MicrobesOnline Operon Predictions for Aeromonas hydrophila hydro. ATCC 7966

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2031812 2031813 AHA_0001 AHA_0002 dnaA-1 dnaN TRUE 0.939 84.000 0.273 1.000 Y NA
 2031813 2031814 AHA_0002 AHA_0003 dnaN recF TRUE 0.997 3.000 0.344 1.000 Y NA
 2031814 2031815 AHA_0003 AHA_0004 recF gyrB TRUE 0.998 -3.000 0.257 0.006 Y NA
 2031816 2031817 AHA_0005 AHA_0006     FALSE 0.233 67.000 0.000 NA   NA
 2031818 2031819 AHA_0007 AHA_0008     TRUE 0.683 93.000 0.000 NA Y NA
 2031824 2031825 AHA_0013 AHA_0014     TRUE 0.977 31.000 0.391 1.000 Y NA
 2031825 2031826 AHA_0014 AHA_0015   kdpC TRUE 0.534 104.000 0.090 1.000 N NA
 2031826 2031827 AHA_0015 AHA_0016 kdpC kdpB TRUE 0.994 61.000 0.489 0.001 Y NA
 2031827 2031828 AHA_0016 AHA_0017 kdpB kdpA TRUE 0.995 56.000 0.531 0.001 Y NA
 2031828 2031829 AHA_0017 AHA_0018 kdpA   TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 2031829 2031830 AHA_0018 AHA_0019   gor FALSE 0.020 239.000 0.000 NA   NA
 2031830 2031831 AHA_0019 AHA_0020 gor   FALSE 0.257 77.000 0.000 1.000   NA
 2031831 2031832 AHA_0020 AHA_0021     FALSE 0.226 93.000 0.000 NA   NA
 2031832 2031833 AHA_0021 AHA_0022     FALSE 0.416 16.000 0.000 NA N NA
 2031833 2031834 AHA_0022 AHA_0023     TRUE 0.899 33.000 0.308 1.000 N NA
 1379772 1379773 AHA_0024 AHA_0025     FALSE 0.247 51.000 0.000 NA   NA
 1379773 1379774 AHA_0025 AHA_0026     TRUE 0.533 21.000 0.000 NA   NA
 1379774 1379775 AHA_0026 AHA_0027     FALSE 0.246 74.000 0.000 NA   NA
 1379775 2031835 AHA_0027 AHA_0028     FALSE 0.015 294.000 0.000 NA   NA
 2031836 2031837 AHA_0029 AHA_0030 pyk-1   TRUE 0.949 68.000 0.333 NA Y NA
 2031838 2031839 AHA_0031 AHA_0032     TRUE 0.965 -3.000 0.167 1.000 N NA
 2031839 2031840 AHA_0032 AHA_0033     TRUE 0.989 -16.000 0.417 1.000 Y NA
 2031840 2031841 AHA_0033 AHA_0034     FALSE 0.246 52.000 0.000 NA   NA
 2031842 2031843 AHA_0035 AHA_0036     TRUE 0.777 94.000 0.188 1.000   NA
 2031843 2031844 AHA_0036 AHA_0037     TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000   NA
 2031844 2031845 AHA_0037 AHA_0038     TRUE 0.832 0.000 0.000 1.000   NA
 2031845 2031846 AHA_0038 AHA_0039     FALSE 0.085 195.000 0.042 1.000 N NA
 2031846 2031847 AHA_0039 AHA_0040   rpoZ TRUE 0.868 138.000 0.383 1.000 Y NA
 2031847 2031848 AHA_0040 AHA_0041 rpoZ   TRUE 0.885 80.000 0.410 1.000 N NA
 2031848 2031849 AHA_0041 AHA_0042     FALSE 0.134 44.000 0.000 1.000 N NA
 2031850 2031851 AHA_0043 AHA_0044 kdkA   FALSE 0.104 128.000 0.000 NA   NA
 2031854 2031855 AHA_0047 AHA_0048     TRUE 0.536 -15.000 0.000 NA   NA
 2031857 2031858 AHA_0049 AHA_0051 trpS-1   FALSE 0.015 192.000 0.000 1.000 N NA
 2031861 2031862 AHA_0054 AHA_0055     FALSE 0.056 158.000 0.000 NA   NA
 2031865 2031866 AHA_0058 AHA_0059     FALSE 0.437 -57.000 0.000 NA   NA
 2031866 2031867 AHA_0059 AHA_0060     TRUE 0.829 3.000 0.000 NA   NA
 2031867 2031868 AHA_0060 AHA_0061     FALSE 0.246 52.000 0.000 NA   NA
 2031868 2031869 AHA_0061 AHA_0062   matB TRUE 0.956 60.000 0.875 NA   NA
 2031870 2031871 AHA_0063 AHA_0064 evgA   TRUE 0.998 3.000 0.286 0.027 Y NA
 2031873 2031874 AHA_0066 AHA_0067     TRUE 0.980 130.000 0.852 0.029 Y NA
 2031874 2031875 AHA_0067 AHA_0068     TRUE 0.616 122.000 0.222 NA N NA
 2031876 2031877 AHA_0069 AHA_0070 purK purE-1 TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.001 Y NA
 2031877 2031878 AHA_0070 AHA_0071 purE-1   FALSE 0.425 63.000 0.003 NA   NA
 2031878 2031879 AHA_0071 AHA_0072     TRUE 0.968 5.000 0.093 NA   NA
 2031880 2031881 AHA_0073 AHA_0074     FALSE 0.008 265.000 0.000 1.000 N NA
 2031881 2031882 AHA_0074 AHA_0075   murI FALSE 0.064 118.000 0.000 1.000 N NA
 1379825 1379826 AHA_0077 AHA_0078 rrsA   FALSE 0.024 221.000 0.000 NA   NA
 1379826 1379827 AHA_0078 AHA_0079   rrlA FALSE 0.020 240.000 0.000 NA   NA
 1379827 1379828 AHA_0079 AHA_0080 rrlA rrfA FALSE 0.152 112.000 0.000 NA   NA
 1379828 1379829 AHA_0080 AHA_0081 rrfA   FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 1379829 2031884 AHA_0081 AHA_0082   codA FALSE 0.012 398.000 0.000 NA   NA
 2031884 2031885 AHA_0082 AHA_0083 codA crcB FALSE 0.114 49.000 0.000 NA N NA
 2031885 2031886 AHA_0083 AHA_0084 crcB   FALSE 0.105 66.000 0.000 NA N NA
 2031886 2031887 AHA_0084 AHA_0085     TRUE 0.977 9.000 0.160 1.000   NA
 2031887 2031888 AHA_0085 AHA_0086   ubiB TRUE 0.994 0.000 0.494 1.000   NA
 2031888 2031889 AHA_0086 AHA_0087 ubiB tatA TRUE 0.668 41.000 0.067 1.000   NA
 2031889 2031890 AHA_0087 AHA_0088 tatA tatB TRUE 0.999 4.000 0.367 0.008 Y NA
 2031890 2031891 AHA_0088 AHA_0089 tatB tatC TRUE 0.987 -3.000 0.103 NA Y NA
 2031891 2031892 AHA_0089 AHA_0090 tatC   FALSE 0.320 112.000 0.036 NA N NA
 2031892 2031893 AHA_0090 AHA_0091   hemB TRUE 0.908 4.000 0.018 NA N NA
 2031893 2031894 AHA_0091 AHA_0092 hemB prlC FALSE 0.010 223.000 0.000 1.000 N NA
 2031894 2031895 AHA_0092 AHA_0093 prlC   FALSE 0.012 205.000 0.000 1.000 N NA
 2031895 2031896 AHA_0093 AHA_0094     FALSE 0.220 95.000 0.000 NA   NA
 2031897 2031898 AHA_0095 AHA_0096     FALSE 0.031 197.000 0.000 NA   NA
 2031898 2031899 AHA_0096 AHA_0097     TRUE 0.978 15.000 0.389 NA N NA
 2031900 2031901 AHA_0098 AHA_0099 trx rho FALSE 0.160 208.000 0.093 1.000   NA
 2031901 2031902 AHA_0099 AHA_0100 rho   FALSE 0.039 314.000 0.016 NA   NA
 2031902 2031903 AHA_0100 AHA_0101     TRUE 0.754 31.000 0.073 NA   NA
 2031903 2031904 AHA_0101 AHA_0102     TRUE 0.792 169.000 0.418 NA Y NA
 2031907 2031908 AHA_0105 AHA_0106     TRUE 0.989 -3.000 0.416 1.000   NA
 2031910 2031911 AHA_0107 AHA_0109     TRUE 0.675 4.000 0.000 1.000 N NA
 2031911 2031912 AHA_0109 AHA_0110     TRUE 0.999 11.000 0.881 0.020 Y NA
 2031912 2031913 AHA_0110 AHA_0111     TRUE 0.980 -3.000 0.048 1.000 Y NA
 2031913 2031914 AHA_0111 AHA_0112     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.058 Y NA
 2031914 2031915 AHA_0112 AHA_0113     TRUE 0.985 65.000 1.000 1.000 Y NA
 2031917 2031918 AHA_0115 AHA_0116     TRUE 0.974 3.000 0.000 1.000 Y NA
 2031921 2031922 AHA_0119 AHA_0120 norV norW TRUE 0.967 -3.000 0.143 NA   NA
 2031922 2031923 AHA_0120 AHA_0121 norW   FALSE 0.246 52.000 0.000 NA   NA
 2031923 2031924 AHA_0121 AHA_0122     FALSE 0.050 122.000 0.000 NA N NA
 2031924 2031925 AHA_0122 AHA_0123     FALSE 0.006 288.000 0.000 NA N NA
 2031926 2031927 AHA_0124 AHA_0125     FALSE 0.146 114.000 0.000 NA   NA
 2031929 2031930 AHA_0127 AHA_0128 glyS glyQ TRUE 1.000 10.000 0.616 0.001 Y NA
 2031934 2031935 AHA_0132 AHA_0133     FALSE 0.283 22.000 0.000 NA N NA
 2031937 2031938 AHA_0135 AHA_0136     TRUE 0.960 5.000 0.091 1.000 N NA
 2031938 2031939 AHA_0136 AHA_0137     TRUE 0.895 82.000 0.136 1.000 Y NA
 2031939 2031940 AHA_0137 AHA_0138   fadA FALSE 0.006 313.000 0.000 1.000 N NA
 2031940 2031941 AHA_0138 AHA_0139 fadA fadB TRUE 0.995 22.000 0.928 1.000 Y NA
 2031941 2031942 AHA_0139 AHA_0140 fadB   FALSE 0.182 203.000 0.000 1.000 Y NA
 2031943 2031944 AHA_0141 AHA_0142 pepQ   TRUE 0.958 0.000 0.062 1.000   NA
 2031944 2031945 AHA_0142 AHA_0143   trkH TRUE 0.760 37.000 0.102 1.000   NA
 2031945 2031946 AHA_0143 AHA_0144 trkH   TRUE 0.679 -61.000 0.042 1.000 N NA
 2031946 1379893 AHA_0144 AHA_0145   rrsB FALSE 0.011 446.000 0.000 NA   NA
 1379893 1379894 AHA_0145 AHA_0146 rrsB   FALSE 0.031 195.000 0.000 NA   NA
 1379894 1379895 AHA_0146 AHA_0147   rrlB FALSE 0.021 237.000 0.000 NA   NA
