VIMSS Operon Predictions for Bartonella quintana str. Toulouse

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 602124 602125 BQ00010 BQ00020 maf-1 TRUE 0.99 -3 43.784
 602125 602126 BQ00020 BQ00030 maf-1 aroE TRUE 0.991 -7 60.477
 602126 602127 BQ00030 BQ00040 aroE coaE TRUE 0.996 -3 61.222
 602127 602128 BQ00040 BQ00050 coaE dnaQ TRUE 0.997 5 91.972
 602128 602129 BQ00050 BQ00060 dnaQ polA FALSE 0.176 332 -24.448
 602130 602131 BQ00070 BQ00080 FALSE 0.023 91 -6.908
 602131 602132 BQ00080 BQ00090 lspA FALSE 0.001 1254 -26.797
 602132 602133 BQ00090 BQ00100 lspA TRUE 0.942 26 1.786
 602135 602136 BQ00120 BQ00130 ihfB TRUE 0.97 9 10.709
 602137 602138 BQ00140 BQ00150 TRUE 0.539 114 9.479
 602138 602139 BQ00150 BQ00160 TRUE 0.997 7 93.714
 602139 602140 BQ00160 BQ00170 ptsN FALSE 0.031 1178 51.979
 602140 602141 BQ00170 BQ00180 ptsN FALSE 0.001 1401 -20.34
 602141 602142 BQ00180 BQ00190 TRUE 0.919 42 40.787
 602142 602143 BQ00190 BQ00200 FALSE 0.397 45 0
 602143 602144 BQ00200 BQ00210 FALSE 0.21 95 0
 602144 602145 BQ00210 BQ00220 lysS FALSE 0.016 425 0
 602145 602146 BQ00220 BQ00230 lysS prfC TRUE 0.874 0 -16.072
 602147 602148 BQ00240 BQ00250 trxA addA TRUE 0.936 111 65.733
 602148 602149 BQ00250 BQ00260 addA TRUE 0.995 -3 66.93
 602149 602150 BQ00260 BQ00270 FALSE 0.001 1748 5.265
 602150 602151 BQ00270 BQ00280 TRUE 0.83 75 20.208
 602151 602152 BQ00280 BQ00290 ahcY TRUE 0.695 40 16.522
 602152 602153 BQ00290 BQ00300 ahcY FALSE 0.007 693 -24.352
 602153 602154 BQ00300 BQ00310 folC TRUE 0.668 38 -19.637
 602154 602155 BQ00310 BQ00320 folC accD TRUE 0.999 4 741.118
 602157 602158 BQ00340 BQ00350 dfp aarF TRUE 0.823 70 13.697
 602158 602159 BQ00350 BQ00360 aarF ubiE TRUE 0.998 3 676.333
 602159 602160 BQ00360 BQ00370 ubiE gyrB FALSE 0.173 118 -28.053
 602163 602164 BQ00400 BQ00410 TRUE 0.971 0 7.634
 602165 602166 BQ00420 BQ00430 msbA infC FALSE 0.066 223 -17.806
 602167 602168 BQ00440 BQ00450 TRUE 0.633 18 -17.728
 602168 602169 BQ00450 BQ00460 dapE FALSE 0.344 223 -18.327
 602170 602171 BQ00470 BQ00480 hemN TRUE 0.999 -3 642.524
 602172 602173 BQ00490 BQ00500 hrcA grpE TRUE 0.981 125 620.278
 602174 602175 BQ00510 BQ00520 ptsH FALSE 0.009 612 -17.239
 602175 602176 BQ00520 BQ00530 ptsH TRUE 0.999 11 201.345
 602176 602177 BQ00530 BQ00540 TRUE 0.743 133 27.923
 602177 602178 BQ00540 BQ00550 TRUE 0.963 24 26.217
 602178 602179 BQ00550 BQ00560 TRUE 0.976 40 71.541
 602182 602183 BQ00590 BQ00600 dnaK dnaJ1 TRUE 0.993 159 1481.62
 602183 602184 BQ00600 BQ00610 dnaJ1 FALSE 0.008 622 0
 602184 602185 BQ00610 BQ00620 argB FALSE 0.004 891 0
 602185 602186 BQ00620 BQ00630 argB TRUE 0.512 23 -14.512
 602186 602187 BQ00630 BQ00640 lepA FALSE 0.007 585 -12.918
 602190 602191 BQ00670 BQ00680 truA fmt TRUE 0.994 2 36.203
