MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio fischeri ES114

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 945561 945562 VF_A0001 VF_A0002   yoaB FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 945562 945563 VF_A0002 VF_A0003 yoaB   FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 945565 945566 VF_A0005 VF_A0006     FALSE 0.121 101.000 0.000 NA   NA
 945568 945569 VF_A0008 VF_A0009   katA FALSE 0.259 55.000 0.066 1.000   NA
 945569 945570 VF_A0009 VF_A0010 katA   FALSE 0.369 26.000 0.000 NA   NA
 945570 945571 VF_A0010 VF_A0011     FALSE 0.142 78.000 0.000 NA   NA
 945573 945574 VF_A0013 VF_A0014     FALSE 0.020 210.000 0.000 NA   NA
 945574 945575 VF_A0014 VF_A0015     FALSE 0.012 251.000 0.000 NA   NA
 945575 945576 VF_A0015 VF_A0016     FALSE 0.089 86.000 0.000 1.000   NA
 945578 945579 VF_A0018 VF_A0019     FALSE 0.010 230.000 0.000 1.000   NA
 945579 945580 VF_A0019 VF_A0020     FALSE 0.171 60.000 0.000 NA   NA
 5488641 5488642 VF_A1173 VF_A1174     FALSE 0.073 144.000 0.000 NA   NA
 5488643 945581 VF_A1175 VF_A0021     FALSE 0.006 334.000 0.000 NA   NA
 945582 945583 VF_A0022 VF_A0023     FALSE 0.155 70.000 0.000 NA   NA
 945587 945588 VF_A0027 VF_A0028   setC FALSE 0.022 140.000 0.000 NA N NA
 945589 945590 VF_A0029 VF_A0030     FALSE 0.031 116.000 0.000 NA N NA
 945593 945594 VF_A0033 VF_A0034     FALSE 0.144 76.000 0.000 NA   NA
 945596 945597 VF_A0036 VF_A0037     TRUE 0.664 -3.000 0.014 NA   NA
 945598 5488644 VF_A0038 VF_A1176     FALSE 0.064 149.000 0.000 NA   NA
 945599 945600 VF_A0039 VF_A0040 uhpC uhpB TRUE 0.990 9.000 0.917 0.073 N NA
 945600 945601 VF_A0040 VF_A0041 uhpB uhpA TRUE 0.984 39.000 0.579 0.028 Y NA
 945601 945602 VF_A0041 VF_A0042 uhpA uhpT FALSE 0.495 148.000 0.423 1.000 N NA
 945602 945603 VF_A0042 VF_A0043 uhpT   FALSE 0.001 274.000 0.000 1.000 N NA
 945604 945605 VF_A0044 VF_A0045     TRUE 0.999 0.000 0.875 0.013 Y NA
 945605 945606 VF_A0045 VF_A0046     TRUE 0.992 0.000 0.875 NA N NA
 945608 945609 VF_A0048 VF_A0049     TRUE 0.679 6.000 0.000 NA   NA
 945609 945610 VF_A0049 VF_A0050     FALSE 0.153 56.000 0.020 NA   NA
 945614 945615 VF_A0054 VF_A0055     TRUE 0.935 12.000 0.269 NA   NA
 945617 945618 VF_A0057 VF_A0058     TRUE 0.741 -3.000 0.000 NA   NA
 945618 945619 VF_A0058 VF_A0059     TRUE 0.967 3.000 0.250 NA   NA
 945620 945621 VF_A0060 VF_A0061 cmtB cmtA TRUE 0.992 14.000 0.222 0.010 Y NA
 945621 945622 VF_A0061 VF_A0062 cmtA yggP TRUE 0.865 51.000 0.700 1.000 N NA
 945622 945623 VF_A0062 VF_A0063 yggP yggD TRUE 0.671 59.000 0.300 NA N NA
 945623 945624 VF_A0063 VF_A0064 yggD yggC TRUE 0.670 10.000 0.069 NA N NA
 945627 945628 VF_A0067 VF_A0068     TRUE 0.982 10.000 0.667 NA   NA
 945631 945632 VF_A0071 VF_A0072 hnoX   TRUE 0.767 19.000 0.138 1.000   NA
 945633 945634 VF_A0073 VF_A0074     FALSE 0.011 265.000 0.000 NA   NA
 945634 945635 VF_A0074 VF_A0075   mshQ2 FALSE 0.405 23.000 0.000 NA   NA
 945635 945636 VF_A0075 VF_A0076 mshQ2 mshP2 TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 945636 945637 VF_A0076 VF_A0077 mshP2 mshO2 TRUE 0.970 -28.000 0.619 NA   NA
 945637 945638 VF_A0077 VF_A0078 mshO2 mshD2 TRUE 0.993 0.000 0.762 NA   NA
 945638 945639 VF_A0078 VF_A0079 mshD2 mshC2 TRUE 0.974 -10.000 0.455 NA   NA
 945639 945640 VF_A0079 VF_A0080 mshC2 dmsC FALSE 0.005 372.000 0.000 NA   NA
 945640 945641 VF_A0080 VF_A0081 dmsC ynfG TRUE 0.972 2.000 0.286 1.000   NA
 945641 945642 VF_A0081 VF_A0082 ynfG dmsA TRUE 0.977 11.000 0.118 0.047 Y NA
 945643 945644 VF_A0083 VF_A0084 dmsD   TRUE 0.676 0.000 0.000 1.000   NA
 945645 945646 VF_A0085 VF_A0086   ggt FALSE 0.025 168.000 0.000 1.000   NA
 945646 945647 VF_A0086 VF_A0087 ggt   FALSE 0.047 162.000 0.000 NA   NA
 945648 945649 VF_A0088 VF_A0089     FALSE 0.097 123.000 0.000 NA   NA
 945650 945651 VF_A0090 VF_A0091     FALSE 0.020 899.000 0.000 0.027   NA
 945651 945652 VF_A0091 VF_A0092     FALSE 0.005 148.000 0.000 1.000 N NA
 945654 945655 VF_A0094 VF_A0095 ynjF ynjD TRUE 0.950 -7.000 0.242 1.000   NA
 945655 945656 VF_A0095 VF_A0096 ynjD   TRUE 0.974 14.000 0.682 NA   NA
 945656 945657 VF_A0096 VF_A0097   ynjB FALSE 0.461 18.000 0.000 NA   NA
 945657 945658 VF_A0097 VF_A0098 ynjB ydjX FALSE 0.013 241.000 0.000 NA   NA
 945658 945659 VF_A0098 VF_A0099 ydjX   TRUE 0.882 16.000 0.200 NA   NA
 945659 945660 VF_A0099 VF_A0100   yeiT TRUE 0.900 -3.000 0.098 NA   NA
 945660 945661 VF_A0100 VF_A0101 yeiT   FALSE 0.317 30.000 0.073 1.000 N NA
 945662 945663 VF_A0102 VF_A0103     TRUE 0.692 9.000 0.051 1.000   NA
 945663 945664 VF_A0103 VF_A0104   yraR FALSE 0.038 94.000 0.000 NA N NA
 945664 945665 VF_A0104 VF_A0105 yraR   FALSE 0.042 79.000 0.000 NA N NA
 945667 945668 VF_A0107 VF_A0108     FALSE 0.012 253.000 0.000 NA   NA
 945670 945671 VF_A0110 VF_A0111 ybhG ybhF TRUE 0.993 5.000 0.562 1.000 Y NA
 945671 945672 VF_A0111 VF_A0112 ybhF ybhS TRUE 0.995 -3.000 0.532 NA Y NA
 945672 5488645 VF_A0112 VF_A1177 ybhS   FALSE 0.004 451.000 0.000 NA   NA
 945674 945675 VF_A0114 VF_A0115     FALSE 0.208 76.000 0.065 1.000   NA
 945675 945676 VF_A0115 VF_A0116   yceM FALSE 0.014 197.000 0.000 1.000   NA
 945677 945678 VF_A0117 VF_A0118     FALSE 0.164 64.000 0.000 NA   NA
 945678 945679 VF_A0118 VF_A0119     FALSE 0.052 21.000 0.023 1.000 N NA
 945680 945681 VF_A0120 VF_A0121     TRUE 0.955 12.000 0.375 NA   NA
 945683 945684 VF_A0123 VF_A0124 ybgH tppB FALSE 0.211 345.000 0.000 0.002 Y NA
 945684 945685 VF_A0124 VF_A0125 tppB   FALSE 0.008 186.000 0.000 NA N NA
 945687 945688 VF_A0127 VF_A0128     FALSE 0.008 291.000 0.000 NA   NA
 945688 945689 VF_A0128 VF_A0129   ulaA TRUE 0.937 16.000 0.391 1.000   NA
 945689 945690 VF_A0129 VF_A0130 ulaA   TRUE 0.892 -15.000 0.174 1.000   NA
 945690 945691 VF_A0130 VF_A0131     FALSE 0.051 159.000 0.000 NA   NA
 945691 945692 VF_A0131 VF_A0132     FALSE 0.043 165.000 0.000 NA   NA
 945693 945694 VF_A0133 VF_A0134     FALSE 0.119 104.000 0.000 NA   NA
 945694 945695 VF_A0134 VF_A0135     FALSE 0.523 -31.000 0.000 NA   NA
 945697 945698 VF_A0137 VF_A0138     FALSE 0.040 167.000 0.000 NA   NA
 945698 945699 VF_A0138 VF_A0139     FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 5488646 945702 VF_A0141 VF_A0142     FALSE 0.005 356.000 0.000 NA   NA
 945709 945710 VF_A0149 VF_A0150   yeeN FALSE 0.092 96.000 0.016 NA   NA
 945710 945711 VF_A0150 VF_A0151 yeeN rhlE FALSE 0.056 155.000 0.000 NA   NA
 945711 945712 VF_A0151 VF_A0152 rhlE   FALSE 0.004 237.000 0.000 NA N NA
 945712 945713 VF_A0152 VF_A0153   emrD FALSE 0.003 251.000 0.000 NA N NA
 945715 945716 VF_A0155 VF_A0156     TRUE 0.744 79.000 0.400 NA   NA
 945718 945719 VF_A0158 VF_A0159 fhuC fhuD TRUE 0.856 39.000 0.157 1.000 Y NA
 945719 945720 VF_A0159 VF_A0160 fhuD fhuB TRUE 0.962 13.000 0.186 1.000 Y NA
 945720 945721 VF_A0160 VF_A0161 fhuB iucA FALSE 0.005 149.000 0.000 1.000 N NA
 945721 945722 VF_A0161 VF_A0162 iucA iucB TRUE 0.938 -7.000 0.200 1.000   NA
 945722 945723 VF_A0162 VF_A0163 iucB iucC TRUE 0.973 0.000 0.296 1.000   NA
 945723 945724 VF_A0163 VF_A0164 iucC iucD TRUE 0.901 29.000 0.148 1.000 Y NA
 945724 945725 VF_A0164 VF_A0165 iucD iutA FALSE 0.189 104.000 0.100 1.000 N NA
 945725 945726 VF_A0165 VF_A0166 iutA qmcA FALSE 0.003 183.000 0.019 NA N NA