 1379895 1379896 AHA_0147 AHA_0148 rrlB rrfB FALSE 0.160 110.000 0.000 NA   NA
 2031947 2031948 AHA_0149 AHA_0150     FALSE 0.244 73.000 0.000 NA   NA
 2031954 2031955 AHA_0156 AHA_0157     FALSE 0.072 187.000 0.020 NA N NA
 2031955 2031956 AHA_0157 AHA_0158     TRUE 0.776 70.000 0.205 1.000 N NA
 2031956 2031957 AHA_0158 AHA_0159   coaBC TRUE 0.746 41.000 0.145 1.000 N NA
 2031958 2031959 AHA_0160 AHA_0161 radC rpmB FALSE 0.197 137.000 0.033 1.000 N NA
 2031959 2031960 AHA_0161 AHA_0162 rpmB rpmG TRUE 0.998 12.000 0.279 0.015 Y NA
 2031960 2031961 AHA_0162 AHA_0163 rpmG   FALSE 0.223 94.000 0.000 NA   NA
 2031961 2031962 AHA_0163 AHA_0164   mutM FALSE 0.377 30.000 0.000 NA   NA
 2031962 2031963 AHA_0164 AHA_0165 mutM   FALSE 0.040 179.000 0.000 NA   NA
 2031967 2031968 AHA_0169 AHA_0170 rfaF waaA TRUE 0.988 2.000 0.055 1.000 Y NA
 2031969 2031970 AHA_0171 AHA_0172     FALSE 0.249 61.000 0.000 1.000   NA
 2031970 2031971 AHA_0172 AHA_0173     TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.008 Y NA
 2031972 2031973 AHA_0174 AHA_0175     FALSE 0.210 30.000 0.000 1.000 N NA
 2031973 2031974 AHA_0175 AHA_0176     FALSE 0.258 45.000 0.000 NA   NA
 2031974 2031975 AHA_0176 AHA_0177     FALSE 0.095 133.000 0.000 NA   NA
 2031976 2031977 AHA_0178 AHA_0179   fliL-1 FALSE 0.241 58.000 0.000 NA   NA
 2031978 2031979 AHA_0180 AHA_0181   ubiA TRUE 0.993 -3.000 0.256 NA Y NA
 2031981 2031982 AHA_0183 AHA_0184 lexA   FALSE 0.011 440.000 0.000 NA   NA
 2031984 2031985 AHA_0186 AHA_0187     TRUE 0.811 -10.000 0.021 1.000   NA
 2031986 2031987 AHA_0188 AHA_0189   cpxA TRUE 0.597 33.000 0.040 1.000 N NA
 2031987 2031988 AHA_0189 AHA_0190 cpxA cpxR TRUE 0.998 -3.000 0.714 1.000 Y NA
 2031989 2031990 AHA_0191 AHA_0192 fieF cysE TRUE 0.904 9.000 0.022 1.000 N NA
 2031990 2031991 AHA_0192 AHA_0193 cysE   TRUE 0.779 22.000 0.032 NA   NA
 2031991 2031992 AHA_0193 AHA_0194     FALSE 0.255 46.000 0.000 NA   NA
 1379946 1379947 AHA_0198 AHA_0199 rrsC   FALSE 0.233 67.000 0.000 NA   NA
 1379947 1379948 AHA_0199 AHA_0200     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 1379948 1379949 AHA_0200 AHA_0201   rrlC FALSE 0.020 241.000 0.000 NA   NA
 1379949 3561976 AHA_0201 AHA_0201a rrlC   FALSE 0.164 109.000 0.000 NA   NA
 3561976 1379950 AHA_0201a AHA_0202     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 1379950 1379951 AHA_0202 AHA_0203   rrfC TRUE 0.506 22.000 0.000 NA   NA
 1379951 2031996 AHA_0203 AHA_0204 rrfC   FALSE 0.060 152.000 0.000 NA   NA
 2031996 2031997 AHA_0204 AHA_0205     FALSE 0.049 322.000 0.065 1.000 N NA
 2031997 2031998 AHA_0205 AHA_0206     TRUE 0.997 -3.000 0.550 NA Y NA
 2031998 2031999 AHA_0206 AHA_0207     TRUE 0.827 103.000 0.368 NA N NA
 2031999 2032000 AHA_0207 AHA_0208     FALSE 0.405 29.000 0.000 1.000   NA
 2032000 2032001 AHA_0208 AHA_0209     FALSE 0.051 167.000 0.000 1.000   NA
 2032001 2032002 AHA_0209 AHA_0210     FALSE 0.026 212.000 0.000 NA   NA
 2032005 2032006 AHA_0213 AHA_0214     TRUE 0.902 50.000 0.400 1.000   NA
 2032008 2032009 AHA_0216 AHA_0217     TRUE 0.995 3.000 0.361 0.058   NA
 2032009 2032010 AHA_0217 AHA_0218     TRUE 0.898 83.000 0.402 1.000   NA
 2032010 2032011 AHA_0218 AHA_0219     TRUE 0.934 84.000 0.607 1.000   NA
 2032013 2032014 AHA_0221 AHA_0222     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032014 2032015 AHA_0222 AHA_0223     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032017 2032018 AHA_0225 AHA_0226     FALSE 0.010 492.000 0.000 NA   NA
 2032020 2032021 AHA_0228 AHA_0229     FALSE 0.241 81.000 0.000 NA   NA
 2032021 2032022 AHA_0229 AHA_0230     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2032024 2032025 AHA_0232 AHA_0233     FALSE 0.440 25.000 0.000 NA   NA
 2032026 2032027 AHA_0234 AHA_0235     FALSE 0.247 76.000 0.000 NA   NA
 2032028 2032029 AHA_0236 AHA_0237     FALSE 0.029 201.000 0.000 NA   NA
 2032031 2032032 AHA_0239 AHA_0240     TRUE 0.942 -16.000 0.273 1.000 N NA
 2032032 2032033 AHA_0240 AHA_0241   rarD-1 TRUE 0.508 68.000 0.029 NA   NA
 2032033 2032034 AHA_0241 AHA_0242 rarD-1   FALSE 0.109 126.000 0.000 NA   NA
 2032034 2032035 AHA_0242 AHA_0243     TRUE 0.804 9.000 0.000 NA   NA
 2032035 2032036 AHA_0243 AHA_0244     FALSE 0.008 262.000 0.000 1.000 N NA
 2032037 2032038 AHA_0245 AHA_0246   mmsA-1 TRUE 0.502 99.000 0.067 1.000 N NA
 2032038 2032039 AHA_0246 AHA_0247 mmsA-1   TRUE 0.548 85.000 0.067 1.000 N NA
 2032039 2032040 AHA_0247 AHA_0248   ald TRUE 0.583 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2032040 2032041 AHA_0248 AHA_0249 ald   FALSE 0.054 120.000 0.000 NA N NA
 2032041 2032042 AHA_0249 AHA_0250     FALSE 0.006 300.000 0.000 NA N NA
 2032044 2032045 AHA_0252 AHA_0253     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032046 2032047 AHA_0254 AHA_0255   trkA TRUE 0.967 97.000 0.113 0.006 Y NA
 2032047 2032048 AHA_0255 AHA_0256 trkA sun FALSE 0.280 148.000 0.095 1.000 N NA
 2032048 2032049 AHA_0256 AHA_0257 sun fmt TRUE 0.950 57.000 0.322 1.000 Y NA
 2032049 2032050 AHA_0257 AHA_0258 fmt def-1 TRUE 0.988 13.000 0.003 0.022 Y NA
 2032051 2032052 AHA_0259 AHA_0260   dprA TRUE 0.981 2.000 0.164 1.000   NA
 2032052 2032053 AHA_0260 AHA_0261 dprA   TRUE 0.930 -7.000 0.122 NA   NA
 2032053 2032054 AHA_0261 AHA_0262     TRUE 0.869 56.000 0.314 NA   NA
 2032054 2032055 AHA_0262 AHA_0263   purE-2 FALSE 0.364 75.000 0.006 1.000 N NA
 2032055 2032056 AHA_0263 AHA_0264 purE-2   FALSE 0.211 135.000 0.039 NA N NA
 2032056 2032057 AHA_0264 AHA_0265   hemF TRUE 0.531 95.000 0.070 NA N NA
 2032057 2032058 AHA_0265 AHA_0266 hemF aroE FALSE 0.425 104.000 0.052 1.000 N NA
 2032058 2032059 AHA_0266 AHA_0267 aroE   TRUE 0.976 -3.000 0.195 NA   NA
 2032061 2032062 AHA_0269 AHA_0270     FALSE 0.010 630.000 0.000 NA   NA
 2032062 2032063 AHA_0270 AHA_0271     TRUE 0.993 12.000 0.722 NA   NA
 2032063 2032064 AHA_0271 AHA_0272   hemN TRUE 0.857 28.000 0.140 NA   NA
 2032065 2032066 AHA_0273 AHA_0274 add-1 ntrC FALSE 0.134 142.000 0.009 1.000 N NA
 2032066 2032067 AHA_0274 AHA_0275 ntrC glnL TRUE 0.997 10.000 0.430 1.000 Y NA
 2032067 2032068 AHA_0275 AHA_0276 glnL   TRUE 0.784 81.000 0.181 NA   NA
 2032068 2032069 AHA_0276 AHA_0277   glnA TRUE 0.553 93.000 0.050 NA   NA
 2032070 2032071 AHA_0278 AHA_0279 typA   FALSE 0.108 174.000 0.008 1.000   NA
 2032071 2032072 AHA_0279 AHA_0281   dtd TRUE 0.641 81.000 0.076 1.000   NA
 2032075 2032076 AHA_0283 AHA_0284   recG FALSE 0.181 143.000 0.012 NA   NA
 2032076 2032077 AHA_0284 AHA_0285 recG pssA FALSE 0.019 177.000 0.000 1.000 N NA
 2032077 2032078 AHA_0285 AHA_0286 pssA   FALSE 0.047 129.000 0.000 1.000 N NA
 2032079 2032080 AHA_0287 AHA_0288 aroK-1 edd TRUE 0.983 -3.000 0.068 1.000 Y NA
 2032080 2032081 AHA_0288 AHA_0289 edd eda TRUE 0.991 21.000 0.520 1.000 Y NA
 2032084 2032085 AHA_0292 AHA_0293 yibP gpmI TRUE 0.962 10.000 0.134 1.000 N NA
 2032086 2032087 AHA_0294 AHA_0295   secB TRUE 0.731 48.000 0.159 NA N NA
 2032087 2032088 AHA_0295 AHA_0296 secB   TRUE 0.984 3.000 0.232 1.000 N NA
 2032089 2032090 AHA_0297 AHA_0298 gntY   TRUE 0.676 81.000 0.090 1.000   NA
 2032091 2032092 AHA_0299 AHA_0300 bioH   TRUE 0.508 72.000 0.022 1.000   NA
 2032092 2032093 AHA_0300 AHA_0301     TRUE 0.976 2.000 0.130 NA   NA
 2032093 2032094 AHA_0301 AHA_0302     FALSE 0.215 96.000 0.000 NA   NA
 2032095 2032096 AHA_0303 AHA_0304   greB TRUE 0.796 72.000 0.013 1.000 Y NA
 2032097 2032098 AHA_0305 AHA_0306   envZ TRUE 0.998 6.000 0.552 1.000 Y NA
