MicrobesOnline Operon Predictions for Anaplasma phagocytophilum HZ

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1301155 1301156 APH_0001 APH_0002 polA rpe FALSE 0.384 155.000 0.003 1.000 N NA
 1301156 1301157 APH_0002 APH_0003 rpe   TRUE 0.762 76.000 0.007 NA N NA
 1301157 1301158 APH_0003 APH_0004     TRUE 0.999 7.000 0.206 NA Y NA
 1301158 1301159 APH_0004 APH_0005     FALSE 0.006 1061.000 0.000 NA   NA
 1301159 1301160 APH_0005 APH_0006     TRUE 0.943 38.000 0.021 NA   NA
 1301162 1301163 APH_0008 APH_0009     TRUE 0.926 12.000 0.000 NA   NA
 1301163 1301164 APH_0009 APH_0010     FALSE 0.007 814.000 0.000 NA   NA
 1301165 1301166 APH_0011 APH_0012     TRUE 0.534 53.000 0.000 NA   NA
 1301167 1301168 APH_0013 APH_0014 glyQ-1 glyS TRUE 0.999 2.000 0.616 0.005 Y NA
 1301168 1301169 APH_0014 APH_0015 glyS dnaJ TRUE 0.688 78.000 0.008 1.000 N NA
 1301172 1301173 APH_0018 APH_0019 ruvC   TRUE 0.989 5.000 0.015 1.000 N NA
 1301173 1301174 APH_0019 APH_0020   hemE TRUE 0.835 63.000 0.014 1.000 N NA
 1301176 1301177 APH_0022 APH_0023     TRUE 0.977 30.000 0.049 NA   NA
 1301177 1301178 APH_0023 APH_0024     TRUE 0.922 -3.000 0.000 NA   NA
 1301179 1301180 APH_0025 APH_0026   nadA TRUE 0.863 57.000 0.004 1.000 Y NA
 1301182 1301183 APH_0028 APH_0031     FALSE 0.006 2299.000 0.000 NA   NA
 1301184 1301185 APH_0032 APH_0033     FALSE 0.279 160.000 0.000 NA   NA
 1301187 1301188 APH_0035 APH_0036 trpS grpE TRUE 0.988 7.000 0.013 1.000 N NA
 1301190 1301191 APH_0038 APH_0039 pyrG secG TRUE 0.994 13.000 0.118 1.000 N NA
 1301194 1301195 APH_0042 APH_0043     FALSE 0.303 307.000 0.020 NA   NA
 1301195 1301196 APH_0043 APH_0044     FALSE 0.025 368.000 0.000 NA   NA
 1301197 1301198 APH_0045 APH_0046     TRUE 0.807 194.000 0.081 NA   NA
 1301199 1301200 APH_0047 APH_0048     TRUE 0.460 64.000 0.000 NA   NA
 1301202 1301203 APH_0050 APH_0051     FALSE 0.025 373.000 0.000 NA   NA
 1301203 1301204 APH_0051 APH_0052     TRUE 0.971 1.000 0.006 NA   NA
 1301206 1301207 APH_0054 APH_0055 rpsP   FALSE 0.013 507.000 0.000 NA   NA
 1301209 1301210 APH_0057 APH_0058     FALSE 0.029 348.000 0.000 NA   NA
 1301211 1301212 APH_0059 APH_0060 pheS rplT TRUE 0.996 -19.000 0.239 1.000 Y NA
 1301212 1301213 APH_0060 APH_0061 rplT rpmI TRUE 0.997 24.000 0.963 0.063 Y NA
 1301214 1301215 APH_0062 APH_0063     TRUE 0.922 -3.000 0.000 NA   NA
 1301215 1301216 APH_0063 APH_0064   rho-1 TRUE 0.821 -48.000 0.000 NA   NA
 1301217 1301218 APH_0065 APH_0066 lpdA-1   TRUE 0.495 115.000 0.008 1.000   NA
 1301221 1301222 APH_0069 APH_0070 thiS   TRUE 0.990 34.000 0.214 1.000 Y NA
 1301224 1301225 APH_0072 APH_0073 gltX-1   FALSE 0.111 250.000 0.000 NA   NA
 1301225 1301226 APH_0073 APH_0074     FALSE 0.328 132.000 0.000 NA   NA
 1301226 1301227 APH_0074 APH_0075     TRUE 0.979 11.000 0.008 NA   NA
 1301228 1301229 APH_0077 APH_0078     TRUE 0.757 106.000 0.020 1.000   NA
 1301231 1301232 APH_0080 APH_0081 trx virB9-1 TRUE 0.996 13.000 0.333 NA   NA
 1301232 1301233 APH_0081 APH_0082 virB9-1 pdhA FALSE 0.049 359.000 0.000 NA N NA
 1301233 1301234 APH_0082 APH_0083 pdhA   TRUE 0.958 23.000 0.008 NA   NA
 1301235 1301236 APH_0084 APH_0085 rrlB rrfC FALSE 0.403 79.000 0.000 NA   NA
 1301237 1301238 APH_0086 APH_0087     FALSE 0.058 302.000 0.000 NA   NA
 1301238 1301239 APH_0087 APH_0088   guaB TRUE 0.790 65.000 0.000 1.000 Y NA
 1301239 1301240 APH_0088 APH_0089 guaB ppnK TRUE 0.651 76.000 0.007 1.000 N NA
 1301240 1301241 APH_0089 APH_0090 ppnK   TRUE 0.994 10.000 0.059 1.000 N NA
 1301242 1301243 APH_0091 APH_0092   fabD FALSE 0.267 165.000 0.000 NA   NA
 1301243 1301244 APH_0092 APH_0093 fabD tmk TRUE 0.922 17.000 0.003 1.000 N NA
 1301244 1301245 APH_0093 APH_0094 tmk   TRUE 0.611 168.000 0.007 NA N NA
 1301245 1301246 APH_0094 APH_0095     FALSE 0.251 172.000 0.000 NA   NA
 1301248 1301249 APH_0097 APH_0098 secB   TRUE 0.891 71.000 0.018 NA N NA
 1301249 1301250 APH_0098 APH_0099     FALSE 0.156 215.000 0.000 NA   NA
 1301250 1301251 APH_0099 APH_0100     TRUE 0.840 -31.000 0.000 NA   NA
 1301253 1301254 APH_0102 APH_0103     FALSE 0.328 132.000 0.000 NA   NA
 1301257 1301258 APH_0106 APH_0107 ribE mfd FALSE 0.009 565.000 0.000 1.000 N NA
 1301258 1301259 APH_0107 APH_0108 mfd   TRUE 0.937 6.000 0.000 NA   NA
 1301260 1301261 APH_0109 APH_0110 rnhA   TRUE 0.938 39.000 0.020 NA   NA
 1301261 1301262 APH_0110 APH_0111   pyrH FALSE 0.181 205.000 0.000 NA   NA
 1301262 1301263 APH_0111 APH_0112 pyrH frr TRUE 0.997 9.000 0.736 1.000 N NA
 1301263 1301264 APH_0112 APH_0113 frr   FALSE 0.010 538.000 0.000 1.000 N NA
 1301264 1301265 APH_0113 APH_0114     FALSE 0.015 464.000 0.000 NA   NA
 1301265 1301266 APH_0114 APH_0116     FALSE 0.006 1799.000 0.000 NA   NA
 1301267 1301268 APH_0117 APH_0118     FALSE 0.060 301.000 0.000 NA   NA
 1301268 1301269 APH_0118 APH_0119   purC TRUE 0.695 35.000 0.000 NA   NA
 1301270 1301271 APH_0120 APH_0121 hisS   FALSE 0.393 82.000 0.000 NA   NA
 1301274 1301275 APH_0124 APH_0125   ccmA TRUE 0.758 30.000 0.000 NA   NA
 1301275 1301276 APH_0125 APH_0126 ccmA   TRUE 0.876 -16.000 0.000 NA   NA
 1301276 1301277 APH_0126 APH_0127     FALSE 0.015 468.000 0.000 NA   NA
 1301279 1301280 APH_0129 APH_0130     FALSE 0.088 114.000 0.000 1.000   NA
 1301280 1301281 APH_0130 APH_0131     FALSE 0.348 121.000 0.000 NA   NA
 1301281 1301282 APH_0131 APH_0133     FALSE 0.006 1316.000 0.000 NA   NA
 1301283 1301284 APH_0135 APH_0136     TRUE 0.980 28.000 0.046 1.000 N NA
 1301284 1301285 APH_0136 APH_0137     TRUE 0.993 8.000 0.028 1.000 N NA
 1301286 1301287 APH_0138 APH_0139 ligA   TRUE 0.977 6.000 0.007 1.000 N NA
 1301287 1301288 APH_0139 APH_0140     TRUE 0.997 -7.000 0.442 NA N NA
 1301288 1301289 APH_0140 APH_0141     FALSE 0.219 233.000 0.000 NA N NA
 1301289 1301290 APH_0141 APH_0142     FALSE 0.016 440.000 0.000 NA   NA
 1301290 1301291 APH_0142 APH_0144     FALSE 0.013 490.000 0.000 NA   NA
 1301291 1301292 APH_0144 APH_0145     FALSE 0.090 263.000 0.000 NA   NA
 1301292 1301293 APH_0145 APH_0146     TRUE 0.824 -43.000 0.000 NA   NA
 1301293 1301294 APH_0146 APH_0147     FALSE 0.009 630.000 0.000 NA   NA
 1301295 1301296 APH_0148 APH_0149     FALSE 0.016 436.000 0.000 NA   NA
 1301296 1301297 APH_0149 APH_0150     TRUE 0.988 10.000 0.014 NA   NA
 1301297 1301298 APH_0150 APH_0151   rpsF TRUE 0.566 77.000 0.008 1.000   NA
 1301298 1301299 APH_0151 APH_0152 rpsF rpsR TRUE 0.998 11.000 0.358 0.059 Y NA
 1301299 1301300 APH_0152 APH_0153 rpsR rplI TRUE 0.996 24.000 0.497 0.059 Y NA
 1301300 1301301 APH_0153 APH_0154 rplI glyA TRUE 0.945 23.000 0.008 1.000 N NA
 1301301 1301302 APH_0154 APH_0155 glyA   TRUE 0.914 -6.000 0.000 NA   NA
 1301302 1301303 APH_0155 APH_0156     FALSE 0.386 85.000 0.000 NA   NA
 1301303 1301304 APH_0156 APH_0157     TRUE 0.992 16.000 0.026 NA N NA
 1301304 1301305 APH_0157 APH_0158   sdhA-1 FALSE 0.012 473.000 0.000 1.000 N NA
 1301305 1301306 APH_0158 APH_0159 sdhA-1 sdhB-1 TRUE 0.998 15.000 0.714 0.009 Y NA
 1301306 1301307 APH_0159 APH_0160 sdhB-1   TRUE 0.931 1.000 0.000 NA   NA
 1301307 1301308 APH_0160 APH_0161   sdhA-2 TRUE 0.934 2.000 0.000 NA   NA
 1301308 1301309 APH_0161 APH_0162 sdhA-2 sdhB-2 TRUE 0.998 15.000 0.714 0.009 Y NA
 1301309 1301310 APH_0162 APH_0163 sdhB-2 thyX TRUE 0.970 1.000 0.007 1.000 N NA
