA
 133764 133765 spr0879 spr0880 smpB tehB TRUE 0.827 10.000 0.002 1.000 N NA
 133765 133766 spr0880 spr0881 tehB coiA FALSE 0.247 73.000 0.000 NA   NA
 133766 133767 spr0881 spr0882 coiA pepB TRUE 0.953 19.000 0.204 NA   NA
 133767 133768 spr0882 spr0883 pepB   TRUE 0.944 2.000 0.024 1.000   NA
 133768 133769 spr0883 spr0884   ppmA TRUE 0.531 67.000 0.016 1.000   NA
 133770 133771 spr0885 spr0886 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.950 0.000 0.000 0.069   NA
 133771 133772 spr0886 spr0887 IS861-truncation gpmB FALSE 0.026 563.000 0.000 1.000   NA
 133772 133773 spr0887 spr0888 gpmB ebsC TRUE 0.949 0.000 0.018 NA   NA
 133773 133774 spr0888 spr0889 ebsC   TRUE 0.943 0.000 0.012 NA   NA
 133774 133775 spr0889 spr0890     TRUE 0.347 95.000 0.062 NA   NA
 133776 133777 spr0891 spr0892 gcaD   TRUE 0.881 10.000 0.015 1.000 N NA
 133777 133778 spr0892 spr0893     TRUE 0.960 -21.000 0.025 NA   NA
 133778 133779 spr0893 spr0894   pfs TRUE 0.905 17.000 0.041 NA   NA
 133779 133780 spr0894 spr0895 pfs   TRUE 0.369 77.000 0.006 1.000   NA
 133780 133781 spr0895 spr0896   dnaQ TRUE 0.851 62.000 0.105 0.041   NA
 133781 133782 spr0896 spr0897 dnaQ   TRUE 0.964 3.000 0.105 1.000 N NA
 133782 133783 spr0897 spr0898   transposase A FALSE 0.040 196.000 0.000 NA N NA
 133783 133784 spr0898 spr0899 transposase A transposase B FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 133784 133785 spr0899 spr0900 transposase B   FALSE 0.053 161.000 0.000 NA   NA
 133787 133788 spr0902 spr0903   ccdA FALSE 0.037 231.000 0.000 NA   NA
 133788 133789 spr0903 spr0904 ccdA   TRUE 0.997 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 133789 133790 spr0904 spr0905   yfnA FALSE 0.028 362.000 0.000 1.000 N NA
 133790 133791 spr0905 spr0906 yfnA lmb FALSE 0.072 125.000 0.000 1.000 N NA
 133791 133792 spr0906 spr0907 lmb phtD TRUE 0.980 8.000 0.500 NA   NA
 133792 133793 spr0907 spr0908 phtD phtE FALSE 0.041 210.000 0.000 NA   NA
 133793 133794 spr0908 spr0909 phtE   FALSE 0.021 830.000 0.000 NA   NA
 133794 133795 spr0909 spr0910   phtE-truncation TRUE 0.605 34.000 0.000 NA   NA
 133800 133801 spr0915 spr0916 mscL mesH TRUE 0.439 82.000 0.003 0.068   NA
 133802 398548 spr0917 sprt07 ccl tRNA-Thr1 FALSE 0.102 100.000 0.000 NA   NA
 398548 133803 sprt07 spr0918 tRNA-Thr1 asd FALSE 0.028 343.000 0.000 NA   NA
 133803 133804 spr0918 spr0919 asd dapA TRUE 0.885 56.000 0.063 1.000 Y NA
 133805 133806 spr0920 spr0921 trmE xylH FALSE 0.107 137.000 0.003 1.000   NA
 133807 133808 spr0922 spr0923 tdk bltD TRUE 0.948 -10.000 0.004 1.000   NA
 133808 133809 spr0923 spr0924 bltD prfA TRUE 0.835 10.000 0.002 1.000   NA
 133809 133810 spr0924 spr0925 prfA hemK TRUE 0.989 0.000 0.084 1.000 Y NA
 133810 133811 spr0925 spr0926 hemK   TRUE 0.985 -25.000 0.029 NA Y NA
 133811 133812 spr0926 spr0927     TRUE 0.944 -37.000 0.012 NA   NA
 133812 133813 spr0927 spr0928   glyA TRUE 0.692 62.000 0.056 1.000   NA
 133813 133814 spr0928 spr0929 glyA   TRUE 0.977 -25.000 0.103 NA   NA
 133814 133815 spr0929 spr0930     TRUE 0.977 0.000 0.128 NA   NA
 133815 133816 spr0930 spr0931     TRUE 0.451 74.000 0.019 NA   NA
 133816 133817 spr0931 spr0932     TRUE 0.450 74.000 0.019 NA   NA
 133817 133818 spr0932 spr0933     FALSE 0.022 738.000 0.000 1.000 N NA
 133818 133819 spr0933 spr0934   ABC-SBP FALSE 0.027 393.000 0.000 1.000 N NA
 133819 133820 spr0934 spr0935 ABC-SBP ABC-MSP TRUE 0.998 -22.000 0.778 1.000 Y NA
 133820 133821 spr0935 spr0936 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.998 0.000 0.800 0.049 Y NA
 133823 133824 spr0938 spr0939 ABC-NBD   FALSE 0.026 568.000 0.000 1.000   NA
 133824 133825 spr0939 spr0940     FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 133825 133826 spr0940 spr0941     FALSE 0.022 684.000 0.000 NA   NA
 133826 133827 spr0941 spr0942   ccrB TRUE 0.641 92.000 0.400 NA   NA
 133827 133828 spr0942 spr0943 ccrB   FALSE 0.039 223.000 0.000 NA   NA
 133828 133829 spr0943 spr0944     FALSE 0.029 313.000 0.000 NA   NA
 133829 133830 spr0944 spr0945     TRUE 0.755 62.000 0.125 NA   NA
 133830 133831 spr0945 spr0946     TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 133831 133832 spr0946 spr0947     TRUE 0.704 61.000 0.077 NA N NA
 133832 133833 spr0947 spr0948   nplT FALSE 0.062 139.000 0.000 1.000 N NA
 133833 133834 spr0948 spr0949 nplT   FALSE 0.291 86.000 0.016 NA   NA
 133834 133835 spr0949 spr0950     TRUE 0.501 46.000 0.000 NA   NA
 133835 133836 spr0950 spr0951     FALSE 0.027 388.000 0.000 NA   NA
 133836 133837 spr0951 spr0952     TRUE 0.892 0.000 0.000 1.000   NA
 133837 133838 spr0952 spr0953     TRUE 0.648 28.000 0.000 NA   NA
 133838 133839 spr0953 spr0954     TRUE 0.858 -72.000 0.000 NA   NA
 133839 133840 spr0954 spr0955     FALSE 0.021 832.000 0.000 NA   NA
 133840 133841 spr0955 spr0956     TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 133841 133842 spr0956 spr0957   relaxase-truncation TRUE 0.682 23.000 0.000 NA   NA
 133842 133843 spr0957 spr0958 relaxase-truncation relaxase-truncation TRUE 0.629 31.000 0.000 NA   NA
 133843 133844 spr0958 spr0959 relaxase-truncation   FALSE 0.154 84.000 0.000 NA   NA
 133846 133847 spr0961 spr0962 rffD   TRUE 0.876 -40.000 0.000 NA   NA
 133847 133848 spr0962 spr0963     TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 133848 133849 spr0963 spr0964     TRUE 0.682 23.000 0.000 NA   NA
 133849 133850 spr0964 spr0965     TRUE 0.878 29.000 0.000 0.003   NA
 133850 133851 spr0965 spr0966     TRUE 0.784 8.000 0.000 1.000   NA
 133851 133852 spr0966 spr0967     TRUE 0.852 2.000 0.000 1.000 N NA
 133852 133853 spr0967 spr0968     TRUE 0.903 -10.000 0.000 NA   NA
 133853 133854 spr0968 spr0969   nikS TRUE 0.741 15.000 0.000 NA   NA
 133854 133855 spr0969 spr0970 nikS   TRUE 0.744 19.000 0.000 1.000   NA
 133855 133856 spr0970 spr0971   mefE FALSE 0.030 383.000 0.000 1.000   NA
 133856 133857 spr0971 spr0972 mefE   FALSE 0.025 659.000 0.000 1.000   NA
 133857 133858 spr0972 spr0973   ftsW FALSE 0.024 902.000 0.000 1.000   NA
 133858 133859 spr0973 spr0974 ftsW ppc TRUE 0.878 20.000 0.028 1.000 N NA
 133859 133860 spr0974 spr0975 ppc ABC-SBP FALSE 0.027 383.000 0.000 NA   NA
 133860 133861 spr0975 spr0976 ABC-SBP ABC-MSP TRUE 0.820 69.000 0.368 NA   NA
 133861 133862 spr0976 spr0977 ABC-MSP ABC-NBD TRUE 0.996 -3.000 0.895 1.000   NA
 133862 133863 spr0977 spr0978 ABC-NBD dnaG TRUE 0.350 75.000 0.002 1.000   NA
 133863 133864 spr0978 spr0979 dnaG rpoD TRUE 0.976 3.000 0.209 1.000 N NA
 133864 133865 spr0979 spr0980 rpoD   TRUE 0.968 -19.000 0.044 NA   NA
 133865 133866 spr0980 spr0981   cpoA TRUE 0.799 34.000 0.019 NA   NA
 133866 133867 spr0981 spr0982 cpoA   TRUE 0.995 16.000 0.413 0.012 Y NA
 133867 133868 spr0982 spr0983     TRUE 0.797 31.000 0.016 NA N NA
 133868 133869 spr0983 spr0984   obgE FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 133869 133870 spr0984 spr0985 obgE   TRUE 0.863 10.000 0.009 NA   NA
 133871 133872 spr0986 spr0987 IS1167-truncation IS1167-truncation TRUE 0.591 36.000 0.000 NA   NA
 133872 133873 spr0987 spr0988 IS1167-truncation IS1167 TRUE 0.961 -9.000 0.000 0.067   NA
 133874 133875 spr0989 spr0990 murZ   TRUE 0.919 10.000 0.052 1.000 N NA
 133875 133876 spr0990 spr0991     TRUE 0.991 -7.000 0.342 1.000 N NA
 133876 133877 spr0991 spr0992   map TRUE 0.962 16.000 0.235 1.000 N NA
 133877 133878 spr0992 spr0993 map IS1381-truncation FALSE 0.251 72.000 0.000 NA   NA
 133878 133879 spr0993 spr0994 IS1381-truncation IS1381 TRUE 0.984 15.000 0.750 NA   NA
 133879 133880 spr0994 spr0995 IS1381 pcrA FALSE 0.261 191.000 0.000 0.067 Y NA
 133880 133881 spr0995 spr0996 pcrA radC TRUE 0.960 28.000 0.005 0.016 Y NA
 133882 133883 spr0997 spr0998     TRUE 0.983 18.000 0.714 1.000   NA
 133883 133884 spr0998 spr0999     TRUE 0.549 83.000 0.143 NA   NA
 133884 133885 spr0999 spr1000     TRUE 0.968 -28.000 0.056 NA   NA
 133885 133886 spr1000 spr1001   nifS TRUE 0.963 5.000 0.166 NA   NA
 133886 133887 spr1001 spr1002 nifS prs TRUE 0.974 10.000 0.089 1.000 Y NA
 133887 133888 spr1002 spr1003 prs   TRUE 0.386 113.000 0.145 1.000   NA
 133889 133890 spr1004 spr1005     TRUE 0.994 -28.000 0.725 1.000   NA
 133890 133891 spr1005 spr1006   rluD TRUE 0.983 -3.000 0.150 1.000 N NA
 133891 133892 spr1006 spr1007 rluD pta TRUE 0.822 44.000 0.067 1.000 N NA
 133893 133894 spr1008 spr1009 IS1167-truncation IS1167 FALSE 0.032 281.000 0.000 NA   NA
 133894 133895 spr1009 spr1010 IS1167   FALSE 0.047 182.000 0.000 NA   NA
 133896 133897 spr1011 spr1012   rplU FALSE 0.047 182.000 0.000 NA   NA
 133897 133898 spr1012 spr1013 rplU   TRUE 0.982 16.000 0.208 NA Y NA
 133898 133899 spr1013 spr1014   rpmA TRUE 0.959 41.000 0.203 NA Y NA
 133901 133902 spr1016 spr1017   mreA FALSE 0.031 288.000 0.000 NA   NA
 133904 133905 spr1019 spr1020   hlpA TRUE 0.339 106.000 0.098 NA   NA
 133905 133906 spr1020 spr1021 hlpA ABC-NBD FALSE 0.029 426.000 0.000 1.000   NA
 133906 133907 spr1021 spr1022 ABC-NBD rggD TRUE 0.957 -27.000 0.019 1.000   NA
 133907 133908 spr1022 spr1023 rggD ABC-MSP TRUE 0.791 80.000 0.600 NA   NA
 133908 133909 spr1023 spr1024 ABC-MSP ligA FALSE 0.180 93.000 0.002 NA   NA
 133909 133910 spr1024 spr1025 ligA pulI FALSE 0.134 112.000 0.002 1.000 N NA
 133910 133911 spr1025 spr1026 pulI   TRUE 0.460 51.000 0.000 NA   NA
 133913 133914 spr1028 spr1029 gapN glgB FALSE 0.025 465.000 0.000 1.000 N NA
 133914 133915 spr1029 spr1030 glgB glgC TRUE 0.998 -10.000 0.317 0.002 Y NA
 133915 133916 spr1030 spr1031 glgC glgD TRUE 0.999 -10.000 0.810 0.001 Y NA