 602191 602192 BQ00680 BQ00690 fmt def TRUE 1 0 1267.905
 602193 602194 BQ00700 BQ00710 FALSE 0.018 108 -7.615
 602195 602196 BQ00720 BQ00730 ibpA1 TRUE 0.924 26 17.093
 602197 602198 BQ00740 BQ00750 nth rpmI FALSE 0.131 149 -28.656
 602198 602199 BQ00750 BQ00760 rpmI rplT TRUE 0.999 34 1767.314
 602199 602200 BQ00760 BQ00770 rplT pheS TRUE 0.989 95 877.277
 602200 602201 BQ00770 BQ00780 pheS pheT TRUE 1 32 1762.786
 602201 602202 BQ00780 BQ00790 pheT yfeA FALSE 0.031 275 -7.911
 602202 602203 BQ00790 BQ00800 yfeA yfeB TRUE 0.999 -3 544.954
 602203 602204 BQ00800 BQ00810 yfeB yfeC TRUE 0.999 -3 728.687
 602204 602205 BQ00810 BQ00820 yfeC yfeD TRUE 0.999 -3 205.39
 602205 602206 BQ00820 BQ00830 yfeD FALSE 0.002 412 -2.481
 602207 602208 BQ00840 BQ00850 pncB FALSE 0.123 132 -2.6
 602208 602209 BQ00850 BQ00860 rpsA FALSE 0.068 201 -8.62
 602209 602210 BQ00860 BQ00870 rpsA cmk TRUE 0.984 134 867.095
 602210 602211 BQ00870 BQ00880 cmk aroA TRUE 0.999 -3 477.797
 602212 602213 BQ00890 BQ00900 FALSE 0.164 120 0
 602213 602214 BQ00900 BQ00910 FALSE 0.015 435 0
 602214 602215 BQ00910 BQ00920 FALSE 0.032 316 0
 602218 602219 BQ00950 BQ00960 secB TRUE 0.578 142 12.323
 602220 602221 BQ00970 BQ00980 FALSE 0.397 45 0
 602225 602226 BQ01020 BQ01030 FALSE 0.039 285 0
 602227 602228 BQ01040 BQ01050 dsbE TRUE 0.9 -25 0.061
 602228 602229 BQ01050 BQ01060 ccmC TRUE 0.916 -12 0.061
 602229 602230 BQ01060 BQ01070 ccmC ccmB TRUE 0.999 46 657.516
 602230 602231 BQ01070 BQ01080 ccmB ccmA TRUE 1 -3 702.206
 602232 602233 BQ01090 BQ01100 acnA rpsT FALSE 0.148 227 -27.03
 602233 602234 BQ01100 BQ01110 rpsT dnaA FALSE 0.048 697 49.595
 602234 602235 BQ01110 BQ01120 dnaA dnaN TRUE 0.988 194 1138.767
 602235 602236 BQ01120 BQ01130 dnaN recF TRUE 0.999 21 1179.233
 602236 602237 BQ01130 BQ01140 recF aroQ FALSE 0.315 53 -20.2
 602237 602238 BQ01140 BQ01150 aroQ cyoA FALSE 0.123 122 -10.005
 602238 602239 BQ01150 BQ01160 cyoA cyoB TRUE 0.996 74 683.988
 602239 602240 BQ01160 BQ01170 cyoB cyoC TRUE 1 -3 878.067
 602240 602241 BQ01170 BQ01180 cyoC cyoD TRUE 0.981 0 4.857
 602241 602242 BQ01180 BQ01190 cyoD gpsA FALSE 0.027 433 0.013
 602243 602244 BQ01200 BQ01210 fabI1 fabB TRUE 0.928 49 23.215
 602244 602245 BQ01210 BQ01220 fabB fabA TRUE 0.989 58 235.847
 602247 602248 BQ01240 BQ01250 rpsU FALSE 0.001 765 -14.083
 602251 602252 BQ01280 BQ01290 acrD TRUE 0.996 23 458.405
 602252 602253 BQ01290 BQ01300 acrD gpi FALSE 0.019 192 -15.094
 602255 602256 BQ01320 BQ01330 rplU rpmA TRUE 0.994 13 107.539
 602256 602257 BQ01330 BQ01340 rpmA fruB FALSE 0.001 1437 -7.661
 602257 602258 BQ01340 BQ01350 fruB FALSE 0.014 447 0
 602260 602261 BQ01370 BQ01380 FALSE 0.107 171 0
 602261 602262 BQ01380 BQ01390 badA1 FALSE 0.004 940 0
