VIMSS Operon Predictions for Azoarcus sp. BH72

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
GNMinus An indicator of conservation (gene neighbor score, surprisal subtracted). Positive scores indicate conservation, and scores above 5 are generally strongly indicative of operons

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep GNMinus
 1739614 1739615 azo0001 azo0002 dnaA dnaN TRUE 0.982 59 903.65
 1739615 1739616 azo0002 azo0003 dnaN gyrB TRUE 0.858 210 87.068
 1739616 1739617 azo0003 azo0004 gyrB hsdM FALSE 0.053 195 -6.348
 1739617 1739618 azo0004 azo0005 hsdM mloB FALSE 0.148 107 -0.231
 1739618 1739619 azo0005 azo0006 mloB TRUE 0.788 9 0
 1739619 1739620 azo0006 azo0007 hsdS TRUE 0.802 -3 0
 1739620 1739621 azo0007 azo0008 hsdS TRUE 0.96 -3 10.263
 1739621 1739622 azo0008 azo0009 FALSE 0.064 212 0
 1739622 1739623 azo0009 azo0010 hsdR FALSE 0.08 154 0
 1739625 1739626 azo0012 azo0013 bdhR rluA1 FALSE 0.17 82 0
 1739627 1739628 azo0014 azo0015 nifF1 FALSE 0.049 404 0
 1739628 1739629 azo0015 azo0016 TRUE 0.785 4 0
 1739629 1739630 azo0016 azo0017 TRUE 0.526 27 0
 1739630 1739631 azo0017 azo0018 FALSE 0.077 125 -3.019
 1739634 1739635 azo0021 azo0022 iorA iorB TRUE 0.996 11 257.677
 1739635 1739636 azo0022 azo0023 iorB TRUE 0.952 23 16.34
 1739636 1739637 azo0023 azo0024 TRUE 0.991 -3 111.423
 1739637 1739638 azo0024 azo0025 FALSE 0.066 289 -3.443
 1739646 1739647 azo0033 azo0034 FALSE 0.378 39 0
 1739647 1739648 azo0034 azo0035 TRUE 0.92 12 40.731
 1739648 1739649 azo0035 azo0036 FALSE 0.162 76 -0.609
 1739649 1739650 azo0036 azo0037 TRUE 0.934 -7 5.393
 1739650 1739651 azo0037 azo0038 TRUE 0.737 6 -1.683
 1739651 1739652 azo0038 azo0039 FALSE 0.048 130 -1.971
 1739654 1739655 azo0041 azo0042 FALSE 0.04 340 -0.85
 1739656 1739657 azo0043 azo0044 TRUE 0.994 -3 468.679
 1739657 1739658 azo0044 azo0045 TRUE 0.996 -3 465.616
 1739658 1739659 azo0045 azo0046 dehH FALSE 0.079 128 -7.945
 1739659 1739660 azo0046 azo0047 dehH FALSE 0.186 66 -1.814
 1739660 1739661 azo0047 azo0048 TRUE 0.909 -22 1.272
 1739661 1739662 azo0048 azo0049 FALSE 0.173 134 2.483
 1739662 1739663 azo0049 azo0050 phaZ FALSE 0.287 50 0
 1739663 1739664 azo0050 azo0051 phaZ FALSE 0.125 106 0
 1739666 1739667 azo0053 azo0054 rstB rstA TRUE 0.939 -3 0
 1739668 1739669 azo0055 azo0056 TRUE 0.912 -3 22.71
 1739669 1739670 azo0056 azo0057 TRUE 0.931 -7 23.992
 1739670 1739671 azo0057 azo0058 TRUE 0.918 -3 23.992
 1739672 1739673 azo0059 azo0060 TRUE 0.932 11 36.286
 1739673 1739674 azo0060 azo0061 TRUE 0.941 -3 39.552
 1739675 1739676 azo0062 azo0063 TRUE 0.692 17 0
