VIMSS Operon Predictions for Caldivirga maquilingensis IC-167

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 3203841 3203842 CmaqDRAFT_0004 CmaqDRAFT_0005 FALSE 0.049 61 0
 3203842 3203843 CmaqDRAFT_0005 CmaqDRAFT_0006 FALSE 0.011 97 -5.213
 3203845 3203846 CmaqDRAFT_0008 CmaqDRAFT_0009 TRUE 0.974 9 39.922
 3203848 3203849 CmaqDRAFT_R0001 CmaqDRAFT_0011 FALSE 0.058 90 0
 3203849 3203850 CmaqDRAFT_0011 CmaqDRAFT_0012 FALSE 0.048 64 0
 3203851 3203852 CmaqDRAFT_0013 CmaqDRAFT_0014 FALSE 0.006 70 -0.671
 3203853 3203854 CmaqDRAFT_0015 CmaqDRAFT_0017 FALSE 0.38 79 7.321
 3203856 3203857 CmaqDRAFT_0018 CmaqDRAFT_0019 TRUE 0.996 2 139.266
 3203857 3203858 CmaqDRAFT_0019 CmaqDRAFT_0020 TRUE 0.997 0 11.178
 3203858 3203859 CmaqDRAFT_0020 CmaqDRAFT_0021 FALSE 0.049 70 0
 3203860 3203861 CmaqDRAFT_0022 CmaqDRAFT_0023 FALSE 0.087 118 -5.387
 3203862 3203863 CmaqDRAFT_0024 CmaqDRAFT_R0002 FALSE 0.049 71 0
 3203867 3203868 CmaqDRAFT_0028 CmaqDRAFT_0030 FALSE 0.049 61 0
 3203871 3203872 CmaqDRAFT_0031 CmaqDRAFT_0033 TRUE 0.988 -19 4.797
 3203872 3203873 CmaqDRAFT_0033 CmaqDRAFT_0034 FALSE 0.002 99 -0.285
 3203873 3203874 CmaqDRAFT_0034 CmaqDRAFT_0035 FALSE 0.01 312 -0.514
 3203874 3203875 CmaqDRAFT_0035 CmaqDRAFT_0036 FALSE 0.009 322 -0.486
 3203877 3203878 CmaqDRAFT_0038 CmaqDRAFT_0039 FALSE 0.006 126 -0.341
 3203878 3203879 CmaqDRAFT_0039 CmaqDRAFT_0040 TRUE 0.998 -3 1289.956
 3203879 3203880 CmaqDRAFT_0040 CmaqDRAFT_0041 FALSE 0.002 58 -0.691
 3203880 3203881 CmaqDRAFT_0041 CmaqDRAFT_0042 FALSE 0.011 117 -0.028
 3203882 3203883 CmaqDRAFT_0043 CmaqDRAFT_0044 FALSE 0.007 130 -0.883
 3203883 3203884 CmaqDRAFT_0044 CmaqDRAFT_0045 FALSE 0.004 157 -0.162
 3203885 3203886 CmaqDRAFT_0046 CmaqDRAFT_0047 FALSE 0.132 590 0
 3203888 3203889 CmaqDRAFT_0049 CmaqDRAFT_0050 TRUE 0.984 -37 42.98
 3203891 3203892 CmaqDRAFT_0051 CmaqDRAFT_0053 FALSE 0.051 56 0
 3203892 3203893 CmaqDRAFT_0053 CmaqDRAFT_0054 TRUE 0.952 1 0
 3203893 3203894 CmaqDRAFT_0054 CmaqDRAFT_0055 FALSE 0.003 73 -0.165
 3203895 3203896 CmaqDRAFT_0056 CmaqDRAFT_0057 FALSE 0.01 33 -0.527
 3203896 3203897 CmaqDRAFT_0057 CmaqDRAFT_0058 TRUE 0.543 99 25.008