 1301310 1301311 APH_0163 APH_0164 thyX   FALSE 0.013 456.000 0.000 1.000 N NA
 1301312 1301313 APH_0165 APH_0166 glyQ-2 ruvB FALSE 0.294 128.000 0.000 1.000 N NA
 1301313 1301314 APH_0166 APH_0167 ruvB ruvA TRUE 0.997 -3.000 0.115 0.003 Y NA
 1301314 1301315 APH_0167 APH_0168 ruvA ccmC TRUE 0.973 -3.000 0.008 1.000 N NA
 1301316 1301317 APH_0169 APH_0170   gmk FALSE 0.302 150.000 0.000 NA   NA
 1301318 1301319 APH_0171 APH_0172 p44-45   TRUE 0.475 61.000 0.000 NA   NA
 1301322 1301323 APH_0175 APH_0176 folD   TRUE 0.721 33.000 0.000 NA   NA
 1301323 1301324 APH_0176 APH_0177     FALSE 0.177 206.000 0.000 NA   NA
 1301325 1301326 APH_0178 APH_0179     FALSE 0.325 133.000 0.000 NA   NA
 1301326 1301327 APH_0179 APH_0180   cycM TRUE 0.466 292.000 0.035 NA   NA
 1301327 1301328 APH_0180 APH_0181 cycM   FALSE 0.203 305.000 0.000 1.000 Y NA
 1301328 1301329 APH_0181 APH_0182     FALSE 0.074 288.000 0.000 NA   NA
 1301331 1301332 APH_0184 APH_0185   ppdK FALSE 0.292 154.000 0.000 NA   NA
 1301332 1301333 APH_0185 APH_0186 ppdK   FALSE 0.053 305.000 0.000 NA   NA
 1301333 1301334 APH_0186 APH_0187     TRUE 0.837 76.000 0.016 NA   NA
 1301335 1301336 APH_0188 APH_0189     TRUE 0.866 -19.000 0.000 NA   NA
 1301338 1301339 APH_0191 APH_0192     TRUE 0.937 6.000 0.000 NA   NA
 1301339 1301340 APH_0192 APH_0193   gshB TRUE 0.992 10.000 0.023 NA   NA
 1301340 1301341 APH_0193 APH_0194 gshB   TRUE 0.573 49.000 0.000 NA   NA
 1301341 1301342 APH_0194 APH_0195     FALSE 0.398 81.000 0.000 NA   NA
 1301342 1301343 APH_0195 APH_0196     FALSE 0.206 244.000 0.000 NA N NA
 1301343 1301344 APH_0196 APH_0197     TRUE 0.534 53.000 0.000 NA   NA
 1301346 1301347 APH_0200 APH_0201 xerC   FALSE 0.015 468.000 0.000 NA   NA
 1301349 1301350 APH_0203 APH_0204     FALSE 0.109 251.000 0.000 NA   NA
 1301350 1301351 APH_0204 APH_0205     TRUE 0.758 30.000 0.000 NA   NA
 1301352 1301353 APH_0206 APH_0207     FALSE 0.214 193.000 0.000 NA   NA
 1301354 1301355 APH_0208 APH_0209     TRUE 0.876 141.000 0.074 NA   NA
 1301356 1301357 APH_0210 APH_0211 purM-2   FALSE 0.023 378.000 0.000 NA   NA
 1301357 1301358 APH_0211 APH_0212   folK FALSE 0.008 727.000 0.000 NA   NA
 1301358 1301359 APH_0212 APH_0213 folK   FALSE 0.007 687.000 0.000 1.000 N NA
 1301359 1301360 APH_0213 APH_0215     FALSE 0.006 1765.000 0.000 NA   NA
 1301360 1301361 APH_0215 APH_0216     TRUE 0.547 52.000 0.000 NA   NA
 1301363 1301364 APH_0218 APH_0219 bioB   TRUE 0.945 -13.000 0.005 NA   NA
 1301364 1301365 APH_0219 APH_0220     TRUE 0.867 142.000 0.059 NA   NA
 1301365 1301366 APH_0220 APH_0221     FALSE 0.013 491.000 0.000 NA   NA
 1301368 1301369 APH_0223 APH_0224     FALSE 0.029 346.000 0.000 NA   NA
 1301373 1301374 APH_0230 APH_0231 purN pepA TRUE 0.987 6.000 0.012 1.000 N NA
 1301375 1301376 APH_0232 APH_0233     TRUE 0.883 141.000 0.105 NA   NA
 1301376 1301377 APH_0233 APH_0234     FALSE 0.011 542.000 0.000 NA   NA
 1301381 1301382 APH_0238 APH_0239     TRUE 0.513 55.000 0.000 NA   NA
 1301383 1301384 APH_0240 APH_0241 groL groS TRUE 0.985 53.000 0.526 1.000 Y NA
 1301385 1301386 APH_0242 APH_0243 radC lipB TRUE 0.549 78.000 0.004 1.000 N NA
 1301387 1301388 APH_0244 APH_0245   pyrC FALSE 0.431 74.000 0.000 NA   NA
 1301388 1301389 APH_0245 APH_0246 pyrC   TRUE 0.866 28.000 0.003 NA   NA
 1301390 1301391 APH_0247 APH_0248 fumC   FALSE 0.159 351.000 0.015 NA   NA
 1301396 1301397 APH_0253 APH_0254   folP TRUE 0.490 58.000 0.000 NA   NA
 1301397 1301398 APH_0254 APH_0255 folP   TRUE 0.938 5.000 0.000 NA   NA
 1301399 1301400 APH_0256 APH_0257   qor TRUE 0.835 124.000 0.056 1.000   NA
 1301402 1301403 APH_0259 APH_0260     FALSE 0.365 103.000 0.000 NA   NA
 1301403 1301404 APH_0260 APH_0261     FALSE 0.019 420.000 0.000 NA   NA
 1301404 1301405 APH_0261 APH_0262     FALSE 0.039 324.000 0.000 NA   NA
 1301406 1301407 APH_0263 APH_0264 hemH   FALSE 0.092 262.000 0.000 NA   NA
 1301407 1301408 APH_0264 APH_0265     TRUE 0.933 9.000 0.000 NA   NA
 1301408 1301409 APH_0265 APH_0266     FALSE 0.019 422.000 0.000 NA   NA
 1301409 1301410 APH_0266 APH_0267     TRUE 0.988 2.000 0.013 NA   NA
 1301410 1301411 APH_0267 APH_0268     FALSE 0.317 140.000 0.000 NA   NA
 1301413 1301414 APH_0270 APH_0271   ihfB TRUE 0.447 68.000 0.000 NA   NA
 1301414 1301415 APH_0271 APH_0272 ihfB sppA TRUE 0.994 14.000 0.161 1.000 N NA
 1301415 1301416 APH_0272 APH_0273 sppA rpsA TRUE 0.995 8.000 0.051 1.000 N NA
 1301416 1301417 APH_0273 APH_0274 rpsA cmkB TRUE 0.690 103.000 0.009 1.000 N NA
 1301417 1301418 APH_0274 APH_0275 cmkB   FALSE 0.307 210.000 0.006 1.000 N NA
 1301419 1301420 APH_0276 APH_0277     TRUE 0.935 8.000 0.000 NA   NA
 1301420 1301421 APH_0277 APH_0278   tuf-1 TRUE 0.513 55.000 0.000 NA   NA
 1301421 1301422 APH_0278 APH_0279 tuf-1 rpsJ TRUE 0.999 7.000 0.340 1.000 Y NA
 1301422 1301423 APH_0279 APH_0280 rpsJ rplC TRUE 0.996 26.000 0.749 0.072 Y NA
 1301423 1301424 APH_0280 APH_0281 rplC rplD TRUE 0.998 22.000 0.958 0.054 Y NA
 1301424 1301425 APH_0281 APH_0282 rplD rplW TRUE 0.999 -7.000 0.904 1.000 Y NA
 1301425 1301426 APH_0282 APH_0283 rplW rplB TRUE 0.999 -3.000 0.915 1.000 Y NA
 1301426 1301427 APH_0283 APH_0284 rplB rpsS TRUE 0.999 6.000 0.894 0.072 Y NA
 1301427 1301428 APH_0284 APH_0285 rpsS rplV TRUE 0.999 3.000 0.968 0.072 Y NA
 1301428 1301429 APH_0285 APH_0286 rplV rpsC TRUE 0.999 4.000 0.905 0.072 Y NA
 1301429 1301430 APH_0286 APH_0287 rpsC rplP TRUE 0.999 13.000 0.894 0.072 Y NA
 1301430 1301431 APH_0287 APH_0288 rplP rpmC TRUE 0.996 10.000 0.868 0.054   NA
 1301431 1301432 APH_0288 APH_0289 rpmC rpsQ TRUE 0.995 -7.000 0.911 0.054   NA
 1301432 1301433 APH_0289 APH_0290 rpsQ rplN TRUE 0.999 9.000 0.850 0.072 Y NA
 1301433 1301434 APH_0290 APH_0291 rplN rplX TRUE 0.999 0.000 0.958 0.072 Y NA
 1301434 1301435 APH_0291 APH_0292 rplX rplE TRUE 0.999 7.000 0.894 0.054 Y NA
 1301435 1301436 APH_0292 APH_0293 rplE rpsN TRUE 0.998 12.000 0.435 0.054 Y NA
 1301436 1301437 APH_0293 APH_0294 rpsN rpsH TRUE 0.997 18.000 0.425 0.054 Y NA
 1301437 1301438 APH_0294 APH_0295 rpsH rplF TRUE 0.999 13.000 0.956 0.054 Y NA
 1301438 1301439 APH_0295 APH_0296 rplF rplR TRUE 0.998 17.000 0.886 0.054 Y NA
 1301439 1301440 APH_0296 APH_0297 rplR rpsE TRUE 0.999 9.000 0.973 0.072 Y NA
 1301440 1301441 APH_0297 APH_0298 rpsE rplO TRUE 0.996 19.000 0.180 0.072 Y NA
 1301441 1301442 APH_0298 APH_0299 rplO secY TRUE 0.995 21.000 0.873 1.000 N NA
 1301442 1301443 APH_0299 APH_0300 secY adk TRUE 0.967 -18.000 0.010 1.000 N NA
 1301443 1301444 APH_0300 APH_0301 adk rpsM TRUE 0.961 63.000 0.778 1.000 N NA
 1301444 1301445 APH_0301 APH_0302 rpsM rpsK TRUE 0.994 10.000 0.012 0.054 Y NA
 1301445 1301446 APH_0302 APH_0303 rpsK rpoA TRUE 0.939 77.000 0.440 1.000 N NA
 1301446 1301447 APH_0303 APH_0304 rpoA rplQ TRUE 0.986 34.000 0.883 1.000 N NA
 1301447 1301448 APH_0304 APH_0305 rplQ pheT TRUE 0.990 13.000 0.007 1.000 Y NA
 1301448 1301449 APH_0305 APH_0306 pheT   FALSE 0.006 896.000 0.000 NA   NA
 1301450 1301451 APH_0307 APH_0308   rnpA TRUE 0.902 32.000 0.008 1.000 N NA
 1301451 1301452 APH_0308 APH_0309 rnpA rpmH TRUE 0.995 -9.000 0.825 1.000   NA
 1301453 1301454 APH_0310 APH_0311 ubiA   TRUE 0.972 21.000 0.019 1.000   NA
 1301454 1301455 APH_0311 APH_0312     FALSE 0.009 645.000 0.000 NA   NA
