MicrobesOnline Operon Predictions for Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2002665 2002666 BAD_0001 BAD_0002 dnaA dnaN FALSE 0.046 497.000 0.000 1.000 Y NA
 2002666 2002667 BAD_0002 BAD_0003 dnaN recF TRUE 0.885 79.000 0.052 1.000 Y NA
 2002667 2002668 BAD_0003 BAD_0004 recF   TRUE 0.950 0.000 0.078 NA   NA
 2002668 2002669 BAD_0004 BAD_0005   gyrB FALSE 0.040 281.000 0.023 NA   NA
 2002669 2002670 BAD_0005 BAD_0006 gyrB gyrA TRUE 0.876 96.000 0.299 0.004 Y NA
 2002670 2002671 BAD_0006 BAD_0007 gyrA   TRUE 0.621 75.000 0.056 NA   NA
 2002674 2002675 BAD_t0001 BAD_t0002 alaW alaV TRUE 0.788 2.000 0.000 NA   NA
 2002675 2002676 BAD_t0002 BAD_t0003 alaV ileU FALSE 0.401 43.000 0.000 NA   NA
 2002678 2002679 BAD_0011 BAD_0012   icfA TRUE 0.666 68.000 0.056 NA   NA
 2002679 2002680 BAD_0012 BAD_0013 icfA ribAB FALSE 0.004 464.000 0.000 NA   NA
 2002680 2002681 BAD_0013 BAD_0014 ribAB pra FALSE 0.297 70.000 0.000 NA   NA
 2002681 2002682 BAD_0014 BAD_0015 pra rps8E FALSE 0.017 256.000 0.000 NA   NA
 2002682 2002683 BAD_0015 BAD_0016 rps8E   FALSE 0.003 1207.000 0.000 NA   NA
 2002683 2002684 BAD_0016 BAD_0017     FALSE 0.152 101.000 0.000 NA   NA
 2002684 2002685 BAD_0017 BAD_0018     TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2002685 2002686 BAD_0018 BAD_0019     FALSE 0.009 309.000 0.000 NA   NA
 2002690 2002691 BAD_0023 BAD_0024     FALSE 0.225 145.000 0.008 NA   NA
 2002692 2002693 BAD_0025 BAD_0026   opuE TRUE 0.666 58.000 0.027 NA   NA
 2002697 2002698 BAD_0030 BAD_0031 glgP pbp1A FALSE 0.147 105.000 0.000 NA   NA
 2002698 2002699 BAD_0031 BAD_0032 pbp1A   TRUE 0.599 22.000 0.000 NA   NA
 2002699 2002700 BAD_0032 BAD_0033     FALSE 0.016 264.000 0.000 NA   NA
 2002702 2002703 BAD_0035 BAD_0036     TRUE 0.976 7.000 0.481 NA   NA
 2002703 2002704 BAD_0036 BAD_0037   pabA TRUE 0.623 79.000 0.083 NA N NA
 2002705 2002706 BAD_0038 BAD_0039 pknB pknA TRUE 0.996 -3.000 0.844 0.004 Y NA
 2002706 2002707 BAD_0039 BAD_0040 pknA pbpA TRUE 0.975 -3.000 0.392 1.000 N NA
 2002707 2002708 BAD_0040 BAD_0041 pbpA rodA TRUE 0.968 -7.000 0.424 1.000 N NA
 2002708 2002709 BAD_0041 BAD_0042 rodA   TRUE 0.967 -3.000 0.269 1.000 N NA
 2002709 2002710 BAD_0042 BAD_0043     TRUE 0.992 -3.000 0.247 NA Y NA
 2002710 2002711 BAD_0043 BAD_0044     TRUE 0.953 29.000 0.741 NA   NA
 2002713 2002714 BAD_0046 BAD_0047     TRUE 0.992 -10.000 0.500 NA Y NA
 2002715 2002716 BAD_0048 BAD_0049     FALSE 0.276 74.000 0.000 NA   NA
 2002716 2002717 BAD_0049 BAD_0050     FALSE 0.115 123.000 0.000 NA   NA
 2002717 2002718 BAD_0050 BAD_0051     FALSE 0.478 31.000 0.000 NA   NA
 2002719 2002720 BAD_t0004 BAD_0052 leuX   FALSE 0.005 421.000 0.000 NA   NA
 2002720 2002721 BAD_0052 BAD_0053   ygaT FALSE 0.490 30.000 0.000 NA   NA
 2002722 2002723 BAD_0054 BAD_0055 recD   FALSE 0.292 71.000 0.000 NA   NA
 2002725 2002726 BAD_0057 BAD_0058 degP   FALSE 0.007 356.000 0.000 1.000 N NA
 2002728 2002729 BAD_0060 BAD_0061   fprA FALSE 0.283 73.000 0.000 NA   NA
 2002729 2002730 BAD_0061 BAD_0062 fprA htpX FALSE 0.098 233.000 0.065 1.000 N NA
 2002730 2002731 BAD_0062 BAD_t0005 htpX glyT FALSE 0.007 334.000 0.000 NA   NA
 2002731 2002732 BAD_t0005 BAD_0063 glyT   FALSE 0.005 433.000 0.000 NA   NA
 2002733 2002734 BAD_0064 BAD_0065 pip   TRUE 0.982 3.000 0.556 NA   NA
 2002735 2002736 BAD_0066 BAD_0067 fba purA FALSE 0.125 186.000 0.007 1.000 N NA
 2002736 2002737 BAD_0067 BAD_0068 purA   TRUE 0.602 48.000 0.005 1.000 N NA
 2002737 2002738 BAD_0068 BAD_0069   crcB2 FALSE 0.104 141.000 0.000 NA N NA
 2002738 2002739 BAD_0069 BAD_0070 crcB2   FALSE 0.004 493.000 0.000 NA N NA
 2002739 2002740 BAD_0070 BAD_0071     TRUE 0.997 4.000 1.000 0.065 Y NA
 2002740 2002741 BAD_0071 BAD_0072     TRUE 0.947 74.000 0.375 1.000 Y NA
 2002741 2002742 BAD_0072 BAD_0073   LivF TRUE 0.991 2.000 0.161 0.040 Y NA
 2002742 2002743 BAD_0073 BAD_0074 LivF LivF FALSE 0.078 359.000 0.000 NA Y NA
 2002743 2002744 BAD_0074 BAD_0075 LivF   FALSE 0.006 382.000 0.000 NA N NA
 2002746 2002747 BAD_0077 BAD_0078   spl FALSE 0.003 807.000 0.000 NA   NA
 2002747 2002748 BAD_0078 BAD_0079 spl   FALSE 0.117 292.000 0.000 NA Y NA
 2002748 2002749 BAD_0079 BAD_0080   shiA FALSE 0.050 479.000 0.000 NA Y NA
 2002749 2002750 BAD_0080 BAD_0081 shiA ilvC2 FALSE 0.011 286.000 0.000 1.000 N NA
 2002756 2002757 BAD_0087 BAD_0088   aapA FALSE 0.128 113.000 0.000 NA   NA
 2002758 2002759 BAD_0089 BAD_0090 thiG   TRUE 0.690 151.000 0.067 0.030 Y NA
 2002760 2002761 BAD_0091 BAD_0092     FALSE 0.294 184.000 0.200 1.000 N NA
 2002761 2002762 BAD_0092 BAD_0093     FALSE 0.532 127.000 0.261 1.000 N NA
 2002762 2002763 BAD_0093 BAD_0094     TRUE 0.995 12.000 0.846 0.007 Y NA
 2002763 2002764 BAD_0094 BAD_0095     FALSE 0.069 171.000 0.000 1.000   NA
 2002766 2002767 BAD_0097 BAD_0098     TRUE 0.940 62.000 0.128 NA Y NA
 2002767 2002768 BAD_0098 BAD_0099     FALSE 0.077 267.000 0.109 NA   NA
 2002768 2002769 BAD_0099 BAD_0100     TRUE 0.923 26.000 0.355 NA   NA
 2002769 2002770 BAD_0100 BAD_0101     TRUE 0.978 31.000 0.387 NA Y NA
 2002770 2002771 BAD_0101 BAD_0102     TRUE 0.944 18.000 0.276 NA N NA
 2002771 2002772 BAD_0102 BAD_0103     TRUE 0.955 -3.000 0.138 1.000   NA
 2002773 2002774 BAD_0104 BAD_0105     TRUE 0.981 0.000 0.462 1.000   NA
 2002774 2002775 BAD_0105 BAD_0106     TRUE 0.980 -3.000 0.538 NA   NA
 2002779 2002780 BAD_0109 BAD_0110     FALSE 0.246 184.000 0.118 NA N NA
 2002783 2002784 BAD_0113 BAD_0114 amtP glnB TRUE 0.987 2.000 0.778 1.000 N NA
 2002784 2002785 BAD_0114 BAD_0115 glnB glnD FALSE 0.444 157.000 0.250 1.000 N NA
 2002785 2002786 BAD_0115 BAD_0116 glnD dnaB FALSE 0.006 386.000 0.000 1.000 N NA
 2002786 2002787 BAD_0116 BAD_0117 dnaB   TRUE 0.931 2.000 0.026 1.000 N NA
 2002787 2002788 BAD_0117 BAD_0118     TRUE 0.909 66.000 0.781 1.000   NA
 2002788 2002789 BAD_0118 BAD_0119     TRUE 0.654 68.000 0.044 NA   NA
 2002789 2002790 BAD_0119 BAD_0120     FALSE 0.035 515.000 0.304 NA   NA
 2002790 2002791 BAD_0120 BAD_0121     FALSE 0.029 214.000 0.000 NA   NA
 2002791 2002792 BAD_0121 BAD_0122     FALSE 0.110 134.000 0.000 NA   NA
 2002792 2002793 BAD_0122 BAD_0123     FALSE 0.004 504.000 0.000 NA N NA
 2002794 2002795 BAD_0124 BAD_0125 upp   FALSE 0.007 355.000 0.000 NA   NA
 2002795 2002796 BAD_0125 BAD_0126   mutT1 TRUE 0.975 2.000 0.350 NA   NA
 2002796 2002797 BAD_0126 BAD_0127 mutT1 ppk FALSE 0.352 108.000 0.017 1.000 N NA
 2002798 2002799 BAD_0128 BAD_0129     TRUE 0.974 -19.000 0.674 NA   NA
 2002799 2002800 BAD_0129 BAD_0130     TRUE 0.985 0.000 0.651 NA   NA
 2002800 2002801 BAD_0130 BAD_0131     TRUE 0.959 -3.000 0.167 NA   NA
 2002801 2002802 BAD_0131 BAD_0132     FALSE 0.108 267.000 0.238 NA   NA
 2002802 2002803 BAD_0132 BAD_0133     TRUE 0.779 3.000 0.000 NA   NA
 2002803 2002804 BAD_0133 BAD_0134     FALSE 0.356 53.000 0.000 NA   NA
 2002804 2002805 BAD_0134 BAD_0135     TRUE 0.586 23.000 0.000 NA   NA
 2002807 2002808 BAD_0137 BAD_0138 dnaX recR TRUE 0.747 117.000 0.030 1.000 Y NA
 2002808 2002809 BAD_0138 BAD_0139 recR askA FALSE 0.301 120.000 0.014 1.000 N NA
 2002809 2002810 BAD_0139 BAD_0140 askA askB FALSE 0.268 117.000 0.020 0.002   NA
 2002812 2002813 BAD_0142 BAD_0143   pknB FALSE 0.305 69.000 0.000 NA   NA
 2002815 2002816 BAD_0145 BAD_0146     FALSE 0.016 259.000 0.000 NA   NA
 2002817 2002818 BAD_0147 BAD_0148     TRUE 0.968 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 2002819 2002820 BAD_0149 BAD_0150     TRUE 0.977 10.000 0.571 1.000   NA