 945726 945727 VF_A0166 VF_A0167 qmcA   TRUE 0.995 10.000 0.906 NA Y NA
 945727 945728 VF_A0167 VF_A0168     FALSE 0.004 237.000 0.000 NA N NA
 945728 945729 VF_A0168 VF_A0169     FALSE 0.094 425.000 0.000 0.024 Y NA
 945729 945730 VF_A0169 VF_A0170     FALSE 0.085 461.000 0.000 0.023 Y NA
 945733 945734 VF_A0173 VF_A0174     FALSE 0.061 151.000 0.000 NA   NA
 945734 945735 VF_A0174 VF_A0175     FALSE 0.018 217.000 0.000 NA   NA
 945736 945737 VF_A0176 VF_A0177   ogt FALSE 0.046 24.000 0.018 1.000 N NA
 945738 945739 VF_A0178 VF_A0179 cusS cusR TRUE 0.999 5.000 0.667 0.001 Y NA
 945739 945740 VF_A0179 VF_A0180 cusR   TRUE 0.753 104.000 0.500 NA   NA
 945741 945742 VF_A0181 VF_A0182     TRUE 0.940 6.000 0.000 1.000 Y NA
 945742 945743 VF_A0182 VF_A0183     FALSE 0.014 236.000 0.000 NA   NA
 945743 945744 VF_A0183 VF_A0184     TRUE 0.620 10.000 0.000 NA   NA
 945744 945745 VF_A0184 VF_A0185     FALSE 0.479 -15.000 0.000 1.000   NA
 945745 945746 VF_A0185 VF_A0186   motA2 TRUE 0.986 -3.000 0.118 0.007   NA
 945746 945747 VF_A0186 VF_A0187 motA2 motB2 TRUE 0.985 1.000 0.176 1.000 Y NA
 945748 945749 VF_A0188 VF_A0189 torZ torY TRUE 0.991 13.000 0.438 0.047 Y NA
 945749 945750 VF_A0189 VF_A0190 torY   FALSE 0.085 134.000 0.000 NA   NA
 945751 945752 VF_A0191 VF_A0192     TRUE 0.855 111.000 0.875 NA   NA
 945752 945753 VF_A0192 VF_A0193     TRUE 0.971 2.000 0.250 NA   NA
 945753 945754 VF_A0193 VF_A0194     TRUE 0.999 0.000 0.667 0.018 Y NA
 945754 945755 VF_A0194 VF_A0195     TRUE 0.997 -3.000 0.667 0.068 Y NA
 945755 945756 VF_A0195 VF_A0196     TRUE 0.988 0.000 0.667 1.000 N NA
 945756 945757 VF_A0196 VF_A0197     TRUE 0.640 -3.000 0.000 1.000   NA
 945758 945759 VF_A0198 VF_A0199     TRUE 0.990 0.000 0.667 1.000   NA
 945759 945760 VF_A0199 VF_A0200     TRUE 0.998 -3.000 0.667 0.004   NA
 945764 945765 VF_A0204 VF_A0205   yeiH FALSE 0.101 119.000 0.000 NA   NA
 945767 945768 VF_A0207 VF_A0208     FALSE 0.138 82.000 0.000 NA   NA
 945769 945770 VF_A0209 VF_A0210   eptA FALSE 0.090 129.000 0.000 NA   NA
 945770 945771 VF_A0210 VF_A0211 eptA   FALSE 0.079 100.000 0.000 1.000   NA
 945771 945772 VF_A0211 VF_A0212     TRUE 0.993 -12.000 0.667 1.000 Y NA
 945773 5488647 VF_A0213 VF_A1178     FALSE 0.493 -103.000 0.000 NA   NA
 5488647 945774 VF_A1178 VF_A0214     FALSE 0.109 113.000 0.000 NA   NA
 945775 945776 VF_A0215 VF_A0216     TRUE 0.989 -10.000 1.000 1.000   NA
 945776 945777 VF_A0216 VF_A0217     TRUE 0.984 -31.000 1.000 NA   NA
 945777 945778 VF_A0217 VF_A0218   flp2 FALSE 0.005 351.000 0.000 NA   NA
 945778 5488648 VF_A0218 VF_A1179 flp2   TRUE 0.974 10.000 0.500 NA   NA
 5488648 945779 VF_A1179 VF_A0219     TRUE 0.995 9.000 0.750 NA Y NA
 945779 945780 VF_A0219 VF_A0220     TRUE 0.995 11.000 1.000 NA Y NA
 945780 945781 VF_A0220 VF_A0221     TRUE 0.989 -3.000 0.667 NA   NA
 945781 945782 VF_A0221 VF_A0222     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 945782 945783 VF_A0222 VF_A0223   tadA2 TRUE 0.998 3.000 1.000 NA Y NA
 945783 945784 VF_A0223 VF_A0224 tadA2 tadB2 TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA Y NA
 945784 945785 VF_A0224 VF_A0225 tadB2 tadC2 TRUE 0.986 -30.000 0.500 NA Y NA
 945785 945786 VF_A0225 VF_A0226 tadC2 tadD2 TRUE 0.995 -10.000 0.750 NA Y NA
 945786 945787 VF_A0226 VF_A0227 tadD2 tadE2 TRUE 0.986 5.000 0.667 NA   NA
 945787 945788 VF_A0227 VF_A0228 tadE2 tadF2 TRUE 0.979 -16.000 0.667 NA   NA
 945788 945789 VF_A0228 VF_A0229 tadF2 tadG2 TRUE 0.995 2.000 1.000 NA   NA
 945789 945790 VF_A0229 VF_A0230 tadG2   FALSE 0.235 40.000 0.000 NA   NA
 945790 945791 VF_A0230 VF_A0231     FALSE 0.064 121.000 0.000 1.000   NA
 945791 945792 VF_A0231 VF_A0232     FALSE 0.505 -46.000 0.000 NA   NA
 945793 945794 VF_A0233 VF_A0234     FALSE 0.445 19.000 0.000 NA   NA
 945795 945796 VF_A0235 VF_A0236 glpF glpK FALSE 0.226 66.000 0.094 1.000 N NA
 945798 945799 VF_A0238 VF_A0239 glpR glpD FALSE 0.095 178.000 0.144 1.000 N NA
 945805 945806 VF_A0245 VF_A0246     FALSE 0.091 128.000 0.000 NA   NA
 945807 945808 VF_A0247 VF_A0248   glpC FALSE 0.006 278.000 0.000 1.000   NA
 945808 945809 VF_A0248 VF_A0249 glpC glpB TRUE 0.997 -3.000 0.705 0.002 N NA
 945809 945810 VF_A0249 VF_A0250 glpB glpA TRUE 0.998 -3.000 0.754 0.002 N NA
 945813 945814 VF_A0253 VF_A0254 pepT   FALSE 0.054 135.000 0.000 1.000   NA
 945815 945816 VF_A0255 VF_A0256 yeaM   FALSE 0.011 262.000 0.000 NA   NA
 945819 945820 VF_A0259 VF_A0260     FALSE 0.000 430.000 0.000 1.000 N NA
 945820 945821 VF_A0260 VF_A0261     TRUE 0.985 8.000 0.739 1.000   NA
 945821 945822 VF_A0261 VF_A0262     FALSE 0.203 116.000 0.087 1.000   NA
 945822 945823 VF_A0262 VF_A0263     FALSE 0.028 159.000 0.007 NA   NA
 945823 945824 VF_A0263 VF_A0264   ycbX FALSE 0.086 133.000 0.000 NA   NA
 945824 945825 VF_A0264 VF_A0265 ycbX   TRUE 0.718 12.000 0.080 1.000   NA
 945825 945826 VF_A0265 VF_A0266     TRUE 0.992 -25.000 0.769 1.000 Y NA
 945827 945828 VF_A0267 VF_A0268   yedI FALSE 0.049 144.000 0.013 NA   NA
 945836 5488650 VF_A0276 VF_AT0001     FALSE 0.004 448.000 0.000 NA   NA
 5488650 5488651 VF_AT0001 VF_AT0002     FALSE 0.235 40.000 0.000 NA   NA
 5488651 945839 VF_AT0002 VF_A0277     FALSE 0.137 83.000 0.000 NA   NA
 945839 945840 VF_A0277 VF_A0278   alx FALSE 0.172 146.000 0.118 NA N NA
 945843 945844 VF_A0281 VF_A0282 nrdD nrdG FALSE 0.201 0.000 0.016 1.000 N NA
 945844 945845 VF_A0282 VF_A0283 nrdG   FALSE 0.011 91.000 0.031 1.000 N NA
 945845 945846 VF_A0283 VF_A0284     FALSE 0.401 65.000 0.136 NA N NA
 945847 945848 VF_A0285 VF_A0286     TRUE 0.988 91.000 1.000 0.011 Y NA
 945848 945849 VF_A0286 VF_A0287     FALSE 0.011 265.000 0.000 NA   NA
 945849 945850 VF_A0287 VF_A0288     TRUE 0.899 84.000 1.000 NA   NA
 945851 945852 VF_A0289 VF_A0290 cobQ modA FALSE 0.088 12.000 0.020 1.000 N NA
 945852 945853 VF_A0290 VF_A0291 modA modB TRUE 0.999 -3.000 0.634 0.001 Y NA
 945853 945854 VF_A0291 VF_A0292 modB modC TRUE 0.998 4.000 0.536 0.001 Y NA
 945854 945855 VF_A0292 VF_A0293 modC yjjG FALSE 0.239 11.000 0.008 1.000   NA
 945856 945857 VF_A0294 VF_A0295   yaiL TRUE 0.691 5.000 0.000 NA   NA
 945858 945859 VF_A0296 VF_A0297     FALSE 0.006 332.000 0.000 NA   NA
 945859 945860 VF_A0297 VF_A0298   torC TRUE 0.844 58.000 0.200 NA Y NA
 945860 945861 VF_A0298 VF_A0299 torC torA TRUE 0.980 24.000 0.345 0.046 Y NA
 945861 945862 VF_A0299 VF_A0300 torA   FALSE 0.001 238.000 0.000 1.000 N NA
 945862 945863 VF_A0300 VF_A0301     FALSE 0.000 397.000 0.000 1.000 N NA
 945863 945864 VF_A0301 VF_A0302     FALSE 0.001 220.000 0.000 1.000 N NA
 945864 945865 VF_A0302 VF_A0303     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 945866 945867 VF_A0304 VF_A0305   sapF FALSE 0.530 10.000 0.028 1.000   NA
 945867 945868 VF_A0305 VF_A0306 sapF sapD TRUE 0.998 -16.000 0.704 0.004 Y NA
 945868 945869 VF_A0306 VF_A0307 sapD sapC TRUE 0.997 0.000 0.757 1.000 Y NA
 945869 945870 VF_A0307 VF_A0308 sapC sapB TRUE 0.996 -13.000 0.785 0.049 Y NA
 945870 945871 VF_A0308 VF_A0309 sapB sapA TRUE 0.962 0.000 0.138 0.049 N NA
 945871 945872 VF_A0309 VF_A0310 sapA pspF FALSE 0.345 78.000 0.115 1.000   NA
 945873 945874 VF_A0311 VF_A0312 pspA pspB TRUE 0.855 64.000 0.639 NA   NA