 1301455 1301456 APH_0312 APH_0313   pstB TRUE 0.937 6.000 0.000 NA   NA
 1301458 1301459 APH_0315 APH_0316 rpmF plsX TRUE 0.997 7.000 0.455 1.000 N NA
 1301459 1301460 APH_0316 APH_0317 plsX fabH TRUE 0.998 0.000 0.362 0.010 Y NA
 1301460 1301461 APH_0317 APH_0320 fabH   FALSE 0.006 1075.000 0.000 NA   NA
 1301463 1301464 APH_0322 APH_0323   dnaB TRUE 0.904 50.000 0.017 NA   NA
 1301467 1301468 APH_0326 APH_0327     FALSE 0.218 191.000 0.000 NA   NA
 1301468 1301469 APH_0327 APH_0328     FALSE 0.023 379.000 0.000 NA   NA
 1301469 1301470 APH_0328 APH_0329   ispA TRUE 0.993 4.000 0.026 NA   NA
 1301471 1301472 APH_0330 APH_0331   nrdA FALSE 0.205 196.000 0.000 NA   NA
 1301472 1301473 APH_0331 APH_0332 nrdA   TRUE 0.619 68.000 0.005 1.000 N NA
 1301473 1301474 APH_0332 APH_0333     FALSE 0.088 267.000 0.000 NA   NA
 1301480 1301481 APH_0339 APH_0340   tkt TRUE 0.963 32.000 0.025 1.000 N NA
 1301481 1301482 APH_0340 APH_0341 tkt   TRUE 0.988 25.000 0.125 NA   NA
 1301482 1301483 APH_0341 APH_0342     TRUE 0.997 7.000 0.275 NA   NA
 1301483 1301484 APH_0342 APH_0343     TRUE 0.894 -10.000 0.000 NA   NA
 1301484 1301485 APH_0343 APH_0344     FALSE 0.390 83.000 0.000 NA   NA
 1301485 1301486 APH_0344 APH_0345     TRUE 0.884 94.000 0.025 NA N NA
 1301486 1301487 APH_0345 APH_0346   dnaK FALSE 0.394 262.000 0.016 1.000 N NA
 1301487 1301488 APH_0346 APH_0347 dnaK   FALSE 0.232 223.000 0.000 NA N NA
 1301488 1301489 APH_0347 APH_0348     FALSE 0.013 787.000 0.000 NA N NA
 1301489 1301490 APH_0348 APH_0349   ffh TRUE 0.991 -7.000 0.039 1.000 N NA
 1301490 1301491 APH_0349 APH_0350 ffh era TRUE 0.589 75.000 0.010 0.023   NA
 1301491 1301492 APH_0350 APH_0351 era   TRUE 0.888 73.000 0.071 1.000   NA
 1301492 1301493 APH_0351 APH_0352     FALSE 0.048 2637.000 0.030 1.000   NA
 1301493 1301494 APH_0352 APH_0353     FALSE 0.002 311.000 0.000 0.032   NA
 1301494 1301495 APH_0353 APH_0354     FALSE 0.013 448.000 0.000 1.000 N NA
 1301495 1301496 APH_0354 APH_0355     TRUE 0.464 106.000 0.003 NA   NA
 1301496 1301497 APH_0355 APH_0356   priA FALSE 0.012 530.000 0.000 NA   NA
 1301497 1301498 APH_0356 APH_0357 priA   FALSE 0.365 103.000 0.000 NA   NA
 1301498 1301499 APH_0357 APH_0358     FALSE 0.328 132.000 0.000 NA   NA
 1301499 1301500 APH_0358 APH_0359   rpmB FALSE 0.008 700.000 0.000 NA   NA
 1301504 1301505 APH_0363 APH_0364   pccA FALSE 0.160 211.000 0.000 NA   NA
 1301505 1301506 APH_0364 APH_0365 pccA   TRUE 0.843 158.000 0.048 NA   NA
 1301506 1301507 APH_0365 APH_0366     TRUE 0.589 306.000 0.600 NA   NA
 1301507 1301508 APH_0366 APH_0367   lipA FALSE 0.021 400.000 0.000 NA   NA
 1301508 1301509 APH_0367 APH_0368 lipA   TRUE 0.721 33.000 0.000 NA   NA
 1301509 1301510 APH_0368 APH_0369     FALSE 0.249 173.000 0.000 NA   NA
 1301512 1301513 APH_0371 APH_0372 sodB virB3 TRUE 0.705 93.000 0.006 NA N NA
 1301513 1301514 APH_0372 APH_0373 virB3 virB4-1 TRUE 0.999 1.000 0.652 NA Y NA
 1301514 1301515 APH_0373 APH_0374 virB4-1 virB6 TRUE 0.998 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 1301515 1301516 APH_0374 APH_0375 virB6   TRUE 0.837 138.000 0.333 0.005   NA
 1301516 1301517 APH_0375 APH_0376     TRUE 0.992 13.000 0.333 0.005   NA
 1301517 1301518 APH_0376 APH_0377     TRUE 0.989 21.000 0.500 0.005   NA
 1301519 1301520 APH_0378 APH_0379   dut FALSE 0.006 1041.000 0.000 NA   NA
 1301520 1301521 APH_0379 APH_0380 dut ispH FALSE 0.028 520.000 0.006 1.000 N NA
 1301521 1301522 APH_0380 APH_0381 ispH carA FALSE 0.009 568.000 0.000 1.000 N NA
 1301523 1301524 APH_0382 APH_0383     FALSE 0.012 527.000 0.000 NA   NA
 1301526 1301527 APH_0385 APH_0386     TRUE 0.573 49.000 0.000 NA   NA
 1301527 1301528 APH_0386 APH_0387     FALSE 0.302 150.000 0.000 NA   NA
 1301528 1301529 APH_0387 APH_0388     FALSE 0.096 259.000 0.000 NA   NA
 1301529 1301530 APH_0388 APH_0389   gpmI TRUE 0.830 -34.000 0.000 NA   NA
 1301532 1301533 APH_0391 APH_0392     FALSE 0.288 158.000 0.000 NA   NA
 1301533 1301534 APH_0392 APH_0393   lpdA-2 TRUE 0.987 8.000 0.029 0.048   NA
 1301534 1301535 APH_0393 APH_0394 lpdA-2   TRUE 0.887 60.000 0.023 1.000 N NA
 1301535 1301536 APH_0394 APH_0395   infA TRUE 0.941 78.000 0.500 1.000 N NA
 1301536 1301537 APH_0395 APH_0396 infA maf TRUE 0.989 23.000 0.030 NA N NA
 1301537 1301538 APH_0396 APH_0397 maf rpsB TRUE 0.540 139.000 0.003 NA N NA
 1301538 1301539 APH_0397 APH_0398 rpsB tsf TRUE 0.993 36.000 0.815 1.000 Y NA
 1301539 1301540 APH_0398 APH_0399 tsf   FALSE 0.072 269.000 0.000 1.000 N NA
 1301540 1301541 APH_0399 APH_0400     FALSE 0.144 219.000 0.000 NA   NA
 1301541 1301542 APH_0400 APH_0401   petA FALSE 0.057 303.000 0.000 NA   NA
 1301542 1301543 APH_0401 APH_0402 petA petB TRUE 0.997 9.000 0.074 0.004 Y NA
 1301543 1301544 APH_0402 APH_0403 petB petC TRUE 0.998 2.000 0.361 0.004 Y NA
 1301544 1301545 APH_0403 APH_0404 petC   FALSE 0.007 753.000 0.000 NA   NA
 1301545 1301546 APH_0404 APH_0405     TRUE 0.451 66.000 0.000 NA   NA
 1301546 1301547 APH_0405 APH_0406     FALSE 0.006 1716.000 0.000 NA   NA
 1301547 1301548 APH_0406 APH_0407     FALSE 0.030 344.000 0.000 NA   NA
 1301552 1301553 APH_0411 APH_0412 mutM   TRUE 0.878 20.000 0.000 NA   NA
 1301553 1301554 APH_0412 APH_0413     FALSE 0.012 536.000 0.000 NA   NA
 1301556 1301557 APH_0415 APH_0416 pccB   TRUE 0.821 26.000 0.000 NA   NA
 1301558 1301559 APH_0417 APH_0418     FALSE 0.322 135.000 0.000 NA   NA
 1301559 1301560 APH_0418 APH_0419     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 1301560 1301561 APH_0419 APH_0420   prfA FALSE 0.011 571.000 0.000 NA   NA
 1301562 1301563 APH_0421 APH_0422   argB TRUE 0.984 -22.000 0.057 1.000   NA
 1301563 1301564 APH_0422 APH_0423 argB hemF FALSE 0.343 183.000 0.004 1.000 N NA
 1301564 1301565 APH_0423 APH_0424 hemF   FALSE 0.041 308.000 0.000 1.000 N NA
 1301565 1301566 APH_0424 APH_0425     FALSE 0.100 256.000 0.000 NA   NA
 1301566 1301567 APH_0425 APH_0426     FALSE 0.372 94.000 0.000 NA   NA
 1301569 1301570 APH_0428 APH_0429     FALSE 0.255 170.000 0.000 NA   NA
 1301570 1301571 APH_0429 APH_0430     FALSE 0.210 194.000 0.000 NA   NA
 1301573 1301574 APH_0432 APH_0433     FALSE 0.262 166.000 0.000 NA   NA
 1301574 1301575 APH_0433 APH_0434   nuoF FALSE 0.121 70.000 0.000 1.000   NA
 1301575 1301576 APH_0434 APH_0435 nuoF nuoJ FALSE 0.092 1232.000 0.023 0.009 Y NA
 1301576 1301577 APH_0435 APH_0436 nuoJ nuoK TRUE 0.988 44.000 0.631 0.009 Y NA
 1301577 1301578 APH_0436 APH_0437 nuoK nuoL TRUE 0.963 120.000 0.671 0.026 Y NA
 1301578 1301579 APH_0437 APH_0438 nuoL nuoM TRUE 0.997 -3.000 0.143 0.009 Y NA
 1301579 1301580 APH_0438 APH_0439 nuoM nuoN TRUE 0.997 2.000 0.079 0.009 Y NA
 1301580 1301581 APH_0439 APH_0440 nuoN dxr TRUE 0.702 97.000 0.009 1.000 N NA
 1301581 1301582 APH_0440 APH_0441 dxr   FALSE 0.416 161.000 0.004 NA   NA
 1301582 1301583 APH_0441 APH_0442   ispG TRUE 0.648 179.000 0.012 NA   NA
 1301583 1301584 APH_0442 APH_0443 ispG tatC TRUE 0.648 184.000 0.009 NA N NA
 1301584 1301585 APH_0443 APH_0444 tatC   FALSE 0.296 258.000 0.006 NA N NA
 1301585 1301586 APH_0444 APH_0445   nusA FALSE 0.369 240.000 0.007 NA N NA
 1301586 1301587 APH_0445 APH_0446 nusA infB TRUE 0.993 18.000 0.332 1.000 N NA
 1301587 1301588 APH_0446 APH_0447 infB rbfA TRUE 0.999 -3.000 0.609 1.000 Y NA