 602262 602263 BQ01390 BQ01400 badA1 badA2 FALSE 0.159 361 0
 602263 602264 BQ01400 BQ01410 badA2 badA3 FALSE 0.159 361 0
 602264 602265 BQ01410 BQ01420 badA3 TRUE 0.811 -3 0
 602267 602268 BQ01440 BQ01450 ftsJ FALSE 0.426 40 0
 602268 602269 BQ01450 BQ01460 ftsJ cgtA FALSE 0.038 169 -20.6
 602269 602270 BQ01460 BQ01470 cgtA proB TRUE 0.998 -16 489.834
 602270 602271 BQ01470 BQ01480 proB proA TRUE 0.997 68 734.15
 602271 602272 BQ01480 BQ01490 proA nadD TRUE 0.973 30 52.009
 602272 602273 BQ01490 BQ01500 nadD FALSE 0.31 61 0
 602273 602274 BQ01500 BQ01510 TRUE 0.822 5 0
 602274 602275 BQ01510 BQ01520 filA FALSE 0.199 101 0
 602275 602276 BQ01520 BQ01530 filA ctpA TRUE 0.998 -10 225.214
 602276 602277 BQ01530 BQ01540 ctpA invA TRUE 0.866 42 3.629
 602277 602278 BQ01540 BQ01550 invA invB FALSE 0.019 112 -5.95
 602278 602279 BQ01550 BQ01560 invB FALSE 0.003 336 -3.651
 602279 602280 BQ01560 BQ01570 TRUE 0.963 25 31.69
 602281 602282 BQ01580 BQ01590 ppa typA FALSE 0.251 69 -18.511
 602282 602283 BQ01590 BQ01600 typA mgtE FALSE 0.002 1244 -22.05
 602285 602286 BQ01620 BQ01630 FALSE 0.377 12 -2.217
 602287 602288 BQ01640 BQ01650 galU TRUE 0.548 40 -24.808
 602290 602291 BQ01670 BQ01680 FALSE 0.012 435 -3.628
 602291 602292 BQ01680 BQ01690 guaB FALSE 0.199 152 -12.435
 602292 602293 BQ01690 BQ01700 guaB sun1 FALSE 0.021 823 25.538
 602293 602294 BQ01700 BQ01710 sun1 guaA FALSE 0.059 132 -5.281
 602294 602295 BQ01710 BQ01720 guaA FALSE 0.237 135 -10.413
 602296 602297 BQ01730 BQ01740 ugpC ugpE TRUE 0.999 3 363.887
 602297 602298 BQ01740 BQ01750 ugpE ugpA TRUE 0.999 11 764.638
 602298 602299 BQ01750 BQ01760 ugpA ugpB TRUE 0.986 111 620.26
 602299 602300 BQ01760 BQ01770 ugpB FALSE 0.021 379 -15.374
 602300 602301 BQ01770 BQ01780 TRUE 0.998 10 231.104
 602301 602302 BQ01780 BQ01790 TRUE 0.998 4 148.1
 602303 602304 BQ01800 BQ01810 nrdH nrdI TRUE 0.998 0 279.205
 602304 602305 BQ01810 BQ01820 nrdI nrdE TRUE 0.998 -18 448.957
 602305 602306 BQ01820 BQ01830 nrdE nrdF TRUE 1 12 841.001
 602307 602308 BQ01840 BQ01850 hemK prfA TRUE 1 -3 1447.589
 602308 602309 BQ01850 BQ01860 prfA fur2 FALSE 0.162 200 -22.031
 602309 602310 BQ01860 BQ01870 fur2 secA TRUE 0.666 18 -24.692
 602311 602312 BQ01880 BQ01890 argJ TRUE 0.849 117 44.532
 602312 602313 BQ01890 BQ01900 argJ mutT TRUE 0.89 141 176.73
 602314 602315 BQ01910 BQ01920 pepA TRUE 0.769 158 59.329
 602315 602316 BQ01920 BQ01930 pepA coaA TRUE 0.642 14 -13.607
 602316 602317 BQ01930 BQ01940 coaA ansA FALSE 0.126 122 -7.482
 602318 602319 BQ01950 BQ01960 hslV hslU TRUE 1 1 1431.241
 602320 602321 BQ01970 BQ01980 rsmC pnp TRUE 0.864 39 3.441
 602321 602322 BQ01980 BQ01990 pnp rpsO TRUE 0.972 267 1496.556