 2032100 2032101 AHA_0308 AHA_0309 rpsJ rplC TRUE 0.998 23.000 0.749 0.019 Y NA
 2032101 2032102 AHA_0309 AHA_0310 rplC rplD TRUE 0.999 18.000 0.958 0.014 Y NA
 2032102 2032103 AHA_0310 AHA_0311 rplD rplW TRUE 1.000 -3.000 0.904 0.014 Y NA
 2032103 2032104 AHA_0311 AHA_0312 rplW rplB TRUE 0.999 16.000 0.915 0.019 Y NA
 2032104 2032105 AHA_0312 AHA_0313 rplB rpsS TRUE 0.998 23.000 0.894 0.019 Y NA
 2032105 2032106 AHA_0313 AHA_0314 rpsS rplV TRUE 0.999 11.000 0.968 0.019 Y NA
 2032106 2032107 AHA_0314 AHA_0315 rplV rpsC TRUE 1.000 4.000 0.905 0.019 Y NA
 2032107 2032108 AHA_0315 AHA_0316 rpsC rplP TRUE 0.999 14.000 0.894 0.019 Y NA
 2032108 2032109 AHA_0316 AHA_0317 rplP rpmC TRUE 1.000 -3.000 0.868 0.014 Y NA
 2032109 2032110 AHA_0317 AHA_0318 rpmC rpsQ TRUE 1.000 0.000 0.911 0.014 Y NA
 2032110 2032111 AHA_0318 AHA_0319 rpsQ rplN TRUE 0.974 148.000 0.850 0.019 Y NA
 2032111 2032112 AHA_0319 AHA_0320 rplN rplX TRUE 0.999 12.000 0.958 0.019 Y NA
 2032112 2032113 AHA_0320 AHA_0321 rplX   TRUE 0.999 14.000 0.894 0.014 Y NA
 2032113 2032114 AHA_0321 AHA_0322     TRUE 0.999 11.000 0.435 0.014 Y NA
 2032114 2032115 AHA_0322 AHA_0323   rpsH TRUE 0.997 22.000 0.425 0.014 Y NA
 2032115 2032116 AHA_0323 AHA_0324 rpsH   TRUE 0.999 14.000 0.956 0.014 Y NA
 2032116 2032117 AHA_0324 AHA_0325   rplR TRUE 1.000 10.000 0.886 0.014 Y NA
 2032117 2032118 AHA_0325 AHA_0326 rplR rpsE TRUE 0.999 15.000 0.973 0.019 Y NA
 2032118 2032119 AHA_0326 AHA_0327 rpsE rpmD TRUE 1.000 7.000 0.782 0.019 Y NA
 2032119 2032120 AHA_0327 AHA_0328 rpmD rplO TRUE 1.000 3.000 0.677 0.002 Y NA
 2032120 2032121 AHA_0328 AHA_0329 rplO secY TRUE 0.996 9.000 0.873 1.000 N NA
 2032121 2032122 AHA_0329 AHA_0330 secY rpsM FALSE 0.027 281.000 0.004 1.000 N NA
 2032122 2032123 AHA_0330 AHA_0331 rpsM rpsK TRUE 0.997 15.000 0.205 0.014 Y NA
 2032123 2032124 AHA_0331 AHA_0332 rpsK rpsD TRUE 0.993 40.000 0.575 0.019 Y NA
 2032124 2032125 AHA_0332 AHA_0333 rpsD rpoA TRUE 0.956 26.000 0.497 1.000 N NA
 2032125 2032126 AHA_0333 AHA_0334 rpoA rplQ TRUE 0.956 44.000 0.883 1.000 N NA
 2032126 1380083 AHA_0334 AHA_0335 rplQ rrsD FALSE 0.009 856.000 0.000 NA   NA
 1380083 1380084 AHA_0335 AHA_0336 rrsD   FALSE 0.031 195.000 0.000 NA   NA
 1380084 1380085 AHA_0336 AHA_0337   rrlD FALSE 0.021 237.000 0.000 NA   NA
 1380085 1380086 AHA_0337 AHA_0338 rrlD rrfD FALSE 0.247 76.000 0.000 NA   NA
 1380086 1380087 AHA_0338 AHA_0339 rrfD   FALSE 0.220 95.000 0.000 NA   NA
 2032127 2032128 AHA_0340 AHA_0341     FALSE 0.015 289.000 0.000 NA   NA
 2032128 2032129 AHA_0341 AHA_0342   kefB TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032129 2032130 AHA_0342 AHA_0343 kefB   TRUE 0.845 71.000 0.263 1.000   NA
 2032130 2032131 AHA_0343 AHA_0344     TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032132 2032133 AHA_0345 AHA_0346     FALSE 0.232 88.000 0.000 NA   NA
 2032133 2032134 AHA_0346 AHA_0347     FALSE 0.248 50.000 0.000 NA   NA
 2032134 2032135 AHA_0347 AHA_0348     FALSE 0.055 159.000 0.000 NA   NA
 2032135 2032136 AHA_0348 AHA_0349     FALSE 0.017 272.000 0.000 NA   NA
 2032136 2032137 AHA_0349 AHA_0350     FALSE 0.456 103.000 0.038 NA   NA
 2032138 2032139 AHA_0351 AHA_0352     TRUE 0.506 22.000 0.000 NA   NA
 2032141 2032142 AHA_0354 AHA_0355     TRUE 0.997 0.000 0.800 1.000   NA
 2032143 2032144 AHA_0356 AHA_0357     FALSE 0.253 57.000 0.000 1.000   NA
 2032146 2032147 AHA_0359 AHA_0360     TRUE 0.565 103.000 0.079 NA   NA
 2032149 2032150 AHA_0362 AHA_0363     TRUE 0.672 15.000 0.000 NA   NA
 2032150 2032151 AHA_0363 AHA_0364     FALSE 0.250 49.000 0.000 NA   NA
 2032151 2032152 AHA_0364 AHA_0365     FALSE 0.010 232.000 0.000 1.000 N NA
 2032154 2032155 AHA_0367 AHA_0368     TRUE 0.993 9.000 0.474 NA   NA
 2032156 2032157 AHA_0369 AHA_0370     FALSE 0.447 111.000 0.053 NA   NA
 2032158 2032159 AHA_0371 AHA_0372   ftsE TRUE 0.666 91.000 0.128 1.000 N NA
 2032159 2032160 AHA_0372 AHA_0373 ftsE   TRUE 0.986 0.000 0.048 NA Y NA
 2032160 2032161 AHA_0373 AHA_0374   rpoH FALSE 0.020 456.000 0.011 NA N NA
 2032161 2032162 AHA_0374 AHA_0375 rpoH   TRUE 0.607 127.000 0.007 0.015 N NA
 2032162 2032163 AHA_0375 AHA_0376   hutC TRUE 0.541 12.000 0.000 1.000 N NA
 2032163 2032164 AHA_0376 AHA_0377 hutC hutI TRUE 0.645 87.000 0.107 1.000 N NA
 2032164 2032165 AHA_0377 AHA_0378 hutI hutG TRUE 0.862 -7.000 0.063 1.000 N NA
 2032165 2032166 AHA_0378 AHA_0379 hutG hutU TRUE 0.982 55.000 0.125 0.001 Y NA
 2032166 2032167 AHA_0379 AHA_0380 hutU hutH TRUE 0.996 5.000 0.000 0.001 Y NA
 2032168 2032169 AHA_0381 AHA_0382     FALSE 0.021 162.000 0.000 NA N NA
 2032172 2032173 AHA_0385 AHA_0386     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032173 2032174 AHA_0386 AHA_0387     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2032174 2032175 AHA_0387 AHA_0388     TRUE 0.996 0.000 0.761 NA   NA
 2032175 2032176 AHA_0388 AHA_0389     FALSE 0.012 390.000 0.000 NA   NA
 2032176 2032177 AHA_0389 AHA_0390     TRUE 0.984 78.000 0.909 NA Y NA
 2032177 2032178 AHA_0390 AHA_0391     TRUE 0.818 96.000 0.256 NA   NA
 2032178 2032179 AHA_0391 AHA_0392     TRUE 0.887 33.000 0.227 1.000   NA
 2032179 2032180 AHA_0392 AHA_0393     TRUE 0.965 54.000 0.447 1.000 Y NA
 2032180 2032181 AHA_0393 AHA_0394     FALSE 0.041 178.000 0.000 NA   NA
 2032181 2032182 AHA_0394 AHA_0395     FALSE 0.246 74.000 0.000 NA   NA
 2032182 2032183 AHA_0395 AHA_0396     FALSE 0.010 500.000 0.000 NA   NA
 2032183 2032184 AHA_0396 AHA_0397   mshD TRUE 0.545 -13.000 0.000 NA   NA
 2032184 2032185 AHA_0397 AHA_0398 mshD   TRUE 0.996 0.000 0.762 NA   NA
 2032185 2032186 AHA_0398 AHA_0399     FALSE 0.011 463.000 0.000 NA   NA
 2032186 2032187 AHA_0399 AHA_0400   mreB FALSE 0.074 205.000 0.012 NA   NA
 2032187 2032188 AHA_0400 AHA_0401 mreB mreC TRUE 0.892 43.000 0.392 1.000 N NA
 2032188 2032189 AHA_0401 AHA_0402 mreC mreD TRUE 1.000 0.000 0.503 0.002 Y NA
 2032189 2032190 AHA_0402 AHA_0403 mreD maf-1 TRUE 0.806 52.000 0.241 NA N NA
 2032190 2032191 AHA_0403 AHA_0404 maf-1   FALSE 0.409 187.000 0.339 NA N NA
 2032191 2032192 AHA_0404 AHA_0405     TRUE 0.840 31.000 0.143 NA   NA
 2032192 2032193 AHA_0405 AHA_0406     FALSE 0.322 35.000 0.000 NA   NA
 2032193 2032194 AHA_0406 AHA_0407     FALSE 0.390 29.000 0.000 NA   NA
 2032194 2032195 AHA_0407 AHA_0408   tldD TRUE 0.542 160.000 0.313 NA   NA
 2032195 2032196 AHA_0408 AHA_0409 tldD   FALSE 0.346 33.000 0.000 NA   NA
 2032197 2032198 AHA_0410 AHA_0411     TRUE 0.879 50.000 0.333 NA   NA
 2032198 2032199 AHA_0411 AHA_0412     FALSE 0.095 102.000 0.000 1.000 N NA
 2032199 2032200 AHA_0412 AHA_0413     FALSE 0.210 100.000 0.000 1.000   NA
 2032200 2032201 AHA_0413 AHA_0414     FALSE 0.018 264.000 0.000 NA   NA
 2032201 2032202 AHA_0414 AHA_0415     FALSE 0.160 110.000 0.000 NA   NA
 2032202 2032203 AHA_0415 AHA_0416     FALSE 0.040 132.000 0.000 NA N NA
 2032205 2032206 AHA_0417 AHA_0419     TRUE 0.996 -61.000 0.667 0.025 Y NA
 2032206 2032207 AHA_0419 AHA_0420     TRUE 0.974 1.000 0.000 1.000 Y NA
 2032207 2032208 AHA_0420 AHA_0421     TRUE 0.938 7.000 0.033 NA   NA
 2032208 2032209 AHA_0421 AHA_0422     TRUE 0.786 10.000 0.000 NA   NA
 2032213 2032214 AHA_0426 AHA_0427     FALSE 0.167 108.000 0.000 NA   NA
 2032215 2032216 AHA_0428 AHA_0429     FALSE 0.057 118.000 0.000 NA N NA
 2032217 2032218 AHA_0430 AHA_0431     FALSE 0.011 472.000 0.000 NA   NA