 133916 133917 spr1031 spr1032 glgD glgA TRUE 0.996 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 133917 133918 spr1032 spr1033 glgA serB-truncation FALSE 0.051 375.000 0.003 1.000   NA
 133918 133919 spr1033 spr1034 serB-truncation glxK TRUE 0.952 -3.000 0.007 1.000   NA
 133922 133923 spr1037 spr1038 transposase B transposase A FALSE 0.177 159.000 0.000 NA Y NA
 133924 133925 spr1039 spr1040 rexB rexA TRUE 0.994 -3.000 0.070 0.066 Y NA
 133925 133926 spr1040 spr1041 rexA   FALSE 0.103 170.000 0.010 NA   NA
 133926 133927 spr1041 spr1042   iga FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 133927 133928 spr1042 spr1043 iga   FALSE 0.028 459.000 0.000 1.000   NA
 133928 133929 spr1043 spr1044   rnh TRUE 0.984 -13.000 0.148 1.000   NA
 133929 133930 spr1044 spr1045 rnh   TRUE 0.912 1.000 0.002 1.000 N NA
 133930 133931 spr1045 spr1046   xerC FALSE 0.024 584.000 0.000 1.000 N NA
 133932 133933 spr1047 spr1048 lplA acoL TRUE 0.793 64.000 0.200 1.000 N NA
 133933 133934 spr1048 spr1049 acoL acoC TRUE 0.956 46.000 0.227 1.000 Y NA
 133934 133935 spr1049 spr1050 acoC acoB TRUE 0.494 218.000 0.103 0.050 Y NA
 133935 133936 spr1050 spr1051 acoB acoA TRUE 0.997 16.000 0.769 0.001 Y NA
 133936 133937 spr1051 spr1052 acoA   FALSE 0.057 154.000 0.000 1.000 N NA
 133937 133938 spr1052 spr1053   pyrC FALSE 0.032 285.000 0.000 1.000 N NA
 133938 133939 spr1053 spr1054 pyrC mutX TRUE 0.844 13.000 0.005 1.000 N NA
 133939 133940 spr1054 spr1055 mutX ung TRUE 0.967 10.000 0.043 1.000 Y NA
 133940 133941 spr1055 spr1056 ung   FALSE 0.075 121.000 0.000 NA   NA
 133941 133942 spr1056 spr1057     TRUE 0.739 14.000 0.000 NA   NA
 133942 133943 spr1057 spr1058     FALSE 0.028 458.000 0.000 1.000   NA
 133943 133944 spr1058 spr1059     TRUE 0.528 70.000 0.000 0.031   NA
 133944 133945 spr1059 spr1060   phpA FALSE 0.026 419.000 0.000 NA   NA
 133945 133946 spr1060 spr1061 phpA phtA FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 133946 133947 spr1061 spr1062 phtA ptsI FALSE 0.039 219.000 0.000 NA   NA
 133947 133948 spr1062 spr1063 ptsI ptsH TRUE 0.994 6.000 0.240 0.020 Y NA
 133949 133950 spr1064 spr1065 nrdH nrdE TRUE 0.776 81.000 0.562 1.000 N NA
 133950 133951 spr1065 spr1066 nrdE nrdF TRUE 0.801 188.000 0.500 0.002 Y NA
 133951 133952 spr1066 spr1067 nrdF lacR FALSE 0.163 182.000 0.056 1.000 N NA
 133953 133954 spr1069 spr1070 lacG lacE TRUE 0.459 209.000 0.200 1.000 Y NA
 133954 133955 spr1070 spr1071 lacE lacF TRUE 0.998 0.000 0.600 0.020 Y NA
 133955 133956 spr1071 spr1072 lacF lacT TRUE 0.958 36.000 0.500 1.000   NA
 133956 133957 spr1072 spr1073 lacT lacD FALSE 0.042 234.000 0.000 1.000   NA
 133957 133958 spr1073 spr1074 lacD lacC TRUE 0.999 2.000 0.800 0.001 Y NA
 133958 133959 spr1074 spr1075 lacC lacB TRUE 0.991 11.000 0.500 1.000 Y NA
 133959 133960 spr1075 spr1076 lacB lacA TRUE 0.991 31.000 0.333 0.001 Y NA
 133960 133961 spr1076 spr1077 lacA lacX-truncation FALSE 0.061 158.000 0.000 1.000   NA
 133961 133962 spr1077 spr1078 lacX-truncation IS1381-truncation FALSE 0.057 169.000 0.000 1.000   NA
 133962 133963 spr1078 spr1079 IS1381-truncation IS1381-truncation TRUE 0.992 -69.000 0.750 NA   NA
 133963 133964 spr1079 spr1080 IS1381-truncation   TRUE 0.876 -40.000 0.000 NA   NA
 133964 133965 spr1080 spr1081     TRUE 0.974 38.000 0.429 0.020   NA
 133965 133966 spr1081 spr1082   lepA FALSE 0.026 617.000 0.000 1.000   NA
 133966 133967 spr1082 spr1083 lepA pphA FALSE 0.282 79.000 0.002 1.000   NA
 133967 133968 spr1083 spr1084 pphA recN TRUE 0.920 2.000 0.005 1.000   NA
 133968 133969 spr1084 spr1085 recN ahrC TRUE 0.916 7.000 0.037 1.000 N NA
 133969 133970 spr1085 spr1086 ahrC   TRUE 0.972 -7.000 0.048 1.000 N NA
 133970 133971 spr1086 spr1087   ispA TRUE 0.974 -7.000 0.058 1.000 N NA
 133971 133972 spr1087 spr1088 ispA xseB TRUE 0.979 -3.000 0.100 1.000 N NA
 133972 133973 spr1088 spr1089 xseB xseA TRUE 0.998 -22.000 0.412 0.001 Y NA
 133973 133974 spr1089 spr1090 xseA udK FALSE 0.118 122.000 0.002 1.000 N NA
 133974 133975 spr1090 spr1091 udK   FALSE 0.090 108.000 0.000 NA   NA
 133975 133976 spr1091 spr1092   truB FALSE 0.036 241.000 0.000 NA   NA
 133976 133977 spr1092 spr1093 truB   FALSE 0.100 101.000 0.000 NA   NA
 133977 133978 spr1093 spr1094     TRUE 0.899 12.000 0.033 NA   NA
 133978 133979 spr1094 spr1095   metY-truncation FALSE 0.265 96.000 0.027 NA   NA
 133979 133980 spr1095 spr1096 metY-truncation metY-truncation TRUE 0.909 22.000 0.000 0.001   NA
 133980 133981 spr1096 spr1097 metY-truncation nirC FALSE 0.064 148.000 0.000 1.000   NA
 133981 133982 spr1097 spr1098 nirC srtA FALSE 0.033 244.000 0.000 NA N NA
 133982 133983 spr1098 spr1099 srtA gyrA TRUE 0.941 0.000 0.013 NA N NA
 133985 133986 spr1101 spr1102 spnII-interrupted-C spnII-interrupted-N TRUE 0.677 165.000 0.542 0.003   NA
 133986 133987 spr1102 spr1103 spnII-interrupted-N   FALSE 0.273 69.000 0.000 NA   NA
 133987 133988 spr1103 spr1104     TRUE 0.992 -7.000 0.400 NA   NA
 133988 133989 spr1104 spr1105   vicX TRUE 0.629 31.000 0.000 NA   NA
 133989 133990 spr1105 spr1106 vicX hk02 TRUE 0.952 2.000 0.038 1.000   NA
 133990 133991 spr1106 spr1107 hk02 rr02 TRUE 0.999 -7.000 0.597 0.011 Y NA
 133991 133992 spr1107 spr1108 rr02 mutY TRUE 0.876 4.000 0.002 1.000 N NA
 133992 133993 spr1108 spr1109 mutY fhs FALSE 0.029 329.000 0.000 1.000 N NA
 133994 133995 spr1110 spr1111 dfp C-terminus dfp N-terminus TRUE 0.881 12.000 0.013 1.000   NA
 133995 133996 spr1111 spr1112 dfp N-terminus   TRUE 0.959 -16.000 0.019 NA   NA
 133996 133997 spr1112 spr1113     FALSE 0.102 228.000 0.026 NA   NA
 133997 133998 spr1113 spr1114     TRUE 0.939 12.000 0.107 NA   NA
 133999 134000 spr1115 spr1116     TRUE 0.478 74.000 0.021 1.000   NA
 134000 134001 spr1116 spr1117     TRUE 0.979 -34.000 0.014 0.013   NA
 134001 134002 spr1117 spr1118   uvrB TRUE 0.826 10.000 0.002 1.000 N NA
 134002 134003 spr1118 spr1119 uvrB   FALSE 0.296 77.000 0.002 NA   NA
 134004 134005 spr1120 spr1121 glnP glnQ TRUE 0.995 0.000 0.326 1.000 Y NA
 134005 134006 spr1121 spr1122 glnQ zwf FALSE 0.141 149.000 0.021 1.000 N NA
 134007 134008 spr1123 spr1124 ftsY   TRUE 0.900 4.000 0.005 1.000   NA
 134008 134009 spr1124 spr1125     TRUE 0.989 0.000 0.103 0.020   NA
 134009 134010 spr1125 spr1126   smc TRUE 0.951 -3.000 0.006 1.000   NA
 134010 134011 spr1126 spr1127 smc rncS TRUE 0.982 -9.000 0.120 1.000 N NA
 134011 398599 spr1127 sprt08 rncS tRNA-Arg1 FALSE 0.046 183.000 0.000 NA   NA
 398599 134012 sprt08 spr1128 tRNA-Arg1 guaC TRUE 0.329 64.000 0.000 NA   NA
 134012 134013 spr1128 spr1129 guaC   FALSE 0.045 175.000 0.000 NA N NA
 134013 134014 spr1129 spr1130     TRUE 0.996 -40.000 0.467 NA Y NA
 134014 134015 spr1130 spr1131     FALSE 0.053 161.000 0.000 NA   NA
 134015 134016 spr1131 spr1132     TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 134016 134017 spr1132 spr1133   leuD-truncation FALSE 0.025 462.000 0.000 NA   NA
 134017 134018 spr1133 spr1134 leuD-truncation   TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134018 134019 spr1134 spr1135   leuB TRUE 0.949 -3.000 0.007 NA   NA
 134019 134020 spr1135 spr1136 leuB leuA-truncation TRUE 0.764 12.000 0.000 1.000   NA
 134020 134021 spr1136 spr1137 leuA-truncation leuA-truncation TRUE 0.891 28.000 0.000 0.001   NA
 134021 134022 spr1137 spr1138 leuA-truncation   TRUE 0.720 19.000 0.000 NA   NA
 134022 134023 spr1138 spr1139   cutC TRUE 0.780 44.000 0.040 NA   NA
 134023 134024 spr1139 spr1140 cutC   FALSE 0.252 93.000 0.015 NA   NA
 134024 134025 spr1140 spr1141   topA FALSE 0.092 106.000 0.000 NA   NA
 134025 134026 spr1141 spr1142 topA   FALSE 0.057 149.000 0.000 NA   NA
 134026 134027 spr1142 spr1143     FALSE 0.045 194.000 0.000 NA   NA
 134027 134028 spr1143 spr1144   smf FALSE 0.024 511.000 0.000 NA   NA
 134028 134029 spr1144 spr1145 smf licC FALSE 0.232 84.000 0.002 1.000 N NA
 134029 134030 spr1145 spr1146 licC licB TRUE 0.949 12.000 0.133 1.000   NA
 134030 134031 spr1146 spr1147 licB pck TRUE 0.994 -22.000 0.667 NA   NA
 134031 134032 spr1147 spr1148 pck   TRUE 0.922 17.000 0.074 NA N NA
 134032 134033 spr1148 spr1149     TRUE 0.991 -13.000 0.367 1.000 N NA
 134034 134035 spr1150 spr1151   licD1 TRUE 0.978 10.000 0.500 NA   NA
 134035 134036 spr1151 spr1152 licD1 licD2 TRUE 0.997 2.000 1.000 NA Y NA
 134037 134038 spr1153 spr1154 carB carA TRUE 0.523 313.000 0.117 0.001 Y NA
 134038 134039 spr1154 spr1155 carA pyrB TRUE 0.867 50.000 0.014 1.000 Y NA
 134039 134040 spr1155 spr1156 pyrB pyrR TRUE 0.983 19.000 0.247 1.000 Y NA
 134040 134041 spr1156 spr1157 pyrR nth FALSE 0.042 211.000 0.000 1.000 N NA
 134041 134042 spr1157 spr1158 nth   TRUE 0.921 0.000 0.002 NA   NA
 134043 134044 spr1159 spr1160     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134044 134045 spr1160 spr1161   ABC-NBD FALSE 0.032 273.000 0.000 NA   NA
 134046 134047 spr1162 spr1163 htpX lemA TRUE 0.988 -7.000 0.222 NA   NA
 134048 134049 spr1164 spr1165 gidB pyrP FALSE 0.030 316.000 0.000 1.000 N NA
 134050 134051 spr1166 spr1167 ffh   TRUE 0.953 12.000 0.151 1.000   NA
 134051 134052 spr1167 spr1168     FALSE 0.236 91.000 0.009 NA   NA
 134053 134054 spr1169 spr1170     TRUE 0.906 13.000 0.035 1.000   NA
 398598 134055 sprt09 spr1171 tRNA-Arg2 rplS TRUE 0.543 42.000 0.000 NA   NA
 134055 134056 spr1171 spr1172 rplS crcB FALSE 0.132 119.000 0.004 1.000 N NA
 134056 134057 spr1172 spr1173 crcB crcB TRUE 0.996 -6.000 0.160 0.079 Y NA
 134057 134058 spr1173 spr1174 crcB   TRUE 0.962 -3.000 0.023 1.000 N NA
 134058 134059 spr1174 spr1175   flaV TRUE 0.383 116.000 0.167 1.000 N NA
 134060 134061 spr1176 spr1177   rpmE FALSE 0.262 96.000 0.020 1.000   NA
 134062 134063 spr1178 spr1179     TRUE 0.959 -25.000 0.029 NA   NA
