VIMSS Operon Predictions for Acidovorax avenae subsp. citrulli AAC00-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 2085489 2085490 Aave_0001 Aave_0002 TRUE 0.915 160 858.953
 2085490 2085491 Aave_0002 Aave_0003 TRUE 0.978 74 136.585
 2085492 2085493 Aave_0004 Aave_0005 TRUE 0.834 0 0
 2085493 2085494 Aave_0005 Aave_0006 FALSE 0.363 86 0
 2085494 2085495 Aave_0006 Aave_0007 FALSE 0.087 223 0
 2085496 2085497 Aave_0008 Aave_0009 FALSE 0.127 173 -1.8
 2085497 2085498 Aave_0009 Aave_0010 FALSE 0.147 71 -3.275
 2085498 2085499 Aave_0010 Aave_0011 FALSE 0.025 265 -1.923
 2085501 2085502 Aave_0013 Aave_0014 FALSE 0.063 170 -3.194
 2085502 2085503 Aave_0014 Aave_0015 TRUE 0.617 39 -1.923
 2085503 2085504 Aave_0015 Aave_0016 TRUE 0.578 45 -0.423
 2085505 2085506 Aave_0017 Aave_0018 FALSE 0.084 209 0
 2085507 2085508 Aave_0019 Aave_0020 FALSE 0.043 172 -4.131
 2085508 2085509 Aave_0020 Aave_0021 FALSE 0.431 81 0.158
 2085509 2085510 Aave_0021 Aave_0022 FALSE 0.046 238 0
 2085511 2085512 Aave_0023 Aave_0024 FALSE 0.153 117 -0.629
 2085513 2085514 Aave_0025 Aave_0026 FALSE 0.322 55 -8.234
 2085517 2085518 Aave_0029 Aave_0030 TRUE 0.774 36 0
 2085518 2085519 Aave_0030 Aave_0031 FALSE 0.418 77 0
 2085519 2085520 Aave_0031 Aave_0032 FALSE 0.039 115 -7.868
 2085520 2085521 Aave_0032 Aave_0033 TRUE 0.714 77 10.548
 2085522 2085523 Aave_0034 Aave_0035 FALSE 0.098 104 -0.599
 2085524 2085525 Aave_0036 Aave_0037 TRUE 0.945 -12 3.962
 2085525 2085526 Aave_0037 Aave_0038 FALSE 0.05 273 0
 2085526 2085527 Aave_0038 Aave_0039 TRUE 0.982 -3 44.754
 2085527 2085528 Aave_0039 Aave_0040 TRUE 0.869 73 6.36
 2085529 2085530 Aave_0041 Aave_0042 TRUE 0.961 -3 0
 2085531 2085532 Aave_0043 Aave_0044 FALSE 0.142 170 0
 2085533 2085534 Aave_0045 Aave_0046 TRUE 0.545 59 0
 2085534 2085535 Aave_0046 Aave_0047 TRUE 0.996 -13 174.678
 2085536 2085537 Aave_0048 Aave_0049 FALSE 0.178 104 -3.413
 2085537 2085538 Aave_0049 Aave_0050 TRUE 0.721 7 -1.347
 2085539 2085540 Aave_0051 Aave_0052 TRUE 0.994 -3 557.497
 2085540 2085541 Aave_0052 Aave_0053 FALSE 0.358 30 -11.001
 2085541 2085542 Aave_0053 Aave_0054 FALSE 0.218 46 -8.706
 2085542 2085543 Aave_0054 Aave_0055 TRUE 0.897 15 0.933
 2085543 2085544 Aave_0055 Aave_0056 TRUE 0.892 30 0.846
 2085545 2085546 Aave_0057 Aave_0058 TRUE 0.757 11 -0.202
 2085546 2085547 Aave_0058 Aave_0059 TRUE 0.975 -3 16.655
 2085547 2085548 Aave_0059 Aave_0060 TRUE 0.949 0 14.737
