VIMSS Operon Predictions for Burkholderia phytofirmans PsJN

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 3022557 3022558 BphytDRAFT_5857 BphytDRAFT_5858 FALSE 0.258 2 0
 3022559 3022560 BphytDRAFT_5859 BphytDRAFT_5860 FALSE 0.054 173 0
 3022560 3022561 BphytDRAFT_5860 BphytDRAFT_5861 FALSE 0.016 198 0
 3022561 3022562 BphytDRAFT_5861 BphytDRAFT_5862 FALSE 0.268 -3 0
 3022564 3022565 BphytDRAFT_5864 BphytDRAFT_5865 TRUE 0.972 16 59.387
 3022565 3022566 BphytDRAFT_5865 BphytDRAFT_5866 TRUE 0.93 78 62.382
 3022566 3022567 BphytDRAFT_5866 BphytDRAFT_5867 TRUE 0.901 96 5.463
 3022567 3022568 BphytDRAFT_5867 BphytDRAFT_5868 TRUE 0.804 40 0.548
 3022568 3022569 BphytDRAFT_5868 BphytDRAFT_5869 FALSE 0.116 183 2.763
 3022569 3022570 BphytDRAFT_5869 BphytDRAFT_5870 TRUE 0.824 17 44.512
 3022571 3022572 BphytDRAFT_5871 BphytDRAFT_5872 TRUE 0.972 -3 4.985
 3022572 3022573 BphytDRAFT_5872 BphytDRAFT_5873 TRUE 0.917 68 10.41
 3022573 3022574 BphytDRAFT_5873 BphytDRAFT_6977 FALSE 0.127 -34 0
 3022576 3022577 BphytDRAFT_5875 BphytDRAFT_5876 TRUE 0.924 19 11.509
 3022577 3022578 BphytDRAFT_5876 BphytDRAFT_5877 TRUE 0.885 28 5.582
 3022581 3022582 BphytDRAFT_6978 BphytDRAFT_5880 FALSE 0.143 -21 0
 3022582 3022583 BphytDRAFT_5880 BphytDRAFT_5881 TRUE 0.795 157 -23.18
 3022583 3022584 BphytDRAFT_5881 BphytDRAFT_5882 TRUE 0.919 2 0.144
 3022584 3022585 BphytDRAFT_5882 BphytDRAFT_5883 TRUE 0.908 -3 0
 3022585 3022586 BphytDRAFT_5883 BphytDRAFT_5884 TRUE 0.977 0 9.53
 3022586 3022587 BphytDRAFT_5884 BphytDRAFT_5885 TRUE 0.985 -3 19.513
 3022587 3022588 BphytDRAFT_5885 BphytDRAFT_5886 TRUE 0.923 -3 0.144
 3022588 3022589 BphytDRAFT_5886 BphytDRAFT_5887 TRUE 0.908 -3 0
 3022589 3022590 BphytDRAFT_5887 BphytDRAFT_5888 FALSE 0.198 -6 0
 3022590 3022591 BphytDRAFT_5888 BphytDRAFT_5889 TRUE 0.542 -3 0.144
 3022591 3022592 BphytDRAFT_5889 BphytDRAFT_6979 FALSE 0.27 0 0
 3022592 3022593 BphytDRAFT_6979 BphytDRAFT_5890 FALSE 0.001 404 0
 3022593 3022594 BphytDRAFT_5890 BphytDRAFT_5891 TRUE 0.542 -3 0.144
 3022596 3022597 BphytDRAFT_5892 BphytDRAFT_5893 TRUE 0.995 0 50.889
 3022597 3022598 BphytDRAFT_5893 BphytDRAFT_5894 FALSE 0.012 137 -7.628
 3022598 3022599 BphytDRAFT_5894 BphytDRAFT_5895 TRUE 0.889 60 8.806
 3022599 3022600 BphytDRAFT_5895 BphytDRAFT_5896 FALSE 0.425 -13 0.144
 3022600 3022601 BphytDRAFT_5896 BphytDRAFT_5897 TRUE 0.982 -3 7.002
 3022601 3022602 BphytDRAFT_5897 BphytDRAFT_5898 TRUE 0.983 -3 84.127
 3022602 3022603 BphytDRAFT_5898 BphytDRAFT_5899 TRUE 0.974 12 94.054
 3022605 3022606 BphytDRAFT_5900 BphytDRAFT_5901 TRUE 0.813 10 2.774
 3022607 3022608 BphytDRAFT_5902 BphytDRAFT_5903 FALSE 0 431 0.144