 3203897 3203898 CmaqDRAFT_0058 CmaqDRAFT_0059 FALSE 0.024 367 -0.991
 3203899 3203900 CmaqDRAFT_0060 CmaqDRAFT_0061 FALSE 0.048 64 0
 3203900 3203901 CmaqDRAFT_0061 CmaqDRAFT_R0040 FALSE 0.131 364 0
 3305506 3317399 TRUE 0.952 1 0
 3317399 3305507 TRUE 0.952 1 0
 3305507 3317400 TRUE 0.952 1 0
 3317400 3305508 TRUE 0.952 1 0
 3305508 3317401 TRUE 0.952 1 0
 3317401 3305509 TRUE 0.952 1 0
 3305509 3317402 TRUE 0.952 1 0
 3317402 3305510 TRUE 0.952 1 0
 3305510 3317403 TRUE 0.952 1 0
 3317403 3305511 TRUE 0.952 1 0
 3305511 3317404 TRUE 0.952 1 0
 3317404 3305512 TRUE 0.952 1 0
 3305512 3317405 TRUE 0.952 1 0
 3317405 3305513 TRUE 0.952 1 0
 3305513 3333635 TRUE 0.952 1 0
 3333635 3332581 TRUE 0.952 1 0
 3332581 3203904 CmaqDRAFT_0064 FALSE 0.129 285 0
 3203905 3203906 CmaqDRAFT_R0039 CmaqDRAFT_0065 FALSE 0.056 86 0
 3203906 3203907 CmaqDRAFT_0065 CmaqDRAFT_0066 FALSE 0.005 73 -0.073
 3203907 3203908 CmaqDRAFT_0066 CmaqDRAFT_0067 FALSE 0.004 90 -0.256
 3203908 3203909 CmaqDRAFT_0067 CmaqDRAFT_0068 TRUE 0.93 -7 0
 3203909 3203910 CmaqDRAFT_0068 CmaqDRAFT_0069 TRUE 0.951 -3 0
 3203910 3203911 CmaqDRAFT_0069 CmaqDRAFT_0070 TRUE 0.936 3 0
 3203911 3203912 CmaqDRAFT_0070 CmaqDRAFT_0071 FALSE 0.054 88 0
 3203912 3203913 CmaqDRAFT_0071 CmaqDRAFT_0072 FALSE 0.052 90 0
 3203915 3203916 CmaqDRAFT_0074 CmaqDRAFT_0075 FALSE 0.028 351 -2.947
 3203918 3203919 CmaqDRAFT_0077 CmaqDRAFT_0078 FALSE 0.095 43 0
 3203920 3203921 CmaqDRAFT_0079 CmaqDRAFT_0080 FALSE 0.064 99 0
 3203922 3203923 CmaqDRAFT_0081 CmaqDRAFT_R0038 FALSE 0.136 38 0
 3203923 3203924 CmaqDRAFT_R0038 CmaqDRAFT_R0038 TRUE 0.718 -117 0
 3203926 3203927 CmaqDRAFT_0083 CmaqDRAFT_0084 FALSE 0.047 66 0
 3203927 3203928 CmaqDRAFT_0084 CmaqDRAFT_0085 TRUE 0.659 -7 -0.024
 3203928 3203929 CmaqDRAFT_0085 CmaqDRAFT_0086 FALSE 0.05 57 0
 3203929 3203930 CmaqDRAFT_0086 CmaqDRAFT_0087 FALSE 0.125 247 0
 3203930 3203931 CmaqDRAFT_0087 CmaqDRAFT_0088 TRUE 0.769 182 87.066
 3203931 3203932 CmaqDRAFT_0088 CmaqDRAFT_0089 TRUE 0.997 -3 46.414
 3203933 3203934 CmaqDRAFT_0090 CmaqDRAFT_0091 TRUE 0.995 -3 2.44
 3203934 3203935 CmaqDRAFT_0091 CmaqDRAFT_0092 TRUE 0.992 -7 2.44
 3203935 3203936 CmaqDRAFT_0092 CmaqDRAFT_0094 FALSE 0.149 130 -25.498