 1301589 1301590 APH_0448 APH_0449     FALSE 0.297 152.000 0.000 NA   NA
 1301591 1301592 APH_0450 APH_0451 clpA typA TRUE 0.499 83.000 0.003 1.000 N NA
 1301592 1301593 APH_0451 APH_0452 typA   FALSE 0.007 770.000 0.000 NA   NA
 1301593 1301594 APH_0452 APH_0453     FALSE 0.006 1219.000 0.000 NA   NA
 1301594 1301595 APH_0453 APH_0454     FALSE 0.012 527.000 0.000 NA   NA
 1301595 1301596 APH_0454 APH_0455     FALSE 0.431 74.000 0.000 NA   NA
 1301596 1301597 APH_0455 APH_0456     TRUE 0.439 70.000 0.000 NA   NA
 1301599 1301600 APH_0458 APH_0459     FALSE 0.006 1636.000 0.000 NA   NA
 1301600 1301601 APH_0459 APH_0460     TRUE 0.926 12.000 0.000 NA   NA
 1301602 1301603 APH_0461 APH_0462     FALSE 0.222 189.000 0.000 NA   NA
 1301603 1301604 APH_0462 APH_0463     FALSE 0.006 1098.000 0.000 NA   NA
 1301606 1301607 APH_0465 APH_0466 ssb   FALSE 0.272 164.000 0.000 NA   NA
 1301608 1301609 APH_0467 APH_0468     FALSE 0.335 127.000 0.000 NA   NA
 1301609 1301610 APH_0468 APH_0469     FALSE 0.004 376.000 0.000 1.000   NA
 1301610 1301611 APH_0469 APH_0470   gatB TRUE 0.918 26.000 0.009 1.000   NA
 1301611 1301612 APH_0470 APH_0471 gatB   FALSE 0.067 281.000 0.000 1.000 N NA
 1301612 1301613 APH_0471 APH_0472     FALSE 0.007 861.000 0.000 NA   NA
 1301613 1301614 APH_0472 APH_0473   fabI TRUE 0.619 45.000 0.000 NA   NA
 1301614 1301615 APH_0473 APH_0474 fabI dnaA FALSE 0.131 216.000 0.000 1.000 N NA
 1301615 1301616 APH_0474 APH_0475 dnaA   TRUE 0.856 23.000 0.000 NA   NA
 1301616 1301617 APH_0475 APH_0476     TRUE 0.929 0.000 0.000 NA   NA
 1301618 1301619 APH_0477 APH_0478     FALSE 0.222 189.000 0.000 NA   NA
 1301619 1301620 APH_0478 APH_0479   prfB FALSE 0.006 1098.000 0.000 NA   NA
 1301620 1301621 APH_0479 APH_0480 prfB   FALSE 0.189 201.000 0.000 NA   NA
 1301622 1301623 APH_0481 APH_0482   bioA TRUE 0.494 63.000 0.006 1.000   NA
 1301623 1301624 APH_0482 APH_0483 bioA   FALSE 0.013 514.000 0.000 NA   NA
 1301624 1301625 APH_0483 APH_0484     FALSE 0.103 255.000 0.000 NA   NA
 1301627 1301628 APH_0486 APH_0487     FALSE 0.006 960.000 0.000 NA   NA
 1301628 1301629 APH_0487 APH_0488     TRUE 0.611 46.000 0.000 NA   NA
 1301629 1301630 APH_0488 APH_0489     FALSE 0.006 1234.000 0.000 NA   NA
 1301633 1301634 APH_0492 APH_0493   atpC TRUE 0.977 -3.000 0.008 1.000 N NA
 1301634 1301635 APH_0493 APH_0494 atpC atpD TRUE 0.935 92.000 0.046 0.011 Y NA
 1301635 1301636 APH_0494 APH_0495 atpD   FALSE 0.367 102.000 0.000 NA   NA
 1301637 1301638 APH_0496 APH_0497 mgtE   FALSE 0.006 1570.000 0.000 NA   NA
 1301639 1301640 APH_0498 APH_0499     FALSE 0.014 471.000 0.000 NA   NA
 1301640 1301641 APH_0499 APH_0501     FALSE 0.008 745.000 0.000 NA   NA
 1301641 1301642 APH_0501 APH_0502   truA FALSE 0.033 340.000 0.000 NA   NA
 1301642 1301643 APH_0502 APH_0503 truA pyrB TRUE 0.978 -3.000 0.008 1.000 N NA
 1301643 1301644 APH_0503 APH_0504 pyrB rrmJ TRUE 0.454 149.000 0.000 NA N NA
 1301644 1301645 APH_0504 APH_0505 rrmJ xth FALSE 0.016 645.000 0.000 NA N NA
 1301645 1301646 APH_0505 APH_0506 xth   FALSE 0.033 340.000 0.000 NA   NA
 1301647 1301648 APH_0507 APH_0508   rpmJ TRUE 0.778 29.000 0.000 NA   NA
 1301648 1301649 APH_0508 APH_0509 rpmJ   FALSE 0.139 222.000 0.000 NA   NA
 1301649 1301650 APH_0509 APH_0510     FALSE 0.010 584.000 0.000 NA   NA
 1301650 1301651 APH_0510 APH_0511     FALSE 0.267 165.000 0.000 NA   NA
 1301652 1301653 APH_0512 APH_0513     FALSE 0.006 1102.000 0.000 NA   NA
 1301653 1301654 APH_0513 APH_0514   rpoZ TRUE 0.686 150.000 0.010 NA   NA
 1301654 1301655 APH_0514 APH_0515 rpoZ   FALSE 0.001 376.000 0.000 0.039   NA
 1301658 1301659 APH_0518 APH_0519   nuoA FALSE 0.033 340.000 0.000 NA   NA
 1301659 1301660 APH_0519 APH_0520 nuoA nuoB TRUE 0.998 3.000 0.551 0.008 Y NA
 1301660 1301661 APH_0520 APH_0521 nuoB nuoC TRUE 0.997 2.000 0.045 0.008 Y NA
 1301663 1301664 APH_0523 APH_0524   surE FALSE 0.006 1241.000 0.000 NA   NA
 1301664 1301665 APH_0524 APH_0525 surE   TRUE 0.904 16.000 0.000 NA   NA
 1301665 1301666 APH_0525 APH_0526   ccmE TRUE 0.876 -16.000 0.000 NA   NA
 1301667 1301668 APH_0527 APH_0528 pyrF   TRUE 0.930 -34.000 0.003 NA N NA
 1301669 1301670 APH_0529 APH_0530     FALSE 0.239 178.000 0.000 NA   NA
 1301671 1301672 APH_0531 APH_0532     FALSE 0.010 598.000 0.000 NA   NA
 1301672 1301673 APH_0532 APH_0533     TRUE 0.664 37.000 0.000 NA   NA
 1301673 1301674 APH_0533 APH_0534   leuS TRUE 0.778 29.000 0.000 NA   NA
 1301676 1301677 APH_0537 APH_0538 uvrA nusB TRUE 0.837 29.000 0.003 1.000 N NA
 1301677 1301678 APH_0538 APH_0539 nusB ribH TRUE 0.997 2.000 0.467 1.000 N NA
 1301678 1301679 APH_0539 APH_0540 ribH   TRUE 0.985 13.000 0.015 1.000 N NA
 1301680 1301681 APH_0541 APH_0542     FALSE 0.132 230.000 0.000 NA   NA
 1301682 1301683 APH_0543 APH_0544 pssA   TRUE 0.965 114.000 0.371 1.000 Y NA
 1301683 1301684 APH_0544 APH_0545     FALSE 0.007 641.000 0.000 1.000 N NA
 1301684 1301685 APH_0545 APH_0546     FALSE 0.012 532.000 0.000 NA   NA
 1301686 1301687 APH_0547 APH_0548 efp   TRUE 0.995 3.000 0.067 1.000 N NA
 1301687 1301688 APH_0548 APH_0549   rluC TRUE 0.804 36.000 0.005 1.000 N NA
 1301688 1301689 APH_0549 APH_0550 rluC   TRUE 0.573 49.000 0.000 NA   NA
 1301690 1301691 APH_0551 APH_0552     TRUE 0.733 159.000 0.017 1.000 N NA
 1301691 1301692 APH_0552 APH_0553     TRUE 0.990 -7.000 0.017 NA N NA
 1301693 1301694 APH_0554 APH_0555   cysS TRUE 0.971 -3.000 0.007 NA   NA
 1301694 1301695 APH_0555 APH_0556 cysS   TRUE 0.547 52.000 0.000 NA   NA
 1301697 1301698 APH_0558 APH_0559     TRUE 0.889 18.000 0.000 NA   NA
 1301698 1301699 APH_0559 APH_0560   nrdB FALSE 0.009 652.000 0.000 NA   NA
 1301699 1301700 APH_0560 APH_0561 nrdB   TRUE 0.924 -49.000 0.009 1.000   NA
 1301703 1301704 APH_0564 APH_0565     FALSE 0.165 210.000 0.000 NA   NA
 1301706 1301707 APH_0567 APH_0568     FALSE 0.012 530.000 0.000 NA   NA
 1301708 1301709 APH_0569 APH_0570     TRUE 0.475 61.000 0.000 NA   NA
 1301709 1301710 APH_0570 APH_0571   dnaG FALSE 0.007 785.000 0.000 NA   NA
 1301714 1301715 APH_0575 APH_0576   rpoD FALSE 0.127 217.000 0.000 1.000 N NA
 1301716 1301717 APH_0577 APH_0578     FALSE 0.009 638.000 0.000 NA   NA
 1301718 1301719 APH_0579 APH_0580     TRUE 0.809 27.000 0.000 NA   NA
 1301720 1301721 APH_0581 APH_0582 cutA   TRUE 0.904 48.000 0.017 1.000 N NA
 1301721 1301722 APH_0582 APH_0583     FALSE 0.010 600.000 0.000 NA   NA
 1301722 1301723 APH_0583 APH_0584     FALSE 0.009 637.000 0.000 NA   NA
 1301724 1301725 APH_0585 APH_0586     FALSE 0.006 1413.000 0.000 NA   NA
 1301725 1301726 APH_0586 APH_0587     TRUE 0.848 -28.000 0.000 NA   NA
 1301726 1301727 APH_0587 APH_0588     TRUE 0.596 47.000 0.000 NA   NA
 1301727 1301728 APH_0588 APH_0589     FALSE 0.010 589.000 0.000 NA   NA
 1301728 1301729 APH_0589 APH_0590     FALSE 0.094 260.000 0.000 NA   NA
 1301729 1301730 APH_0590 APH_0591     TRUE 0.721 33.000 0.000 NA   NA
 1301730 1301731 APH_0591 APH_0592     TRUE 0.721 33.000 0.000 NA   NA
 1301731 1301732 APH_0592 APH_0593     FALSE 0.276 161.000 0.000 NA   NA
 1301734 1301735 APH_0595 APH_0596     TRUE 0.778 29.000 0.000 NA   NA
 1301735 1301736 APH_0596 APH_0597   topA FALSE 0.020 411.000 0.000 NA   NA
 1301737 1301738 APH_0598 APH_0599     FALSE 0.006 2231.000 0.000 NA   NA
