VIMSS Operon Predictions for Burkholderia cepacia AMMD

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 1916049 1916050 Bamb_0001 Bamb_0002 TRUE 0.94 169 326.464
 1916050 1916051 Bamb_0002 Bamb_0003 TRUE 0.943 207 95.032
 1916051 1916052 Bamb_0003 Bamb_0004 FALSE 0.005 362 0
 1916052 1916053 Bamb_0004 Bamb_0005 TRUE 0.83 4 0
 1410405 1410406 Bamb_R0001 Bamb_R0002 FALSE 0.088 152 0
 1410406 1410407 Bamb_R0002 Bamb_R0003 FALSE 0.003 400 0
 1410407 1916054 Bamb_R0003 Bamb_0006 FALSE 0.002 585 0
 1916054 1916055 Bamb_0006 Bamb_0007 TRUE 0.99 0 34.442
 1916056 1916057 Bamb_0008 Bamb_0009 TRUE 0.993 -3 18.415
 1916059 1410414 Bamb_0011 Bamb_R0004 FALSE 0.002 462 0
 1916060 1916061 Bamb_0012 Bamb_0013 TRUE 0.981 0 11.332
 1916062 1916063 Bamb_0014 Bamb_0015 TRUE 0.816 -10 0.062
 1916063 1916064 Bamb_0015 Bamb_0016 TRUE 0.993 -16 302.681
 1916064 1916065 Bamb_0016 Bamb_0017 FALSE 0.003 297 0.444
 1916065 1916066 Bamb_0017 Bamb_0018 FALSE 0.001 238 0.361
 1916067 1916068 Bamb_0019 Bamb_0020 TRUE 0.996 0 42.304
 1916068 1916069 Bamb_0020 Bamb_0021 FALSE 0 361 -1.261
 1916069 1916070 Bamb_0021 Bamb_0022 FALSE 0.003 192 1.004
 1916070 1916071 Bamb_0022 Bamb_0023 TRUE 0.988 13 5.571
 1916071 1916072 Bamb_0023 Bamb_0024 FALSE 0.261 74 3.286
 1916072 1916073 Bamb_0024 Bamb_0025 TRUE 0.994 41 135.494
 1916073 1916074 Bamb_0025 Bamb_0026 TRUE 0.959 122 54.788
 1916074 1916075 Bamb_0026 Bamb_0027 FALSE 0.007 144 -40.92
 1916075 1916076 Bamb_0027 Bamb_0028 TRUE 0.999 29 464.104
 1916076 1916077 Bamb_0028 Bamb_0029 TRUE 0.999 17 401.705
 1916077 1916078 Bamb_0029 Bamb_0030 TRUE 0.98 37 24.953
 1916078 1916079 Bamb_0030 Bamb_0031 TRUE 0.996 -3 23.15
 1916079 1916080 Bamb_0031 Bamb_0032 TRUE 0.999 -7 215.968
 1916080 1916081 Bamb_0032 Bamb_0033 TRUE 0.999 23 279.77
 1916081 1916082 Bamb_0033 Bamb_0034 FALSE 0.004 174 -3.664
 1916082 1916083 Bamb_0034 Bamb_0035 TRUE 0.987 14 58.402
 1916085 1916086 Bamb_0037 Bamb_0038 FALSE 0.341 176 3.501
 1916087 1916088 Bamb_0039 Bamb_0040 FALSE 0.043 282 3.662
 1916089 1916090 Bamb_0041 Bamb_0042 TRUE 0.925 32 10.147
 1916090 1916091 Bamb_0042 Bamb_0043 TRUE 0.987 -3 11.814
 1916091 1916092 Bamb_0043 Bamb_0044 TRUE 0.966 25 15.972
 1916092 1916093 Bamb_0044 Bamb_0045 TRUE 0.997 3 16.601
 1916093 1916094 Bamb_0045 Bamb_0046 TRUE 0.993 -22 10.659
 1916094 1916095 Bamb_0046 Bamb_0047 TRUE 0.998 3 18.617
 1916095 1916096 Bamb_0047 Bamb_0048 TRUE 0.991 44 11.435
 1916098 1916099 Bamb_0050 Bamb_0051 TRUE 0.999 5 360.027
 1916099 1916100 Bamb_0051 Bamb_0052 TRUE 0.999 -3 140.351