 1739677 1739678 azo0064 azo0065 FALSE 0.104 102 -3.732
 1739678 1739679 azo0065 azo0066 TRUE 0.763 -3 -7.6
 1739684 1739685 azo0071 azo0072 TRUE 0.928 19 1.862
 1739685 1739686 azo0072 azo0073 FALSE 0.42 28 -0.159
 1739686 1739687 azo0073 azo0074 FALSE 0.094 108 -0.846
 1739687 1739688 azo0074 azo0075 rpoE TRUE 0.962 -3 27.634
 1739688 1739689 azo0075 azo0076 rpoE TRUE 0.802 -3 0
 1739690 1739691 azo0077 azo0078 TRUE 0.779 11 0
 1739691 1739692 azo0078 azo0079 rtcB FALSE 0.073 178 0
 1739693 1739694 azo0080 azo0081 prfC TRUE 0.502 20 -6.531
 1739695 1739696 azo0082 azo0083 rdgC FALSE 0.277 71 -2.886
 1739697 1739698 azo0084 azo0085 rsuA FALSE 0.037 252 -14.148
 1739698 1739699 azo0085 azo0086 efp TRUE 0.846 61 107.901
 1739699 1739700 azo0086 azo0087 efp FALSE 0.077 124 -1.386
 1739700 1739701 azo0087 azo0088 uvrA1 FALSE 0.206 76 0
 1739701 1739702 azo0088 azo0089 uvrA1 FALSE 0.226 46 -1.174
 1739705 1739706 azo0092 azo0093 mucD1 irgA1 FALSE 0.062 132 -1.44
 1739708 1739709 azo0095 azo0096 TRUE 0.561 112 10.305
 1739709 1739710 azo0096 azo0097 drpA TRUE 0.875 61 177.86
 1739710 1739711 azo0097 azo0098 drpA TRUE 0.991 4 173.011
 1739712 1739713 azo0099 azo0100 def1 fmt TRUE 0.993 46 822.492
 1739713 1739714 azo0100 azo0101 fmt htpX TRUE 0.706 60 20.13
 1739714 1739715 azo0101 azo0102 htpX helX TRUE 0.91 14 -0.504
 1739715 1739716 azo0102 azo0103 helX TRUE 0.874 -3 0.942
 1739716 1739717 azo0103 azo0104 FALSE 0.081 93 -1.584
 1739717 1739718 azo0104 azo0105 tpx FALSE 0.157 56 -2.199
 1739718 1739719 azo0105 azo0106 tpx FALSE 0.099 92 -13.176
 1739721 1739722 azo0108 azo0109 yihZ FALSE 0.125 64 -3.473
 1739726 1739727 azo0113 azo0114 gstA TRUE 0.943 3 46.093
 1739728 1739729 azo0115 azo0116 amn TRUE 0.579 18 -3.937
 1739730 1739731 azo0117 azo0118 braF TRUE 0.995 17 166.937
 1739731 1739732 azo0118 azo0119 TRUE 0.965 35 129.088
 1739732 1739733 azo0119 azo0120 TRUE 0.93 57 98.579
 1739733 1739734 azo0120 azo0121 livM1 TRUE 0.986 25 171.639
 1739736 1739737 azo0123 azo0124 FALSE 0.223 70 0
 1739737 1739738 azo0124 azo0125 TRUE 0.844 -25 0
 1739738 1739739 azo0125 azo0126 TRUE 0.787 0 0
 1739739 1739740 azo0126 azo0127 FALSE 0.138 99 0
 1739742 1739743 azo0129 azo0130 tap nahY FALSE 0.395 245 -0.32
 1739743 1739744 azo0130 azo0131 nahY dmpI FALSE 0.053 124 -0.671
 1739744 1739745 azo0131 azo0132 dmpI FALSE 0.036 181 -1.533
 1739745 1739746 azo0132 azo0133 ilvE1 FALSE 0.128 247 0.798
 1739747 1739748 azo0134 azo0135 ydaM TRUE 0.973 -3 0
 1739748 1739749 azo0135 azo0136 TRUE 0.74 35 0
 1739749 1739750 azo0136 azo0137 amiC1 TRUE 0.89 -3 1.3