 3022608 3022609 BphytDRAFT_5903 BphytDRAFT_5904 FALSE 0.155 158 -0.198
 3022610 3022611 BphytDRAFT_5905 BphytDRAFT_5906 TRUE 0.502 36 4.137
 3022611 3022612 BphytDRAFT_5906 BphytDRAFT_5907 TRUE 0.651 -9 4.472
 3022612 3022613 BphytDRAFT_5907 BphytDRAFT_5908 TRUE 0.865 -3 12.562
 3022613 3022614 BphytDRAFT_5908 BphytDRAFT_5909 TRUE 0.937 3 18.967
 3022614 3022615 BphytDRAFT_5909 BphytDRAFT_5910 TRUE 0.636 62 10.692
 3022615 3022616 BphytDRAFT_5910 BphytDRAFT_5911 TRUE 0.887 -7 21.807
 3022616 3022617 BphytDRAFT_5911 BphytDRAFT_5912 TRUE 0.756 41 19.436
 3022617 3022618 BphytDRAFT_5912 BphytDRAFT_5913 TRUE 0.621 24 0.362
 3022618 3022619 BphytDRAFT_5913 BphytDRAFT_5914 FALSE 0.018 219 0
 3022619 3022620 BphytDRAFT_5914 BphytDRAFT_5915 FALSE 0.057 95 0
 3022620 3022621 BphytDRAFT_5915 BphytDRAFT_5916 TRUE 0.963 0 51.903
 3022621 3022622 BphytDRAFT_5916 BphytDRAFT_5917 TRUE 0.958 -3 45.874
 3022622 3022623 BphytDRAFT_5917 BphytDRAFT_5918 TRUE 0.965 2 92.603
 3022624 3022625 BphytDRAFT_6982 BphytDRAFT_5919 TRUE 0.725 -183 -0.138
 3022625 3022626 BphytDRAFT_5919 BphytDRAFT_5920 TRUE 0.882 11 6.525
 3022627 3022628 BphytDRAFT_6983 BphytDRAFT_5921 TRUE 0.669 -9 1.978
 3022628 3022629 BphytDRAFT_5921 BphytDRAFT_5922 TRUE 0.5 -81 2.243
 3022630 3022631 BphytDRAFT_5923 BphytDRAFT_5924 TRUE 0.842 98 36
 3022631 3022632 BphytDRAFT_5924 BphytDRAFT_5925 TRUE 0.845 97 35.795
 3022632 3022633 BphytDRAFT_5925 BphytDRAFT_5926 TRUE 0.968 3 36
 3022633 3022634 BphytDRAFT_5926 BphytDRAFT_5927 FALSE 0.009 143 -0.247
 3022634 3022635 BphytDRAFT_5927 BphytDRAFT_5928 FALSE 0.292 32 0.144
 3022635 3022636 BphytDRAFT_5928 BphytDRAFT_5929 FALSE 0 429 -1.1
 3022636 3022637 BphytDRAFT_5929 BphytDRAFT_5930 TRUE 0.56 4 0.404
 3022637 3022638 BphytDRAFT_5930 BphytDRAFT_5931 FALSE 0.131 -3 -1.444
 3022640 3022641 BphytDRAFT_5933 BphytDRAFT_5934 FALSE 0.242 -114 0
 3022641 3022642 BphytDRAFT_5934 BphytDRAFT_5935 FALSE 0.405 9 0
 3022643 3022644 BphytDRAFT_5936 BphytDRAFT_5937 FALSE 0.157 12 -2.624
 3022646 3022647 BphytDRAFT_5938 BphytDRAFT_5939 TRUE 0.97 14 62.772
 3022648 3022649 BphytDRAFT_6985 BphytDRAFT_5940 FALSE 0.043 118 0
 3022649 3022650 BphytDRAFT_5940 BphytDRAFT_5941 FALSE 0.038 125 0
 3022651 3022652 BphytDRAFT_5942 BphytDRAFT_5943 TRUE 0.61 16 1.271
 3022652 3022653 BphytDRAFT_5943 BphytDRAFT_6986 FALSE 0.175 -9 0
 3022653 3022654 BphytDRAFT_6986 BphytDRAFT_5944 FALSE 0.072 78 0
 3022654 3022655 BphytDRAFT_5944 BphytDRAFT_5945 FALSE 0.069 173 0.144
 3022655 3022656 BphytDRAFT_5945 BphytDRAFT_5946 FALSE 0.092 146 0.144
 3022657 3022658 BphytDRAFT_5947 BphytDRAFT_5948 TRUE 0.585 52 5.629
 3022659 3022660 BphytDRAFT_5949 BphytDRAFT_5950 FALSE 0.012 118 -2.011