 3203940 3203941 CmaqDRAFT_0097 CmaqDRAFT_R0003 FALSE 0.055 85 0
 3203943 3203944 CmaqDRAFT_0099 CmaqDRAFT_0100 FALSE 0.061 103 0
 3203944 3203945 CmaqDRAFT_0100 CmaqDRAFT_R0004 FALSE 0.063 50 0
 3203946 3203947 CmaqDRAFT_0101 CmaqDRAFT_0102 FALSE 0.089 131 0
 3203947 3203948 CmaqDRAFT_0102 CmaqDRAFT_0103 TRUE 0.992 -13 16.042
 3203948 3203949 CmaqDRAFT_0103 CmaqDRAFT_0104 TRUE 0.96 11 22.79
 3203950 3203951 CmaqDRAFT_0105 CmaqDRAFT_0106 FALSE 0.095 43 0
 3203951 3203952 CmaqDRAFT_0106 CmaqDRAFT_0107 FALSE 0.004 65 -0.053
 3203954 3203955 CmaqDRAFT_0109 CmaqDRAFT_0110 FALSE 0.004 116 -0.086
 3203955 3203956 CmaqDRAFT_0110 CmaqDRAFT_0112 FALSE 0.002 68 -0.287
 3203959 3203960 CmaqDRAFT_0114 CmaqDRAFT_0115 FALSE 0.007 79 -2.372
 3203960 3203961 CmaqDRAFT_0115 CmaqDRAFT_0116 FALSE 0.002 70 -0.166
 3203961 3203962 CmaqDRAFT_0116 CmaqDRAFT_0117 FALSE 0.021 38 -0.03
 3203963 3203964 CmaqDRAFT_0118 CmaqDRAFT_0119 TRUE 0.998 -3 46.223
 3203964 3203965 CmaqDRAFT_0119 CmaqDRAFT_0120 TRUE 0.978 7 14.563
 3203965 3203966 CmaqDRAFT_0120 CmaqDRAFT_0122 FALSE 0.035 13 -0.126
 3203973 3203974 CmaqDRAFT_0128 CmaqDRAFT_0129 FALSE 0.063 50 0
 3203974 3203975 CmaqDRAFT_0129 CmaqDRAFT_0130 TRUE 0.93 -7 0
 3203975 3203976 CmaqDRAFT_0130 CmaqDRAFT_0131 FALSE 0.011 41 -0.084
 3203976 3203977 CmaqDRAFT_0131 CmaqDRAFT_0132 FALSE 0.006 74 -0.023
 3203978 3203979 CmaqDRAFT_0133 CmaqDRAFT_0134 FALSE 0.004 153 -0.249
 3203981 3203982 CmaqDRAFT_0136 CmaqDRAFT_0138 FALSE 0.003 48 -0.102
 3203983 3203984 CmaqDRAFT_0137 CmaqDRAFT_0139 TRUE 0.955 0 0
 3203984 3203985 CmaqDRAFT_0139 CmaqDRAFT_0140 FALSE 0.097 128 -0.657
 3203985 3203986 CmaqDRAFT_0140 CmaqDRAFT_0141 FALSE 0.006 68 -1.34
 3203986 3203987 CmaqDRAFT_0141 CmaqDRAFT_0142 FALSE 0.083 123 0
 3203989 3203990 CmaqDRAFT_0144 CmaqDRAFT_0145 TRUE 0.831 -22 0
 3203991 3203992 CmaqDRAFT_0146 CmaqDRAFT_0147 FALSE 0.118 198 0
 3203995 3203996 CmaqDRAFT_0150 CmaqDRAFT_R0037 FALSE 0.08 120 0
 3203999 3204000 CmaqDRAFT_0153 CmaqDRAFT_0154 FALSE 0.007 49 -0.073
 3204000 3204001 CmaqDRAFT_0154 CmaqDRAFT_0155 FALSE 0.09 132 0
 3204002 3204003 CmaqDRAFT_0156 CmaqDRAFT_0157 TRUE 0.953 10 3.356