 1916101 1916102 Bamb_0053 Bamb_0054 FALSE 0.002 200 3.021
 1916104 1916105 Bamb_0056 Bamb_0057 FALSE 0.002 303 0.02
 1916105 1916106 Bamb_0057 Bamb_0058 TRUE 0.501 44 0.02
 1916106 1916107 Bamb_0058 Bamb_0059 TRUE 0.986 15 24.27
 1916107 1916108 Bamb_0059 Bamb_0060 TRUE 0.843 10 0.064
 1916108 1916109 Bamb_0060 Bamb_0061 FALSE 0.079 182 0.127
 1916109 1916110 Bamb_0061 Bamb_0062 TRUE 0.895 29 4.813
 1916110 1916111 Bamb_0062 Bamb_0063 FALSE 0.002 214 1.513
 1916111 1916112 Bamb_0063 Bamb_0064 FALSE 0.003 181 0.608
 1916113 1916114 Bamb_0065 Bamb_0066 TRUE 0.851 117 7.574
 1916116 1916117 Bamb_0068 Bamb_0069 FALSE 0.404 179 40.29
 1916119 1916120 Bamb_0071 Bamb_0072 FALSE 0.002 196 -0.674
 1916121 1916122 Bamb_0073 Bamb_0074 FALSE 0.024 423 -0.11
 1916122 1916123 Bamb_0074 Bamb_0075 TRUE 1 -3 121.678
 1916123 1916124 Bamb_0075 Bamb_0076 TRUE 0.988 78 87.683
 1916124 1916125 Bamb_0076 Bamb_0077 TRUE 0.976 120 67.53
 1916125 1916126 Bamb_0077 Bamb_0078 TRUE 0.999 0 146.532
 1916128 1916129 Bamb_0080 Bamb_0081 FALSE 0.401 202 21.551
 1916129 1916130 Bamb_0081 Bamb_0082 TRUE 0.999 5 45.775
 1916130 1916131 Bamb_0082 Bamb_0083 TRUE 0.999 0 30.509
 1916131 1916132 Bamb_0083 Bamb_0084 FALSE 0 506 -3.851
 1916132 1916133 Bamb_0084 Bamb_0085 TRUE 0.999 -3 503.071
 1916133 1916134 Bamb_0085 Bamb_0086 TRUE 0.978 52 313.989
 1916134 1916135 Bamb_0086 Bamb_0087 TRUE 0.995 8 897.356
 1916135 1916136 Bamb_0087 Bamb_0088 TRUE 0.929 11 -4.307
 1916136 1916137 Bamb_0088 Bamb_0089 TRUE 0.787 19 0.064
 1916137 1916138 Bamb_0089 Bamb_0090 FALSE 0.472 51 0.064
 1916138 1916139 Bamb_0090 Bamb_0091 TRUE 0.886 111 16.629
 1916139 1916140 Bamb_0091 Bamb_0092 TRUE 0.997 76 733.928
 1916140 1916141 Bamb_0092 Bamb_0093 TRUE 0.993 129 698.522
 1916141 1916142 Bamb_0093 Bamb_0094 TRUE 1 3 869.574
 1916142 1916143 Bamb_0094 Bamb_0095 TRUE 0.999 45 1124.637
 1916143 1916144 Bamb_0095 Bamb_0096 TRUE 0.998 70 1432.465
 1916144 1916145 Bamb_0096 Bamb_0097 TRUE 0.998 67 1201.094
 1916145 1916146 Bamb_0097 Bamb_0098 TRUE 0.729 245 1142.994
 1916146 1916147 Bamb_0098 Bamb_0099 FALSE 0.001 258 -21.922
 1916149 1916150 Bamb_0101 Bamb_0102 FALSE 0.001 449 -14.112
 1916150 1916151 Bamb_0102 Bamb_0103 FALSE 0 351 -23.823
 1916151 1916152 Bamb_0103 Bamb_0104 TRUE 0.708 85 9.887
 1916156 1916157 Bamb_0108 Bamb_0109 FALSE 0.001 233 1.79
 1916157 1916158 Bamb_0109 Bamb_0110 TRUE 0.915 60 7.815
 1916158 1916159 Bamb_0110 Bamb_0111 TRUE 0.856 12 0.502
 1916160 1916161 Bamb_0112 Bamb_0113 TRUE 0.886 69 3.316