 2002820 2002821 BAD_0150 BAD_0151     TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2002821 2002822 BAD_0151 BAD_0152     FALSE 0.462 33.000 0.000 NA   NA
 2002822 2002823 BAD_0152 BAD_0153     FALSE 0.010 301.000 0.000 1.000   NA
 2002823 2002824 BAD_0153 BAD_0154     TRUE 0.961 88.000 1.000 0.064 Y NA
 2002824 2002825 BAD_0154 BAD_0155     TRUE 0.997 0.000 1.000 0.064 Y NA
 2002825 2002826 BAD_0155 BAD_0156     TRUE 0.973 8.000 0.000 1.000 Y NA
 2002830 2002831 BAD_0160 BAD_0161   topA FALSE 0.325 106.000 0.010 1.000   NA
 2002831 2002832 BAD_0161 BAD_0162 topA   FALSE 0.295 122.000 0.013 1.000 N NA
 2002832 2002833 BAD_0162 BAD_0163     TRUE 0.972 -3.000 0.353 1.000 N NA
 2002834 2002835 BAD_0164 BAD_0165 rbsR   FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 2002836 2002837 BAD_0166 BAD_0167 ptsI   FALSE 0.458 138.000 0.182 NA   NA
 2002837 2002838 BAD_0167 BAD_0168   pepD TRUE 0.535 109.000 0.182 NA   NA
 2002838 2002839 BAD_0168 BAD_0169 pepD fhs FALSE 0.158 190.000 0.036 1.000 N NA
 2002843 2002844 BAD_0173 BAD_0174     TRUE 0.542 84.000 0.039 NA   NA
 2002846 2002847 BAD_0176 BAD_t0007 gltX gluT FALSE 0.036 199.000 0.000 NA   NA
 2002847 2002848 BAD_t0007 BAD_t0008 gluT glnT FALSE 0.442 36.000 0.000 NA   NA
 2002848 2002849 BAD_t0008 BAD_0177 glnT   FALSE 0.072 168.000 0.000 NA   NA
 2002851 2002852 BAD_0179 BAD_0180 leuC leuD TRUE 0.850 90.000 0.112 0.002 Y NA
 2002852 2002853 BAD_0180 BAD_0181 leuD   FALSE 0.005 402.000 0.000 NA N NA
 2002853 2002854 BAD_0181 BAD_0182     FALSE 0.099 193.000 0.005 NA N NA
 2002854 2002855 BAD_0182 BAD_0183   murA FALSE 0.325 96.000 0.005 1.000 N NA
 2002855 2002856 BAD_0183 BAD_0184 murA   FALSE 0.039 331.000 0.096 1.000 N NA
 2002856 2002857 BAD_0184 BAD_0185     FALSE 0.251 172.000 0.059 1.000 N NA
 2002857 2002858 BAD_0185 BAD_0186   ddlA TRUE 0.636 75.000 0.063 1.000 N NA
 2002858 2002859 BAD_0186 BAD_0187 ddlA   FALSE 0.024 232.000 0.000 NA N NA
 2002859 2002860 BAD_0187 BAD_0188     TRUE 0.954 2.000 0.109 NA   NA
 2002860 2002861 BAD_0188 BAD_0189     TRUE 0.822 48.000 0.222 0.063   NA
 2002861 2002862 BAD_0189 BAD_0190   msiK TRUE 0.992 -3.000 0.222 0.063 Y NA
 2002862 2002863 BAD_0190 BAD_0191 msiK   FALSE 0.039 196.000 0.000 NA   NA
 2002865 2002866 BAD_0193 BAD_0194     FALSE 0.007 337.000 0.000 NA   NA
 2002866 2002867 BAD_0194 BAD_0195     FALSE 0.398 156.000 0.167 NA   NA
 2002867 2002868 BAD_0195 BAD_0196     FALSE 0.386 105.000 0.026 1.000 N NA
 2002869 2002870 BAD_0197 BAD_0198     FALSE 0.514 187.000 0.019 1.000 Y NA
 2002870 2002871 BAD_0198 BAD_0199     TRUE 0.928 83.000 0.300 1.000 Y NA
 2002873 2002874 BAD_0201 BAD_0202     FALSE 0.028 217.000 0.000 NA   NA
 2002875 2002876 BAD_0203 BAD_0204 rpmB recG FALSE 0.231 143.000 0.009 1.000   NA
 2002876 2002877 BAD_0204 BAD_0205 recG   TRUE 0.908 6.000 0.032 0.016   NA
 2002878 2002879 BAD_0206 BAD_0207 trmD   TRUE 0.938 93.000 0.687 1.000 Y NA
 2002879 2002880 BAD_0207 BAD_0208     TRUE 0.930 22.000 0.275 1.000   NA
 2002880 2002881 BAD_0208 BAD_0209   rpsP TRUE 0.975 3.000 0.374 1.000   NA
 2002883 2002884 BAD_0211 BAD_0212 ffh cysS FALSE 0.363 56.000 0.000 1.000 N NA
 2002885 2002886 BAD_0213 BAD_0214     FALSE 0.029 312.000 0.020 1.000   NA
 2002886 2002887 BAD_0214 BAD_0215     FALSE 0.033 288.000 0.013 NA   NA
 2002888 2002889 BAD_0216 BAD_0217     TRUE 0.978 3.000 0.000 NA Y NA
 2002890 2002891 BAD_0218 BAD_0219     TRUE 0.716 78.000 0.200 NA   NA
 2002892 2002893 BAD_0220 BAD_0221 ilvN ilvB1 TRUE 0.938 33.000 0.014 0.002 Y NA
 2002893 2002894 BAD_0221 BCD_0222 ilvB1 rncS FALSE 0.023 302.000 0.003 1.000 N NA
 2002894 2002895 BCD_0222 BAD_0223 rncS   TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2002895 2002896 BAD_0223 BAD_0224   rpmF FALSE 0.026 224.000 0.000 NA   NA
 2002896 2002897 BAD_0224 BAD_0225 rpmF   TRUE 0.761 96.000 0.590 NA   NA
 2002897 2002898 BAD_0225 BAD_0226     TRUE 0.670 56.000 0.029 NA   NA
 2002900 2002901 BAD_0228 BAD_0229     TRUE 0.768 5.000 0.000 NA   NA
 2002902 2002903 BAD_t0009 BAD_t0010 thrU leuT FALSE 0.171 93.000 0.000 NA   NA
 2002903 2002904 BAD_t0010 BAD_0230 leuT   TRUE 0.788 2.000 0.000 NA   NA
 2002904 2002905 BAD_0230 BAD_0231   pgi FALSE 0.013 273.000 0.000 NA   NA
 2002905 2002906 BAD_0231 BAD_0232 pgi   FALSE 0.007 362.000 0.000 1.000 N NA
 2002906 2002907 BAD_0232 BAD_0233     FALSE 0.318 67.000 0.000 NA   NA
 2002907 2002908 BAD_0233 BAD_0234     FALSE 0.019 247.000 0.000 NA   NA
 2002908 2002909 BAD_0234 BAD_0235     FALSE 0.243 129.000 0.005 1.000 N NA
 2002909 2002910 BAD_0235 BAD_0236     TRUE 0.983 -3.000 0.650 1.000   NA
 2002912 2002913 BAD_0238 BAD_0239 dapE   FALSE 0.005 435.000 0.000 1.000 N NA
 2002913 2002914 BAD_0239 BAD_0240   rplU TRUE 0.622 145.000 0.005 0.029 Y NA
 2002914 2002915 BAD_0240 BAD_0241 rplU rpmA TRUE 0.980 40.000 0.710 0.033 Y NA
 2002915 2002916 BAD_0241 BAD_0242 rpmA obg TRUE 0.757 77.000 0.285 1.000   NA
 2002916 2002917 BAD_0242 BAD_0243 obg proB TRUE 0.601 83.000 0.079 1.000   NA
 2002917 2002918 BAD_0243 BAD_0244 proB aspC TRUE 0.730 124.000 0.021 1.000 Y NA
 2002920 2002921 BAD_0245 BAD_0246 secE nusG TRUE 0.963 25.000 0.829 1.000   NA
 2002921 2002922 BAD_0246 BAD_0247 nusG rplK FALSE 0.127 345.000 0.762 1.000 N NA
 2002922 2002923 BAD_0247 BAD_0248 rplK rplA TRUE 0.994 15.000 0.831 0.045 Y NA
 2002925 2002926 BAD_0250 BAD_0251     FALSE 0.288 72.000 0.000 NA   NA
 2002927 2002928 BAD_0252 BAD_0253 xerD   FALSE 0.264 76.000 0.000 NA   NA
 2002929 2002930 BAD_0254 BAD_0255   pccB TRUE 0.995 -3.000 0.533 1.000 Y NA
 2002930 2002931 BAD_0255 BAD_0256 pccB fas TRUE 0.963 75.000 0.667 1.000 Y NA
 2002931 2002932 BAD_0256 BAD_0257 fas   TRUE 0.575 159.000 0.004 0.002 Y NA
 2002932 2002933 BAD_0257 BAD_t0012   glyU FALSE 0.214 86.000 0.000 NA   NA
 2002933 2002934 BAD_t0012 BAD_0258 glyU   FALSE 0.090 150.000 0.000 NA   NA
 2002934 2002935 BAD_0258 BAD_0259   rpsO FALSE 0.188 155.000 0.004 NA   NA
 2002935 2002936 BAD_0259 BAD_0260 rpsO pnpA FALSE 0.316 230.000 0.010 1.000 Y NA
 2002936 2002937 BAD_0260 BAD_0261 pnpA lemA FALSE 0.009 303.000 0.000 NA   NA
 2002937 2002938 BAD_0261 BAD_0262 lemA   FALSE 0.507 139.000 0.286 NA   NA
 2002938 2002939 BAD_0262 BAD_0263     FALSE 0.311 68.000 0.000 NA   NA
 2002939 2002940 BAD_0263 BAD_0264     FALSE 0.167 238.000 0.286 NA   NA
 2002942 2002943 BAD_0266 BAD_0267 yisV   TRUE 0.643 19.000 0.000 1.000 N NA
 2002943 2002944 BAD_0267 BAD_0268     TRUE 0.623 55.000 0.011 NA   NA
 2002944 2002945 BAD_0268 BAD_0269   ispD TRUE 0.663 44.000 0.011 NA   NA
 2002945 2002946 BAD_0269 BAD_0270 ispD pcp TRUE 0.662 68.000 0.050 1.000 N NA
 2002946 2002947 BAD_0270 BAD_0271 pcp   FALSE 0.264 235.000 0.571 NA   NA
 2002947 2002948 BAD_0271 BAD_0272   pepC2 TRUE 0.944 23.000 0.400 NA   NA
 2002948 2002949 BAD_0272 BAD_0273 pepC2 aroG2 FALSE 0.146 430.000 0.200 1.000 Y NA
 2002949 2002950 BAD_0273 BAD_0274 aroG2 aroG TRUE 0.962 58.000 0.429 0.002 Y NA
 2002950 2002951 BAD_0274 BAD_0275 aroG pfs TRUE 0.743 104.000 0.583 1.000 N NA
 2002951 2002952 BAD_0275 BAD_0276 pfs   FALSE 0.061 244.000 0.015 1.000   NA
 2002952 2002953 BAD_0276 BAD_0277     TRUE 0.958 -3.000 0.163 1.000   NA
 2002953 2002954 BAD_0277 BAD_0278   pstS FALSE 0.218 167.000 0.020 1.000 N NA
 2002954 2002955 BAD_0278 BAD_0279 pstS pstC TRUE 0.831 163.000 0.615 0.004 Y NA
