VIMSS Operon Predictions for Anaplasma phagocytophilum HZ

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 1301155 1301156 APH_0001 APH_0002 polA rpe FALSE 0.238 155 -15.946
 1301156 1301157 APH_0002 APH_0003 rpe FALSE 0.347 76 -10.647
 1301157 1301158 APH_0003 APH_0004 TRUE 0.998 7 444.281
 1301158 1301159 APH_0004 APH_0005 FALSE 0.017 1061 -7.756
 1301159 1301160 APH_0005 APH_0006 FALSE 0.487 38 -5.254
 1301162 1301163 APH_0008 APH_0009 TRUE 0.883 12 0
 1301163 1301164 APH_0009 APH_0010 FALSE 0.023 814 0
 1301165 1301166 APH_0011 APH_0012 FALSE 0.371 53 0
 1301167 1301168 APH_0013 APH_0014 glyQ-1 glyS TRUE 0.985 2 0
 1301168 1301169 APH_0014 APH_0015 glyS dnaJ FALSE 0.447 78 -8.845
 1301172 1301173 APH_0018 APH_0019 ruvC TRUE 0.99 5 2.88
 1301173 1301174 APH_0019 APH_0020 hemE TRUE 0.528 63 -2.592
 1301176 1301177 APH_0022 APH_0023 TRUE 0.955 30 68.285
 1301177 1301178 APH_0023 APH_0024 FALSE 0.418 48 0
 1301179 1301180 APH_0025 APH_0026 nadA TRUE 0.861 57 -0.056
 1301182 1301183 APH_0028 APH_0031 FALSE 0.01 2299 0
 1301184 1301185 APH_0032 APH_0033 FALSE 0.19 160 0
 1301187 1301188 APH_0035 APH_0036 trpS grpE TRUE 0.959 7 -0.718
 1301190 1301191 APH_0038 APH_0039 pyrG secG TRUE 0.988 13 33.944
 1301194 1301195 APH_0042 APH_0043 TRUE 0.689 307 0.584
 1301195 1301196 APH_0043 APH_0044 FALSE 0.126 368 -12.15
 1301197 1301198 APH_0045 APH_0046 TRUE 0.758 194 19.001
 1301199 1301200 APH_0047 APH_0048 FALSE 0.299 64 0
 1301202 1301203 APH_0050 APH_0051 FALSE 0.421 373 0.406
 1301203 1301204 APH_0051 APH_0052 TRUE 0.906 1 -13.656
 1301206 1301207 APH_0054 APH_0055 rpsP FALSE 0.058 507 0
 1301209 1301210 APH_0057 APH_0058 FALSE 0.127 348 0
 1301211 1301212 APH_0059 APH_0060 pheS rplT TRUE 0.996 -19 1020.508
 1301212 1301213 APH_0060 APH_0061 rplT rpmI TRUE 0.995 24 1974.839
 1301214 1301215 APH_0062 APH_0063 TRUE 0.881 -3 0
 1301215 1301216 APH_0063 APH_0064 rho-1 TRUE 0.732 -48 0
 1301217 1301218 APH_0065 APH_0066 lpdA-1 FALSE 0.187 115 0
 1301221 1301222 APH_0069 APH_0070 thiS TRUE 0.95 34 453.081
 1301224 1301225 APH_0072 APH_0073 gltX-1 FALSE 0.218 250 0
 1301225 1301226 APH_0073 APH_0074 FALSE 0.193 132 0
 1301226 1301227 APH_0074 APH_0075 TRUE 0.939 11 -0.025
 1301228 1301229 APH_0077 APH_0078 FALSE 0.182 106 -0.437
 1301231 1301232 APH_0080 APH_0081 trx virB9-1 TRUE 0.896 13 -0.167
 1301232 1301233 APH_0081 APH_0082 virB9-1 pdhA FALSE 0.147 359 -0.301
 1301233 1301234 APH_0082 APH_0083 pdhA TRUE 0.888 23 -1.459
 1301235 1301236 APH_0084 APH_0085 rrlB rrfC FALSE 0.242 79 0
 1301237 1301238 APH_0086 APH_0087 FALSE 0.183 302 0
 1301238 1301239 APH_0087 APH_0088 guaB TRUE 0.754 65 0
 1301239 1301240 APH_0088 APH_0089 guaB ppnK FALSE 0.316 76 -6.444
 1301240 1301241 APH_0089 APH_0090 ppnK TRUE 0.991 10 5.597