 1916162 1916163 Bamb_0114 Bamb_0115 TRUE 0.907 11 1.361
 1916165 1916166 Bamb_0117 Bamb_0118 FALSE 0.002 213 -37.887
 1916166 1916167 Bamb_0118 Bamb_0119 TRUE 0.87 112 58.234
 1916167 1916168 Bamb_0119 Bamb_0120 TRUE 1 -3 169.125
 1916172 1916173 Bamb_0124 Bamb_0125 FALSE 0.001 296 0.386
 1916173 1916174 Bamb_0125 Bamb_0126 FALSE 0.097 186 0.444
 1916175 1916176 Bamb_0127 Bamb_0128 TRUE 0.952 -3 3.658
 1916176 1916177 Bamb_0128 Bamb_0129 FALSE 0.257 165 -62.041
 1916177 1916178 Bamb_0129 Bamb_0130 TRUE 0.897 31 4.813
 1916178 1916179 Bamb_0130 Bamb_0131 FALSE 0.282 153 3.239
 1916179 1916180 Bamb_0131 Bamb_0132 TRUE 0.949 66 393.544
 1916180 1916181 Bamb_0132 Bamb_0133 TRUE 0.999 34 525.332
 1916181 1916182 Bamb_0133 Bamb_0134 FALSE 0 452 -1.649
 1916182 1916183 Bamb_0134 Bamb_0135 FALSE 0.085 226 3.159
 1916183 1916184 Bamb_0135 Bamb_0136 FALSE 0.001 224 1.829
 1916187 1916188 Bamb_0139 Bamb_0140 TRUE 0.987 -7 47.429
 1916190 1916191 Bamb_0142 Bamb_0143 TRUE 0.89 -3 0.079
 1916191 1916192 Bamb_0143 Bamb_0144 TRUE 0.543 62 -1.062
 1916192 1916193 Bamb_0144 Bamb_0145 TRUE 0.979 11 16.886
 1916193 1916194 Bamb_0145 Bamb_0146 TRUE 0.742 6 -0.467
 1916194 1916195 Bamb_0146 Bamb_0147 TRUE 0.934 -3 1.116
 1916196 1916197 Bamb_0148 Bamb_0149 TRUE 0.902 -3 -0.021
 1916197 1916198 Bamb_0149 Bamb_0150 TRUE 0.918 -3 0.32
 1916198 1916199 Bamb_0150 Bamb_0151 TRUE 0.865 13 1.684
 1916199 1916200 Bamb_0151 Bamb_0152 TRUE 0.991 -3 0.079
 1916200 1916201 Bamb_0152 Bamb_0153 TRUE 0.991 -3 0.013
 1916202 1916203 Bamb_0154 Bamb_0155 TRUE 0.87 36 4.813
 1916203 1916204 Bamb_0155 Bamb_0156 TRUE 0.786 188 91.618
 1916207 1916208 Bamb_0159 Bamb_0160 FALSE 0.047 249 0.168
 1916212 1916213 Bamb_0164 Bamb_0165 TRUE 0.936 96 93.69
 1916213 1916214 Bamb_0165 Bamb_0166 FALSE 0.363 180 87.559
 1916214 1916215 Bamb_0166 Bamb_0167 TRUE 0.999 14 212.307
 1916215 1916216 Bamb_0167 Bamb_0168 FALSE 0.099 180 -1.274
 1916216 1916217 Bamb_0168 Bamb_0169 TRUE 0.994 34 67.431
 1916217 1916218 Bamb_0169 Bamb_0170 TRUE 0.996 49 222.991
 1916218 1916219 Bamb_0170 Bamb_0171 TRUE 0.982 38 5.314
 1916219 1916220 Bamb_0171 Bamb_0172 TRUE 0.993 4 3.831
 1916220 1916221 Bamb_0172 Bamb_0173 TRUE 0.996 -3 31.16
 1916221 1916222 Bamb_0173 Bamb_0174 TRUE 0.996 6 34.764
 1916222 1916223 Bamb_0174 Bamb_0175 TRUE 0.97 68 87.587
 1916223 1916224 Bamb_0175 Bamb_0176 TRUE 0.999 2 220.347
 1916224 1916225 Bamb_0176 Bamb_0177 FALSE 0.002 298 4.34
 1916225 1916226 Bamb_0177 Bamb_0178 TRUE 0.981 17 14.344