 3204004 3204005 CmaqDRAFT_0158 CmaqDRAFT_0159 FALSE 0.086 127 0
 3204006 3204007 CmaqDRAFT_0160 CmaqDRAFT_0161 FALSE 0.125 249 0
 3204008 3204009 CmaqDRAFT_0162 CmaqDRAFT_0163 TRUE 0.995 2 17.567
 3204010 3204011 CmaqDRAFT_0164 CmaqDRAFT_0165 FALSE 0.107 161 0
 3204011 3204012 CmaqDRAFT_0165 CmaqDRAFT_0166 FALSE 0.049 59 0
 3204014 3204015 CmaqDRAFT_0168 CmaqDRAFT_0169 TRUE 0.991 -16 35.305
 3204015 3204016 CmaqDRAFT_0169 CmaqDRAFT_0170 FALSE 0.124 314 0
 3204018 3204019 CmaqDRAFT_0172 CmaqDRAFT_0173 TRUE 0.973 10 207.269
 3204019 3204020 CmaqDRAFT_0173 CmaqDRAFT_0174 FALSE 0.015 246 -1.321
 3204020 3204021 CmaqDRAFT_0174 CmaqDRAFT_0175 TRUE 0.992 -18 55.176
 3204021 3204022 CmaqDRAFT_0175 CmaqDRAFT_0176 FALSE 0.003 119 -0.461
 3204022 3204023 CmaqDRAFT_0176 CmaqDRAFT_0177 FALSE 0.116 281 0
 3204023 3204024 CmaqDRAFT_0177 CmaqDRAFT_0178 FALSE 0.113 243 0
 3204024 3204025 CmaqDRAFT_0178 CmaqDRAFT_0179 TRUE 0.996 -3 10.518
 3204026 3204027 CmaqDRAFT_0180 CmaqDRAFT_0181 FALSE 0.067 103 0
 3204027 3204028 CmaqDRAFT_0181 CmaqDRAFT_0182 FALSE 0.013 191 -0.498
 3204029 3204030 CmaqDRAFT_0183 CmaqDRAFT_0184 TRUE 0.995 -13 83.482
 3204030 3204031 CmaqDRAFT_0184 CmaqDRAFT_0185 FALSE 0.127 275 0
 3204031 3204032 CmaqDRAFT_0185 CmaqDRAFT_0186 FALSE 0.27 31 0
 3204036 3204037 CmaqDRAFT_0190 CmaqDRAFT_0191 TRUE 0.981 6 2.644
 3204039 3204040 CmaqDRAFT_0193 CmaqDRAFT_0194 FALSE 0.057 52 0
 3204043 3204044 CmaqDRAFT_0197 CmaqDRAFT_0198 FALSE 0.004 64 -0.053
 3204045 3204046 CmaqDRAFT_0199 CmaqDRAFT_0200 TRUE 0.517 -10 -0.067
 3204047 3204048 CmaqDRAFT_0201 CmaqDRAFT_0202 FALSE 0.429 -13 -1.082
 3204050 3204051 CmaqDRAFT_0204 CmaqDRAFT_0205 TRUE 0.998 -3 991.474
 3204051 3204052 CmaqDRAFT_0205 CmaqDRAFT_0206 TRUE 0.978 -3 -7.66
 3204052 3204053 CmaqDRAFT_0206 CmaqDRAFT_0207 TRUE 0.994 -13 174.798
 3204053 3204054 CmaqDRAFT_0207 CmaqDRAFT_0208 TRUE 0.992 -16 42.581
 3204054 3204055 CmaqDRAFT_0208 CmaqDRAFT_0209 TRUE 0.996 -12 406.074
 3204057 3204058 CmaqDRAFT_0211 CmaqDRAFT_0212 FALSE 0.019 140 -1.209
 3204058 3204059 CmaqDRAFT_0212 CmaqDRAFT_0213 TRUE 0.894 4 0
 3204059 3204060 CmaqDRAFT_0213 CmaqDRAFT_R0005 FALSE 0.09 44 0
 3204063 3204064 CmaqDRAFT_0216 CmaqDRAFT_0217 FALSE 0.097 143 0