 1301242 1301243 APH_0091 APH_0092 fabD FALSE 0.189 165 0
 1301243 1301244 APH_0092 APH_0093 fabD tmk TRUE 0.938 17 -10.315
 1301244 1301245 APH_0093 APH_0094 tmk FALSE 0.436 168 -2.422
 1301245 1301246 APH_0094 APH_0095 FALSE 0.192 172 0
 1301248 1301249 APH_0097 APH_0098 secB TRUE 0.81 71 0.239
 1301249 1301250 APH_0098 APH_0099 FALSE 0.209 215 0
 1301250 1301251 APH_0099 APH_0100 TRUE 0.759 -31 0
 1301253 1301254 APH_0102 APH_0103 FALSE 0.193 132 0
 1301257 1301258 APH_0106 APH_0107 ribE mfd FALSE 0.075 565 -22.054
 1301258 1301259 APH_0107 APH_0108 mfd TRUE 0.904 6 0
 1301260 1301261 APH_0109 APH_0110 rnhA TRUE 0.916 39 3.734
 1301261 1301262 APH_0110 APH_0111 pyrH FALSE 0.21 205 -4.95
 1301262 1301263 APH_0111 APH_0112 pyrH frr TRUE 0.995 9 2035.933
 1301263 1301264 APH_0112 APH_0113 frr FALSE 0.36 538 206.362
 1301264 1301265 APH_0113 APH_0114 FALSE 0.068 464 0
 1301265 1301266 APH_0114 APH_0116 FALSE 0.011 1799 0
 1301267 1301268 APH_0117 APH_0118 FALSE 0.186 301 0
 1301268 1301269 APH_0118 APH_0119 purC TRUE 0.538 35 0
 1301270 1301271 APH_0120 APH_0121 hisS FALSE 0.235 82 0
 1301274 1301275 APH_0124 APH_0125 ccmA TRUE 0.626 30 0
 1301275 1301276 APH_0125 APH_0126 ccmA TRUE 0.813 -16 0
 1301276 1301277 APH_0126 APH_0127 FALSE 0.066 468 0
 1301279 1301280 APH_0129 APH_0130 FALSE 0.188 114 0
 1301280 1301281 APH_0130 APH_0131 FALSE 0.198 121 0
 1301281 1301282 APH_0131 APH_0133 FALSE 0.013 1316 0
 1301283 1301284 APH_0135 APH_0136 TRUE 0.959 28 0.236
 1301284 1301285 APH_0136 APH_0137 TRUE 0.915 8 -0.689
 1301286 1301287 APH_0138 APH_0139 ligA TRUE 0.961 6 -6.047
 1301287 1301288 APH_0139 APH_0140 TRUE 0.991 -7 307.237
 1301288 1301289 APH_0140 APH_0141 FALSE 0.262 233 -4.532
 1301289 1301290 APH_0141 APH_0142 FALSE 0.074 440 0
 1301290 1301291 APH_0142 APH_0144 FALSE 0.061 490 0
 1301291 1301292 APH_0144 APH_0145 FALSE 0.216 263 0
 1301292 1301293 APH_0145 APH_0146 TRUE 0.736 -43 0
 1301293 1301294 APH_0146 APH_0147 FALSE 0.039 630 0
 1301295 1301296 APH_0148 APH_0149 FALSE 0.076 436 0
 1301296 1301297 APH_0149 APH_0150 TRUE 0.987 10 3.296
 1301297 1301298 APH_0150 APH_0151 rpsF FALSE 0.388 77 -0.202
 1301298 1301299 APH_0151 APH_0152 rpsF rpsR TRUE 0.997 11 55.835
 1301299 1301300 APH_0152 APH_0153 rpsR rplI TRUE 0.99 24 0.662
 1301300 1301301 APH_0153 APH_0154 rplI glyA TRUE 0.91 23 -1.594
 1301301 1301302 APH_0154 APH_0155 glyA TRUE 0.87 -6 0
 1301302 1301303 APH_0155 APH_0156 FALSE 0.23 85 0
 1301303 1301304 APH_0156 APH_0157 TRUE 0.982 16 0.369
 1301304 1301305 APH_0157 APH_0158 sdhA-1 FALSE 0.08 473 -4.389
 1301305 1301306 APH_0158 APH_0159 sdhA-1 sdhB-1 TRUE 0.977 15 0
 1301306 1301307 APH_0159 APH_0160 sdhB-1 TRUE 0.895 1 0
 1301307 1301308 APH_0160 APH_0161 sdhA-2 TRUE 0.899 2 0
 1301308 1301309 APH_0161 APH_0162 sdhA-2 sdhB-2 TRUE 0.996 15 140.135