 1301738 1301739 APH_0599 APH_0600   thiC FALSE 0.011 547.000 0.000 NA   NA
 1301739 1301740 APH_0600 APH_0601 thiC   FALSE 0.006 2353.000 0.000 NA   NA
 1301742 1301743 APH_0603 APH_0604     FALSE 0.028 353.000 0.000 NA   NA
 1301743 1301744 APH_0604 APH_0605     FALSE 0.295 153.000 0.000 NA   NA
 1301744 1301745 APH_0605 APH_0606   ubiG FALSE 0.008 697.000 0.000 NA   NA
 1301745 1301746 APH_0606 APH_0607 ubiG lysS TRUE 0.455 56.000 0.000 1.000 N NA
 1301746 1301747 APH_0607 APH_0608 lysS   FALSE 0.004 377.000 0.000 1.000   NA
 1301747 1301748 APH_0608 APH_0609     FALSE 0.072 289.000 0.000 NA   NA
 1301748 1301749 APH_0609 APH_0610     FALSE 0.006 1689.000 0.000 NA   NA
 1301749 1301750 APH_0610 APH_0611     TRUE 0.958 18.000 0.003 NA N NA
 1301750 1301751 APH_0611 APH_0612     TRUE 0.976 168.000 1.000 NA Y NA
 1301751 1301752 APH_0612 APH_0613     TRUE 0.582 48.000 0.000 NA   NA
 1301755 1301756 APH_0616 APH_0617     TRUE 0.659 38.000 0.000 NA   NA
 1301756 1301757 APH_0617 APH_0618     FALSE 0.196 198.000 0.000 NA   NA
 1301757 1301758 APH_0618 APH_0619     FALSE 0.006 1265.000 0.000 NA   NA
 1301758 1301759 APH_0619 APH_0620     FALSE 0.018 428.000 0.000 NA   NA
 1301760 1301761 APH_0621 APH_0622   ksgA FALSE 0.060 301.000 0.000 NA   NA
 1301762 1301763 APH_0623 APH_0624   tpiA TRUE 0.815 -57.000 0.000 NA   NA
 1301763 1301764 APH_0624 APH_0625 tpiA   TRUE 0.922 59.000 0.042 NA   NA
 1301764 1301765 APH_0625 APH_0626     TRUE 0.985 2.000 0.009 NA   NA
 1301767 1301768 APH_0628 APH_0629 folB mdh TRUE 0.840 69.000 0.017 1.000 N NA
 1301768 1301769 APH_0629 APH_0630 mdh   FALSE 0.076 285.000 0.000 NA   NA
 1301769 1301770 APH_0630 APH_0631     FALSE 0.015 458.000 0.000 NA   NA
 1301772 1301773 APH_0633 APH_0634     TRUE 0.897 17.000 0.000 NA   NA
 1301773 1301774 APH_0634 APH_0635     TRUE 0.996 -3.000 0.357 NA   NA
 1301774 1301775 APH_0635 APH_0636     TRUE 0.996 -19.000 1.000 NA   NA
 1301777 1301778 APH_0638 APH_0639     FALSE 0.026 363.000 0.000 NA   NA
 1301778 1301779 APH_0639 APH_0640     FALSE 0.007 2407.000 0.000 NA   NA
 1301780 1301781 APH_0641 APH_0642   rpiB FALSE 0.006 2162.000 0.000 NA   NA
 1301782 1301783 APH_0643 APH_0644     FALSE 0.006 1269.000 0.000 NA   NA
 1301784 1301785 APH_0645 APH_0646   acpS FALSE 0.367 102.000 0.000 NA   NA
 1301785 1301786 APH_0646 APH_0647 acpS proS TRUE 0.987 -3.000 0.015 1.000 N NA
 1301786 1301787 APH_0647 APH_0648 proS   FALSE 0.007 775.000 0.000 NA   NA
 1301787 1301788 APH_0648 APH_0649     TRUE 0.799 28.000 0.000 NA   NA
 1301789 1301790 APH_0650 APH_0651 coaD   TRUE 0.522 54.000 0.000 NA   NA
 1301790 1301791 APH_0651 APH_0652     FALSE 0.361 107.000 0.000 NA   NA
 1301791 1301792 APH_0652 APH_0653     FALSE 0.284 159.000 0.000 NA   NA
 1301792 1301793 APH_0653 APH_0654     TRUE 0.854 -27.000 0.000 NA   NA
 1301793 1301794 APH_0654 APH_0655     TRUE 0.900 -9.000 0.000 NA   NA
 1301794 1301795 APH_0655 APH_0656     TRUE 0.778 29.000 0.000 NA   NA
 1301795 1301796 APH_0656 APH_0657     FALSE 0.310 146.000 0.000 NA   NA
 1301797 1301798 APH_0658 APH_0659 trxB   TRUE 0.998 6.000 0.032 1.000 Y NA
 1301799 1301800 APH_0660 APH_0661 aspC   FALSE 0.040 323.000 0.000 NA   NA
 1301800 1301801 APH_0661 APH_0662   p44-70 FALSE 0.010 579.000 0.000 NA   NA
 1301801 1301802 APH_0662 APH_0663 p44-70 p44-71 TRUE 0.482 60.000 0.000 NA   NA
 1301802 1301803 APH_0663 APH_0664 p44-71 p44-72 TRUE 0.460 64.000 0.000 NA   NA
 1301803 1301804 APH_0664 APH_0665 p44-72   FALSE 0.007 798.000 0.000 NA   NA
 1301805 1301806 APH_0666 APH_0667     FALSE 0.006 1012.000 0.000 NA   NA
 1301806 1301807 APH_0667 APH_0668   fabG FALSE 0.299 151.000 0.000 NA   NA
 1301809 1301810 APH_0670 APH_0671     TRUE 0.848 -28.000 0.000 NA   NA
 1301811 1301812 APH_0672 APH_0673     FALSE 0.364 104.000 0.000 NA   NA
 1301812 1301813 APH_0673 APH_0674   iscS TRUE 0.918 29.000 0.000 0.002 Y NA
 1301813 1301814 APH_0674 APH_0675 iscS iscU TRUE 0.992 16.000 0.068 1.000 N NA
 1301814 1301815 APH_0675 APH_0676 iscU   TRUE 0.987 26.000 0.137 NA   NA
 1301815 1301816 APH_0676 APH_0677   hscB TRUE 0.994 -7.000 0.081 NA   NA
 1301816 1301817 APH_0677 APH_0678 hscB hscA TRUE 0.997 -9.000 0.878 NA   NA
 1301817 1301818 APH_0678 APH_0679 hscA   TRUE 0.959 55.000 0.109 NA N NA
 1301818 1301819 APH_0679 APH_0680     TRUE 0.975 30.000 0.038 NA   NA
 1301820 1301821 APH_0681 APH_0682     TRUE 0.830 -34.000 0.000 NA   NA
 1301821 1301822 APH_0682 APH_0683     FALSE 0.008 707.000 0.000 NA   NA
 1301822 1301823 APH_0683 APH_0684     FALSE 0.044 314.000 0.000 NA   NA
 1301824 1301825 APH_0685 APH_0686     FALSE 0.307 148.000 0.000 NA   NA
 1301825 1301826 APH_0686 APH_0687     FALSE 0.045 312.000 0.000 NA   NA
 1301826 1301827 APH_0687 APH_0688     FALSE 0.006 1726.000 0.000 NA   NA
 1301827 1301828 APH_0688 APH_0689     FALSE 0.006 1219.000 0.000 NA   NA
 1301828 1301829 APH_0689 APH_0690   mraW FALSE 0.008 665.000 0.000 NA   NA
 1301829 1301830 APH_0690 APH_0691 mraW   FALSE 0.006 1840.000 0.000 NA   NA
 1301830 1301831 APH_0691 APH_0692     FALSE 0.307 148.000 0.000 NA   NA
 1301832 1301833 APH_0693 APH_0694     FALSE 0.002 521.000 0.000 1.000   NA
 1301833 1301834 APH_0694 APH_0695   eno TRUE 0.985 5.000 0.015 1.000   NA
 1301834 1301835 APH_0695 APH_0696 eno   FALSE 0.109 251.000 0.000 NA   NA
 1301836 1301837 APH_0697 APH_0698 rplU rpmA TRUE 0.999 4.000 0.710 0.041 Y NA
 1301837 1301838 APH_0698 APH_0699 rpmA   TRUE 0.937 4.000 0.000 NA   NA
 1301838 1301839 APH_0699 APH_0700   argS FALSE 0.006 1366.000 0.000 NA   NA
 1301839 1301840 APH_0700 APH_0701 argS   FALSE 0.020 414.000 0.000 NA   NA
 1301841 1301842 APH_0702 APH_0703     FALSE 0.009 632.000 0.000 NA   NA
 1301842 1301843 APH_0703 APH_0704     TRUE 0.739 32.000 0.000 NA   NA
 1301843 1301844 APH_0704 APH_0705   pmbA FALSE 0.171 209.000 0.000 NA   NA
 1301844 1301845 APH_0705 APH_0706 pmbA folE TRUE 0.989 10.000 0.015 NA   NA
 1301845 1301846 APH_0706 APH_0707 folE atpG TRUE 0.980 5.000 0.008 1.000 N NA
 1301846 1301847 APH_0707 APH_0708 atpG   FALSE 0.008 745.000 0.000 NA   NA
 1301849 1301850 APH_0710 APH_0711   nuoH FALSE 0.115 248.000 0.000 NA   NA
 1301850 1301851 APH_0711 APH_0712 nuoH nuoG TRUE 0.984 47.000 0.488 0.021 Y NA
 1301851 1301852 APH_0712 APH_0713 nuoG   TRUE 0.994 10.000 0.032 NA   NA
 1301852 1301853 APH_0713 APH_0714     TRUE 0.596 47.000 0.000 NA   NA
 1301853 1301854 APH_0714 APH_0715     TRUE 0.749 31.000 0.000 NA   NA
 1301854 1301855 APH_0715 APH_0716   gyrB TRUE 0.460 64.000 0.000 NA   NA
 1301855 1301856 APH_0716 APH_0717 gyrB   FALSE 0.009 624.000 0.000 NA   NA
 1301856 1301857 APH_0717 APH_0718     TRUE 0.882 19.000 0.000 NA   NA
 1301857 1301858 APH_0718 APH_0719     TRUE 0.558 51.000 0.000 NA   NA
 1301858 1301859 APH_0719 APH_0720     FALSE 0.010 591.000 0.000 NA   NA
 1301859 1301860 APH_0720 APH_0721     FALSE 0.006 1301.000 0.000 NA   NA
 1301860 1301861 APH_0721 APH_0722     TRUE 0.894 -10.000 0.000 NA   NA
 1301861 1301862 APH_0722 APH_0723     FALSE 0.022 388.000 0.000 NA   NA
 1301862 1301863 APH_0723 APH_0724     FALSE 0.331 130.000 0.000 NA   NA
 1301863 1301864 APH_0724 APH_0725     FALSE 0.036 331.000 0.000 NA   NA
 1301865 1301866 APH_0726 APH_0727     FALSE 0.008 715.000 0.000 NA   NA
