VIMSS Operon Predictions for Vibrio fischeri ES114

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 942845 942846 VF0001 VF0002 FALSE 0.015 70 -43.576
 942846 942847 VF0002 VF0003 TRUE 0.948 97 274.203
 942847 942848 VF0003 VF0004 TRUE 0.681 227 173.469
 942848 942849 VF0004 VF0005 TRUE 0.996 16 451.78
 942849 942850 VF0005 VF0006 FALSE 0.247 186 -2.585
 942850 942851 VF0006 VF0007 TRUE 0.996 -3 137.433
 942851 942852 VF0007 VF0008 TRUE 0.974 125 306.769
 942853 942854 VF0009 VF0010 TRUE 0.996 33 932.2
 942854 942855 VF0010 VF0011 TRUE 0.998 14 805.134
 942855 942856 VF0011 VF0012 TRUE 0.999 18 241.462
 942856 942857 VF0012 VF0013 FALSE 0 424 -57.393
 942859 942860 VF0015 VF0016 TRUE 1 3 803.217
 942860 942861 VF0016 VF0017 FALSE 0.008 146 -31.088
 942861 942862 VF0017 VF0018 FALSE 0.048 135 -5.286
 942864 942865 VF0020 VF0021 FALSE 0.37 147 5.242
 942865 942866 VF0021 VF0022 FALSE 0.074 125 -2.012
 942867 942868 VF0023 VF0024 FALSE 0 760 -33.785
 942868 942869 VF0024 VF0025 TRUE 0.984 -52 123.8
 942870 942871 VF0026 VF0027 TRUE 0.754 57 62.144
 942871 942872 VF0027 VF0028 TRUE 0.785 33 56.617
 942872 942873 VF0028 VFT0001 FALSE 0.237 119 0
 942873 942874 VFT0001 VF0029 FALSE 0.014 434 0
 942874 942875 VF0029 VF0030 FALSE 0.312 81 0
 942875 942876 VF0030 VF0031 FALSE 0.035 299 0
 942876 942877 VF0031 VF0032 FALSE 0 601 -3.36
 942877 942878 VF0032 VF0033 TRUE 0.982 71 53.355
 942878 942879 VF0033 VF0034 TRUE 0.974 -7 32.166
 942879 942880 VF0034 VF0035 FALSE 0.421 207 48.956
 942880 942881 VF0035 VF0036 TRUE 0.994 11 243.693
 942882 942883 VF0037 VF0038 FALSE 0.009 260 -0.898
 942883 942884 VF0038 VF0039 FALSE 0.205 105 0
 942884 942885 VF0039 VF0040 FALSE 0.413 42 0
 942886 942887 VF0041 VF0042 FALSE 0.446 122 8.412
 942889 942890 VF0044 VF0045 TRUE 0.877 0 0
 942890 942891 VF0045 VF0046 FALSE 0.347 58 0
 942891 942892 VF0046 VF0047 TRUE 0.985 12 107.114
 942892 942893 VF0047 VF0048 TRUE 0.99 -3 122.083
 942893 942894 VF0048 VF0049 TRUE 0.789 52 77.835
 942894 942895 VF0049 VF0050 TRUE 0.999 4 115.601
 942895 942896 VF0050 VF0051 TRUE 0.999 3 219.788
 942899 942900 VF0054 VF0055 TRUE 0.774 34 35.572
 942900 942901 VF0055 VF0056 FALSE 0.374 51 0
 942902 942903 VF0057 VF0058 FALSE 0.282 240 210.447
 942903 942904 VF0058 VF0059 FALSE 0.348 158 7.947
 942904 942905 VF0059 VF0060 TRUE 0.506 102 8.99
 942905 942906 VF0060 VF0061 FALSE 0.303 164 7.805
 942906 942907 VF0061 VF0062 TRUE 0.861 97 8.386
 942908 942909 VF0063 VF0064 TRUE 0.994 -3 124.148
 942909 942910 VF0064 VF0065 TRUE 0.994 -3 123.05
 942910 942911 VF0065 VF0066 TRUE 0.997 3 166.255
 942912 942913 VF0067 VF0068 FALSE 0.014 85 -55.345
 942915 942916 VF0070 VF0071 TRUE 0.935 4 10.568
 942918 942919 VF0073 VF0074 FALSE 0 701 -49.121
 942921 942922 VF0076 VF0077 FALSE 0.007 155 5.808
 942922 942923 VF0077 VF0078 TRUE 0.954 0 9.885
 942923 942924 VF0078 VF0079 TRUE 0.971 3 46.274
 942924 942925 VF0079 VF0080 TRUE 0.516 109 33.352
 942929 942930 VF0084 VF0085 FALSE 0.024 81 -13.279
 942930 942931 VF0085 VF0086 FALSE 0.019 49 -30.707
 942931 942932 VF0086 VF0087 FALSE 0.01 117 -5.686
 942933 942934 VF0088 VF0089 TRUE 0.924 0 1.084