 134063 134064 spr1179 spr1180   transposase C TRUE 0.443 52.000 0.000 NA   NA
 134066 134067 spr1182 spr1183   ABC-NBD-truncation TRUE 0.736 13.000 0.000 NA   NA
 134069 134070 spr1185 spr1186   npl-truncation TRUE 0.733 18.000 0.000 NA   NA
 134070 134071 spr1186 spr1187 npl-truncation npl-truncation FALSE 0.127 91.000 0.000 NA   NA
 134071 134072 spr1187 spr1188 npl-truncation cdd TRUE 0.620 32.000 0.000 NA   NA
 134072 134073 spr1188 spr1189 cdd   FALSE 0.032 288.000 0.000 1.000 N NA
 134073 134074 spr1189 spr1190     TRUE 0.788 5.000 0.000 NA   NA
 134074 134075 spr1190 spr1191   appD TRUE 0.862 1.000 0.000 NA   NA
 134075 134076 spr1191 spr1192 appD appC TRUE 0.877 13.000 0.000 0.079   NA
 134076 134077 spr1192 spr1193 appC appB TRUE 0.985 17.000 0.091 0.046 Y NA
 134077 134078 spr1193 spr1194 appB appA TRUE 0.914 65.000 0.091 0.046 Y NA
 134078 134079 spr1194 spr1195 appA   FALSE 0.167 82.000 0.000 NA   NA
 134079 134080 spr1195 spr1196   nanE TRUE 0.675 24.000 0.000 NA   NA
 134080 134081 spr1196 spr1197 nanE IS1381-truncation TRUE 0.500 47.000 0.000 1.000 N NA
 134083 134084 spr1199 spr1200     FALSE 0.025 435.000 0.000 NA   NA
 134084 134085 spr1200 spr1201     FALSE 0.025 450.000 0.000 NA   NA
 134085 134086 spr1201 spr1202   ABC-NDB TRUE 0.849 3.000 0.000 1.000   NA
 134086 134087 spr1202 spr1203 ABC-NDB ABC-NP TRUE 0.974 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 134087 134088 spr1203 spr1204 ABC-NP ptrB TRUE 0.903 -3.000 0.000 1.000 N NA
 134088 134089 spr1204 spr1205 ptrB   TRUE 0.924 33.000 0.182 1.000   NA
 134089 134090 spr1205 spr1206     FALSE 0.024 491.000 0.000 NA   NA
 134090 134091 spr1206 spr1207     FALSE 0.035 249.000 0.000 NA   NA
 134091 134092 spr1207 spr1208     TRUE 0.412 55.000 0.000 NA   NA
 134092 134093 spr1208 spr1209     TRUE 0.762 8.000 0.000 NA   NA
 134093 134094 spr1209 spr1210     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134094 134095 spr1210 spr1211   rplL FALSE 0.057 149.000 0.000 NA   NA
 134095 134096 spr1211 spr1212 rplL rplJ TRUE 0.970 76.000 0.884 0.025 Y NA
 134098 134099 spr1214 spr1215 trzA ABC-N/P FALSE 0.037 245.000 0.000 1.000 N NA
 134099 134100 spr1215 spr1216 ABC-N/P ABC-N/P TRUE 0.999 -37.000 0.895 0.011 Y NA
 134100 134101 spr1216 spr1217 ABC-N/P msrA TRUE 0.671 58.000 0.035 1.000 N NA
 134101 134102 spr1217 spr1218 msrA thrB FALSE 0.032 296.000 0.000 1.000 N NA
 134102 134103 spr1218 spr1219 thrB hom TRUE 0.981 2.000 0.036 1.000 Y NA
 134103 134104 spr1219 spr1220 hom mecA FALSE 0.165 151.000 0.044 NA N NA
 134104 134105 spr1220 spr1221 mecA   FALSE 0.059 142.000 0.000 NA   NA
 134105 134106 spr1221 spr1222     TRUE 0.952 29.000 0.333 NA   NA
 134106 134107 spr1222 spr1223   cps23FU TRUE 0.960 16.000 0.222 NA   NA
 134107 134108 spr1223 spr1224 cps23FU   TRUE 0.992 2.000 0.250 NA Y NA
 134108 134109 spr1224 spr1225   licD1 TRUE 0.996 -64.000 0.667 NA Y NA
 134109 134110 spr1225 spr1226 licD1   FALSE 0.029 279.000 0.000 NA N NA
 134110 134111 spr1226 spr1227   pheA TRUE 0.960 -3.000 0.025 NA N NA
 134111 134112 spr1227 spr1228 pheA aroK TRUE 0.987 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 134112 134113 spr1228 spr1229 aroK aroA TRUE 0.985 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 134113 134114 spr1229 spr1230 aroA   FALSE 0.271 80.000 0.003 NA   NA
 134114 134115 spr1230 spr1231   tyrA TRUE 0.922 11.000 0.058 NA   NA
 134115 134116 spr1231 spr1232 tyrA aroC TRUE 0.953 10.000 0.010 1.000 Y NA
 134116 134117 spr1232 spr1233 aroC aroB TRUE 0.990 10.000 0.110 0.003 Y NA
 134117 134118 spr1233 spr1234 aroB aroE TRUE 0.946 19.000 0.010 1.000 Y NA
 134118 134119 spr1234 spr1235 aroE aroD TRUE 0.997 -10.000 0.500 1.000 Y NA
 134119 134120 spr1235 spr1236 aroD   TRUE 0.981 -3.000 0.125 NA   NA
 134120 134121 spr1236 spr1237     FALSE 0.022 678.000 0.000 NA   NA
 134121 134122 spr1237 spr1238   ABC-NBD TRUE 0.987 -46.000 0.341 NA   NA
 134124 134125 spr1240 spr1241 alaS   TRUE 0.816 22.000 0.006 NA   NA
 134125 134126 spr1241 spr1242     FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 134126 134127 spr1242 spr1243   potD FALSE 0.034 261.000 0.000 NA   NA
 134127 134128 spr1243 spr1244 potD potC TRUE 0.997 -3.000 0.253 0.046 Y NA
 134128 134129 spr1244 spr1245 potC potB TRUE 0.998 -3.000 0.492 0.046 Y NA
 134129 134130 spr1245 spr1246 potB potA TRUE 0.999 -40.000 0.928 0.046 Y NA
 134130 134131 spr1246 spr1247 potA murB TRUE 0.670 59.000 0.041 1.000 N NA
 134131 134132 spr1247 spr1248 murB   FALSE 0.148 112.000 0.005 NA   NA
 134132 134133 spr1248 spr1249   aldB TRUE 0.910 10.000 0.042 NA   NA
 134135 134136 spr1251 spr1252 glnH phoU FALSE 0.049 157.000 0.000 NA N NA
 134136 134137 spr1252 spr1253 phoU pstB TRUE 0.989 12.000 0.413 NA Y NA
 134137 134138 spr1253 spr1254 pstB pstB TRUE 0.996 13.000 0.542 0.002 Y NA
 134138 134139 spr1254 spr1255 pstB pstA TRUE 0.996 11.000 0.490 0.004 Y NA
 134139 134140 spr1255 spr1256 pstA pstC TRUE 0.999 -10.000 0.907 0.004 Y NA
 134140 134141 spr1256 spr1257 pstC pstS TRUE 0.993 0.000 0.206 1.000 Y NA
 134141 134142 spr1257 spr1258 pstS   FALSE 0.198 574.000 0.303 NA   NA
 134142 134143 spr1258 spr1259     TRUE 0.329 106.000 0.091 NA   NA
 134143 134144 spr1259 spr1260     TRUE 0.981 1.000 0.229 NA N NA
 134144 134145 spr1260 spr1261     TRUE 0.985 -85.000 0.337 NA   NA
 134145 134146 spr1261 spr1262     TRUE 0.981 0.000 0.169 NA   NA
 134146 134147 spr1262 spr1263     FALSE 0.041 210.000 0.000 NA   NA
 134147 134148 spr1263 spr1264   nagD TRUE 0.987 -43.000 0.330 NA   NA
 134148 134149 spr1264 spr1265 nagD   TRUE 0.921 11.000 0.055 1.000 N NA
 134149 134150 spr1265 spr1266   hemN TRUE 0.939 5.000 0.060 1.000 N NA
 134150 134151 spr1266 spr1267 hemN   TRUE 0.329 84.000 0.021 NA   NA
 134151 134152 spr1267 spr1268     TRUE 0.958 16.000 0.206 NA   NA
 134152 134153 spr1268 spr1269   lgt TRUE 0.966 1.000 0.079 NA   NA
 134153 134154 spr1269 spr1270 lgt hprK TRUE 0.992 -19.000 0.494 1.000 N NA
 134154 134155 spr1270 spr1271 hprK rpsU FALSE 0.178 115.000 0.011 1.000   NA
 134155 134156 spr1271 spr1272 rpsU nagB FALSE 0.174 116.000 0.011 1.000   NA
 134158 134159 spr1274 spr1275 spsA-truncation   FALSE 0.020 1454.000 0.000 NA   NA
 134159 134160 spr1275 spr1276   nadE FALSE 0.070 247.000 0.007 1.000 N NA
 134160 134161 spr1276 spr1277 nadE   TRUE 0.997 -3.000 0.194 0.003 Y NA
 134161 134162 spr1277 spr1278     FALSE 0.191 116.000 0.021 NA   NA
 134162 134163 spr1278 spr1279     TRUE 0.980 -10.000 0.103 NA   NA
 134163 134164 spr1279 spr1280     FALSE 0.028 355.000 0.000 NA   NA
 134164 134165 spr1280 spr1281   ABC-NBD TRUE 0.951 16.000 0.154 NA   NA
 134165 134166 spr1281 spr1282 ABC-NBD   FALSE 0.027 505.000 0.000 1.000   NA
 134169 134170 spr1285 spr1286 spnIR-truncation spnIR-truncation FALSE 0.165 184.000 0.000 0.003   NA
 134170 134171 spr1286 spr1287 spnIR-truncation spnIM TRUE 0.911 -3.000 0.000 1.000   NA
 134173 134174 spr1289 spr1290 ABC-N/P ABC-N/P TRUE 0.997 -40.000 0.294 0.010 Y NA
 134174 134175 spr1290 spr1291 ABC-N/P   TRUE 0.747 11.000 0.000 NA   NA
 134175 134176 spr1291 spr1292     TRUE 0.995 0.000 1.000 NA   NA
 134176 134177 spr1292 spr1293   ABC-NBD TRUE 0.991 -12.000 0.357 1.000   NA
 134178 134179 spr1294 spr1295   transposase G FALSE 0.247 73.000 0.000 NA   NA
 134179 134180 spr1295 spr1296 transposase G   TRUE 0.757 9.000 0.000 NA   NA
 134180 134181 spr1296 spr1297     TRUE 0.856 -76.000 0.000 NA   NA
 134181 134182 spr1297 spr1298   transposase E FALSE 0.050 170.000 0.000 NA   NA
 134182 134183 spr1298 spr1299 transposase E IS1381-truncation TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 134183 134184 spr1299 spr1300 IS1381-truncation guaA FALSE 0.035 250.000 0.000 NA   NA
 134186 134187 spr1302 spr1303     TRUE 0.871 -51.000 0.000 1.000 N NA
 134187 134188 spr1303 spr1304   cppA TRUE 0.990 -3.000 0.326 NA   NA
 134188 134189 spr1304 spr1305 cppA   FALSE 0.273 69.000 0.000 NA   NA
 134189 134190 spr1305 spr1306     TRUE 0.974 2.000 0.143 1.000   NA
 134190 134191 spr1306 spr1307     TRUE 0.693 22.000 0.000 NA   NA
 134191 134192 spr1307 spr1308     TRUE 0.936 1.000 0.013 NA   NA
 134193 134194 spr1309 spr1310   fms FALSE 0.029 324.000 0.000 NA   NA
 134194 134195 spr1310 spr1311 fms trmH TRUE 0.939 12.000 0.002 1.000 Y NA
 134196 134197 spr1312 spr1313 trxB   TRUE 0.714 66.000 0.117 NA   NA
 134197 134198 spr1313 spr1314   ABC-NDB TRUE 0.840 66.000 0.364 NA   NA
 134198 134199 spr1314 spr1315 ABC-NDB ABC-MSP TRUE 0.995 0.000 0.310 1.000 Y NA
 134199 134200 spr1315 spr1316 ABC-MSP   FALSE 0.112 158.000 0.010 1.000 N NA
 134200 134201 spr1316 spr1317   ogt TRUE 0.972 -6.000 0.050 1.000 N NA
 134201 134202 spr1317 spr1318 ogt   TRUE 0.954 0.000 0.019 1.000   NA
 134203 134204 spr1319 spr1320     TRUE 0.984 -3.000 0.146 1.000   NA
 134205 134206 spr1321 spr1322   pdx1 TRUE 0.995 1.000 0.488 NA Y NA
 134206 134207 spr1322 spr1323 pdx1 nox FALSE 0.121 134.000 0.005 1.000   NA
 134208 134209 spr1324 spr1325 apbE   TRUE 0.839 60.000 0.243 NA   NA
 134209 134210 spr1325 spr1326     TRUE 0.979 18.000 0.588 NA   NA
 134211 134212 spr1327 spr1328   glyS TRUE 0.760 42.000 0.020 NA   NA
 134212 134213 spr1328 spr1329 glyS glyQ TRUE 0.786 260.000 0.651 0.001 Y NA
 134213 134214 spr1329 spr1330 glyQ   FALSE 0.075 194.000 0.003 NA   NA
 134214 134215 spr1330 spr1331     TRUE 0.897 -18.000 0.000 NA   NA
 134215 134216 spr1331 spr1332     FALSE 0.039 255.000 0.000 1.000   NA
 134216 134217 spr1332 spr1333   pgdA FALSE 0.094 114.000 0.000 1.000   NA
 134217 134218 spr1333 spr1334 pgdA   FALSE 0.037 235.000 0.000 NA   NA