 2002955 2002956 BAD_0279 BAD_0280 pstC pstA TRUE 0.996 -3.000 0.769 0.004 Y NA
 2002956 2002957 BAD_0280 BAD_0281 pstA pstB TRUE 0.962 45.000 0.351 0.004 Y NA
 2002957 2002958 BAD_0281 BAD_0282 pstB   FALSE 0.227 232.000 0.000 1.000 Y NA
 2002960 2002961 BAD_0284 BAD_0285 rplJ rplL TRUE 0.923 114.000 0.888 0.033 Y NA
 2002961 2002962 BAD_0285 BAD_0286 rplL   FALSE 0.029 215.000 0.000 NA   NA
 2002962 2002963 BAD_0286 BAD_0287     TRUE 0.935 -3.000 0.052 NA   NA
 2002964 2002965 BAD_0288 BAD_0289     FALSE 0.006 381.000 0.000 NA   NA
 2002966 2002967 BAD_0290 BAD_0291     TRUE 0.700 60.000 0.054 NA   NA
 2002967 2002968 BAD_0291 BAD_0292   groES FALSE 0.111 223.000 0.060 NA   NA
 2002968 2002969 BAD_0292 BAD_t0013 groES tyrT FALSE 0.027 223.000 0.000 NA   NA
 2002969 2002970 BAD_t0013 BAD_t0014 tyrT thrV TRUE 0.788 2.000 0.000 NA   NA
 2002970 2002971 BAD_t0014 BAD_t0015 thrV metU TRUE 0.761 6.000 0.000 NA   NA
 2002971 2002972 BAD_t0015 BAD_0293 metU rpmG FALSE 0.366 49.000 0.000 NA   NA
 2002972 2002973 BAD_0293 BAD_0294 rpmG murB FALSE 0.157 191.000 0.041 1.000 N NA
 2002973 2002974 BAD_0294 BAD_0295 murB   TRUE 0.770 61.000 0.133 1.000 N NA
 2002974 2002975 BAD_0295 BAD_0296   fdxC TRUE 0.844 37.000 0.167 1.000 N NA
 2002975 2002976 BAD_0296 BAD_0297 fdxC   FALSE 0.147 201.000 0.069 1.000 N NA
 2002978 2002979 BAD_0299 BAD_0300     TRUE 0.963 2.000 0.167 NA   NA
 2002979 2002980 BAD_0300 BAD_0301     TRUE 0.992 0.000 0.222 0.014 Y NA
 2002980 2002981 BAD_0301 BAD_0302     TRUE 0.964 -3.000 0.222 NA N NA
 2002983 2002984 BAD_0303 BAD_0304     TRUE 0.924 6.000 0.029 NA N NA
 2002984 2002985 BAD_0304 BAD_0305     TRUE 0.596 79.000 0.058 NA N NA
 2002985 2002986 BAD_0305 BAD_0306     TRUE 0.630 60.000 0.014 NA   NA
 2002986 2002987 BAD_0306 BAD_0307     FALSE 0.378 46.000 0.000 NA   NA
 2002987 2002988 BAD_0307 BAD_0308   malQ1 FALSE 0.344 61.000 0.000 NA   NA
 2002988 2002989 BAD_0308 BAD_0309 malQ1   FALSE 0.014 272.000 0.000 1.000 N NA
 2002989 2002990 BAD_0309 BAD_0310   rpsI TRUE 0.993 21.000 0.979 0.032 Y NA
 2002991 2002992 BAD_0311 BAD_0312     FALSE 0.264 76.000 0.000 NA   NA
 2002993 2002994 BAD_0313 BAD_0314   ywbC FALSE 0.011 286.000 0.000 NA   NA
 2002996 2002997 BAD_0316 BAD_0317 rbtT   TRUE 0.988 7.000 1.000 NA N NA
 2002997 2002998 BAD_0317 BAD_0318     TRUE 0.891 40.000 0.375 1.000 N NA
 2002998 2002999 BAD_0318 BAD_0319     FALSE 0.007 354.000 0.000 1.000 N NA
 2002999 2003000 BAD_0319 BAD_0320   rpsJ FALSE 0.004 460.000 0.000 1.000 N NA
 2003000 2003001 BAD_0320 BAD_0321 rpsJ rplC TRUE 0.993 18.000 0.749 0.044 Y NA
 2003001 2003002 BAD_0321 BAD_0322 rplC rplD TRUE 0.996 7.000 0.958 0.032 Y NA
 2003002 2003003 BAD_0322 BAD_0323 rplD rplW TRUE 0.997 -3.000 0.904 1.000 Y NA
 2003003 2003004 BAD_0323 BAD_0324 rplW rplB TRUE 0.986 37.000 0.915 1.000 Y NA
 2003004 2003005 BAD_0324 BAD_0325 rplB rpsS TRUE 0.994 16.000 0.894 0.044 Y NA
 2003005 2003006 BAD_0325 BAD_0326 rpsS rplV TRUE 0.994 17.000 0.968 0.044 Y NA
 2003006 2003007 BAD_0326 BAD_0327 rplV rpsC TRUE 0.997 3.000 0.905 0.044 Y NA
 2003007 2003008 BAD_0327 BAD_0328 rpsC rplP TRUE 0.996 8.000 0.894 0.044 Y NA
 2003008 2003009 BAD_0328 BAD_0329 rplP rpmC TRUE 0.997 0.000 0.868 0.032 Y NA
 2003009 2003010 BAD_0329 BAD_0330 rpmC rpsQ TRUE 0.997 0.000 0.911 0.032 Y NA
 2003010 2003011 BAD_0330 BAD_0331 rpsQ rplN TRUE 0.945 92.000 0.850 0.044 Y NA
 2003011 2003012 BAD_0331 BAD_0332 rplN rplX TRUE 0.997 2.000 0.958 0.044 Y NA
 2003012 2003013 BAD_0332 BAD_0333 rplX rplE TRUE 0.996 -3.000 0.894 0.032 Y NA
 2003013 2003014 BAD_0333 BAD_0334 rplE rpsN TRUE 0.994 2.000 0.376 0.032 Y NA
 2003014 2003015 BAD_0334 BAD_0335 rpsN rpsH TRUE 0.922 85.000 0.359 0.032 Y NA
 2003015 2003016 BAD_0335 BAD_0336 rpsH rplF TRUE 0.994 18.000 0.956 0.032 Y NA
 2003016 2003017 BAD_0336 BAD_0337 rplF rplR TRUE 0.997 0.000 0.886 0.032 Y NA
 2003017 2003018 BAD_0337 BAD_0338 rplR rpsE TRUE 0.997 -3.000 0.973 0.044 Y NA
 2003018 2003019 BAD_0338 BAD_0339 rpsE rpmD TRUE 0.996 -3.000 0.782 0.044 Y NA
 2003019 2003020 BAD_0339 BAD_0340 rpmD rplO TRUE 0.996 3.000 0.677 0.006 Y NA
 2003020 2003021 BAD_0340 BAD_0341 rplO secY FALSE 0.507 193.000 0.873 1.000 N NA
 2003021 2003022 BAD_0341 BAD_0342 secY adk FALSE 0.514 118.000 0.220 1.000 N NA
 2003022 2003023 BAD_0342 BAD_0343 adk infA FALSE 0.285 148.000 0.034 1.000 N NA
 2003023 2003024 BAD_0343 BAD_0344 infA rpmJ TRUE 0.928 24.000 0.323 1.000   NA
 2003024 2003025 BAD_0344 BAD_0345 rpmJ rpsM TRUE 0.578 137.000 0.436 0.032   NA
 2003025 2003026 BAD_0345 BAD_0346 rpsM rpsK TRUE 0.939 85.000 0.530 0.032 Y NA
 2003026 2003027 BAD_0346 BAD_0347 rpsK rpoA TRUE 0.892 45.000 0.440 1.000 N NA
 2003027 2003028 BAD_0347 BAD_0348 rpoA rplQ TRUE 0.846 89.000 0.883 1.000 N NA
 2003028 2003029 BAD_0348 BAD_0349 rplQ truA TRUE 0.794 107.000 0.050 1.000 Y NA
 2003029 2003030 BAD_0349 BAD_0350 truA   FALSE 0.167 177.000 0.013 NA   NA
 2003030 2003031 BAD_0350 BAD_0351     FALSE 0.365 105.000 0.017 NA   NA
 2003032 2003033 BAD_t0017 BAD_0352 serU   FALSE 0.116 121.000 0.000 NA   NA
 2003034 2003035 BAD_0353 BAD_0354 nusA infB FALSE 0.240 213.000 0.332 1.000 N NA
 2003035 6557658 BAD_0354   infB   FALSE NA -666.000 0.000 NA   NA
 6557658 6762169         TRUE NA -18.000 0.000 NA   NA
 6762169 6557659         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6557659 6762170         TRUE NA -22.000 0.000 NA   NA
 6762170 6557660         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6557660 6762171         TRUE NA -18.000 0.000 NA   NA
 6762171 6557661         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6557661 6762172         TRUE NA -25.000 0.000 NA   NA
 6762172 6557662         TRUE NA 1.000 0.000 NA   NA
 6557662 6762173         TRUE NA -18.000 0.000 NA   NA
 6762173 2003036   BAD_0355   rbfA FALSE NA 2152.000 0.000 NA   NA
 2003036 2003037 BAD_0355 BAD_0356 rbfA truB TRUE 0.991 -16.000 0.432 1.000 Y NA
 2003037 2003038 BAD_0356 BAD_0357 truB ribF TRUE 0.792 70.000 0.271 1.000 N NA
 2003041 2003042 BAD_0360 BAD_0361     FALSE 0.065 174.000 0.000 NA   NA
 2003042 2003043 BAD_0361 BAD_0362   rnh FALSE 0.087 222.000 0.016 1.000 N NA
 2003043 2003044 BAD_0362 BAD_0363 rnh   FALSE 0.147 105.000 0.000 NA   NA
 2003044 2003045 BAD_0363 BAD_0364     TRUE 0.788 2.000 0.000 NA   NA
 2003045 2003046 BAD_0364 BAD_0365   pgm FALSE 0.015 270.000 0.000 1.000 N NA
 2003047 2003048 BAD_0366 BAD_0367 ptsG   TRUE 0.978 2.000 0.412 1.000   NA
 2003050 2003051 BAD_0369 BAD_t0018   serT FALSE 0.024 230.000 0.000 NA   NA
 2003052 2003053 BAD_0370 BAD_0371     TRUE 0.975 54.000 0.667 NA Y NA
 2003054 2003055 BAD_0372 BAD_0373     TRUE 0.989 -3.000 1.000 NA   NA
 2003056 2003057 BAD_0374 BAD_0375     FALSE 0.009 312.000 0.000 NA   NA
 2003057 2003058 BAD_0375 BAD_t0019   proV FALSE 0.082 159.000 0.000 NA   NA
 2003059 2003060 BAD_0376 BAD_0377 lysS   TRUE 0.673 55.000 0.028 1.000 N NA
 2003060 2003061 BAD_0377 BAD_0378   gpm TRUE 0.926 14.000 0.099 1.000 N NA
 2003062 2003063 BAD_0379 BAD_0380     FALSE 0.017 256.000 0.000 NA   NA
 2003065 2003066 BAD_0382 BAD_0383   serC TRUE 0.862 27.000 0.111 NA   NA
 2003067 2003068 BAD_0384 BAD_0385     FALSE 0.335 63.000 0.000 NA   NA
 2003068 2003069 BAD_0385 BAD_0386     FALSE 0.496 141.000 0.263 NA N NA
 2003071 2003072 BAD_0388 BAD_0389 thyA dfrA TRUE 0.809 70.000 0.322 1.000 N NA