 942936 942937 VF0091 VF0092 FALSE 0.027 250 0
 942937 942938 VF0092 VF0093 TRUE 0.933 64 0
 942938 942939 VF0093 VF0094 FALSE 0.083 165 0
 942939 942940 VF0094 VF0095 TRUE 0.648 117 8.412
 942940 942941 VF0095 VF0096 TRUE 0.989 39 346.483
 942941 942942 VF0096 VF0097 TRUE 0.655 77 52.385
 942942 942943 VF0097 VF0098 FALSE 0.161 250 23.99
 942944 942945 VF0099 VF0100 FALSE 0.001 297 -46.936
 942945 942946 VF0100 VF0101 TRUE 0.891 -28 46.468
 942946 942947 VF0101 VF0102 FALSE 0.042 518 40.676
 942948 942949 VF0103 VF0104 FALSE 0.151 252 38.479
 942949 942950 VF0104 VF0105 TRUE 0.972 51 140.431
 942950 942951 VF0105 VF0106 TRUE 0.919 109 201.344
 942952 942953 VF0107 VF0108 FALSE 0.173 197 0.958
 942953 942954 VF0108 VF0109 FALSE 0.12 232 0.958
 942956 942957 VF0111 VF0112 FALSE 0.182 243 49.058
 942959 942960 VF0114 VF0115 FALSE 0.296 433 182.891
 942961 942962 VF0116 VF0117 FALSE 0.001 364 -51.353
 942963 942964 VF0118 VF0119 TRUE 0.7 27 10.568
 942965 942966 VF0120 VF0121 FALSE 0.338 228 31.182
 942966 942967 VF0121 VF0122 FALSE 0.059 19 -40.655
 942967 942968 VF0122 VF0123 TRUE 0.598 25 0
 942968 942969 VF0123 VF0124 FALSE 0.332 69 0
 942969 942970 VF0124 VF0125 FALSE 0.14 155 0
 942971 942972 VF0126 VF0127 FALSE 0.436 196 111.354
 942972 942973 VF0127 VF0128 TRUE 0.999 15 334.055
 942973 942974 VF0128 VF0129 FALSE 0.026 461 8.522
 942974 942975 VF0129 VF0130 FALSE 0.15 240 9.431
 942975 942976 VF0130 VF0131 FALSE 0.045 25 -13.138
 942977 942978 VF0132 VF0133 FALSE 0.111 -7 -4.498
 942978 942979 VF0133 VF0134 TRUE 0.912 3 2.544
 942979 942980 VF0134 VF0135 TRUE 0.95 10 15.939
 942981 942982 VF0136 VF0137 FALSE 0.031 109 -1.777
 942983 942984 VF0138 VF0139 TRUE 0.931 -3 -58.137
 942985 942986 VF0140 VF0141 TRUE 0.963 24 33.316
 942986 942987 VF0141 VF0142 TRUE 0.97 35 39.906
 942987 942988 VF0142 VF0143 TRUE 0.995 8 201.021
 942988 942989 VF0143 VF0144 TRUE 0.981 -7 59.692
 942989 942990 VF0144 VF0145 TRUE 0.971 16 32.306
 942990 942991 VF0145 VF0146 TRUE 0.956 6 47.064
 942991 942992 VF0146 VF0147 TRUE 0.932 16 77.382
 942992 942993 VF0147 VF0148 TRUE 0.969 0 60.389
 942993 942994 VF0148 VF0149 FALSE 0.153 9 -0.614
 942995 942996 VF0150 VF0151 TRUE 0.904 4 -0.048
 942996 942997 VF0151 VF0152 TRUE 0.711 28 -3.478
 942998 942999 VF0153 VF0154 FALSE 0.125 86 -1.58
 942999 943000 VF0154 VF0155 FALSE 0.099 123 -1.037
 943001 943002 VF0156 VF0157 FALSE 0.143 178 0
 943002 943003 VF0157 VF0158 TRUE 0.879 4 0
 943003 943004 VF0158 VF0159 FALSE 0.406 43 0
 943004 943005 VF0159 VF0160 FALSE 0.39 48 0
 943005 943006 VF0160 VF0161 FALSE 0.229 124 0
 943007 943008 VF0162 VF0163 FALSE 0.343 161 -0.046
 943008 943009 VF0163 VF0164 FALSE 0.058 355 -0.76
 943009 943010 VF0164 VF0165 FALSE 0.212 285 52.176
 943010 943011 VF0165 VF0166 FALSE 0.324 82 -35.854
 943011 943012 VF0166 VF0167 TRUE 1 0 668.457
 943012 943013 VF0167 VF0168 TRUE 0.999 0 526.983
 943013 943014 VF0168 VF0169 TRUE 0.975 2 1.244
 943014 943015 VF0169 VF0170 TRUE 0.905 4 0.365
 943015 943016 VF0170 VF0171 TRUE 0.549 22 0
 943016 943017 VF0171 VF0172 TRUE 0.697 -19 0
 943017 943018 VF0172 VF0173 TRUE 0.873 5 0