 945874 945875 VF_A0312 VF_A0313 pspB pspC TRUE 0.994 0.000 0.902 NA   NA
 945875 945876 VF_A0313 VF_A0314 pspC ycjX FALSE 0.511 96.000 0.195 NA   NA
 945876 945877 VF_A0314 VF_A0315 ycjX ycjF TRUE 0.991 -3.000 0.763 NA   NA
 945877 945878 VF_A0315 VF_A0316 ycjF thiD FALSE 0.011 261.000 0.000 NA   NA
 945878 945879 VF_A0316 VF_A0317 thiD   FALSE 0.141 -7.000 0.020 1.000 N NA
 945879 945880 VF_A0317 VF_A0318   tauC TRUE 0.991 -7.000 0.429 1.000 Y NA
 945880 945881 VF_A0318 VF_A0319 tauC   TRUE 0.961 28.000 0.362 NA Y NA
 945881 945882 VF_A0319 VF_A0320     TRUE 0.888 19.000 0.301 NA N NA
 945882 945883 VF_A0320 VF_A0321   thiM FALSE 0.183 33.000 0.053 1.000 N NA
 945883 945884 VF_A0321 VF_A0322 thiM   TRUE 0.993 11.000 0.180 0.004 Y NA
 945885 945886 VF_A0323 VF_A0324     FALSE 0.007 188.000 0.000 NA N NA
 945890 945891 VF_A0328 VF_A0329 yiaD   FALSE 0.035 152.000 0.009 NA   NA
 945891 945892 VF_A0329 VF_A0330     TRUE 0.925 3.000 0.125 NA   NA
 945892 945893 VF_A0330 VF_A0331     TRUE 0.802 29.000 0.200 NA   NA
 945893 945894 VF_A0331 VF_A0332     TRUE 0.978 10.000 0.700 1.000 N NA
 945894 945895 VF_A0332 VF_A0333   ptrB TRUE 0.837 17.000 0.211 1.000 N NA
 945895 945896 VF_A0333 VF_A0334 ptrB   FALSE 0.001 240.000 0.000 1.000 N NA
 945897 945898 VF_A0335 VF_A0336     TRUE 0.778 19.000 0.128 NA   NA
 945900 945901 VF_A0338 VF_A0339   ygjJ TRUE 0.686 131.000 0.500 NA   NA
 945901 945902 VF_A0339 VF_A0340 ygjJ   FALSE 0.005 364.000 0.000 NA   NA
 945902 945903 VF_A0340 VF_A0341     FALSE 0.003 765.000 0.000 NA   NA
 945904 945905 VF_A0342 VF_A0343     TRUE 0.994 -10.000 0.667 NA Y NA
 945905 945906 VF_A0343 VF_A0344     TRUE 0.947 6.000 0.000 NA Y NA
 945907 945908 VF_A0345 VF_A0346 ygjI ebgC FALSE 0.315 174.000 0.368 NA N NA
 945908 945909 VF_A0346 VF_A0347 ebgC ebgA TRUE 0.996 0.000 0.550 NA Y NA
 945909 945910 VF_A0347 VF_A0348 ebgA ebgR FALSE 0.004 350.000 0.065 1.000 N NA
 945910 945911 VF_A0348 VF_A0349 ebgR   FALSE 0.262 102.000 0.000 0.049 N NA
 945911 945912 VF_A0349 VF_A0350     TRUE 0.960 4.000 0.296 NA N NA
 945912 945913 VF_A0350 VF_A0351   yidK FALSE 0.076 141.000 0.000 NA   NA
 945914 945915 VF_A0352 VF_A0353 galE galT TRUE 0.899 138.000 0.562 0.002 N NA
 945915 945917 VF_A0353 VF_A0355 galT galK FALSE 0.286 194.000 0.058 0.002 N NA
 945917 945918 VF_A0355 VF_A0356 galK galM TRUE 0.992 10.000 0.107 0.002 Y NA
 945919 945920 VF_A0357 VF_A0358     TRUE 0.988 4.000 0.778 NA N NA
 945921 945922 VF_A0359 VF_A0360     FALSE 0.030 148.000 0.000 0.096 N NA
 945924 945925 VF_A0362 VF_A0363 ygjH   FALSE 0.007 260.000 0.000 1.000   NA
 945925 945926 VF_A0363 VF_A0364     FALSE 0.140 80.000 0.000 NA   NA
 945926 945927 VF_A0364 VF_A0365     FALSE 0.139 81.000 0.000 NA   NA
 945927 945928 VF_A0365 VF_A0366     FALSE 0.001 364.000 0.000 NA N NA
 945928 945929 VF_A0366 VF_A0367     FALSE 0.044 74.000 0.000 NA N NA
 945929 945930 VF_A0367 VF_A0368     FALSE 0.005 219.000 0.000 NA N NA
 945930 945931 VF_A0368 VF_A0369     FALSE 0.068 281.000 0.000 NA Y NA
 945931 945932 VF_A0369 VF_A0370     TRUE 0.994 18.000 0.429 0.010 Y NA
 945934 945935 VF_A0372 VF_A0373 ybdG   FALSE 0.314 155.000 0.017 NA Y NA
 945935 945936 VF_A0373 VF_A0374     FALSE 0.003 244.000 0.000 NA N NA
 945936 945937 VF_A0374 VF_A0375     FALSE 0.009 275.000 0.000 NA   NA
 945937 945938 VF_A0375 VF_A0376     TRUE 0.711 4.000 0.000 NA   NA
 945938 945939 VF_A0376 VF_A0377     TRUE 0.944 11.000 0.286 NA   NA
 945940 945941 VF_A0378 VF_A0379   yiaV FALSE 0.002 190.000 0.000 1.000 N NA
 945941 945942 VF_A0379 VF_A0380 yiaV yiaW TRUE 0.985 0.000 0.440 NA   NA
 945942 945943 VF_A0380 VF_A0381 yiaW   FALSE 0.040 167.000 0.000 NA   NA
 5488652 945944 VF_A1180 VF_A0382     FALSE 0.176 57.000 0.000 NA   NA
 945946 945947 VF_A0384 VF_A0385 deaD speG FALSE 0.061 281.000 0.000 1.000 Y NA
 945949 945950 VF_A0387 VF_A0388     FALSE 0.124 96.000 0.000 NA   NA
 945950 945951 VF_A0388 VF_A0389     FALSE 0.024 194.000 0.000 NA   NA
 945952 945953 VF_A0390 VF_A0391     TRUE 0.975 4.000 0.000 0.048 Y NA
 945953 945954 VF_A0391 VF_A0392   glnP TRUE 0.943 15.000 0.000 0.048 Y NA
 945954 945955 VF_A0392 VF_A0393 glnP   TRUE 0.995 2.000 0.562 1.000 Y NA
 945958 945959 VF_A0396 VF_A0397     FALSE 0.004 462.000 0.000 NA   NA
 945960 945961 VF_A0398 VF_A0399     TRUE 0.766 2.000 0.000 NA   NA
 945961 945962 VF_A0399 VF_A0400   lsrR FALSE 0.098 122.000 0.000 NA   NA
 945962 945963 VF_A0400 VF_A0401 lsrR   TRUE 0.908 9.000 0.154 NA   NA
 945963 945964 VF_A0401 VF_A0402   deoD2 TRUE 0.873 58.000 0.667 NA   NA
 945965 945966 VF_A0403 VF_A0404     TRUE 0.996 -3.000 0.727 1.000 Y NA
 945967 945968 VF_A0405 VF_A0406 ynaI   FALSE 0.430 19.000 0.056 NA N NA
 945968 945969 VF_A0406 VF_A0407     TRUE 0.983 16.000 0.250 0.045 Y NA
 945970 945971 VF_A0408 VF_A0409   ypeB TRUE 0.577 -10.000 0.017 NA   NA
 945975 5488653 VF_A0413 VF_AT0003     FALSE 0.060 152.000 0.000 NA   NA
 5488653 945977 VF_AT0003 VF_A0414     FALSE 0.043 165.000 0.000 NA   NA
 945977 945978 VF_A0414 VF_A0415     FALSE 0.017 196.000 0.016 NA   NA
 945979 945980 VF_A0416 VF_A0417   tdh FALSE 0.027 83.000 0.022 NA N NA
 945980 945981 VF_A0417 VF_A0418 tdh kbl TRUE 0.980 0.000 0.431 1.000 N NA
 945982 945983 VF_A0419 VF_A0420     TRUE 0.913 -13.000 0.182 NA   NA
 945983 5488654 VF_A0420 VF_AR0001     FALSE 0.004 442.000 0.000 NA   NA
 5488654 5488655 VF_AR0001 VF_AT0004     FALSE 0.135 88.000 0.000 NA   NA
 5488655 5488656 VF_AT0004 VF_AT0005     TRUE 0.744 3.000 0.000 NA   NA
 5488656 5488657 VF_AT0005 VF_AT0006     FALSE 0.167 62.000 0.000 NA   NA
 5488657 5488658 VF_AT0006 VF_AR0002     FALSE 0.004 415.000 0.000 NA   NA
 5488658 5488659 VF_AR0002 VF_AR0003     FALSE 0.090 129.000 0.000 NA   NA
 5488659 5488660 VF_AR0003 VF_AT0007     FALSE 0.169 61.000 0.000 NA   NA
 5488660 945991 VF_AT0007 VF_A0421     FALSE 0.006 335.000 0.000 NA   NA
 5488661 945992 VF_A1181 VF_A0422     FALSE 0.012 256.000 0.000 NA   NA
 945993 945994 VF_A0423 VF_A0424 ycaI msbA TRUE 0.630 35.000 0.070 0.068   NA
 945994 945995 VF_A0424 VF_A0425 msbA lpxK TRUE 0.950 0.000 0.210 1.000 N NA
 945995 945996 VF_A0425 VF_A0426 lpxK   TRUE 0.975 2.000 0.292 NA   NA
 945996 945997 VF_A0426 VF_A0427   kdsB TRUE 0.947 -18.000 0.326 NA   NA
 945999 946000 VF_A0429 VF_A0430 smtA mukF TRUE 0.898 26.000 0.417 NA N NA
 946000 946001 VF_A0430 VF_A0431 mukF mukE TRUE 0.931 -19.000 0.059 NA Y NA
 946001 946002 VF_A0431 VF_A0432 mukE mukB TRUE 0.999 3.000 0.500 0.001 Y NA
 946002 946004 VF_A0432 VF_A0434 mukB   FALSE 0.069 114.000 0.000 1.000   NA
 946005 946006 VF_A0435 VF_A0436     TRUE 0.987 -19.000 0.500 1.000 Y NA
 946008 946009 VF_A0438 VF_A0439 nagE2 nnrS FALSE 0.164 155.000 0.133 NA N NA
 946012 946013 VF_A0442 VF_A0443   cusC FALSE 0.067 176.000 0.067 NA   NA
 946013 946014 VF_A0443 VF_A0444 cusC cusB TRUE 0.992 11.000 0.633 NA Y NA
 946014 946015 VF_A0444 VF_A0445 cusB cusA TRUE 0.987 -3.000 0.700 1.000 N NA
 946015 946016 VF_A0445 VF_A0446 cusA cusF FALSE 0.226 98.000 0.067 NA   NA
 946017 946018 VF_A0447 VF_A0448     FALSE 0.318 219.000 0.000 0.022 Y NA
 946018 946019 VF_A0448 VF_A0449     FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 946019 946020 VF_A0449 VF_A0450   hutH FALSE 0.113 111.000 0.000 NA   NA