 1916226 1916227 Bamb_0178 Bamb_0179 FALSE 0.224 168 3.143
 1916227 1916228 Bamb_0179 Bamb_0180 FALSE 0 365 -1.546
 1916228 1916229 Bamb_0180 Bamb_0181 FALSE 0.003 267 -13.306
 1916229 1916230 Bamb_0181 Bamb_0182 TRUE 1 -3 388.599
 1916230 1916231 Bamb_0182 Bamb_0183 TRUE 0.998 -3 72.794
 1916231 1916232 Bamb_0183 Bamb_0184 TRUE 0.984 -7 59.68
 1916232 1916233 Bamb_0184 Bamb_0185 TRUE 0.991 18 148.383
 1916233 1916234 Bamb_0185 Bamb_0186 FALSE 0 351 -17.255
 1916234 1916235 Bamb_0186 Bamb_0187 FALSE 0.439 156 5.242
 1916235 1916236 Bamb_0187 Bamb_0188 TRUE 0.942 25 6.606
 1916237 1916238 Bamb_0189 Bamb_0190 TRUE 0.647 81 4.416
 1916239 1916240 Bamb_0191 Bamb_0192 FALSE 0 452 -2.234
 1916242 1916243 Bamb_0194 Bamb_0195 FALSE 0 356 -0.664
 1916243 1916244 Bamb_0195 Bamb_0196 FALSE 0.034 182 0.321
 1916245 1916246 Bamb_0197 Bamb_0198 TRUE 0.758 80 4.358
 1916246 1916247 Bamb_0198 Bamb_0199 TRUE 0.978 -3 6.113
 1916250 1916251 Bamb_0202 Bamb_0203 TRUE 0.869 127 194.229
 1916251 1916252 Bamb_0203 Bamb_0204 TRUE 0.98 18 23.048
 1916252 1916253 Bamb_0204 Bamb_0205 TRUE 0.736 -3 -2.167
 1916253 1410610 Bamb_0205 Bamb_R0006 FALSE 0.3 67 0
 1410610 1410611 Bamb_R0006 Bamb_0206 FALSE 0.002 562 0
 1410611 1916254 Bamb_0206 Bamb_0207 FALSE 0.007 302 0
 1916254 1916255 Bamb_0207 Bamb_0208 TRUE 0.739 16 0
 1916255 1916256 Bamb_0208 Bamb_0209 TRUE 0.715 -3 -2.399
 1916256 1916257 Bamb_0209 Bamb_0210 FALSE 0.314 33 -3.192
 1916257 1916258 Bamb_0210 Bamb_0211 TRUE 0.585 11 -2.756
 1916260 1916261 Bamb_0213 Bamb_0214 FALSE 0.006 229 0.02
 1916261 1916262 Bamb_0214 Bamb_0215 FALSE 0.412 62 0.064
 1916263 1916264 Bamb_0216 Bamb_0217 TRUE 0.698 73 3.495
 1916265 1916266 Bamb_0218 Bamb_0219 TRUE 0.947 -3 1.64
 1916267 1916268 Bamb_0220 Bamb_0221 TRUE 0.997 9 53.316
 1916268 1916269 Bamb_0221 Bamb_0222 TRUE 0.985 19 54.155
 1916269 1916270 Bamb_0222 Bamb_0223 TRUE 0.997 11 53.676
 1916273 1916274 Bamb_0226 Bamb_0227 TRUE 0.553 72 0.694
 1916277 1916278 Bamb_0230 Bamb_0231 TRUE 0.949 17 5.29
 1916278 1916279 Bamb_0231 Bamb_0232 FALSE 0.374 155 5.046
 1916279 1916280 Bamb_0232 Bamb_0233 FALSE 0 430 2.393
 1916280 1916281 Bamb_0233 Bamb_0234 FALSE 0.142 201 0.577
 1916281 1916282 Bamb_0234 Bamb_0235 FALSE 0.002 216 2.972
 1916282 1916283 Bamb_0235 Bamb_0236 FALSE 0.001 241 0.006
 1916289 1916290 Bamb_0242 Bamb_0243 FALSE 0.005 236 -0.101
 1916290 1916291 Bamb_0243 Bamb_0244 TRUE 0.91 23 3.17
 1916291 1916292 Bamb_0244 Bamb_0245 FALSE 0.319 131 1.651
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