 1301309 1301310 APH_0162 APH_0163 sdhB-2 thyX TRUE 0.92 1 -5.607
 1301310 1301311 APH_0163 APH_0164 thyX FALSE 0.095 456 -5.211
 1301312 1301313 APH_0165 APH_0166 glyQ-2 ruvB FALSE 0.255 128 -20.581
 1301313 1301314 APH_0166 APH_0167 ruvB ruvA TRUE 0.997 -3 1471.635
 1301314 1301315 APH_0167 APH_0168 ruvA ccmC TRUE 0.959 -3 -3.185
 1301316 1301317 APH_0169 APH_0170 gmk FALSE 0.191 150 0
 1301318 1301319 APH_0171 APH_0172 p44-45 FALSE 0.316 61 0
 1301322 1301323 APH_0175 APH_0176 folD TRUE 0.574 33 0
 1301323 1301324 APH_0176 APH_0177 FALSE 0.208 206 0
 1301325 1301326 APH_0178 APH_0179 FALSE 0.171 133 0
 1301326 1301327 APH_0179 APH_0180 cycM TRUE 0.632 292 8.358
 1301327 1301328 APH_0180 APH_0181 cycM TRUE 0.608 305 -5.317
 1301328 1301329 APH_0181 APH_0182 FALSE 0.202 288 0
 1301331 1301332 APH_0184 APH_0185 ppdK FALSE 0.191 154 0
 1301332 1301333 APH_0185 APH_0186 ppdK TRUE 0.533 305 0.239
 1301333 1301334 APH_0186 APH_0187 TRUE 0.781 76 2.056
 1301335 1301336 APH_0188 APH_0189 TRUE 0.798 -19 0
 1301338 1301339 APH_0191 APH_0192 TRUE 0.904 6 0
 1301339 1301340 APH_0192 APH_0193 gshB TRUE 0.984 10 16.433
 1301340 1301341 APH_0193 APH_0194 gshB FALSE 0.407 49 0
 1301341 1301342 APH_0194 APH_0195 FALSE 0.238 81 0
 1301342 1301343 APH_0195 APH_0196 TRUE 0.672 244 0.027
 1301343 1301344 APH_0196 APH_0197 FALSE 0.371 53 0
 1301346 1301347 APH_0200 APH_0201 xerC FALSE 0.066 468 0
 1301349 1301350 APH_0203 APH_0204 FALSE 0.218 251 0
 1301350 1301351 APH_0204 APH_0205 TRUE 0.626 30 0
 1301352 1301353 APH_0206 APH_0207 TRUE 0.592 193 0.401
 1301354 1301355 APH_0208 APH_0209 TRUE 0.719 141 0.586
 1301356 1301357 APH_0210 APH_0211 purM-2 FALSE 0.107 378 0
 1301357 1301358 APH_0211 APH_0212 folK FALSE 0.03 727 0
 1301358 1301359 APH_0212 APH_0213 folK FALSE 0.044 687 -6.666
 1301359 1301360 APH_0213 APH_0215 FALSE 0.011 1765 0
 1301360 1301361 APH_0215 APH_0216 FALSE 0.383 52 0
 1301363 1301364 APH_0218 APH_0219 bioB TRUE 0.969 -13 0.094
 1301364 1301365 APH_0219 APH_0220 TRUE 0.607 142 0.094
 1301365 1301366 APH_0220 APH_0221 FALSE 0.059 491 -5.056
 1301368 1301369 APH_0223 APH_0224 FALSE 0.128 346 0
 1301373 1301374 APH_0230 APH_0231 purN pepA TRUE 0.956 6 -3.353
 1301375 1301376 APH_0232 APH_0233 TRUE 0.607 141 0.094
 1301376 1301377 APH_0233 APH_0234 FALSE 0.258 542 0.094
 1301381 1301382 APH_0238 APH_0239 FALSE 0.351 55 0
 1301383 1301384 APH_0240 APH_0241 groL groS TRUE 0.975 53 1856.166
 1301385 1301386 APH_0242 APH_0243 radC lipB FALSE 0.325 78 -13.923
 1301387 1301388 APH_0244 APH_0245 pyrC FALSE 0.268 74 0
 1301388 1301389 APH_0245 APH_0246 pyrC TRUE 0.66 28 -3.015
 1301390 1301391 APH_0247 APH_0248 fumC TRUE 0.615 351 0.673
 1301396 1301397 APH_0253 APH_0254 folP FALSE 0.33 58 0