 2003072 2003073 BAD_0389 BAD_0390 dfrA ptpA TRUE 0.911 7.000 0.017 1.000 N NA
 2003074 2003075 BAD_t0020 BAD_0391 aspT galE2 FALSE 0.113 128.000 0.000 NA   NA
 2003076 2003077 BAD_0392 BAD_t0021   gluU FALSE 0.094 146.000 0.000 NA   NA
 2003077 2003078 BAD_t0021 BAD_t0022 gluU aspT FALSE 0.532 26.000 0.000 NA   NA
 2003078 2003079 BAD_t0022 BAD_t0023 aspT pheT TRUE 0.566 24.000 0.000 NA   NA
 2003079 2003080 BAD_t0023 BAD_0393 pheT   FALSE 0.019 247.000 0.000 NA   NA
 2003080 2003081 BAD_0393 BAD_0394     TRUE 0.985 0.000 0.600 NA   NA
 2003081 2003082 BAD_0394 BAD_0395     TRUE 0.893 69.000 0.692 NA   NA
 2003082 2003083 BAD_0395 BAD_0396     TRUE 0.987 -3.000 0.857 NA   NA
 2003083 2003084 BAD_0396 BAD_0397     TRUE 0.975 2.000 0.357 NA   NA
 2003084 2003085 BAD_0397 BAD_0398   cotH TRUE 0.969 18.000 0.625 NA   NA
 2003085 2003086 BAD_0398 BAD_0399 cotH   TRUE 0.975 -10.000 0.625 NA   NA
 2003087 2003088 BAD_0400 BAD_0401 vrrB   FALSE 0.214 86.000 0.000 NA   NA
 2003088 2003089 BAD_0401 BAD_0402     FALSE 0.004 496.000 0.000 NA   NA
 2003092 2003093 BAD_0405 BAD_0406     TRUE 0.974 0.000 0.316 NA   NA
 2003093 2003094 BAD_0406 BAD_0407     TRUE 0.952 33.000 0.040 NA Y NA
 2003094 2003095 BAD_0407 BAD_0408   hprT TRUE 0.607 72.000 0.030 1.000 N NA
 2003095 2003096 BAD_0408 BAD_0409 hprT   TRUE 0.945 -3.000 0.093 1.000 N NA
 2003096 2003097 BAD_0409 BAD_0410   folE TRUE 0.968 0.000 0.205 1.000 N NA
 2003097 2003098 BAD_0410 BAD_0411 folE folP TRUE 0.960 48.000 0.290 1.000 Y NA
 2003098 2003099 BAD_0411 BAD_0412 folP sulD TRUE 0.871 85.000 0.098 0.005 Y NA
 2003099 2003100 BAD_0412 BAD_0413 sulD   TRUE 0.815 63.000 0.258 NA   NA
 2003101 2003102 BAD_0414 BAD_0415 tesB   FALSE 0.072 225.000 0.011 1.000   NA
 2003103 2003104 BAD_0416 BAD_0417   cpxR FALSE 0.020 243.000 0.000 NA   NA
 2003104 2003105 BAD_0417 BAD_0418 cpxR ribD FALSE 0.378 46.000 0.000 NA   NA
 2003109 2003110 BAD_0422 BAD_0423 xylA   FALSE 0.004 390.000 0.000 0.044   NA
 2003112 2003113 BAD_0425 BAD_0426     TRUE 0.988 17.000 0.333 0.059 Y NA
 2003113 2003114 BAD_0426 BAD_0427     TRUE 0.997 0.000 0.875 0.059 Y NA
 2003114 2003115 BAD_0427 BAD_0428   xynB TRUE 0.924 77.000 0.217 1.000 Y NA
 2003115 2003116 BAD_0428 BAD_0429 xynB   TRUE 0.798 54.000 0.174 1.000   NA
 2003116 2003117 BAD_0429 BAD_0430     FALSE 0.420 40.000 0.000 NA   NA
 2003117 2003118 BAD_0430 BAD_0431     FALSE 0.462 33.000 0.000 NA   NA
 2003120 2003121 BAD_0433 BAD_0434   ggtA FALSE 0.011 289.000 0.000 NA   NA
 2003121 2003122 BAD_0434 BAD_0435 ggtA   FALSE 0.004 546.000 0.000 NA   NA
 2003122 2003123 BAD_0435 BAD_0436     FALSE 0.115 123.000 0.000 NA   NA
 2003124 2003125 BAD_0437 BAD_0438     FALSE 0.165 97.000 0.000 NA N NA
 2003125 2003126 BAD_0438 BAD_0439     FALSE 0.008 324.000 0.000 NA   NA
 2003127 2003128 BAD_t0024 BAD_0440 ileT rpmE FALSE 0.054 182.000 0.000 NA   NA
 2003128 2003129 BAD_0440 BAD_0441 rpmE prfA TRUE 0.623 182.000 0.114 1.000 Y NA
 2003129 2003130 BAD_0441 BAD_0442 prfA   TRUE 0.993 10.000 0.434 1.000 Y NA
 2003130 2003131 BAD_0442 BAD_0443     FALSE 0.218 141.000 0.005 1.000 N NA
 2003131 2003132 BAD_0443 BAD_0444     TRUE 0.847 133.000 0.339 1.000 Y NA
 2003132 2003133 BAD_0444 BAD_0445     TRUE 0.996 5.000 0.753 0.058 Y NA
 2003133 2003134 BAD_0445 BAD_0446     TRUE 0.996 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 2003134 2003135 BAD_0446 BAD_0447     TRUE 0.993 0.000 0.299 0.036 Y NA
 2003135 2003136 BAD_0447 BAD_0448     FALSE 0.181 158.000 0.003 NA N NA
 2003136 2003137 BAD_0448 BAD_0449   rfe TRUE 0.936 -3.000 0.053 NA N NA
 2003137 2003138 BAD_0449 BAD_0450 rfe guaB FALSE 0.257 138.000 0.011 1.000 N NA
 2003140 2003141 BAD_0452 BAD_0453 aglA orn FALSE 0.022 239.000 0.000 1.000 N NA
 2003141 2003142 BAD_0453 BAD_0454 orn   TRUE 0.786 28.000 0.025 1.000   NA
 2003142 2003143 BAD_0454 BAD_0455     TRUE 0.729 45.000 0.051 1.000   NA
 2003143 2003144 BAD_0455 BAD_0456   proS FALSE 0.003 582.000 0.000 1.000   NA
 2003144 2003145 BAD_0456 BAD_0457 proS   FALSE 0.005 394.000 0.000 1.000   NA
 2003147 2003148 BAD_0459 BAD_0460 map gltA2 FALSE 0.351 141.000 0.075 1.000 N NA
 2003148 2003149 BAD_0460 BAD_0461 gltA2   FALSE 0.316 142.000 0.049 1.000 N NA
 2003149 2003150 BAD_0461 BAD_0462     TRUE 0.887 8.000 0.008 NA   NA
 2003150 2003151 BAD_0462 BAD_0463   prfB FALSE 0.006 374.000 0.000 NA   NA
 2003151 2003152 BAD_0463 BAD_0464 prfB ftsE TRUE 0.842 24.000 0.038 1.000 N NA
 2003152 2003153 BAD_0464 BAD_0465 ftsE ftsX TRUE 0.994 -3.000 0.384 1.000 Y NA
 2003153 2003154 BAD_0465 BAD_0466 ftsX   TRUE 0.894 10.000 0.013 NA   NA
 2003154 2003155 BAD_0466 BAD_0467   smpB FALSE 0.243 129.000 0.006 NA   NA
 2003155 2003156 BAD_0467 BAD_0468 smpB   FALSE 0.232 127.000 0.003 1.000 N NA
 2003156 2003157 BAD_0468 BAD_0469     TRUE 0.623 111.000 0.000 0.009 Y NA
 2003157 2003158 BAD_0469 BAD_0470     TRUE 0.862 50.000 0.000 0.009 Y NA
 2003158 2003159 BAD_0470 BAD_0471     TRUE 0.956 35.000 0.100 0.058 Y NA
 2003159 2003160 BAD_0471 BAD_0472     TRUE 0.992 -3.000 0.233 1.000 Y NA
 2003160 2003161 BAD_0472 BAD_0473   glmS FALSE 0.025 230.000 0.000 1.000 N NA
 2003161 2003162 BAD_0473 BAD_0474 glmS   TRUE 0.597 59.000 0.008 1.000 N NA
 2003162 2003163 BAD_0474 BAD_0475     FALSE 0.373 109.000 0.030 1.000 N NA
 2003163 2003164 BAD_0475 BAD_0476     FALSE 0.046 190.000 0.000 1.000 N NA
 2003165 2003166 BAD_0477 BAD_0478     FALSE 0.447 92.000 0.031 1.000 N NA
 2003167 2003168 BAD_0479 BAD_0480     TRUE 0.990 16.000 0.389 0.058 Y NA
 2003168 2003169 BAD_0480 BAD_0481     TRUE 0.919 78.000 0.194 0.058 Y NA
 2003169 2003170 BAD_0481 BAD_0482   oppD TRUE 0.988 -3.000 0.056 1.000 Y NA
 2003170 2003171 BAD_0482 BAD_0483 oppD oppF TRUE 0.921 14.000 0.111 0.036   NA
 2003171 2003172 BAD_0483 BAD_0484 oppF   FALSE 0.036 198.000 0.000 NA   NA
 2003172 2003173 BAD_0484 BAD_0485     TRUE 0.683 -15.000 0.000 NA   NA
 2003173 2003174 BAD_0485 BAD_0486     TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2003174 2003175 BAD_0486 BAD_0487     TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2003175 2003176 BAD_0487 BAD_0488     FALSE 0.005 440.000 0.000 NA   NA
 2003176 2003177 BAD_0488 BAD_0489   ytfF TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2003177 2003178 BAD_0489 BAD_0490 ytfF cbsSV FALSE 0.020 241.000 0.000 NA   NA
 2003178 2003179 BAD_0490 BAD_0491 cbsSV metB TRUE 0.977 16.000 0.050 0.019 Y NA
 2003179 2003180 BAD_0491 BAD_0492 metB recQ TRUE 0.680 37.000 0.008 1.000 N NA
 2003180 2003181 BAD_0492 BAD_0493 recQ   FALSE 0.390 95.000 0.014 1.000 N NA
 2003181 2003182 BAD_0493 BAD_0494     FALSE 0.493 78.000 0.010 NA   NA
 2003184 2003185 BAD_0496 BAD_0497 alr   TRUE 0.702 51.000 0.043 1.000 N NA
 2003185 2003186 BAD_0497 BAD_0498   dnaG TRUE 0.838 24.000 0.034 1.000 N NA
 2003186 2003187 BAD_0498 BAD_0499 dnaG   FALSE 0.011 296.000 0.000 NA N NA
 2003187 2003188 BAD_0499 BAD_0500     FALSE 0.103 138.000 0.000 NA   NA
 2003188 2003189 BAD_0500 BAD_t0025   argT FALSE 0.355 54.000 0.000 NA   NA
 2003189 2003190 BAD_t0025 BAD_0501 argT   FALSE 0.208 87.000 0.000 NA   NA
 2003191 2003192 BAD_t0026 BAD_t0027 glyV valX FALSE 0.455 34.000 0.000 NA   NA
 2003192 2003193 BAD_t0027 BAD_t0028 valX valU FALSE 0.378 46.000 0.000 NA   NA
 2003193 2003194 BAD_t0028 BAD_0502 valU   FALSE 0.196 88.000 0.000 NA   NA
 2003195 2003196 BAD_0503 BAD_0504     TRUE 0.994 -13.000 0.868 0.008 Y NA