 2032219 2032220 AHA_0432 AHA_0433 metH   FALSE 0.018 180.000 0.000 1.000 N NA
 2032220 2032221 AHA_0433 AHA_0434   brnQ-1 FALSE 0.005 389.000 0.000 1.000 N NA
 2032222 2032223 AHA_0435 AHA_0436     TRUE 0.727 44.000 0.000 1.000 Y NA
 2032224 2032225 AHA_0437 AHA_0438     FALSE 0.015 295.000 0.000 NA   NA
 2032225 2032226 AHA_0438 AHA_0439     FALSE 0.011 503.000 0.000 1.000   NA
 2032226 2032227 AHA_0439 AHA_0440     TRUE 0.996 -3.000 0.032 0.003 Y NA
 2032227 2032228 AHA_0440 AHA_0441   thiF TRUE 0.947 63.000 0.316 1.000 Y NA
 2032228 2032229 AHA_0441 AHA_0442 thiF thiS TRUE 0.983 -30.000 0.337 1.000 Y NA
 2032229 2032230 AHA_0442 AHA_0443 thiS thiG TRUE 0.994 2.000 0.188 1.000 Y NA
 2032230 2032231 AHA_0443 AHA_0444 thiG thiH TRUE 0.990 36.000 0.228 0.003 Y NA
 2032231 2032232 AHA_0444 AHA_0445 thiH   FALSE 0.009 1111.000 0.000 NA   NA
 2032235 2032236 AHA_0448 AHA_0449     FALSE 0.149 113.000 0.000 NA   NA
 2032237 2032238 AHA_0450 AHA_0451     FALSE 0.004 459.000 0.000 NA N NA
 2032240 2032241 AHA_0453 AHA_0455     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032244 2032245 AHA_0456 AHA_0458     FALSE 0.109 126.000 0.000 NA   NA
 2032245 2032246 AHA_0458 AHA_0459     TRUE 0.702 13.000 0.000 NA   NA
 2032246 2032247 AHA_0459 AHA_0460     FALSE 0.041 177.000 0.000 NA   NA
 2032247 2032248 AHA_0460 AHA_0461     FALSE 0.247 51.000 0.000 NA   NA
 2032248 2032249 AHA_0461 AHA_0462     FALSE 0.023 227.000 0.000 NA   NA
 2032249 2032250 AHA_0462 AHA_0463     FALSE 0.135 118.000 0.000 NA   NA
 2032251 2032252 AHA_0464 AHA_0465 glpX   FALSE 0.056 158.000 0.000 NA   NA
 2032253 2032254 AHA_0466 AHA_0467     TRUE 0.996 11.000 0.402 1.000 Y NA
 2032254 2032255 AHA_0467 AHA_0468   hemD TRUE 0.998 -3.000 0.709 1.000 Y NA
 2032255 2032256 AHA_0468 AHA_0469 hemD hemC TRUE 0.998 -3.000 0.171 0.002 Y NA
 2032258 2032259 AHA_0471 AHA_0472     TRUE 0.926 -3.000 0.044 NA   NA
 2032260 2032261 AHA_0473 AHA_0474 lysA dapF TRUE 0.977 66.000 0.113 0.002 Y NA
 2032261 2032262 AHA_0474 AHA_0475 dapF   TRUE 0.678 111.000 0.181 NA   NA
 2032262 2032263 AHA_0475 AHA_0476   xerC TRUE 0.982 -7.000 0.457 NA   NA
 2032263 2032264 AHA_0476 AHA_0477 xerC   TRUE 0.811 41.000 0.173 1.000   NA
 2032265 2032266 AHA_0478 AHA_0479     FALSE 0.346 33.000 0.000 NA   NA
 2032268 2032269 AHA_0481 AHA_0482     FALSE 0.013 362.000 0.000 1.000   NA
 2032269 2032270 AHA_0482 AHA_0483     FALSE 0.187 105.000 0.000 1.000   NA
 2032271 2032272 AHA_0484 AHA_0485     TRUE 0.995 -7.000 0.562 1.000 Y NA
 2032272 2032273 AHA_0485 AHA_0486     TRUE 0.955 107.000 0.532 NA Y NA
 2032274 2032275 AHA_0487 AHA_0488     FALSE 0.237 61.000 0.000 NA   NA
 2032280 2032281 AHA_0493 AHA_0494     FALSE 0.020 246.000 0.000 NA   NA
 2032281 2032282 AHA_0494 AHA_0495     FALSE 0.121 70.000 0.000 1.000 N NA
 2032283 2032284 AHA_0496 AHA_0497     FALSE 0.403 28.000 0.000 NA   NA
 2032285 2032286 AHA_0498 AHA_0499     TRUE 0.672 15.000 0.000 NA   NA
 2032286 2032287 AHA_0499 AHA_0500     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032292 2032293 AHA_0505 AHA_0506     FALSE 0.149 40.000 0.000 1.000 N NA
 2032293 2032294 AHA_0506 AHA_0507     FALSE 0.057 157.000 0.000 NA   NA
 2032295 2032296 AHA_0508 AHA_0509     FALSE 0.313 36.000 0.000 NA   NA
 2032296 2032297 AHA_0509 AHA_0510     FALSE 0.356 32.000 0.000 NA   NA
 2032298 2032299 AHA_0511 AHA_0512     TRUE 0.988 -3.000 0.367 1.000   NA
 2032299 2032300 AHA_0512 AHA_0513     FALSE 0.243 80.000 0.000 NA   NA
 2032301 2032302 AHA_0514 AHA_0515     TRUE 0.506 22.000 0.000 NA   NA
 2032303 2032304 AHA_0516 AHA_0517     FALSE 0.048 167.000 0.000 NA   NA
 2032304 2032305 AHA_0517 AHA_0518     FALSE 0.010 504.000 0.000 NA   NA
 2032306 2032307 AHA_0519 AHA_0520     FALSE 0.240 82.000 0.000 NA   NA
 2032307 2032308 AHA_0520 AHA_0521     FALSE 0.234 68.000 0.000 NA   NA
 2032308 2032309 AHA_0521 AHA_0522     TRUE 0.960 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2032309 2032310 AHA_0522 AHA_0523     TRUE 0.820 5.000 0.000 NA   NA
 2032310 2032311 AHA_0523 AHA_0524     TRUE 0.992 12.000 0.600 NA   NA
 2032312 2032313 AHA_0525 AHA_0526     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032313 2032314 AHA_0526 AHA_0527   menE FALSE 0.006 302.000 0.000 1.000 N NA
 2032314 2032315 AHA_0527 AHA_0528 menE menC TRUE 0.997 11.000 0.345 0.002 N NA
 2032315 2032316 AHA_0528 AHA_0529 menC menB TRUE 0.996 0.000 0.000 0.002 Y NA
 2032316 2032317 AHA_0529 AHA_0530 menB   TRUE 0.625 -7.000 0.000 NA   NA
 2032317 2032318 AHA_0530 AHA_0531   menD TRUE 0.953 -10.000 0.231 NA   NA
 2032318 2032319 AHA_0531 AHA_0532 menD menF TRUE 0.974 35.000 0.420 1.000 Y NA
 2032320 2032321 AHA_0533 AHA_0534 menA   FALSE 0.245 53.000 0.000 NA   NA
 2032324 2032325 AHA_0537 AHA_0538     FALSE 0.244 73.000 0.000 NA   NA
 2032327 2032328 AHA_0540 AHA_0541     FALSE 0.226 93.000 0.000 NA   NA
 2032328 2032329 AHA_0541 AHA_0542     TRUE 0.928 49.000 0.533 NA   NA
 2032329 2032330 AHA_0542 AHA_0543     FALSE 0.121 122.000 0.000 NA   NA
 2032331 2032332 AHA_0544 AHA_0545     TRUE 0.923 10.000 0.027 NA   NA
 2032333 2032334 AHA_0546 AHA_0547     FALSE 0.233 64.000 0.000 NA   NA
 2032334 2032335 AHA_0547 AHA_0548     TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032335 2032336 AHA_0548 AHA_0549   mtlR TRUE 0.613 9.000 0.000 NA N NA
 2032336 2032337 AHA_0549 AHA_0550 mtlR   TRUE 0.760 109.000 0.303 NA N NA
 2032337 2032338 AHA_0550 AHA_0551     TRUE 0.956 -85.000 0.169 1.000 Y NA
 2032338 2032339 AHA_0551 AHA_0552     FALSE 0.011 455.000 0.000 NA   NA
 2032339 2032340 AHA_0552 AHA_0553     TRUE 0.924 22.000 0.185 NA   NA
 2032340 2032341 AHA_0553 AHA_0554   rnb TRUE 0.707 57.000 0.000 1.000 Y NA
 2032341 2032342 AHA_0554 AHA_0555 rnb   TRUE 0.648 101.000 0.000 1.000 Y NA
 2032342 2032343 AHA_0555 AHA_0556     FALSE 0.008 268.000 0.000 1.000 N NA
 2032344 2032345 AHA_0557 AHA_0558 ahyR   FALSE 0.027 213.000 0.000 1.000   NA
 2032345 2032346 AHA_0558 AHA_0559     FALSE 0.151 115.000 0.000 1.000   NA
 2032347 2032348 AHA_0560 AHA_0561     FALSE 0.089 138.000 0.000 1.000   NA
 2032348 2032349 AHA_0561 AHA_0562     FALSE 0.125 121.000 0.000 NA   NA
 2032349 2032350 AHA_0562 AHA_0563     FALSE 0.245 53.000 0.000 NA   NA
 2032350 2032351 AHA_0563 AHA_0564     FALSE 0.180 34.000 0.000 1.000 N NA
 2032351 2032352 AHA_0564 AHA_0565   pckA FALSE 0.019 176.000 0.000 1.000 N NA
 2032352 2032353 AHA_0565 AHA_0566 pckA hslO FALSE 0.181 150.000 0.051 1.000 N NA
 2032353 2032354 AHA_0566 AHA_0567 hslO   TRUE 0.604 106.000 0.139 1.000 N NA
 2032355 2032356 AHA_0568 AHA_0569 gspC gspD TRUE 0.997 22.000 0.392 0.005 Y NA
 2032356 2032357 AHA_0569 AHA_0570 gspD gspE TRUE 0.999 0.000 0.394 0.005 Y NA
 2032357 2032358 AHA_0570 AHA_0571 gspE gspF TRUE 1.000 2.000 0.755 0.005 Y NA
 2032358 2032359 AHA_0571 AHA_0572 gspF gspG TRUE 0.980 116.000 0.364 0.005 Y NA
 2032359 2032360 AHA_0572 AHA_0573 gspG gspH TRUE 0.934 164.000 0.739 0.005   NA
 2032360 2032361 AHA_0573 AHA_0574 gspH gspI TRUE 0.998 -3.000 0.603 0.005   NA
 2032361 2032362 AHA_0574 AHA_0575 gspI gspJ TRUE 0.989 69.000 0.842 0.005   NA
 2032362 2032363 AHA_0575 AHA_0576 gspJ gspK TRUE 0.971 90.000 0.566 1.000 Y NA
 2032363 2032364 AHA_0576 AHA_0577 gspK gspL TRUE 0.943 120.000 0.418 0.071 Y NA
 2032364 2032365 AHA_0577 AHA_0578 gspL gspM TRUE 0.998 -3.000 0.727 1.000 Y NA
 2032365 2032366 AHA_0578 AHA_0579 gspM gspN TRUE 0.938 62.000 0.656 1.000   NA