 2085548 2085549 Aave_0060 Aave_0061 TRUE 0.794 52 2.03
 2085549 2085550 Aave_0061 Aave_0062 TRUE 0.898 13 2.03
 2085550 2085551 Aave_0062 Aave_0063 TRUE 0.907 73 139.346
 2085551 2085552 Aave_0063 Aave_0064 TRUE 0.981 -6 49.767
 2085553 2085554 Aave_0065 Aave_0066 FALSE 0.201 116 0.409
 2085556 2085557 Aave_0068 Aave_0069 TRUE 0.879 -3 0
 2085557 2085558 Aave_0069 Aave_0070 TRUE 0.879 -3 0
 2085558 2085559 Aave_0070 Aave_0071 TRUE 0.994 8 128.005
 2085559 2085560 Aave_0071 Aave_0072 TRUE 0.997 3 140.139
 2085560 2085561 Aave_0072 Aave_0073 TRUE 0.996 -3 76.898
 2085561 2085562 Aave_0073 Aave_0074 TRUE 0.982 -3 8.043
 2085562 2085563 Aave_0074 Aave_0075 TRUE 0.972 -3 5.16
 2085563 2085564 Aave_0075 Aave_0076 TRUE 0.524 56 -0.392
 2085564 2085565 Aave_0076 Aave_0077 TRUE 0.62 46 -0.957
 2085565 2085566 Aave_0077 Aave_0078 TRUE 0.835 -3 0.891
 2085567 2085568 Aave_0079 Aave_0080 TRUE 0.827 17 0
 2085568 2085569 Aave_0080 Aave_0081 FALSE 0.142 123 -0.757
 2085569 2085570 Aave_0081 Aave_0082 FALSE 0.339 58 -4.176
 2085571 2085572 Aave_0083 Aave_0084 TRUE 0.696 44 0
 2085572 2085573 Aave_0084 Aave_0085 FALSE 0.022 888 0
 2085574 2085575 Aave_0086 Aave_0087 FALSE 0.171 155 0
 2085575 2085576 Aave_0087 Aave_0088 TRUE 0.758 38 0
 2085576 2085577 Aave_0088 Aave_0089 FALSE 0.039 345 0
 2085577 2085578 Aave_0089 Aave_0090 FALSE 0.069 250 0
 2085578 2085579 Aave_0090 Aave_0091 FALSE 0.021 2338 0
 2085580 2085581 Aave_0092 Aave_0093 TRUE 0.82 15 0
 2085582 2085583 Aave_0094 Aave_0095 TRUE 0.86 -3 -0.113
 2085583 2085584 Aave_0095 Aave_0096 FALSE 0.055 282 0
 2085584 2085585 Aave_0096 Aave_0097 FALSE 0.127 179 0
 2085587 2085588 Aave_0099 Aave_0100 FALSE 0.05 104 -10.642
 2085592 2085593 Aave_0104 Aave_0105 FALSE 0.099 160 0
 2085593 2085594 Aave_0105 Aave_0106 TRUE 0.764 27 -0.551
 2085594 2085595 Aave_0106 Aave_0107 FALSE 0.334 84 -0.176
 2085599 2085600 Aave_0111 Aave_0112 TRUE 0.993 36 141.523
 2085600 2085601 Aave_0112 Aave_0113 FALSE 0.053 131 -2.42
 2085604 2085605 Aave_0116 Aave_0117 FALSE 0.031 290 0
 2085605 2085606 Aave_0117 Aave_0118 FALSE 0.231 116 0
 2085606 2085607 Aave_0118 Aave_0119 TRUE 0.537 76 0.158
 2085608 2085609 Aave_0120 Aave_0121 TRUE 0.93 62 51.909
 2085610 2085611 Aave_0122 Aave_0123 FALSE 0.062 100 -5.615
 2085611 2085612 Aave_0123 Aave_0124 FALSE 0.008 338 -3.735
 2085612 2085613 Aave_0124 Aave_0125 TRUE 0.993 40 406.744