 946020 946021 VF_A0450 VF_A0451 hutH hutU TRUE 0.921 42.000 0.022 0.001 Y NA
 946021 946022 VF_A0451 VF_A0452 hutU hutG TRUE 0.992 19.000 0.312 0.001 Y NA
 946022 946023 VF_A0452 VF_A0453 hutG hutI FALSE 0.460 -25.000 0.063 1.000 N NA
 946023 946024 VF_A0453 VF_A0454 hutI hutC FALSE 0.054 184.000 0.107 1.000 N NA
 946026 946027 VF_A0456 VF_A0457     TRUE 0.840 25.000 0.212 NA   NA
 946027 946028 VF_A0457 VF_A0458     FALSE 0.117 107.000 0.000 NA   NA
 946028 946030 VF_A0458 VF_A0460   mfd FALSE 0.204 90.000 0.051 NA   NA
 946030 946031 VF_A0460 VF_A0461 mfd   TRUE 0.660 16.000 0.065 NA   NA
 946032 946033 VF_A0462 VF_A0463 lolC lolD TRUE 0.917 -7.000 0.110 0.065 N NA
 946033 946034 VF_A0463 VF_A0464 lolD lolE TRUE 0.935 0.000 0.093 0.065 N NA
 946034 946035 VF_A0464 VF_A0465 lolE   FALSE 0.077 165.000 0.059 NA   NA
 946035 5488662 VF_A0465 VF_A0466     TRUE 0.770 0.000 0.000 NA   NA
 5488662 946037 VF_A0466 VF_A0467     TRUE 0.679 6.000 0.000 NA   NA
 946037 946038 VF_A0467 VF_A0468   zwf FALSE 0.062 138.000 0.048 NA N NA
 946038 946039 VF_A0468 VF_A0469 zwf   TRUE 0.974 -3.000 0.104 1.000 Y NA
 946039 946040 VF_A0469 VF_A0470   gnd TRUE 0.962 37.000 0.098 0.002 Y NA
 946042 946043 VF_A0472 VF_A0473   tcpP FALSE 0.004 311.000 0.000 1.000   NA
 946043 946044 VF_A0473 VF_A0474 tcpP tcpH TRUE 0.741 -3.000 0.000 NA   NA
 946044 946045 VF_A0474 VF_A0475 tcpH   FALSE 0.184 53.000 0.000 NA   NA
 946045 946046 VF_A0475 VF_A0476     TRUE 0.664 51.000 0.000 NA Y NA
 946046 946047 VF_A0476 VF_A0477     FALSE 0.099 121.000 0.000 NA   NA
 946047 946048 VF_A0477 VF_A0478     TRUE 0.770 0.000 0.000 NA   NA
 946048 946049 VF_A0478 VF_A0479     FALSE 0.364 6.000 0.000 NA N NA
 946049 946050 VF_A0479 VF_A0480     FALSE 0.156 69.000 0.000 NA   NA
 946050 946051 VF_A0480 VF_A0481     FALSE 0.191 51.000 0.000 NA   NA
 946052 946053 VF_A0482 VF_A0483     FALSE 0.089 156.000 0.000 0.068 N NA
 946053 946054 VF_A0483 VF_A0484     FALSE 0.002 187.000 0.000 1.000 N NA
 946054 946055 VF_A0484 VF_A0485     TRUE 0.995 -19.000 0.286 0.005 Y NA
 946055 946056 VF_A0485 VF_A0486     FALSE 0.063 135.000 0.031 1.000   NA
 946056 946057 VF_A0486 VF_A0487   ompU2 FALSE 0.052 146.000 0.031 1.000   NA
 946057 946058 VF_A0487 VF_A0488 ompU2   FALSE 0.216 174.000 0.200 NA   NA
 946058 946059 VF_A0488 VF_A0489     FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 946060 946061 VF_A0490 VF_A0491     TRUE 0.620 10.000 0.000 NA   NA
 946064 946065 VF_A0494 VF_A0495 pykA ygcF FALSE 0.010 102.000 0.017 1.000 N NA
 946068 946069 VF_A0498 VF_A0499 ravA viaA TRUE 0.551 19.000 0.045 NA   NA
 946070 946071 VF_A0500 VF_A0501     FALSE 0.382 44.000 0.074 NA   NA
 946074 946075 VF_A0504 VF_A0505     FALSE 0.351 42.000 0.061 NA   NA
 946075 946076 VF_A0505 VF_A0506     TRUE 0.932 23.000 0.444 NA   NA
 946077 946078 VF_A0507 VF_A0508 gltS   FALSE 0.017 221.000 0.000 NA   NA
 946078 946079 VF_A0508 VF_A0509     FALSE 0.033 177.000 0.000 NA   NA
 946082 946083 VF_A0512 VF_A0513     TRUE 0.968 33.000 0.333 0.003   NA
 946086 946087 VF_A0516 VF_A0517     FALSE 0.445 19.000 0.000 NA   NA
 946087 946088 VF_A0517 VF_A0518     FALSE 0.013 243.000 0.000 NA   NA
 946088 946089 VF_A0518 VF_A0519     FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 946089 946090 VF_A0519 VF_A0520     FALSE 0.124 96.000 0.000 NA   NA
 946090 946091 VF_A0520 VF_A0521     FALSE 0.163 65.000 0.000 NA   NA
 946091 946092 VF_A0521 VF_A0522     TRUE 0.770 0.000 0.000 NA   NA
 946093 946094 VF_A0523 VF_A0524     TRUE 0.818 93.000 0.714 NA N NA
 946094 946095 VF_A0524 VF_A0525     FALSE 0.000 425.000 0.000 1.000 N NA
 946095 946096 VF_A0525 VF_A0526     FALSE 0.114 31.000 0.000 NA N NA
 946096 946097 VF_A0526 VF_A0527     FALSE 0.067 283.000 0.000 NA Y NA
 946097 946098 VF_A0527 VF_A0528     FALSE 0.096 429.000 0.000 0.022 Y NA
 946098 946099 VF_A0528 VF_A0529   pnuC FALSE 0.000 562.000 0.000 1.000 N NA
 946099 946100 VF_A0529 VF_A0530 pnuC   TRUE 0.978 -3.000 0.455 1.000 N NA
 946100 946101 VF_A0530 VF_A0531     FALSE 0.523 131.000 0.333 NA N NA
 946101 946102 VF_A0531 VF_A0532     FALSE 0.026 190.000 0.000 NA   NA
 946102 946103 VF_A0532 VF_A0533     FALSE 0.129 92.000 0.000 NA   NA
 946103 946104 VF_A0533 VF_A0534     FALSE 0.008 292.000 0.000 NA   NA
 946104 946105 VF_A0534 VF_A0535   hsdM TRUE 0.983 -3.000 0.222 0.040   NA
 946105 946106 VF_A0535 VF_A0536 hsdM   TRUE 0.736 -3.000 0.024 NA   NA
 946106 946107 VF_A0536 VF_A0537     TRUE 0.736 -3.000 0.024 NA   NA
 946107 946108 VF_A0537 VF_A0538     TRUE 0.997 0.000 0.417 0.040 Y NA
 946108 946109 VF_A0538 VF_A0539     TRUE 0.998 3.000 0.341 0.001 Y NA
 946109 946110 VF_A0539 VF_A0540     FALSE 0.381 25.000 0.000 NA   NA
 946110 946111 VF_A0540 VF_A0541     FALSE 0.005 393.000 0.000 NA   NA
 946111 946112 VF_A0541 VF_A0542     TRUE 0.691 5.000 0.000 NA   NA
 946112 946113 VF_A0542 VF_A0543     TRUE 0.979 -3.000 0.000 0.002   NA
 946113 946114 VF_A0543 VF_A0544     TRUE 0.706 -6.000 0.000 NA   NA
 946114 946115 VF_A0544 VF_A0545     TRUE 0.591 11.000 0.000 NA   NA
 946115 946116 VF_A0545 VF_A0546     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 946116 946117 VF_A0546 VF_A0547     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 946118 946119 VF_A0548 VF_A0549 intA   FALSE 0.005 357.000 0.000 NA   NA
 946119 946120 VF_A0549 VF_A0550     TRUE 0.979 13.000 0.750 NA   NA
 946120 946121 VF_A0550 VF_A0551     FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 946121 946122 VF_A0551 VF_A0552     FALSE 0.061 151.000 0.000 NA   NA
 946124 946125 VF_A0554 VF_A0555     FALSE 0.167 62.000 0.000 NA   NA
 946125 946126 VF_A0555 VF_A0556     FALSE 0.051 63.000 0.000 NA N NA
 946129 946130 VF_A0559 VF_A0560     FALSE 0.087 132.000 0.000 NA   NA
 946130 946131 VF_A0560 VF_A0561     TRUE 0.993 -25.000 0.900 1.000 Y NA
 946131 946132 VF_A0561 VF_A0562     TRUE 0.975 5.000 0.400 NA   NA
 946132 946133 VF_A0562 VF_A0563     TRUE 0.875 0.000 0.067 NA   NA
 946133 946134 VF_A0563 VF_A0564     FALSE 0.280 167.000 0.233 NA   NA
 946134 946135 VF_A0564 VF_A0565   mog FALSE 0.141 79.000 0.000 NA   NA
 946137 5488663 VF_A0567 VF_A1183 ydaM   FALSE 0.121 101.000 0.000 NA   NA
 946139 946140 VF_A0569 VF_A0570   ddlA FALSE 0.427 52.000 0.100 NA   NA
 946142 946143 VF_A0572 VF_A0573   yciH FALSE 0.146 40.000 0.008 NA   NA
 946144 946145 VF_A0574 VF_A0575     FALSE 0.004 451.000 0.000 NA   NA
 946145 946146 VF_A0575 VF_A0576   zot FALSE 0.003 519.000 0.000 NA   NA
 946146 946147 VF_A0576 VF_A0577 zot ace TRUE 0.741 -3.000 0.000 NA   NA
 946147 946148 VF_A0577 VF_A0578 ace orfU TRUE 0.668 7.000 0.000 NA   NA
 946148 5488664 VF_A0578 VF_A1184 orfU cep FALSE 0.104 116.000 0.000 NA   NA
 5488664 946150 VF_A1184 VF_A0580 cep rstB FALSE 0.074 143.000 0.000 NA   NA
 946150 946151 VF_A0580 VF_A0581 rstB rstA TRUE 0.744 3.000 0.000 NA   NA
 946152 5488665 VF_A0582 VF_A1185 rstR   FALSE 0.002 990.000 0.000 1.000   NA
 946154 946155 VF_A0584 VF_A0585   pntB FALSE 0.019 213.000 0.000 NA   NA
 946155 946156 VF_A0585 VF_A0586 pntB pntA TRUE 0.983 12.000 0.036 0.001 Y NA
 946156 946157 VF_A0586 VF_A0587 pntA   FALSE 0.011 259.000 0.000 NA   NA
 946157 946158 VF_A0587 VF_A0588     FALSE 0.189 80.000 0.043 NA   NA