 943018 943019 VF0173 VF0174 FALSE 0.008 1132 -0.243
 943019 943020 VF0174 VF0175 TRUE 0.738 -24 -0.459
 943020 943021 VF0175 VF0176 TRUE 0.657 13 -1.86
 943021 943022 VF0176 VF0177 TRUE 0.889 3 15.986
 943022 943023 VF0177 VF0178 TRUE 0.984 4 1.535
 943023 943024 VF0178 VF0179 TRUE 0.907 1 2.058
 943024 943025 VF0179 VF0180 FALSE 0.097 246 -9.722
 943025 943026 VF0180 VF0181 FALSE 0 575 -23.279
 943026 943027 VF0181 VF0182 TRUE 0.716 23 9.467
 943027 943028 VF0182 VF0183 TRUE 0.998 4 231.709
 943028 943029 VF0183 VF0184 TRUE 0.995 0 98.331
 943029 943030 VF0184 VF0185 TRUE 0.846 16 2.483
 943030 943031 VF0185 VF0186 FALSE 0.099 -22 -0.111
 943031 943032 VF0186 VF0187 FALSE 0.327 74 0
 943032 943033 VF0187 VF0188 FALSE 0.474 35 0
 943033 943034 VF0188 VF0189 TRUE 0.734 -13 0
 943034 943035 VF0189 VF0190 TRUE 0.762 -10 0
 943035 943036 VF0190 VF0191 FALSE 0.321 78 0
 943036 943037 VF0191 VF0192 TRUE 0.999 0 86.651
 943037 943038 VF0192 VF0193 TRUE 0.999 10 85.147
 943038 943039 VF0193 VF0194 TRUE 0.825 -31 9.955
 943039 943040 VF0194 VF0195 TRUE 0.958 -3 21.462
 943040 943041 VF0195 VF0196 TRUE 0.996 -3 83.123
 943041 943042 VF0196 VF0197 TRUE 0.979 15 32.446
 943042 943043 VF0197 VF0198 FALSE 0.019 334 0
 943043 943044 VF0198 VF0199 TRUE 0.973 -13 0
 943044 943045 VF0199 VF0200 FALSE 0.07 209 0
 943045 943046 VF0200 VF0201 FALSE 0.042 123 -2.552
 943047 943048 VF0202 VF0203 FALSE 0.001 373 -16.565
 943049 943050 VF0204 VF0205 TRUE 0.999 78 1285.683
 943053 943054 VF0208 VF0209 FALSE 0 725 -6.372
 943056 943057 VF0211 VF0212 TRUE 0.762 125 46.493
 943057 943058 VF0212 VF0213 FALSE 0.236 83 0
 943058 943059 VF0213 VF0214 TRUE 0.961 -33 0
 943059 943060 VF0214 VF0215 FALSE 0.269 103 0
 943060 943061 VF0215 VF0216 TRUE 0.892 28 51.247
 943061 943062 VF0216 VF0217 TRUE 0.923 6 5.488
 943062 943063 VF0217 VF0218 TRUE 0.896 -16 16.741
 943064 943065 VF0219 VF0220 TRUE 0.921 0 0.537
 943065 943066 VF0220 VF0221 FALSE 0.119 192 0
 943066 943067 VF0221 VF0222 FALSE 0.378 36 0
 943067 943068 VF0222 VF0223 TRUE 0.711 57 39.869
 943069 943070 VF0224 VF0225 TRUE 0.968 0 24.388
 943071 943072 VF0226 VF0227 FALSE 0.444 171 45.865
 943072 943073 VF0227 VF0228 TRUE 0.962 -3 50.309
 943073 943074 VF0228 VF0229 TRUE 0.978 35 132.4
 943074 943075 VF0229 VF0230 FALSE 0 455 28.056
 943075 943076 VF0230 VF0231 TRUE 0.999 95 1522.407
 943076 943077 VF0231 VF0232 TRUE 0.988 132 1421.548
 943077 943078 VF0232 VF0233 TRUE 0.912 109 0
 943078 943079 VF0233 VF0234 FALSE 0.045 413 0
 943079 943080 VF0234 VF0235 TRUE 0.774 13 0
 943080 943081 VF0235 VF0236 TRUE 0.844 -3 0
 943081 943082 VF0236 VF0237 TRUE 1 18 1162.355
 943082 943083 VF0237 VF0238 TRUE 0.999 -3 1425.331
 943083 943084 VF0238 VF0239 TRUE 0.999 16 1456.43
 943084 943085 VF0239 VF0240 TRUE 0.999 20 1512.454
 943085 943086 VF0240 VF0241 TRUE 1 11 1362.633
 943086 943087 VF0241 VF0242 TRUE 0.999 20 1376.453
 943087 943088 VF0242 VF0243 TRUE 1 12 1544.733
 943088 943089 VF0243 VF0244 TRUE 1 0 1219.578
 943089 943090 VF0244 VF0245 TRUE 1 0 1232.143
 943090 943091 VF0245 VF0246 TRUE 0.995 165 1372.589
 943091 943092 VF0246 VF0247 TRUE 0.969 -3 0
 943092