 1301397 1301398 APH_0254 APH_0255 folP TRUE 0.983 5 0.063
 1301399 1301400 APH_0256 APH_0257 qor TRUE 0.608 124 0.094
 1301402 1301403 APH_0259 APH_0260 FALSE 0.209 103 0
 1301403 1301404 APH_0260 APH_0261 FALSE 0.089 420 -4.606
 1301404 1301405 APH_0261 APH_0262 FALSE 0.15 324 -4.357
 1301406 1301407 APH_0263 APH_0264 hemH FALSE 0.216 262 0
 1301407 1301408 APH_0264 APH_0265 TRUE 0.896 9 0
 1301408 1301409 APH_0265 APH_0266 FALSE 0.305 422 0.094
 1301409 1301410 APH_0266 APH_0267 TRUE 0.989 2 0.579
 1301410 1301411 APH_0267 APH_0268 FALSE 0.191 140 0
 1301413 1301414 APH_0270 APH_0271 ihfB FALSE 0.286 68 0
 1301414 1301415 APH_0271 APH_0272 ihfB sppA TRUE 0.988 14 23.214
 1301415 1301416 APH_0272 APH_0273 sppA rpsA TRUE 0.993 8 64.144
 1301416 1301417 APH_0273 APH_0274 rpsA cmkB TRUE 0.84 103 1066.259
 1301417 1301418 APH_0274 APH_0275 cmkB FALSE 0.467 210 -8.541
 1301419 1301420 APH_0276 APH_0277 TRUE 0.899 8 0
 1301420 1301421 APH_0277 APH_0278 tuf-1 FALSE 0.351 55 0
 1301421 1301422 APH_0278 APH_0279 tuf-1 rpsJ TRUE 0.985 7 0
 1301422 1301423 APH_0279 APH_0280 rpsJ rplC TRUE 0.993 26 1894.497
 1301423 1301424 APH_0280 APH_0281 rplC rplD TRUE 0.995 22 2020.238
 1301424 1301425 APH_0281 APH_0282 rplD rplW TRUE 0.997 -7 1937.003
 1301425 1301426 APH_0282 APH_0283 rplW rplB TRUE 0.998 -3 1934.916
 1301426 1301427 APH_0283 APH_0284 rplB rpsS TRUE 0.998 6 2049.312
 1301427 1301428 APH_0284 APH_0285 rpsS rplV TRUE 0.998 3 1814.909
 1301428 1301429 APH_0285 APH_0286 rplV rpsC TRUE 0.998 4 1834.477
 1301429 1301430 APH_0286 APH_0287 rpsC rplP TRUE 0.998 13 2063.501
 1301430 1301431 APH_0287 APH_0288 rplP rpmC TRUE 0.991 10 705.664
 1301431 1301432 APH_0288 APH_0289 rpmC rpsQ TRUE 0.988 -7 609.583
 1301432 1301433 APH_0289 APH_0290 rpsQ rplN TRUE 0.998 9 1800.612
 1301433 1301434 APH_0290 APH_0291 rplN rplX TRUE 0.998 0 2059.92
 1301434 1301435 APH_0291 APH_0292 rplX rplE TRUE 0.998 7 2069.587
 1301435 1301436 APH_0292 APH_0293 rplE rpsN TRUE 0.997 12 1232.724
 1301436 1301437 APH_0293 APH_0294 rpsN rpsH TRUE 0.996 18 1236.638
 1301437 1301438 APH_0294 APH_0295 rpsH rplF TRUE 0.998 13 2356.338
 1301438 1301439 APH_0295 APH_0296 rplF rplR TRUE 0.997 17 2296.548
 1301439 1301440 APH_0296 APH_0297 rplR rpsE TRUE 0.998 9 2080.712
 1301440 1301441 APH_0297 APH_0298 rpsE rplO TRUE 0.996 19 1909.528
 1301441 1301442 APH_0298 APH_0299 rplO secY TRUE 0.987 21 2068.52
 1301442 1301443 APH_0299 APH_0300 secY adk TRUE 0.986 -18 1074.006
 1301443 1301444 APH_0300 APH_0301 adk rpsM TRUE 0.875 63 635.673
 1301444 1301445 APH_0301 APH_0302 rpsM rpsK TRUE 0.998 10 2283.759
 1301445 1301446 APH_0302 APH_0303 rpsK rpoA TRUE 0.883 77 2227.655
 1301446 1301447 APH_0303 APH_0304 rpoA rplQ TRUE 0.969 34 2079.652
 1301447 1301448 APH_0304 APH_0305 rplQ pheT TRUE 0.989 13