 2032370 2032371 AHA_0583 AHA_0584   cysQ-1 TRUE 0.914 38.000 0.368 1.000   NA
 2032371 2032372 AHA_0584 AHA_0585 cysQ-1   FALSE 0.004 412.000 0.000 NA N NA
 2032373 2032374 AHA_0586 AHA_0587     FALSE 0.472 85.000 0.013 1.000   NA
 2032374 2032375 AHA_0587 AHA_0588   metJ TRUE 0.848 36.000 0.000 0.067 Y NA
 2032376 2032377 AHA_0589 AHA_0590 metB   TRUE 0.998 0.000 0.500 1.000 Y NA
 2032378 2032379 AHA_0591 AHA_0592 ppc argE FALSE 0.075 216.000 0.050 1.000 N NA
 2032380 2032381 AHA_0593 AHA_0594 argC argB TRUE 0.991 24.000 0.094 0.002 Y NA
 2032381 2032382 AHA_0594 AHA_0595 argB argF-1 TRUE 0.912 -79.000 0.042 1.000 Y NA
 2032382 2032383 AHA_0595 AHA_0596 argF-1 argG TRUE 0.893 55.000 0.126 1.000 Y NA
 2032383 2032384 AHA_0596 AHA_0597 argG argH TRUE 0.593 210.000 0.300 1.000 Y NA
 2032385 2032386 AHA_0598 AHA_0599     FALSE 0.009 898.000 0.000 NA   NA
 2032386 2032387 AHA_0599 AHA_0600     FALSE 0.029 201.000 0.000 NA   NA
 2032387 2032388 AHA_0600 AHA_0601     FALSE 0.250 49.000 0.000 NA   NA
 2032388 2032389 AHA_0601 AHA_0602     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032389 2032390 AHA_0602 AHA_0603     FALSE 0.241 81.000 0.000 NA   NA
 2032391 2032392 AHA_0604 AHA_0605     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032392 2032393 AHA_0605 AHA_0606   cysT FALSE 0.019 253.000 0.000 NA   NA
 2032393 2032394 AHA_0606 AHA_0607 cysT cysW TRUE 0.999 -3.000 0.836 0.001 N NA
 2032394 2032395 AHA_0607 AHA_0608 cysW cysA TRUE 0.992 23.000 0.683 1.000 Y NA
 2032395 2032396 AHA_0608 AHA_0609 cysA   FALSE 0.189 177.000 0.093 1.000 N NA
 2032397 2032398 AHA_0610 AHA_0611     FALSE 0.013 354.000 0.000 1.000   NA
 2032399 2032400 AHA_0612 AHA_0613     TRUE 0.711 77.000 0.000 1.000 Y NA
 2032402 2032403 AHA_0615 AHA_0616     TRUE 0.533 21.000 0.000 NA   NA
 2032405 2032406 AHA_0618 AHA_0619     FALSE 0.065 149.000 0.000 NA   NA
 2032406 2032407 AHA_0619 AHA_0620     FALSE 0.011 461.000 0.000 NA   NA
 2032407 2032408 AHA_0620 AHA_0621     TRUE 0.967 38.000 0.853 NA   NA
 2032408 2032409 AHA_0621 AHA_0622     FALSE 0.032 193.000 0.000 NA   NA
 2032410 2032411 AHA_0623 AHA_0624     FALSE 0.120 61.000 0.000 1.000 N NA
 2032411 2032412 AHA_0624 AHA_0625     FALSE 0.046 170.000 0.000 NA   NA
 2032419 2032420 AHA_0632 AHA_0633     FALSE 0.215 96.000 0.000 NA   NA
 2032421 2032422 AHA_0634 AHA_0635     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032422 2032423 AHA_0635 AHA_0636     FALSE 0.012 410.000 0.000 NA   NA
 2032423 2032424 AHA_0636 AHA_0637     FALSE 0.020 242.000 0.000 NA   NA
 2032424 2032425 AHA_0637 AHA_0638     FALSE 0.051 164.000 0.000 NA   NA
 2032425 2032426 AHA_0638 AHA_0639     FALSE 0.233 64.000 0.000 NA   NA
 2032427 2032428 AHA_0640 AHA_0641     TRUE 0.675 120.000 0.265 NA N NA
 2032428 2032429 AHA_0641 AHA_0642     TRUE 0.995 10.000 0.317 1.000 Y NA
 2032429 2032430 AHA_0642 AHA_0643     FALSE 0.026 211.000 0.000 NA   NA
 2032430 2032431 AHA_0643 AHA_0644     FALSE 0.234 63.000 0.000 NA   NA
 2032431 2032432 AHA_0644 AHA_0645     FALSE 0.119 62.000 0.000 1.000 N NA
 2032432 2032433 AHA_0645 AHA_0646     FALSE 0.017 183.000 0.000 1.000 N NA
 2032434 2032435 AHA_0647 AHA_0648     FALSE 0.346 34.000 0.000 1.000   NA
 2032436 2032437 AHA_0649 AHA_0650     FALSE 0.012 208.000 0.000 1.000 N NA
 2032437 2032438 AHA_0650 AHA_0651   fbpB TRUE 0.898 41.000 0.009 0.055 Y NA
 2032438 2032439 AHA_0651 AHA_0652 fbpB   TRUE 0.743 70.000 0.099 0.070 N NA
 2032439 2032440 AHA_0652 AHA_0653     TRUE 0.491 104.000 0.078 NA N NA
 2032442 2032443 AHA_0655 AHA_0656     TRUE 0.907 26.000 0.024 1.000 Y NA
 2032443 2032444 AHA_0656 AHA_0657     TRUE 0.991 4.000 0.043 0.070 Y NA
 2032444 2032445 AHA_0657 AHA_0658     TRUE 1.000 3.000 0.717 0.016 Y NA
 2032445 2032446 AHA_0658 AHA_0659   mdh FALSE 0.011 222.000 0.000 1.000 N NA
 2032446 2032447 AHA_0659 AHA_0660 mdh   FALSE 0.119 125.000 0.000 1.000   NA
 2032450 2032451 AHA_0663 AHA_0664     TRUE 0.903 41.000 0.359 NA   NA
 2032452 2032453 AHA_0665 AHA_0666 ffh rpsP FALSE 0.181 185.000 0.102 1.000 N NA
 2032453 2032454 AHA_0666 AHA_0667 rpsP rimM TRUE 0.995 25.000 0.380 0.014 Y NA
 2032454 2032455 AHA_0667 AHA_0668 rimM trmD TRUE 0.985 35.000 0.687 1.000 Y NA
 2032455 2032456 AHA_0668 AHA_0669 trmD rplS TRUE 0.984 33.000 0.597 1.000 Y NA
 2032457 2032458 AHA_0670 AHA_0671   mutH TRUE 0.543 83.000 0.042 NA   NA
 2032459 2032460 AHA_0672 AHA_0673   ptsI-1 TRUE 0.785 15.000 0.007 1.000 N NA
 2032460 2032461 AHA_0673 AHA_0674 ptsI-1 lgt FALSE 0.118 68.000 0.000 1.000 N NA
 2032461 2032462 AHA_0674 AHA_0675 lgt thyA TRUE 0.978 0.000 0.184 1.000 N NA
 2032462 2032463 AHA_0675 AHA_0676 thyA nhaA FALSE 0.041 227.000 0.008 1.000 N NA
 2032463 2032464 AHA_0676 AHA_0677 nhaA nhaR FALSE 0.124 391.000 0.220 1.000 N NA
 2032464 2032465 AHA_0677 AHA_0678 nhaR   TRUE 0.947 26.000 0.244 0.067   NA
 2032467 2032468 AHA_0680 AHA_0681 mviN ribF FALSE 0.359 142.000 0.091 1.000   NA
 2032468 2032469 AHA_0681 AHA_0682 ribF ileS TRUE 0.980 0.000 0.194 1.000 N NA
 2032469 2032470 AHA_0682 AHA_0683 ileS lspA TRUE 0.993 0.000 0.500 1.000 N NA
 2032470 2032471 AHA_0683 AHA_0684 lspA fkpB TRUE 0.991 -3.000 0.560 1.000 N NA
 2032471 2032472 AHA_0684 AHA_0685 fkpB ispH TRUE 0.995 0.000 0.690 1.000 N NA
 2032472 2032473 AHA_0685 AHA_0686 ispH   FALSE 0.053 262.000 0.049 NA N NA
 2032473 2032474 AHA_0686 AHA_0687   pilV TRUE 0.971 -3.000 0.167 NA   NA
 2032474 2032475 AHA_0687 AHA_0688 pilV   TRUE 0.935 -3.000 0.056 NA   NA
 2032475 2032476 AHA_0688 AHA_0689     TRUE 0.931 11.000 0.051 NA   NA
 2032476 2032477 AHA_0689 AHA_0690     TRUE 0.996 12.000 0.487 NA Y NA
 2032477 2032478 AHA_0690 AHA_0691     TRUE 0.996 9.000 0.333 NA Y NA
 2032480 2032481 AHA_0693 AHA_0694     TRUE 0.594 -9.000 0.000 NA   NA
 2032481 2032482 AHA_0694 AHA_0695     TRUE 0.993 2.000 0.400 NA   NA
 2032482 2032483 AHA_0695 AHA_0696     TRUE 0.993 13.000 0.800 NA   NA
 2032483 2032484 AHA_0696 AHA_0697     FALSE 0.246 74.000 0.000 NA   NA
 2032484 2032485 AHA_0697 AHA_0698   glnB TRUE 0.966 10.000 0.148 1.000 N NA
 2032485 2032486 AHA_0698 AHA_0699 glnB   TRUE 0.903 11.000 0.018 NA   NA
 2032486 2032487 AHA_0699 AHA_0700   luxS TRUE 0.865 19.000 0.056 NA   NA
 2032489 2032490 AHA_0702 AHA_0703 rnr   TRUE 0.989 -3.000 0.140 0.019 N NA
 2032490 2032491 AHA_0703 AHA_0704     TRUE 0.548 11.000 0.000 NA N NA
 2032491 2032492 AHA_0704 AHA_0705     FALSE 0.241 58.000 0.000 NA   NA
 2032492 2032493 AHA_0705 AHA_0706     FALSE 0.023 228.000 0.000 NA   NA
 2032493 2032494 AHA_0706 AHA_0707     FALSE 0.135 118.000 0.000 NA   NA
 2032495 2032496 AHA_0708 AHA_0709   mntH FALSE 0.167 108.000 0.000 NA   NA
 2032497 2032498 AHA_0710 AHA_0711 rpsF rpsR TRUE 0.993 31.000 0.358 0.014 Y NA
 2032498 2032499 AHA_0711 AHA_0712 rpsR rplI TRUE 0.991 53.000 0.497 0.014 Y NA
 2032499 2032500 AHA_0712 AHA_0713 rplI   FALSE 0.095 102.000 0.000 1.000 N NA
 2032504 2032505 AHA_0717 AHA_0718     TRUE 0.922 -3.000 0.040 NA   NA
 2032505 2032506 AHA_0718 AHA_0719     TRUE 0.818 20.000 0.034 NA   NA
 2032506 2032507 AHA_0719 AHA_0720   gshA TRUE 0.491 61.000 0.019 1.000   NA
 2032507 2032508 AHA_0720 AHA_0721 gshA   FALSE 0.019 255.000 0.000 NA   NA
 2032512 2032513 AHA_0725 AHA_0726     TRUE 0.485 188.000 0.386 NA   NA
 2032515 2032516 AHA_0728 AHA_0729     FALSE 0.138 117.000 0.000 NA   NA
 2032516 2032517 AHA_0729 AHA_0730   prfC FALSE 0.018 258.000 0.000 NA   NA