 2085613 2085614 Aave_0125 Aave_0126 TRUE 0.997 4 578.213
 2085616 2085617 Aave_0128 Aave_0129 TRUE 0.811 0 0
 2085618 2085619 Aave_0130 Aave_0131 TRUE 0.677 45 -0.097
 2085620 2085621 Aave_0132 Aave_0133 TRUE 0.543 101 -3.718
 2085622 2085623 Aave_0134 Aave_0135 FALSE 0.268 123 0.156
 2085623 2085624 Aave_0135 Aave_0136 TRUE 0.753 -3 -2.044
 2085626 2085627 Aave_0138 Aave_0139 FALSE 0.019 267 -15.027
 2085627 2085628 Aave_0139 Aave_0140 FALSE 0.349 88 0
 2085628 2085629 Aave_0140 Aave_0141 FALSE 0.213 123 0
 2085629 2085630 Aave_0141 Aave_0142 FALSE 0.047 109 -9.269
 2085630 2085631 Aave_0142 Aave_0143 FALSE 0.387 82 0
 2085631 2085632 Aave_0143 Aave_0144 FALSE 0.034 407 0
 2085632 2085633 Aave_0144 Aave_0145 FALSE 0.109 82 -4.022
 2085634 2085635 Aave_0146 Aave_0147 TRUE 0.734 164 48.335
 2085635 2085636 Aave_0147 Aave_0148 TRUE 0.941 16 22.726
 2085636 2085637 Aave_0148 Aave_0149 FALSE 0.249 106 2.986
 2085637 2085638 Aave_0149 Aave_0150 TRUE 0.509 12 -1.727
 2085639 2085640 Aave_0151 Aave_0152 TRUE 0.954 -3 -2.671
 2085641 2085642 Aave_0153 Aave_0154 FALSE 0.192 104 -0.825
 2085642 2085643 Aave_0154 Aave_0155 TRUE 0.722 42 0
 2085643 2085644 Aave_0155 Aave_0156 FALSE 0.024 675 0
 2085644 2085645 Aave_0156 Aave_0157 TRUE 0.767 28 -0.043
 2085645 2085646 Aave_0157 Aave_0158 TRUE 0.985 -3 41.545
 2085646 2085647 Aave_0158 Aave_0159 TRUE 0.965 23 14.883
 2085647 2085648 Aave_0159 Aave_0160 TRUE 0.817 3 0
 2085648 2085649 Aave_0160 Aave_0161 TRUE 0.966 15 44.465
 2085649 2085650 Aave_0161 Aave_0162 TRUE 0.808 -3 -1.086
 2085652 2085653 Aave_0164 Aave_0165 TRUE 0.949 23 4.184
 2085653 2085654 Aave_0165 Aave_0166 TRUE 0.984 5 57.064
 2085654 2085655 Aave_0166 Aave_0167 TRUE 0.954 12 27.36
 2085656 2085657 Aave_0168 Aave_0169 FALSE 0.028 338 -0.606
 2085657 2085658 Aave_0169 Aave_0170 FALSE 0.191 143 0
 2085658 2085659 Aave_0170 Aave_0171 TRUE 0.774 36 0
 2085659 2085660 Aave_0171 Aave_0172 FALSE 0.442 162 15.336
 2085660 2085661 Aave_0172 Aave_0173 TRUE 0.991 -15 17.908
 2085661 2085662 Aave_0173 Aave_0174 FALSE 0.234 77 -0.803
 2085662 2085663 Aave_0174 Aave_0175 FALSE 0.059 154 -0.475
 2085663 2085664 Aave_0175 Aave_0176 TRUE 0.841 27 0.266
 2085664 2085665 Aave_0176 Aave_0177 TRUE 0.764 0 -0.401
 2085665 2085666 Aave_0177 Aave_0178 TRUE 0.919 -3 0.122
 2085666 2085667 Aave_0178 Aave_0179 TRUE 0.792 29 0
 2085667 2085668 Aave_0179 Aave_0180 FALSE 0.089 201 0