 602324 602325 BQ02010 BQ02020 truB rbfA TRUE 0.999 5 242.689
 602325 602326 BQ02020 BQ02030 rbfA infB TRUE 0.98 124 575.934
 602326 602327 BQ02030 BQ02040 infB TRUE 0.98 31 74.298
 602327 602328 BQ02040 BQ02050 nusA TRUE 0.996 1 71.065
 602328 602329 BQ02050 BQ02060 nusA TRUE 0.966 50 93.414
 602329 602330 BQ02060 BQ02070 FALSE 0.152 128 0.677
 602330 602331 BQ02070 BQ02080 metK TRUE 0.99 -3 33.15
 602331 602332 BQ02080 BQ02090 metK TRUE 0.666 116 10.981
 602332 602333 BQ02090 BQ02100 lnt TRUE 0.81 147 38.549
 602333 602334 BQ02100 BQ02110 lnt tlyC TRUE 0.999 -37 767.743
 602334 602335 BQ02110 BQ02120 tlyC TRUE 0.964 98 234.407
 602335 602336 BQ02120 BQ02130 phoH TRUE 0.999 13 383.236
 602336 602337 BQ02130 BQ02140 phoH TRUE 0.991 78 773.71
 602337 602338 BQ02140 BQ02150 TRUE 0.565 32 -6.222
 602338 602339 BQ02150 BQ02160 TRUE 0.997 0 99.468
 602341 602342 BQ02180 BQ02190 recR TRUE 0.999 35 1406.281
 602342 602343 BQ02190 BQ02200 dnaX TRUE 0.996 15 116.209
 602343 602344 BQ02200 BQ02210 dnaX FALSE 0 1303 -3.87
 602347 602348 BQ02240 BQ02250 FALSE 0.084 213 0
 602348 602349 BQ02250 BQ02260 FALSE 0.351 52 0
 602349 602350 BQ02260 BQ02270 TRUE 0.834 0 0
 602352 602353 BQ02290 BQ02300 gshB FALSE 0.025 150 -14.449
 602353 602354 BQ02300 BQ02310 TRUE 0.967 61 73.956
 602354 602355 BQ02310 BQ02320 pstA TRUE 0.999 -3 93.88
 602355 602356 BQ02320 BQ02330 pstA pstB TRUE 0.991 59 112.937
 602356 602357 BQ02330 BQ02340 pstB phoU TRUE 0.999 22 1322.322
 602357 602358 BQ02340 BQ02350 phoU FALSE 0.001 766 -3.83
 602358 602359 BQ02350 BQ02360 TRUE 0.841 32 0.061
 602359 602360 BQ02360 BQ02370 mutM FALSE 0.471 59 -12.298
 602360 602361 BQ02370 BQ02380 mutM FALSE 0.193 84 -16.919
 602361 602362 BQ02380 BQ02390 rnd1 TRUE 0.791 1 -3.882
 602362 602363 BQ02390 BQ02400 rnd1 FALSE 0.004 596 0.021
 602363 602364 BQ02400 BQ02410 hpbC FALSE 0 1178 -3.87
 602364 602365 BQ02410 BQ02420 hpbC hbpA FALSE 0.152 336 -0.44
 602365 602366 BQ02420 BQ02430 hbpA hbpB FALSE 0.064 493 0.021
 602366 602367 BQ02430 BQ02440 hbpB ileS FALSE 0.214 253 0.021
 602367 602368 BQ02440 BQ02450 ileS FALSE 0.39 206 8.919
 602370 602371 BQ02470 BQ02480 TRUE 0.947 -19 5.876
 602371 602372 BQ02480 BQ02490 FALSE 0.002 1293 0
 602372 602373 BQ02490 BQ02500 FALSE 0.004 890 0
 602373 602374 BQ02500 BQ02510 pmbA FALSE 0.056 254 0
 602374 602375 BQ02510 BQ02520 pmbA TRUE 0.907 65 41.937
 602375 602376 BQ02520 BQ02530 TRUE 0.895 46 22.736
 602376 602377 BQ02530 BQ02540 kdtA FALSE 0.006 841 18.958
 602377 602378 BQ02540 BQ02550 kdtA lpxK TRUE 0.995 -10 79.311
 602379 602380 BQ02560 BQ02570 mutL FALSE 0.451 127 1.062
 602381 602382 BQ02580 BQ02590 lldD FALSE 0.003 983 -11.63
 602382 602383 BQ02590 BQ02600 lldD FALSE 0.002 1374 0
 602383 602384 BQ02600 BQ02610 TRUE 0.679 -34 0