 134219 134220 spr1335 spr1336 mocA DEAD/H TRUE 0.987 -3.000 0.200 1.000   NA
 134221 134222 spr1337 spr1338 transposase D transposase D TRUE 0.860 -66.000 0.000 NA   NA
 134222 134223 spr1338 spr1339 transposase D IS861-truncation FALSE 0.245 76.000 0.000 1.000   NA
 134223 134224 spr1339 spr1340 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.890 -24.000 0.000 NA   NA
 134224 134225 spr1340 spr1341 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.038 226.000 0.000 NA   NA
 134225 134226 spr1341 spr1342 IS861-truncation transposase C TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134226 134227 spr1342 spr1343 transposase C tufA FALSE 0.022 647.000 0.000 NA   NA
 134227 134228 spr1343 spr1344 tufA glpF FALSE 0.021 922.000 0.000 1.000 N NA
 134228 134229 spr1344 spr1345 glpF   FALSE 0.043 224.000 0.000 1.000   NA
 134229 134230 spr1345 spr1346     TRUE 0.873 -42.000 0.000 NA   NA
 134230 134231 spr1346 spr1347     FALSE 0.093 105.000 0.000 NA   NA
 134231 134232 spr1347 spr1348     TRUE 0.905 -6.000 0.000 NA   NA
 134232 134233 spr1348 spr1349   transposase B FALSE 0.074 122.000 0.000 NA   NA
 134233 134234 spr1349 spr1350 transposase B transposase A FALSE 0.039 220.000 0.000 NA   NA
 134235 134236 spr1351 spr1352 pgm bta FALSE 0.260 111.000 0.049 NA   NA
 134237 134238 spr1353 spr1354 glnH glnQ TRUE 0.980 13.000 0.154 1.000 Y NA
 134238 134239 spr1354 spr1355 glnQ glnP TRUE 0.979 10.000 0.130 1.000 Y NA
 134239 134240 spr1355 spr1356 glnP   FALSE 0.283 89.000 0.013 1.000   NA
 134240 134241 spr1356 spr1357     TRUE 0.989 -25.000 0.324 NA   NA
 134243 134244 spr1359 spr1360 atpC atpD TRUE 0.997 11.000 0.837 0.004 Y NA
 134244 134245 spr1360 spr1361 atpD atpG TRUE 0.945 86.000 0.724 0.004 Y NA
 134245 134246 spr1361 spr1362 atpG atpA TRUE 0.997 16.000 0.846 0.004 Y NA
 134246 134247 spr1362 spr1363 atpA atpH TRUE 0.997 15.000 0.864 0.004 Y NA
 134247 134248 spr1363 spr1364 atpH atpF TRUE 0.997 0.000 0.222 0.004 Y NA
 134248 134249 spr1364 spr1365 atpF atpB TRUE 0.983 14.000 0.032 0.004 Y NA
 134249 134250 spr1365 spr1366 atpB atpE TRUE 0.992 35.000 0.557 0.004 Y NA
 134250 134251 spr1366 spr1367 atpE IS1239 FALSE 0.236 75.000 0.000 1.000 N NA
 134251 134252 spr1367 spr1368 IS1239   FALSE 0.026 445.000 0.000 1.000 N NA
 134252 134253 spr1368 spr1369   greA FALSE 0.025 469.000 0.000 1.000 N NA
 134253 134254 spr1369 spr1370 greA   TRUE 0.706 62.000 0.079 NA   NA
 134254 134255 spr1370 spr1371     TRUE 0.543 81.000 0.120 NA   NA
 134255 134256 spr1371 spr1372     TRUE 0.987 -3.000 0.037 0.012   NA
 134256 134257 spr1372 spr1373   murC TRUE 0.885 10.000 0.014 1.000   NA
 134257 134258 spr1373 spr1374 murC   TRUE 0.873 11.000 0.013 NA   NA
 134258 134259 spr1374 spr1375   snf TRUE 0.864 48.000 0.151 NA   NA
 134259 134260 spr1375 spr1376 snf patB FALSE 0.124 93.000 0.000 1.000 N NA
 134260 134261 spr1376 spr1377 patB metB TRUE 0.988 8.000 0.082 0.010 Y NA
 134261 134262 spr1377 spr1378 metB ABC-MSP-truncation FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 134262 134263 spr1378 spr1379 ABC-MSP-truncation ABC-MSP-truncation FALSE 0.076 119.000 0.000 NA   NA
 134263 134264 spr1379 spr1380 ABC-MSP-truncation ABC-MSP-truncation TRUE 0.692 25.000 0.000 1.000   NA
 134264 134265 spr1380 spr1381 ABC-MSP-truncation ABC-MSP-truncation TRUE 0.915 10.000 0.000 0.010   NA
 134265 134266 spr1381 spr1382 ABC-MSP-truncation aliB FALSE 0.124 172.000 0.000 0.062   NA
 134266 134267 spr1382 spr1383 aliB PST transporter FALSE 0.048 203.000 0.000 1.000   NA
 134269 134270 spr1385 spr1386     TRUE 0.491 101.000 0.231 NA   NA
 134270 134271 spr1386 spr1387     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134271 134272 spr1387 spr1388     TRUE 0.917 37.000 0.208 NA   NA
 134272 134273 spr1388 spr1389   ppaC FALSE 0.233 87.000 0.005 NA   NA
 134273 134274 spr1389 spr1390 ppaC   TRUE 0.400 71.000 0.005 1.000 N NA
 134274 134275 spr1390 spr1391     TRUE 0.988 -10.000 0.209 1.000   NA
 134275 134276 spr1391 spr1392     TRUE 0.613 54.000 0.006 1.000   NA
 134276 134277 spr1392 spr1393     TRUE 0.982 -25.000 0.151 1.000   NA
 134277 134278 spr1393 spr1394   rpsR FALSE 0.035 295.000 0.000 1.000   NA
 134278 134279 spr1394 spr1395 rpsR ssbA TRUE 0.791 32.000 0.012 1.000 N NA
 134279 134280 spr1395 spr1396 ssbA rpsF TRUE 0.867 12.000 0.012 1.000 N NA
 134280 134281 spr1396 spr1397 rpsF asnS FALSE 0.195 153.000 0.000 1.000 Y NA
 134281 134282 spr1397 spr1398 asnS   TRUE 0.857 19.000 0.013 NA   NA
 134282 134283 spr1398 spr1399   aspB TRUE 0.968 -13.000 0.042 NA   NA
 134283 134284 spr1399 spr1400 aspB   TRUE 0.987 -3.000 0.205 1.000   NA
 134285 134286 spr1401 spr1402     TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 134289 134290 spr1405 spr1406     FALSE 0.295 79.000 0.004 NA   NA
 134290 134291 spr1406 spr1407     FALSE 0.150 152.000 0.030 NA   NA
 134291 134292 spr1407 spr1408   def TRUE 0.894 12.000 0.028 NA   NA
 134292 134293 spr1408 spr1409 def   FALSE 0.082 116.000 0.000 1.000 N NA
 134293 134294 spr1409 spr1410   pacL TRUE 0.741 13.000 0.000 1.000 N NA
 134296 134297 spr1412 spr1413 ABC-NBD cca TRUE 0.974 -3.000 0.056 1.000   NA
 134297 134298 spr1413 spr1414 cca dapB TRUE 0.957 -3.000 0.015 1.000 N NA
 134298 134299 spr1414 spr1415 dapB   FALSE 0.057 277.000 0.004 NA   NA
 134299 134300 spr1415 spr1416     TRUE 0.972 2.000 0.139 NA   NA
 134300 134301 spr1416 spr1417   glmM TRUE 0.495 62.000 0.003 1.000   NA
 134301 134302 spr1417 spr1418 glmM   TRUE 0.931 24.000 0.150 NA   NA
 134302 134303 spr1418 spr1419     TRUE 0.993 -13.000 0.502 NA   NA
 134303 134304 spr1419 spr1420     TRUE 0.854 -103.000 0.000 NA   NA
 134306 134307 spr1422 spr1423     TRUE 0.992 -3.000 0.470 NA   NA
 134307 134308 spr1423 spr1424     TRUE 0.987 -3.000 0.214 NA   NA
 134308 134309 spr1424 spr1425   aldR TRUE 0.746 52.000 0.051 NA   NA
 134309 134310 spr1425 spr1426 aldR   TRUE 0.829 11.000 0.002 NA   NA
 134310 134311 spr1426 spr1427   clpX TRUE 0.948 3.000 0.043 1.000   NA
 134311 134312 spr1427 spr1428 clpX   TRUE 0.787 32.000 0.012 NA   NA
 134312 134313 spr1428 spr1429   dfr TRUE 0.956 0.000 0.030 NA   NA
 134313 134314 spr1429 spr1430 dfr dpr FALSE 0.118 130.000 0.005 1.000 N NA
 134314 134315 spr1430 spr1431 dpr lytC FALSE 0.027 478.000 0.000 1.000   NA
 134315 134316 spr1431 spr1432 lytC tpi TRUE 0.604 38.000 0.000 1.000   NA
 134316 134317 spr1432 spr1433 tpi   TRUE 0.339 77.000 0.007 NA N NA
 134317 134318 spr1433 spr1434   metA TRUE 0.888 9.000 0.021 NA N NA
 134318 134319 spr1434 spr1435 metA apt FALSE 0.096 182.000 0.009 1.000 N NA
 134319 134320 spr1435 spr1436 apt   TRUE 0.376 70.000 0.002 1.000 N NA
 134320 134321 spr1436 spr1437   msmK FALSE 0.025 501.000 0.000 1.000 N NA
 134321 398597 spr1437 sprt10 msmK tRNA-Leu1 FALSE 0.032 283.000 0.000 NA   NA
 398597 134322 sprt10 spr1438 tRNA-Leu1 entB FALSE 0.167 82.000 0.000 NA   NA
 134322 134323 spr1438 spr1439 entB codY TRUE 0.972 0.000 0.083 1.000 N NA
 134323 134324 spr1439 spr1440 codY   FALSE 0.124 264.000 0.000 1.000 Y NA
 134324 134325 spr1440 spr1441   oxlT FALSE 0.045 199.000 0.000 1.000 N NA
 134326 134327 spr1442 spr1443 merA   FALSE 0.202 99.000 0.010 1.000 N NA
 134327 134328 spr1443 spr1444   cobQ TRUE 0.994 0.000 0.796 1.000   NA
 134328 134329 spr1444 spr1445 cobQ pepQ FALSE 0.077 126.000 0.000 1.000   NA
 134330 134331 spr1446 spr1447 IS861-truncation IS861-truncation TRUE 0.348 62.000 0.000 NA   NA
 134331 134332 spr1447 spr1448 IS861-truncation IS861-truncation FALSE 0.038 226.000 0.000 NA   NA
 134332 134333 spr1448 spr1449 IS861-truncation   FALSE 0.050 172.000 0.000 NA   NA
 134333 134334 spr1449 spr1450   pdxK TRUE 0.988 -22.000 0.276 NA   NA
 134334 134335 spr1450 spr1451 pdxK truA TRUE 0.974 -10.000 0.058 1.000 N NA
 134337 134338 spr1453 spr1454 MFS transporter   FALSE 0.037 240.000 0.000 NA   NA
 134338 134339 spr1454 spr1455   phnA TRUE 0.917 3.000 0.011 NA   NA
 134339 134340 spr1455 spr1456 phnA cmk FALSE 0.103 131.000 0.002 1.000 N NA
 134340 134341 spr1456 spr1457 cmk   TRUE 0.875 9.000 0.012 NA   NA
 134343 134344 spr1459 spr1460 gtrB galE TRUE 0.979 -136.000 0.030 NA Y NA
 134344 134345 spr1460 spr1461 galE   FALSE 0.031 301.000 0.000 1.000 N NA
 134345 134346 spr1461 spr1462     TRUE 0.897 8.000 0.021 NA   NA
 134346 134347 spr1462 spr1463     TRUE 0.989 -13.000 0.283 NA   NA
 134347 134348 spr1463 spr1464   ctpE FALSE 0.099 102.000 0.000 NA   NA
 134350 134351 spr1466 spr1467 cadD rpsO FALSE 0.020 734.000 0.000 NA N NA
 134351 134352 spr1467 spr1468 rpsO   FALSE 0.067 141.000 0.000 1.000   NA
 134353 134354 spr1469 spr1470     FALSE 0.027 365.000 0.000 NA   NA
 134354 134355 spr1470 spr1471     TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134355 134356 spr1471 spr1472   thrS TRUE 0.616 58.000 0.018 NA   NA
 134357 134358 spr1473 spr1474 hk01 rr01 TRUE 0.998 -7.000 0.812 1.000 Y NA
 134360 134361 spr1476 spr1477     FALSE 0.273 69.000 0.000 NA   NA
 134364 134365 spr1480 spr1481 marR   TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 134365 134366 spr1481 spr1482     FALSE 0.075 121.000 0.000 NA   NA
 134366 134367 spr1482 spr1483     FALSE 0.034 259.000 0.000 NA   NA
 134370 134371 spr1486 spr1487   relA TRUE 0.926 30.000 0.177 1.000 N NA
 134371 134372 spr1487 spr1488 relA   FALSE 0.057 148.000 0.000 NA   NA
 134373 134374 spr1489 spr1490     FALSE 0.029 315.000 0.000 NA   NA
 134376 134377 spr1492 spr1493 psaB psaC TRUE 0.989 -3.000 0.043 1.000 Y NA
 134377 134378 spr1493 spr1494 psaC psaA TRUE 0.939 32.000 0.038 1.000 Y NA
 134378 134379 spr1494 spr1495 psaA tpx FALSE 0.138 123.000 0.007 1.000 N NA