 3022661 3022662 BphytDRAFT_5951 BphytDRAFT_5952 FALSE 0.308 29 0.144
 3022663 3022664 BphytDRAFT_5953 BphytDRAFT_5954 FALSE 0 478 -0.712
 3022666 3022667 BphytDRAFT_5956 BphytDRAFT_5957 FALSE 0.057 221 0.144
 3022667 3022668 BphytDRAFT_5957 BphytDRAFT_5958 TRUE 0.987 -3 182.046
 3022669 3022670 BphytDRAFT_5959 BphytDRAFT_5960 FALSE 0.009 136 -0.316
 3022670 3022671 BphytDRAFT_5960 BphytDRAFT_5961 FALSE 0.498 5 0.144
 3022671 3022672 BphytDRAFT_5961 BphytDRAFT_5962 FALSE 0.04 122 0
 3022672 3022673 BphytDRAFT_5962 BphytDRAFT_5963 FALSE 0.013 209 0
 3022674 3022675 BphytDRAFT_5964 BphytDRAFT_5965 FALSE 0.018 262 0.144
 3022675 3022676 BphytDRAFT_5965 BphytDRAFT_5966 FALSE 0.003 302 0
 3022679 3022680 BphytDRAFT_6988 BphytDRAFT_5968 FALSE 0.027 161 0
 3022682 3022683 BphytDRAFT_6989 BphytDRAFT_5970 FALSE 0.165 -1158 0
 3022684 3022685 BphytDRAFT_5971 BphytDRAFT_5972 FALSE 0.214 88 0.404
 3022686 3022687 BphytDRAFT_5973 BphytDRAFT_5974 TRUE 0.9 -3 38.084
 3022687 3022688 BphytDRAFT_5974 BphytDRAFT_5975 FALSE 0.001 319 -2.114
 3022688 3022689 BphytDRAFT_5975 BphytDRAFT_5976 FALSE 0.153 83 0
 3022689 3022690 BphytDRAFT_5976 BphytDRAFT_5977 FALSE 0.067 156 0
 3022693 3022694 BphytDRAFT_5979 BphytDRAFT_6991 FALSE 0.256 -265 0.404
 3022695 3022696 BphytDRAFT_5980 BphytDRAFT_5982 TRUE 0.659 78 -2.011
 3022699 3022700 BphytDRAFT_5984 BphytDRAFT_5985 TRUE 0.926 34 22.538
 3022701 3022702 BphytDRAFT_5986 BphytDRAFT_5987 FALSE 0.418 69 -3.936
 3022703 3022704 BphytDRAFT_5988 BphytDRAFT_5989 FALSE 0.001 589 0
 3022704 3022705 BphytDRAFT_5989 BphytDRAFT_6992 FALSE 0.06 92 0
 3022705 3022706 BphytDRAFT_6992 BphytDRAFT_5990 FALSE 0.209 10 0
 3022706 3022707 BphytDRAFT_5990 BphytDRAFT_5991 FALSE 0.344 40 3.719
 3022707 3022708 BphytDRAFT_5991 BphytDRAFT_5992 TRUE 0.789 -3 1.404
 3022712 3022713 BphytDRAFT_5995 BphytDRAFT_5996 TRUE 0.606 136 3.515
 3022714 3022715 BphytDRAFT_5997 BphytDRAFT_5998 FALSE 0.041 121 0
 3022716 3022717 BphytDRAFT_5999 BphytDRAFT_6000 FALSE 0.001 442 0
 3022717 3022718 BphytDRAFT_6000 BphytDRAFT_6001 FALSE 0.013 270 0
 3022719 3022720 BphytDRAFT_6002 BphytDRAFT_6003 TRUE 0.993 -3 326.049
 3022720 3022721 BphytDRAFT_6003 BphytDRAFT_6004 FALSE 0.096 58 -1.36
 3022722 3022723 BphytDRAFT_6005 BphytDRAFT_6006 FALSE 0.003 322 -0.029
 3022724 3022725 BphytDRAFT_6007 BphytDRAFT_6008 FALSE 0.065 126 -1.087
 3022726 3022727 BphytDRAFT_6009 BphytDRAFT_6010 TRUE 0.748 119 -1.63
 3022727 3022728 BphytDRAFT_6010 BphytDRAFT_6011 FALSE 0.001 330 0.144
 3022728 3022729 BphytDRAFT_6011 BphytDRAFT_6012 FALSE 0.092 146 0.144
 3022730 3022731 BphytDRAFT_6994 BphytDRAFT_6013 FALSE 0.27 0 0
 3022732 3022733 BphytDRAFT_6014 BphytDRAFT_6015 TRUE 0.714 3 0.96