 2032517 2032518 AHA_0730 AHA_0731 prfC   FALSE 0.047 169.000 0.000 NA   NA
 2032521 2032522 AHA_0734 AHA_0735   xenB FALSE 0.012 206.000 0.000 1.000 N NA
 2032525 2032526 AHA_0738 AHA_0739     TRUE 0.542 127.000 0.188 1.000 N NA
 2032526 2032527 AHA_0739 AHA_0740     FALSE 0.009 1708.000 0.000 1.000   NA
 2032527 2032528 AHA_0740 AHA_0741     FALSE 0.051 164.000 0.000 NA   NA
 2032529 2032530 AHA_0742 AHA_0743     TRUE 0.634 103.000 0.000 1.000 Y NA
 2032534 2032535 AHA_0747 AHA_0748     FALSE 0.070 146.000 0.000 NA   NA
 2032536 2032537 AHA_0749 AHA_0750     FALSE 0.236 69.000 0.000 NA   NA
 2032537 2032538 AHA_0750 AHA_0751     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032538 1380500 AHA_0751 AHA_0752   rrsE FALSE 0.010 495.000 0.000 NA   NA
 1380500 1380501 AHA_0752 AHA_0753 rrsE   FALSE 0.030 198.000 0.000 NA   NA
 1380501 1380502 AHA_0753 AHA_0754   rrlE FALSE 0.020 239.000 0.000 NA   NA
 1380502 1380503 AHA_0754 AHA_0755 rrlE rrfE FALSE 0.143 115.000 0.000 NA   NA
 1380503 1380504 AHA_0755 AHA_0756 rrfE   FALSE 0.215 96.000 0.000 NA   NA
 1380504 2032539 AHA_0756 AHA_0757     FALSE 0.478 23.000 0.000 NA   NA
 2032540 2032541 AHA_0758 AHA_0759     TRUE 0.904 57.000 0.152 1.000 Y NA
 2032542 2032543 AHA_0760 AHA_0761     TRUE 0.974 3.000 0.148 1.000 N NA
 2032544 2032545 AHA_0762 AHA_0763     TRUE 0.998 -3.000 0.679 1.000 Y NA
 2032545 2032546 AHA_0763 AHA_0764     TRUE 0.998 -3.000 0.839 1.000 Y NA
 2032546 2032547 AHA_0764 AHA_0765     TRUE 0.995 75.000 0.868 0.015 Y NA
 2032547 2032548 AHA_0765 AHA_0766     TRUE 0.960 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2032549 2032550 AHA_0767 AHA_0768     FALSE 0.011 204.000 0.000 NA N NA
 2032550 2032551 AHA_0768 AHA_0769     FALSE 0.042 176.000 0.000 NA   NA
 2032551 2032552 AHA_0769 AHA_0770     TRUE 0.496 56.000 0.000 0.065   NA
 2032553 2032554 AHA_0771 AHA_0772     FALSE 0.253 72.000 0.000 1.000   NA
 2032554 2032555 AHA_0772 AHA_0773     FALSE 0.041 181.000 0.000 1.000   NA
 2032556 2032557 AHA_0774 AHA_0775     FALSE 0.059 153.000 0.000 NA   NA
 2032557 2032558 AHA_0775 AHA_0776     FALSE 0.007 270.000 0.000 NA N NA
 2032558 2032559 AHA_0776 AHA_0777     FALSE 0.013 201.000 0.000 1.000 N NA
 2032559 2032560 AHA_0777 AHA_0778   hemE TRUE 0.756 20.000 0.028 1.000 N NA
 2032560 2032561 AHA_0778 AHA_0779 hemE   FALSE 0.015 181.000 0.000 NA N NA
 2032561 2032562 AHA_0779 AHA_0780   epd TRUE 0.709 50.000 0.000 NA Y NA
 2032562 2032563 AHA_0780 AHA_0781 epd pgk TRUE 0.964 63.000 0.075 0.006 Y NA
 2032563 2032564 AHA_0781 AHA_0782 pgk fbaA TRUE 0.927 117.000 0.060 0.006 Y NA
 2032564 2032565 AHA_0782 AHA_0783 fbaA   FALSE 0.011 221.000 0.000 1.000 N NA
 2032566 2032567 AHA_0784 AHA_0785   dsbD FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 2032567 2032568 AHA_0785 AHA_0786 dsbD cutA TRUE 0.939 -3.000 0.085 1.000 N NA
 2032573 2032574 AHA_0791 AHA_0792     TRUE 0.559 20.000 0.000 NA   NA
 2032576 2032577 AHA_0794 AHA_0795   rseA TRUE 0.979 23.000 0.766 NA N NA
 2032577 2032578 AHA_0795 AHA_0796 rseA rseB TRUE 0.993 -64.000 0.897 NA Y NA
 2032578 2032579 AHA_0796 AHA_0797 rseB rseC TRUE 0.968 94.000 0.544 NA Y NA
 2032579 2032580 AHA_0797 AHA_0798 rseC lepA FALSE 0.314 121.000 0.051 NA N NA
 2032580 2032581 AHA_0798 AHA_0799 lepA lepB TRUE 0.986 4.000 0.224 1.000   NA
 2032581 2032582 AHA_0799 AHA_0800 lepB rnc TRUE 0.974 1.000 0.111 1.000   NA
 2032582 2032583 AHA_0800 AHA_0801 rnc era TRUE 0.982 -3.000 0.119 0.049   NA
 2032583 2032584 AHA_0801 AHA_0802 era recO TRUE 0.974 1.000 0.109 1.000   NA
 2032584 2032585 AHA_0802 AHA_0803 recO pdxJ FALSE 0.325 163.000 0.168 1.000 N NA
 2032586 2032587 AHA_0804 AHA_0805     TRUE 0.863 103.000 0.400 NA   NA
 2032587 2032588 AHA_0805 AHA_0806   nagA-1 TRUE 0.917 -9.000 0.000 1.000 Y NA
 2032588 2032589 AHA_0806 AHA_0807 nagA-1   TRUE 0.993 1.000 0.154 1.000 Y NA
 2032589 2032590 AHA_0807 AHA_0808     TRUE 0.998 -16.000 0.643 0.011 Y NA
 2032590 2032591 AHA_0808 AHA_0809     TRUE 0.999 -10.000 0.933 0.011 Y NA
 2032591 2032592 AHA_0809 AHA_0810     TRUE 0.999 16.000 0.667 0.011 Y NA
 2032592 2032593 AHA_0810 AHA_0811     TRUE 0.986 0.000 0.286 1.000 N NA
 2032593 2032594 AHA_0811 AHA_0812     TRUE 0.978 13.000 0.333 1.000 N NA
 2032596 2032597 AHA_0814 AHA_0815     TRUE 0.826 4.000 0.000 NA   NA
 2032597 2032598 AHA_0815 AHA_0816     FALSE 0.244 73.000 0.000 NA   NA
 2032599 2032600 AHA_0817 AHA_0818 rumA-1   FALSE 0.145 267.000 0.183 1.000 N NA
 2032600 2032601 AHA_0818 AHA_0819     TRUE 0.697 85.000 0.104 1.000   NA
 2032601 2032602 AHA_0819 AHA_0820   pyrG FALSE 0.225 142.000 0.030 1.000   NA
 2032602 2032603 AHA_0820 AHA_0821 pyrG eno FALSE 0.330 90.000 0.003 1.000 N NA
 2032603 2032604 AHA_0821 AHA_0822 eno   FALSE 0.067 179.000 0.004 1.000 N NA
 2032604 2032605 AHA_0822 AHA_0823   ispD TRUE 0.946 -7.000 0.198 1.000 N NA
 2032605 2032606 AHA_0823 AHA_0824 ispD ispF TRUE 0.996 -3.000 0.451 1.000 Y NA
 2032606 2032607 AHA_0824 AHA_0825 ispF truD TRUE 0.947 0.000 0.039 1.000   NA
 2032607 2032608 AHA_0825 AHA_0826 truD surE TRUE 0.741 -19.000 0.011 1.000   NA
 2032608 2032609 AHA_0826 AHA_0827 surE pcm TRUE 0.993 5.000 0.425 1.000   NA
 2032609 2032610 AHA_0827 AHA_0828 pcm   TRUE 0.969 3.000 0.088 NA   NA
 2032610 2032611 AHA_0828 AHA_0829   nlpD TRUE 0.803 -61.000 0.076 NA   NA
 2032611 2032612 AHA_0829 AHA_0830 nlpD rpoS TRUE 0.588 48.000 0.074 1.000 N NA
 2032614 2032615 AHA_0832 AHA_0833 rpsU   TRUE 0.989 15.000 0.200 0.021   NA
 2032615 2032616 AHA_0833 AHA_0834   dnaG TRUE 0.760 89.000 0.165 1.000   NA
 2032616 2032617 AHA_0834 AHA_0835 dnaG   FALSE 0.169 223.000 0.164 1.000 N NA
 2032617 1380584 AHA_0835 AHA_0836     FALSE 0.031 196.000 0.000 NA   NA
 2032618 2032619 AHA_0837 AHA_0838     FALSE 0.007 276.000 0.000 1.000 N NA
 2032619 2032620 AHA_0838 AHA_0839     TRUE 0.822 -19.000 0.000 0.052   NA
 2032620 2032621 AHA_0839 AHA_0840   purD FALSE 0.018 265.000 0.000 1.000   NA
 2032621 2032622 AHA_0840 AHA_0841 purD purH TRUE 0.888 111.000 0.229 1.000 Y NA
 2032623 2032624 AHA_0842 AHA_0843 zntR   FALSE 0.372 -10.000 0.000 1.000 N NA
 2032624 2032625 AHA_0843 AHA_0844     TRUE 0.507 -19.000 0.000 NA   NA
 2032626 2032627 AHA_0845 AHA_0846   rdgB FALSE 0.481 135.000 0.179 1.000 N NA
 2032628 2032629 AHA_0847 AHA_0848     FALSE 0.172 109.000 0.000 1.000   NA
 2032630 2032631 AHA_0849 AHA_0850     TRUE 0.984 0.000 0.000 0.064 Y NA
 2032635 2032636 AHA_0854 AHA_0855     FALSE 0.031 201.000 0.000 1.000   NA
 2032636 2032637 AHA_0855 AHA_0856   aspA FALSE 0.354 128.000 0.057 1.000   NA
 2032640 2032641 AHA_0859 AHA_0860 groS groL TRUE 0.867 42.000 0.063 1.000 Y NA
 2032641 2032642 AHA_0860 AHA_0861 groL   FALSE 0.089 138.000 0.000 1.000   NA
 2032642 2032643 AHA_0861 AHA_0862     TRUE 0.977 24.000 0.667 NA   NA
 2032644 2032645 AHA_0863 AHA_0864     TRUE 0.760 110.000 0.304 1.000 N NA
 1380613 1380614 AHA_0865 AHA_0866 rrsF   FALSE 0.030 198.000 0.000 NA   NA
 1380614 1380615 AHA_0866 AHA_0867   rrlF FALSE 0.020 239.000 0.000 NA   NA
 1380615 1380616 AHA_0867 AHA_0868 rrlF rrfF FALSE 0.160 110.000 0.000 NA   NA
 1380616 2032646 AHA_0868 AHA_0869 rrfF   FALSE 0.016 280.000 0.000 NA   NA
 2032646 2032647 AHA_0869 AHA_0870     FALSE 0.027 208.000 0.000 NA   NA
 2032647 2032648 AHA_0870 AHA_0871     TRUE 0.934 11.000 0.056 NA   NA
 2032648 2032649 AHA_0871 AHA_0872     FALSE 0.027 209.000 0.000 NA   NA