 2003196 2003197 BAD_0504 BAD_0505   gltL TRUE 0.995 -7.000 0.839 1.000 Y NA
 2003197 2003198 BAD_0505 BAD_0506 gltL   TRUE 0.978 45.000 0.679 1.000 Y NA
 2003198 2003199 BAD_0506 BAD_0507   metC FALSE 0.090 329.000 0.000 1.000 Y NA
 2003199 2003200 BAD_0507 BAD_0508 metC   FALSE 0.013 280.000 0.000 NA N NA
 2003202 2003203 BAD_0510 BAD_0511     TRUE 0.955 28.000 0.750 1.000   NA
 2003203 2003204 BAD_0511 BAD_0512     TRUE 0.983 3.000 0.600 1.000   NA
 2003206 2003207 BAD_0514 BAD_0515 badC purE TRUE 0.592 54.000 0.006 1.000 N NA
 2003207 2003208 BAD_0515 BAD_0516 purE purK TRUE 0.962 29.000 0.108 0.002 Y NA
 2003208 2003209 BAD_0516 BAD_0517 purK fur TRUE 0.930 12.000 0.096 1.000 N NA
 2003209 2003210 BAD_0517 BAD_0518 fur   FALSE 0.032 210.000 0.000 1.000 N NA
 2003211 2003212 BAD_0519 BAD_0520 purD purM TRUE 0.809 91.000 0.013 1.000 Y NA
 2003212 2003213 BAD_0520 BAD_0521 purM purF TRUE 0.983 20.000 0.189 1.000 Y NA
 2003215 2003216 BAD_0523 BAD_0524 purQ_purL purC TRUE 0.758 119.000 0.050 1.000 Y NA
 2003216 2003217 BAD_0524 BAD_0525 purC purT TRUE 0.704 136.000 0.013 1.000 Y NA
 2003219 2003220 BAD_0527 BAD_t0029 tal hisT FALSE 0.143 106.000 0.000 NA   NA
 2003223 2003224 BAD_0530 BAD_0531 rpsL rpsG TRUE 0.996 6.000 0.935 0.006 Y NA
 2003224 2003225 BAD_0531 BAD_0532 rpsG fusA1 TRUE 0.970 31.000 0.222 1.000 Y NA
 2003225 2003226 BAD_0532 BAD_0533 fusA1 tuf TRUE 0.702 169.000 0.187 0.002 Y NA
 2003228 2003229 BAD_0535 BAD_0536 carA carB TRUE 0.982 -7.000 0.079 0.002 Y NA
 2003229 2003230 BAD_0536 BAD_0537 carB   TRUE 0.992 0.000 0.143 1.000 Y NA
 2003230 2003231 BAD_0537 BAD_0538     TRUE 0.914 61.000 0.016 1.000 Y NA
 2003233 2003234 BAD_0540 BAD_0541 rpoZ metK FALSE 0.147 174.000 0.004 1.000 N NA
 2003234 2003235 BAD_0541 BAD_0542 metK priA TRUE 0.710 59.000 0.056 NA N NA
 2003235 2003236 BAD_0542 BAD_0543 priA   TRUE 0.693 67.000 0.073 NA   NA
 2003236 2003237 BAD_0543 BAD_0544   fmt FALSE 0.297 106.000 0.006 1.000   NA
 2003239 2003240 BAD_0546 BAD_0547     TRUE 0.833 72.000 0.415 NA   NA
 2003240 2003241 BAD_0547 BAD_0548     FALSE 0.446 135.000 0.146 NA   NA
 2003241 2003242 BAD_0548 BAD_0549     FALSE 0.011 285.000 0.000 NA   NA
 2003243 2003244 BAD_0550 BAD_0551     TRUE 0.887 -3.000 0.004 NA   NA
 2003244 2003245 BAD_0551 BAD_0552   hup FALSE 0.095 145.000 0.000 NA   NA
 2003245 2003246 BAD_0552 BAD_0553 hup   FALSE 0.436 155.000 0.231 NA   NA
 2003246 2003247 BAD_0553 BAD_0554   purB FALSE 0.463 148.000 0.250 NA   NA
 2003247 2003248 BAD_0554 BAD_0555 purB   TRUE 0.886 40.000 0.357 NA   NA
 2003248 2003249 BAD_0555 BAD_0556     TRUE 0.981 -3.000 0.571 NA   NA
 2003249 2003250 BAD_0556 BAD_0557   ebpS FALSE 0.485 147.000 0.286 NA   NA
 2003250 2003251 BAD_0557 BAD_0558 ebpS   TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2003251 2003252 BAD_0558 BAD_0559     TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2003252 2003253 BAD_0559 BAD_0560     TRUE 0.987 1.000 0.714 NA   NA
 2003253 2003254 BAD_0560 BAD_0561     TRUE 0.975 0.000 0.333 NA   NA
 2003254 2003255 BAD_0561 BAD_0562     TRUE 0.989 -3.000 1.000 NA   NA
 2003255 2003256 BAD_0562 BAD_0563   ung TRUE 0.893 19.000 0.073 1.000   NA
 2003257 2003258 BAD_0564 BAD_0565   groEL FALSE 0.013 275.000 0.000 NA   NA
 2003260 2003261 BAD_0567 BAD_0568     TRUE 0.967 4.000 0.250 NA   NA
 2003261 2003262 BAD_0568 BAD_0569     TRUE 0.953 75.000 0.457 0.088 Y NA
 2003262 2003263 BAD_0569 BAD_0570   cspB FALSE 0.380 152.000 0.128 1.000 N NA
 2003263 2003264 BAD_0570 BAD_0571 cspB   TRUE 0.926 7.000 0.043 NA   NA
 2003268 2003269 BAD_0575 BAD_0576 hisS aspS TRUE 0.929 48.000 0.041 0.045 Y NA
 2003269 2003270 BAD_0576 BAD_0577 aspS   FALSE 0.091 194.000 0.003 1.000 N NA
 2003270 2003271 BAD_0577 BAD_0578     TRUE 0.991 -3.000 0.147 1.000 Y NA
 2003271 2003272 BAD_0578 BAD_0579   gluA TRUE 0.604 135.000 0.000 1.000 Y NA
 2003272 2003273 BAD_0579 BAD_0580 gluA gluB TRUE 0.972 67.000 0.692 1.000 Y NA
 2003273 2003274 BAD_0580 BAD_0581 gluB gluC TRUE 0.997 0.000 0.786 0.067 Y NA
 2003274 2003275 BAD_0581 BAD_0582 gluC gluD TRUE 0.987 7.000 0.107 0.008 Y NA
 2003275 2003276 BAD_0582 BAD_0583 gluD   FALSE 0.211 161.000 0.013 NA   NA
 2003278 2003279 BAD_0585 BAD_0586     FALSE 0.250 139.000 0.011 1.000   NA
 2003279 2003280 BAD_0586 BAD_0587   clp1 FALSE 0.141 106.000 0.000 1.000   NA
 2003280 2003281 BAD_0587 BAD_0588 clp1 clpP2 TRUE 0.994 3.000 0.447 0.002 Y NA
 2003281 2003282 BAD_0588 BAD_0589 clpP2 clpX TRUE 0.987 -3.000 0.033 1.000 Y NA
 2003282 2003283 BAD_0589 BAD_t0030 clpX argU FALSE 0.196 88.000 0.000 NA   NA
 2003283 2003284 BAD_t0030 BAD_t0031 argU argV FALSE 0.406 42.000 0.000 NA   NA
 2003284 2003285 BAD_t0031 BAD_0590 argV nhaA FALSE 0.047 188.000 0.000 NA   NA
 2003286 2003287 BAD_0591 BAD_0592 safC   TRUE 0.927 2.000 0.020 1.000   NA
 2003287 2003288 BAD_0592 BAD_0593   sdhA TRUE 0.973 59.000 0.714 0.002 Y NA
 2003288 2003289 BAD_0593 BAD_0594 sdhA   TRUE 0.552 69.000 0.008 1.000 N NA
 2003289 2003290 BAD_0594 BAD_0595     TRUE 0.949 -3.000 0.107 1.000 N NA
 2003290 2003291 BAD_0595 BAD_0596     TRUE 0.955 0.000 0.110 0.051 N NA
 2003291 2003292 BAD_0596 BAD_0597     FALSE 0.157 170.000 0.004 1.000 N NA
 2003293 2003294 BAD_0598 BAD_0599 cysD   FALSE 0.033 204.000 0.000 NA   NA
 2003294 2003295 BAD_0599 BAD_0600   cbiO2 FALSE 0.483 158.000 0.333 NA   NA
 2003295 2003296 BAD_0600 BAD_0601 cbiO2   TRUE 0.982 0.000 0.500 1.000   NA
 2003296 2003297 BAD_0601 BAD_0602     TRUE 0.975 10.000 0.500 1.000 N NA
 2003297 2003298 BAD_0602 BAD_0603     FALSE 0.435 133.000 0.125 1.000 N NA
 2003298 2003299 BAD_0603 BAD_0604     TRUE 0.912 58.000 0.688 1.000 N NA
 2003300 2003301 BAD_0605 BAD_0606     TRUE 0.950 77.000 0.556 0.013 Y NA
 2003302 2003303 BAD_0607 BAD_0608 pap proC TRUE 0.722 61.000 0.080 1.000   NA
 2003303 2003304 BAD_0608 BAD_0609 proC   TRUE 0.828 18.000 0.006 1.000 N NA
 2003304 2003305 BAD_0609 BAD_0610     TRUE 0.595 22.000 0.000 1.000   NA
 2003305 2003306 BAD_0610 BAD_0611     FALSE 0.315 138.000 0.038 1.000   NA
 2003306 2003307 BAD_0611 BAD_0612     TRUE 0.919 6.000 0.025 NA   NA
 2003307 2003308 BAD_0612 BAD_0613     TRUE 0.685 15.000 0.000 NA   NA
 2003308 2003309 BAD_0613 BAD_0614     FALSE 0.305 69.000 0.000 NA   NA
 2003310 2003311 BAD_0615 BAD_0616     FALSE 0.158 97.000 0.000 NA   NA
 2003311 2003312 BAD_0616 BAD_0617     FALSE 0.007 340.000 0.000 NA   NA
 2003313 2003314 BAD_0618 BAD_0619   trrA FALSE 0.350 56.000 0.000 1.000   NA
 2003314 2003315 BAD_0619 BAD_0620 trrA   FALSE 0.027 224.000 0.000 1.000 N NA
 2003315 2003316 BAD_0620 BAD_0621   pyrP FALSE 0.387 161.000 0.179 1.000 N NA
 2003316 2003317 BAD_0621 BAD_0622 pyrP   FALSE 0.082 158.000 0.000 1.000   NA
 2003317 2003318 BAD_0622 BAD_0623     FALSE 0.474 98.000 0.077 1.000   NA
 2003319 2003320 BAD_0624 BAD_0625     TRUE 0.915 -3.000 0.015 NA   NA
 2003321 2003322 BAD_0626 BAD_0627     TRUE 0.906 51.000 0.615 NA   NA
 2003322 2003323 BAD_0627 BAD_0628   gnt FALSE 0.340 106.000 0.013 NA   NA
 2003324 2003325 BAD_0629 BAD_0630     TRUE 0.966 30.000 0.116 NA Y NA
 2003325 2003326 BAD_0630 BAD_0631   zwf2 TRUE 0.992 -3.000 0.281 NA Y NA
 2003327 2003328 BAD_0632 BAD_0633     FALSE 0.023 231.000 0.000 NA   NA
 2003328 2003329 BAD_0633 BAD_0634     FALSE 0.214 86.000 0.000 NA   NA
 2003330 2003331 BAD_0635 BAD_0636     TRUE 0.929 21.000 0.242 NA   NA
 2003331 2003332 BAD_0636 BAD_0637     FALSE 0.399 123.000 0.091 NA   NA