 946158 946159 VF_A0588 VF_A0589     FALSE 0.183 110.000 0.053 NA   NA
 946159 946160 VF_A0589 VF_A0590     TRUE 0.989 4.000 0.737 NA   NA
 946160 946161 VF_A0590 VF_A0591     TRUE 0.982 20.000 0.571 NA Y NA
 946161 946162 VF_A0591 VF_A0592     TRUE 0.980 5.000 0.614 1.000 N NA
 946162 946163 VF_A0592 VF_A0593   luxT FALSE 0.081 96.000 0.000 1.000   NA
 946166 946167 VF_A0596 VF_A0597     FALSE 0.351 28.000 0.000 NA   NA
 946170 946171 VF_A0600 VF_A0601     TRUE 0.579 7.000 0.014 NA   NA
 946173 946174 VF_A0603 VF_A0604 yhbQ yceH TRUE 0.807 0.000 0.035 NA   NA
 946175 946176 VF_A0605 VF_A0606     FALSE 0.174 100.000 0.045 NA   NA
 946177 946178 VF_A0607 VF_A0608     TRUE 0.969 0.000 0.227 NA   NA
 946178 946179 VF_A0608 VF_A0609     FALSE 0.120 136.000 0.045 NA   NA
 946179 946180 VF_A0609 VF_A0610     FALSE 0.006 326.000 0.000 NA   NA
 946181 946182 VF_A0611 VF_A0612 yhjX   FALSE 0.179 110.000 0.051 NA   NA
 946182 946183 VF_A0612 VF_A0613     FALSE 0.045 164.000 0.000 NA   NA
 946184 946185 VF_A0614 VF_A0615     FALSE 0.025 193.000 0.000 NA   NA
 946185 946186 VF_A0615 VF_A0616     FALSE 0.077 179.000 0.083 NA   NA
 946187 946188 VF_A0617 VF_A0618     FALSE 0.007 302.000 0.000 NA   NA
 946191 946192 VF_A0621 VF_A0622     FALSE 0.023 196.000 0.000 NA   NA
 946192 946193 VF_A0622 VF_A0623     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 946193 946194 VF_A0623 VF_A0624   ygeA FALSE 0.003 658.000 0.000 NA   NA
 946194 946195 VF_A0624 VF_A0625 ygeA   FALSE 0.084 135.000 0.000 NA   NA
 946195 946196 VF_A0625 VF_A0626     FALSE 0.167 62.000 0.000 NA   NA
 946196 946197 VF_A0626 VF_A0627     FALSE 0.012 251.000 0.000 NA   NA
 5488667 946199 VF_A1187 VF_A0629     FALSE 0.315 32.000 0.000 NA   NA
 946199 946200 VF_A0629 VF_A0630     FALSE 0.003 696.000 0.000 NA   NA
 946200 946201 VF_A0630 VF_A0631     FALSE 0.064 149.000 0.000 NA   NA
 946201 946202 VF_A0631 VF_A0632     FALSE 0.008 290.000 0.000 NA   NA
 946202 946203 VF_A0632 VF_A0633     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 946203 946204 VF_A0633 VF_A0634     FALSE 0.010 270.000 0.000 NA   NA
 946204 946205 VF_A0634 VF_A0635     FALSE 0.120 103.000 0.000 NA   NA
 946205 946206 VF_A0635 VF_A0636     FALSE 0.118 106.000 0.000 NA   NA
 946206 946207 VF_A0636 VF_A0637     FALSE 0.003 1356.000 0.000 NA   NA
 946207 946208 VF_A0637 VF_A0638     FALSE 0.009 274.000 0.000 NA   NA
 946208 946209 VF_A0638 VF_A0639     FALSE 0.049 160.000 0.000 NA   NA
 946209 946210 VF_A0639 VF_A0640     FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 946210 946211 VF_A0640 VF_A0641     FALSE 0.012 246.000 0.000 NA   NA
 946215 946216 VF_A0645 VF_A0646     FALSE 0.525 142.000 0.000 0.009   NA
 946216 946217 VF_A0646 VF_A0647     FALSE 0.056 155.000 0.000 NA   NA
 946217 946218 VF_A0647 VF_A0648     FALSE 0.539 13.000 0.000 NA   NA
 946218 946219 VF_A0648 VF_A0649     FALSE 0.054 156.000 0.000 NA   NA
 946219 946220 VF_A0649 VF_A0650     TRUE 0.872 -9.000 0.105 NA   NA
 946221 946222 VF_A0651 VF_A0652     FALSE 0.473 17.000 0.000 NA   NA
 946223 946224 VF_A0653 VF_A0654     FALSE 0.062 150.000 0.000 NA   NA
 946224 946225 VF_A0654 VF_A0655     FALSE 0.102 118.000 0.000 NA   NA
 946225 946226 VF_A0655 VF_A0656     FALSE 0.003 727.000 0.000 NA   NA
 946230 946231 VF_A0660 VF_A0661     FALSE 0.010 271.000 0.000 NA   NA
 946231 946232 VF_A0661 VF_A0662     FALSE 0.022 198.000 0.000 NA   NA
 946234 946235 VF_A0664 VF_A0665     TRUE 0.994 3.000 1.000 NA   NA
 946235 946236 VF_A0665 VF_A0666   ydiI FALSE 0.448 23.000 0.067 NA N NA
 946238 946239 VF_A0668 VF_A0669     FALSE 0.003 585.000 0.000 NA   NA
 946239 946240 VF_A0669 VF_A0670     FALSE 0.005 374.000 0.000 NA   NA
 946240 946241 VF_A0670 VF_A0671     FALSE 0.005 380.000 0.000 NA   NA
 946241 946242 VF_A0671 VF_A0672     FALSE 0.002 562.000 0.000 1.000   NA
 946242 946243 VF_A0672 VF_A0673   sbmA FALSE 0.176 -3.000 0.000 1.000 N NA
 946243 946244 VF_A0673 VF_A0674 sbmA   FALSE 0.015 233.000 0.000 NA   NA
 946244 946245 VF_A0674 VF_A0675     FALSE 0.003 569.000 0.000 NA   NA
 946248 946249 VF_A0678 VF_A0679     TRUE 0.923 49.000 0.903 NA   NA
 946249 946250 VF_A0679 VF_A0680     TRUE 0.972 0.000 0.254 NA   NA
 946250 946251 VF_A0680 VF_A0681     TRUE 0.959 -7.000 0.260 NA   NA
 946251 946252 VF_A0681 VF_A0682     TRUE 0.749 -7.000 0.040 NA   NA
 946252 946253 VF_A0682 VF_A0683     TRUE 0.961 -6.000 0.250 NA   NA
 946255 946256 VF_A0685 VF_A0686 talB tktB FALSE 0.116 314.000 0.167 1.000 Y NA
 946257 946258 VF_A0687 VF_A0688 htrB1   FALSE 0.010 221.000 0.000 1.000   NA
 946259 946260 VF_A0689 VF_A0690     FALSE 0.304 33.000 0.000 NA   NA
 946261 946262 VF_A0691 VF_A0692 nfsB   FALSE 0.040 90.000 0.000 NA N NA
 946263 946264 VF_A0693 VF_A0694     FALSE 0.025 193.000 0.000 NA   NA
 946269 946270 VF_A0699 VF_A0700   gcvT FALSE 0.000 441.000 0.000 1.000 N NA
 946270 946271 VF_A0700 VF_A0701 gcvT   FALSE 0.014 66.000 0.008 1.000 N NA
 946272 946273 VF_A0702 VF_A0703 gcvH gcvP TRUE 0.946 24.000 0.228 1.000 Y NA
 946274 946275 VF_A0704 VF_A0705     FALSE 0.523 -31.000 0.000 NA   NA
 946277 946278 VF_A0707 VF_A0708   yijO FALSE 0.138 82.000 0.000 NA   NA
 946278 5488668 VF_A0708 VF_A1188 yijO   TRUE 0.664 -9.000 0.000 NA   NA
 946279 946280 VF_A0709 VF_A0710   manA TRUE 0.827 72.000 0.229 1.000 Y NA
 946281 946282 VF_A0711 VF_A0712     TRUE 0.999 0.000 0.750 0.009 Y NA
 5488669 946287 VF_AT0008 VF_A0716     FALSE 0.011 257.000 0.000 NA   NA
 946287 946288 VF_A0716 VF_A0717     FALSE 0.006 342.000 0.000 NA   NA
 946288 946289 VF_A0717 VF_A0718     TRUE 0.991 0.000 0.667 NA   NA
 946289 946290 VF_A0718 VF_A0719     FALSE 0.131 91.000 0.000 NA   NA
 946290 946291 VF_A0719 VF_A0720     TRUE 0.770 0.000 0.000 NA   NA
 946291 946292 VF_A0720 VF_A0721     TRUE 0.691 5.000 0.000 NA   NA
 946292 946293 VF_A0721 VF_A0722     FALSE 0.012 252.000 0.000 NA   NA
 946297 946298 VF_A0726 VF_A0727     FALSE 0.336 31.000 0.028 NA   NA
 946298 946299 VF_A0727 VF_A0728     FALSE 0.202 77.000 0.045 NA   NA
 946299 946300 VF_A0728 VF_A0729     FALSE 0.227 41.000 0.000 NA   NA
 946300 946301 VF_A0729 VF_A0730   abgR FALSE 0.136 85.000 0.000 NA   NA
 946303 946304 VF_A0732 VF_A0733     TRUE 0.997 -3.000 0.750 0.025   NA
 946304 946305 VF_A0733 VF_A0734     TRUE 0.666 77.000 0.292 NA   NA
 946305 946306 VF_A0734 VF_A0735     TRUE 0.980 3.000 0.389 NA   NA
 946306 946307 VF_A0735 VF_A0736     TRUE 0.988 -7.000 0.722 NA   NA
 946307 946308 VF_A0736 VF_A0737     TRUE 0.980 -12.000 0.706 NA N NA
 946308 946309 VF_A0737 VF_A0738     TRUE 0.980 10.000 0.647 NA   NA
 946311 946312 VF_A0740 VF_A0741 ybiI   FALSE 0.002 184.000 0.013 1.000 N NA
 946312 946313 VF_A0741 VF_A0742     FALSE 0.097 123.000 0.000 NA   NA
 946313 946314 VF_A0742 VF_A0743     TRUE 0.985 13.000 1.000 NA   NA
 946316 946317 VF_A0745 VF_A0746 bioD bioC TRUE 0.991 -7.000 0.000 0.002 Y NA
 946317 946318 VF_A0746 VF_A0747 bioC bioF TRUE 0.990 7.000 0.000 0.002 Y NA
 946318 5488670 VF_A0747 VF_A1189 bioF bioB TRUE 0.985 -16.000 0.026 0.002 Y NA
 946320 946321 VF_A0749 VF_A0750   rimJ FALSE 0.073 144.000 0.025 NA   NA
 946321 946322 VF_A0750 VF_A0751 rimJ tyrR TRUE 0.689 12.000 0.100 1.000 N NA