 134380 134381 spr1496 spr1497   ABC-NBD TRUE 0.988 -64.000 0.438 1.000 N NA
 134381 134382 spr1497 spr1498 ABC-NBD   FALSE 0.041 241.000 0.000 1.000   NA
 134382 134383 spr1498 spr1499   gpmA TRUE 0.461 53.000 0.000 1.000   NA
 134383 134384 spr1499 spr1500 gpmA   TRUE 0.460 51.000 0.000 NA   NA
 134384 134385 spr1500 spr1501     FALSE 0.027 376.000 0.000 NA   NA
 134385 134386 spr1501 spr1502   ileS FALSE 0.023 568.000 0.000 NA   NA
 134386 134387 spr1502 spr1503 ileS   FALSE 0.059 144.000 0.000 NA   NA
 134389 134390 spr1505 spr1506 divIVA   TRUE 0.994 -3.000 0.579 NA   NA
 134390 134391 spr1506 spr1507     TRUE 0.985 -69.000 0.287 1.000   NA
 134391 134392 spr1507 spr1508     TRUE 0.989 0.000 0.370 NA   NA
 134392 134393 spr1508 spr1509     TRUE 0.957 10.000 0.194 NA   NA
 134393 134394 spr1509 spr1510   ftsZ TRUE 0.917 5.000 0.030 NA   NA
 134394 134395 spr1510 spr1511 ftsZ ftsA TRUE 0.990 17.000 0.460 1.000 Y NA
 134395 134396 spr1511 spr1512 ftsA   FALSE 0.039 219.000 0.000 NA   NA
 134396 134397 spr1512 spr1513   mutT FALSE 0.263 91.000 0.016 NA   NA
 134397 134398 spr1513 spr1514 mutT murF TRUE 0.958 -13.000 0.016 1.000 N NA
 134398 134399 spr1514 spr1515 murF ddl TRUE 0.800 84.000 0.046 0.007 Y NA
 134399 134400 spr1515 spr1516 ddl recR FALSE 0.103 176.000 0.010 1.000 N NA
 134400 134401 spr1516 spr1517 recR pbp2b TRUE 0.875 11.000 0.013 1.000 N NA
 134403 134404 spr1519 spr1520 glk npl-truncation TRUE 0.915 18.000 0.054 1.000 N NA
 134404 134405 spr1520 spr1521 npl-truncation npl-truncation FALSE 0.127 91.000 0.000 NA   NA
 134405 134406 spr1521 spr1522 npl-truncation   FALSE 0.046 183.000 0.000 NA   NA
 134406 134407 spr1522 spr1523     FALSE 0.031 287.000 0.000 NA   NA
 134407 134408 spr1523 spr1524     FALSE 0.107 97.000 0.000 NA   NA
 134408 134409 spr1524 spr1525   ABC-MSP TRUE 0.423 273.000 0.250 NA Y NA
 134409 134410 spr1525 spr1526 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.997 16.000 1.000 0.044 Y NA
 134410 134411 spr1526 spr1527 ABC-MSP ABC-SBP FALSE 0.240 222.000 0.000 0.044 Y NA
 134411 134412 spr1527 spr1528 ABC-SBP PTS-EII FALSE 0.236 125.000 0.000 1.000 Y NA
 134412 134413 spr1528 spr1529 PTS-EII nanE TRUE 0.985 4.000 0.132 1.000 Y NA
 134413 134414 spr1529 spr1530 nanE   FALSE 0.054 180.000 0.000 1.000   NA
 134414 134415 spr1530 spr1531   nanB TRUE 0.967 12.000 0.273 1.000   NA
 134415 134416 spr1531 spr1532 nanB ABC-MSP TRUE 0.919 18.000 0.000 1.000 Y NA
 134416 134417 spr1532 spr1533 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.997 0.000 0.300 0.044 Y NA
 134417 134418 spr1533 spr1534 ABC-MSP ABC-SBP TRUE 0.879 79.000 0.180 0.044 Y NA
 134418 134419 spr1534 spr1535 ABC-SBP   TRUE 0.964 19.000 0.060 NA Y NA
 134419 134420 spr1535 spr1536   nanA FALSE 0.075 1015.000 0.000 NA Y NA
 134420 134421 spr1536 spr1537 nanA   FALSE 0.036 243.000 0.000 NA   NA
 134421 134422 spr1537 spr1538   axe1 FALSE 0.021 895.000 0.000 NA   NA
 134422 134423 spr1538 spr1539 axe1 recG FALSE 0.030 316.000 0.000 1.000 N NA
 134423 134424 spr1539 spr1540 recG alr TRUE 0.921 19.000 0.078 1.000 N NA
 134424 134425 spr1540 spr1541 alr acpS TRUE 0.974 -31.000 0.093 1.000 N NA
 134425 134426 spr1541 spr1542 acpS aroF TRUE 0.678 45.000 0.007 1.000 N NA
 134426 134427 spr1542 spr1543 aroF aroG TRUE 0.998 2.000 0.750 0.001 Y NA
 134427 134428 spr1543 spr1544 aroG secA TRUE 0.374 81.000 0.025 1.000 N NA
 134428 134429 spr1544 spr1545 secA   FALSE 0.133 146.000 0.017 NA   NA
 134429 134430 spr1545 spr1546   ABC-NBD FALSE 0.102 100.000 0.000 NA   NA
 134430 134431 spr1546 spr1547 ABC-NBD   TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134431 134432 spr1547 spr1548     TRUE 0.872 -43.000 0.000 NA   NA
 134432 134433 spr1548 spr1549     TRUE 0.977 22.000 0.667 NA   NA
 134435 134436 spr1551 spr1552     FALSE 0.062 137.000 0.000 NA   NA
 134436 134437 spr1552 spr1553   serA FALSE 0.255 80.000 0.002 NA   NA
 134437 134438 spr1553 spr1554 serA frp TRUE 0.854 14.000 0.005 1.000   NA
 134438 134439 spr1554 spr1555 frp dnaI TRUE 0.971 -3.000 0.048 1.000 N NA
 134439 134440 spr1555 spr1556 dnaI dnaB TRUE 0.997 1.000 0.817 NA Y NA
 134440 134441 spr1556 spr1557 dnaB   TRUE 0.970 1.000 0.109 NA N NA
 134442 134443 spr1558 spr1559   ABC-NBD TRUE 0.991 -22.000 0.412 1.000 N NA
 134443 134444 spr1559 spr1560 ABC-NBD   TRUE 0.989 -64.000 0.471 NA   NA
 134445 134446 spr1561 spr1562 natB natA TRUE 0.973 -3.000 0.059 NA   NA
 134447 134448 spr1563 spr1564 IS1239-truncation   FALSE 0.026 415.000 0.000 NA   NA
 134449 134450 spr1565 spr1566 scrK scrA TRUE 0.572 149.000 0.235 1.000 Y NA
 134451 134452 spr1568 spr1569 scrB scrR TRUE 0.993 -19.000 0.571 1.000 N NA
 134453 134454 spr1570 spr1571 mvaA mvaS TRUE 0.993 0.000 0.183 1.000 Y NA
 134454 134455 spr1571 spr1572 mvaS   FALSE 0.091 107.000 0.000 NA   NA
 134455 134456 spr1572 spr1573   IS1381 TRUE 0.638 29.000 0.000 NA   NA
 134456 134457 spr1573 spr1574 IS1381 IS1381-truncation TRUE 0.605 34.000 0.000 NA   NA
 134457 134458 spr1574 spr1575 IS1381-truncation   TRUE 0.321 65.000 0.000 NA   NA
 134458 134459 spr1575 spr1576     TRUE 0.986 2.000 0.400 NA   NA
 134459 134460 spr1576 spr1577   pkn2 FALSE 0.162 115.000 0.010 NA   NA
 134460 134461 spr1577 spr1578 pkn2 pppL TRUE 0.998 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 134461 134462 spr1578 spr1579 pppL sunL TRUE 0.928 15.000 0.074 1.000 N NA
 134462 134463 spr1579 spr1580 sunL fmt TRUE 0.996 -10.000 0.305 1.000 Y NA
 134463 134464 spr1580 spr1581 fmt priA TRUE 0.914 13.000 0.052 1.000 N NA
 134464 134465 spr1581 spr1582 priA   TRUE 0.725 66.000 0.032 0.060 N NA
 134465 134466 spr1582 spr1583   gmk TRUE 0.966 25.000 0.471 1.000 N NA
 134466 134467 spr1583 spr1584 gmk   FALSE 0.141 130.000 0.010 1.000   NA
 134467 134468 spr1584 spr1585     FALSE 0.045 191.000 0.000 NA   NA
 134468 134469 spr1585 spr1586     TRUE 0.987 4.000 0.615 NA   NA
 134469 134470 spr1586 spr1587     FALSE 0.043 199.000 0.000 NA   NA
 134470 134471 spr1587 spr1588     TRUE 0.936 10.000 0.094 NA   NA
 134471 134472 spr1588 spr1589     TRUE 0.337 103.000 0.085 NA   NA
 134472 134473 spr1589 spr1590     TRUE 0.852 13.000 0.008 NA   NA
 134473 134474 spr1590 spr1591     TRUE 0.947 1.000 0.024 1.000 N NA
 134474 134475 spr1591 spr1592     TRUE 0.993 0.000 0.199 1.000 Y NA
 134475 134476 spr1592 spr1593     TRUE 0.832 52.000 0.150 NA N NA
 134476 134477 spr1593 spr1594     FALSE 0.152 215.000 0.068 NA   NA
 134477 134478 spr1594 spr1595     TRUE 0.989 3.000 0.555 1.000   NA
 134478 134479 spr1595 spr1596   corA TRUE 0.946 -48.000 0.015 1.000   NA
 134479 134480 spr1596 spr1597 corA   TRUE 0.827 57.000 0.059 0.073 N NA
 134481 134482 spr1598 spr1599 dctA   TRUE 0.487 68.000 0.013 NA   NA
 134482 134483 spr1599 spr1600     FALSE 0.104 99.000 0.000 NA   NA
 134483 134484 spr1600 spr1601     TRUE 0.945 18.000 0.143 NA   NA
 134484 134485 spr1601 spr1602   trxA TRUE 0.971 17.000 0.364 NA   NA
 134485 134486 spr1602 spr1603 trxA   FALSE 0.037 266.000 0.000 1.000   NA
 134487 134488 spr1604 spr1605 aqpZ   FALSE 0.173 111.000 0.010 NA   NA
 134488 134489 spr1605 spr1606   pepF FALSE 0.037 240.000 0.000 NA   NA
 134489 134490 spr1606 spr1607 pepF   TRUE 0.843 11.000 0.004 NA   NA
 134490 134491 spr1607 spr1608   prmA TRUE 0.988 -10.000 0.227 NA   NA
 134491 134492 spr1608 spr1609 prmA mutT FALSE 0.115 138.000 0.004 1.000   NA
 134492 134493 spr1609 spr1610 mutT   TRUE 0.894 -34.000 0.000 1.000   NA
 134493 134494 spr1610 spr1611     TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134494 134495 spr1611 spr1612     FALSE 0.031 291.000 0.000 NA   NA
 134495 134496 spr1612 spr1613     TRUE 0.937 37.000 0.308 NA   NA
 134496 134497 spr1613 spr1614     FALSE 0.089 110.000 0.000 NA   NA
 134497 134498 spr1614 spr1615     FALSE 0.052 165.000 0.000 NA   NA
 134499 398549 spr1616 sprt11 cshA tRNA-Lys1 FALSE 0.033 265.000 0.000 NA   NA
 134500 134501 spr1617 spr1618 sacA ABC-MSP TRUE 0.986 10.000 0.273 1.000 Y NA
 134501 134502 spr1618 spr1619 ABC-MSP ABC-MSP TRUE 0.999 -7.000 0.917 0.043 Y NA
 134502 134503 spr1619 spr1620 ABC-MSP ABC-SBP TRUE 0.940 90.000 0.917 0.043 Y NA
 134503 134504 spr1620 spr1621 ABC-SBP scrR TRUE 0.481 124.000 0.364 1.000 N NA
 134504 134505 spr1621 spr1622 scrR   FALSE 0.028 344.000 0.000 NA   NA
 134506 134507 spr1623 spr1624     TRUE 0.947 12.000 0.143 NA   NA
 134507 134508 spr1624 spr1625     TRUE 0.808 39.000 0.036 NA   NA
 134508 134509 spr1625 spr1626     TRUE 0.979 31.000 1.000 NA   NA
 134512 134513 spr1629 spr1630     TRUE 0.954 15.000 0.182 NA   NA
 134513 134514 spr1630 spr1631   trpA FALSE 0.030 302.000 0.000 NA   NA
 134514 134515 spr1631 spr1632 trpA trpB TRUE 0.998 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 134515 134516 spr1632 spr1633 trpB trpF TRUE 0.998 -22.000 0.375 0.002 Y NA
 134516 134517 spr1633 spr1634 trpF trpC TRUE 0.997 -43.000 0.264 0.002 Y NA
 134517 134518 spr1634 spr1635 trpC trpD TRUE 0.995 -3.000 0.216 1.000 Y NA
 134518 134519 spr1635 spr1636 trpD trpG TRUE 0.958 11.000 0.018 1.000 Y NA
 134519 134520 spr1636 spr1637 trpG trpE TRUE 0.998 -3.000 0.321 0.001 Y NA
 134520 134521 spr1637 spr1638 trpE   FALSE 0.063 135.000 0.000 NA   NA
 134521 134522 spr1638 spr1639   ccpA FALSE 0.021 897.000 0.000 NA   NA
 134522 134523 spr1639 spr1640 ccpA   FALSE 0.090 108.000 0.000 NA   NA
 134523 134524 spr1640 spr1641   mgtC FALSE 0.110 96.000 0.000 NA   NA
 134526 134527 spr1643 spr1644 ABC-MSP ABC-NBD TRUE 0.988 12.000 0.545 0.043 N NA
 134527 134528 spr1644 spr1645 ABC-NBD ABC-SBP TRUE 0.695 103.000 0.364 0.043 N NA
 134528 134529 spr1645 spr1646 ABC-SBP   TRUE 0.692 25.000 0.000 1.000   NA