 2032650 2032651 AHA_0873 AHA_0874   thiQ FALSE 0.239 60.000 0.000 NA   NA
 2032651 2032652 AHA_0874 AHA_0875 thiQ thiP TRUE 0.975 66.000 0.597 0.015 N NA
 2032652 2032653 AHA_0875 AHA_0876 thiP thiB TRUE 0.995 -3.000 0.702 0.069 N NA
 2032655 2032656 AHA_0878 AHA_0879   leuD FALSE 0.138 117.000 0.000 NA   NA
 2032656 2032657 AHA_0879 AHA_0880 leuD leuC TRUE 0.999 13.000 0.465 0.001 Y NA
 2032657 2032658 AHA_0880 AHA_0881 leuC leuB TRUE 0.989 33.000 0.146 0.002 Y NA
 2032658 2032659 AHA_0881 AHA_0882 leuB leuA-1 TRUE 0.999 3.000 0.174 0.002 Y NA
 2032660 2032661 AHA_0883 AHA_0884     FALSE 0.115 126.000 0.000 1.000   NA
 2032661 2032662 AHA_0884 AHA_0885     TRUE 0.942 0.000 0.032 NA   NA
 2032662 2032663 AHA_0885 AHA_0886     FALSE 0.304 37.000 0.000 NA   NA
 2032663 2032664 AHA_0886 AHA_0887   ilvB-1 FALSE 0.012 390.000 0.000 NA   NA
 2032664 2032665 AHA_0887 AHA_0888 ilvB-1   FALSE 0.484 -27.000 0.000 NA   NA
 2032665 2032666 AHA_0888 AHA_0889   ilvN TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032667 2032668 AHA_0890 AHA_0891   ackA-1 TRUE 0.893 70.000 0.133 1.000 Y NA
 2032670 2032671 AHA_0893 AHA_0894     FALSE 0.011 415.000 0.000 NA   NA
 2032671 2032672 AHA_0894 AHA_0895     TRUE 0.930 22.000 0.242 1.000 N NA
 2032673 2032674 AHA_0896 AHA_0897 dapA-1   TRUE 0.983 -7.000 0.185 NA Y NA
 2032674 2032675 AHA_0897 AHA_0898   purC FALSE 0.462 54.000 0.038 NA N NA
 2032677 2032678 AHA_0900 AHA_0901     FALSE 0.106 127.000 0.000 NA   NA
 2032678 2032679 AHA_0901 AHA_0902     FALSE 0.244 73.000 0.000 NA   NA
 2032679 2032680 AHA_0902 AHA_0903     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 2032682 2032683 AHA_0905 AHA_0906     TRUE 0.577 29.000 0.017 1.000 N NA
 2032683 2032684 AHA_0906 AHA_0907     FALSE 0.013 323.000 0.000 NA   NA
 2032684 2032685 AHA_0907 AHA_0908     FALSE 0.063 150.000 0.000 NA   NA
 2032685 2032686 AHA_0908 AHA_0909     TRUE 0.991 5.000 0.000 0.024 Y NA
 2032686 2032687 AHA_0909 AHA_0910     TRUE 0.756 39.000 0.000 1.000 Y NA
 2032688 2032689 AHA_0911 AHA_0912   rfaH TRUE 0.830 2.000 0.000 NA   NA
 2032689 2032690 AHA_0912 AHA_0913 rfaH metQ FALSE 0.131 46.000 0.000 1.000 N NA
 2032690 2032691 AHA_0913 AHA_0914 metQ metI TRUE 0.848 26.000 0.000 1.000 Y NA
 2032691 2032692 AHA_0914 AHA_0915 metI metN TRUE 0.988 -19.000 0.440 1.000 Y NA
 2032694 2032695 AHA_0917 AHA_0918     FALSE 0.350 84.000 0.005 1.000 N NA
 2032696 2032697 AHA_0919 AHA_0920     TRUE 0.956 9.000 0.072 NA   NA
 2032697 2032698 AHA_0920 AHA_0921     TRUE 0.963 -9.000 0.276 NA   NA
 2032698 2032699 AHA_0921 AHA_0922   mutL FALSE 0.115 230.000 0.101 1.000 N NA
 2032699 2032700 AHA_0922 AHA_0923 mutL miaA TRUE 0.665 93.000 0.131 1.000 N NA
 2032700 2032701 AHA_0923 AHA_0924 miaA hfq TRUE 0.844 71.000 0.262 1.000   NA
 2032701 2032702 AHA_0924 AHA_0925 hfq   TRUE 0.896 64.000 0.407 1.000   NA
 2032702 2032703 AHA_0925 AHA_0926   hflK TRUE 0.808 92.000 0.219 1.000   NA
 2032703 2032704 AHA_0926 AHA_0927 hflK hflC TRUE 1.000 4.000 0.983 0.010 Y NA
 2032704 2032705 AHA_0927 AHA_0928 hflC   TRUE 0.819 112.000 0.375 NA   NA
 2032707 2032708 AHA_0930 AHA_0931 rplU rpmA TRUE 0.999 18.000 0.710 0.013 Y NA
 2032708 2032709 AHA_0931 AHA_0932 rpmA   FALSE 0.386 191.000 0.285 1.000   NA
 2032709 2032710 AHA_0932 AHA_0933     FALSE 0.013 395.000 0.000 1.000   NA
 2032710 1380682 AHA_0933 AHA_0934     FALSE 0.044 172.000 0.000 NA   NA
 2032711 2032712 AHA_0935 AHA_0936     FALSE 0.246 77.000 0.000 NA   NA
 2032712 2032713 AHA_0936 AHA_0937     FALSE 0.095 133.000 0.000 NA   NA
 2032714 2032715 AHA_0938 AHA_0939     FALSE 0.021 236.000 0.000 NA   NA
 2032716 2032717 AHA_0940 AHA_0941     TRUE 0.988 7.000 0.297 NA   NA
 2032717 2032718 AHA_0941 AHA_0942   ksgA TRUE 0.955 5.000 0.085 NA N NA
 2032718 2032719 AHA_0942 AHA_0943 ksgA pdxA TRUE 0.985 2.000 0.254 1.000 N NA
 2032719 2032720 AHA_0943 AHA_0944 pdxA surA TRUE 0.994 0.000 0.562 1.000 N NA
 2032720 2032721 AHA_0944 AHA_0945 surA   TRUE 0.524 31.000 0.011 1.000 N NA
 2032722 2032723 AHA_0946 AHA_0947     TRUE 0.993 -3.000 0.651 NA   NA
 2032723 2032724 AHA_0947 AHA_0948   djlA TRUE 0.895 20.000 0.128 1.000 N NA
 2032725 2032726 AHA_0949 AHA_0950     FALSE 0.010 764.000 0.000 1.000   NA
 2032727 2032728 AHA_0951 AHA_0952     TRUE 0.860 61.000 0.304 NA   NA
 2032729 2032730 AHA_0953 AHA_0954 mtnN-1   FALSE 0.020 172.000 0.000 1.000 N NA
 2032730 2032731 AHA_0954 AHA_0955     FALSE 0.039 185.000 0.000 1.000   NA
 2032731 2032732 AHA_0955 AHA_0956     FALSE 0.246 52.000 0.000 NA   NA
 2032732 2032733 AHA_0956 AHA_0957     FALSE 0.030 198.000 0.000 NA   NA
 2032734 2032735 AHA_0958 AHA_0959 xapA   TRUE 0.918 26.000 0.045 1.000 Y NA
 2032735 2032736 AHA_0959 AHA_0960   deoC-1 TRUE 0.698 63.000 0.000 1.000 Y NA
 2032736 2032737 AHA_0960 AHA_0961 deoC-1   FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032740 2032741 AHA_0964 AHA_0965 hutD   TRUE 0.987 15.000 0.195 1.000 Y NA
 2032741 2032742 AHA_0965 AHA_0966     TRUE 0.995 0.000 0.216 1.000 Y NA
 2032743 2032744 AHA_0967 AHA_0968     TRUE 0.995 -3.000 0.333 NA Y NA
 2032745 2032746 AHA_0969 AHA_0970     FALSE 0.285 40.000 0.000 NA   NA
 2032746 2032747 AHA_0970 AHA_0971     FALSE 0.237 61.000 0.000 NA   NA
 2032748 2032749 AHA_0972 AHA_0973 hgpB hcaT FALSE 0.015 289.000 0.000 NA   NA
 2032750 2032751 AHA_0974 AHA_0975     TRUE 0.810 8.000 0.000 NA   NA
 2032752 2032753 AHA_0976 AHA_0977     FALSE 0.006 373.000 0.000 1.000 N NA
 2032753 2032754 AHA_0977 AHA_0978     FALSE 0.244 73.000 0.000 NA   NA
 2032754 2032755 AHA_0978 AHA_0979     FALSE 0.401 -93.000 0.000 NA   NA
 2032756 2032757 AHA_0980 AHA_0981   crp FALSE 0.115 126.000 0.000 1.000   NA
 2032758 2032759 AHA_0982 AHA_0983     FALSE 0.248 50.000 0.000 NA   NA
 2032760 2032761 AHA_0984 AHA_0985     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 2032761 2032762 AHA_0985 AHA_0986     FALSE 0.042 176.000 0.000 NA   NA
 2032762 2032763 AHA_0986 AHA_0987     TRUE 0.965 -3.000 0.138 NA   NA
 2032763 2032764 AHA_0987 AHA_0988     TRUE 0.957 0.000 0.062 NA   NA
 2032764 2032765 AHA_0988 AHA_0989     TRUE 0.690 70.000 0.137 1.000 N NA
 2032765 2032766 AHA_0989 AHA_0990     TRUE 0.957 -7.000 0.244 1.000 N NA
 2032766 2032767 AHA_0990 AHA_0991     TRUE 0.955 -3.000 0.130 NA N NA
 2032767 2032768 AHA_0991 AHA_0992     TRUE 0.997 7.000 0.413 NA Y NA
 2032772 2032773 AHA_0995 AHA_0997     FALSE 0.469 -31.000 0.000 NA   NA
 2032773 2032774 AHA_0997 AHA_0998     FALSE 0.038 182.000 0.000 NA   NA
 2032775 2032776 AHA_0999 AHA_1000   slyD FALSE 0.069 147.000 0.000 NA   NA
 2032777 2032778 AHA_1001 AHA_1002     TRUE 0.873 15.000 0.029 NA   NA
 2032779 2032780 AHA_1003 AHA_1004 fkpA   FALSE 0.027 152.000 0.000 1.000 N NA
 2032781 2032782 AHA_1005 AHA_1006     FALSE 0.146 114.000 0.000 NA   NA
 2032782 2032783 AHA_1006 AHA_1007     FALSE 0.106 127.000 0.000 NA   NA
 2032783 2032784 AHA_1007 AHA_1008     FALSE 0.233 87.000 0.000 NA   NA
 2032784 2032785 AHA_1008 AHA_1009     FALSE 0.008 233.000 0.000 NA N NA
 2032785 2032786 AHA_1009 AHA_1010     FALSE 0.040 179.000 0.000 NA   NA
 2032787 2032788 AHA_1011 AHA_1012   dnaB FALSE 0.061 151.000 0.000 NA   NA
 2032788 2032789 AHA_1012 AHA_1013 dnaB   FALSE 0.233 67.000 0.000 NA   NA
 2032789 2032790 AHA_1013 AHA_1014     FALSE 0.233 67.000 0.000 NA   NA
 2032790 2032791 AHA_1014 AHA_1015   alr-1 FALSE 0.061 151.000 0.000 NA   NA