 946323 946324 VF_A0752 VF_A0753 ybgA phr FALSE 0.516 -10.000 0.010 NA   NA
 946324 946325 VF_A0753 VF_A0754 phr   FALSE 0.112 51.000 0.007 NA   NA
 946328 946329 VF_A0757 VF_A0758     TRUE 0.982 0.000 0.374 NA   NA
 946329 946330 VF_A0758 VF_A0759     TRUE 0.860 -52.000 0.169 NA   NA
 946330 946331 VF_A0759 VF_A0760   cfa FALSE 0.388 86.000 0.119 NA   NA
 946331 946332 VF_A0760 VF_A0761 cfa   TRUE 0.984 9.000 0.684 NA   NA
 946332 946333 VF_A0761 VF_A0762     TRUE 0.992 -3.000 0.864 NA   NA
 946333 946334 VF_A0762 VF_A0763     TRUE 0.974 -42.000 0.260 0.018   NA
 946334 946335 VF_A0763 VF_A0764     TRUE 0.985 -3.000 0.508 NA   NA
 946335 946336 VF_A0764 VF_A0765   chrR FALSE 0.144 76.000 0.000 NA   NA
 946336 946337 VF_A0765 VF_A0766 chrR rpoE4 TRUE 0.987 -7.000 0.804 NA N NA
 946339 946340 VF_A0768 VF_A0769     TRUE 0.919 -16.000 0.205 NA   NA
 946340 946341 VF_A0769 VF_A0770     FALSE 0.015 230.000 0.000 NA   NA
 946342 946343 VF_A0771 VF_A0772     FALSE 0.064 95.000 0.051 1.000 N NA
 946346 946347 VF_A0775 VF_A0776     TRUE 0.903 -3.000 0.115 1.000   NA
 946347 946348 VF_A0776 VF_A0777     TRUE 0.983 0.000 0.500 1.000 N NA
 946348 946349 VF_A0777 VF_A0778     TRUE 0.982 -3.000 0.286 0.061   NA
 946349 946350 VF_A0778 VF_A0779     TRUE 0.996 0.000 0.500 0.016   NA
 946350 946351 VF_A0779 VF_A0780     TRUE 0.982 2.000 0.375 NA   NA
 946351 946352 VF_A0780 VF_A0781     FALSE 0.469 73.000 0.143 NA   NA
 946352 946353 VF_A0781 VF_A0782     TRUE 0.996 3.000 0.714 1.000 Y NA
 946353 946354 VF_A0782 VF_A0783     TRUE 0.995 -6.000 0.643 1.000 Y NA
 946354 946355 VF_A0783 VF_A0784   fhuA TRUE 0.670 114.000 0.143 1.000 Y NA
 946355 946356 VF_A0784 VF_A0785 fhuA   FALSE 0.275 145.000 0.160 1.000   NA
 946356 946357 VF_A0785 VF_A0786     FALSE 0.050 140.000 0.000 1.000   NA
 946357 946358 VF_A0786 VF_A0787   ybiT FALSE 0.005 294.000 0.000 1.000   NA
 946358 946359 VF_A0787 VF_A0788 ybiT   FALSE 0.064 149.000 0.000 NA   NA
 946359 946360 VF_A0788 VF_A0789     FALSE 0.015 230.000 0.000 NA   NA
 946360 946361 VF_A0789 VF_A0790     FALSE 0.040 167.000 0.000 NA   NA
 946366 946367 VF_A0795 VF_A0796   adrA TRUE 0.841 0.000 0.048 NA   NA
 946368 946369 VF_A0797 VF_A0798 malG malF TRUE 0.766 69.000 0.000 0.045 Y NA
 946369 946370 VF_A0798 VF_A0799 malF malE FALSE 0.357 146.000 0.000 1.000 Y NA
 946371 946372 VF_A0800 VF_A0801 malK glgX FALSE 0.477 113.000 0.000 1.000 Y NA
 946375 946376 VF_A0804 VF_A0805   glgA FALSE 0.178 128.000 0.069 NA   NA
 946376 946377 VF_A0805 VF_A0806 glgA glgC TRUE 0.956 -46.000 0.184 1.000 Y NA
 946379 946380 VF_A0808 VF_A0809 glgB malQ TRUE 0.975 54.000 0.353 0.006 Y NA
 946380 946381 VF_A0809 VF_A0810 malQ malP TRUE 0.994 17.000 0.500 0.016 Y NA
 946382 946383 VF_A0811 VF_A0812 malT   FALSE 0.162 91.000 0.037 NA   NA
 946384 946385 VF_A0813 VF_A0814 focA   FALSE 0.038 169.000 0.000 NA   NA
 946385 946386 VF_A0814 VF_A0815   tag TRUE 0.930 51.000 1.000 NA   NA
 946387 946388 VF_A0816 VF_A0817     TRUE 0.982 -3.000 0.435 NA   NA
 946388 946389 VF_A0817 VF_A0818     TRUE 0.945 -19.000 0.324 NA   NA
 946389 946390 VF_A0818 VF_A0819     FALSE 0.043 165.000 0.000 NA   NA
 946391 946392 VF_A0820 VF_A0821 rpoE3   FALSE 0.009 111.000 0.000 1.000 N NA
 946392 946393 VF_A0821 VF_A0822     FALSE 0.081 137.000 0.000 NA   NA
 946393 946394 VF_A0822 VF_A0823     FALSE 0.120 103.000 0.000 NA   NA
 946394 946395 VF_A0823 VF_A0824   vctC TRUE 0.941 12.000 0.083 NA Y NA
 946395 946396 VF_A0824 VF_A0825 vctC   TRUE 0.926 9.000 0.018 1.000 Y NA
 946396 946397 VF_A0825 VF_A0826   vctD TRUE 0.983 51.000 0.918 0.045 Y NA
 946397 946398 VF_A0826 VF_A0827 vctD vctP TRUE 0.547 74.000 0.019 1.000 Y NA
 946398 5488671 VF_A0827 VF_A1190 vctP   FALSE 0.019 212.000 0.000 NA   NA
 5488671 946399 VF_A1190 VF_A0828     FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 946399 946400 VF_A0828 VF_A0829   putP FALSE 0.002 186.000 0.000 1.000 N NA
 946400 946401 VF_A0829 VF_A0830 putP   FALSE 0.054 110.000 0.019 1.000   NA
 946401 946403 VF_A0830 VF_A0832   putA FALSE 0.153 15.000 0.005 1.000   NA
 946403 946404 VF_A0832 VF_A0833 putA   FALSE 0.004 160.000 0.005 1.000 N NA
 946405 946406 VF_A0834 VF_A0835   ybbM FALSE 0.054 156.000 0.000 NA   NA
 946406 946407 VF_A0835 VF_A0836 ybbM tas FALSE 0.274 36.000 0.000 NA   NA
 946410 946411 VF_A0839 VF_A0840 speB speA TRUE 0.971 0.000 0.066 1.000 Y NA
 946413 946414 VF_A0842 VF_A0843 blc   FALSE 0.136 85.000 0.000 NA   NA
 946423 946424 VF_A0852 VF_A0853 ydcR   TRUE 0.748 37.000 0.040 1.000 Y NA
 946425 946427 VF_A0854 VF_A0856     FALSE 0.135 87.000 0.000 NA   NA
 946428 946429 VF_A0857 VF_A0858     FALSE 0.321 91.000 0.113 1.000   NA
 946431 946432 VF_A0860 VF_A0861     TRUE 0.744 3.000 0.000 NA   NA
 946432 946433 VF_A0861 VF_A0862   norR2 FALSE 0.135 88.000 0.000 NA   NA
 946433 946434 VF_A0862 VF_A0863 norR2 hcp FALSE 0.001 241.000 0.000 1.000 N NA
 946434 946435 VF_A0863 VF_A0864 hcp hcr TRUE 0.945 95.000 0.304 0.015 Y NA
 946436 946437 VF_A0865 VF_A0866   tcpF FALSE 0.004 401.000 0.000 NA   NA
 946437 946438 VF_A0866 VF_A0867 tcpF tcpE TRUE 0.711 4.000 0.000 NA   NA
 946438 946439 VF_A0867 VF_A0868 tcpE tcpT TRUE 0.974 -46.000 0.294 NA Y NA
 946439 946440 VF_A0868 VF_A0869 tcpT tcpS TRUE 0.919 -3.000 0.118 NA   NA
 946440 946441 VF_A0869 VF_A0870 tcpS tcpD TRUE 0.984 14.000 1.000 NA   NA
 946441 946442 VF_A0870 VF_A0871 tcpD   TRUE 0.619 -12.000 0.000 NA   NA
 946442 946443 VF_A0871 VF_A0872   tcpC TRUE 0.608 -13.000 0.000 NA   NA
 946443 946444 VF_A0872 VF_A0873 tcpC tcpQ TRUE 0.986 5.000 0.667 NA   NA
 946444 946445 VF_A0873 VF_A0874 tcpQ tcpB TRUE 0.992 5.000 1.000 NA   NA
 946445 946446 VF_A0874 VF_A0875 tcpB tcpA FALSE 0.431 20.000 0.000 NA   NA
 946452 946453 VF_A0881 VF_A0882   bcsZ TRUE 0.977 -9.000 0.525 1.000   NA
 946453 946454 VF_A0882 VF_A0883 bcsZ bcsB TRUE 0.986 0.000 0.500 1.000   NA
 946454 946455 VF_A0883 VF_A0884 bcsB bcsA TRUE 0.990 14.000 0.500 0.001   NA
 946455 946456 VF_A0884 VF_A0885 bcsA   FALSE 0.399 4.000 0.000 NA N NA
 946457 5488672 VF_A0886 VF_A1191 bcsE   TRUE 0.896 5.000 0.115 NA   NA
 5488672 946458 VF_A1191 VF_A0887   bcsG TRUE 0.916 0.000 0.100 NA   NA
 946460 946461 VF_A0889 VF_A0890 tagD   TRUE 0.992 0.000 0.011 0.001 Y NA
 946462 946463 VF_A0891 VF_A0892   yjgK FALSE 0.001 1024.000 0.000 NA N NA
 946464 946465 VF_A0893 VF_A0894     FALSE 0.121 102.000 0.000 NA   NA
 946465 946466 VF_A0894 VF_A0895     FALSE 0.023 197.000 0.000 NA   NA
 946466 946467 VF_A0895 VF_A0896     TRUE 0.991 -7.000 0.938 NA   NA
 946469 946470 VF_A0898 VF_A0899     FALSE 0.191 51.000 0.000 NA   NA
 946470 946471 VF_A0899 VF_A0900   aslB TRUE 0.888 66.000 0.857 1.000   NA
 946471 946472 VF_A0900 VF_A0901 aslB   TRUE 0.840 30.000 0.286 1.000   NA
 946472 946473 VF_A0901 VF_A0902     TRUE 0.984 8.000 0.667 NA   NA
 946473 946474 VF_A0902 VF_A0903     TRUE 0.744 3.000 0.000 NA   NA
 946474 5488673 VF_A0903 VF_A1192     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 5488673 946475 VF_A1192 VF_A0904     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 946475 946476 VF_A0904 VF_A0905     TRUE 0.995 0.000 1.000 NA   NA
 946476 946477 VF_A0905 VF_A0906     FALSE 0.016 223.000 0.000 NA   NA