 134529 134530 spr1646 spr1647   galE FALSE 0.046 210.000 0.000 1.000   NA
 134530 134531 spr1647 spr1648 galE galT TRUE 0.915 13.000 0.000 0.003 N NA
 134531 134532 spr1648 spr1649 galT   TRUE 0.715 13.000 0.000 NA N NA
 134532 134533 spr1649 spr1650     TRUE 0.386 58.000 0.000 NA   NA
 134533 134534 spr1650 spr1651     TRUE 0.361 61.000 0.000 NA   NA
 134534 134535 spr1651 spr1652     TRUE 0.898 -16.000 0.000 NA   NA
 134537 134538 spr1654 spr1655     TRUE 0.988 16.000 0.382 NA Y NA
 134538 134539 spr1655 spr1656   ABC-N/P FALSE 0.140 134.000 0.018 NA N NA
 134539 134540 spr1656 spr1657 ABC-N/P ABC-N/P TRUE 0.999 -10.000 0.911 0.010 Y NA
 134540 134541 spr1657 spr1658 ABC-N/P   FALSE 0.283 89.000 0.018 NA   NA
 134541 134542 spr1658 spr1659     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134543 134544 spr1660 spr1661 exoA   FALSE 0.055 155.000 0.000 NA   NA
 134544 134545 spr1661 spr1662   xpt FALSE 0.021 878.000 0.000 NA   NA
 134545 134546 spr1662 spr1663 xpt pbuX TRUE 0.987 0.000 0.046 1.000 Y NA
 134547 134548 spr1664 spr1665 dpnD dpnC TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134548 134549 spr1665 spr1666 dpnC   FALSE 0.047 181.000 0.000 NA   NA
 134549 134550 spr1666 spr1667   galT TRUE 0.706 49.000 0.024 NA N NA
 134550 134551 spr1667 spr1668 galT galK TRUE 0.988 19.000 0.107 0.003 Y NA
 134553 134554 spr1670 spr1671 adhB   TRUE 0.866 1.000 0.000 1.000 N NA
 134554 134555 spr1671 spr1672   czcD FALSE 0.037 244.000 0.000 1.000 N NA
 134558 134559 spr1675 spr1676 IS1167 IS1167-truncation FALSE 0.032 281.000 0.000 NA   NA
 134560 134561 spr1677 spr1678 proWX proV TRUE 0.992 -7.000 0.382 1.000 N NA
 134561 134562 spr1678 spr1679 proV   TRUE 0.897 15.000 0.031 NA   NA
 134562 134563 spr1679 spr1680     TRUE 0.973 4.000 0.222 NA   NA
 134563 134564 spr1680 spr1681     FALSE 0.022 682.000 0.000 NA   NA
 134564 134565 spr1681 spr1682   pepA TRUE 0.935 13.000 0.100 NA   NA
 134566 134567 spr1683 spr1684 galE-truncation fatD FALSE 0.027 408.000 0.000 1.000 N NA
 134567 134568 spr1684 spr1685 fatD fatC TRUE 0.999 -10.000 0.870 0.042 Y NA
 134568 134569 spr1685 spr1686 fatC fecE TRUE 0.998 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 134569 134570 spr1686 spr1687 fecE fatB TRUE 0.571 96.000 0.055 1.000 Y NA
 134571 134572 spr1688 spr1689   rluB TRUE 0.946 0.000 0.014 NA   NA
 134572 134573 spr1689 spr1690 rluB   TRUE 0.987 -13.000 0.224 NA N NA
 134573 134574 spr1690 spr1691     TRUE 0.977 19.000 0.570 NA   NA
 134574 134575 spr1691 spr1692   xerD TRUE 0.924 0.000 0.003 NA   NA
 134575 134576 spr1692 spr1693 xerD   TRUE 0.963 -9.000 0.017 1.000   NA
 134576 134577 spr1693 spr1694     TRUE 0.976 -3.000 0.065 1.000   NA
 134577 134578 spr1694 spr1695     TRUE 0.976 -24.000 0.085 1.000   NA
 134578 134579 spr1695 spr1696   murI TRUE 0.967 -3.000 0.034 1.000 N NA
 134579 134580 spr1696 spr1697 murI   FALSE 0.096 207.000 0.014 NA   NA
 134580 134581 spr1697 spr1698   dexS FALSE 0.136 88.000 0.000 NA   NA
 134581 134582 spr1698 spr1699 dexS treP TRUE 0.693 178.000 0.650 1.000 Y NA
 134583 134584 spr1700 spr1701 treR IS1167-truncation FALSE 0.061 156.000 0.000 1.000   NA
 134584 134585 spr1701 spr1702 IS1167-truncation IS1167-truncation TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134586 134587 spr1703 spr1704 amiF amiE TRUE 0.998 -34.000 0.333 0.002 Y NA
 134587 134588 spr1704 spr1705 amiE amiD TRUE 0.993 9.000 0.650 1.000 Y NA
 134588 134589 spr1705 spr1706 amiD amiC TRUE 0.993 0.000 0.278 0.042   NA
 134589 134590 spr1706 spr1707 amiC amiA TRUE 0.932 67.000 0.600 0.042   NA
 134590 134591 spr1707 spr1708 amiA   FALSE 0.020 687.000 0.000 NA N NA
 134591 134592 spr1708 spr1709   gtfA FALSE 0.055 138.000 0.000 NA N NA
 134592 134593 spr1709 spr1710 gtfA msmG FALSE 0.225 358.000 0.050 1.000 Y NA
 134593 134594 spr1710 spr1711 msmG msmF TRUE 0.997 14.000 0.925 0.042 Y NA
 134594 134595 spr1711 spr1712 msmF msmE TRUE 0.997 -10.000 0.275 0.042 Y NA
 134595 134596 spr1712 spr1713 msmE aga TRUE 0.780 92.000 0.286 1.000 Y NA
 134597 134598 spr1714 spr1715 msmR birA TRUE 0.903 -3.000 0.000 1.000 N NA
 134598 134599 spr1715 spr1716 birA IS1167-truncation FALSE 0.042 208.000 0.000 NA   NA
 398596 398595 sprt12 sprt13 tRNA-Ser2 tRNA-Ile1 TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 398595 398594 sprt13 sprt14 tRNA-Ile1 tRNA-Gly1 TRUE 0.591 36.000 0.000 NA   NA
 398594 398593 sprt14 sprt15 tRNA-Gly1 tRNA-Phe1 TRUE 0.707 20.000 0.000 NA   NA
 398593 398592 sprt15 sprt16 tRNA-Phe1 tRNA-Met1 TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 398592 398591 sprt16 sprt17 tRNA-Met1 tRNA-Ser3 TRUE 0.739 14.000 0.000 NA   NA
 398591 398590 sprt17 sprt18 tRNA-Ser3 tRNA-Met2 TRUE 0.747 11.000 0.000 NA   NA
 398590 398589 sprt18 sprt19 tRNA-Met2 tRNA-Met3 TRUE 0.739 14.000 0.000 NA   NA
 398589 398588 sprt19 sprt20 tRNA-Met3 tRNA-Pro1 TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 398588 398587 sprt20 sprt21 tRNA-Pro1 tRNA-Arg3 TRUE 0.742 16.000 0.000 NA   NA
 398587 398586 sprt21 sprt22 tRNA-Arg3 tRNA-Leu2 TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 398586 398585 sprt22 sprt23 tRNA-Leu2 tRNA-Gly2 TRUE 0.762 8.000 0.000 NA   NA
 398585 398584 sprt23 sprt24 tRNA-Gly2 tRNA-Thr2 TRUE 0.682 23.000 0.000 NA   NA
 398584 398583 sprt24 sprt25 tRNA-Thr2 tRNA-Leu3 TRUE 0.720 19.000 0.000 NA   NA
 398583 398582 sprt25 sprt26 tRNA-Leu3 tRNA-Lys2 TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 398582 398581 sprt26 sprt27 tRNA-Lys2 tRNA-Asp1 TRUE 0.665 25.000 0.000 NA   NA
 398581 398580 sprt27 sprt28 tRNA-Asp1 tRNA-Val1 TRUE 0.832 3.000 0.000 NA   NA
 398580 2149642 sprt28 sprr04 tRNA-Val1 rRNA_5S-2 TRUE 0.788 5.000 0.000 NA   NA
 2149642 407121 sprr04 sprr05 rRNA_5S-2 rRNA_23S-2 FALSE 0.199 78.000 0.000 NA   NA
 407121 398579 sprr05 sprt29 rRNA_23S-2 tRNA-Ala2 FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 398579 2149643 sprt29 sprr06 tRNA-Ala2 rRNA_16S-2 FALSE 0.240 74.000 0.000 NA   NA
 2149643 398578 sprr06 sprt30 rRNA_16S-2 tRNA-Glu2 FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 398578 134600 sprt30 spr1717 tRNA-Glu2   TRUE 0.348 62.000 0.000 NA   NA
 134601 134602 spr1718 spr1719 recX   TRUE 0.304 89.000 0.025 NA   NA
 134605 134606 spr1722 spr1723 groEL groES TRUE 0.991 16.000 0.160 0.006 Y NA
 134606 134607 spr1723 spr1724 groES ssbB FALSE 0.214 156.000 0.083 1.000 N NA
 134607 134608 spr1724 spr1725 ssbB ydfG FALSE 0.220 78.000 0.000 1.000   NA
 134608 134609 spr1725 spr1726 ydfG   TRUE 0.820 33.000 0.020 1.000   NA
 134609 134610 spr1726 spr1727     TRUE 0.965 16.000 0.239 1.000   NA
 134610 134611 spr1727 spr1728     TRUE 0.982 -3.000 0.140 NA   NA
 134611 134612 spr1728 spr1729     FALSE 0.029 337.000 0.000 NA   NA
 134612 134613 spr1729 spr1730     FALSE 0.062 137.000 0.000 NA   NA
 134613 134614 spr1730 spr1731     TRUE 0.986 6.000 0.714 NA   NA
 134614 134615 spr1731 spr1732     FALSE 0.268 111.000 0.053 NA   NA
 134615 134616 spr1732 spr1733     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134616 134617 spr1733 spr1734   ABC-NBD-truncation TRUE 0.308 66.000 0.000 NA   NA
 134617 134618 spr1734 spr1735 ABC-NBD-truncation ABC-NBD-truncation TRUE 0.989 7.000 1.000 NA   NA
 134618 134619 spr1735 spr1736 ABC-NBD-truncation ABC-NBD-truncation TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134619 134620 spr1736 spr1737 ABC-NBD-truncation   TRUE 0.411 142.000 0.296 1.000   NA
 134620 134621 spr1737 spr1738     FALSE 0.112 124.000 0.002 NA   NA
 134621 134622 spr1738 spr1739   ply FALSE 0.021 881.000 0.000 NA   NA
 134622 134623 spr1739 spr1740 ply   TRUE 0.747 11.000 0.000 NA   NA
 134623 134624 spr1740 spr1741     TRUE 0.905 -7.000 0.000 NA   NA
 134624 134625 spr1741 spr1742     TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 134625 134626 spr1742 spr1743     TRUE 0.847 -216.000 0.000 NA   NA
 134627 134628 spr1744 spr1745 IS1381-truncation IS1381-truncation TRUE 0.788 5.000 0.000 NA   NA
 134629 134630 spr1746 spr1747     TRUE 0.374 59.000 0.000 NA   NA
 134630 134631 spr1747 spr1748     TRUE 0.900 -13.000 0.000 NA   NA
 134631 134632 spr1748 spr1749     TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134632 134633 spr1749 spr1750     FALSE 0.026 408.000 0.000 NA   NA
 134633 134634 spr1750 spr1751     FALSE 0.066 129.000 0.000 NA   NA
 134634 134635 spr1751 spr1752     TRUE 0.501 46.000 0.000 NA   NA
 134635 134636 spr1752 spr1753     TRUE 0.869 -49.000 0.000 NA   NA
 134636 134637 spr1753 spr1754   lytA FALSE 0.031 359.000 0.000 1.000   NA
 134637 134638 spr1754 spr1755 lytA   TRUE 0.308 66.000 0.000 NA   NA
 134638 134639 spr1755 spr1756   dinF FALSE 0.035 248.000 0.000 NA   NA
 134639 134640 spr1756 spr1757 dinF recA FALSE 0.031 307.000 0.000 1.000 N NA
 134640 134641 spr1757 spr1758 recA cinA TRUE 0.776 55.000 0.083 1.000   NA
 134641 134642 spr1758 spr1759 cinA lytR FALSE 0.233 85.000 0.004 NA   NA
 134642 134643 spr1759 spr1760 lytR   TRUE 0.968 8.000 0.283 NA N NA
 134643 134644 spr1760 spr1761     TRUE 0.967 -10.000 0.033 NA   NA
 134644 134645 spr1761 spr1762     FALSE 0.218 86.000 0.003 NA   NA
 134645 134646 spr1762 spr1763   plcR FALSE 0.027 383.000 0.000 NA   NA
 134647 134648 spr1764 spr1765     FALSE 0.097 103.000 0.000 NA   NA
 134648 134649 spr1765 spr1766     TRUE 0.980 7.000 0.500 NA   NA
 134649 134650 spr1766 spr1767   cylM TRUE 0.460 116.000 0.273 NA   NA
 134650 134651 spr1767 spr1768 cylM   FALSE 0.032 350.000 0.000 1.000   NA
 134651 134652 spr1768 spr1769     TRUE 0.907 -19.000 0.000 1.000   NA
 134652 134653 spr1769 spr1770   clyB TRUE 0.967 -3.000 0.000 0.027   NA