 2003333 2003334 BAD_0638 BAD_0639   alzD TRUE 0.995 -3.000 0.514 NA Y NA
 2003336 2003337 BAD_0641 BAD_0642     FALSE 0.496 95.000 0.081 1.000   NA
 2003337 2003338 BAD_0642 BAD_0643   pth FALSE 0.511 74.000 0.007 1.000 N NA
 2003338 2003339 BAD_0643 BAD_0644 pth mfd TRUE 0.939 -10.000 0.151 1.000 N NA
 2003339 2003340 BAD_0644 BAD_0645 mfd eno FALSE 0.261 124.000 0.008 1.000 N NA
 2003340 2003341 BAD_0645 BAD_0646 eno   TRUE 0.555 83.000 0.043 1.000   NA
 2003341 2003342 BAD_0646 BAD_0647     TRUE 0.935 2.000 0.033 NA   NA
 2003342 2003343 BAD_0647 BAD_0648     TRUE 0.975 13.000 0.586 NA   NA
 2003343 2003344 BAD_0648 BAD_t0032   leuU FALSE 0.371 48.000 0.000 NA   NA
 2003344 2003345 BAD_t0032 BAD_0649 leuU   FALSE 0.030 213.000 0.000 NA   NA
 2003345 2003346 BAD_0649 BAD_0650   sdaA TRUE 0.943 34.000 0.714 NA   NA
 2003346 2003347 BAD_0650 BAD_0651 sdaA fkbP TRUE 0.895 53.000 0.556 1.000   NA
 2003347 2003348 BAD_0651 BAD_0652 fkbP greA TRUE 0.919 39.000 0.556 1.000   NA
 2003351 2003352 BAD_0655 BAD_0656 wblE   FALSE 0.419 104.000 0.043 1.000   NA
 2003352 2003353 BAD_0656 BAD_0657     FALSE 0.169 94.000 0.000 NA   NA
 2003353 2003354 BAD_0657 BAD_0658     TRUE 0.858 66.000 0.000 NA Y NA
 2003355 2003356 BAD_0659 BAD_0660 whiB2   TRUE 0.877 34.000 0.250 NA   NA
 2003356 2003357 BAD_0660 BAD_0661     TRUE 0.984 -3.000 0.684 NA   NA
 2003359 2003360 BAD_0663 BAD_0664     TRUE 0.753 41.000 0.055 1.000   NA
 2003361 2003362 BAD_0665 BAD_0666     TRUE 0.977 53.000 0.737 1.000 Y NA
 2003362 2003363 BAD_0666 BAD_0667   glgB TRUE 0.914 16.000 0.095 1.000 N NA
 2003364 2003365 BAD_0668 BAD_0669   ispF TRUE 0.930 11.000 0.087 1.000 N NA
 2003366 2003367 BAD_0670 BAD_0671   troB TRUE 0.991 3.000 0.134 1.000 Y NA
 2003367 2003368 BAD_0671 BAD_0672 troB   FALSE 0.478 201.000 0.073 1.000 Y NA
 2003369 2003370 BAD_0673 BAD_0674 folD rpsA FALSE 0.232 154.000 0.012 1.000 N NA
 2003370 2003371 BAD_0674 BAD_0675 rpsA   FALSE 0.476 108.000 0.108 1.000 N NA
 2003371 2003372 BAD_0675 BAD_0676   uvrB TRUE 0.923 5.000 0.025 1.000 N NA
 2003372 2003373 BAD_0676 BAD_0677 uvrB   TRUE 0.706 40.000 0.015 1.000 N NA
 2003373 2003374 BAD_0677 BAD_0678   pyk TRUE 0.611 99.000 0.250 1.000 N NA
 2003374 2003375 BAD_0678 BAD_t0033 pyk leuV FALSE 0.087 155.000 0.000 NA   NA
 2003375 2003376 BAD_t0033 BAD_0679 leuV   FALSE 0.238 81.000 0.000 NA   NA
 2003376 2003377 BAD_0679 BAD_0680   polA TRUE 0.874 -10.000 0.011 1.000 N NA
 2003377 2003378 BAD_0680 BAD_0681 polA   TRUE 0.590 53.000 0.006 NA   NA
 2003378 2003379 BAD_0681 BAD_0682     TRUE 0.962 7.000 0.235 NA   NA
 2003379 2003380 BAD_0682 BAD_0683   treX TRUE 0.765 87.000 0.412 1.000 N NA
 2003382 2003383 BAD_t0034 BAD_0685 proT   FALSE 0.003 838.000 0.000 NA   NA
 2003385 2003386 BAD_0687 BAD_0688   pta FALSE 0.080 203.000 0.007 0.049 N NA
 2003386 2003387 BAD_0688 BAD_0689 pta ackA TRUE 0.860 90.000 0.107 1.000 Y NA
 2003387 2003388 BAD_0689 BAD_0690 ackA   FALSE 0.030 216.000 0.000 1.000 N NA
 2003389 2003390 BAD_0691 BAD_0692 pbuX xpt TRUE 0.930 45.000 0.022 1.000 Y NA
 2003391 2003392 BAD_0693 BAD_0694 uvrD1   FALSE 0.234 137.000 0.006 NA   NA
 2003392 2003393 BAD_0694 BAD_0695     TRUE 0.919 -7.000 0.065 NA   NA
 2003393 2003394 BAD_0695 BAD_0696     TRUE 0.954 0.000 0.103 1.000   NA
 2003394 2003395 BAD_0696 BAD_0697   rpsD FALSE 0.032 270.000 0.003 1.000 N NA
 2003395 2003396 BAD_0697 BAD_0698 rpsD   FALSE 0.222 135.000 0.003 1.000 N NA
 2003396 2003397 BAD_0698 BAD_0699     TRUE 0.678 87.000 0.227 NA   NA
 2003397 2003398 BAD_0699 BAD_0700   alaS FALSE 0.008 325.000 0.000 NA   NA
 2003398 2003399 BAD_0700 BAD_0701 alaS   TRUE 0.926 11.000 0.070 1.000 N NA
 2003399 2003400 BAD_0701 BAD_0702     TRUE 0.954 15.000 0.295 NA   NA
 2003400 2003401 BAD_0702 BAD_0703   rne FALSE 0.448 35.000 0.000 NA   NA
 2003401 2003402 BAD_0703 BAD_0704 rne aroC FALSE 0.432 37.000 0.000 NA   NA
 2003402 2003403 BAD_0704 BAD_0705 aroC aroB TRUE 0.986 9.000 0.109 0.004 Y NA
 2003403 2003404 BAD_0705 BAD_0706 aroB aroQ TRUE 0.938 37.000 0.037 0.004 Y NA
 2003404 2003405 BAD_0706 BAD_0707 aroQ amyA4 FALSE 0.080 162.000 0.000 1.000 N NA
 2003405 2003406 BAD_0707 BAD_0708 amyA4 pulA FALSE 0.038 551.000 0.000 0.022 Y NA
 2003406 2003407 BAD_0708 BAD_0709 pulA pyrG FALSE 0.233 124.000 0.003 1.000 N NA
 2003407 2003408 BAD_0709 BAD_0710 pyrG   FALSE 0.174 159.000 0.003 1.000 N NA
 2003408 2003409 BAD_0710 BAD_0711     TRUE 0.991 -3.000 0.226 0.002 Y NA
 2003409 2003410 BAD_0711 BAD_0712     TRUE 0.993 16.000 0.705 1.000 Y NA
 2003410 2003411 BAD_0712 BAD_0713     TRUE 0.942 -3.000 0.072 1.000 N NA
 2003411 2003412 BAD_0713 BAD_0714     TRUE 0.959 7.000 0.203 1.000 N NA
 2003412 2003413 BAD_0714 BAD_0715     FALSE 0.507 105.000 0.121 NA   NA
 2003414 2003415 BAD_0716 BAD_0717 glgC tnsR FALSE 0.191 180.000 0.034 1.000 N NA
 2003415 2003416 BAD_0717 BAD_t0035 tnsR leuW FALSE 0.329 65.000 0.000 NA   NA
 2003417 2003418 BAD_0718 BAD_0719     FALSE 0.418 95.000 0.026 NA   NA
 2003418 2003419 BAD_0719 BAD_0720     TRUE 0.702 45.000 0.028 1.000 N NA
 2003419 2003420 BAD_0720 BAD_0721     TRUE 0.976 1.000 0.361 NA   NA
 2003420 2003421 BAD_0721 BAD_0722     TRUE 0.824 49.000 0.233 NA   NA
 2003421 2003422 BAD_0722 BAD_0723   era TRUE 0.936 -7.000 0.123 NA   NA
 2003424 2003425 BAD_0725 BAD_0726 pntA pntB FALSE 0.090 311.000 0.000 0.001 Y NA
 2003425 2003426 BAD_0726 BAD_0727 pntB   FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2003426 2003427 BAD_0727 BAD_0728     FALSE 0.117 119.000 0.000 NA   NA
 2003427 2003428 BAD_0728 BAD_0729   ydfL TRUE 0.946 -3.000 0.095 1.000 N NA
 2003430 2003431 BAD_0731 BAD_0732     FALSE 0.152 101.000 0.000 NA   NA
 2003431 2003432 BAD_0732 BAD_0733     TRUE 0.768 -3.000 0.000 NA   NA
 2003432 2003433 BAD_0733 BAD_0734   crcB2 FALSE 0.097 142.000 0.000 NA   NA
 2003433 2003434 BAD_0734 BAD_0735 crcB2 crcB3 TRUE 0.997 0.000 1.000 0.085 Y NA
 2003434 2003435 BAD_0735 BAD_0736 crcB3   FALSE 0.062 175.000 0.000 NA   NA
 2003435 2003436 BAD_0736 BAD_0737     TRUE 0.979 0.000 0.412 NA   NA
 2003436 2003437 BAD_0737 BAD_0738     TRUE 0.961 -6.000 0.300 1.000   NA
 2003437 2003438 BAD_0738 BAD_0739     TRUE 0.968 -15.000 0.500 NA   NA
 2003439 2003440 BAD_0740 BAD_0741     FALSE 0.004 541.000 0.000 NA   NA
 2003441 2003442 BAD_0742 BAD_0743 rplY ilvE FALSE 0.019 248.000 0.000 1.000 N NA
 2003442 2003443 BAD_0743 BAD_0744 ilvE   FALSE 0.291 156.000 0.055 NA   NA
 2003445 2003446 BAD_0746 BAD_0747 lepA hemN TRUE 0.947 8.000 0.125 1.000 N NA
 2003446 2003447 BAD_0747 BAD_0748 hemN gltB FALSE 0.110 137.000 0.000 1.000 N NA
 2003447 2003448 BAD_0748 BAD_0749 gltB gltD TRUE 0.990 2.000 0.123 0.001 Y NA
 2003448 2003449 BAD_0749 BAD_0750 gltD   FALSE 0.384 122.000 0.070 NA   NA
 2003449 2003450 BAD_0750 BAD_0751   glgA TRUE 0.762 41.000 0.061 NA   NA
 2003450 2003451 BAD_0751 BAD_0752 glgA   TRUE 0.682 83.000 0.163 1.000 N NA
 2003451 2003452 BAD_0752 BAD_0753     FALSE 0.235 161.000 0.025 1.000 N NA
 2003452 2003453 BAD_0753 BAD_0754     TRUE 0.899 15.000 0.038 NA N NA
 2003453 2003454 BAD_0754 BAD_0755     FALSE 0.234 83.000 0.000 NA   NA
 2003454 2003455 BAD_0755 BAD_0756   metE FALSE 0.054 182.000 0.000 NA   NA
 2003455 2003456 BAD_0756 BAD_0757 metE metF TRUE 0.942 43.000 0.100 0.003 Y NA
 2003456 2003457 BAD_0757 BAD_0758 metF glnE FALSE 0.403 92.000 0.013 1.000 N NA