 3022733 3022734 BphytDRAFT_6015 BphytDRAFT_6016 FALSE 0.037 172 0
 3022735 3022736 BphytDRAFT_6017 BphytDRAFT_6018 TRUE 0.75 42 -4.385
 3022739 3022740 BphytDRAFT_6021 BphytDRAFT_6022 TRUE 0.98 63 45.309
 3022740 3022741 BphytDRAFT_6022 BphytDRAFT_6023 TRUE 0.998 -3 57.193
 3022741 3022742 BphytDRAFT_6023 BphytDRAFT_6024 TRUE 0.994 47 101.746
 3022743 3022744 BphytDRAFT_6025 BphytDRAFT_6026 TRUE 0.968 -7 101.425
 3022744 3022745 BphytDRAFT_6026 BphytDRAFT_6027 TRUE 0.998 1 103.625
 3022745 3022746 BphytDRAFT_6027 BphytDRAFT_6028 TRUE 0.998 -3 62.663
 3022747 3022748 BphytDRAFT_6995 BphytDRAFT_6029 TRUE 0.542 -3 0.144
 3022748 3022749 BphytDRAFT_6029 BphytDRAFT_6030 FALSE 0.358 21 0.144
 3022749 3022750 BphytDRAFT_6030 BphytDRAFT_6031 FALSE 0.017 267 0.144
 3022750 3022751 BphytDRAFT_6031 BphytDRAFT_6996 TRUE 0.993 -3 110.067
 3022752 3022753 BphytDRAFT_6032 BphytDRAFT_6033 FALSE 0.033 137 0
 3022753 3022754 BphytDRAFT_6033 BphytDRAFT_6034 FALSE 0.007 163 -2.011
 3022754 3022755 BphytDRAFT_6034 BphytDRAFT_6035 FALSE 0.457 29 1.475
 3022756 3022757 BphytDRAFT_6036 BphytDRAFT_6997 FALSE 0.049 -244 -10.41
 3022761 3022762 BphytDRAFT_6039 BphytDRAFT_6040 FALSE 0.018 196 -1.617
 3022762 3022763 BphytDRAFT_6040 BphytDRAFT_6041 TRUE 0.974 10 31.213
 3022763 3022764 BphytDRAFT_6041 BphytDRAFT_6042 TRUE 0.985 11 78.556
 3022764 3022765 BphytDRAFT_6042 BphytDRAFT_6043 TRUE 0.991 19 39.245
 3022765 3022766 BphytDRAFT_6043 BphytDRAFT_6044 FALSE 0.01 221 -3.786
 3022766 3022767 BphytDRAFT_6044 BphytDRAFT_6045 FALSE 0.004 206 -10.288
 3022767 3022768 BphytDRAFT_6045 BphytDRAFT_6046 FALSE 0.003 372 -0.559
 3022768 3022769 BphytDRAFT_6046 BphytDRAFT_6047 TRUE 0.928 24 1.561
 3022769 3022770 BphytDRAFT_6047 BphytDRAFT_6048 FALSE 0.008 149 -1.804
 3022773 3022774 BphytDRAFT_6051 BphytDRAFT_6052 FALSE 0.318 78 -7.907
 3022775 3022776 BphytDRAFT_6053 BphytDRAFT_6054 FALSE 0.001 290 -4.323
 3022776 3022777 BphytDRAFT_6054 BphytDRAFT_6055 TRUE 0.982 102 358.029
 3022777 3022778 BphytDRAFT_6055 BphytDRAFT_6056 FALSE 0.133 140 -0.303
 3022779 3022780 BphytDRAFT_6057 BphytDRAFT_6058 FALSE 0 528 -0.913
 3022780 3022781 BphytDRAFT_6058 BphytDRAFT_6059 FALSE 0.031 38 -3.655
 3022781 3022782 BphytDRAFT_6059 BphytDRAFT_6060 FALSE 0.184 63 0
 3022783 3022784 BphytDRAFT_6061 BphytDRAFT_6062 FALSE 0.213 95 0.137
 3022784 3022785 BphytDRAFT_6062 BphytDRAFT_6063 FALSE 0.029 124 -1.319
 3022787 3022788 BphytDRAFT_6065 BphytDRAFT_6066 FALSE 0.187 83 0
 3022788 3022789 BphytDRAFT_6066 BphytDRAFT_6067 FALSE 0.007 164 -0.297
 3022789 3022790 BphytDRAFT_6067 BphytDRAFT_6068 FALSE 0.08 68 0
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