 134653 134654 spr1770 spr1771 clyB nisP TRUE 0.872 24.000 0.000 0.027   NA
 134654 134655 spr1771 spr1772 nisP   TRUE 0.460 51.000 0.000 NA   NA
 134655 134656 spr1772 spr1773   ABC-NBD TRUE 0.994 2.000 1.000 NA   NA
 134656 134657 spr1773 spr1774 ABC-NBD   FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 134658 134659 spr1775 spr1776 ndk rpoC FALSE 0.134 111.000 0.002 1.000 N NA
 134659 134660 spr1776 spr1777 rpoC rpoB TRUE 0.995 33.000 0.851 0.001 Y NA
 134661 134662 spr1778 spr1779 hlyX endA FALSE 0.038 229.000 0.000 NA   NA
 134662 134663 spr1779 spr1780 endA epuA TRUE 0.921 39.000 0.237 NA   NA
 134663 134664 spr1780 spr1781 epuA murA TRUE 0.978 -25.000 0.110 NA   NA
 134664 134665 spr1781 spr1782 murA   FALSE 0.030 312.000 0.000 1.000 N NA
 134665 134666 spr1782 spr1783   kdtB TRUE 0.941 -16.000 0.003 1.000 N NA
 134666 134667 spr1783 spr1784 kdtB   TRUE 0.951 -10.000 0.008 1.000 N NA
 134667 134668 spr1784 spr1785   asnA TRUE 0.490 65.000 0.006 1.000 N NA
 134670 134671 spr1787 spr1788   yjfA TRUE 0.754 32.000 0.005 NA   NA
 134672 134673 spr1789 spr1790 acyP   TRUE 0.629 78.000 0.154 1.000 N NA
 134674 134675 spr1791 spr1792 pflC lysA FALSE 0.132 126.000 0.007 1.000 N NA
 134675 134676 spr1792 spr1793 lysA purR TRUE 0.491 67.000 0.012 1.000 N NA
 134676 134677 spr1793 spr1794 purR cbf1 FALSE 0.120 267.000 0.052 1.000   NA
 134677 134678 spr1794 spr1795 cbf1   TRUE 0.948 -73.000 0.030 NA   NA
 134678 134679 spr1795 spr1796     TRUE 0.955 -40.000 0.030 NA   NA
 134679 134680 spr1796 spr1797   rpe TRUE 0.978 -58.000 0.166 1.000 N NA
 134680 134681 spr1797 spr1798 rpe   TRUE 0.962 11.000 0.213 1.000   NA
 134681 134682 spr1798 spr1799   ksgA TRUE 0.912 2.000 0.003 1.000   NA
 134682 134683 spr1799 spr1800 ksgA   FALSE 0.064 131.000 0.000 NA   NA
 134683 134684 spr1800 spr1801   ABC-NBD TRUE 0.900 -13.000 0.000 NA   NA
 134684 134685 spr1801 spr1802 ABC-NBD   TRUE 0.849 2.000 0.000 NA   NA
 134685 134686 spr1802 spr1803   plcR FALSE 0.034 257.000 0.000 NA   NA
 134686 134687 spr1803 spr1804 plcR   FALSE 0.275 72.000 0.000 1.000   NA
 134687 134688 spr1804 spr1805     TRUE 0.987 0.000 0.058 NA Y NA
 134688 134689 spr1805 spr1806     FALSE 0.030 306.000 0.000 NA   NA
 134689 134690 spr1806 spr1807   rpmH FALSE 0.038 263.000 0.000 1.000   NA
 134690 134691 spr1807 spr1808 rpmH aspC FALSE 0.099 145.000 0.002 1.000   NA
 134691 134692 spr1808 spr1809 aspC   FALSE 0.098 156.000 0.005 NA   NA
 134696 134697 spr1813 spr1814 ccpA rr11 FALSE 0.186 395.000 0.000 0.032 Y NA
 134697 134698 spr1814 spr1815 rr11 hk11 TRUE 0.998 2.000 0.857 0.010 Y NA
 134698 134699 spr1815 spr1816 hk11   TRUE 0.974 0.000 0.107 NA N NA
 134699 134700 spr1816 spr1817   ABC-NBD TRUE 0.993 -28.000 0.193 NA Y NA
 134700 134701 spr1817 spr1818 ABC-NBD   FALSE 0.055 178.000 0.000 1.000   NA
 134701 398577 spr1818 sprt32   tRNA-Pro2 FALSE 0.023 588.000 0.000 NA   NA
 398577 398576 sprt32 sprt33 tRNA-Pro2 tRNA-Arg4 TRUE 0.742 16.000 0.000 NA   NA
 398576 398575 sprt33 sprt34 tRNA-Arg4 tRNA-Leu4 TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 398575 398574 sprt34 sprt35 tRNA-Leu4 tRNA-Gly3 TRUE 0.762 8.000 0.000 NA   NA
 398574 398573 sprt35 sprt36 tRNA-Gly3 tRNA-Thr3 TRUE 0.682 23.000 0.000 NA   NA
 398573 398572 sprt36 sprt37 tRNA-Thr3 tRNA-Leu5 TRUE 0.720 19.000 0.000 NA   NA
 398572 398571 sprt37 sprt38 tRNA-Leu5 tRNA-Lys3 TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 398571 398570 sprt38 sprt39 tRNA-Lys3 tRNA-Asp2 TRUE 0.665 25.000 0.000 NA   NA
 398570 398569 sprt39 sprt40 tRNA-Asp2 tRNA-Val2 TRUE 0.832 3.000 0.000 NA   NA
 398569 2149644 sprt40 sprr07 tRNA-Val2 rRNA_5S-3 TRUE 0.788 5.000 0.000 NA   NA
 2149644 407122 sprr07 sprr08 rRNA_5S-3 rRNA_23S-3 FALSE 0.199 78.000 0.000 NA   NA
 407122 398568 sprr08 sprt41 rRNA_23S-3 tRNA-Ala3 FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 398568 2149645 sprt41 sprr09 tRNA-Ala3 rRNA_16S-3 FALSE 0.240 74.000 0.000 NA   NA
 2149645 398567 sprr09 sprt42 rRNA_16S-3 tRNA-Glu3 FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 398567 134702 sprt42 spr1819 tRNA-Glu3 comX2 FALSE 0.117 94.000 0.000 NA   NA
 134702 134703 spr1819 spr1820 comX2 nusG FALSE 0.241 122.000 0.002 0.041   NA
 134703 134704 spr1820 spr1821 nusG secE TRUE 0.969 40.000 0.843 1.000 N NA
 134704 134705 spr1821 spr1822 secE rpmG TRUE 0.932 10.000 0.080 1.000 N NA
 134705 134706 spr1822 spr1823 rpmG pbp2a TRUE 0.808 53.000 0.111 1.000 N NA
 134708 134709 spr1825 spr1826 gapA   FALSE 0.105 105.000 0.000 1.000   NA
 134709 134710 spr1826 spr1827   transposase B TRUE 0.559 43.000 0.000 1.000   NA
 134710 134711 spr1827 spr1828 transposase B transposase A FALSE 0.161 180.000 0.000 NA Y NA
 134711 134712 spr1828 spr1829 transposase A nadC FALSE 0.077 113.000 0.000 NA N NA
 134714 134715 spr1831 spr1832     FALSE 0.028 460.000 0.000 1.000   NA
 134716 134717 spr1833 spr1834 bgl2 ptcC TRUE 0.919 18.000 0.000 1.000 Y NA
 134717 134718 spr1834 spr1835 ptcC ptcB TRUE 0.972 5.000 0.000 0.017 Y NA
 134718 134719 spr1835 spr1836 ptcB ptcA TRUE 0.987 -21.000 0.000 0.017 Y NA
 134720 134721 spr1837 spr1838 adhE   FALSE 0.032 279.000 0.000 NA   NA
 134721 134722 spr1838 spr1839     TRUE 0.937 2.000 0.019 NA   NA
 134722 134723 spr1839 spr1840     TRUE 0.594 47.000 0.002 NA N NA
 134723 134724 spr1840 spr1841   tktA FALSE 0.071 117.000 0.000 NA N NA
 134724 134725 spr1841 spr1842 tktA   FALSE 0.084 114.000 0.000 NA   NA
 134725 134726 spr1842 spr1843     TRUE 0.451 112.000 0.231 NA   NA
 134726 134727 spr1843 spr1844   araD FALSE 0.284 179.000 0.200 1.000 N NA
 134727 134728 spr1844 spr1845 araD sga TRUE 0.996 2.000 0.700 1.000 Y NA
 134728 134729 spr1845 spr1846 sga ulaD TRUE 0.994 4.000 0.536 1.000 Y NA
 134729 134730 spr1846 spr1847 ulaD PTS-EII TRUE 0.987 17.000 0.328 1.000 Y NA
 134730 134731 spr1847 spr1848 PTS-EII PTS-EII TRUE 0.930 77.000 0.279 0.017 Y NA
 134731 134732 spr1848 spr1849 PTS-EII ulaA TRUE 0.983 23.000 0.431 0.027   NA
 134732 134733 spr1849 spr1850 ulaA   FALSE 0.185 131.000 0.039 NA   NA
 134733 134734 spr1850 spr1851     TRUE 0.639 51.000 0.008 NA   NA
 134734 134735 spr1851 spr1852     TRUE 0.936 19.000 0.106 1.000   NA
 134735 134736 spr1852 spr1853   rnpA TRUE 0.967 -31.000 0.052 1.000 N NA
 134736 134737 spr1853 spr1854 rnpA ackA FALSE 0.089 149.000 0.002 1.000 N NA
 134737 134738 spr1854 spr1855 ackA   TRUE 0.837 51.000 0.130 1.000 N NA
 134738 134739 spr1855 spr1856     TRUE 0.390 61.000 0.000 1.000   NA
 134739 134740 spr1856 spr1857     TRUE 0.620 32.000 0.000 NA   NA
 134740 134741 spr1857 spr1858     FALSE 0.062 137.000 0.000 NA   NA
 134741 134742 spr1858 spr1859     TRUE 0.986 -22.000 0.232 NA   NA
 134742 134743 spr1859 spr1861   cglD FALSE 0.297 183.000 0.036 NA Y NA
 134743 134744 spr1861 spr1862 cglD cglC TRUE 0.988 -85.000 0.110 NA Y NA
 134744 134745 spr1862 spr1863 cglC cglB TRUE 0.999 2.000 0.861 0.001 Y NA
 134745 134746 spr1863 spr1864 cglB cglA TRUE 0.996 -127.000 0.639 1.000 Y NA
 134746 134747 spr1864 spr1865 cglA   TRUE 0.569 76.000 0.083 NA   NA
 134747 134748 spr1865 spr1866   adh FALSE 0.190 145.000 0.053 NA   NA
 134748 134749 spr1866 spr1867 adh nagA FALSE 0.144 163.000 0.030 1.000 N NA
 134749 134750 spr1867 spr1868 nagA   FALSE 0.057 153.000 0.000 1.000 N NA
 134750 134751 spr1868 spr1869   tgt FALSE 0.168 98.000 0.003 1.000 N NA
 134753 134754 spr1871 spr1872 pcp-truncation pcp-truncation TRUE 0.985 -3.000 0.008 0.001   NA
 134754 134755 spr1872 spr1873 pcp-truncation   FALSE 0.034 257.000 0.000 NA   NA
 134755 134756 spr1873 spr1874   marR TRUE 0.869 11.000 0.012 NA   NA
 134756 134757 spr1874 spr1875 marR   FALSE 0.030 406.000 0.000 1.000   NA
 134757 134758 spr1875 spr1876     FALSE 0.259 166.000 0.133 1.000   NA
 134758 134759 spr1876 spr1877   MATE transporter TRUE 0.982 4.000 0.364 1.000   NA
 134759 134760 spr1877 spr1878 MATE transporter thrC TRUE 0.531 61.000 0.006 1.000 N NA
 134760 134761 spr1878 spr1879 thrC   TRUE 0.315 76.000 0.003 NA N NA
 134761 398566 spr1879 sprt43   tRNA-Leu6 FALSE 0.091 107.000 0.000 NA   NA
 398566 398565 sprt43 sprt44 tRNA-Leu6 tRNA-Gln2 TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 398565 398564 sprt44 sprt45 tRNA-Gln2 tRNA-His TRUE 0.747 11.000 0.000 NA   NA
 398564 398563 sprt45 sprt46 tRNA-His tRNA-Trp TRUE 0.741 15.000 0.000 NA   NA
 398563 398562 sprt46 sprt47 tRNA-Trp tRNA-Tyr2 TRUE 0.788 5.000 0.000 NA   NA
 398562 398561 sprt47 sprt48 tRNA-Tyr2 tRNA-Phe2 TRUE 0.736 13.000 0.000 NA   NA
 398561 398560 sprt48 sprt49 tRNA-Phe2 tRNA-Met4 TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 398560 398559 sprt49 sprt50 tRNA-Met4 tRNA-Ser4 TRUE 0.747 11.000 0.000 NA   NA
 398559 398558 sprt50 sprt51 tRNA-Ser4 tRNA-Ile2 FALSE 0.154 84.000 0.000 NA   NA
 398558 398557 sprt51 sprt52 tRNA-Ile2 tRNA-Gly4 TRUE 0.598 35.000 0.000 NA   NA
 398557 398556 sprt52 sprt53 tRNA-Gly4 tRNA-Val3 TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 398556 2149646 sprt53 sprr10 tRNA-Val3 rRNA_5S-4 TRUE 0.788 5.000 0.000 NA   NA
 2149646 407123 sprr10 sprr11 rRNA_5S-4 rRNA_23S-4 FALSE 0.199 78.000 0.000 NA   NA
 407123 398555 sprr11 sprt54 rRNA_23S-4 tRNA-Ala4 FALSE 0.070 125.000 0.000 NA   NA
 398555 2149647 sprt54 sprr12 tRNA-Ala4 rRNA_16S-4 FALSE 0.240 74.000 0.000 NA   NA
 2149647 398554 sprr12 sprt55 rRNA_16S-4 tRNA-Glu4 FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 398554 134762 sprt55 spr1880 tRNA-Glu4   FALSE 0.074 122.000 0.000 NA   NA
 134762 134763 spr1880 spr1881   gltX TRUE 0.859 14.000 0.008 1.000 N NA
 134763 134764 spr1881 spr1882 gltX gpi FALSE 0.127 124.000 0.005 1.000 N NA