 1739751 1739752 azo0138 azo0139 cpdA TRUE 0.971 14 58.059
 1739754 1739755 azo0141 azo0142 gidA gidB TRUE 0.996 -3 617.74
 1739755 1739756 azo0142 azo0143 gidB parA1 TRUE 0.852 132 410.682
 1739756 1739757 azo0143 azo0144 parA1 TRUE 0.651 10 -4.877
 1739757 1739758 azo0144 azo0145 TRUE 0.985 -3 65.51
 1739758 1739759 azo0145 azo0146 parB TRUE 0.649 2 -3.342
 1739760 1739761 azo0147 azo0148 TRUE 0.55 22 -4.237
 1739761 1739762 azo0148 azo0149 uxuA TRUE 0.956 -3 0.798
 1739762 1739763 azo0149 azo0150 uxuA aas TRUE 0.924 -3 0.798
 1739763 1739764 azo0150 azo0151 aas smtB FALSE 0.352 81 0.798
 1739765 1739766 azo0152 azo0153 atpB TRUE 0.956 3 18.464
 1739766 1739767 azo0153 azo0154 atpB atpE TRUE 0.994 56 1032.824
 1739767 1739768 azo0154 azo0155 atpE atpF TRUE 0.996 42 896.294
 1739768 1739769 azo0155 azo0156 atpF atpH TRUE 0.999 4 903.062
 1739769 1739770 azo0156 azo0157 atpH atpA TRUE 0.999 14 1164.303
 1739770 1739771 azo0157 azo0158 atpA atpG TRUE 0.999 22 1507.507
 1739771 1739772 azo0158 azo0159 atpG atpD TRUE 0.998 25 1293.329
 1739772 1739773 azo0159 azo0160 atpD atpC TRUE 0.995 53 1161.439
 1739774 1739775 azo0161 azo0162 ubiE1 TRUE 0.747 44 51.786
 1739775 1739776 azo0162 azo0163 ubiE1 TRUE 0.98 8 68.167
 1739777 1739778 azo0164 azo0165 phoB phoR TRUE 0.934 92 322.349
 1739779 1739780 azo0166 azo0167 TRUE 0.587 30 -0.067
 1739780 1739781 azo0167 azo0168 FALSE 0.154 68 -12.027
 1739781 1739782 azo0168 azo0169 FALSE 0.141 64 -0.597
 1739782 1739783 azo0169 azo0170 gatB FALSE 0.081 93 -1.165
 1739783 1739784 azo0170 azo0171 gatB FALSE 0.427 58 -0.425
 1739784 1739785 azo0171 azo0172 gatA TRUE 0.926 6 2.547
 1739785 1739786 azo0172 azo0173 gatA gatC TRUE 0.994 53 974.535
 1739787 1739788 azo0174 azo0175 mreB mreC TRUE 0.956 46 550.726
 1739788 1739789 azo0175 azo0176 mreC mreD TRUE 0.995 4 222.522
 1739789 1739790 azo0176 azo0177 mreD pbpA TRUE 0.991 10 70.268
 1739790 1739791 azo0177 azo0178 pbpA rodA TRUE 0.996 -3 526.349
 1739791 1739792 azo0178 azo0179 rodA rlpA TRUE 0.98 -19 62.638
 1739792 1739793 azo0179 azo0180 rlpA dacC TRUE 0.645 126 50.143
 1739793 1739794 azo0180 azo0181 dacC daaA TRUE 0.88 40 46.571
 1739794 1739795 azo0181 azo0182 daaA TRUE 0.983 -7 52.885
 1739795 1739796 azo0182 azo0183 lipB TRUE 0.992 -3 219.897
 1739796 1739797 azo0183 azo0184 lipB lipA TRUE 0.993 42 337.07
 1739797 1739798 azo0184 azo0185 lipA FALSE 0.199 69 -6.647
 1739798 1739799 azo0185 azo0186 rep FALSE 0.123 74 -4.591
 1739801 1739802 azo_tRNA_0001 azo_rrn1 tRNA-Arg FALSE 0.056 282 0
 1739802 1739803 azo_rrn1 azo_tRNA_0002 tRNA-Ile FALSE 0.212 74 0
 1739803 1739804 azo_tRNA_0002 azo_tRNA_0003 tRNA-Ile tRNA-Ala TRUE 0.51 28 0