 946477 946478 VF_A0906 VF_A0907     TRUE 0.933 22.000 0.571 1.000 N NA
 946478 946479 VF_A0907 VF_A0908     FALSE 0.122 99.000 0.000 NA   NA
 946480 946481 VF_A0909 VF_A0910     FALSE 0.064 149.000 0.000 NA   NA
 946483 946484 VF_A0912 VF_A0913     TRUE 0.986 0.000 0.474 NA   NA
 946485 946486 VF_A0914 VF_A0915 ytfL   FALSE 0.013 243.000 0.000 NA   NA
 946486 946487 VF_A0915 VF_A0916     FALSE 0.076 108.000 0.000 1.000   NA
 946489 946490 VF_A0918 VF_A0919 luxG luxE TRUE 0.938 10.000 0.054 1.000 Y NA
 946490 946491 VF_A0919 VF_A0920 luxE luxB TRUE 0.961 79.000 0.857 0.001 N NA
 946491 946492 VF_A0920 VF_A0921 luxB luxA TRUE 0.998 11.000 0.667 0.001 Y NA
 946492 946493 VF_A0921 VF_A0922 luxA luxD TRUE 0.962 23.000 0.778 1.000   NA
 946493 946494 VF_A0922 VF_A0923 luxD luxC TRUE 0.962 16.000 0.625 1.000   NA
 946494 946495 VF_A0923 VF_A0924 luxC luxI FALSE 0.175 38.000 0.000 1.000   NA
 946497 946498 VF_A0926 VF_A0927     FALSE 0.030 182.000 0.000 NA   NA
 946499 946500 VF_A0928 VF_A0929 yjiH yjiG TRUE 0.998 0.000 0.632 0.003   NA
 946500 946501 VF_A0929 VF_A0930 yjiG   TRUE 0.926 10.000 0.216 1.000   NA
 946502 946503 VF_A0931 VF_A0932   ybhB TRUE 0.905 24.000 0.343 NA   NA
 946503 946504 VF_A0932 VF_A0933 ybhB   FALSE 0.078 140.000 0.000 NA   NA
 946505 946506 VF_A0934 VF_A0935 ygbA   TRUE 0.741 -3.000 0.000 NA   NA
 946506 946507 VF_A0935 VF_A0936     FALSE 0.067 16.000 0.000 1.000 N NA
 946508 946509 VF_A0937 VF_A0938     FALSE 0.036 154.000 0.000 1.000   NA
 946511 946512 VF_A0940 VF_A0941 fruA fruK TRUE 0.978 31.000 0.717 1.000 Y NA
 946512 946513 VF_A0941 VF_A0942 fruK fruB TRUE 0.989 4.000 0.326 1.000 Y NA
 946513 946514 VF_A0942 VF_A0944 fruB   FALSE 0.028 186.000 0.000 NA   NA
 946516 946517 VF_A0945 VF_A0946     TRUE 0.679 6.000 0.000 NA   NA
 946517 946518 VF_A0946 VF_A0947     FALSE 0.014 237.000 0.000 NA   NA
 946518 946519 VF_A0947 VF_A0948     FALSE 0.215 43.000 0.000 NA   NA
 946519 946520 VF_A0948 VF_A0949     TRUE 0.679 6.000 0.000 NA   NA
 946520 946521 VF_A0949 VF_A0950     TRUE 0.741 -3.000 0.000 NA   NA
 946521 946522 VF_A0950 VF_A0951     FALSE 0.030 181.000 0.000 NA   NA
 946522 946523 VF_A0951 VF_A0952     TRUE 0.983 -3.000 0.444 NA   NA
 946523 946524 VF_A0952 VF_A0953     TRUE 0.691 5.000 0.000 NA   NA
 946524 946525 VF_A0953 VF_A0954     FALSE 0.074 143.000 0.000 NA   NA
 946525 946526 VF_A0954 VF_A0955     FALSE 0.014 239.000 0.000 NA   NA
 946528 946529 VF_A0957 VF_A0958 yihN glpQ TRUE 0.803 42.000 0.400 NA N NA
 946529 946530 VF_A0958 VF_A0959 glpQ mifB FALSE 0.001 381.000 0.000 NA N NA
 946530 946531 VF_A0959 VF_A0960 mifB mifC TRUE 0.812 -3.000 0.080 NA N NA
 946532 946533 VF_A0961 VF_A0962 yjjI yjjW TRUE 0.988 9.000 0.853 NA   NA
 5488675 946535 VF_A1194 VF_A0964 psrN   FALSE 0.315 32.000 0.000 NA   NA
 946535 946536 VF_A0964 VF_A0965   nfsA FALSE 0.077 103.000 0.011 NA   NA
 946536 946537 VF_A0965 VF_A0966 nfsA   FALSE 0.014 65.000 0.000 1.000 N NA
 946537 946538 VF_A0966 VF_A0967     FALSE 0.001 232.000 0.000 1.000 N NA
 946538 946539 VF_A0967 VF_A0968   deoD3 TRUE 0.969 23.000 0.400 1.000 Y NA
 946539 946540 VF_A0968 VF_A0969 deoD3 guaD TRUE 0.610 58.000 0.000 1.000 Y NA
 946540 946541 VF_A0969 VF_A0970 guaD   FALSE 0.023 138.000 0.000 NA N NA
 946542 946543 VF_A0971 VF_A0972 fecE fecD TRUE 0.959 -3.000 0.040 1.000 Y NA
 946543 946544 VF_A0972 VF_A0973 fecD   TRUE 0.985 0.000 0.170 1.000 Y NA
 946545 946546 VF_A0974 VF_A0975     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 946546 946547 VF_A0975 VF_A0976     FALSE 0.015 234.000 0.000 NA   NA
 946549 946550 VF_A0978 VF_A0979     FALSE 0.019 212.000 0.000 NA   NA
 946550 946551 VF_A0979 VF_A0980     FALSE 0.007 306.000 0.000 NA   NA
 946552 946553 VF_A0981 VF_A0982     TRUE 0.943 21.000 0.500 NA   NA
 946553 946554 VF_A0982 VF_A0983     TRUE 0.922 16.000 0.300 NA   NA
 946555 946556 VF_A0984 VF_A0985 yfhD   TRUE 0.564 12.000 0.000 NA   NA
 946557 946558 VF_A0986 VF_A0987     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 946558 946559 VF_A0987 VF_A0988   kdgK TRUE 0.930 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 946559 946560 VF_A0988 VF_A0989 kdgK kbaY TRUE 0.909 97.000 0.600 1.000 Y NA
 946560 946561 VF_A0989 VF_A0990 kbaY   FALSE 0.001 257.000 0.000 1.000 N NA
 946561 946562 VF_A0990 VF_A0991     FALSE 0.019 212.000 0.000 NA   NA
 946562 946563 VF_A0991 VF_A0992   ydeN TRUE 0.855 71.000 0.667 NA   NA
 946563 946564 VF_A0992 VF_A0993 ydeN   TRUE 0.882 41.000 0.600 1.000   NA
 946565 946566 VF_A0994 VF_A0995     FALSE 0.056 155.000 0.000 NA   NA
 946567 946568 VF_A0996 VF_A0997   kduD FALSE 0.267 26.000 0.000 1.000   NA
 946568 946569 VF_A0997 VF_A0998 kduD kduI TRUE 0.754 70.000 0.500 1.000 N NA
 946569 946570 VF_A0998 VF_A0999 kduI nagA3 TRUE 0.593 102.000 0.077 1.000 Y NA
 946570 946571 VF_A0999 VF_A1000 nagA3   TRUE 0.976 2.000 0.096 1.000 Y NA
 946571 946572 VF_A1000 VF_A1001   agaD TRUE 0.986 89.000 0.889 0.012 Y NA
 946572 946573 VF_A1001 VF_A1002 agaD agaC TRUE 0.999 -10.000 0.889 0.012 Y NA
 946573 946574 VF_A1002 VF_A1003 agaC agaV TRUE 0.999 11.000 1.000 0.012 Y NA
 946574 946575 VF_A1003 VF_A1004 agaV agaS TRUE 0.880 15.000 0.250 1.000 N NA
 946575 946576 VF_A1004 VF_A1005 agaS kbaZ TRUE 0.967 -3.000 0.333 1.000 N NA
 946576 946577 VF_A1005 VF_A1006 kbaZ agaR TRUE 0.942 48.000 0.556 1.000 Y NA
 946578 946579 VF_A1007 VF_A1008 yidJ   TRUE 0.558 80.000 0.200 NA   NA
 5488676 5488677 VF_AT0009 VF_AT0010     FALSE 0.343 29.000 0.000 NA   NA
 5488677 5488678 VF_AT0010 VF_AT0011     FALSE 0.202 48.000 0.000 NA   NA
 5488678 946586 VF_AT0011 VF_A1012   ydeH FALSE 0.051 159.000 0.000 NA   NA
 946588 946589 VF_A1014 VF_A1015   rpoQ TRUE 0.673 47.000 0.250 NA N NA
 946590 946591 VF_A1016 VF_A1017     TRUE 0.993 10.000 0.667 0.022   NA
 946592 946593 VF_A1018 VF_A1019     TRUE 0.892 -37.000 0.200 NA   NA
 946594 946595 VF_A1020 VF_A1021 sypA sypB TRUE 0.849 49.000 0.583 NA N NA
 946595 946596 VF_A1021 VF_A1022 sypB sypC TRUE 0.994 5.000 0.579 1.000 Y NA
 946596 946597 VF_A1022 VF_A1023 sypC sypD TRUE 0.987 0.000 0.579 NA N NA
 946597 946598 VF_A1023 VF_A1024 sypD sypE TRUE 0.979 3.000 0.364 NA   NA
 946598 946599 VF_A1024 VF_A1025 sypE sypF TRUE 0.925 28.000 0.182 0.022   NA
 946599 946600 VF_A1025 VF_A1026 sypF sypG TRUE 0.965 43.000 0.304 0.022 Y NA
 946600 946601 VF_A1026 VF_A1027 sypG sypH TRUE 0.870 -16.000 0.190 1.000 N NA
 946601 946602 VF_A1027 VF_A1028 sypH sypI TRUE 0.761 161.000 0.143 0.015 Y NA
 946602 946603 VF_A1028 VF_A1029 sypI sypJ TRUE 0.992 -7.000 0.132 0.015 Y NA
 946603 946604 VF_A1029 VF_A1030 sypJ sypK TRUE 0.917 -3.000 0.132 1.000   NA
 946604 946605 VF_A1030 VF_A1031 sypK sypL TRUE 0.864 -3.000 0.088 1.000   NA
 946605 946606 VF_A1031 VF_A1032 sypL sypM FALSE 0.043 147.000 0.000 1.000   NA
 946606 946607 VF_A1032 VF_A1033 sypM sypN TRUE 0.968 -10.000 0.417 1.000   NA
 946607 946608 VF_A1033 VF_A1034 sypN sypO TRUE 0.995 -3.000 0.583 1.000 Y NA
 946608 946609 VF_A1034 VF_A1035 sypO sypP TRUE 0.552 156.000 0.188 1.000 Y NA
 946609 946610 VF_A1035 VF_A1036 sypP sypQ TRUE 0.984 -3.000 0.167 NA Y NA
 946610 946611 VF_A1036 VF_A1037 sypQ sypR TRUE 0.934 15.000 0.095 NA Y NA
 946611 946612 VF_A1037 VF_A1038 sypR   FALSE 0.005 221.000 0.000 NA N NA