 134764 134765 spr1882 spr1883 gpi   TRUE 0.911 -13.000 0.000 1.000   NA
 134765 134766 spr1883 spr1884   guaA TRUE 0.828 4.000 0.000 1.000   NA
 134766 134767 spr1884 spr1885 guaA ABC-NP TRUE 0.371 91.000 0.053 1.000   NA
 134769 134770 spr1887 spr1888 ABC-NP hexA FALSE 0.095 147.000 0.003 1.000 N NA
 134770 134771 spr1888 spr1889 hexA argR TRUE 0.857 12.000 0.008 1.000 N NA
 134774 134775 spr1892 spr1893   phoP pnpR TRUE 0.348 84.000 0.027 NA   NA
 134775 134776 spr1893 spr1894 phoP pnpR phoR pnpS TRUE 0.991 1.000 0.164 1.000 Y NA
 134776 134777 spr1894 spr1895 phoR pnpS pstS TRUE 0.427 104.000 0.176 NA   NA
 134777 134778 spr1895 spr1896 pstS pstC FALSE 0.146 118.000 0.007 NA   NA
 134778 134779 spr1896 spr1897 pstC pstA TRUE 0.998 -7.000 0.219 0.004 Y NA
 134779 134780 spr1897 spr1898 pstA pstB TRUE 0.997 2.000 0.428 0.004 Y NA
 134780 134781 spr1898 spr1899 pstB phoU TRUE 0.980 15.000 0.182 NA Y NA
 134781 134782 spr1899 spr1900 phoU transposase-truncation FALSE 0.286 68.000 0.000 NA   NA
 134784 134785 spr1902 spr1903 gpdA galU TRUE 0.876 22.000 0.032 1.000 N NA
 134786 134787 spr1904 spr1905     TRUE 0.968 -19.000 0.037 1.000   NA
 134787 134788 spr1905 spr1906   hipO TRUE 0.882 6.000 0.006 1.000   NA
 134788 134789 spr1906 spr1907 hipO dapD TRUE 0.839 68.000 0.372 1.000   NA
 134789 134790 spr1907 spr1908 dapD   FALSE 0.042 230.000 0.000 1.000   NA
 134790 134791 spr1908 spr1909   pbp1b TRUE 0.864 -157.000 0.000 1.000   NA
 134793 134794 spr1911 spr1912 ctpC   TRUE 0.991 -7.000 0.363 NA   NA
 134798 134799 spr1916 spr1917 malP malM TRUE 0.981 26.000 0.105 0.022 Y NA
 134800 134801 spr1918 spr1919 malX malC TRUE 0.843 96.000 0.621 1.000 Y NA
 134801 134802 spr1919 spr1920 malC malD TRUE 0.999 -19.000 0.714 0.040 Y NA
 134802 134803 spr1920 spr1921 malD malA FALSE 0.217 253.000 0.200 NA   NA
 134803 134804 spr1921 spr1922 malA malR TRUE 0.972 10.000 0.364 NA   NA
 134805 134806 spr1923 spr1924   aspS TRUE 0.954 -22.000 0.016 NA   NA
 134806 134807 spr1924 spr1925 aspS   FALSE 0.047 352.000 0.003 NA   NA
 134807 134808 spr1925 spr1926     TRUE 0.972 18.000 0.400 NA   NA
 134808 134809 spr1926 spr1927     TRUE 0.741 12.000 0.000 NA   NA
 134809 134810 spr1927 spr1928     TRUE 0.976 -3.000 0.077 NA   NA
 134810 134811 spr1928 spr1929     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 134811 134812 spr1929 spr1930     TRUE 0.862 1.000 0.000 NA   NA
 134812 134813 spr1930 spr1931   hisS FALSE 0.080 176.000 0.003 NA   NA
 134813 134814 spr1931 spr1932 hisS   FALSE 0.297 78.000 0.003 NA   NA
 134814 134815 spr1932 spr1933   rgg FALSE 0.046 190.000 0.000 NA   NA
 134817 134818 spr1935 spr1936 ilvD tktC FALSE 0.137 233.000 0.000 1.000 Y NA
 134818 134819 spr1936 spr1937 tktC tktN TRUE 0.999 -3.000 0.742 0.001 Y NA
 134819 134820 spr1937 spr1938 tktN   TRUE 0.981 4.000 0.333 1.000   NA
 134820 134821 spr1938 spr1939     TRUE 0.977 13.000 0.182 0.026   NA
 134821 134822 spr1939 spr1940     TRUE 0.984 4.000 0.156 0.017 N NA
 134823 134824 spr1941 spr1942     TRUE 0.988 3.000 0.549 1.000   NA
 134824 134825 spr1942 spr1943   rpmF FALSE 0.063 152.000 0.000 1.000   NA
 134825 134826 spr1943 spr1944 rpmF rpmG TRUE 0.976 16.000 0.012 0.028 Y NA
 134828 134829 spr1946 spr1947 IS1381-truncation IS1381 TRUE 0.656 26.000 0.000 NA   NA
 134830 134831 spr1948 spr1949     FALSE 0.029 326.000 0.000 NA   NA
 134831 134832 spr1949 spr1950     TRUE 0.993 -6.000 0.500 NA   NA
 134832 134833 spr1950 spr1951     TRUE 0.880 72.000 0.250 NA Y NA
 134833 134834 spr1951 spr1952     TRUE 0.545 76.000 0.056 1.000   NA
 134837 134838 spr1955 spr1956 arcA-truncation arcA-truncation TRUE 0.847 41.000 0.000 0.001   NA
 134838 134839 spr1956 spr1957 arcA-truncation arcB TRUE 0.811 58.000 0.146 1.000   NA
 134839 134840 spr1957 spr1958 arcB arcC TRUE 0.474 165.000 0.146 1.000 Y NA
 134840 134841 spr1958 spr1959 arcC   FALSE 0.047 209.000 0.000 1.000   NA
 134841 134842 spr1959 spr1960     TRUE 0.937 22.000 0.140 1.000   NA
 134843 134844 spr1961 spr1962     FALSE 0.025 639.000 0.000 1.000   NA
 134844 134845 spr1962 spr1963   adh2 FALSE 0.067 130.000 0.000 1.000 N NA
 134845 134846 spr1963 spr1964 adh2 fucI FALSE 0.059 146.000 0.000 1.000 N NA
 134846 134847 spr1964 spr1965 fucI   TRUE 0.427 57.000 0.000 1.000   NA
 134847 134848 spr1965 spr1966     TRUE 0.771 10.000 0.000 1.000   NA
 134848 134849 spr1966 spr1967   PTS-EII TRUE 0.403 59.000 0.000 1.000   NA
 134849 134850 spr1967 spr1968 PTS-EII PTS-EII TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.026 Y NA
 134850 134851 spr1968 spr1969 PTS-EII PTS-EII TRUE 0.995 25.000 0.833 0.026 Y NA
 134851 134852 spr1969 spr1970 PTS-EII PTS-EII TRUE 0.998 -9.000 0.286 0.017 Y NA
 134852 134853 spr1970 spr1971 PTS-EII fucU TRUE 0.972 -22.000 0.000 1.000 Y NA
 134853 134854 spr1971 spr1972 fucU fucA TRUE 0.922 12.000 0.000 1.000 Y NA
 134854 134855 spr1972 spr1973 fucA fcsK TRUE 0.318 100.000 0.000 1.000 Y NA
 134857 134858 spr1975 spr1976 adcA adcB TRUE 0.977 10.000 0.111 1.000 Y NA
 134858 134859 spr1976 spr1977 adcB adcC TRUE 0.997 -37.000 0.673 1.000 Y NA
 134859 134860 spr1977 spr1978 adcC adcR TRUE 0.982 0.000 0.192 1.000 N NA
 134860 134861 spr1978 spr1979 adcR dltD FALSE 0.104 95.000 0.000 NA N NA
 134861 134862 spr1979 spr1980 dltD dltC TRUE 0.991 -22.000 0.409 NA   NA
 134862 134863 spr1980 spr1981 dltC dltB TRUE 0.973 14.000 0.387 NA   NA
 134863 134864 spr1981 spr1982 dltB dltA TRUE 0.991 -3.000 0.435 NA N NA
 134864 134865 spr1982 spr1983 dltA   FALSE 0.027 550.000 0.000 1.000   NA
 134865 134866 spr1983 spr1984   transposase H FALSE 0.028 456.000 0.000 1.000   NA
 134866 134867 spr1984 spr1985 transposase H transposase H TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   NA
 134869 134870 spr1987 spr1988   glpF FALSE 0.045 191.000 0.000 NA   NA
 134870 134871 spr1988 spr1989 glpF glpD-truncation TRUE 0.843 70.000 0.500 NA   NA
 134871 134872 spr1989 spr1990 glpD-truncation glpD-truncation TRUE 0.977 -54.000 0.150 NA   NA
 134872 134873 spr1990 spr1991 glpD-truncation glpK TRUE 0.990 42.000 0.500 0.001 Y NA
 134873 134874 spr1991 spr1992 glpK   TRUE 0.438 159.000 0.462 NA   NA
 134875 134876 spr1993 spr1994 hsp33   TRUE 0.956 -43.000 0.034 1.000 N NA
 134877 134878 spr1995 spr1996 pspC   FALSE 0.207 79.000 0.000 1.000   NA
 134878 134879 spr1996 spr1997   hk06 TRUE 0.795 83.000 0.667 1.000   NA
 134879 134880 spr1997 spr1998 hk06 rr06 TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 134880 134881 spr1998 spr1999 rr06 clpC-truncation FALSE 0.022 642.000 0.000 NA   NA
 134881 134882 spr1999 spr2000 clpC-truncation clpC-truncation TRUE 0.946 1.000 0.024 NA   NA
 134882 134883 spr2000 spr2001 clpC-truncation ctsR TRUE 0.989 2.000 0.188 0.009 N NA
 134883 134884 spr2001 spr2002 ctsR ABC-NBD TRUE 0.618 56.000 0.013 1.000 N NA
 134884 134885 spr2002 spr2003 ABC-NBD   TRUE 0.996 0.000 0.554 NA Y NA
 134885 134886 spr2003 spr2004   ABC-MSP TRUE 0.981 38.000 0.584 NA Y NA
 134886 134887 spr2004 spr2005 ABC-MSP   TRUE 0.988 -40.000 0.364 NA   NA
 134887 134888 spr2005 spr2006   cbpD FALSE 0.034 256.000 0.000 NA   NA
 134888 134889 spr2006 spr2007 cbpD   FALSE 0.269 89.000 0.014 NA   NA
 134889 134890 spr2007 spr2008   dnaC TRUE 0.955 2.000 0.053 NA   NA
 134890 134891 spr2008 spr2009 dnaC rplI TRUE 0.848 44.000 0.100 1.000 N NA
 134891 134892 spr2009 spr2010 rplI   TRUE 0.981 -3.000 0.119 1.000 N NA
 134892 134893 spr2010 spr2011     FALSE 0.107 136.000 0.006 NA N NA
 134893 134894 spr2011 spr2012   comFC TRUE 0.495 80.000 0.080 NA   NA
 134894 134895 spr2012 spr2013 comFC comFA TRUE 0.983 -3.000 0.130 1.000   NA
 134896 134897 spr2014 spr2015   cycK FALSE 0.099 285.000 0.033 1.000   NA
 134900 134901 spr2018 spr2019 transposase E tsf FALSE 0.032 246.000 0.000 NA N NA
 134901 134902 spr2019 spr2020 tsf rpsB TRUE 0.957 66.000 0.748 1.000 Y NA
 134902 134903 spr2020 spr2021 rpsB gsp-781 FALSE 0.039 224.000 0.000 NA   NA
 134903 134904 spr2021 spr2022 gsp-781 mreD FALSE 0.264 94.000 0.021 NA   NA
 134904 134905 spr2022 spr2023 mreD mreC TRUE 0.998 0.000 0.550 0.003 Y NA
 134905 134906 spr2023 spr2024 mreC ABC-MSP TRUE 0.502 59.000 0.003 1.000 N NA
 134906 134907 spr2024 spr2025 ABC-MSP ABC-NBP TRUE 0.993 -7.000 0.136 1.000 Y NA
 134907 134908 spr2025 spr2026 ABC-NBP stpA TRUE 0.999 -15.000 0.713 0.025 Y NA
 134908 134909 spr2026 spr2027 stpA pgsA TRUE 0.957 -3.000 0.015 1.000 N NA
 134909 134910 spr2027 spr2028 pgsA   TRUE 0.934 11.000 0.077 1.000   NA
 134910 134911 spr2028 spr2029     TRUE 0.920 33.000 0.156 1.000   NA
 134911 134912 spr2029 spr2030     TRUE 0.998 -3.000 0.872 0.007   NA
 134913 134914 spr2031 spr2032   recF TRUE 0.977 3.000 0.209 1.000   NA
 134915 134916 spr2033 spr2034 imdH trpS FALSE 0.148 152.000 0.026 1.000 N NA
 134917 134918 spr2035 spr2036 ABC-NBD   TRUE 0.640 62.000 0.040 NA   NA
 134919 134920 spr2037 spr2038     TRUE 0.648 28.000 0.000 NA   NA
 134920 134921 spr2038 spr2039     FALSE 0.146 85.000 0.000 NA   NA
 398553 398552 sprt56 sprt57 tRNA-Asn2 tRNA-Glu5 TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 398552 134923 sprt57 spr2041 tRNA-Glu5 comE TRUE 0.443 52.000 0.000 NA   NA
 134923 134924 spr2041 spr2042 comE comD TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA Y NA
 134924 134925 spr2042 spr2043 comD comC TRUE 0.980 21.000 0.750 NA   NA
 134925 398551 spr2043 sprt58 comC tRNA-Arg5 FALSE 0.052 165.000 0.000 NA   NA
 398551 134926 sprt58 spr2044 tRNA-Arg5   TRUE 0.516 44.000 0.000 NA   NA
 134927 134928 spr2045 spr2046 sphtra spo0J TRUE 0.607 58.000 0.015 1.000 N NA
 134928 132886 spr2046 spr0001 spo0J dnaA FALSE 0.064 213.000 0.002 1.000 N NA