 2032792 2032793 AHA_1016 AHA_1017   yegQ TRUE 0.970 2.000 0.089 1.000   NA
 2032793 2032794 AHA_1017 AHA_1018 yegQ   FALSE 0.008 233.000 0.000 NA N NA
 2032795 2032796 AHA_1019 AHA_1020     FALSE 0.377 30.000 0.000 NA   NA
 2032796 2032797 AHA_1020 AHA_1021     FALSE 0.243 80.000 0.000 NA   NA
 2032797 2032798 AHA_1021 AHA_1022     TRUE 0.559 20.000 0.000 NA   NA
 1380773 1380774 AHA_1026 AHA_1027     FALSE 0.356 32.000 0.000 NA   NA
 1380774 1380775 AHA_1027 AHA_1028     FALSE 0.356 32.000 0.000 NA   NA
 2032802 2032803 AHA_1030 AHA_1031 cheB-1   TRUE 0.993 11.000 0.227 1.000 Y NA
 2032803 2032804 AHA_1031 AHA_1032   cheR-1 TRUE 0.994 11.000 0.273 1.000 Y NA
 2032804 2032805 AHA_1032 AHA_1033 cheR-1   TRUE 0.707 57.000 0.000 1.000 Y NA
 2032805 2032806 AHA_1033 AHA_1034   cheW-1 TRUE 0.980 71.000 0.286 0.020 Y NA
 2032806 2032807 AHA_1034 AHA_1035 cheW-1   TRUE 0.985 13.000 0.000 0.020 Y NA
 2032807 2032808 AHA_1035 AHA_1036   cheA-1 TRUE 0.980 16.000 0.000 0.020 Y NA
 2032808 2032809 AHA_1036 AHA_1037 cheA-1 rsbV TRUE 0.842 27.000 0.000 1.000 Y NA
 2032809 2032810 AHA_1037 AHA_1038 rsbV   TRUE 0.800 15.000 0.000 0.095   NA
 2032810 2032811 AHA_1038 AHA_1039     TRUE 0.956 10.000 0.080 1.000   NA
 2032811 2032812 AHA_1039 AHA_1040     FALSE 0.006 304.000 0.000 1.000 N NA
 2032813 2032814 AHA_1041 AHA_1042     TRUE 0.754 36.000 0.129 1.000 N NA
 2032814 2032815 AHA_1042 AHA_1043     FALSE 0.091 103.000 0.000 1.000 N NA
 2032815 2032816 AHA_1043 AHA_1044     FALSE 0.241 89.000 0.000 1.000   NA
 2032817 2032818 AHA_1045 AHA_1046     TRUE 0.873 -3.000 0.018 1.000 N NA
 2032820 2032821 AHA_1048 AHA_1049     FALSE 0.297 38.000 0.000 NA   NA
 2032821 2032822 AHA_1049 AHA_1050     FALSE 0.410 154.000 0.178 NA   NA
 2032822 2032823 AHA_1050 AHA_1051     FALSE 0.095 133.000 0.000 NA   NA
 2032823 2032824 AHA_1051 AHA_1052     FALSE 0.010 588.000 0.000 NA   NA
 2032824 2032825 AHA_1052 AHA_1053     FALSE 0.139 119.000 0.000 1.000   NA
 2032825 2032826 AHA_1053 AHA_1054     FALSE 0.011 507.000 0.000 1.000   NA
 2032826 2032827 AHA_1054 AHA_1055     FALSE 0.057 118.000 0.000 NA N NA
 2032827 2032828 AHA_1055 AHA_1056     TRUE 0.676 95.000 0.000 NA Y NA
 2032828 2032829 AHA_1056 AHA_1057     TRUE 0.990 -3.000 0.161 1.000 Y NA
 2032829 2032830 AHA_1057 AHA_1058     TRUE 0.897 36.000 0.078 NA Y NA
 2032830 2032831 AHA_1058 AHA_1059     TRUE 0.986 -3.000 0.091 NA Y NA
 2032831 2032832 AHA_1059 AHA_1060     TRUE 0.625 -7.000 0.000 NA   NA
 2032832 2032833 AHA_1060 AHA_1061     TRUE 0.915 -3.000 0.030 NA   NA
 2032836 2032837 AHA_1064 AHA_1065     FALSE 0.035 188.000 0.000 NA   NA
 2032837 2032838 AHA_1065 AHA_1066     FALSE 0.014 312.000 0.000 NA   NA
 2032838 2032839 AHA_1066 AHA_1067     FALSE 0.010 520.000 0.000 NA   NA
 2032839 2032840 AHA_1067 AHA_1068     TRUE 0.761 -3.000 0.000 NA   NA
 2032843 2032844 AHA_1071 AHA_1072     FALSE 0.011 434.000 0.000 NA   NA
 2032844 2032845 AHA_1072 AHA_1073     FALSE 0.311 -19.000 0.000 1.000 N NA
 2032846 2032847 AHA_1074 AHA_1075     TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA   NA
 2032847 2032848 AHA_1075 AHA_1076     FALSE 0.397 -97.000 0.000 NA   NA
 2032849 2032850 AHA_1077 AHA_1078     FALSE 0.009 1413.000 0.000 NA   NA
 2032850 2032851 AHA_1078 AHA_1079     FALSE 0.077 142.000 0.000 NA   NA
 2032851 2032852 AHA_1079 AHA_1080     FALSE 0.009 747.000 0.000 NA   NA
 2032852 2032853 AHA_1080 AHA_1081     TRUE 0.559 20.000 0.000 NA   NA
 2032853 2032854 AHA_1081 AHA_1082     FALSE 0.237 84.000 0.000 NA   NA
 2032854 2032855 AHA_1082 AHA_1083     TRUE 0.977 13.000 0.286 NA   NA
 2032857 2032858 AHA_1085 AHA_1086     TRUE 0.882 138.000 1.000 NA   NA
 2032858 2032859 AHA_1086 AHA_1087     TRUE 0.606 95.000 0.075 NA   NA
 2032859 1380835 AHA_1087 AHA_1088     FALSE 0.021 236.000 0.000 NA   NA
 1380835 2032860 AHA_1088 AHA_1089     FALSE 0.247 51.000 0.000 NA   NA
 2032861 2032862 AHA_1090 AHA_1091     TRUE 0.962 16.000 0.213 NA   NA
 2032863 2032864 AHA_1092 AHA_1093 pheA   FALSE 0.121 122.000 0.000 NA   NA
 2032865 2032866 AHA_1094 AHA_1095     FALSE 0.424 26.000 0.000 NA   NA
 2032866 2032867 AHA_1095 AHA_1096     FALSE 0.255 46.000 0.000 NA   NA
 2032867 2032868 AHA_1096 AHA_1097     FALSE 0.215 96.000 0.000 NA   NA
 2032868 2032869 AHA_1097 AHA_1098     FALSE 0.037 185.000 0.000 NA   NA
 2032869 2032870 AHA_1098 AHA_1099     FALSE 0.044 173.000 0.000 NA   NA
 2032870 2032871 AHA_1099 AHA_1100     FALSE 0.233 64.000 0.000 NA   NA
 2032871 2032872 AHA_1100 AHA_1101   phrB TRUE 0.899 -3.000 0.039 1.000 N NA
 2032872 2032873 AHA_1101 AHA_1102 phrB   TRUE 0.962 2.000 0.069 NA   NA
 2032873 2032874 AHA_1102 AHA_1103     TRUE 0.992 -3.000 0.508 NA   NA
 2032874 2032875 AHA_1103 AHA_1104     TRUE 0.993 -3.000 0.260 0.027   NA
 2032875 2032876 AHA_1104 AHA_1105     TRUE 0.995 -3.000 0.864 NA   NA
 2032876 2032877 AHA_1105 AHA_1106     TRUE 0.996 0.000 0.684 NA   NA
 2032877 2032878 AHA_1106 AHA_1107     FALSE 0.010 479.000 0.000 NA   NA
 2032878 2032879 AHA_1107 AHA_1108     TRUE 0.628 17.000 0.000 NA   NA
 2032879 2032880 AHA_1108 AHA_1109     TRUE 0.992 0.000 0.374 NA   NA
 2032880 2032881 AHA_1109 AHA_1110     FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 2032881 2032882 AHA_1110 AHA_1111     FALSE 0.006 328.000 0.000 1.000 N NA
 2032882 2032883 AHA_1111 AHA_1112     TRUE 0.967 115.000 0.304 0.017 Y NA
 2032883 2032884 AHA_1112 AHA_1113   galE-1 FALSE 0.118 86.000 0.000 1.000 N NA
 2032886 1380863 AHA_1115 AHA_1116     FALSE 0.246 77.000 0.000 NA   NA
 1380863 2032887 AHA_1116 AHA_1117     FALSE 0.010 538.000 0.000 NA   NA
 2032887 2032888 AHA_1117 AHA_1118     FALSE 0.022 231.000 0.000 NA   NA
 2032888 2032889 AHA_1118 AHA_1119     FALSE 0.273 479.000 0.500 NA   NA
 2032889 2032890 AHA_1119 AHA_1120     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 2032890 2032891 AHA_1120 AHA_1121     TRUE 0.985 0.000 0.222 NA   NA
 2032891 2032892 AHA_1121 AHA_1122     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2032892 2032893 AHA_1122 AHA_1123     FALSE 0.043 175.000 0.000 NA   NA
 2032895 2032896 AHA_1125 AHA_1126 budA alsS TRUE 0.921 28.000 0.311 1.000 N NA
 2032897 2032898 AHA_1127 AHA_1128   panE TRUE 0.818 34.000 0.141 NA   NA
 2032900 2032901 AHA_1130 AHA_1131     FALSE 0.057 157.000 0.000 NA   NA
 2032901 2032902 AHA_1131 AHA_1132     FALSE 0.010 531.000 0.000 NA   NA
 2032902 2032903 AHA_1132 AHA_1133     TRUE 0.961 16.000 0.250 NA N NA
 2032903 2032904 AHA_1133 AHA_1134     TRUE 0.918 25.000 0.270 NA N NA
 2032905 2032906 AHA_1135 AHA_1136   nqrA FALSE 0.004 442.000 0.000 NA N NA
 2032906 2032907 AHA_1136 AHA_1137 nqrA nqrB TRUE 1.000 4.000 0.419 0.002 Y NA
 2032907 2032908 AHA_1137 AHA_1138 nqrB nqrC TRUE 0.998 -10.000 0.333 0.002 Y NA
 2032908 2032909 AHA_1138 AHA_1139 nqrC nqrD TRUE 0.999 -7.000 0.952 0.002 Y NA
 2032909 2032910 AHA_1139 AHA_1140 nqrD nqrE-1 TRUE 0.997 4.000 0.024 0.002 Y NA
 2032910 2032911 AHA_1140 AHA_1141 nqrE-1 nqrF TRUE 0.993 18.000 0.043 0.002 Y NA
 2032911 2032912 AHA_1141 AHA_1142 nqrF   TRUE 0.994 4.000 0.556 1.000 N NA
 2032912 2032913 AHA_1142 AHA_1143     TRUE 0.990 12.000 0.500 NA   NA
 2032915 2032916 AHA_1145 AHA_1146 dinB   FALSE 0.119 69.000 0.000 1.000 N NA
 2032916 2032917 AHA_1146 AHA_1147   gcvA FALSE 0.007 284.000 0.000 1.000 N NA
 2032917 2032918 AHA_1147 AHA_1148 gcvA   TRUE 0.625 -7.000 0.000 NA   NA