 946612 946613 VF_A1038 VF_A1039     FALSE 0.143 73.000 0.023 NA   NA
 946613 946614 VF_A1039 VF_A1040     FALSE 0.219 41.000 0.023 NA   NA
 946615 946616 VF_A1041 VF_A1042   ybbP FALSE 0.006 348.000 0.000 NA   NA
 946616 946617 VF_A1042 VF_A1043 ybbP ybbA TRUE 0.961 2.000 0.013 NA Y NA
 946620 946621 VF_A1046 VF_A1047 hdfR   FALSE 0.003 361.000 0.054 1.000 N NA
 946623 946624 VF_A1049 VF_A1050 nemA   FALSE 0.176 -3.000 0.000 1.000 N NA
 946625 946626 VF_A1051 VF_A1052     TRUE 0.967 11.000 0.581 1.000 N NA
 946628 946629 VF_A1054 VF_A1055 yjaB   FALSE 0.181 54.000 0.000 NA   NA
 946633 946634 VF_A1059 VF_A1060     FALSE 0.445 19.000 0.000 NA   NA
 946637 946638 VF_A1063 VF_A1064     FALSE 0.079 101.000 0.000 1.000   NA
 946639 946640 VF_A1065 VF_A1066     FALSE 0.014 239.000 0.000 NA   NA
 946642 946643 VF_A1068 VF_A1069 pepE   FALSE 0.000 386.000 0.000 1.000 N NA
 946643 946644 VF_A1069 VF_A1070     FALSE 0.235 40.000 0.000 NA   NA
 946644 946645 VF_A1070 VF_A1071     FALSE 0.140 80.000 0.000 NA   NA
 946646 946647 VF_A1072 VF_A1073     FALSE 0.145 330.000 0.000 0.020 Y NA
 946647 946648 VF_A1073 VF_A1074   acfC FALSE 0.343 29.000 0.000 NA   NA
 946649 946650 VF_A1075 VF_A1076     FALSE 0.188 18.000 0.000 NA N NA
 946652 946653 VF_A1078 VF_A1079   ydiK FALSE 0.492 122.000 0.222 NA   NA
 946653 946654 VF_A1079 VF_A1080 ydiK   FALSE 0.311 87.000 0.091 NA   NA
 946654 946655 VF_A1080 VF_A1081     FALSE 0.004 438.000 0.000 NA   NA
 946656 946657 VF_A1082 VF_A1083     FALSE 0.003 597.000 0.000 NA   NA
 946657 946658 VF_A1083 VF_A1084     FALSE 0.003 476.000 0.000 NA   NA
 946661 946662 VF_A1087 VF_A1088     TRUE 0.949 10.000 0.309 1.000   NA
 946662 946663 VF_A1088 VF_A1089     TRUE 0.986 -3.000 0.567 1.000   NA
 946663 946664 VF_A1089 VF_A1090     TRUE 0.993 -13.000 0.962 0.043   NA
 946664 946665 VF_A1090 VF_A1091   afuC TRUE 0.999 0.000 0.926 0.043 Y NA
 946665 946666 VF_A1091 VF_A1092 afuC   TRUE 0.984 3.000 0.185 1.000 Y NA
 946667 946668 VF_A1093 VF_A1094   cspG FALSE 0.015 232.000 0.000 NA   NA
 946668 946669 VF_A1094 VF_A1095 cspG hvnA FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 946669 946670 VF_A1095 VF_A1096 hvnA   FALSE 0.490 16.000 0.000 NA   NA
 946670 946671 VF_A1096 VF_A1097     FALSE 0.125 95.000 0.000 NA   NA
 946671 946672 VF_A1097 VF_A1098     FALSE 0.131 91.000 0.000 NA   NA
 946672 946673 VF_A1098 VF_A1099     FALSE 0.078 140.000 0.000 NA   NA
 946673 946674 VF_A1099 VF_A1100   ompA TRUE 0.766 2.000 0.000 NA   NA
 946674 946675 VF_A1100 VF_A1101 ompA   FALSE 0.085 134.000 0.000 NA   NA
 946675 946676 VF_A1101 VF_A1102     FALSE 0.004 447.000 0.000 NA   NA
 946677 946678 VF_A1103 VF_A1104     TRUE 0.938 -3.000 0.167 1.000   NA
 946678 946679 VF_A1104 VF_A1105   hvnC FALSE 0.037 170.000 0.000 NA   NA
 946679 946680 VF_A1105 VF_A1106 hvnC   FALSE 0.056 155.000 0.000 NA   NA
 946681 946682 VF_A1107 VF_A1108     FALSE 0.014 237.000 0.000 NA   NA
 946682 946683 VF_A1108 VF_A1110     FALSE 0.109 113.000 0.000 NA   NA
 946685 946686 VF_A1111 VF_A1112     FALSE 0.085 92.000 0.000 1.000   NA
 946689 946690 VF_A1115 VF_A1116     FALSE 0.012 83.000 0.000 1.000 N NA
 946691 946692 VF_A1117 VF_A1118     TRUE 0.981 15.000 0.913 NA   NA
 946692 946693 VF_A1118 VF_A1119     FALSE 0.060 371.000 0.000 0.012   NA
 946694 946695 VF_A1120 VF_A1121     TRUE 0.944 6.000 0.273 1.000 N NA
 946695 946696 VF_A1121 VF_A1122   ectA FALSE 0.007 264.000 0.000 1.000   NA
 946696 946697 VF_A1122 VF_A1123 ectA ectB TRUE 0.993 21.000 0.870 0.001   NA
 946697 946698 VF_A1123 VF_A1124 ectB ectC TRUE 0.965 15.000 0.627 1.000   NA
 946698 946699 VF_A1124 VF_A1125 ectC   TRUE 0.542 89.000 0.216 1.000   NA
 946699 946700 VF_A1125 VF_A1126     FALSE 0.000 454.000 0.000 1.000 N NA
 946700 946701 VF_A1126 VF_A1127     FALSE 0.245 39.000 0.000 NA   NA
 946701 946702 VF_A1127 VF_A1128     FALSE 0.539 13.000 0.000 NA   NA
 946702 5488680 VF_A1128 VF_A1196     FALSE 0.136 86.000 0.000 NA   NA
 946703 946704 VF_A1129 VF_A1130     FALSE 0.004 401.000 0.000 NA   NA
 946704 946705 VF_A1130 VF_A1131     FALSE 0.351 28.000 0.000 NA   NA
 946705 946706 VF_A1131 VF_A1132     FALSE 0.015 232.000 0.000 NA   NA
 946706 946707 VF_A1132 VF_A1133     TRUE 0.937 32.000 0.667 NA   NA
 946707 946708 VF_A1133 VF_A1134     TRUE 0.909 40.000 0.667 NA   NA
 946708 946709 VF_A1134 VF_A1135     TRUE 0.914 39.000 0.667 NA   NA
 946709 946710 VF_A1135 VF_A1136     TRUE 0.934 33.000 0.667 NA   NA
 946710 946711 VF_A1136 VF_A1137     TRUE 0.925 36.000 0.667 NA   NA
 946711 946712 VF_A1137 VF_A1138     FALSE 0.136 86.000 0.000 NA   NA
 946712 946713 VF_A1138 VF_A1139     FALSE 0.048 161.000 0.000 NA   NA
 946714 946715 VF_A1140 VF_A1141     FALSE 0.315 32.000 0.000 NA   NA
 946718 946719 VF_A1144 VF_A1145     FALSE 0.020 208.000 0.000 NA   NA
 946721 946722 VF_A1147 VF_A1148 ybiV ycjZ FALSE 0.080 97.000 0.000 1.000   NA
 946722 946723 VF_A1148 VF_A1149 ycjZ acrF FALSE 0.002 193.000 0.000 1.000 N NA
 946723 946726 VF_A1149 VF_A1152 acrF acrA TRUE 0.990 2.000 0.778 1.000 N NA
 946726 946727 VF_A1152 VF_A1153 acrA ybiN FALSE 0.016 178.000 0.020 1.000   NA
 946727 946728 VF_A1153 VF_A1154 ybiN yibL FALSE 0.094 113.000 0.020 NA   NA
 946729 946730 VF_A1155 VF_A1156 yaeJ   FALSE 0.411 0.000 0.007 1.000   NA
 946730 946732 VF_A1156 VF_A1158     FALSE 0.047 110.000 0.016 1.000   NA
 946735 946736 VF_A1161 VF_A1162 pdxH rtxA2 FALSE 0.065 119.000 0.000 1.000   NA
 946737 946738 VF_A1163 VF_A1164     TRUE 0.996 3.000 0.667 1.000 Y NA
 946739 946740 VF_A1165 VF_A1166 rtxB   TRUE 0.765 -22.000 0.131 1.000 N NA
 946740 946741 VF_A1166 VF_A1167     TRUE 0.887 7.000 0.117 NA   NA
 946741 946742 VF_A1167 VF_A1168   rtxD TRUE 0.634 24.000 0.086 NA   NA
 946742 946743 VF_A1168 VF_A1169 rtxD ypfI FALSE 0.020 206.000 0.000 NA   NA
 946745 946746 VF_A1171 VF_A1172     TRUE 0.989 4.000 0.909 1.000 N NA
 942845 942846 VF_0001 VF_0002 mioC trmE FALSE 0.074 70.000 0.019 1.000   NA
 942846 942847 VF_0002 VF_0003 trmE yidC FALSE 0.443 97.000 0.178 1.000   NA
 942847 942848 VF_0003 VF_0004 yidC rnpA FALSE 0.038 227.000 0.123 1.000 N NA
 942848 942849 VF_0004 VF_0005 rnpA rpmH TRUE 0.975 16.000 0.825 1.000   NA
 942849 942850 VF_0005 VF_0006 rpmH yecC FALSE 0.006 186.000 0.008 1.000   NA
 942850 942851 VF_0006 VF_0007 yecC yecS TRUE 0.993 -3.000 0.450 1.000 Y NA
 942851 942852 VF_0007 VF_0008 yecS fliY TRUE 0.938 125.000 0.704 0.058 Y NA
 942853 942854 VF_0009 VF_0010 dnaA dnaN TRUE 0.932 33.000 0.273 1.000 Y NA
 942854 942855 VF_0010 VF_0011 dnaN recF TRUE 0.977 14.000 0.344 1.000 Y NA
 942855 942856 VF_0011 VF_0012 recF gyrB TRUE 0.991 18.000 0.257 0.006 Y NA
 942856 942857 VF_0012 VF_0013 gyrB ibpA FALSE 0.001 424.000 0.000 NA N NA
 942859 942860 VF_0015 VF_0016 glyQ glyS TRUE 0.999 3.000 0.616 0.001 Y NA
 942860 942861 VF_0016 VF_0017 glyS malS FALSE 0.006 146.000 0.004 1.000 N NA
 942861 942862 VF_0017 VF_0018 malS   FALSE 0.130 135.000 0.050 NA   NA
 942864 942865 VF_0020 VF_0021     TRUE 0.670 147.000 0.600 NA   NA
 942865 942866 VF_0021 VF_0022   yiaA FALSE 0.094 125.000 0.000 NA   NA
 942867 942868 VF_0023 VF_0024 yhdH fadA FALSE 0.001 760.000 0.043 1.000 N NA
 942868 942869 VF_0024 VF_0025 fadA fadB