 1739804 1739805 azo_tRNA_0003 azo_rrn2 tRNA-Ala FALSE 0.057 265 0
 1739807 1739808 azo0190 azo0191 FALSE 0.167 76 -0.275
 1739808 1739809 azo0191 azo0192 apbA1 TRUE 0.816 -7 0
 1739811 1739812 azo0194 azo0195 hvrA1 FALSE 0.319 45 0
 1739816 1739817 azo0199 azo0200 sbcD sbcC TRUE 0.997 -3 280.735
 1739819 1739820 azo0202 azo0203 FALSE 0.054 317 0
 1739821 1739822 azo0204 azo0205 bmpA hipO1 FALSE 0.063 144 -1.54
 1739822 1739823 azo0205 azo0206 hipO1 TRUE 0.8 -3 0
 1739825 1739826 azo0208 azo0209 agaE FALSE 0.052 366 0
 1739826 1739827 azo0209 azo0210 agaE ooxA TRUE 0.979 -3 46.135
 1739827 1739828 azo0210 azo0211 ooxA TRUE 0.979 -18 46.319
 1739828 1739829 azo0211 azo0212 prp TRUE 0.869 12 -0.169
 1739829 1739830 azo0212 azo0213 prp TRUE 0.547 75 13.614
 1739830 1739831 azo0213 azo0214 FALSE 0.195 535 14.541
 1739832 1739833 azo0215 azo0216 aldH hadL FALSE 0.226 198 6.781
 1739833 1739834 azo0216 azo0217 hadL ordL TRUE 0.777 41 39.62
 1739834 1739835 azo0217 azo0218 ordL dppA TRUE 0.97 17 6.086
 1739835 1739836 azo0218 azo0219 dppA dppB TRUE 0.994 5 118.342
 1739836 1739837 azo0219 azo0220 dppB dppC TRUE 0.995 -3 136.901
 1739837 1739838 azo0220 azo0221 dppC dppD TRUE 0.978 -7 83.536
 1739838 1739839 azo0221 azo0222 dppD gabD1 FALSE 0.075 208 -1.453
 1739839 1739840 azo0222 azo0223 gabD1 FALSE 0.05 212 -0.344
 1739840 1739841 azo0223 azo0224 FALSE 0.195 131 2.682
 1739841 1739842 azo0224 azo0225 TRUE 0.946 -3 5.261
 1739842 1739843 azo0225 azo0226 TRUE 0.946 -3 5.42
 1739843 1739844 azo0226 azo0227 czcA1 TRUE 0.932 14 7.789
 1739844 1739845 azo0227 azo0228 czcA1 TRUE 0.899 -3 4.359
 1739845 1739846 azo0228 azo0229 fhuA1 FALSE 0.045 258 -0.388
 1739846 1739847 azo0229 azo0230 fhuA1 TRUE 0.519 23 -1.127
 1739847 1739848 azo0230 azo0231 FALSE 0.024 648 -1.111
 1739848 1739849 azo0231 azo0232 exbB1 FALSE 0.223 57 -0.275
 1739849 1739850 azo0232 azo0233 exbB1 exbD1 TRUE 0.919 26 5.765
 1739850 1739851 azo0233 azo0234 exbD1 exbD2 TRUE 0.951 22 4.086
 1739851 1739852 azo0234 azo0235 exbD2 TRUE 0.65 29 1.184
 1739853 1739854 azo0236 azo0237 add npd1 FALSE 0.154 72 -2.742
 1739854 1739855 azo0237 azo0238 npd1 TRUE 0.802 -3 0
 1739855 1739856 azo0238 azo0239 TRUE 0.771 12 0
 1739857 1739858 azo0240 azo0241 dctP1 dctQ1 TRUE 0.8 97 19.329
 1739858 1739859 azo0241 azo0242 dctQ1 dctM1 TRUE 0.99 -3 29.409
 1739861 1739862 azo0244 azo0245 TRUE 0.992 12 384.661
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 1739863 1739864 azo0246 azo0247 oprM1 bfr1 FALSE 0.041 158 -10.875
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