 2085670 2085671 Aave_0182 Aave_0183 TRUE 0.948 47 0
 2085672 2085673 Aave_0184 Aave_0185 TRUE 0.729 12 -0.86
 2085673 2085674 Aave_0185 Aave_0186 FALSE 0.162 148 0
 2085674 2085675 Aave_0186 Aave_0187 FALSE 0.145 119 -0.909
 2085676 2085677 Aave_0188 Aave_0189 FALSE 0.198 136 0
 2085677 2085678 Aave_0189 Aave_0190 FALSE 0.126 181 0
 2085678 2085679 Aave_0190 Aave_0191 FALSE 0.161 98 -7.365
 2085679 2085680 Aave_0191 Aave_0192 FALSE 0.089 107 -0.983
 2085680 2085681 Aave_0192 Aave_0193 FALSE 0.07 249 0
 2085681 2085682 Aave_0193 Aave_0194 TRUE 0.879 -3 0
 2085682 2085683 Aave_0194 Aave_0195 FALSE 0.174 153 0
 2085685 2085686 Aave_0197 Aave_0198 TRUE 0.711 0 -3.603
 2085687 2085688 Aave_0199 Aave_0200 TRUE 0.527 64 2.713
 2085688 2085689 Aave_0200 Aave_0201 FALSE 0.18 130 0
 2085690 2085691 Aave_0202 Aave_0203 TRUE 0.663 47 0
 2085691 2085692 Aave_0203 Aave_0204 TRUE 0.663 47 0
 2085693 2085694 Aave_0205 Aave_0206 TRUE 0.939 0 -0.194
 2085695 2085696 Aave_0207 Aave_0208 TRUE 0.828 -3 -4.553
 2085696 2085697 Aave_0208 Aave_0209 TRUE 0.994 -13 73.089
 2085697 2085698 Aave_0209 Aave_0210 TRUE 0.997 -3 87.719
 2085698 2085699 Aave_0210 Aave_0211 TRUE 0.964 57 79.711
 2085699 2085700 Aave_0211 Aave_0212 TRUE 0.892 -3 3.563
 2085701 2085702 Aave_0213 Aave_0214 FALSE 0.059 198 -2.18
 2085702 2085703 Aave_0214 Aave_0215 FALSE 0.149 166 0
 2085705 2085706 Aave_0217 Aave_0218 FALSE 0.052 288 0
 2085706 2085707 Aave_0218 Aave_0219 FALSE 0.484 68 0
 2085712 2085713 Aave_0224 Aave_0225 FALSE 0.01 234 -13.632
 2085715 2085716 Aave_0227 Aave_0228 FALSE 0.156 151 0
 2085717 2085718 Aave_0229 Aave_0230 TRUE 0.989 31 150.041
 2085720 2085721 Aave_0232 Aave_0233 TRUE 0.86 53 7.071
 2085721 2085722 Aave_0233 Aave_0234 FALSE 0.059 269 0
 2085722 2085723 Aave_0234 Aave_0235 FALSE 0.028 526 0
 2085724 2085725 Aave_0236 Aave_0237 TRUE 0.879 -3 0
 2085725 2085726 Aave_0237 Aave_0238 TRUE 0.827 17 0
 2085726 2085727 Aave_0238 Aave_0239 FALSE 0.022 946 0
 2085727 2085728 Aave_0239 Aave_0240 FALSE 0.427 76 0
 2085728 2085729 Aave_0240 Aave_0241 TRUE 0.672 46 0
 2085730 2085731 Aave_0242 Aave_0243 TRUE 0.695 9 -3.58
 2085731 2085732 Aave_0243 Aave_0244 TRUE 0.516 46 -4.109
 2085732 2085733 Aave_0244 Aave_0245 FALSE 0.093 163 -1.423
 2085733 2085734 Aave_0245 Aave_0246 FALSE 0.071 246 0
 2085734 2085735 Aave_0246 Aave_0247 TRUE 0.829 26 0
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