 3204064 3204065 CmaqDRAFT_0217 CmaqDRAFT_0218 FALSE 0.128 283 0
 3204065 3204066 CmaqDRAFT_0218 CmaqDRAFT_0219 TRUE 0.991 6 185.376
 3204066 3204067 CmaqDRAFT_0219 CmaqDRAFT_0220 TRUE 0.938 14 11.812
 3204067 3204068 CmaqDRAFT_0220 CmaqDRAFT_0221 FALSE 0.132 510 0
 3204068 3204069 CmaqDRAFT_0221 CmaqDRAFT_0222 FALSE 0.202 248 0
 3204069 3204070 CmaqDRAFT_0222 CmaqDRAFT_0223 TRUE 0.948 3 0
 3204070 3204071 CmaqDRAFT_0223 CmaqDRAFT_0224 FALSE 0.373 24 0
 3204073 3204074 CmaqDRAFT_0226 CmaqDRAFT_0227 FALSE 0.048 68 0
 3204074 3204075 CmaqDRAFT_0227 CmaqDRAFT_0228 FALSE 0.051 56 0
 3204076 3204077 CmaqDRAFT_0229 CmaqDRAFT_0230 FALSE 0.047 65 0
 3204078 3204079 CmaqDRAFT_0231 CmaqDRAFT_0232 FALSE 0.12 211 0
 3204081 3204082 CmaqDRAFT_0234 CmaqDRAFT_0235 FALSE 0.006 56 -0.525
 3204084 3204085 CmaqDRAFT_0237 CmaqDRAFT_0238 FALSE 0.009 508 -0.3
 3204085 3204086 CmaqDRAFT_0238 CmaqDRAFT_0239 FALSE 0.071 109 0
 3204086 3204087 CmaqDRAFT_0239 CmaqDRAFT_0240 FALSE 0.487 13 0
 3204090 3204091 CmaqDRAFT_0243 CmaqDRAFT_0244 FALSE 0.01 336 -0.165
 3204091 3204092 CmaqDRAFT_0244 CmaqDRAFT_0245 FALSE 0.124 240 0
 3204092 3204093 CmaqDRAFT_0245 CmaqDRAFT_0246 FALSE 0.051 54 0
 3204093 3204094 CmaqDRAFT_0246 CmaqDRAFT_0247 FALSE 0.003 107 -0.361
 3204094 3204095 CmaqDRAFT_0247 CmaqDRAFT_0248 FALSE 0.054 83 0
 3204095 3204096 CmaqDRAFT_0248 CmaqDRAFT_0249 FALSE 0.003 72 -0.256
 3204096 3204097 CmaqDRAFT_0249 CmaqDRAFT_0250 FALSE 0.005 122 -0.256
 3204097 3204098 CmaqDRAFT_0250 CmaqDRAFT_0251 FALSE 0.018 51 -0.5
 3204098 3204099 CmaqDRAFT_0251 CmaqDRAFT_0252 FALSE 0.005 62 -1.119
 3204102 3204103 CmaqDRAFT_0255 CmaqDRAFT_0256 FALSE 0.157 -49 -0.256
 3204103 3204104 CmaqDRAFT_0256 CmaqDRAFT_0257 TRUE 0.765 7 0
 3204104 3204105 CmaqDRAFT_0257 CmaqDRAFT_0258 FALSE 0.059 51 0
 3204106 3204107 CmaqDRAFT_0259 CmaqDRAFT_0260 FALSE 0.147 377 -0.674
 3204107 3204108 CmaqDRAFT_0260 CmaqDRAFT_0261 FALSE 0.065 100 0
 3204108 3204109 CmaqDRAFT_0261 CmaqDRAFT_R0006 FALSE 0.063 97 0
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 3204111 3204112 CmaqDRAFT_0263 CmaqDRAFT_0264 FALSE 0.125 345 0
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