 2003457 2003458 BAD_0758 BAD_0759 glnE pyrB FALSE 0.346 109.000 0.017 1.000 N NA
 2003458 2003459 BAD_0759 BAD_0760 pyrB pyrI TRUE 0.995 -3.000 0.561 0.004 Y NA
 2003459 2003460 BAD_0760 BAD_0761 pyrI pyrC TRUE 0.986 5.000 0.032 1.000 Y NA
 2003460 2003461 BAD_0761 BAD_0762 pyrC pyrF TRUE 0.990 0.000 0.070 1.000 Y NA
 2003461 2003462 BAD_0762 BAD_0763 pyrF pyrK TRUE 0.816 40.000 0.170 0.004 N NA
 2003462 2003463 BAD_0763 BAD_0764 pyrK pyrD TRUE 0.983 3.000 0.597 1.000 N NA
 2003463 2003464 BAD_0764 BAD_0765 pyrD pyrE TRUE 0.947 37.000 0.050 1.000 Y NA
 2003465 2003466 BAD_0766 BAD_0767 cpsY cpsY TRUE 0.661 -51.000 0.000 NA   NA
 2003466 2003467 BAD_0767 BAD_0768 cpsY   TRUE 0.571 162.000 0.571 1.000   NA
 2003467 2003468 BAD_0768 BAD_0769     FALSE 0.018 251.000 0.000 NA   NA
 2003471 2003472 BAD_0772 BAD_t0036   asnT FALSE 0.154 99.000 0.000 NA   NA
 2003472 2003473 BAD_t0036 BAD_t0037 asnT asnU FALSE 0.510 28.000 0.000 NA   NA
 2003473 2003474 BAD_t0037 BAD_0773 asnU   FALSE 0.003 608.000 0.000 NA   NA
 2003474 2003475 BAD_0773 BAD_0774   fadD4 FALSE 0.330 114.000 0.020 NA   NA
 2003476 2003477 BAD_0775 BAD_0776   icd1 FALSE 0.121 122.000 0.000 NA N NA
 2003478 2003479 BAD_0777 BAD_0778     FALSE 0.284 148.000 0.035 NA   NA
 2003479 2003480 BAD_0778 BAD_0779   fadD3 TRUE 0.725 118.000 0.714 NA   NA
 2003480 2003481 BAD_0779 BAD_0780 fadD3 def2 FALSE 0.512 168.000 0.467 1.000   NA
 2003481 2003482 BAD_0780 BAD_0781 def2 rpsB FALSE 0.041 187.000 0.000 0.046   NA
 2003482 2003483 BAD_0781 BAD_0782 rpsB tsf TRUE 0.967 76.000 0.815 1.000 Y NA
 2003483 2003484 BAD_0782 BAD_0783 tsf pyrH FALSE 0.407 180.000 0.379 1.000 N NA
 2003484 2003485 BAD_0783 BAD_0784 pyrH frr TRUE 0.918 53.000 0.736 1.000 N NA
 2003485 2003486 BAD_0784 BAD_0785 frr cdsA FALSE 0.029 387.000 0.096 1.000 N NA
 2003486 2003487 BAD_0785 BAD_0786 cdsA   TRUE 0.850 26.000 0.084 1.000   NA
 2003487 2003488 BAD_0786 BAD_0787   hisF FALSE 0.248 115.000 0.004 1.000   NA
 2003488 2003489 BAD_0787 BAD_0788 hisF hisI TRUE 0.959 64.000 0.430 0.007 Y NA
 2003489 2003490 BAD_0788 BAD_0789 hisI trpE TRUE 0.987 -3.000 0.050 1.000 Y NA
 2003490 2003491 BAD_0789 BAD_0790 trpE trpBC TRUE 0.933 44.000 0.025 1.000 Y NA
 2003491 2003492 BAD_0790 BAD_0791 trpBC trpA TRUE 0.991 18.000 0.578 0.001 Y NA
 2003492 2003493 BAD_0791 BAD_0792 trpA lgt TRUE 0.648 70.000 0.050 1.000 N NA
 2003493 2003494 BAD_0792 BAD_0793 lgt rpe TRUE 0.814 26.000 0.031 1.000 N NA
 2003494 2003495 BAD_0793 BAD_0794 rpe hisE TRUE 0.925 -3.000 0.027 1.000 N NA
 2003495 2003496 BAD_0794 BAD_0795 hisE hisG TRUE 0.928 52.000 0.084 0.007 Y NA
 2003496 2003497 BAD_0795 BAD_0796 hisG pgsA TRUE 0.878 14.000 0.012 1.000 N NA
 2003497 2003498 BAD_0796 BAD_0797 pgsA   TRUE 0.962 8.000 0.259 NA   NA
 2003498 2003499 BAD_0797 BAD_0798     TRUE 0.977 0.000 0.375 NA   NA
 2003499 2003500 BAD_0798 BAD_0799     TRUE 0.974 7.000 0.417 NA   NA
 2003500 2003501 BAD_0799 BAD_0800   thrS TRUE 0.634 60.000 0.015 NA   NA
 2003501 2003502 BAD_0800 BAD_0801 thrS   FALSE 0.351 114.000 0.029 1.000 N NA
 2003502 2003503 BAD_0801 BAD_0802     FALSE 0.320 116.000 0.019 NA   NA
 2003503 2003504 BAD_0802 BAD_0803   ruvC TRUE 0.934 7.000 0.062 NA   NA
 2003504 2003505 BAD_0803 BAD_0804 ruvC ruvA TRUE 0.966 48.000 0.443 0.009 Y NA
 2003505 2003506 BAD_0804 BAD_0805 ruvA ruvB TRUE 0.987 -3.000 0.069 0.001 Y NA
 2003506 2003507 BAD_0805 BAD_0806 ruvB   TRUE 0.715 57.000 0.059 1.000 N NA
 2003507 2003508 BAD_0806 BAD_0807   apt FALSE 0.309 116.000 0.014 1.000 N NA
 2003508 2003509 BAD_0807 BAD_0808 apt sucC TRUE 0.633 52.000 0.011 1.000 N NA
 2003509 2003510 BAD_0808 BAD_0809 sucC sucD TRUE 0.991 2.000 0.159 0.001 Y NA
 2003510 2003511 BAD_0809 BAD_0810 sucD   TRUE 0.948 0.000 0.068 NA   NA
 2003511 2003512 BAD_0810 BAD_0811   purH TRUE 0.572 50.000 0.003 NA   NA
 2003513 2003514 BAD_0812 BAD_0813     TRUE 0.662 89.000 0.250 NA   NA
 2003514 2003515 BAD_0813 BAD_0814     FALSE 0.097 142.000 0.000 NA   NA
 2003518 2003519 BAD_0816 BAD_0817 ugpA   FALSE 0.404 143.000 0.132 NA N NA
 2003519 2003520 BAD_0817 BAD_0818     FALSE 0.010 301.000 0.000 NA   NA
 2003520 2003521 BAD_0818 BAD_0819     FALSE 0.418 109.000 0.061 NA   NA
 2003521 2003522 BAD_0819 BAD_0820     FALSE 0.530 106.000 0.152 NA   NA
 2003523 2003524 BAD_0821 BAD_0822     FALSE 0.369 139.000 0.095 NA   NA
 2003524 2003525 BAD_0822 BAD_0823   garA FALSE 0.419 134.000 0.111 NA N NA
 2003525 2003526 BAD_0823 BAD_t0039 garA valX FALSE 0.003 783.000 0.000 NA   NA
 2003526 2003527 BAD_t0039 BAD_t0040 valX valU FALSE 0.478 31.000 0.000 NA   NA
 2003527 2003528 BAD_t0040 BAD_t0041 valU cysT FALSE 0.411 41.000 0.000 NA   NA
 2003528 2003529 BAD_t0041 BAD_t0042 cysT glyW FALSE 0.510 28.000 0.000 NA   NA
 2003533 2003534 BAD_0827 BAD_0828 dnaJ hrcA TRUE 0.699 53.000 0.043 1.000 N NA
 2003535 2003536 BAD_0829 BAD_0830 tkt tal TRUE 0.850 90.000 0.075 1.000 Y NA
 2003537 2003538 BAD_0831 BAD_0832     FALSE 0.243 155.000 0.018 NA   NA
 2003538 2003539 BAD_0832 BAD_0833   secG FALSE 0.387 88.000 0.006 NA   NA
 2003539 2003540 BAD_0833 BAD_0834 secG tpi TRUE 0.737 45.000 0.054 1.000 N NA
 2003540 2003541 BAD_0834 BAD_0835 tpi pgk TRUE 0.765 126.000 0.073 1.000 Y NA
 2003541 2003542 BAD_0835 BAD_0836 pgk   FALSE 0.258 132.000 0.008 NA   NA
 2003542 2003543 BAD_0836 BAD_0837     FALSE 0.327 155.000 0.089 NA   NA
 2003543 2003544 BAD_0837 BAD_0838   aroE TRUE 0.927 0.000 0.017 NA   NA
 2003544 2003545 BAD_0838 BAD_0839 aroE uvrC TRUE 0.552 66.000 0.010 0.043   NA
 2003545 2003546 BAD_0839 BAD_0840 uvrC uvrA FALSE 0.345 102.000 0.030 0.002   NA
 2003546 2003547 BAD_0840 BAD_0841 uvrA   FALSE 0.456 76.000 0.003 NA   NA
 2003547 2003548 BAD_0841 BAD_0842     FALSE 0.027 370.000 0.060 NA   NA
 2003548 2003549 BAD_0842 BAD_0843     TRUE 0.972 12.000 0.500 NA   NA
 2003549 2003550 BAD_0843 BAD_0844     TRUE 0.983 3.000 0.583 NA   NA
 2003551 2003552 BAD_0845 BAD_0846 recJ   TRUE 0.670 -27.000 0.000 NA   NA
 2003552 2003553 BAD_0846 BAD_0847     FALSE 0.177 91.000 0.000 NA   NA
 2003554 2003555 BAD_t0043 BAD_0848 glyV   FALSE 0.121 116.000 0.000 NA   NA
 2003561 2003562 BAD_0854 BAD_0855   merR FALSE 0.358 52.000 0.000 NA   NA
 2003562 2003563 BAD_0855 BAD_0856 merR   FALSE 0.017 257.000 0.000 1.000 N NA
 2003563 2003564 BAD_0856 BAD_t0044   asnV FALSE 0.074 166.000 0.000 NA   NA
 2003564 2003565 BAD_t0044 BAD_0857 asnV gcp FALSE 0.187 89.000 0.000 NA   NA
 2003565 2003566 BAD_0857 BAD_0858 gcp rimI TRUE 0.959 -3.000 0.170 1.000   NA
 2003566 2003567 BAD_0858 BAD_0859 rimI   TRUE 0.970 11.000 0.415 1.000   NA
 2003567 2003568 BAD_0859 BAD_0860     FALSE 0.320 105.000 0.008 NA   NA
 2003568 2003569 BAD_0860 BAD_0861     TRUE 0.900 -3.000 0.008 NA   NA
 2003569 2003570 BAD_0861 BAD_0862     TRUE 0.960 4.000 0.165 NA   NA
 2003570 2003571 BAD_0862 BAD_0863     TRUE 0.901 -3.000 0.008 NA   NA
 2003571 2003572 BAD_0863 BAD_0864   leuS FALSE 0.206 146.000 0.006 1.000   NA
 2003572 2003573 BAD_0864 BAD_0865 leuS   FALSE 0.530 73.000 0.009 1.000 N NA
 2003573 2003574 BAD_0865 BAD_0866   corA TRUE 0.940 6.000 0.073 1.000 N NA
 2003574 2003575 BAD_0866 BAD_0867 corA   FALSE 0.106 214.000 0.031 NA N NA
 2003575 2003576 BAD_0867 BAD_t0045   alaU FALSE 0.074 167.000 0.000 NA   NA
 2003576 2003577 BAD_t0045 BAD_0868 alaU   FALSE 0.133 110.000 0.000 NA   NA
 2003577 2003578 BAD_0868 BAD_0869     TRUE 0.608 108.000 0.300 NA   NA