 1301869 1301870 APH_0730 APH_0731 dnaQ nuoE TRUE 0.954 -10.000 0.007 1.000 N NA
 1301870 1301871 APH_0731 APH_0732 nuoE nuoD TRUE 0.998 -3.000 0.632 0.008 Y NA
 1301871 1301872 APH_0732 APH_0733 nuoD   FALSE 0.027 357.000 0.000 NA   NA
 1301873 1301874 APH_0734 APH_0735   thiL FALSE 0.006 805.000 0.000 1.000 N NA
 1301874 1301875 APH_0735 APH_0736 thiL   FALSE 0.029 337.000 0.000 1.000 N NA
 1301875 1301876 APH_0736 APH_0737     FALSE 0.241 217.000 0.003 NA   NA
 1301877 1301878 APH_0738 APH_0739     FALSE 0.006 1010.000 0.000 NA   NA
 1301878 1301879 APH_0739 APH_0740   ank FALSE 0.219 190.000 0.000 NA   NA
 1301879 1301880 APH_0740 APH_0741 ank   FALSE 0.011 548.000 0.000 NA   NA
 1301880 1301881 APH_0741 APH_0742     FALSE 0.043 315.000 0.000 NA   NA
 1301881 1301882 APH_0742 APH_0743     FALSE 0.427 75.000 0.000 NA   NA
 1301882 1301883 APH_0743 APH_0744     TRUE 0.721 33.000 0.000 NA   NA
 1301883 1301884 APH_0744 APH_0745   murB FALSE 0.084 273.000 0.000 NA   NA
 1301884 1301885 APH_0745 APH_0746 murB hemC TRUE 0.956 -25.000 0.008 1.000 N NA
 1301885 1301886 APH_0746 APH_0747 hemC folC TRUE 0.617 197.000 0.003 1.000 Y NA
 1301889 1301890 APH_0750 APH_0751     TRUE 0.821 26.000 0.000 NA   NA
 1301894 1301895 APH_0755 APH_0756     FALSE 0.014 479.000 0.000 NA   NA
 1301895 1301896 APH_0756 APH_0757     TRUE 0.501 56.000 0.000 NA   NA
 1301896 1301897 APH_0757 APH_0758     FALSE 0.207 195.000 0.000 NA   NA
 1301898 1301899 APH_0759 APH_0760 rpoH   FALSE 0.036 331.000 0.000 NA   NA
 1301899 1301900 APH_0760 APH_0761     TRUE 0.611 46.000 0.000 NA   NA
 1301900 1301901 APH_0761 APH_0762     FALSE 0.006 1100.000 0.000 NA   NA
 1301901 1301902 APH_0762 APH_0763     FALSE 0.202 197.000 0.000 NA   NA
 1301902 1301903 APH_0763 APH_0764     FALSE 0.008 714.000 0.000 NA   NA
 1301903 1301904 APH_0764 APH_0765   lepA FALSE 0.378 89.000 0.000 NA   NA
 1301904 1301905 APH_0765 APH_0766 lepA   FALSE 0.177 216.000 0.006 1.000   NA
 1301905 1301906 APH_0766 APH_0767   pnp TRUE 0.972 6.000 0.008 1.000   NA
 1301906 1301907 APH_0767 APH_0768 pnp rpsO TRUE 0.979 56.000 0.306 1.000 Y NA
 1301907 1301908 APH_0768 APH_0769 rpsO truB TRUE 0.990 35.000 0.223 1.000 Y NA
 1301910 1301911 APH_0771 APH_0772     TRUE 0.911 15.000 0.000 NA   NA
 1301911 1301912 APH_0772 APH_0773     TRUE 0.854 -27.000 0.000 NA   NA
 1301912 1301913 APH_0773 APH_0774     TRUE 0.821 26.000 0.000 NA   NA
 1301913 1301914 APH_0774 APH_0775     FALSE 0.267 165.000 0.000 NA   NA
 1301914 1301915 APH_0775 APH_0776     FALSE 0.202 197.000 0.000 NA   NA
 1301915 1301916 APH_0776 APH_0777     TRUE 0.447 68.000 0.000 NA   NA
 1301917 1301918 APH_0778 APH_0779     TRUE 0.631 43.000 0.000 NA   NA
 1301920 1301921 APH_0781 APH_0782     FALSE 0.228 187.000 0.000 NA   NA
 1301921 1301922 APH_0782 APH_0783     TRUE 0.976 -12.000 0.010 NA   NA
 1301922 1301923 APH_0783 APH_0784   hup FALSE 0.046 193.000 0.000 1.000   NA
 1301923 1301924 APH_0784 APH_0785 hup   FALSE 0.376 92.000 0.000 NA   NA
 1301924 1301925 APH_0785 APH_0786     FALSE 0.360 109.000 0.000 NA   NA
 1301925 1301926 APH_0786 APH_0787     FALSE 0.008 665.000 0.000 NA   NA
 1301929 1301930 APH_0790 APH_0791 pdxJ   TRUE 0.518 229.000 0.005 1.000 Y NA
 1301932 1301933 APH_0793 APH_0794     FALSE 0.006 1370.000 0.000 NA   NA
 1301933 1301934 APH_0794 APH_0795     TRUE 0.956 28.000 0.011 NA   NA
 1301938 1301939 APH_0799 APH_0800     FALSE 0.017 430.000 0.000 NA   NA
 1301939 1301940 APH_0800 APH_0801   nuoI FALSE 0.026 363.000 0.000 NA   NA
 1301940 1301941 APH_0801 APH_0802 nuoI lepB TRUE 0.993 2.000 0.029 1.000 N NA
 1301941 1301942 APH_0802 APH_0803 lepB   TRUE 0.979 23.000 0.018 NA   NA
 1301942 1301943 APH_0803 APH_0804     FALSE 0.006 1247.000 0.000 NA   NA
 1301944 1301945 APH_0805 APH_0806     TRUE 0.904 16.000 0.000 NA   NA
 1301945 1301946 APH_0806 APH_0807     FALSE 0.295 153.000 0.000 NA   NA
 1301946 1301947 APH_0807 APH_0808     FALSE 0.006 1112.000 0.000 NA   NA
 1301948 1301949 APH_0809 APH_0810     FALSE 0.017 434.000 0.000 NA   NA
 1301950 1301951 APH_0811 APH_0812     FALSE 0.006 1700.000 0.000 NA   NA
 1301951 1301952 APH_0812 APH_0813     FALSE 0.321 136.000 0.000 NA   NA
 1301952 1301953 APH_0813 APH_0814     TRUE 0.980 5.000 0.008 1.000 N NA
 1301953 1301954 APH_0814 APH_0815     FALSE 0.021 400.000 0.000 NA   NA
 1301954 1301955 APH_0815 APH_0816     FALSE 0.367 102.000 0.000 NA   NA
 1301955 1301956 APH_0816 APH_0817     FALSE 0.016 447.000 0.000 NA   NA
 1301958 1301959 APH_0819 APH_0820     FALSE 0.177 206.000 0.000 NA   NA
 1301960 1301961 APH_0821 APH_0822     TRUE 0.876 -16.000 0.000 NA   NA
 1301961 1301962 APH_0822 APH_0823     FALSE 0.401 80.000 0.000 NA   NA
 1301962 1301963 APH_0823 APH_0824     FALSE 0.128 233.000 0.000 NA   NA
 1301963 1301964 APH_0824 APH_0825     FALSE 0.038 328.000 0.000 NA   NA
 1301965 1301966 APH_0826 APH_0827     FALSE 0.006 1115.000 0.000 NA   NA
 1301969 1301970 APH_0830 APH_0831     FALSE 0.319 139.000 0.000 NA   NA
 1301971 1301972 APH_0832 APH_0833     FALSE 0.078 283.000 0.000 NA   NA
 1301972 1301973 APH_0833 APH_0834     TRUE 0.929 0.000 0.000 NA   NA
 1301973 1301974 APH_0834 APH_0835     TRUE 0.854 -27.000 0.000 NA   NA
 1301974 1301975 APH_0835 APH_0836     TRUE 0.911 15.000 0.000 NA   NA
 1301975 1301976 APH_0836 APH_0837     FALSE 0.068 292.000 0.000 NA   NA
 1301976 1301977 APH_0837 APH_0838     FALSE 0.006 999.000 0.000 NA   NA
 1301977 1301978 APH_0838 APH_0839     FALSE 0.007 791.000 0.000 NA   NA
 1301978 1301979 APH_0839 APH_0840     TRUE 0.596 47.000 0.000 NA   NA
 1301981 1301982 APH_0842 APH_0843     FALSE 0.065 295.000 0.000 NA   NA
 1301982 1301983 APH_0843 APH_0844     FALSE 0.006 892.000 0.000 NA   NA
 1301984 1301985 APH_0845 APH_0846     FALSE 0.012 535.000 0.000 NA   NA
 1301987 1301988 APH_0848 APH_0849     TRUE 0.876 170.000 0.333 NA   NA
 1301988 1301989 APH_0849 APH_0850     FALSE 0.113 249.000 0.000 NA   NA
 1301990 1301991 APH_0851 APH_0852 hemB   TRUE 0.990 0.000 0.006 1.000 Y NA
 1301994 1301995 APH_0855 APH_0856     FALSE 0.007 833.000 0.000 NA   NA
 1301995 1301996 APH_0856 APH_0857   mutS FALSE 0.171 209.000 0.000 NA   NA
 1301996 1301997 APH_0857 APH_0858 mutS   FALSE 0.310 146.000 0.000 NA   NA
 1301998 1301999 APH_0859 APH_0860     TRUE 0.934 2.000 0.000 NA   NA
 1301999 1302000 APH_0860 APH_0861     FALSE 0.006 993.000 0.000 NA   NA
 1302001 1302002 APH_0862 APH_0863   sucA FALSE 0.007 762.000 0.000 NA   NA
 1302002 1302003 APH_0863 APH_0864 sucA   TRUE 0.701 10.000 0.000 1.000   NA
 1302003 1302004 APH_0864 APH_0865     FALSE 0.031 342.000 0.000 NA   NA
 1302005 1302006 APH_0866 APH_0867   purB TRUE 0.876 -16.000 0.000 NA   NA
 1302009 1302010 APH_0870 APH_0871     FALSE 0.368 99.000 0.000 NA   NA
 1302012 1302013 APH_0873 APH_0874     TRUE 0.933 9.000 0.000 NA   NA
 1302013 1302014 APH_0874 APH_0875     FALSE 0.006 1216.000 0.000 NA   NA
 1302014 1302015 APH_0875 APH_0876     FALSE 0.007 833.000 0.000 NA   NA
 1302015 1302016 APH_0876 APH_0877     FALSE 0.007 750.000 0.000 NA   NA
 1302017 1302018 APH_0878 APH_0879     FALSE 0.006 1118.000 0.000 NA   NA
 1302019 1302020 APH_0880 APH_0881 miaB   FALSE 0.006 1073.000 0.000 NA   NA
 1302020 1302021 APH_0881 APH_0882     FALSE 0.009 645.000 0.000 NA   NA
 1302021 1302022 APH_0882 APH_0883     FALSE 0.414 77.000 0.000 NA   NA