 2003578 2003579 BAD_0869 BAD_0870     FALSE 0.162 174.000 0.008 NA   NA
 2003579 2003580 BAD_0870 BAD_0871     TRUE 0.914 3.000 0.011 NA   NA
 2003580 2003581 BAD_0871 BAD_0872     FALSE 0.230 135.000 0.004 NA N NA
 2003584 2003585 BAD_0875 BAD_0876     FALSE 0.169 94.000 0.000 NA   NA
 2003587 2003588 BAD_0878 BAD_0879     TRUE 0.968 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 2003589 2003590 BAD_0880 BAD_0881     FALSE 0.008 327.000 0.000 NA   NA
 2003590 2003591 BAD_0881 BAD_0882     FALSE 0.018 250.000 0.000 NA   NA
 2003591 2003592 BAD_0882 BAD_0883     FALSE 0.093 147.000 0.000 NA   NA
 2003592 2003593 BAD_0883 BAD_0884     FALSE 0.008 330.000 0.000 NA   NA
 2003594 2003595 BAD_0885 BAD_t0046   glnU FALSE 0.131 111.000 0.000 NA   NA
 2003595 2003596 BAD_t0046 BAD_0886 glnU   FALSE 0.008 330.000 0.000 NA   NA
 2003597 2003598 BAD_0887 BAD_0888     FALSE 0.442 36.000 0.000 NA   NA
 2003599 2003600 BAD_0889 BAD_0890     TRUE 0.793 0.000 0.000 NA   NA
 2003600 2003601 BAD_0890 BAD_0891     TRUE 0.948 6.000 0.111 0.081   NA
 2003601 2003602 BAD_0891 BAD_0892     TRUE 0.992 13.000 0.400 1.000 Y NA
 2003602 2003603 BAD_0892 BAD_0893     FALSE 0.264 76.000 0.000 NA   NA
 2003604 2003605 BAD_0894 BAD_0895     TRUE 0.958 12.000 0.286 NA   NA
 2003606 2003607 BAD_0896 BAD_0897 yoaP yoaP TRUE 0.653 -220.000 0.000 NA   NA
 2003608 2003609 BAD_0898 BAD_0899 prsA2 nadD FALSE 0.272 115.000 0.006 1.000 N NA
 2003609 2003610 BAD_0899 BAD_0900 nadD   TRUE 0.867 15.000 0.011 NA   NA
 2003610 2003611 BAD_0900 BAD_0901   proA TRUE 0.802 24.000 0.013 NA   NA
 2003611 2003612 BAD_0901 BAD_0902 proA glyA TRUE 0.683 135.000 0.005 1.000 Y NA
 2003613 2003614 BAD_0903 BAD_0904 thrC   FALSE 0.281 114.000 0.007 1.000 N NA
 2003614 2003615 BAD_0904 BAD_0905     FALSE 0.487 31.000 0.000 1.000 N NA
 2003616 2003617 BAD_0906 BAD_0907   recN TRUE 0.645 48.000 0.013 1.000   NA
 2003617 2003618 BAD_0907 BAD_0908 recN ppnK TRUE 0.934 7.000 0.062 1.000 N NA
 2003619 2003620 BAD_0909 BAD_0910     TRUE 0.942 84.000 0.565 0.004 Y NA
 2003621 2003622 BAD_0911 BAD_0912     TRUE 0.812 25.000 0.025 1.000 N NA
 2003622 2003623 BAD_0912 BAD_0913     TRUE 0.911 15.000 0.067 NA   NA
 2003623 2003624 BAD_0913 BAD_0914   tyrS TRUE 0.625 60.000 0.013 NA   NA
 2003624 2003625 BAD_0914 BAD_0915 tyrS   FALSE 0.004 511.000 0.000 NA   NA
 2003625 2003626 BAD_0915 BAD_0916     FALSE 0.062 175.000 0.000 NA   NA
 2003626 2003627 BAD_0916 BAD_0917     TRUE 0.949 0.000 0.077 NA   NA
 2003627 2003628 BAD_0917 BAD_0918   argH TRUE 0.732 28.000 0.007 1.000   NA
 2003628 2003629 BAD_0918 BAD_0919 argH argG TRUE 0.946 70.000 0.300 1.000 Y NA
 2003629 2003630 BAD_0919 BAD_0920 argG argR FALSE 0.469 78.000 0.006 1.000 N NA
 2003630 2003631 BAD_0920 BAD_0921 argR argF TRUE 0.920 0.000 0.011 1.000 N NA
 2003631 2003632 BAD_0921 BAD_0922 argF argD TRUE 0.946 43.000 0.084 1.000 Y NA
 2003632 2003633 BAD_0922 BAD_0923 argD argB TRUE 0.931 62.000 0.086 1.000 Y NA
 2003633 2003634 BAD_0923 BAD_0924 argB argJ TRUE 0.989 11.000 0.278 0.004 Y NA
 2003634 2003635 BAD_0924 BAD_0925 argJ argC TRUE 0.992 -3.000 0.282 0.004 Y NA
 2003635 2003636 BAD_0925 BAD_0926 argC   FALSE 0.342 102.000 0.010 NA   NA
 2003636 2003637 BAD_0926 BAD_0927   pheT TRUE 0.905 -3.000 0.010 NA   NA
 2003637 2003638 BAD_0927 BAD_0928 pheT pheS TRUE 0.993 14.000 0.661 0.001 Y NA
 2003638 2003639 BAD_0928 BAD_0929 pheS   TRUE 0.908 67.000 0.025 1.000 Y NA
 2003640 2003641 BAD_0930 BAD_0931     TRUE 0.664 -43.000 0.000 NA   NA
 2003641 2003642 BAD_0931 BAD_0932     FALSE 0.012 284.000 0.000 1.000 N NA
 2003642 2003643 BAD_0932 BAD_0933     TRUE 0.717 50.000 0.057 NA   NA
 2003643 2003644 BAD_0933 BAD_0934     TRUE 0.960 -3.000 0.171 NA   NA
 2003644 2003645 BAD_0934 BAD_0935     TRUE 0.750 55.000 0.106 1.000   NA
 2003645 2003646 BAD_0935 BAD_0936     TRUE 0.867 21.000 0.043 NA   NA
 2003648 2003649 BAD_0938 BAD_0939     FALSE 0.161 96.000 0.000 NA   NA
 2003652 2003653 BAD_0942 BAD_0943   glnA1 FALSE 0.005 397.000 0.000 1.000   NA
 2003653 2003654 BAD_0943 BAD_0944 glnA1   FALSE 0.016 263.000 0.000 NA   NA
 2003654 2003655 BAD_0944 BAD_0945   pdhD FALSE 0.404 96.000 0.023 NA   NA
 2003655 2003656 BAD_0945 BAD_0946 pdhD   FALSE 0.344 108.000 0.015 NA   NA
 2003658 2003659 BAD_0948 BAD_0949     TRUE 0.981 2.000 0.500 1.000   NA
 2003659 2003660 BAD_0949 BAD_0950     FALSE 0.386 121.000 0.071 NA   NA
 2003660 2003661 BAD_0950 BAD_0951   mrp FALSE 0.017 253.000 0.000 NA   NA
 2003661 2003662 BAD_0951 BAD_0952 mrp ligA TRUE 0.558 66.000 0.006 NA N NA
 2003662 2003663 BAD_0952 BAD_0953 ligA   FALSE 0.475 79.000 0.009 1.000   NA
 2003664 2003665 BAD_0954 BAD_0955     FALSE 0.023 398.000 0.054 NA   NA
 2003666 2003667 BAD_0956 BAD_0957   ppgK TRUE 0.622 76.000 0.059 NA N NA
 2003667 2003668 BAD_0957 BAD_0958 ppgK   FALSE 0.017 255.000 0.000 NA   NA
 2003668 2003669 BAD_0958 BAD_0959     TRUE 0.566 24.000 0.000 NA   NA
 2003669 2003670 BAD_0959 BAD_0960     FALSE 0.018 251.000 0.000 NA   NA
 2003670 2003671 BAD_0960 BAD_0961   cbiO TRUE 0.831 19.000 0.009 NA   NA
 2003671 2003672 BAD_0961 BAD_0962 cbiO   TRUE 0.611 113.000 0.357 NA   NA
 2003672 2003673 BAD_0962 BAD_0963     FALSE 0.008 321.000 0.000 NA   NA
 2003673 2003674 BAD_0963 BAD_0964   pepC1 FALSE 0.263 77.000 0.000 1.000 N NA
 2003676 2003677 BAD_0966 BAD_0967     FALSE 0.078 235.000 0.032 1.000   NA
 2003677 2003678 BAD_0967 BAD_0968     TRUE 0.635 41.000 0.004 1.000 N NA
 2003678 2003679 BAD_0968 BAD_0969     TRUE 0.818 18.000 0.004 NA   NA
 2003679 2003680 BAD_0969 BAD_0970     FALSE 0.084 158.000 0.000 NA   NA
 2003681 2003682 BAD_0971 BAD_0972 aglA   TRUE 0.873 54.000 0.000 1.000 Y NA
 2003682 2003683 BAD_0972 BAD_0973     FALSE 0.137 110.000 0.000 1.000 N NA
 2003685 2003686 BAD_0975 BAD_0976     FALSE 0.468 32.000 0.000 NA   NA
 2003687 2003688 BAD_0977 BAD_0978     TRUE 0.765 -3.000 0.000 1.000   NA
 2003689 2003690 BAD_0979 BAD_0980     FALSE 0.009 308.000 0.000 NA   NA
 2003691 2003692 BAD_0981 BAD_0982   murG TRUE 0.911 29.000 0.333 NA   NA
 2003692 2003693 BAD_0982 BAD_0983 murG   FALSE 0.351 59.000 0.000 NA   NA
 2003695 2003696 BAD_0985 BAD_0986 dnaQ1 mmuM FALSE 0.349 57.000 0.000 1.000   NA
 2003696 2003697 BAD_0986 BAD_0987 mmuM hutM FALSE 0.119 116.000 0.000 1.000   NA
 2003697 2003698 BAD_0987 BAD_0988 hutM tig FALSE 0.004 512.000 0.000 1.000   NA
 2003698 2003699 BAD_0988 BAD_0989 tig   TRUE 0.625 53.000 0.011 1.000 N NA
 2003699 2003700 BAD_0989 BAD_0990     TRUE 0.941 -7.000 0.145 NA   NA
 2003700 2003701 BAD_0990 BAD_0991   pflA FALSE 0.141 188.000 0.017 NA   NA
 2003701 2003702 BAD_0991 BAD_0992 pflA pfl FALSE 0.320 138.000 0.039 1.000 N NA
 2003702 2003703 BAD_0992 BAD_0993 pfl   FALSE 0.492 149.000 0.300 NA   NA
 2003703 2003704 BAD_0993 BAD_0994   nadE TRUE 0.874 -40.000 0.021 NA   NA
 2003704 2003705 BAD_0994 BAD_0995 nadE   FALSE 0.010 800.000 0.018 1.000   NA
 2003706 2003707 BAD_0996 BAD_0997     FALSE 0.370 136.000 0.077 NA   NA
 2003707 2003708 BAD_0997 BAD_0998     TRUE 0.881 88.000 0.128 NA Y NA
 2003708 2003709 BAD_0998 BAD_0999     TRUE 0.994 2.000 0.327 1.000 Y NA
 2003712 2003713 BAD_1002 BAD_1003 relA dut FALSE 0.305 129.000 0.019 1.000 N NA
 2003713 2003714 BAD_1003 BAD_1004 dut   TRUE 0.871 -81.000 0.022 NA   NA
 2003718 2003719 BAD_1008 BAD_1009 lhr   FALSE 0.467 94.000 0.052 NA   NA
 2003719 2003720 BAD_1009 BAD_1010   gyrB2 FALSE 0.152 194.000<