 1302023 1302024 APH_0884 APH_0885 uvrC   FALSE 0.006 1227.000 0.000 NA   NA
 1302025 1302026 APH_0886 APH_0887     FALSE 0.018 423.000 0.000 NA   NA
 1302026 1302027 APH_0887 APH_0888     FALSE 0.118 246.000 0.000 NA   NA
 1302028 1302029 APH_0889 APH_0890     FALSE 0.006 1324.000 0.000 NA   NA
 1302030 1302031 APH_0891 APH_0892     TRUE 0.652 39.000 0.000 NA   NA
 1302031 1302032 APH_0892 APH_0893   htpG FALSE 0.007 770.000 0.000 NA   NA
 1302032 1302033 APH_0893 APH_0894 htpG   TRUE 0.815 87.000 0.017 NA   NA
 1302035 1302036 APH_0896 APH_0897   nth FALSE 0.339 126.000 0.000 NA   NA
 1302036 1302037 APH_0897 APH_0898 nth   FALSE 0.019 419.000 0.000 NA   NA
 1302037 1302038 APH_0898 APH_0899   gyrA FALSE 0.037 330.000 0.000 NA   NA
 1302038 1302039 APH_0899 APH_0901 gyrA   FALSE 0.006 1197.000 0.000 NA   NA
 1302040 1302041 APH_0903 APH_0904     FALSE 0.027 354.000 0.000 NA   NA
 1302041 1302042 APH_0904 APH_0905     FALSE 0.239 178.000 0.000 NA   NA
 1302042 1302043 APH_0905 APH_0906     FALSE 0.006 1867.000 0.000 NA   NA
 1302045 1302046 APH_0908 APH_0909     TRUE 0.434 73.000 0.000 NA   NA
 1302046 1302047 APH_0909 APH_0910   trmU FALSE 0.038 408.000 0.000 NA N NA
 1302048 1302049 APH_0911 APH_0912     FALSE 0.037 330.000 0.000 NA   NA
 1302049 1302050 APH_0912 APH_0913     TRUE 0.904 16.000 0.000 NA   NA
 1302051 1302052 APH_0914 APH_0915     FALSE 0.006 883.000 0.000 NA   NA
 1302052 1302053 APH_0915 APH_0916     FALSE 0.008 746.000 0.000 NA   NA
 1302055 1302056 APH_0918 APH_0919     FALSE 0.014 487.000 0.000 NA   NA
 1302056 1302057 APH_0919 APH_0920     FALSE 0.006 946.000 0.000 NA   NA
 1302058 1302059 APH_0921 APH_0922     FALSE 0.008 735.000 0.000 NA   NA
 1302059 1302060 APH_0922 APH_0923     FALSE 0.144 219.000 0.000 NA   NA
 1302060 1302061 APH_0923 APH_0924     TRUE 0.853 144.000 0.045 NA   NA
 1302062 1302063 APH_0925 APH_0926 rpmG   TRUE 0.919 13.000 0.000 NA   NA
 1302064 1302065 APH_0927 APH_0928     TRUE 0.894 -10.000 0.000 NA   NA
 1302066 1302067 APH_0929 APH_0930   fabF TRUE 0.937 130.000 0.045 1.000 Y NA
 1302067 1302068 APH_0930 APH_0931 fabF   FALSE 0.356 113.000 0.000 NA   NA
 1302074 1302075 APH_0940 APH_0941 tolQ   FALSE 0.062 299.000 0.000 NA   NA
 1302075 1302076 APH_0941 APH_0942     TRUE 0.454 65.000 0.000 NA   NA
 1302077 1302078 APH_0943 APH_0944     FALSE 0.010 621.000 0.000 NA   NA
 1302079 1302080 APH_0945 APH_0946 argD   FALSE 0.017 433.000 0.000 NA   NA
 1302081 1302082 APH_0947 APH_0948     FALSE 0.125 234.000 0.000 NA   NA
 1302083 1302084 APH_0949 APH_0950     FALSE 0.018 429.000 0.000 NA   NA
 1302084 1302085 APH_0950 APH_0952     FALSE 0.007 791.000 0.000 NA   NA
 1302086 1302087 APH_0954 APH_0955     FALSE 0.132 230.000 0.000 NA   NA
 1302087 1302088 APH_0955 APH_0956     TRUE 0.643 219.000 0.076 1.000   NA
 1302089 1302090 APH_0957 APH_0958     FALSE 0.010 572.000 0.000 NA   NA
 1302090 1302091 APH_0958 APH_0959     FALSE 0.042 317.000 0.000 NA   NA
 1302092 1302093 APH_0960 APH_0961 thiE   FALSE 0.009 627.000 0.000 NA   NA
 1302093 1302094 APH_0961 APH_0962     TRUE 0.539 148.000 0.007 NA   NA
 1302094 1302095 APH_0962 APH_0963     TRUE 0.721 33.000 0.000 NA   NA
 1302095 1302096 APH_0963 APH_0964     FALSE 0.235 180.000 0.000 NA   NA
 1302096 1302097 APH_0964 APH_0965   fmt FALSE 0.141 60.000 0.000 1.000   NA
 1302097 1302098 APH_0965 APH_0966 fmt   FALSE 0.359 110.000 0.000 NA   NA
 1302098 1302099 APH_0966 APH_0967     FALSE 0.292 154.000 0.000 NA   NA
 1302099 1302100 APH_0967 APH_0968   lon FALSE 0.370 96.000 0.000 NA   NA
 1302100 1302101 APH_0968 APH_0969 lon clpX TRUE 0.996 -13.000 0.223 0.094 Y NA
 1302101 1302102 APH_0969 APH_0970 clpX clpP TRUE 0.995 12.000 0.016 1.000 Y NA
 1302102 1302103 APH_0970 APH_0971 clpP   TRUE 0.950 56.000 0.018 1.000 Y NA
 1302103 1302104 APH_0971 APH_0972     TRUE 0.676 36.000 0.000 NA   NA
 1302104 1302105 APH_0972 APH_0973     FALSE 0.307 148.000 0.000 NA   NA
 1302106 1302107 APH_0974 APH_0975 pgpA   TRUE 0.941 35.000 0.027 1.000   NA
 1302107 1302108 APH_0975 APH_0976     TRUE 0.970 53.000 0.700 NA   NA
 1302109 1302110 APH_0977 APH_0978     TRUE 0.558 51.000 0.000 NA   NA
 1302113 1302114 APH_0983 APH_0984   ubiB TRUE 0.984 -7.000 0.032 0.094   NA
 1302116 1302117 APH_0986 APH_0987   tatA TRUE 0.984 19.000 0.038 1.000   NA
 1302117 1302118 APH_0987 APH_0988 tatA recR FALSE 0.113 76.000 0.000 1.000   NA
 1302118 1302119 APH_0988 APH_0989 recR rpsD FALSE 0.005 1181.000 0.000 1.000 N NA
 1302119 1302120 APH_0989 APH_0990 rpsD   TRUE 0.926 12.000 0.000 NA   NA
 1302120 1302121 APH_0990 APH_0991     FALSE 0.165 210.000 0.000 NA   NA
 1302122 1302123 APH_0992 APH_0993   thiD FALSE 0.007 776.000 0.000 NA   NA
 1302123 1302124 APH_0993 APH_0994 thiD   TRUE 0.956 -7.000 0.005 NA   NA
 1302124 1302125 APH_0994 APH_0995     TRUE 0.996 5.000 0.070 NA   NA
 1302125 1302126 APH_0995 APH_0996     FALSE 0.007 865.000 0.000 NA   NA
 1302126 1302127 APH_0996 APH_0997     FALSE 0.393 82.000 0.000 NA   NA
 1302127 1302128 APH_0997 APH_0998   sdhD TRUE 0.499 198.000 0.008 NA   NA
 1302128 1302129 APH_0998 APH_0999 sdhD sdhC TRUE 0.999 4.000 0.958 0.002 Y NA
 1302129 1302130 APH_0999 APH_1000 sdhC rrsA FALSE 0.299 151.000 0.000 NA   NA
 1302130 1302131 APH_1000 APH_1001 rrsA   FALSE 0.106 253.000 0.000 NA   NA
 1302131 1302132 APH_1001 APH_1002     TRUE 0.856 23.000 0.000 NA   NA
 1302132 1302133 APH_1002 APH_1003   dnaE FALSE 0.333 128.000 0.000 NA   NA
 1302134 1302135 APH_1004 APH_1005     FALSE 0.014 470.000 0.000 NA   NA
 1302136 1302137 APH_1006 APH_1007     FALSE 0.242 177.000 0.000 NA   NA
 1302137 1302138 APH_1007 APH_1008   pdxH FALSE 0.370 96.000 0.000 NA   NA
 1302138 1302139 APH_1008 APH_1009 pdxH   FALSE 0.006 1332.000 0.000 NA   NA
 1302139 1302140 APH_1009 APH_1010     FALSE 0.083 277.000 0.000 NA   NA
 1302140 1302141 APH_1010 APH_1011     FALSE 0.006 921.000 0.000 NA   NA
 1302141 1302142 APH_1011 APH_1012     FALSE 0.351 118.000 0.000 NA   NA
 1302143 1302144 APH_1013 APH_1014 pyrD   TRUE 0.985 9.000 0.010 1.000 N NA
 1302147 1302148 APH_1017 APH_1019     FALSE 0.007 2408.000 0.000 NA   NA
 1302149 1302150 APH_1020 APH_1021     TRUE 0.676 36.000 0.000 NA   NA
 1302150 1302151 APH_1021 APH_1022   rnhB FALSE 0.006 1424.000 0.000 NA   NA
 1302152 1302153 APH_1023 APH_1024 rpoC rpoB TRUE 0.995 13.000 0.875 0.002   NA
 1302153 1302154 APH_1024 APH_1025 rpoB rplL TRUE 0.958 40.000 0.219 1.000   NA
 1302154 1302155 APH_1025 APH_1026 rplL rplJ TRUE 0.964 165.000 0.888 1.000 Y NA
 1302155 1302156 APH_1026 APH_1027 rplJ rplA TRUE 0.993 32.000 0.377 1.000 Y NA
 1302156 1302157 APH_1027 APH_1028 rplA rplK TRUE 0.998 15.000 0.831 0.045 Y NA
 1302157 1302158 APH_1028 APH_1029 rplK nusG TRUE 0.998 5.000 0.762 1.000 N NA
 1302158 1302159 APH_1029 APH_1030 nusG secE TRUE 0.995 -10.000 0.829 1.000   NA
 1302159 1302160 APH_1030 APH_1031 secE   TRUE 0.871 21.000 0.000 NA   NA
 1302160 1302161 APH_1031 APH_1032   tuf-2 TRUE 0.834 25.000 0.000 NA   NA
 1302161 1302162 APH_1032 APH_1033 tuf-2 fusA TRUE 0.998 9.000 0.187 0.003 Y NA
 1302162 1302163 APH_1033 APH_1034 fusA rpsG TRUE 0.989 36.000 0.222 1.000 Y NA
 1302163 1302164 APH_1034 APH_1035 rpsG rpsL TRUE 0.998 18.000 0.935 0.007 Y NA
 1302165 1302166 APH_1036 APH_1037     TRUE 0.982 -10.000 0.025 1.000   NA
 1302168 1302169 APH_1039 APH_1040     FALSE 0.006 907.000 0.000 NA   NA
 1302171 1302172 APH_1042 APH_1043     TRUE 0.808 97.000 0.029 1.000   NA
 1302173 1302174 APH_1044 APH_1045     FALSE 0.007 854.000 0.000 NA   NA
 1302174 1302175 APH_1045 APH_1046     FALSE 0.185 203.000 0.000 NA   NA
 1302176 1302177 APH_1047 APH_1048   fabK FALSE 0.080 280.000 0.000 NA   NA
 1302177 1302178 APH_1048 APH_1049 fabK msp5 TRUE 0.758 164.000 0.083 0.032   NA
 1302178 1302179 APH_1049 APH_1050 msp5   TRUE 0.970 51.000 0.556 NA   NA
 1302179 1302180 APH_1050 APH_1051   rpsU TRUE 0.925 112.000 0.385 NA   NA
 1302180 1302181 APH_1051 APH_1052 rpsU sucC TRUE 0.799 93.000 0.026 1.000   NA
 1302181 1302182 APH_1052 APH_1053 sucC sucD TRUE 0.998 9.000 0.407 0.002 Y NA
 1302182 1302183 APH_1053 APH_1054 sucD   FALSE 0.008 672.000 0.000 NA   NA
 1302183 1302184 APH_1054 APH_1055     TRUE 0.522 54.000 0.000 NA   NA
 1302184 1302185 APH_1055 APH_1056     FALSE 0.009 628.000 0.000 NA   NA
 1302185 1302186 APH_1056 APH_1057     FALSE 0.226 188.000 0.000 NA   NA
 1302186 1302187 APH_1057 APH_1058     TRUE 0.840 -31.000 0.000 NA   NA
 1302189 1302190 APH_1060 APH_1061 pstC   TRUE 0.991 0.000 0.021 1.000 N NA
 1302191 1302192 APH_1062 APH_1066     FALSE 0.007 3176.000 0.000 NA   NA
 1302192 1302193 APH_1066 APH_1067     TRUE 0.995 21.000 0.625 NA   NA
 1302193 1302194 APH_1067 APH_1068     TRUE 0.995 17.000 0.500 NA   NA
 1302194 1302195 APH_1068 APH_1069     TRUE 0.942 88.000 0.600 NA   NA
 1302197 1302198 APH_1071 APH_1072 rho-2   FALSE 0.065 295.000 0.000 NA   NA
 1302199 1302200 APH_1073 APH_1074 hslV hslU TRUE 0.959 167.000 0.740 1.000 Y NA
 1302200 1302201 APH_1074 APH_1075 hslU ubiE TRUE 0.986 6.000 0.011 1.000 N NA
 1302205 1302206 APH_1084 APH_1085   ctaD TRUE 0.979 63.000 0.786 0.003 Y NA
 1302206 1302207 APH_1085 APH_1086 ctaD cyoE TRUE 0.994 13.000 0.256 0.030 N NA
 1302209 1302210 APH_1088 APH_1089 purD   FALSE 0.368 98.000 0.000 NA   NA
 1302210 1302211 APH_1089 APH_1090   yajC TRUE 0.695 35.000 0.000 NA   NA
 1302211 1302212 APH_1090 APH_1091 yajC   FALSE 0.057 303.000 0.000 NA   NA
 1302212 1302213 APH_1091 APH_1092     TRUE 0.522 54.000 0.000 NA   NA
 1302213 1302214 APH_1092 APH_1093     FALSE 0.009 628.000 0.000 NA   NA
 1302214 1302215 APH_1093 APH_1094     FALSE 0.226 188.000 0.000 NA   NA
 1302215 1302216 APH_1094 APH_1095     TRUE 0.840 -31.000 0.000 NA   NA
 1302217 1302218 APH_1096 APH_1097   dnaN FALSE 0.086 268.000 0.000 NA   NA
 1302218 1302219 APH_1097 APH_1098 dnaN   FALSE 0.320 114.000 0.007 0.003   NA
 1302219 1302220 APH_1098 APH_1099     TRUE 0.825 68.000 0.022 1.000   NA
 1302220 1302221 APH_1099 APH_1100     FALSE 0.209 304.000 0.000 1.000 Y NA
 1302221 1302222 APH_1100 APH_1101   ppa FALSE 0.008 593.000 0.000 1.000 N NA
 1302222 1302223 APH_1101 APH_1102 ppa   FALSE 0.007 828.000 0.000 NA   NA
 1302223 1302224 APH_1102 APH_1103     TRUE 0.997 2.000 0.500 NA   NA
 1302225 1302226 APH_1104 APH_1105     FALSE 0.007 757.000 0.000 NA   NA
 1302227 1302228 APH_1106 APH_1107   rpsI TRUE 0.938 5.000 0.000 NA   NA
 1302228 1302229 APH_1107 APH_1108 rpsI rplM TRUE 0.998 -13.000 0.979 0.033 Y NA
 1302230 1302231 APH_1109 APH_1110     TRUE 0.922 -3.000 0.000 NA   NA
 1302233 1302234 APH_1112 APH_1113 prsA gatC TRUE 0.984 -3.000 0.012 1.000 N NA
 1302234 1302235 APH_1113 APH_1114 gatC p44-7 FALSE 0.006 1225.000 0.000 NA   NA
 1302236 1302237 APH_1116 APH_1117   acnA FALSE 0.006 1441.000 0.000 NA   NA
 1302237 1302238 APH_1117 APH_1119 acnA purK FALSE 0.005 2173.000 0.000 1.000 N NA
 1302239 1302240 APH_1120 APH_1124 apaG   FALSE 0.006 2375.000 0.000 NA   NA
 1302240 1302241 APH_1124 APH_1125     FALSE 0.183 204.000 0.000 NA   NA
 1302241 1302242 APH_1125 APH_1126     FALSE 0.030 345.000 0.000 NA   NA
 1302243 1302244 APH_1127 APH_1129   virB4-2 FALSE 0.006 1253.000 0.000 NA   NA
 1302244 1302245 APH_1129 APH_1130 virB4-2   FALSE 0.174 208.000 0.000 NA   NA
 1302245 1302246 APH_1130 APH_1131     FALSE 0.033 340.000 0.000 NA   NA
 1302246 1302247 APH_1131 APH_1132     TRUE 0.878 20.000 0.000 NA   NA
 1302247 1302248 APH_1132 APH_1133     FALSE 0.006 866.000 0.000 NA   NA
 1302248 1302249 APH_1133 APH_1134     FALSE 0.007 860.000 0.000 NA   NA
 1302251 1302252 APH_1136 APH_1137     FALSE 0.328 132.000 0.000 NA   NA
 1302252 1302253 APH_1137 APH_1138     TRUE 0.922 -3.000 0.000 NA   NA
 1302253 1302254 APH_1138 APH_1139     FALSE 0.006 1092.000 0.000 NA   NA
 1302254 1302255 APH_1139 APH_1140     FALSE 0.325 133.000 0.000 NA   NA
 1302255 1302256 APH_1140 APH_1141     TRUE 0.840 -31.000 0.000 NA   NA
 1302256 1302257 APH_1141 APH_1142     FALSE 0.279 160.000 0.000 NA   NA
 1302257 1302258 APH_1142 APH_1143     FALSE 0.343 125.000 0.000 NA   NA
 1302258 1302259 APH_1143 APH_1144     FALSE 0.398 81.000 0.000 NA   NA
 1302259 1302260 APH_1144 APH_1145     TRUE 0.501 56.000 0.000 NA   NA
 1302261 1302262 APH_1146 APH_1147 hflK hflC TRUE 0.999 -3.000 0.983 0.011 Y NA
 1302262 1302263 APH_1147 APH_1148 hflC   TRUE 0.998 3.000 0.090 0.011 Y NA
 1302263 1302264 APH_1148 APH_1149   rnc FALSE 0.005 1294.000 0.000 1.000 N NA
 1302264 1302265 APH_1149 APH_1150 rnc ctaG TRUE 0.823 42.000 0.007 1.000 N NA
 1302266 1302267 APH_1151 APH_1153     FALSE 0.006 2400.000 0.000 NA   NA
 1302267 1302268 APH_1153 APH_1155   p44-53 FALSE 0.007 845.000 0.000 NA   NA
 1302268 1302269 APH_1155 APH_1156 p44-53   FALSE 0.007 774.000 0.000 NA   NA
 1302269 1302270 APH_1156 APH_1157     FALSE 0.361 107.000 0.000 NA   NA
 1302270 1302271 APH_1157 APH_1158     TRUE 0.711 146.000 0.011 NA   NA
 1302271 1302272 APH_1158 APH_1159     TRUE 0.995 2.000 0.725 0.005   NA
 1302272 1302273 APH_1159 APH_1160   lspA TRUE 0.919 36.000 0.030 0.020   NA
 1302273 1302274 APH_1160 APH_1161 lspA ribF TRUE 0.756 94.000 0.011 1.000 N NA
 1302276 1302277 APH_1164 APH_1165 ftsA-1 recJ FALSE 0.299 126.000 0.000 1.000 N NA
 1302277 1302278 APH_1165 APH_1166 recJ   FALSE 0.405 176.000 0.006 1.000 N NA
 1302278 1302279 APH_1166 APH_1167     FALSE 0.081 278.000 0.000 NA   NA
 1302279 1302280 APH_1167 APH_1168   p44-36 FALSE 0.006 948.000 0.000 NA   NA
 1302280 1302281 APH_1168 APH_1169 p44-36   TRUE 0.475 61.000 0.000 NA   NA
 1302281 1302282 APH_1169 APH_1170     FALSE 0.089 265.000 0.000 NA   NA
 1302285 1302286 APH_1173 APH_1174 pyrE thiF TRUE 0.883 78.000 0.033 1.000 N NA
 1302286 1302287 APH_1174 APH_1175 thiF   FALSE 0.009 307.000 0.000 1.000   NA
 1302287 1302288 APH_1175 APH_1176   p44-2 FALSE 0.339 126.000 0.000 NA   NA
 1302289 1302290 APH_1178 APH_1179 secA ftsH FALSE 0.266 174.000 0.004 0.087 N NA
 1302290 1302291 APH_1179 APH_1180 ftsH tilS TRUE 0.993 13.000 0.141 0.087 N NA
 1302291 1302292 APH_1180 APH_1181 tilS   TRUE 0.611 46.000 0.000 NA   NA
 1302293 1302294 APH_1182 APH_1183   ftsA-2 TRUE 0.803 112.000 0.019 1.000 N NA
 1302294 1302295 APH_1183 APH_1187 ftsA-2   FALSE 0.007 2614.000 0.000 NA   NA
 1302296 1302297 APH_1188 APH_1189     FALSE 0.008 654.000 0.000 NA   NA
 1302297 1302298 APH_1189 APH_1190     TRUE 0.995 -3.000 0.800 0.008   NA
 1302298 1302299 APH_1190 APH_1191   atpE TRUE 0.987 7.000 0.030 0.008   NA
 1302299 1302300 APH_1191 APH_1192 atpE atpB TRUE 0.735 205.000 0.456 0.008   NA
 1302303 1302304 APH_1196